# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 177.873 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.555 0.208 0.113 0.069 0.037 0.015 0.003 2 Y 0.432 0.157 0.125 0.120 0.094 0.058 0.015 3 T 0.379 0.209 0.151 0.118 0.075 0.050 0.018 4 G 0.271 0.130 0.117 0.152 0.145 0.127 0.057 5 R 0.214 0.216 0.191 0.176 0.110 0.067 0.026 6 P 0.222 0.181 0.173 0.176 0.127 0.089 0.032 7 P 0.269 0.223 0.171 0.150 0.097 0.065 0.024 8 D 0.236 0.233 0.181 0.155 0.098 0.068 0.030 9 E 0.077 0.100 0.117 0.180 0.215 0.228 0.084 10 P 0.100 0.132 0.142 0.183 0.193 0.186 0.065 11 A 0.093 0.115 0.136 0.182 0.185 0.199 0.090 12 V 0.055 0.075 0.104 0.161 0.200 0.267 0.138 13 L 0.037 0.034 0.042 0.078 0.156 0.358 0.296 14 G 0.080 0.094 0.105 0.139 0.180 0.253 0.149 15 V 0.155 0.130 0.143 0.177 0.173 0.153 0.068 16 A 0.129 0.110 0.104 0.142 0.177 0.243 0.095 17 L 0.091 0.087 0.110 0.164 0.202 0.255 0.091 18 N 0.104 0.128 0.124 0.155 0.182 0.208 0.098 19 E 0.151 0.181 0.217 0.218 0.138 0.073 0.022 20 V 0.092 0.089 0.141 0.219 0.234 0.180 0.045 21 F 0.125 0.084 0.057 0.081 0.169 0.347 0.138 22 V 0.075 0.083 0.136 0.246 0.256 0.178 0.026 23 P 0.152 0.244 0.232 0.197 0.108 0.057 0.010 24 I 0.043 0.064 0.117 0.247 0.290 0.210 0.030 25 L 0.015 0.017 0.035 0.132 0.339 0.407 0.056 26 Q 0.114 0.264 0.292 0.210 0.089 0.028 0.004 27 K 0.219 0.354 0.224 0.124 0.053 0.020 0.006 28 Q 0.068 0.157 0.221 0.267 0.180 0.094 0.014 29 F 0.031 0.069 0.127 0.231 0.291 0.212 0.038 30 P 0.138 0.233 0.203 0.172 0.130 0.089 0.033 31 E 0.072 0.170 0.226 0.247 0.169 0.092 0.024 32 I 0.012 0.021 0.040 0.114 0.259 0.384 0.170 33 V 0.019 0.058 0.119 0.212 0.243 0.243 0.105 34 D 0.037 0.073 0.104 0.136 0.178 0.274 0.199 35 F 0.020 0.023 0.028 0.052 0.120 0.323 0.433 36 Y 0.019 0.034 0.066 0.126 0.183 0.292 0.281 37 L 0.030 0.034 0.038 0.068 0.137 0.311 0.382 38 P 0.057 0.073 0.076 0.133 0.189 0.273 0.200 39 P 0.063 0.094 0.117 0.155 0.176 0.229 0.165 40 E 0.054 0.071 0.084 0.114 0.163 0.244 0.270 41 G 0.047 0.047 0.068 0.116 0.165 0.263 0.294 42 C 0.051 0.056 0.062 0.086 0.127 0.265 0.354 43 S 0.043 0.043 0.052 0.090 0.146 0.269 0.356 44 Y 0.030 0.040 0.050 0.091 0.170 0.301 0.318 45 R 0.014 0.024 0.043 0.095 0.182 0.304 0.339 46 L 0.008 0.014 0.026 0.056 0.110 0.281 0.506 47 A 0.004 0.012 0.022 0.046 0.096 0.354 0.466 48 V 0.003 0.008 0.027 0.088 0.169 0.338 0.367 49 V 0.009 0.018 0.022 0.040 0.113 0.414 0.384 50 T 0.012 0.042 0.112 0.274 0.297 0.220 0.044 51 I 0.016 0.035 0.071 0.193 0.384 0.272 0.029 52 K 0.138 0.359 0.276 0.166 0.048 0.012 0.001 53 K 0.357 0.375 0.164 0.077 0.022 0.005 0.001 54 Q 0.300 0.315 0.232 0.118 0.029 0.005 0.001 55 Y 0.241 0.256 0.244 0.173 0.067 0.019 0.001 56 A 0.467 0.250 0.138 0.078 0.043 0.022 0.002 57 G 0.426 0.324 0.133 0.069 0.034 0.013 0.001 58 H 0.095 0.202 0.276 0.253 0.132 0.039 0.003 59 A 0.017 0.033 0.060 0.183 0.380 0.288 0.039 60 K 0.017 0.102 0.278 0.320 0.201 0.072 0.010 61 R 0.039 0.135 0.235 0.281 0.205 0.093 0.013 62 V 0.005 0.008 0.016 0.052 0.181 0.453 0.284 63 M 0.005 0.007 0.013 0.044 0.160 0.470 0.301 64 M 0.010 0.043 0.128 0.254 0.266 0.234 0.064 65 G 0.008 0.014 0.040 0.133 0.271 0.383 0.151 66 V 0.002 0.002 0.003 0.012 0.060 0.347 0.576 67 W 0.005 0.013 0.036 0.091 0.188 0.362 0.305 68 S 0.024 0.071 0.119 0.185 0.222 0.208 0.171 69 F 0.020 0.032 0.047 0.122 0.209 0.297 0.274 70 L 0.035 0.082 0.123 0.185 0.204 0.249 0.121 71 R 0.093 0.120 0.138 0.173 0.187 0.183 0.106 72 Q 0.081 0.086 0.089 0.123 0.168 0.250 0.203 73 F 0.044 0.054 0.073 0.117 0.188 0.282 0.243 74 M 0.030 0.057 0.076 0.115 0.185 0.285 0.253 75 Y 0.024 0.045 0.073 0.143 0.190 0.256 0.268 76 T 0.006 0.018 0.042 0.088 0.160 0.326 0.362 77 K 0.001 0.006 0.019 0.070 0.188 0.384 0.332 78 F 0.001 0.002 0.010 0.042 0.140 0.367 0.439 79 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.256 0.715 80 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.242 0.725 81 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.283 0.674 82 C 0.001 0.002 0.005 0.018 0.096 0.407 0.471 83 D 0.003 0.020 0.061 0.168 0.289 0.320 0.139 84 D 0.019 0.130 0.221 0.256 0.213 0.122 0.039 85 D 0.039 0.125 0.177 0.245 0.228 0.154 0.033 86 V 0.027 0.036 0.064 0.154 0.297 0.344 0.079 87 N 0.044 0.117 0.228 0.274 0.197 0.118 0.024 88 A 0.048 0.061 0.074 0.124 0.217 0.351 0.124 89 R 0.073 0.127 0.169 0.244 0.216 0.139 0.033 90 D 0.070 0.186 0.223 0.220 0.161 0.112 0.027 91 W 0.037 0.050 0.076 0.164 0.294 0.299 0.081 92 N 0.104 0.199 0.222 0.216 0.150 0.086 0.022 93 D 0.037 0.084 0.166 0.236 0.228 0.192 0.057 94 V 0.025 0.029 0.041 0.090 0.203 0.420 0.192 95 I 0.009 0.016 0.029 0.072 0.181 0.417 0.276 96 W 0.018 0.028 0.047 0.091 0.177 0.337 0.302 97 A 0.012 0.014 0.027 0.069 0.147 0.354 0.376 98 I 0.011 0.015 0.028 0.062 0.119 0.349 0.417 99 T 0.021 0.021 0.034 0.081 0.158 0.330 0.355 100 T 0.026 0.049 0.074 0.137 0.217 0.313 0.185 101 R 0.033 0.053 0.088 0.168 0.222 0.263 0.171 102 M 0.044 0.063 0.084 0.138 0.203 0.292 0.176 103 D 0.077 0.145 0.160 0.202 0.187 0.160 0.069 104 P 0.089 0.116 0.128 0.189 0.213 0.176 0.089 105 A 0.149 0.231 0.213 0.183 0.114 0.075 0.035 106 R 0.035 0.086 0.134 0.203 0.230 0.227 0.086 107 D 0.012 0.024 0.054 0.121 0.225 0.358 0.206 108 T 0.009 0.019 0.037 0.063 0.137 0.389 0.346 109 V 0.007 0.014 0.025 0.051 0.122 0.348 0.434 110 L 0.008 0.018 0.038 0.102 0.222 0.373 0.239 111 V 0.017 0.026 0.045 0.120 0.279 0.369 0.144 112 E 0.123 0.268 0.254 0.199 0.098 0.044 0.014 113 N 0.145 0.271 0.233 0.182 0.102 0.053 0.014 114 T 0.047 0.085 0.128 0.230 0.277 0.198 0.034 115 P 0.085 0.182 0.219 0.243 0.167 0.084 0.020 116 I 0.018 0.041 0.071 0.139 0.245 0.356 0.129 117 D 0.014 0.054 0.109 0.205 0.256 0.266 0.095 118 Y 0.006 0.017 0.051 0.123 0.218 0.343 0.243 119 L 0.006 0.009 0.012 0.023 0.074 0.369 0.508 120 D 0.011 0.023 0.047 0.088 0.145 0.301 0.385 121 F 0.011 0.019 0.030 0.061 0.131 0.326 0.422 122 A 0.016 0.027 0.038 0.091 0.190 0.351 0.288 123 S 0.029 0.067 0.108 0.195 0.235 0.253 0.113 124 P 0.074 0.168 0.181 0.206 0.176 0.137 0.059 125 V 0.121 0.172 0.172 0.198 0.166 0.121 0.050 126 S 0.189 0.186 0.160 0.164 0.135 0.114 0.052 127 G 0.114 0.149 0.145 0.163 0.165 0.179 0.085 128 L 0.036 0.062 0.095 0.160 0.226 0.287 0.133 129 G 0.021 0.055 0.079 0.122 0.190 0.298 0.236 130 S 0.005 0.012 0.023 0.058 0.131 0.314 0.457 131 K 0.002 0.006 0.019 0.052 0.117 0.296 0.509 132 M 0.001 0.002 0.004 0.012 0.043 0.225 0.714 133 G 0.002 0.003 0.006 0.015 0.046 0.237 0.691 134 L 0.002 0.004 0.008 0.020 0.061 0.260 0.646 135 D 0.003 0.009 0.021 0.055 0.137 0.349 0.425 136 A 0.002 0.005 0.010 0.039 0.140 0.430 0.374 137 T 0.005 0.019 0.048 0.139 0.289 0.397 0.102 138 N 0.032 0.127 0.234 0.291 0.211 0.090 0.016 139 K 0.130 0.257 0.243 0.197 0.112 0.049 0.012 140 W 0.139 0.163 0.191 0.219 0.170 0.099 0.018 141 P 0.445 0.269 0.146 0.083 0.038 0.016 0.003 142 G 0.397 0.267 0.165 0.104 0.049 0.016 0.002 143 E 0.441 0.233 0.145 0.106 0.054 0.020 0.003 144 T 0.405 0.273 0.165 0.101 0.042 0.013 0.002 145 Q 0.291 0.274 0.216 0.143 0.057 0.016 0.001 146 R 0.286 0.238 0.189 0.162 0.090 0.031 0.004 147 E 0.425 0.253 0.149 0.099 0.049 0.021 0.004 148 W 0.161 0.179 0.219 0.241 0.143 0.054 0.004 149 G 0.193 0.242 0.214 0.195 0.110 0.042 0.004 150 R 0.240 0.252 0.222 0.175 0.083 0.025 0.003 151 P 0.378 0.338 0.167 0.082 0.028 0.007 0.001 152 I 0.069 0.119 0.209 0.311 0.220 0.070 0.003 153 K 0.278 0.283 0.222 0.141 0.058 0.016 0.002 154 K 0.344 0.364 0.189 0.081 0.019 0.003 0.001 155 D 0.136 0.273 0.314 0.209 0.058 0.010 0.001 156 P 0.679 0.227 0.062 0.022 0.008 0.002 0.001 157 D 0.478 0.375 0.114 0.028 0.005 0.001 0.001 158 V 0.026 0.050 0.143 0.413 0.318 0.049 0.001 159 V 0.048 0.233 0.379 0.262 0.071 0.007 0.001 160 A 0.417 0.471 0.093 0.016 0.002 0.001 0.001 161 H 0.016 0.108 0.349 0.388 0.122 0.015 0.001 162 I 0.004 0.010 0.035 0.175 0.458 0.308 0.009 163 D 0.072 0.305 0.376 0.193 0.045 0.008 0.001 164 A 0.311 0.496 0.144 0.040 0.008 0.002 0.001 165 I 0.027 0.112 0.220 0.343 0.230 0.066 0.002 166 W 0.017 0.044 0.120 0.324 0.376 0.116 0.004 167 D 0.346 0.404 0.179 0.058 0.011 0.001 0.001 168 E 0.289 0.413 0.206 0.070 0.017 0.004 0.001 169 L 0.037 0.087 0.192 0.316 0.268 0.097 0.004 170 A 0.137 0.248 0.257 0.211 0.112 0.033 0.003 171 I 0.092 0.103 0.143 0.252 0.253 0.146 0.011 172 F 0.239 0.285 0.235 0.153 0.064 0.022 0.002 173 N 0.440 0.271 0.157 0.090 0.032 0.009 0.001 174 N 0.470 0.242 0.135 0.091 0.044 0.016 0.002 175 G 0.345 0.243 0.179 0.144 0.068 0.019 0.001 176 K 0.473 0.273 0.146 0.075 0.025 0.006 0.001 177 S 0.582 0.258 0.098 0.043 0.014 0.004 0.001 178 A 0.292 0.192 0.185 0.183 0.105 0.040 0.004 179 L 0.301 0.222 0.189 0.157 0.092 0.036 0.003 180 E 0.509 0.256 0.124 0.069 0.030 0.011 0.002 181 H 0.365 0.227 0.172 0.139 0.069 0.025 0.003 182 H 0.404 0.254 0.165 0.107 0.049 0.020 0.002 183 H 0.433 0.228 0.157 0.115 0.050 0.017 0.001 184 H 0.475 0.250 0.147 0.088 0.031 0.008 0.001 185 H 0.628 0.211 0.092 0.047 0.016 0.005 0.001 186 H 0.721 0.164 0.065 0.033 0.012 0.004 0.001