# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 177.873 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.086 0.466 0.234 0.070 0.095 0.019 0.005 0.003 0.020 0.002 0.001 2 Y 0.070 0.434 0.297 0.026 0.075 0.041 0.010 0.002 0.041 0.004 0.001 3 T 0.091 0.310 0.400 0.121 0.012 0.039 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 4 G 0.038 0.059 0.200 0.029 0.267 0.009 0.045 0.122 0.008 0.222 0.001 5 R 0.010 0.318 0.576 0.001 0.027 0.009 0.002 0.001 0.053 0.002 0.002 6 P 0.008 0.001 0.944 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 7 P 0.310 0.002 0.570 0.016 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 8 D 0.227 0.097 0.182 0.281 0.057 0.048 0.047 0.034 0.022 0.004 0.001 9 E 0.232 0.202 0.383 0.006 0.063 0.014 0.012 0.002 0.078 0.008 0.001 10 P 0.738 0.003 0.194 0.029 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 11 A 0.637 0.112 0.072 0.080 0.047 0.018 0.009 0.012 0.011 0.002 0.001 12 V 0.687 0.143 0.081 0.046 0.014 0.016 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 13 L 0.794 0.059 0.050 0.058 0.006 0.013 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 14 G 0.832 0.027 0.034 0.024 0.027 0.006 0.010 0.024 0.003 0.011 0.001 15 V 0.878 0.044 0.023 0.029 0.007 0.009 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 16 A 0.914 0.009 0.048 0.018 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.892 0.005 0.006 0.092 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.907 0.014 0.020 0.026 0.007 0.005 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 19 E 0.958 0.006 0.010 0.013 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.969 0.003 0.003 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.913 0.006 0.006 0.066 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.977 0.004 0.006 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 23 P 0.987 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.976 0.004 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.983 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.899 0.007 0.003 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.767 0.017 0.014 0.186 0.002 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 29 F 0.080 0.066 0.087 0.004 0.006 0.019 0.035 0.001 0.702 0.001 0.001 30 P 0.546 0.001 0.349 0.025 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 31 E 0.292 0.132 0.218 0.125 0.075 0.036 0.044 0.056 0.011 0.010 0.001 32 I 0.041 0.227 0.594 0.007 0.005 0.109 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 33 V 0.699 0.069 0.013 0.204 0.003 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 34 D 0.047 0.570 0.095 0.049 0.130 0.034 0.036 0.001 0.037 0.001 0.001 35 F 0.030 0.765 0.075 0.015 0.084 0.010 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 36 Y 0.033 0.550 0.175 0.043 0.049 0.060 0.017 0.001 0.072 0.001 0.001 37 L 0.007 0.447 0.365 0.001 0.028 0.025 0.005 0.001 0.121 0.001 0.001 38 P 0.006 0.002 0.958 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 39 P 0.547 0.003 0.369 0.015 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.003 0.048 40 E 0.524 0.043 0.162 0.151 0.030 0.014 0.030 0.028 0.005 0.011 0.003 41 G 0.359 0.039 0.112 0.133 0.126 0.011 0.054 0.083 0.011 0.072 0.001 42 C 0.439 0.102 0.172 0.153 0.060 0.023 0.019 0.012 0.008 0.010 0.002 43 S 0.459 0.139 0.089 0.145 0.048 0.044 0.023 0.013 0.037 0.003 0.001 44 Y 0.401 0.241 0.133 0.100 0.056 0.020 0.011 0.005 0.029 0.004 0.001 45 R 0.374 0.114 0.221 0.083 0.017 0.095 0.062 0.008 0.022 0.001 0.003 46 L 0.122 0.565 0.148 0.058 0.076 0.012 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 47 A 0.059 0.675 0.151 0.006 0.085 0.011 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 48 V 0.044 0.795 0.111 0.007 0.015 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 49 V 0.074 0.739 0.094 0.010 0.042 0.016 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 50 T 0.051 0.638 0.189 0.008 0.021 0.049 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 51 I 0.106 0.527 0.222 0.017 0.027 0.053 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 52 K 0.335 0.190 0.354 0.025 0.011 0.057 0.006 0.001 0.018 0.002 0.001 53 K 0.361 0.194 0.248 0.037 0.028 0.068 0.029 0.003 0.028 0.003 0.001 54 Q 0.376 0.194 0.173 0.154 0.029 0.035 0.015 0.003 0.018 0.003 0.001 55 Y 0.139 0.260 0.211 0.069 0.089 0.037 0.018 0.003 0.164 0.010 0.001 56 A 0.650 0.011 0.238 0.044 0.004 0.009 0.021 0.006 0.001 0.016 0.002 57 G 0.609 0.002 0.011 0.027 0.005 0.003 0.046 0.270 0.001 0.026 0.001 58 H 0.970 0.002 0.004 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 M 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 G 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.977 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 W 0.941 0.003 0.004 0.047 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.826 0.009 0.011 0.130 0.004 0.006 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 69 F 0.658 0.029 0.046 0.190 0.008 0.027 0.019 0.005 0.016 0.002 0.001 70 L 0.677 0.035 0.110 0.112 0.006 0.024 0.019 0.003 0.009 0.003 0.001 71 R 0.798 0.013 0.038 0.075 0.011 0.010 0.030 0.016 0.002 0.007 0.001 72 Q 0.637 0.027 0.031 0.240 0.013 0.016 0.017 0.009 0.006 0.003 0.001 73 F 0.305 0.123 0.144 0.266 0.024 0.054 0.038 0.014 0.030 0.002 0.001 74 M 0.463 0.129 0.168 0.122 0.039 0.030 0.022 0.006 0.015 0.005 0.001 75 Y 0.230 0.082 0.086 0.359 0.034 0.040 0.095 0.038 0.034 0.003 0.001 76 T 0.061 0.230 0.543 0.037 0.052 0.040 0.012 0.003 0.020 0.001 0.001 77 K 0.391 0.176 0.212 0.147 0.021 0.031 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 78 F 0.020 0.696 0.155 0.018 0.070 0.015 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 79 V 0.008 0.843 0.092 0.002 0.012 0.016 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 80 I 0.007 0.693 0.209 0.001 0.003 0.051 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 81 V 0.011 0.479 0.308 0.003 0.004 0.146 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 82 C 0.050 0.492 0.202 0.037 0.030 0.122 0.004 0.001 0.061 0.001 0.001 83 D 0.187 0.105 0.175 0.173 0.218 0.068 0.027 0.003 0.028 0.010 0.006 84 D 0.762 0.011 0.023 0.180 0.009 0.004 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 85 D 0.146 0.076 0.063 0.588 0.022 0.027 0.032 0.010 0.031 0.001 0.003 86 V 0.042 0.511 0.271 0.030 0.038 0.045 0.014 0.002 0.045 0.001 0.001 87 N 0.009 0.085 0.425 0.008 0.018 0.326 0.026 0.001 0.097 0.002 0.002 88 A 0.762 0.018 0.038 0.153 0.004 0.012 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 89 R 0.678 0.027 0.050 0.218 0.008 0.010 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 90 D 0.082 0.059 0.271 0.103 0.036 0.192 0.020 0.002 0.225 0.009 0.001 91 W 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 D 0.955 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.990 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.992 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 W 0.990 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.985 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.980 0.005 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 T 0.908 0.011 0.008 0.065 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 T 0.609 0.040 0.026 0.306 0.006 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 101 R 0.325 0.063 0.064 0.280 0.014 0.052 0.155 0.017 0.027 0.002 0.001 102 M 0.106 0.426 0.229 0.083 0.049 0.061 0.012 0.002 0.031 0.003 0.001 103 D 0.012 0.150 0.324 0.003 0.042 0.158 0.012 0.001 0.297 0.002 0.001 104 P 0.856 0.004 0.075 0.037 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 105 A 0.842 0.008 0.030 0.100 0.003 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 106 R 0.480 0.101 0.059 0.279 0.029 0.012 0.019 0.005 0.014 0.001 0.001 107 D 0.228 0.167 0.229 0.145 0.042 0.068 0.085 0.005 0.028 0.001 0.002 108 T 0.089 0.649 0.129 0.040 0.065 0.012 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 109 V 0.038 0.792 0.090 0.009 0.040 0.014 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 110 L 0.030 0.680 0.213 0.007 0.013 0.030 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 111 V 0.030 0.591 0.174 0.010 0.020 0.054 0.003 0.001 0.117 0.001 0.001 112 E 0.149 0.058 0.706 0.028 0.007 0.026 0.007 0.001 0.004 0.012 0.001 113 N 0.057 0.029 0.038 0.205 0.031 0.043 0.464 0.093 0.035 0.004 0.001 114 T 0.016 0.384 0.444 0.003 0.046 0.016 0.009 0.001 0.080 0.001 0.001 115 P 0.175 0.014 0.648 0.036 0.001 0.081 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 116 I 0.151 0.308 0.221 0.142 0.077 0.047 0.016 0.011 0.022 0.004 0.001 117 D 0.072 0.257 0.362 0.036 0.085 0.088 0.025 0.004 0.068 0.003 0.001 118 Y 0.399 0.109 0.135 0.237 0.017 0.052 0.018 0.004 0.025 0.001 0.001 119 L 0.263 0.157 0.276 0.178 0.024 0.060 0.013 0.006 0.021 0.002 0.001 120 D 0.149 0.182 0.247 0.071 0.059 0.168 0.036 0.007 0.076 0.005 0.001 121 F 0.492 0.074 0.115 0.232 0.011 0.031 0.024 0.009 0.012 0.001 0.001 122 A 0.291 0.094 0.169 0.309 0.044 0.020 0.021 0.026 0.015 0.010 0.001 123 S 0.048 0.266 0.366 0.004 0.043 0.036 0.035 0.001 0.196 0.003 0.001 124 P 0.195 0.004 0.653 0.018 0.001 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 125 V 0.434 0.148 0.237 0.082 0.023 0.024 0.009 0.008 0.028 0.004 0.002 126 S 0.229 0.025 0.460 0.184 0.006 0.020 0.043 0.006 0.008 0.017 0.002 127 G 0.032 0.004 0.024 0.038 0.025 0.008 0.287 0.543 0.004 0.035 0.001 128 L 0.203 0.153 0.274 0.308 0.019 0.022 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 129 G 0.063 0.062 0.138 0.064 0.140 0.010 0.055 0.219 0.010 0.239 0.001 130 S 0.107 0.209 0.447 0.061 0.113 0.025 0.009 0.009 0.010 0.009 0.001 131 K 0.152 0.327 0.293 0.111 0.043 0.033 0.012 0.003 0.023 0.001 0.001 132 M 0.026 0.684 0.132 0.011 0.126 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 133 G 0.022 0.722 0.091 0.006 0.123 0.015 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 134 L 0.032 0.738 0.113 0.004 0.039 0.036 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 135 D 0.061 0.335 0.286 0.026 0.025 0.163 0.016 0.001 0.084 0.001 0.002 136 A 0.194 0.147 0.373 0.077 0.104 0.056 0.016 0.006 0.018 0.005 0.004 137 T 0.206 0.165 0.106 0.443 0.038 0.017 0.006 0.004 0.012 0.002 0.001 138 N 0.040 0.319 0.296 0.043 0.067 0.054 0.119 0.003 0.057 0.003 0.001 139 K 0.078 0.168 0.559 0.037 0.010 0.093 0.019 0.002 0.031 0.001 0.002 140 W 0.031 0.234 0.551 0.003 0.016 0.029 0.008 0.001 0.125 0.002 0.001 141 P 0.122 0.004 0.776 0.015 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 142 G 0.140 0.030 0.101 0.054 0.070 0.009 0.046 0.448 0.006 0.095 0.001 143 E 0.291 0.162 0.318 0.115 0.047 0.027 0.012 0.004 0.016 0.006 0.001 144 T 0.186 0.226 0.284 0.142 0.080 0.030 0.016 0.008 0.017 0.010 0.001 145 Q 0.244 0.232 0.203 0.154 0.056 0.043 0.028 0.006 0.030 0.003 0.001 146 R 0.208 0.244 0.333 0.058 0.061 0.034 0.018 0.005 0.034 0.005 0.001 147 E 0.346 0.171 0.301 0.074 0.018 0.053 0.006 0.002 0.025 0.002 0.002 148 W 0.207 0.210 0.281 0.192 0.042 0.023 0.016 0.003 0.022 0.004 0.001 149 G 0.126 0.045 0.212 0.049 0.123 0.010 0.062 0.169 0.009 0.194 0.002 150 R 0.062 0.311 0.499 0.003 0.027 0.019 0.007 0.001 0.068 0.001 0.001 151 P 0.116 0.007 0.775 0.007 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 152 I 0.222 0.296 0.272 0.080 0.034 0.060 0.008 0.004 0.023 0.001 0.001 153 K 0.174 0.367 0.238 0.048 0.075 0.042 0.013 0.003 0.032 0.005 0.001 154 K 0.058 0.183 0.528 0.116 0.027 0.067 0.006 0.001 0.010 0.002 0.001 155 D 0.007 0.084 0.691 0.002 0.025 0.073 0.001 0.001 0.117 0.001 0.001 156 P 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.947 0.001 0.001 0.046 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 158 V 0.924 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 V 0.987 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 160 A 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 H 0.935 0.002 0.002 0.055 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 I 0.972 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 D 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 I 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 W 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 D 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 E 0.975 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 L 0.514 0.005 0.007 0.471 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 A 0.240 0.007 0.027 0.036 0.010 0.015 0.512 0.120 0.014 0.020 0.001 171 I 0.347 0.200 0.258 0.108 0.016 0.047 0.004 0.001 0.018 0.002 0.001 172 F 0.463 0.070 0.271 0.092 0.030 0.029 0.013 0.006 0.009 0.017 0.001 173 N 0.366 0.044 0.082 0.177 0.019 0.073 0.181 0.015 0.037 0.004 0.001 174 N 0.272 0.057 0.093 0.496 0.014 0.020 0.027 0.003 0.016 0.001 0.001 175 G 0.123 0.040 0.182 0.041 0.101 0.008 0.059 0.207 0.009 0.230 0.001 176 K 0.334 0.093 0.431 0.065 0.025 0.020 0.011 0.003 0.009 0.006 0.002 177 S 0.396 0.107 0.323 0.065 0.036 0.027 0.016 0.011 0.010 0.007 0.001 178 A 0.637 0.148 0.107 0.041 0.038 0.010 0.003 0.003 0.009 0.003 0.001 179 L 0.590 0.162 0.144 0.046 0.013 0.028 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 180 E 0.533 0.201 0.109 0.067 0.020 0.030 0.010 0.002 0.025 0.002 0.001 181 H 0.380 0.127 0.132 0.213 0.033 0.038 0.031 0.003 0.040 0.001 0.001 182 H 0.297 0.128 0.176 0.161 0.038 0.049 0.100 0.009 0.036 0.003 0.002 183 H 0.298 0.217 0.253 0.102 0.033 0.047 0.018 0.002 0.026 0.002 0.001 184 H 0.252 0.232 0.290 0.110 0.021 0.057 0.010 0.002 0.022 0.002 0.001 185 H 0.195 0.351 0.170 0.140 0.053 0.035 0.012 0.005 0.034 0.004 0.001 186 H 0.141 0.278 0.228 0.082 0.115 0.042 0.043 0.012 0.041 0.017 0.001