# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202.306 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.420 0.035 0.007 0.002 0.223 0.313 2 Y 0.575 0.059 0.007 0.002 0.152 0.206 3 T 0.530 0.071 0.006 0.001 0.159 0.233 4 G 0.265 0.027 0.009 0.001 0.256 0.443 5 R 0.117 0.031 0.009 0.002 0.267 0.574 6 P 0.055 0.044 0.012 0.004 0.422 0.463 7 P 0.021 0.026 0.020 0.018 0.483 0.433 8 D 0.018 0.018 0.030 0.076 0.480 0.378 9 E 0.027 0.015 0.039 0.315 0.460 0.143 10 P 0.029 0.010 0.044 0.380 0.281 0.256 11 A 0.055 0.019 0.061 0.632 0.138 0.094 12 V 0.087 0.020 0.048 0.631 0.132 0.082 13 L 0.068 0.009 0.043 0.664 0.109 0.107 14 G 0.063 0.008 0.030 0.640 0.088 0.171 15 V 0.020 0.002 0.036 0.818 0.060 0.064 16 A 0.012 0.003 0.031 0.880 0.036 0.038 17 L 0.003 0.001 0.021 0.933 0.024 0.018 18 N 0.002 0.001 0.018 0.928 0.022 0.029 19 E 0.002 0.001 0.023 0.934 0.023 0.018 20 V 0.004 0.001 0.013 0.936 0.023 0.023 21 F 0.002 0.001 0.006 0.968 0.009 0.014 22 V 0.005 0.002 0.012 0.916 0.027 0.038 23 P 0.001 0.001 0.013 0.961 0.016 0.009 24 I 0.001 0.001 0.016 0.970 0.009 0.004 25 L 0.001 0.001 0.012 0.975 0.008 0.004 26 Q 0.001 0.001 0.015 0.965 0.013 0.006 27 K 0.001 0.001 0.013 0.911 0.031 0.043 28 Q 0.003 0.004 0.013 0.784 0.056 0.140 29 F 0.010 0.011 0.015 0.114 0.515 0.334 30 P 0.010 0.001 0.035 0.048 0.685 0.221 31 E 0.091 0.003 0.048 0.034 0.671 0.154 32 I 0.703 0.014 0.015 0.041 0.181 0.046 33 V 0.869 0.003 0.003 0.037 0.030 0.059 34 D 0.943 0.002 0.002 0.019 0.013 0.021 35 F 0.952 0.003 0.001 0.013 0.010 0.021 36 Y 0.875 0.006 0.002 0.019 0.024 0.074 37 L 0.532 0.016 0.004 0.017 0.104 0.327 38 P 0.166 0.017 0.008 0.017 0.359 0.434 39 P 0.054 0.008 0.092 0.070 0.628 0.147 40 E 0.049 0.007 0.148 0.055 0.647 0.094 41 G 0.088 0.019 0.191 0.061 0.563 0.078 42 C 0.200 0.030 0.120 0.062 0.365 0.223 43 S 0.310 0.034 0.099 0.067 0.263 0.227 44 Y 0.390 0.009 0.075 0.072 0.270 0.183 45 R 0.525 0.004 0.029 0.062 0.210 0.170 46 L 0.838 0.003 0.013 0.046 0.054 0.045 47 A 0.933 0.001 0.002 0.036 0.014 0.014 48 V 0.945 0.001 0.001 0.039 0.005 0.009 49 V 0.908 0.001 0.001 0.069 0.007 0.015 50 T 0.851 0.001 0.001 0.086 0.014 0.047 51 I 0.694 0.004 0.002 0.140 0.039 0.121 52 K 0.589 0.008 0.014 0.160 0.115 0.114 53 K 0.450 0.010 0.039 0.121 0.219 0.162 54 Q 0.160 0.014 0.044 0.113 0.281 0.389 55 Y 0.047 0.011 0.026 0.142 0.339 0.435 56 A 0.008 0.003 0.025 0.459 0.262 0.243 57 G 0.001 0.001 0.031 0.882 0.060 0.025 58 H 0.001 0.001 0.021 0.952 0.017 0.008 59 A 0.001 0.001 0.006 0.991 0.002 0.001 60 K 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 65 G 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 66 V 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 67 W 0.001 0.001 0.007 0.990 0.002 0.001 68 S 0.001 0.001 0.007 0.983 0.004 0.005 69 F 0.001 0.001 0.015 0.953 0.011 0.020 70 L 0.002 0.002 0.041 0.849 0.048 0.058 71 R 0.005 0.003 0.069 0.742 0.096 0.086 72 Q 0.012 0.003 0.083 0.688 0.119 0.095 73 F 0.044 0.012 0.107 0.268 0.280 0.290 74 M 0.062 0.013 0.102 0.075 0.356 0.393 75 Y 0.148 0.008 0.104 0.021 0.386 0.332 76 T 0.327 0.009 0.038 0.010 0.320 0.295 77 K 0.668 0.003 0.007 0.005 0.129 0.188 78 F 0.922 0.002 0.001 0.002 0.022 0.051 79 V 0.987 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 80 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 81 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 82 C 0.962 0.002 0.001 0.001 0.006 0.028 83 D 0.369 0.007 0.001 0.002 0.591 0.030 84 D 0.020 0.003 0.007 0.002 0.943 0.026 85 D 0.004 0.002 0.017 0.003 0.946 0.028 86 V 0.029 0.074 0.010 0.002 0.844 0.042 87 N 0.030 0.018 0.002 0.002 0.239 0.709 88 A 0.057 0.049 0.064 0.053 0.501 0.276 89 R 0.034 0.028 0.037 0.101 0.487 0.313 90 D 0.019 0.019 0.033 0.166 0.263 0.502 91 W 0.001 0.001 0.059 0.937 0.003 0.001 92 N 0.001 0.001 0.021 0.977 0.002 0.001 93 D 0.001 0.001 0.013 0.985 0.001 0.001 94 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 96 W 0.002 0.001 0.002 0.992 0.003 0.001 97 A 0.003 0.001 0.002 0.990 0.004 0.001 98 I 0.003 0.001 0.002 0.989 0.004 0.002 99 T 0.007 0.001 0.007 0.963 0.016 0.007 100 T 0.016 0.001 0.007 0.909 0.032 0.034 101 R 0.028 0.006 0.008 0.473 0.092 0.392 102 M 0.038 0.048 0.005 0.087 0.115 0.707 103 D 0.042 0.024 0.004 0.008 0.329 0.594 104 P 0.007 0.001 0.371 0.095 0.497 0.029 105 A 0.017 0.002 0.395 0.032 0.530 0.024 106 R 0.054 0.004 0.259 0.031 0.625 0.027 107 D 0.286 0.009 0.016 0.018 0.365 0.306 108 T 0.839 0.026 0.003 0.008 0.040 0.083 109 V 0.975 0.004 0.001 0.003 0.007 0.011 110 L 0.982 0.003 0.001 0.002 0.003 0.010 111 V 0.930 0.005 0.005 0.006 0.043 0.012 112 E 0.669 0.004 0.008 0.006 0.254 0.059 113 N 0.127 0.005 0.010 0.007 0.670 0.182 114 T 0.214 0.077 0.006 0.003 0.530 0.170 115 P 0.281 0.049 0.007 0.006 0.218 0.440 116 I 0.244 0.052 0.038 0.013 0.322 0.332 117 D 0.145 0.029 0.043 0.010 0.422 0.350 118 Y 0.139 0.049 0.110 0.017 0.373 0.312 119 L 0.102 0.055 0.053 0.017 0.356 0.416 120 D 0.063 0.050 0.052 0.017 0.513 0.306 121 F 0.026 0.024 0.084 0.025 0.612 0.228 122 A 0.026 0.029 0.054 0.017 0.641 0.233 123 S 0.020 0.040 0.035 0.009 0.715 0.181 124 P 0.018 0.040 0.041 0.013 0.585 0.303 125 V 0.019 0.066 0.077 0.017 0.662 0.158 126 S 0.016 0.024 0.064 0.015 0.761 0.119 127 G 0.019 0.014 0.065 0.016 0.745 0.141 128 L 0.041 0.029 0.038 0.020 0.688 0.185 129 G 0.055 0.018 0.021 0.011 0.560 0.334 130 S 0.128 0.024 0.020 0.013 0.448 0.367 131 K 0.423 0.038 0.016 0.007 0.234 0.282 132 M 0.793 0.022 0.010 0.005 0.073 0.097 133 G 0.904 0.012 0.008 0.005 0.026 0.045 134 L 0.880 0.011 0.010 0.009 0.028 0.062 135 D 0.698 0.030 0.013 0.017 0.098 0.144 136 A 0.296 0.031 0.025 0.018 0.319 0.311 137 T 0.103 0.026 0.039 0.013 0.476 0.342 138 N 0.053 0.010 0.045 0.010 0.494 0.387 139 K 0.032 0.021 0.067 0.017 0.364 0.499 140 W 0.025 0.052 0.025 0.010 0.399 0.489 141 P 0.014 0.018 0.080 0.029 0.573 0.285 142 G 0.011 0.009 0.149 0.067 0.529 0.235 143 E 0.025 0.022 0.244 0.088 0.489 0.133 144 T 0.045 0.030 0.109 0.092 0.437 0.287 145 Q 0.054 0.024 0.059 0.073 0.338 0.451 146 R 0.090 0.024 0.082 0.097 0.302 0.406 147 E 0.148 0.044 0.063 0.116 0.244 0.385 148 W 0.137 0.028 0.040 0.176 0.260 0.360 149 G 0.070 0.019 0.011 0.079 0.204 0.615 150 R 0.102 0.018 0.007 0.045 0.159 0.668 151 P 0.186 0.034 0.030 0.054 0.161 0.536 152 I 0.234 0.044 0.081 0.060 0.232 0.349 153 K 0.153 0.042 0.063 0.046 0.246 0.450 154 K 0.069 0.020 0.023 0.044 0.258 0.586 155 D 0.017 0.007 0.003 0.038 0.203 0.731 156 P 0.001 0.001 0.043 0.890 0.048 0.019 157 D 0.002 0.001 0.042 0.889 0.055 0.011 158 V 0.003 0.001 0.042 0.921 0.028 0.006 159 V 0.006 0.002 0.022 0.931 0.021 0.019 160 A 0.014 0.003 0.026 0.881 0.040 0.036 161 H 0.005 0.001 0.014 0.939 0.017 0.023 162 I 0.003 0.001 0.004 0.975 0.005 0.012 163 D 0.002 0.001 0.006 0.973 0.008 0.011 164 A 0.001 0.001 0.006 0.974 0.010 0.009 165 I 0.002 0.001 0.005 0.979 0.007 0.006 166 W 0.002 0.001 0.015 0.956 0.018 0.009 167 D 0.002 0.001 0.035 0.925 0.021 0.017 168 E 0.004 0.001 0.034 0.903 0.025 0.033 169 L 0.007 0.003 0.047 0.807 0.044 0.091 170 A 0.019 0.004 0.030 0.096 0.130 0.722 171 I 0.073 0.032 0.089 0.104 0.248 0.453 172 F 0.090 0.032 0.103 0.114 0.557 0.105 173 N 0.039 0.008 0.123 0.135 0.607 0.089 174 N 0.014 0.002 0.066 0.139 0.674 0.104 175 G 0.083 0.010 0.031 0.074 0.535 0.267 176 K 0.336 0.030 0.015 0.169 0.118 0.333 177 S 0.542 0.042 0.015 0.176 0.062 0.163 178 A 0.421 0.017 0.033 0.310 0.074 0.144 179 L 0.378 0.008 0.060 0.318 0.098 0.137 180 E 0.259 0.008 0.120 0.311 0.171 0.130 181 H 0.104 0.016 0.086 0.545 0.147 0.102 182 H 0.057 0.006 0.136 0.487 0.206 0.108 183 H 0.050 0.007 0.129 0.329 0.245 0.240 184 H 0.022 0.007 0.068 0.329 0.167 0.407 185 H 0.019 0.011 0.014 0.131 0.091 0.733 186 H 0.005 0.002 0.001 0.004 0.021 0.968