# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 177.873 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.100 0.073 0.035 0.092 0.070 0.071 0.120 0.111 0.134 0.107 0.088 2 Y 0.081 0.052 0.034 0.084 0.088 0.098 0.152 0.118 0.126 0.098 0.068 3 T 0.083 0.094 0.033 0.076 0.068 0.070 0.110 0.110 0.135 0.118 0.104 4 G 0.095 0.064 0.023 0.082 0.084 0.090 0.129 0.115 0.136 0.107 0.077 5 R 0.109 0.121 0.057 0.160 0.149 0.119 0.109 0.061 0.052 0.035 0.027 6 P 0.052 0.053 0.023 0.080 0.090 0.095 0.142 0.133 0.147 0.106 0.078 7 P 0.127 0.067 0.027 0.088 0.098 0.109 0.145 0.103 0.103 0.074 0.059 8 D 0.193 0.173 0.065 0.186 0.132 0.089 0.077 0.037 0.027 0.015 0.008 9 E 0.053 0.036 0.016 0.045 0.055 0.071 0.132 0.132 0.174 0.155 0.132 10 P 0.094 0.088 0.048 0.147 0.145 0.137 0.127 0.069 0.063 0.044 0.038 11 A 0.021 0.044 0.035 0.097 0.117 0.143 0.208 0.136 0.106 0.063 0.030 12 V 0.029 0.025 0.032 0.079 0.096 0.132 0.202 0.136 0.126 0.088 0.054 13 L 0.014 0.019 0.033 0.041 0.026 0.028 0.087 0.102 0.188 0.206 0.256 14 G 0.011 0.012 0.020 0.036 0.051 0.086 0.175 0.158 0.186 0.162 0.103 15 V 0.021 0.028 0.107 0.137 0.122 0.134 0.181 0.096 0.088 0.056 0.031 16 A 0.030 0.031 0.136 0.068 0.063 0.077 0.153 0.118 0.126 0.107 0.091 17 L 0.007 0.022 0.046 0.066 0.056 0.087 0.187 0.132 0.180 0.139 0.079 18 N 0.011 0.026 0.064 0.059 0.042 0.062 0.164 0.142 0.183 0.151 0.096 19 E 0.081 0.073 0.266 0.161 0.134 0.108 0.091 0.038 0.025 0.015 0.008 20 V 0.028 0.041 0.117 0.083 0.088 0.114 0.210 0.123 0.101 0.061 0.034 21 F 0.003 0.011 0.020 0.024 0.015 0.020 0.076 0.099 0.227 0.273 0.232 22 V 0.004 0.014 0.026 0.046 0.079 0.146 0.240 0.154 0.146 0.094 0.049 23 P 0.223 0.116 0.410 0.127 0.053 0.029 0.023 0.008 0.006 0.003 0.002 24 I 0.009 0.018 0.035 0.082 0.099 0.142 0.282 0.148 0.103 0.057 0.025 25 L 0.004 0.005 0.018 0.015 0.012 0.019 0.067 0.101 0.223 0.275 0.262 26 Q 0.010 0.025 0.127 0.250 0.240 0.172 0.116 0.034 0.017 0.007 0.003 27 K 0.018 0.059 0.456 0.171 0.120 0.084 0.053 0.019 0.011 0.005 0.002 28 Q 0.009 0.020 0.024 0.061 0.086 0.158 0.297 0.148 0.110 0.059 0.028 29 F 0.006 0.007 0.007 0.016 0.020 0.040 0.148 0.163 0.216 0.206 0.171 30 P 0.116 0.171 0.228 0.191 0.119 0.072 0.052 0.022 0.015 0.009 0.005 31 E 0.152 0.152 0.106 0.255 0.161 0.088 0.055 0.016 0.009 0.004 0.002 32 I 0.004 0.004 0.002 0.008 0.009 0.016 0.056 0.107 0.218 0.277 0.298 33 V 0.025 0.062 0.059 0.168 0.179 0.179 0.179 0.076 0.046 0.019 0.008 34 D 0.040 0.087 0.098 0.192 0.166 0.142 0.135 0.066 0.043 0.020 0.010 35 F 0.005 0.004 0.004 0.013 0.016 0.028 0.086 0.138 0.236 0.264 0.207 36 Y 0.021 0.042 0.022 0.115 0.136 0.148 0.205 0.125 0.100 0.053 0.033 37 L 0.009 0.011 0.006 0.016 0.019 0.030 0.081 0.127 0.220 0.240 0.241 38 P 0.020 0.062 0.030 0.129 0.148 0.141 0.171 0.118 0.096 0.055 0.031 39 P 0.126 0.073 0.029 0.121 0.122 0.128 0.151 0.097 0.080 0.049 0.024 40 E 0.130 0.067 0.022 0.109 0.118 0.126 0.164 0.102 0.081 0.052 0.029 41 G 0.048 0.035 0.021 0.064 0.060 0.080 0.136 0.130 0.168 0.148 0.111 42 C 0.033 0.050 0.035 0.090 0.080 0.095 0.162 0.128 0.145 0.110 0.072 43 S 0.011 0.018 0.019 0.051 0.062 0.081 0.149 0.151 0.197 0.154 0.107 44 Y 0.008 0.014 0.025 0.070 0.096 0.129 0.209 0.164 0.154 0.090 0.040 45 R 0.007 0.015 0.025 0.094 0.138 0.172 0.245 0.139 0.099 0.048 0.019 46 L 0.002 0.003 0.009 0.015 0.014 0.022 0.070 0.128 0.227 0.274 0.237 47 A 0.001 0.003 0.008 0.013 0.012 0.019 0.100 0.158 0.265 0.246 0.175 48 V 0.001 0.005 0.013 0.026 0.028 0.043 0.129 0.166 0.227 0.204 0.158 49 V 0.001 0.001 0.005 0.005 0.008 0.016 0.082 0.144 0.263 0.274 0.201 50 T 0.013 0.045 0.053 0.169 0.174 0.169 0.207 0.092 0.054 0.019 0.007 51 I 0.002 0.006 0.004 0.011 0.013 0.023 0.079 0.128 0.250 0.267 0.217 52 K 0.034 0.119 0.083 0.333 0.244 0.118 0.053 0.010 0.004 0.001 0.001 53 K 0.203 0.148 0.081 0.165 0.131 0.099 0.089 0.041 0.025 0.012 0.006 54 Q 0.145 0.125 0.087 0.201 0.155 0.114 0.089 0.037 0.025 0.013 0.008 55 Y 0.020 0.061 0.021 0.064 0.080 0.119 0.212 0.144 0.139 0.092 0.047 56 A 0.195 0.109 0.067 0.159 0.152 0.132 0.102 0.041 0.025 0.013 0.006 57 G 0.579 0.158 0.101 0.082 0.037 0.019 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 58 H 0.025 0.050 0.041 0.125 0.130 0.171 0.216 0.115 0.077 0.035 0.016 59 A 0.008 0.012 0.020 0.032 0.035 0.059 0.146 0.157 0.218 0.184 0.130 60 K 0.017 0.024 0.123 0.130 0.187 0.217 0.180 0.062 0.038 0.016 0.006 61 R 0.006 0.034 0.268 0.254 0.175 0.125 0.085 0.027 0.016 0.007 0.002 62 V 0.001 0.004 0.024 0.020 0.018 0.028 0.114 0.131 0.231 0.235 0.195 63 M 0.002 0.002 0.017 0.013 0.015 0.029 0.127 0.150 0.232 0.242 0.171 64 M 0.004 0.010 0.241 0.114 0.131 0.145 0.173 0.078 0.056 0.031 0.016 65 G 0.001 0.004 0.038 0.039 0.062 0.124 0.272 0.162 0.137 0.099 0.062 66 V 0.001 0.002 0.010 0.008 0.004 0.009 0.060 0.095 0.230 0.318 0.265 67 W 0.002 0.006 0.024 0.018 0.015 0.029 0.108 0.136 0.218 0.239 0.205 68 S 0.009 0.026 0.122 0.077 0.080 0.092 0.147 0.121 0.134 0.103 0.088 69 F 0.006 0.013 0.025 0.033 0.036 0.058 0.170 0.158 0.202 0.176 0.123 70 L 0.029 0.029 0.033 0.081 0.079 0.110 0.201 0.147 0.144 0.097 0.049 71 R 0.076 0.084 0.091 0.129 0.123 0.146 0.156 0.077 0.059 0.036 0.022 72 Q 0.040 0.044 0.056 0.087 0.072 0.089 0.157 0.122 0.140 0.110 0.083 73 F 0.041 0.026 0.024 0.047 0.040 0.056 0.123 0.122 0.174 0.178 0.169 74 M 0.036 0.036 0.042 0.069 0.064 0.087 0.161 0.130 0.152 0.128 0.095 75 Y 0.022 0.040 0.054 0.097 0.091 0.113 0.180 0.122 0.133 0.093 0.054 76 T 0.014 0.017 0.024 0.044 0.042 0.046 0.106 0.136 0.230 0.195 0.146 77 K 0.004 0.010 0.015 0.055 0.093 0.127 0.223 0.189 0.164 0.083 0.037 78 F 0.001 0.004 0.006 0.030 0.060 0.109 0.247 0.219 0.188 0.096 0.040 79 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.049 0.120 0.235 0.285 0.297 80 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.062 0.127 0.230 0.279 0.284 81 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.036 0.101 0.224 0.314 0.313 82 C 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.021 0.074 0.137 0.246 0.262 0.243 83 D 0.003 0.010 0.008 0.071 0.109 0.147 0.217 0.183 0.133 0.078 0.043 84 D 0.093 0.089 0.047 0.216 0.202 0.149 0.115 0.049 0.025 0.011 0.005 85 D 0.039 0.084 0.051 0.226 0.195 0.155 0.131 0.056 0.035 0.017 0.010 86 V 0.006 0.004 0.002 0.010 0.017 0.028 0.074 0.108 0.212 0.259 0.280 87 N 0.107 0.234 0.058 0.209 0.143 0.100 0.080 0.031 0.022 0.010 0.007 88 A 0.021 0.012 0.005 0.021 0.023 0.037 0.093 0.132 0.210 0.214 0.231 89 R 0.136 0.138 0.048 0.191 0.159 0.113 0.104 0.047 0.033 0.018 0.013 90 D 0.019 0.248 0.056 0.203 0.158 0.118 0.094 0.045 0.034 0.016 0.009 91 W 0.007 0.006 0.004 0.029 0.071 0.107 0.159 0.158 0.187 0.154 0.116 92 N 0.216 0.136 0.055 0.179 0.166 0.124 0.085 0.021 0.012 0.004 0.002 93 D 0.002 0.018 0.024 0.168 0.194 0.211 0.241 0.086 0.035 0.015 0.006 94 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.021 0.057 0.186 0.303 0.422 95 I 0.001 0.001 0.014 0.012 0.015 0.035 0.152 0.180 0.236 0.210 0.145 96 W 0.001 0.002 0.064 0.122 0.153 0.168 0.179 0.101 0.102 0.075 0.033 97 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.090 0.157 0.235 0.267 0.232 98 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.046 0.121 0.270 0.305 0.246 99 T 0.001 0.002 0.007 0.007 0.009 0.024 0.090 0.129 0.215 0.249 0.267 100 T 0.002 0.011 0.027 0.080 0.099 0.135 0.237 0.169 0.140 0.071 0.028 101 R 0.009 0.017 0.018 0.046 0.061 0.119 0.259 0.188 0.153 0.087 0.042 102 M 0.004 0.005 0.003 0.010 0.013 0.023 0.070 0.108 0.209 0.270 0.284 103 D 0.014 0.069 0.030 0.160 0.173 0.163 0.178 0.094 0.069 0.033 0.017 104 P 0.024 0.026 0.014 0.045 0.061 0.087 0.151 0.170 0.193 0.141 0.088 105 A 0.246 0.119 0.054 0.188 0.146 0.093 0.074 0.033 0.024 0.013 0.009 106 R 0.033 0.049 0.026 0.124 0.137 0.154 0.192 0.116 0.092 0.053 0.025 107 D 0.006 0.006 0.005 0.019 0.028 0.049 0.118 0.155 0.231 0.212 0.171 108 T 0.006 0.009 0.008 0.020 0.025 0.047 0.124 0.147 0.209 0.209 0.197 109 V 0.002 0.005 0.007 0.021 0.033 0.063 0.158 0.176 0.216 0.193 0.126 110 L 0.003 0.006 0.006 0.024 0.030 0.044 0.118 0.146 0.194 0.194 0.234 111 V 0.002 0.003 0.003 0.011 0.019 0.030 0.084 0.138 0.222 0.248 0.239 112 E 0.064 0.095 0.091 0.246 0.175 0.121 0.099 0.046 0.035 0.018 0.010 113 N 0.140 0.121 0.064 0.198 0.159 0.125 0.101 0.042 0.027 0.014 0.008 114 T 0.013 0.014 0.008 0.032 0.039 0.058 0.133 0.161 0.216 0.187 0.139 115 P 0.128 0.174 0.054 0.167 0.141 0.111 0.102 0.049 0.038 0.022 0.015 116 I 0.016 0.009 0.004 0.014 0.018 0.030 0.081 0.123 0.213 0.238 0.256 117 D 0.035 0.053 0.019 0.082 0.093 0.108 0.175 0.138 0.134 0.091 0.071 118 Y 0.022 0.031 0.020 0.071 0.074 0.091 0.163 0.150 0.166 0.126 0.086 119 L 0.006 0.005 0.004 0.011 0.018 0.031 0.079 0.113 0.201 0.252 0.281 120 D 0.009 0.019 0.015 0.060 0.071 0.089 0.164 0.169 0.180 0.134 0.091 121 F 0.011 0.015 0.010 0.036 0.047 0.073 0.161 0.162 0.195 0.169 0.120 122 A 0.028 0.027 0.018 0.056 0.064 0.081 0.145 0.135 0.157 0.146 0.142 123 S 0.037 0.033 0.016 0.057 0.069 0.081 0.145 0.139 0.160 0.142 0.121 124 P 0.155 0.170 0.075 0.179 0.115 0.084 0.074 0.043 0.042 0.033 0.031 125 V 0.112 0.077 0.046 0.130 0.124 0.118 0.127 0.079 0.075 0.062 0.048 126 S 0.167 0.125 0.047 0.144 0.118 0.101 0.100 0.062 0.057 0.043 0.036 127 G 0.220 0.125 0.060 0.153 0.112 0.086 0.078 0.047 0.046 0.038 0.035 128 L 0.042 0.063 0.038 0.116 0.116 0.118 0.164 0.105 0.102 0.078 0.059 129 G 0.069 0.067 0.032 0.108 0.122 0.118 0.130 0.100 0.104 0.082 0.067 130 S 0.011 0.016 0.009 0.039 0.054 0.069 0.130 0.138 0.189 0.175 0.169 131 K 0.015 0.019 0.016 0.061 0.099 0.127 0.193 0.147 0.137 0.105 0.082 132 M 0.009 0.007 0.005 0.016 0.019 0.027 0.081 0.133 0.221 0.239 0.243 133 G 0.005 0.007 0.006 0.023 0.031 0.048 0.115 0.135 0.194 0.204 0.231 134 L 0.002 0.003 0.004 0.008 0.009 0.016 0.048 0.084 0.192 0.287 0.345 135 D 0.004 0.007 0.009 0.037 0.054 0.077 0.169 0.173 0.187 0.158 0.125 136 A 0.002 0.004 0.005 0.010 0.012 0.023 0.068 0.110 0.196 0.248 0.321 137 T 0.009 0.022 0.016 0.073 0.095 0.119 0.187 0.133 0.141 0.118 0.086 138 N 0.043 0.058 0.031 0.121 0.130 0.135 0.162 0.110 0.102 0.069 0.039 139 K 0.125 0.127 0.074 0.177 0.135 0.109 0.100 0.055 0.046 0.030 0.021 140 W 0.056 0.045 0.026 0.076 0.087 0.094 0.152 0.127 0.136 0.115 0.085 141 P 0.239 0.248 0.047 0.140 0.099 0.078 0.069 0.033 0.026 0.014 0.007 142 G 0.453 0.164 0.052 0.118 0.074 0.049 0.038 0.020 0.016 0.010 0.005 143 E 0.510 0.166 0.065 0.092 0.051 0.032 0.030 0.017 0.017 0.012 0.009 144 T 0.155 0.169 0.074 0.167 0.120 0.103 0.102 0.051 0.036 0.017 0.008 145 Q 0.140 0.130 0.079 0.168 0.140 0.118 0.106 0.053 0.038 0.020 0.009 146 R 0.087 0.110 0.113 0.182 0.164 0.124 0.110 0.050 0.034 0.017 0.008 147 E 0.154 0.143 0.139 0.186 0.136 0.094 0.071 0.031 0.025 0.014 0.007 148 W 0.027 0.028 0.020 0.073 0.094 0.132 0.226 0.152 0.124 0.080 0.044 149 G 0.171 0.092 0.052 0.088 0.091 0.101 0.140 0.098 0.085 0.052 0.031 150 R 0.206 0.208 0.143 0.168 0.099 0.066 0.063 0.023 0.015 0.006 0.002 151 P 0.215 0.167 0.079 0.183 0.130 0.091 0.072 0.030 0.020 0.009 0.004 152 I 0.033 0.019 0.010 0.027 0.035 0.049 0.123 0.133 0.211 0.192 0.168 153 K 0.161 0.148 0.090 0.179 0.140 0.111 0.096 0.037 0.023 0.010 0.006 154 K 0.123 0.140 0.108 0.123 0.110 0.109 0.114 0.059 0.046 0.040 0.029 155 D 0.027 0.347 0.083 0.136 0.105 0.094 0.103 0.050 0.033 0.016 0.008 156 P 0.885 0.048 0.023 0.026 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.676 0.139 0.063 0.079 0.028 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.002 0.003 0.009 0.020 0.034 0.096 0.294 0.234 0.177 0.091 0.041 159 V 0.002 0.006 0.026 0.123 0.239 0.303 0.209 0.059 0.024 0.008 0.002 160 A 0.036 0.050 0.862 0.033 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 161 H 0.001 0.008 0.097 0.167 0.224 0.243 0.183 0.044 0.023 0.009 0.002 162 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.005 0.047 0.099 0.235 0.316 0.290 163 D 0.002 0.009 0.201 0.322 0.287 0.124 0.045 0.007 0.003 0.001 0.001 164 A 0.015 0.049 0.778 0.088 0.039 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 165 I 0.001 0.004 0.023 0.027 0.040 0.096 0.298 0.191 0.172 0.101 0.047 166 W 0.001 0.002 0.008 0.006 0.010 0.032 0.181 0.202 0.244 0.204 0.112 167 D 0.007 0.041 0.545 0.225 0.108 0.045 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 168 E 0.015 0.052 0.334 0.172 0.144 0.131 0.100 0.027 0.016 0.007 0.003 169 L 0.009 0.006 0.010 0.013 0.014 0.030 0.120 0.159 0.250 0.236 0.154 170 A 0.095 0.141 0.104 0.135 0.122 0.119 0.136 0.062 0.046 0.027 0.015 171 I 0.019 0.028 0.052 0.048 0.046 0.060 0.127 0.130 0.193 0.166 0.130 172 F 0.069 0.106 0.088 0.172 0.140 0.126 0.139 0.066 0.050 0.028 0.018 173 N 0.211 0.137 0.074 0.131 0.105 0.093 0.102 0.055 0.047 0.029 0.017 174 N 0.170 0.103 0.049 0.102 0.094 0.104 0.130 0.082 0.077 0.054 0.035 175 G 0.308 0.187 0.062 0.110 0.081 0.069 0.068 0.039 0.035 0.025 0.016 176 K 0.217 0.171 0.078 0.152 0.117 0.091 0.085 0.039 0.029 0.015 0.007 177 S 0.372 0.217 0.102 0.128 0.069 0.041 0.033 0.015 0.012 0.007 0.004 178 A 0.105 0.072 0.054 0.120 0.110 0.117 0.145 0.098 0.091 0.056 0.033 179 L 0.112 0.070 0.060 0.110 0.105 0.119 0.163 0.098 0.087 0.050 0.025 180 E 0.097 0.142 0.246 0.228 0.132 0.073 0.046 0.017 0.011 0.005 0.002 181 H 0.106 0.081 0.104 0.113 0.099 0.112 0.146 0.089 0.079 0.048 0.023 182 H 0.165 0.136 0.102 0.160 0.120 0.102 0.098 0.050 0.037 0.021 0.010 183 H 0.177 0.137 0.126 0.141 0.114 0.098 0.098 0.048 0.035 0.019 0.008 184 H 0.169 0.127 0.128 0.150 0.113 0.092 0.092 0.049 0.043 0.025 0.013 185 H 0.199 0.187 0.096 0.153 0.106 0.081 0.076 0.041 0.033 0.019 0.009 186 H 0.355 0.144 0.052 0.104 0.082 0.074 0.073 0.044 0.038 0.023 0.011