# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 177.873 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.020 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.972 2 Y 0.129 0.098 0.006 0.003 0.009 0.011 0.743 3 T 0.213 0.117 0.010 0.002 0.090 0.040 0.527 4 G 0.073 0.026 0.010 0.001 0.207 0.108 0.576 5 R 0.050 0.058 0.002 0.002 0.274 0.028 0.586 6 P 0.010 0.016 0.001 0.001 0.056 0.008 0.908 7 P 0.005 0.013 0.011 0.009 0.245 0.346 0.371 8 D 0.004 0.029 0.016 0.031 0.335 0.265 0.319 9 E 0.010 0.010 0.039 0.140 0.377 0.034 0.391 10 P 0.016 0.009 0.098 0.382 0.073 0.110 0.312 11 A 0.065 0.019 0.189 0.448 0.053 0.133 0.093 12 V 0.082 0.036 0.107 0.590 0.037 0.098 0.051 13 L 0.039 0.010 0.042 0.615 0.019 0.222 0.052 14 G 0.051 0.003 0.042 0.416 0.072 0.219 0.196 15 V 0.060 0.006 0.075 0.604 0.073 0.056 0.126 16 A 0.040 0.011 0.079 0.700 0.026 0.064 0.079 17 L 0.017 0.005 0.108 0.715 0.018 0.096 0.040 18 N 0.023 0.002 0.084 0.707 0.038 0.076 0.070 19 E 0.017 0.002 0.080 0.747 0.036 0.069 0.049 20 V 0.015 0.003 0.045 0.807 0.014 0.091 0.024 21 F 0.009 0.003 0.017 0.905 0.006 0.037 0.023 22 V 0.003 0.001 0.007 0.973 0.004 0.004 0.010 23 P 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.002 24 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 25 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.007 0.001 26 Q 0.002 0.001 0.014 0.957 0.003 0.022 0.001 27 K 0.002 0.001 0.014 0.853 0.003 0.125 0.003 28 Q 0.003 0.002 0.017 0.519 0.032 0.395 0.032 29 F 0.012 0.008 0.009 0.073 0.308 0.061 0.530 30 P 0.022 0.004 0.049 0.058 0.194 0.185 0.489 31 E 0.212 0.015 0.075 0.038 0.167 0.308 0.184 32 I 0.527 0.016 0.032 0.037 0.055 0.033 0.301 33 V 0.777 0.009 0.012 0.028 0.033 0.008 0.133 34 D 0.810 0.005 0.010 0.022 0.024 0.008 0.121 35 F 0.724 0.006 0.009 0.018 0.036 0.031 0.176 36 Y 0.682 0.035 0.006 0.015 0.061 0.034 0.169 37 L 0.360 0.042 0.004 0.008 0.111 0.015 0.460 38 P 0.087 0.010 0.008 0.003 0.083 0.020 0.790 39 P 0.009 0.003 0.436 0.099 0.070 0.334 0.050 40 E 0.006 0.002 0.471 0.056 0.040 0.394 0.030 41 G 0.013 0.005 0.493 0.050 0.088 0.249 0.101 42 C 0.095 0.023 0.140 0.078 0.151 0.201 0.311 43 S 0.249 0.029 0.072 0.040 0.177 0.176 0.256 44 Y 0.434 0.008 0.048 0.031 0.171 0.096 0.213 45 R 0.609 0.006 0.013 0.019 0.149 0.039 0.164 46 L 0.896 0.003 0.004 0.007 0.020 0.006 0.065 47 A 0.950 0.002 0.001 0.010 0.007 0.003 0.028 48 V 0.979 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.009 49 V 0.975 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.012 50 T 0.936 0.003 0.001 0.014 0.006 0.006 0.035 51 I 0.793 0.005 0.003 0.050 0.020 0.017 0.112 52 K 0.560 0.003 0.010 0.049 0.119 0.031 0.228 53 K 0.238 0.010 0.079 0.173 0.136 0.128 0.236 54 Q 0.080 0.018 0.055 0.189 0.234 0.123 0.300 55 Y 0.021 0.006 0.017 0.094 0.251 0.031 0.579 56 A 0.002 0.002 0.035 0.479 0.057 0.364 0.061 57 G 0.001 0.001 0.016 0.666 0.046 0.257 0.012 58 H 0.001 0.002 0.007 0.915 0.024 0.025 0.026 59 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.004 0.005 60 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 65 G 0.001 0.001 0.003 0.971 0.001 0.023 0.001 66 V 0.001 0.001 0.009 0.951 0.002 0.034 0.003 67 W 0.001 0.001 0.024 0.924 0.004 0.043 0.003 68 S 0.002 0.001 0.041 0.801 0.008 0.134 0.013 69 F 0.005 0.002 0.075 0.673 0.026 0.185 0.034 70 L 0.015 0.006 0.111 0.521 0.101 0.165 0.081 71 R 0.020 0.004 0.225 0.265 0.083 0.316 0.088 72 Q 0.032 0.007 0.295 0.185 0.073 0.281 0.126 73 F 0.084 0.029 0.198 0.072 0.122 0.264 0.231 74 M 0.142 0.007 0.128 0.044 0.135 0.374 0.169 75 Y 0.231 0.018 0.076 0.010 0.192 0.231 0.242 76 T 0.306 0.008 0.008 0.001 0.074 0.022 0.581 77 K 0.364 0.002 0.002 0.001 0.338 0.028 0.265 78 F 0.956 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.034 79 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 80 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 81 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 82 C 0.906 0.003 0.001 0.001 0.014 0.003 0.073 83 D 0.410 0.006 0.004 0.001 0.129 0.017 0.434 84 D 0.098 0.013 0.023 0.002 0.398 0.277 0.189 85 D 0.057 0.024 0.042 0.004 0.252 0.275 0.346 86 V 0.053 0.095 0.022 0.007 0.318 0.073 0.432 87 N 0.046 0.034 0.010 0.003 0.066 0.041 0.800 88 A 0.020 0.023 0.087 0.014 0.113 0.557 0.186 89 R 0.018 0.052 0.053 0.025 0.299 0.380 0.173 90 D 0.020 0.036 0.009 0.019 0.355 0.013 0.549 91 W 0.001 0.001 0.039 0.934 0.001 0.023 0.003 92 N 0.001 0.001 0.029 0.951 0.001 0.018 0.001 93 D 0.001 0.001 0.012 0.982 0.001 0.004 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 96 W 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 97 A 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.001 98 I 0.005 0.001 0.004 0.962 0.001 0.026 0.001 99 T 0.009 0.002 0.010 0.876 0.005 0.091 0.006 100 T 0.021 0.001 0.016 0.740 0.022 0.175 0.025 101 R 0.060 0.008 0.015 0.317 0.155 0.194 0.251 102 M 0.044 0.048 0.010 0.106 0.269 0.052 0.472 103 D 0.016 0.008 0.002 0.004 0.123 0.007 0.841 104 P 0.006 0.002 0.121 0.058 0.081 0.682 0.048 105 A 0.012 0.004 0.143 0.039 0.096 0.672 0.036 106 R 0.070 0.009 0.228 0.027 0.230 0.230 0.206 107 D 0.292 0.019 0.028 0.020 0.160 0.037 0.443 108 T 0.797 0.011 0.013 0.017 0.034 0.016 0.112 109 V 0.912 0.008 0.007 0.016 0.014 0.013 0.031 110 L 0.911 0.015 0.002 0.018 0.006 0.008 0.040 111 V 0.815 0.018 0.002 0.008 0.013 0.008 0.136 112 E 0.273 0.006 0.008 0.013 0.065 0.495 0.141 113 N 0.055 0.006 0.010 0.004 0.255 0.530 0.141 114 T 0.090 0.029 0.004 0.002 0.307 0.025 0.542 115 P 0.147 0.064 0.005 0.003 0.104 0.074 0.603 116 I 0.163 0.083 0.022 0.005 0.138 0.070 0.519 117 D 0.158 0.023 0.033 0.008 0.234 0.053 0.490 118 Y 0.117 0.036 0.084 0.032 0.175 0.178 0.378 119 L 0.127 0.092 0.062 0.035 0.154 0.096 0.435 120 D 0.095 0.059 0.049 0.022 0.097 0.076 0.603 121 F 0.031 0.020 0.077 0.027 0.107 0.474 0.264 122 A 0.035 0.037 0.055 0.024 0.236 0.393 0.220 123 S 0.024 0.030 0.013 0.007 0.494 0.039 0.393 124 P 0.020 0.027 0.032 0.016 0.234 0.252 0.419 125 V 0.023 0.033 0.089 0.020 0.189 0.390 0.256 126 S 0.014 0.015 0.121 0.026 0.163 0.527 0.134 127 G 0.019 0.011 0.082 0.024 0.221 0.475 0.168 128 L 0.082 0.052 0.051 0.046 0.249 0.141 0.379 129 G 0.145 0.057 0.030 0.011 0.218 0.139 0.401 130 S 0.247 0.015 0.016 0.005 0.159 0.077 0.482 131 K 0.646 0.005 0.008 0.008 0.158 0.029 0.145 132 M 0.941 0.003 0.003 0.006 0.007 0.003 0.036 133 G 0.969 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.016 134 L 0.963 0.003 0.002 0.015 0.002 0.001 0.015 135 D 0.915 0.002 0.001 0.014 0.005 0.004 0.059 136 A 0.428 0.005 0.017 0.019 0.056 0.075 0.400 137 T 0.195 0.019 0.024 0.024 0.336 0.124 0.279 138 N 0.096 0.019 0.006 0.006 0.482 0.027 0.364 139 K 0.050 0.022 0.007 0.004 0.248 0.071 0.597 140 W 0.019 0.017 0.010 0.006 0.206 0.053 0.689 141 P 0.016 0.009 0.056 0.025 0.191 0.268 0.436 142 G 0.017 0.008 0.101 0.069 0.183 0.414 0.208 143 E 0.045 0.026 0.132 0.117 0.176 0.207 0.298 144 T 0.111 0.038 0.082 0.123 0.135 0.117 0.393 145 Q 0.168 0.038 0.073 0.146 0.122 0.104 0.349 146 R 0.183 0.015 0.079 0.127 0.138 0.094 0.364 147 E 0.201 0.024 0.088 0.113 0.124 0.167 0.283 148 W 0.189 0.022 0.044 0.047 0.140 0.203 0.354 149 G 0.143 0.017 0.025 0.022 0.224 0.131 0.438 150 R 0.163 0.015 0.021 0.030 0.234 0.035 0.501 151 P 0.199 0.030 0.022 0.037 0.050 0.052 0.609 152 I 0.226 0.037 0.037 0.026 0.061 0.050 0.562 153 K 0.199 0.028 0.026 0.029 0.080 0.099 0.539 154 K 0.043 0.017 0.010 0.014 0.222 0.053 0.641 155 D 0.004 0.004 0.001 0.006 0.077 0.003 0.907 156 P 0.001 0.001 0.021 0.866 0.010 0.093 0.010 157 D 0.001 0.001 0.026 0.904 0.004 0.062 0.004 158 V 0.001 0.001 0.010 0.978 0.001 0.007 0.003 159 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.002 160 A 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.013 0.001 161 H 0.001 0.001 0.003 0.965 0.001 0.027 0.004 162 I 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.007 0.004 163 D 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.009 0.002 164 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 165 I 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.012 0.003 166 W 0.001 0.001 0.003 0.988 0.002 0.005 0.002 167 D 0.001 0.001 0.013 0.955 0.003 0.025 0.004 168 E 0.001 0.001 0.017 0.899 0.006 0.074 0.003 169 L 0.002 0.003 0.014 0.587 0.012 0.370 0.013 170 A 0.009 0.007 0.015 0.141 0.056 0.573 0.200 171 I 0.037 0.016 0.047 0.097 0.108 0.077 0.617 172 F 0.070 0.024 0.085 0.147 0.116 0.139 0.419 173 N 0.034 0.009 0.081 0.133 0.172 0.257 0.314 174 N 0.031 0.010 0.048 0.135 0.255 0.224 0.296 175 G 0.028 0.008 0.020 0.082 0.317 0.111 0.434 176 K 0.034 0.008 0.031 0.257 0.167 0.147 0.357 177 S 0.082 0.014 0.048 0.354 0.107 0.113 0.282 178 A 0.161 0.021 0.058 0.420 0.053 0.056 0.231 179 L 0.240 0.018 0.061 0.412 0.037 0.058 0.174 180 E 0.259 0.014 0.075 0.373 0.050 0.092 0.137 181 H 0.209 0.008 0.082 0.279 0.063 0.163 0.196 182 H 0.157 0.008 0.056 0.198 0.108 0.139 0.334 183 H 0.153 0.011 0.071 0.161 0.120 0.123 0.361 184 H 0.142 0.016 0.053 0.129 0.131 0.194 0.334 185 H 0.074 0.017 0.015 0.042 0.025 0.079 0.749 186 H 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.989