# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 177.873 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.145 0.196 0.063 0.015 0.345 0.013 0.060 0.062 0.034 0.032 0.035 2 Y 0.158 0.177 0.089 0.029 0.209 0.028 0.042 0.083 0.057 0.066 0.064 3 T 0.052 0.127 0.075 0.062 0.108 0.056 0.136 0.111 0.103 0.135 0.035 4 G 0.033 0.058 0.170 0.270 0.040 0.065 0.027 0.045 0.051 0.193 0.047 5 R 0.017 0.375 0.430 0.026 0.086 0.005 0.015 0.025 0.009 0.007 0.004 6 P 0.039 0.458 0.254 0.017 0.143 0.011 0.018 0.030 0.010 0.008 0.011 7 P 0.055 0.176 0.083 0.023 0.131 0.026 0.064 0.201 0.150 0.060 0.030 8 D 0.055 0.135 0.174 0.025 0.087 0.016 0.028 0.130 0.115 0.188 0.047 9 E 0.028 0.265 0.164 0.019 0.095 0.008 0.019 0.269 0.100 0.022 0.012 10 P 0.075 0.098 0.024 0.009 0.133 0.020 0.043 0.365 0.138 0.062 0.033 11 A 0.098 0.105 0.025 0.005 0.191 0.008 0.022 0.408 0.088 0.032 0.018 12 V 0.107 0.045 0.016 0.008 0.117 0.016 0.030 0.500 0.058 0.064 0.039 13 L 0.042 0.127 0.034 0.037 0.088 0.022 0.044 0.434 0.083 0.062 0.027 14 G 0.049 0.037 0.033 0.058 0.053 0.026 0.020 0.353 0.118 0.209 0.044 15 V 0.016 0.154 0.083 0.010 0.059 0.012 0.047 0.511 0.091 0.013 0.004 16 A 0.103 0.062 0.019 0.005 0.087 0.007 0.056 0.523 0.064 0.029 0.046 17 L 0.021 0.077 0.032 0.035 0.051 0.048 0.076 0.356 0.196 0.097 0.011 18 N 0.050 0.093 0.045 0.013 0.063 0.008 0.012 0.443 0.155 0.089 0.028 19 E 0.009 0.027 0.013 0.003 0.020 0.013 0.046 0.657 0.190 0.016 0.008 20 V 0.010 0.021 0.007 0.002 0.028 0.001 0.038 0.706 0.157 0.023 0.007 21 F 0.009 0.019 0.005 0.002 0.012 0.002 0.005 0.406 0.363 0.171 0.005 22 V 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.889 0.095 0.001 0.001 23 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.951 0.029 0.001 0.001 24 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.929 0.039 0.009 0.001 25 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.836 0.132 0.022 0.001 26 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.710 0.225 0.008 0.001 27 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.115 0.754 0.093 0.026 0.002 28 Q 0.007 0.009 0.013 0.008 0.010 0.027 0.198 0.290 0.259 0.170 0.010 29 F 0.146 0.168 0.029 0.008 0.136 0.004 0.019 0.197 0.157 0.057 0.079 30 P 0.018 0.094 0.030 0.010 0.059 0.022 0.040 0.290 0.375 0.054 0.008 31 E 0.034 0.138 0.024 0.003 0.119 0.004 0.028 0.172 0.237 0.231 0.012 32 I 0.667 0.007 0.001 0.001 0.108 0.002 0.003 0.007 0.010 0.020 0.175 33 V 0.004 0.026 0.009 0.113 0.030 0.330 0.286 0.123 0.061 0.015 0.003 34 D 0.401 0.047 0.005 0.001 0.449 0.001 0.002 0.008 0.007 0.034 0.044 35 F 0.280 0.066 0.004 0.002 0.589 0.002 0.002 0.007 0.004 0.007 0.037 36 Y 0.291 0.061 0.020 0.004 0.462 0.002 0.005 0.007 0.007 0.035 0.106 37 L 0.037 0.448 0.325 0.018 0.145 0.002 0.004 0.003 0.002 0.006 0.010 38 P 0.005 0.507 0.408 0.026 0.040 0.003 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 39 P 0.040 0.100 0.045 0.018 0.067 0.047 0.093 0.281 0.264 0.024 0.020 40 E 0.014 0.026 0.029 0.028 0.022 0.062 0.156 0.282 0.274 0.087 0.021 41 G 0.029 0.030 0.021 0.026 0.028 0.021 0.032 0.085 0.143 0.540 0.044 42 C 0.089 0.062 0.028 0.022 0.102 0.022 0.069 0.154 0.189 0.210 0.054 43 S 0.093 0.091 0.061 0.031 0.110 0.032 0.044 0.099 0.164 0.211 0.065 44 Y 0.051 0.260 0.082 0.037 0.220 0.037 0.045 0.125 0.072 0.052 0.019 45 R 0.356 0.041 0.008 0.010 0.252 0.014 0.047 0.074 0.032 0.067 0.100 46 L 0.226 0.106 0.014 0.018 0.560 0.012 0.012 0.014 0.006 0.009 0.022 47 A 0.160 0.091 0.004 0.001 0.727 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.007 48 V 0.451 0.021 0.001 0.001 0.465 0.002 0.002 0.006 0.001 0.003 0.047 49 V 0.164 0.142 0.015 0.007 0.598 0.009 0.009 0.017 0.002 0.007 0.030 50 T 0.390 0.070 0.007 0.001 0.428 0.001 0.002 0.007 0.002 0.015 0.078 51 I 0.223 0.183 0.042 0.012 0.340 0.008 0.009 0.053 0.027 0.042 0.060 52 K 0.103 0.228 0.056 0.022 0.252 0.028 0.041 0.109 0.068 0.052 0.042 53 K 0.127 0.167 0.063 0.013 0.215 0.015 0.044 0.155 0.096 0.053 0.051 54 Q 0.056 0.074 0.050 0.047 0.076 0.069 0.183 0.230 0.096 0.080 0.039 55 Y 0.068 0.280 0.228 0.051 0.126 0.015 0.013 0.106 0.030 0.046 0.039 56 A 0.011 0.060 0.029 0.032 0.028 0.081 0.079 0.548 0.106 0.019 0.006 57 G 0.005 0.025 0.036 0.055 0.010 0.037 0.029 0.607 0.074 0.107 0.014 58 H 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.886 0.061 0.028 0.003 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.055 0.002 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.032 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.022 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.001 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.048 0.001 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.041 0.001 0.001 65 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.945 0.044 0.002 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.881 0.087 0.009 0.001 67 W 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.021 0.776 0.170 0.016 0.002 68 S 0.004 0.013 0.007 0.003 0.005 0.008 0.082 0.688 0.158 0.028 0.004 69 F 0.010 0.014 0.007 0.005 0.012 0.009 0.065 0.551 0.156 0.158 0.012 70 L 0.027 0.099 0.027 0.011 0.065 0.009 0.027 0.438 0.241 0.041 0.015 71 R 0.015 0.030 0.021 0.017 0.019 0.030 0.071 0.460 0.262 0.060 0.015 72 Q 0.022 0.025 0.009 0.009 0.034 0.015 0.116 0.417 0.211 0.128 0.015 73 F 0.083 0.092 0.028 0.014 0.114 0.016 0.041 0.190 0.215 0.152 0.052 74 M 0.093 0.105 0.043 0.017 0.166 0.027 0.091 0.154 0.154 0.108 0.043 75 Y 0.158 0.079 0.031 0.008 0.162 0.013 0.034 0.058 0.092 0.277 0.088 76 T 0.192 0.213 0.077 0.010 0.432 0.005 0.005 0.004 0.005 0.021 0.037 77 K 0.170 0.054 0.008 0.056 0.221 0.121 0.237 0.050 0.019 0.021 0.041 78 F 0.234 0.051 0.005 0.001 0.700 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 79 V 0.129 0.035 0.001 0.001 0.830 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 80 I 0.224 0.025 0.001 0.001 0.718 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 81 V 0.389 0.029 0.003 0.001 0.444 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.125 82 C 0.127 0.268 0.058 0.018 0.284 0.008 0.012 0.009 0.012 0.111 0.093 83 D 0.049 0.293 0.344 0.043 0.201 0.007 0.009 0.016 0.018 0.009 0.012 84 D 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.025 0.128 0.386 0.419 0.030 0.002 85 D 0.032 0.211 0.074 0.006 0.152 0.006 0.067 0.100 0.105 0.222 0.024 86 V 0.099 0.321 0.074 0.010 0.239 0.010 0.017 0.020 0.035 0.090 0.084 87 N 0.298 0.070 0.040 0.002 0.369 0.001 0.004 0.008 0.008 0.024 0.173 88 A 0.042 0.034 0.005 0.002 0.045 0.005 0.012 0.202 0.492 0.130 0.031 89 R 0.010 0.019 0.018 0.026 0.020 0.070 0.132 0.141 0.166 0.377 0.022 90 D 0.192 0.261 0.071 0.002 0.344 0.001 0.002 0.023 0.011 0.051 0.043 91 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.623 0.368 0.004 0.001 92 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.839 0.146 0.004 0.001 93 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.851 0.097 0.047 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.044 0.002 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.053 0.001 0.001 96 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.035 0.001 0.001 98 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.902 0.080 0.005 0.001 99 T 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.003 0.038 0.768 0.138 0.039 0.001 100 T 0.008 0.199 0.051 0.012 0.052 0.029 0.127 0.308 0.113 0.095 0.007 101 R 0.116 0.026 0.007 0.003 0.056 0.005 0.042 0.125 0.069 0.367 0.183 102 M 0.068 0.213 0.091 0.028 0.172 0.047 0.114 0.046 0.060 0.108 0.054 103 D 0.279 0.095 0.024 0.001 0.540 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.046 104 P 0.008 0.028 0.008 0.002 0.015 0.002 0.007 0.261 0.629 0.037 0.004 105 A 0.007 0.014 0.006 0.003 0.013 0.017 0.143 0.366 0.335 0.091 0.005 106 R 0.038 0.108 0.021 0.008 0.094 0.014 0.042 0.202 0.186 0.256 0.029 107 D 0.222 0.060 0.012 0.003 0.286 0.005 0.019 0.078 0.065 0.142 0.109 108 T 0.227 0.130 0.023 0.005 0.392 0.006 0.010 0.053 0.058 0.040 0.057 109 V 0.159 0.193 0.026 0.002 0.564 0.002 0.005 0.018 0.008 0.008 0.016 110 L 0.356 0.094 0.015 0.004 0.374 0.004 0.009 0.024 0.011 0.027 0.082 111 V 0.103 0.297 0.188 0.035 0.303 0.008 0.006 0.018 0.009 0.012 0.022 112 E 0.014 0.037 0.017 0.060 0.030 0.173 0.379 0.205 0.062 0.016 0.007 113 N 0.072 0.043 0.055 0.039 0.064 0.014 0.032 0.037 0.080 0.422 0.143 114 T 0.052 0.369 0.218 0.034 0.220 0.010 0.018 0.023 0.019 0.020 0.017 115 P 0.115 0.272 0.069 0.012 0.246 0.016 0.044 0.081 0.063 0.040 0.043 116 I 0.107 0.102 0.042 0.023 0.147 0.035 0.065 0.059 0.138 0.181 0.101 117 D 0.148 0.150 0.089 0.024 0.285 0.017 0.035 0.057 0.062 0.072 0.062 118 Y 0.056 0.127 0.051 0.010 0.103 0.008 0.025 0.247 0.202 0.143 0.028 119 L 0.056 0.140 0.077 0.021 0.104 0.032 0.088 0.141 0.150 0.152 0.038 120 D 0.240 0.107 0.046 0.010 0.341 0.008 0.020 0.062 0.042 0.037 0.088 121 F 0.024 0.041 0.017 0.005 0.045 0.008 0.028 0.362 0.336 0.114 0.019 122 A 0.051 0.066 0.037 0.011 0.076 0.020 0.075 0.150 0.161 0.312 0.042 123 S 0.086 0.298 0.132 0.013 0.321 0.004 0.013 0.054 0.027 0.028 0.024 124 P 0.039 0.177 0.160 0.026 0.085 0.019 0.042 0.230 0.140 0.050 0.031 125 V 0.072 0.129 0.082 0.027 0.125 0.027 0.044 0.165 0.143 0.131 0.056 126 S 0.025 0.137 0.081 0.100 0.059 0.139 0.233 0.128 0.057 0.028 0.012 127 G 0.029 0.020 0.053 0.124 0.016 0.040 0.021 0.035 0.049 0.469 0.143 128 L 0.080 0.091 0.041 0.063 0.097 0.104 0.254 0.069 0.065 0.085 0.051 129 G 0.072 0.067 0.084 0.124 0.061 0.045 0.016 0.030 0.061 0.293 0.147 130 S 0.068 0.302 0.100 0.036 0.230 0.030 0.031 0.065 0.058 0.059 0.022 131 K 0.250 0.098 0.029 0.017 0.246 0.014 0.026 0.061 0.047 0.121 0.090 132 M 0.263 0.118 0.033 0.021 0.443 0.010 0.009 0.019 0.011 0.020 0.053 133 G 0.145 0.204 0.039 0.008 0.553 0.005 0.006 0.015 0.004 0.009 0.013 134 L 0.359 0.074 0.011 0.004 0.444 0.005 0.006 0.011 0.003 0.010 0.074 135 D 0.346 0.057 0.012 0.004 0.409 0.005 0.010 0.011 0.004 0.027 0.116 136 A 0.233 0.114 0.032 0.006 0.298 0.004 0.010 0.039 0.046 0.120 0.097 137 T 0.074 0.204 0.090 0.034 0.183 0.032 0.072 0.086 0.094 0.101 0.030 138 N 0.079 0.182 0.170 0.076 0.158 0.035 0.045 0.070 0.062 0.078 0.045 139 K 0.066 0.182 0.152 0.059 0.124 0.038 0.076 0.096 0.077 0.092 0.037 140 W 0.068 0.275 0.254 0.052 0.150 0.029 0.041 0.056 0.024 0.022 0.030 141 P 0.032 0.193 0.154 0.077 0.069 0.067 0.115 0.137 0.079 0.056 0.021 142 G 0.029 0.067 0.084 0.144 0.043 0.075 0.039 0.146 0.127 0.202 0.044 143 E 0.121 0.109 0.034 0.015 0.178 0.031 0.057 0.167 0.116 0.112 0.059 144 T 0.072 0.139 0.061 0.026 0.151 0.020 0.040 0.187 0.110 0.142 0.052 145 Q 0.138 0.095 0.037 0.019 0.181 0.019 0.033 0.148 0.106 0.149 0.075 146 R 0.102 0.193 0.086 0.019 0.203 0.015 0.042 0.171 0.081 0.054 0.033 147 E 0.125 0.113 0.076 0.023 0.135 0.037 0.099 0.203 0.072 0.069 0.050 148 W 0.036 0.257 0.220 0.096 0.103 0.032 0.060 0.080 0.039 0.058 0.019 149 G 0.040 0.093 0.184 0.210 0.043 0.067 0.025 0.046 0.050 0.184 0.058 150 R 0.017 0.422 0.354 0.015 0.113 0.005 0.009 0.036 0.017 0.006 0.004 151 P 0.095 0.294 0.110 0.007 0.236 0.007 0.027 0.108 0.056 0.030 0.028 152 I 0.141 0.128 0.046 0.014 0.238 0.024 0.046 0.101 0.105 0.088 0.070 153 K 0.097 0.252 0.089 0.008 0.247 0.008 0.030 0.119 0.053 0.066 0.032 154 K 0.070 0.205 0.141 0.040 0.142 0.049 0.052 0.035 0.028 0.167 0.072 155 D 0.207 0.153 0.040 0.001 0.561 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.028 156 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.647 0.327 0.011 0.001 157 D 0.004 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.010 0.847 0.071 0.050 0.004 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.067 0.028 0.001 159 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.036 0.002 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.019 0.001 0.001 161 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.013 0.001 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.051 0.014 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.056 0.002 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.955 0.029 0.004 0.001 165 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.925 0.048 0.011 0.001 166 W 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.860 0.104 0.017 0.002 167 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.022 0.837 0.123 0.005 0.001 168 E 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.008 0.095 0.791 0.070 0.023 0.001 169 L 0.030 0.342 0.105 0.013 0.131 0.007 0.020 0.178 0.066 0.089 0.019 170 A 0.075 0.037 0.021 0.014 0.040 0.015 0.024 0.362 0.130 0.179 0.104 171 I 0.042 0.104 0.043 0.015 0.090 0.014 0.033 0.423 0.134 0.081 0.023 172 F 0.023 0.081 0.074 0.043 0.051 0.052 0.106 0.393 0.121 0.039 0.017 173 N 0.064 0.063 0.040 0.024 0.068 0.039 0.136 0.290 0.103 0.118 0.054 174 N 0.050 0.191 0.105 0.048 0.114 0.030 0.058 0.091 0.064 0.197 0.053 175 G 0.054 0.104 0.121 0.083 0.072 0.030 0.021 0.105 0.072 0.264 0.076 176 K 0.036 0.187 0.075 0.024 0.109 0.021 0.039 0.322 0.115 0.054 0.019 177 S 0.075 0.092 0.040 0.007 0.123 0.006 0.021 0.365 0.135 0.094 0.042 178 A 0.027 0.087 0.042 0.010 0.068 0.010 0.022 0.592 0.103 0.030 0.008 179 L 0.065 0.089 0.023 0.005 0.105 0.007 0.020 0.548 0.082 0.035 0.021 180 E 0.051 0.048 0.015 0.010 0.075 0.025 0.068 0.549 0.091 0.045 0.022 181 H 0.072 0.160 0.062 0.018 0.166 0.014 0.036 0.307 0.069 0.070 0.028 182 H 0.082 0.060 0.022 0.012 0.090 0.014 0.032 0.337 0.141 0.157 0.053 183 H 0.080 0.125 0.028 0.015 0.128 0.018 0.051 0.312 0.125 0.085 0.032 184 H 0.131 0.094 0.024 0.011 0.188 0.018 0.067 0.237 0.103 0.075 0.052 185 H 0.102 0.117 0.052 0.027 0.175 0.039 0.099 0.195 0.084 0.070 0.040 186 H 0.124 0.214 0.088 0.023 0.212 0.013 0.023 0.132 0.061 0.066 0.045