# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 177.873 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.040 0.006 0.004 0.060 0.094 0.124 0.078 0.001 0.001 0.005 0.588 2 Y 0.027 0.004 0.004 0.067 0.096 0.127 0.066 0.001 0.001 0.004 0.605 3 T 0.012 0.002 0.002 0.062 0.084 0.148 0.076 0.001 0.001 0.003 0.610 4 G 0.025 0.003 0.002 0.045 0.070 0.120 0.069 0.001 0.001 0.004 0.663 5 R 0.042 0.004 0.003 0.062 0.044 0.106 0.061 0.001 0.001 0.004 0.674 6 P 0.013 0.001 0.001 0.019 0.012 0.035 0.043 0.001 0.001 0.001 0.873 7 P 0.007 0.001 0.001 0.009 0.003 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.963 8 D 0.021 0.002 0.001 0.017 0.011 0.032 0.101 0.001 0.001 0.002 0.812 9 E 0.101 0.005 0.001 0.010 0.006 0.007 0.058 0.001 0.001 0.002 0.810 10 P 0.021 0.017 0.001 0.006 0.003 0.005 0.048 0.001 0.001 0.001 0.900 11 A 0.065 0.048 0.001 0.010 0.012 0.024 0.467 0.001 0.001 0.012 0.361 12 V 0.180 0.308 0.003 0.013 0.012 0.028 0.229 0.002 0.001 0.006 0.219 13 L 0.043 0.751 0.002 0.016 0.013 0.016 0.013 0.003 0.001 0.001 0.142 14 G 0.064 0.565 0.003 0.005 0.004 0.010 0.024 0.006 0.001 0.003 0.318 15 V 0.164 0.452 0.034 0.004 0.002 0.005 0.023 0.005 0.001 0.002 0.311 16 A 0.048 0.438 0.005 0.011 0.004 0.004 0.025 0.013 0.001 0.001 0.451 17 L 0.055 0.626 0.004 0.010 0.005 0.010 0.046 0.008 0.001 0.003 0.234 18 N 0.024 0.856 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.105 19 E 0.022 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.076 20 V 0.101 0.813 0.002 0.002 0.001 0.003 0.012 0.013 0.001 0.001 0.052 21 F 0.142 0.792 0.017 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.038 22 V 0.011 0.934 0.012 0.004 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.028 23 P 0.002 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.900 24 I 0.131 0.703 0.001 0.002 0.001 0.003 0.013 0.004 0.001 0.001 0.142 25 L 0.054 0.809 0.003 0.003 0.002 0.004 0.011 0.006 0.001 0.001 0.108 26 Q 0.058 0.884 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.046 27 K 0.162 0.729 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.092 28 Q 0.283 0.486 0.010 0.003 0.006 0.004 0.006 0.036 0.001 0.001 0.166 29 F 0.325 0.213 0.128 0.021 0.010 0.015 0.021 0.023 0.001 0.002 0.241 30 P 0.001 0.002 0.010 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.974 31 E 0.025 0.004 0.002 0.122 0.048 0.065 0.126 0.002 0.001 0.001 0.605 32 I 0.317 0.010 0.004 0.052 0.010 0.021 0.036 0.001 0.001 0.006 0.543 33 V 0.039 0.041 0.003 0.384 0.092 0.116 0.085 0.001 0.001 0.003 0.237 34 D 0.046 0.014 0.001 0.116 0.042 0.066 0.113 0.001 0.001 0.003 0.599 35 F 0.107 0.027 0.003 0.219 0.073 0.127 0.061 0.002 0.001 0.006 0.375 36 Y 0.061 0.025 0.007 0.104 0.081 0.154 0.141 0.003 0.001 0.008 0.415 37 L 0.048 0.013 0.012 0.061 0.047 0.099 0.067 0.002 0.001 0.005 0.646 38 P 0.014 0.006 0.002 0.040 0.038 0.086 0.051 0.001 0.001 0.001 0.762 39 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.969 40 E 0.032 0.009 0.001 0.021 0.024 0.071 0.153 0.001 0.001 0.004 0.683 41 G 0.403 0.023 0.001 0.013 0.014 0.015 0.051 0.003 0.001 0.006 0.472 42 C 0.363 0.157 0.006 0.017 0.020 0.024 0.065 0.001 0.001 0.005 0.341 43 S 0.054 0.115 0.007 0.037 0.062 0.113 0.113 0.002 0.001 0.005 0.492 44 Y 0.062 0.137 0.006 0.048 0.097 0.140 0.067 0.002 0.001 0.005 0.437 45 R 0.044 0.147 0.005 0.080 0.130 0.239 0.072 0.005 0.001 0.007 0.272 46 L 0.040 0.081 0.007 0.095 0.212 0.355 0.049 0.005 0.001 0.006 0.148 47 A 0.012 0.055 0.004 0.247 0.307 0.327 0.013 0.002 0.001 0.001 0.033 48 V 0.005 0.061 0.003 0.216 0.232 0.388 0.014 0.002 0.001 0.001 0.079 49 V 0.003 0.033 0.002 0.316 0.249 0.347 0.009 0.001 0.001 0.001 0.038 50 T 0.007 0.045 0.003 0.263 0.173 0.314 0.044 0.002 0.001 0.002 0.146 51 I 0.010 0.043 0.007 0.220 0.143 0.273 0.058 0.002 0.001 0.003 0.242 52 K 0.011 0.044 0.003 0.173 0.108 0.277 0.089 0.002 0.001 0.003 0.290 53 K 0.031 0.051 0.001 0.053 0.031 0.090 0.112 0.005 0.001 0.005 0.621 54 Q 0.174 0.101 0.006 0.030 0.018 0.036 0.120 0.009 0.001 0.009 0.497 55 Y 0.224 0.103 0.011 0.008 0.008 0.009 0.080 0.006 0.001 0.002 0.548 56 A 0.022 0.031 0.005 0.003 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.910 57 G 0.013 0.024 0.001 0.002 0.001 0.002 0.145 0.001 0.001 0.002 0.810 58 H 0.213 0.109 0.003 0.001 0.001 0.001 0.086 0.001 0.001 0.002 0.584 59 A 0.036 0.688 0.001 0.002 0.001 0.002 0.069 0.001 0.001 0.002 0.198 60 K 0.019 0.771 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.171 61 R 0.016 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.101 62 V 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 63 M 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 64 M 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 65 G 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 66 V 0.008 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 67 W 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 68 S 0.017 0.953 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.018 69 F 0.036 0.930 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.020 70 L 0.064 0.797 0.022 0.001 0.001 0.001 0.007 0.024 0.001 0.001 0.083 71 R 0.059 0.631 0.056 0.002 0.003 0.003 0.021 0.027 0.001 0.002 0.196 72 Q 0.125 0.586 0.016 0.003 0.005 0.005 0.015 0.026 0.001 0.002 0.215 73 F 0.199 0.551 0.013 0.008 0.011 0.010 0.015 0.037 0.001 0.003 0.153 74 M 0.137 0.372 0.014 0.021 0.037 0.026 0.037 0.050 0.001 0.004 0.303 75 Y 0.159 0.142 0.024 0.046 0.046 0.057 0.060 0.060 0.001 0.008 0.398 76 T 0.189 0.031 0.030 0.134 0.133 0.116 0.105 0.033 0.001 0.012 0.217 77 K 0.023 0.001 0.035 0.137 0.037 0.033 0.049 0.002 0.001 0.004 0.680 78 F 0.006 0.001 0.018 0.450 0.104 0.122 0.072 0.001 0.001 0.003 0.223 79 V 0.002 0.001 0.002 0.778 0.098 0.076 0.016 0.001 0.001 0.001 0.028 80 I 0.001 0.001 0.001 0.677 0.074 0.080 0.022 0.001 0.001 0.001 0.146 81 V 0.001 0.001 0.001 0.768 0.093 0.113 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 82 C 0.001 0.001 0.001 0.755 0.047 0.089 0.022 0.001 0.001 0.001 0.086 83 D 0.001 0.001 0.001 0.557 0.108 0.138 0.034 0.001 0.001 0.002 0.159 84 D 0.001 0.001 0.001 0.204 0.040 0.086 0.082 0.001 0.001 0.005 0.582 85 D 0.013 0.001 0.001 0.081 0.026 0.057 0.289 0.001 0.001 0.025 0.508 86 V 0.249 0.002 0.002 0.073 0.037 0.043 0.173 0.001 0.001 0.084 0.335 87 N 0.091 0.005 0.002 0.015 0.018 0.018 0.465 0.001 0.001 0.011 0.374 88 A 0.024 0.002 0.005 0.008 0.004 0.007 0.055 0.001 0.001 0.004 0.890 89 R 0.027 0.008 0.002 0.019 0.012 0.027 0.482 0.001 0.001 0.010 0.413 90 D 0.090 0.004 0.001 0.002 0.003 0.005 0.591 0.001 0.001 0.016 0.288 91 W 0.081 0.064 0.006 0.007 0.003 0.006 0.114 0.001 0.001 0.006 0.712 92 N 0.014 0.055 0.001 0.002 0.001 0.002 0.401 0.001 0.001 0.008 0.515 93 D 0.026 0.191 0.001 0.002 0.002 0.003 0.443 0.003 0.001 0.010 0.319 94 V 0.019 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.103 95 I 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 96 W 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 97 A 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 98 I 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 99 T 0.016 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.009 100 T 0.038 0.888 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.015 101 R 0.217 0.534 0.016 0.003 0.003 0.003 0.002 0.127 0.001 0.001 0.094 102 M 0.168 0.233 0.414 0.006 0.006 0.008 0.019 0.034 0.001 0.003 0.111 103 D 0.109 0.101 0.073 0.046 0.072 0.069 0.132 0.043 0.001 0.004 0.353 104 P 0.002 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.981 105 A 0.014 0.005 0.001 0.024 0.021 0.041 0.407 0.002 0.001 0.013 0.473 106 R 0.610 0.008 0.003 0.014 0.008 0.013 0.098 0.003 0.001 0.062 0.179 107 D 0.429 0.067 0.009 0.112 0.047 0.035 0.082 0.005 0.001 0.013 0.200 108 T 0.106 0.014 0.020 0.166 0.118 0.127 0.101 0.002 0.001 0.011 0.335 109 V 0.012 0.004 0.003 0.286 0.281 0.300 0.043 0.001 0.001 0.001 0.069 110 L 0.004 0.004 0.003 0.286 0.180 0.308 0.054 0.001 0.001 0.001 0.159 111 V 0.003 0.002 0.001 0.188 0.300 0.375 0.039 0.001 0.001 0.001 0.091 112 E 0.002 0.001 0.001 0.076 0.042 0.090 0.034 0.001 0.001 0.001 0.754 113 N 0.009 0.001 0.001 0.106 0.071 0.181 0.172 0.001 0.001 0.012 0.448 114 T 0.183 0.001 0.003 0.091 0.036 0.058 0.199 0.001 0.001 0.040 0.388 115 P 0.008 0.001 0.001 0.015 0.006 0.007 0.035 0.001 0.001 0.002 0.925 116 I 0.017 0.001 0.002 0.097 0.049 0.108 0.156 0.001 0.001 0.009 0.560 117 D 0.095 0.003 0.001 0.069 0.068 0.094 0.236 0.001 0.001 0.009 0.426 118 Y 0.019 0.002 0.001 0.018 0.016 0.018 0.026 0.001 0.001 0.002 0.899 119 L 0.027 0.005 0.002 0.064 0.071 0.150 0.305 0.001 0.001 0.010 0.366 120 D 0.123 0.007 0.001 0.049 0.034 0.055 0.383 0.001 0.001 0.020 0.327 121 F 0.036 0.014 0.003 0.032 0.010 0.016 0.049 0.001 0.001 0.005 0.834 122 A 0.056 0.015 0.004 0.032 0.023 0.043 0.346 0.002 0.001 0.025 0.454 123 S 0.329 0.015 0.004 0.016 0.015 0.025 0.265 0.003 0.001 0.021 0.307 124 P 0.020 0.007 0.003 0.006 0.004 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.940 125 V 0.052 0.019 0.004 0.010 0.023 0.053 0.261 0.001 0.001 0.013 0.564 126 S 0.176 0.038 0.002 0.016 0.034 0.054 0.129 0.004 0.001 0.010 0.537 127 G 0.276 0.093 0.001 0.017 0.041 0.032 0.070 0.014 0.001 0.009 0.445 128 L 0.313 0.040 0.016 0.010 0.021 0.027 0.121 0.004 0.001 0.019 0.429 129 G 0.070 0.009 0.010 0.030 0.038 0.044 0.162 0.006 0.001 0.013 0.620 130 S 0.136 0.004 0.044 0.116 0.059 0.066 0.120 0.002 0.001 0.018 0.435 131 K 0.025 0.002 0.011 0.172 0.098 0.108 0.140 0.001 0.001 0.007 0.436 132 M 0.009 0.001 0.003 0.457 0.184 0.211 0.045 0.001 0.001 0.002 0.089 133 G 0.003 0.001 0.001 0.470 0.151 0.238 0.036 0.001 0.001 0.001 0.100 134 L 0.001 0.001 0.001 0.590 0.151 0.172 0.017 0.001 0.001 0.001 0.067 135 D 0.001 0.001 0.001 0.400 0.127 0.228 0.053 0.001 0.001 0.001 0.188 136 A 0.005 0.001 0.001 0.479 0.131 0.187 0.042 0.001 0.001 0.004 0.150 137 T 0.010 0.002 0.001 0.221 0.095 0.187 0.180 0.001 0.001 0.010 0.296 138 N 0.035 0.002 0.002 0.132 0.099 0.145 0.105 0.001 0.001 0.012 0.466 139 K 0.029 0.003 0.003 0.065 0.036 0.075 0.100 0.001 0.001 0.009 0.680 140 W 0.040 0.002 0.003 0.038 0.074 0.135 0.147 0.001 0.001 0.007 0.554 141 P 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.976 142 G 0.014 0.001 0.001 0.016 0.025 0.054 0.097 0.001 0.001 0.003 0.790 143 E 0.186 0.006 0.001 0.013 0.015 0.032 0.106 0.001 0.001 0.012 0.629 144 T 0.152 0.034 0.001 0.024 0.037 0.036 0.113 0.002 0.001 0.004 0.598 145 Q 0.150 0.039 0.003 0.030 0.035 0.050 0.117 0.001 0.001 0.008 0.566 146 R 0.109 0.058 0.004 0.042 0.050 0.064 0.153 0.002 0.001 0.007 0.512 147 E 0.095 0.040 0.006 0.027 0.049 0.088 0.119 0.003 0.001 0.007 0.566 148 W 0.077 0.032 0.007 0.045 0.082 0.168 0.082 0.003 0.001 0.005 0.499 149 G 0.040 0.008 0.004 0.028 0.028 0.065 0.035 0.002 0.001 0.004 0.785 150 R 0.071 0.007 0.008 0.044 0.058 0.125 0.071 0.002 0.001 0.005 0.610 151 P 0.007 0.001 0.001 0.011 0.007 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.961 152 I 0.066 0.005 0.002 0.066 0.027 0.061 0.107 0.001 0.001 0.005 0.660 153 K 0.222 0.010 0.003 0.084 0.023 0.066 0.138 0.003 0.001 0.009 0.444 154 K 0.156 0.013 0.005 0.065 0.013 0.026 0.096 0.002 0.001 0.004 0.619 155 D 0.104 0.005 0.004 0.035 0.007 0.015 0.246 0.001 0.001 0.004 0.578 156 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.987 157 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.505 0.001 0.001 0.001 0.486 158 V 0.221 0.060 0.001 0.007 0.003 0.009 0.351 0.001 0.001 0.021 0.326 159 V 0.079 0.826 0.001 0.006 0.001 0.005 0.021 0.001 0.001 0.002 0.060 160 A 0.040 0.858 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.091 161 H 0.061 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.078 162 I 0.023 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 163 D 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.020 164 A 0.016 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.055 165 I 0.041 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.021 166 W 0.025 0.943 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.015 167 D 0.007 0.952 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.025 168 E 0.042 0.889 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.001 0.001 0.037 169 L 0.158 0.695 0.007 0.002 0.003 0.003 0.005 0.079 0.001 0.001 0.048 170 A 0.314 0.358 0.073 0.005 0.006 0.005 0.019 0.076 0.001 0.003 0.140 171 I 0.072 0.144 0.444 0.018 0.014 0.022 0.026 0.011 0.001 0.002 0.248 172 F 0.015 0.028 0.005 0.038 0.019 0.026 0.027 0.006 0.001 0.001 0.834 173 N 0.108 0.028 0.006 0.031 0.011 0.021 0.071 0.004 0.001 0.004 0.715 174 N 0.139 0.036 0.006 0.027 0.007 0.012 0.081 0.005 0.001 0.004 0.683 175 G 0.210 0.022 0.005 0.029 0.009 0.015 0.192 0.006 0.001 0.015 0.497 176 K 0.179 0.020 0.015 0.021 0.006 0.014 0.125 0.001 0.001 0.011 0.607 177 S 0.023 0.021 0.002 0.016 0.012 0.011 0.102 0.001 0.001 0.002 0.809 178 A 0.072 0.046 0.002 0.013 0.014 0.018 0.146 0.001 0.001 0.007 0.681 179 L 0.092 0.170 0.003 0.024 0.043 0.082 0.219 0.003 0.001 0.010 0.353 180 E 0.086 0.316 0.003 0.023 0.042 0.092 0.145 0.005 0.001 0.009 0.278 181 H 0.156 0.398 0.003 0.014 0.026 0.054 0.048 0.009 0.001 0.006 0.285 182 H 0.204 0.365 0.006 0.012 0.023 0.020 0.029 0.017 0.001 0.004 0.320 183 H 0.159 0.297 0.020 0.017 0.026 0.032 0.070 0.019 0.001 0.007 0.351 184 H 0.102 0.196 0.032 0.032 0.044 0.075 0.092 0.018 0.001 0.007 0.403 185 H 0.128 0.167 0.016 0.038 0.050 0.080 0.095 0.012 0.001 0.006 0.409 186 H 0.105 0.104 0.013 0.029 0.039 0.065 0.069 0.006 0.001 0.005 0.566