# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 177.873 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.010 0.002 0.001 0.333 0.054 0.103 0.083 0.002 0.001 0.083 0.330 2 Y 0.020 0.001 0.001 0.380 0.076 0.104 0.072 0.001 0.001 0.062 0.284 3 T 0.006 0.001 0.001 0.262 0.042 0.081 0.103 0.001 0.001 0.041 0.463 4 G 0.007 0.001 0.001 0.191 0.029 0.057 0.129 0.001 0.001 0.041 0.544 5 R 0.012 0.001 0.001 0.055 0.034 0.039 0.195 0.003 0.001 0.040 0.620 6 P 0.067 0.011 0.001 0.026 0.015 0.013 0.192 0.002 0.001 0.049 0.623 7 P 0.010 0.028 0.001 0.015 0.010 0.012 0.139 0.007 0.001 0.032 0.746 8 D 0.154 0.664 0.002 0.002 0.001 0.002 0.024 0.012 0.001 0.010 0.128 9 E 0.132 0.647 0.004 0.003 0.002 0.002 0.020 0.011 0.001 0.074 0.105 10 P 0.095 0.423 0.011 0.004 0.003 0.006 0.053 0.004 0.004 0.160 0.235 11 A 0.110 0.463 0.003 0.006 0.008 0.013 0.056 0.011 0.001 0.160 0.170 12 V 0.074 0.592 0.006 0.007 0.007 0.009 0.043 0.014 0.002 0.070 0.177 13 L 0.043 0.647 0.003 0.008 0.004 0.010 0.045 0.008 0.001 0.019 0.212 14 G 0.021 0.225 0.006 0.008 0.008 0.015 0.032 0.004 0.002 0.475 0.204 15 V 0.040 0.649 0.010 0.003 0.004 0.006 0.032 0.013 0.002 0.108 0.133 16 A 0.088 0.688 0.013 0.005 0.002 0.004 0.017 0.011 0.005 0.044 0.124 17 L 0.097 0.525 0.029 0.010 0.003 0.005 0.038 0.015 0.010 0.082 0.186 18 N 0.143 0.558 0.001 0.005 0.002 0.004 0.037 0.009 0.001 0.027 0.212 19 E 0.094 0.138 0.014 0.015 0.005 0.008 0.070 0.007 0.003 0.336 0.309 20 V 0.017 0.461 0.005 0.017 0.007 0.009 0.092 0.005 0.001 0.049 0.336 21 F 0.008 0.872 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.006 0.001 0.003 0.093 22 V 0.068 0.804 0.008 0.001 0.002 0.002 0.009 0.050 0.001 0.008 0.046 23 P 0.072 0.780 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 0.006 0.002 0.028 0.092 24 I 0.059 0.410 0.123 0.005 0.002 0.005 0.034 0.012 0.060 0.135 0.154 25 L 0.326 0.221 0.039 0.007 0.003 0.004 0.047 0.060 0.016 0.070 0.209 26 Q 0.234 0.031 0.005 0.007 0.006 0.008 0.079 0.005 0.004 0.054 0.569 27 K 0.011 0.012 0.002 0.020 0.004 0.007 0.100 0.001 0.001 0.014 0.829 28 Q 0.032 0.034 0.006 0.031 0.006 0.014 0.147 0.007 0.002 0.054 0.668 29 F 0.180 0.015 0.004 0.015 0.020 0.013 0.146 0.032 0.002 0.098 0.476 30 P 0.097 0.008 0.002 0.057 0.012 0.022 0.121 0.003 0.001 0.035 0.642 31 E 0.020 0.004 0.001 0.117 0.018 0.057 0.092 0.002 0.001 0.035 0.652 32 I 0.013 0.003 0.001 0.217 0.032 0.044 0.120 0.002 0.001 0.048 0.520 33 V 0.008 0.002 0.001 0.392 0.115 0.104 0.073 0.004 0.001 0.050 0.250 34 D 0.006 0.002 0.001 0.357 0.049 0.079 0.061 0.001 0.001 0.034 0.410 35 F 0.002 0.001 0.001 0.252 0.111 0.132 0.077 0.001 0.001 0.024 0.402 36 Y 0.002 0.001 0.001 0.295 0.065 0.096 0.094 0.001 0.001 0.031 0.416 37 L 0.016 0.003 0.002 0.144 0.075 0.096 0.108 0.005 0.002 0.069 0.480 38 P 0.371 0.046 0.004 0.048 0.012 0.016 0.078 0.010 0.003 0.114 0.299 39 P 0.153 0.023 0.005 0.020 0.007 0.012 0.101 0.004 0.003 0.111 0.562 40 E 0.039 0.033 0.002 0.019 0.019 0.045 0.124 0.005 0.001 0.063 0.649 41 G 0.129 0.029 0.004 0.020 0.051 0.090 0.116 0.006 0.002 0.103 0.450 42 C 0.058 0.015 0.004 0.030 0.108 0.164 0.123 0.006 0.002 0.091 0.400 43 S 0.026 0.011 0.001 0.025 0.076 0.220 0.132 0.002 0.001 0.061 0.444 44 Y 0.007 0.005 0.002 0.040 0.151 0.311 0.100 0.001 0.001 0.069 0.313 45 R 0.001 0.004 0.001 0.071 0.178 0.462 0.055 0.001 0.001 0.079 0.149 46 L 0.001 0.004 0.001 0.080 0.241 0.395 0.031 0.001 0.001 0.095 0.153 47 A 0.001 0.003 0.001 0.104 0.430 0.384 0.008 0.001 0.001 0.031 0.039 48 V 0.001 0.004 0.001 0.060 0.363 0.459 0.008 0.001 0.001 0.038 0.064 49 V 0.001 0.005 0.001 0.104 0.473 0.280 0.011 0.001 0.001 0.034 0.090 50 T 0.027 0.018 0.004 0.080 0.235 0.305 0.042 0.004 0.004 0.129 0.152 51 I 0.131 0.062 0.003 0.061 0.115 0.139 0.070 0.019 0.003 0.096 0.301 52 K 0.161 0.055 0.003 0.025 0.060 0.086 0.076 0.004 0.004 0.048 0.477 53 K 0.024 0.056 0.009 0.023 0.027 0.040 0.118 0.002 0.005 0.030 0.667 54 Q 0.031 0.155 0.005 0.007 0.023 0.023 0.066 0.010 0.003 0.050 0.628 55 Y 0.112 0.797 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.019 0.055 56 A 0.020 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.014 0.106 57 G 0.007 0.862 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.058 0.058 58 H 0.005 0.867 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.097 0.021 59 A 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 60 K 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 61 R 0.002 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.048 0.007 62 V 0.004 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.045 0.005 63 M 0.007 0.916 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.054 0.011 64 M 0.026 0.725 0.004 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.170 0.058 65 G 0.014 0.774 0.007 0.003 0.001 0.001 0.019 0.005 0.002 0.092 0.081 66 V 0.051 0.836 0.009 0.002 0.001 0.001 0.013 0.020 0.002 0.018 0.047 67 W 0.077 0.666 0.019 0.005 0.001 0.002 0.025 0.013 0.013 0.038 0.141 68 S 0.120 0.336 0.012 0.003 0.002 0.003 0.071 0.006 0.010 0.042 0.397 69 F 0.143 0.354 0.008 0.005 0.002 0.003 0.081 0.018 0.004 0.058 0.324 70 L 0.191 0.237 0.020 0.010 0.002 0.005 0.091 0.018 0.009 0.075 0.342 71 R 0.095 0.187 0.010 0.020 0.006 0.015 0.104 0.007 0.004 0.055 0.498 72 Q 0.075 0.032 0.005 0.014 0.013 0.026 0.113 0.004 0.002 0.188 0.528 73 F 0.067 0.037 0.006 0.042 0.022 0.034 0.146 0.006 0.002 0.164 0.473 74 M 0.127 0.012 0.007 0.057 0.024 0.050 0.146 0.005 0.004 0.103 0.465 75 Y 0.026 0.006 0.002 0.124 0.037 0.065 0.152 0.003 0.001 0.043 0.540 76 T 0.013 0.005 0.001 0.131 0.029 0.038 0.135 0.002 0.001 0.055 0.590 77 K 0.003 0.003 0.001 0.490 0.083 0.063 0.077 0.001 0.001 0.073 0.206 78 F 0.001 0.001 0.001 0.617 0.044 0.075 0.036 0.001 0.001 0.063 0.163 79 V 0.001 0.001 0.001 0.850 0.041 0.031 0.009 0.001 0.001 0.026 0.042 80 I 0.001 0.001 0.001 0.935 0.014 0.011 0.005 0.001 0.001 0.019 0.014 81 V 0.002 0.001 0.001 0.895 0.016 0.023 0.011 0.001 0.001 0.032 0.020 82 C 0.011 0.001 0.001 0.764 0.008 0.029 0.059 0.001 0.001 0.035 0.092 83 D 0.130 0.007 0.001 0.267 0.008 0.030 0.175 0.003 0.002 0.081 0.296 84 D 0.035 0.006 0.001 0.089 0.011 0.032 0.208 0.002 0.001 0.081 0.534 85 D 0.032 0.009 0.001 0.029 0.014 0.024 0.253 0.002 0.001 0.061 0.573 86 V 0.037 0.014 0.001 0.016 0.025 0.043 0.224 0.027 0.001 0.073 0.539 87 N 0.401 0.052 0.001 0.009 0.006 0.008 0.097 0.006 0.001 0.094 0.325 88 A 0.075 0.017 0.003 0.009 0.010 0.019 0.150 0.002 0.001 0.099 0.614 89 R 0.003 0.021 0.001 0.008 0.008 0.023 0.151 0.002 0.001 0.029 0.753 90 D 0.179 0.701 0.001 0.001 0.004 0.005 0.020 0.006 0.001 0.036 0.047 91 W 0.040 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.024 0.054 92 N 0.011 0.811 0.001 0.001 0.003 0.008 0.019 0.001 0.001 0.025 0.119 93 D 0.005 0.928 0.001 0.003 0.005 0.008 0.008 0.001 0.001 0.015 0.027 94 V 0.008 0.941 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.002 0.001 0.014 0.018 95 I 0.007 0.239 0.001 0.010 0.017 0.017 0.006 0.001 0.001 0.680 0.021 96 W 0.005 0.218 0.003 0.010 0.015 0.021 0.012 0.001 0.001 0.664 0.049 97 A 0.023 0.635 0.032 0.022 0.017 0.018 0.025 0.012 0.005 0.130 0.081 98 I 0.138 0.248 0.102 0.045 0.021 0.028 0.051 0.032 0.040 0.118 0.177 99 T 0.202 0.177 0.002 0.012 0.013 0.027 0.077 0.016 0.003 0.048 0.423 100 T 0.113 0.024 0.001 0.013 0.007 0.018 0.090 0.004 0.002 0.046 0.682 101 R 0.020 0.016 0.008 0.024 0.011 0.024 0.204 0.002 0.004 0.033 0.653 102 M 0.007 0.006 0.004 0.014 0.007 0.012 0.125 0.001 0.003 0.013 0.807 103 D 0.412 0.029 0.004 0.012 0.010 0.009 0.099 0.021 0.003 0.116 0.286 104 P 0.294 0.010 0.005 0.017 0.002 0.003 0.104 0.004 0.002 0.157 0.403 105 A 0.036 0.010 0.002 0.035 0.008 0.028 0.139 0.003 0.001 0.053 0.685 106 R 0.019 0.007 0.001 0.042 0.020 0.035 0.146 0.002 0.001 0.069 0.660 107 D 0.005 0.006 0.001 0.167 0.129 0.186 0.123 0.004 0.001 0.139 0.240 108 T 0.006 0.002 0.001 0.267 0.076 0.127 0.079 0.001 0.001 0.131 0.311 109 V 0.003 0.001 0.001 0.371 0.171 0.179 0.058 0.001 0.001 0.062 0.154 110 L 0.006 0.001 0.001 0.431 0.046 0.154 0.078 0.001 0.001 0.092 0.190 111 V 0.158 0.003 0.001 0.231 0.042 0.062 0.099 0.002 0.002 0.144 0.256 112 E 0.012 0.001 0.001 0.088 0.018 0.047 0.185 0.003 0.001 0.078 0.566 113 N 0.042 0.003 0.001 0.034 0.008 0.014 0.204 0.002 0.001 0.039 0.653 114 T 0.108 0.004 0.001 0.043 0.033 0.033 0.212 0.012 0.001 0.100 0.452 115 P 0.070 0.006 0.001 0.019 0.006 0.009 0.175 0.005 0.001 0.060 0.648 116 I 0.057 0.011 0.001 0.026 0.019 0.045 0.194 0.012 0.001 0.056 0.579 117 D 0.062 0.014 0.001 0.050 0.018 0.040 0.193 0.003 0.001 0.090 0.529 118 Y 0.042 0.014 0.003 0.067 0.037 0.083 0.207 0.002 0.001 0.092 0.451 119 L 0.018 0.013 0.002 0.071 0.027 0.065 0.190 0.005 0.001 0.056 0.554 120 D 0.348 0.039 0.002 0.035 0.018 0.026 0.121 0.006 0.001 0.104 0.299 121 F 0.061 0.024 0.002 0.038 0.015 0.035 0.186 0.005 0.001 0.117 0.517 122 A 0.022 0.011 0.001 0.018 0.011 0.028 0.146 0.002 0.001 0.040 0.721 123 S 0.073 0.015 0.004 0.030 0.042 0.057 0.180 0.010 0.002 0.129 0.459 124 P 0.166 0.015 0.002 0.016 0.012 0.017 0.122 0.006 0.001 0.107 0.535 125 V 0.175 0.014 0.002 0.014 0.010 0.016 0.123 0.005 0.001 0.075 0.566 126 S 0.038 0.003 0.001 0.012 0.007 0.015 0.145 0.003 0.001 0.045 0.730 127 G 0.073 0.014 0.001 0.020 0.010 0.021 0.178 0.004 0.001 0.066 0.612 128 L 0.096 0.019 0.001 0.031 0.026 0.029 0.173 0.007 0.001 0.063 0.555 129 G 0.040 0.028 0.001 0.053 0.020 0.037 0.187 0.004 0.001 0.045 0.584 130 S 0.034 0.039 0.001 0.100 0.061 0.084 0.162 0.008 0.001 0.084 0.427 131 K 0.027 0.030 0.001 0.211 0.072 0.102 0.135 0.004 0.001 0.079 0.338 132 M 0.010 0.020 0.002 0.331 0.088 0.147 0.087 0.002 0.001 0.055 0.258 133 G 0.024 0.009 0.003 0.338 0.102 0.148 0.073 0.002 0.001 0.123 0.178 134 L 0.016 0.009 0.003 0.434 0.064 0.094 0.083 0.003 0.002 0.101 0.191 135 D 0.138 0.014 0.005 0.206 0.041 0.098 0.122 0.006 0.004 0.119 0.247 136 A 0.069 0.008 0.002 0.136 0.034 0.099 0.151 0.008 0.001 0.077 0.414 137 T 0.037 0.003 0.001 0.041 0.020 0.048 0.159 0.001 0.001 0.047 0.642 138 N 0.014 0.001 0.001 0.037 0.053 0.081 0.172 0.002 0.001 0.051 0.587 139 K 0.007 0.003 0.001 0.016 0.013 0.024 0.176 0.002 0.001 0.022 0.736 140 W 0.234 0.011 0.002 0.012 0.023 0.023 0.113 0.013 0.002 0.092 0.474 141 P 0.105 0.049 0.004 0.012 0.004 0.008 0.125 0.008 0.002 0.117 0.566 142 G 0.167 0.029 0.004 0.005 0.007 0.015 0.091 0.007 0.002 0.036 0.638 143 E 0.122 0.022 0.002 0.011 0.023 0.042 0.099 0.008 0.001 0.045 0.625 144 T 0.049 0.026 0.001 0.010 0.038 0.072 0.106 0.004 0.001 0.045 0.649 145 Q 0.065 0.026 0.007 0.031 0.041 0.085 0.119 0.007 0.002 0.051 0.565 146 R 0.052 0.007 0.002 0.018 0.094 0.108 0.100 0.008 0.001 0.029 0.583 147 E 0.104 0.007 0.001 0.016 0.051 0.068 0.083 0.002 0.001 0.032 0.635 148 W 0.008 0.004 0.001 0.026 0.054 0.076 0.122 0.003 0.001 0.019 0.688 149 G 0.043 0.021 0.002 0.017 0.027 0.034 0.112 0.006 0.001 0.023 0.714 150 R 0.121 0.014 0.001 0.016 0.093 0.076 0.125 0.060 0.001 0.068 0.426 151 P 0.053 0.019 0.001 0.040 0.022 0.062 0.118 0.004 0.001 0.034 0.648 152 I 0.046 0.012 0.001 0.078 0.038 0.074 0.103 0.001 0.001 0.039 0.607 153 K 0.006 0.012 0.001 0.075 0.052 0.059 0.162 0.001 0.001 0.045 0.587 154 K 0.010 0.105 0.001 0.018 0.017 0.018 0.109 0.005 0.001 0.049 0.667 155 D 0.100 0.851 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.011 0.023 156 P 0.036 0.819 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.034 0.092 157 D 0.009 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.014 0.041 158 V 0.022 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.013 0.023 159 V 0.008 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.051 0.018 160 A 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.013 161 H 0.002 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.008 0.015 162 I 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.006 163 D 0.007 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.057 0.029 164 A 0.010 0.857 0.020 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.005 0.045 0.049 165 I 0.060 0.796 0.016 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 0.007 0.051 0.040 166 W 0.105 0.312 0.137 0.003 0.001 0.001 0.025 0.018 0.130 0.088 0.180 167 D 0.413 0.169 0.002 0.002 0.001 0.002 0.052 0.011 0.001 0.028 0.318 168 E 0.065 0.096 0.003 0.009 0.002 0.010 0.068 0.006 0.002 0.045 0.695 169 L 0.037 0.035 0.005 0.017 0.004 0.014 0.124 0.001 0.001 0.037 0.724 170 A 0.021 0.039 0.005 0.036 0.021 0.056 0.112 0.003 0.002 0.072 0.633 171 I 0.087 0.030 0.006 0.011 0.009 0.014 0.105 0.007 0.003 0.057 0.671 172 F 0.531 0.022 0.003 0.009 0.005 0.008 0.050 0.010 0.002 0.063 0.297 173 N 0.119 0.009 0.001 0.006 0.002 0.004 0.064 0.001 0.001 0.031 0.762 174 N 0.017 0.013 0.001 0.009 0.004 0.011 0.093 0.003 0.001 0.015 0.833 175 G 0.127 0.107 0.002 0.012 0.015 0.013 0.088 0.010 0.001 0.027 0.598 176 K 0.105 0.097 0.001 0.009 0.051 0.037 0.100 0.022 0.001 0.032 0.546 177 S 0.066 0.202 0.002 0.026 0.051 0.087 0.095 0.007 0.001 0.025 0.438 178 A 0.086 0.182 0.010 0.039 0.058 0.103 0.084 0.006 0.003 0.033 0.396 179 L 0.173 0.143 0.007 0.039 0.097 0.101 0.081 0.013 0.003 0.042 0.302 180 E 0.132 0.088 0.005 0.038 0.062 0.109 0.085 0.009 0.002 0.033 0.438 181 H 0.067 0.048 0.007 0.051 0.046 0.100 0.085 0.007 0.002 0.033 0.553 182 H 0.061 0.019 0.005 0.036 0.098 0.166 0.086 0.008 0.002 0.050 0.469 183 H 0.042 0.006 0.002 0.029 0.066 0.098 0.089 0.003 0.001 0.036 0.628 184 H 0.029 0.005 0.001 0.033 0.099 0.087 0.089 0.002 0.001 0.034 0.621 185 H 0.017 0.004 0.001 0.021 0.038 0.038 0.111 0.002 0.001 0.023 0.744 186 H 0.030 0.004 0.001 0.019 0.040 0.042 0.141 0.012 0.001 0.031 0.679