# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202.306 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.011 0.002 0.001 0.315 0.054 0.102 0.086 0.002 0.001 0.085 0.341 2 Y 0.022 0.002 0.001 0.353 0.076 0.108 0.076 0.001 0.001 0.065 0.296 3 T 0.007 0.001 0.001 0.242 0.041 0.081 0.107 0.001 0.001 0.043 0.476 4 G 0.007 0.001 0.001 0.178 0.029 0.057 0.133 0.001 0.001 0.043 0.550 5 R 0.013 0.001 0.001 0.052 0.034 0.038 0.195 0.003 0.001 0.041 0.623 6 P 0.064 0.010 0.001 0.025 0.015 0.014 0.192 0.002 0.001 0.046 0.628 7 P 0.011 0.025 0.001 0.015 0.010 0.013 0.142 0.007 0.001 0.030 0.746 8 D 0.170 0.629 0.002 0.003 0.001 0.003 0.027 0.013 0.001 0.011 0.141 9 E 0.145 0.613 0.004 0.004 0.002 0.003 0.023 0.011 0.001 0.075 0.118 10 P 0.101 0.397 0.011 0.005 0.004 0.007 0.060 0.004 0.004 0.150 0.256 11 A 0.108 0.455 0.003 0.008 0.010 0.016 0.060 0.012 0.001 0.144 0.184 12 V 0.086 0.570 0.006 0.008 0.008 0.010 0.047 0.014 0.002 0.064 0.186 13 L 0.046 0.616 0.003 0.009 0.006 0.013 0.050 0.008 0.001 0.020 0.227 14 G 0.025 0.223 0.007 0.010 0.010 0.019 0.037 0.004 0.002 0.433 0.230 15 V 0.046 0.616 0.010 0.004 0.005 0.009 0.037 0.014 0.002 0.109 0.148 16 A 0.095 0.656 0.013 0.006 0.003 0.005 0.020 0.011 0.005 0.044 0.143 17 L 0.102 0.494 0.028 0.012 0.004 0.006 0.041 0.015 0.010 0.081 0.205 18 N 0.150 0.531 0.002 0.005 0.002 0.005 0.039 0.010 0.001 0.029 0.226 19 E 0.100 0.131 0.014 0.016 0.006 0.009 0.072 0.007 0.003 0.319 0.323 20 V 0.016 0.448 0.004 0.018 0.008 0.011 0.092 0.005 0.001 0.045 0.350 21 F 0.008 0.870 0.002 0.002 0.001 0.002 0.011 0.005 0.001 0.003 0.094 22 V 0.073 0.792 0.009 0.001 0.003 0.002 0.009 0.055 0.002 0.008 0.047 23 P 0.087 0.766 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 0.006 0.002 0.025 0.095 24 I 0.056 0.409 0.116 0.005 0.003 0.006 0.037 0.012 0.056 0.133 0.167 25 L 0.306 0.221 0.038 0.008 0.003 0.004 0.052 0.056 0.015 0.070 0.226 26 Q 0.226 0.032 0.005 0.008 0.007 0.009 0.080 0.005 0.004 0.055 0.570 27 K 0.010 0.011 0.001 0.021 0.005 0.007 0.100 0.001 0.001 0.013 0.831 28 Q 0.033 0.038 0.006 0.034 0.006 0.014 0.145 0.007 0.002 0.054 0.660 29 F 0.194 0.020 0.005 0.015 0.019 0.012 0.142 0.033 0.002 0.100 0.459 30 P 0.097 0.011 0.002 0.057 0.012 0.022 0.121 0.003 0.001 0.035 0.638 31 E 0.022 0.007 0.002 0.120 0.018 0.056 0.093 0.002 0.001 0.037 0.644 32 I 0.015 0.004 0.002 0.235 0.035 0.049 0.120 0.003 0.001 0.055 0.482 33 V 0.010 0.003 0.001 0.395 0.108 0.107 0.073 0.005 0.001 0.053 0.246 34 D 0.008 0.002 0.001 0.353 0.052 0.085 0.063 0.001 0.001 0.037 0.398 35 F 0.002 0.001 0.001 0.247 0.103 0.127 0.084 0.001 0.001 0.026 0.409 36 Y 0.002 0.001 0.001 0.273 0.063 0.098 0.101 0.001 0.001 0.032 0.429 37 L 0.021 0.004 0.002 0.129 0.072 0.094 0.114 0.005 0.002 0.075 0.482 38 P 0.363 0.046 0.004 0.042 0.012 0.015 0.080 0.011 0.003 0.120 0.305 39 P 0.156 0.021 0.005 0.017 0.006 0.012 0.102 0.004 0.003 0.108 0.566 40 E 0.041 0.030 0.002 0.019 0.019 0.044 0.127 0.005 0.001 0.063 0.649 41 G 0.130 0.024 0.004 0.019 0.048 0.085 0.120 0.006 0.002 0.101 0.462 42 C 0.057 0.013 0.004 0.030 0.104 0.159 0.126 0.006 0.002 0.089 0.411 43 S 0.025 0.010 0.001 0.025 0.070 0.204 0.139 0.002 0.001 0.058 0.464 44 Y 0.007 0.005 0.002 0.041 0.150 0.308 0.102 0.001 0.001 0.068 0.316 45 R 0.001 0.004 0.001 0.073 0.176 0.459 0.055 0.001 0.001 0.078 0.151 46 L 0.001 0.004 0.001 0.081 0.243 0.393 0.030 0.001 0.001 0.091 0.156 47 A 0.001 0.003 0.001 0.104 0.435 0.380 0.008 0.001 0.001 0.030 0.040 48 V 0.001 0.004 0.001 0.059 0.366 0.457 0.008 0.001 0.001 0.036 0.066 49 V 0.002 0.006 0.001 0.104 0.469 0.280 0.011 0.001 0.001 0.035 0.090 50 T 0.029 0.021 0.005 0.079 0.231 0.299 0.043 0.004 0.004 0.133 0.152 51 I 0.133 0.065 0.003 0.059 0.116 0.138 0.069 0.019 0.003 0.094 0.298 52 K 0.153 0.056 0.003 0.025 0.063 0.089 0.076 0.004 0.004 0.049 0.479 53 K 0.023 0.058 0.009 0.024 0.026 0.040 0.118 0.002 0.005 0.030 0.667 54 Q 0.031 0.162 0.005 0.007 0.023 0.023 0.065 0.010 0.003 0.055 0.616 55 Y 0.110 0.801 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.019 0.054 56 A 0.020 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.014 0.106 57 G 0.008 0.860 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.060 0.058 58 H 0.005 0.866 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.097 0.022 59 A 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 60 K 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 61 R 0.002 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.054 0.009 62 V 0.005 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.042 0.006 63 M 0.009 0.902 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.060 0.015 64 M 0.033 0.717 0.005 0.002 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.149 0.074 65 G 0.019 0.749 0.008 0.003 0.001 0.001 0.024 0.006 0.002 0.089 0.099 66 V 0.062 0.800 0.010 0.002 0.001 0.001 0.018 0.022 0.003 0.022 0.060 67 W 0.086 0.636 0.017 0.006 0.001 0.003 0.030 0.013 0.012 0.037 0.159 68 S 0.112 0.310 0.012 0.004 0.002 0.004 0.075 0.007 0.010 0.041 0.424 69 F 0.157 0.347 0.007 0.006 0.002 0.004 0.081 0.019 0.004 0.058 0.315 70 L 0.197 0.224 0.018 0.011 0.003 0.006 0.090 0.017 0.008 0.075 0.352 71 R 0.089 0.173 0.011 0.020 0.007 0.016 0.103 0.006 0.004 0.056 0.515 72 Q 0.079 0.032 0.005 0.014 0.015 0.029 0.109 0.005 0.002 0.185 0.525 73 F 0.071 0.032 0.006 0.042 0.024 0.036 0.144 0.006 0.003 0.154 0.482 74 M 0.117 0.011 0.007 0.057 0.026 0.054 0.149 0.004 0.004 0.098 0.475 75 Y 0.025 0.006 0.002 0.119 0.037 0.064 0.153 0.003 0.001 0.043 0.546 76 T 0.012 0.005 0.001 0.136 0.031 0.040 0.138 0.002 0.001 0.054 0.581 77 K 0.002 0.003 0.001 0.492 0.083 0.066 0.075 0.001 0.001 0.074 0.203 78 F 0.001 0.001 0.001 0.630 0.044 0.074 0.033 0.001 0.001 0.062 0.155 79 V 0.001 0.001 0.001 0.856 0.041 0.030 0.008 0.001 0.001 0.025 0.038 80 I 0.001 0.001 0.001 0.934 0.015 0.012 0.005 0.001 0.001 0.019 0.014 81 V 0.002 0.001 0.001 0.895 0.016 0.024 0.011 0.001 0.001 0.032 0.020 82 C 0.011 0.001 0.001 0.753 0.008 0.031 0.062 0.001 0.001 0.037 0.096 83 D 0.130 0.007 0.001 0.260 0.009 0.031 0.175 0.002 0.002 0.082 0.301 84 D 0.031 0.007 0.001 0.085 0.011 0.033 0.215 0.002 0.001 0.081 0.534 85 D 0.039 0.011 0.002 0.028 0.013 0.022 0.248 0.002 0.002 0.064 0.569 86 V 0.050 0.018 0.001 0.015 0.024 0.039 0.216 0.030 0.001 0.082 0.523 87 N 0.371 0.055 0.001 0.008 0.005 0.008 0.100 0.006 0.001 0.090 0.357 88 A 0.072 0.018 0.003 0.008 0.010 0.019 0.150 0.002 0.001 0.099 0.617 89 R 0.004 0.026 0.001 0.008 0.008 0.022 0.149 0.002 0.001 0.032 0.747 90 D 0.165 0.720 0.001 0.001 0.004 0.004 0.018 0.006 0.001 0.035 0.044 91 W 0.035 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.022 0.050 92 N 0.011 0.821 0.001 0.001 0.003 0.008 0.019 0.001 0.001 0.025 0.111 93 D 0.005 0.931 0.001 0.003 0.005 0.007 0.008 0.001 0.001 0.015 0.025 94 V 0.009 0.940 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.002 0.001 0.015 0.018 95 I 0.007 0.248 0.001 0.010 0.017 0.017 0.006 0.001 0.001 0.670 0.021 96 W 0.005 0.217 0.003 0.010 0.015 0.021 0.012 0.001 0.001 0.665 0.049 97 A 0.022 0.638 0.032 0.022 0.017 0.017 0.025 0.012 0.005 0.128 0.082 98 I 0.138 0.253 0.102 0.044 0.021 0.028 0.050 0.032 0.040 0.116 0.176 99 T 0.204 0.182 0.002 0.012 0.013 0.027 0.076 0.016 0.003 0.048 0.417 100 T 0.117 0.025 0.001 0.012 0.007 0.019 0.090 0.004 0.002 0.045 0.678 101 R 0.020 0.016 0.009 0.024 0.011 0.025 0.202 0.002 0.004 0.033 0.655 102 M 0.007 0.006 0.004 0.014 0.007 0.012 0.124 0.001 0.003 0.013 0.807 103 D 0.417 0.031 0.004 0.011 0.010 0.009 0.096 0.021 0.003 0.113 0.283 104 P 0.299 0.010 0.005 0.016 0.002 0.003 0.101 0.004 0.002 0.155 0.402 105 A 0.037 0.011 0.002 0.034 0.008 0.029 0.137 0.003 0.001 0.054 0.686 106 R 0.021 0.007 0.001 0.041 0.020 0.036 0.144 0.002 0.001 0.068 0.659 107 D 0.006 0.006 0.001 0.155 0.130 0.189 0.124 0.005 0.001 0.136 0.249 108 T 0.007 0.002 0.001 0.247 0.081 0.136 0.079 0.001 0.001 0.131 0.315 109 V 0.003 0.001 0.001 0.346 0.172 0.188 0.061 0.001 0.001 0.062 0.165 110 L 0.007 0.001 0.001 0.407 0.050 0.161 0.079 0.001 0.001 0.093 0.200 111 V 0.164 0.003 0.001 0.210 0.043 0.063 0.100 0.002 0.001 0.141 0.272 112 E 0.011 0.001 0.001 0.077 0.019 0.049 0.183 0.003 0.001 0.071 0.586 113 N 0.043 0.003 0.001 0.031 0.009 0.014 0.192 0.002 0.001 0.035 0.669 114 T 0.097 0.004 0.001 0.040 0.035 0.033 0.212 0.013 0.001 0.095 0.469 115 P 0.072 0.007 0.001 0.019 0.007 0.010 0.170 0.005 0.001 0.057 0.652 116 I 0.067 0.011 0.001 0.027 0.020 0.042 0.183 0.011 0.001 0.056 0.581 117 D 0.055 0.014 0.001 0.048 0.019 0.042 0.190 0.003 0.001 0.081 0.546 118 Y 0.041 0.016 0.003 0.065 0.035 0.080 0.202 0.003 0.001 0.085 0.470 119 L 0.023 0.015 0.002 0.072 0.029 0.063 0.185 0.005 0.001 0.061 0.544 120 D 0.281 0.037 0.002 0.038 0.021 0.029 0.133 0.006 0.001 0.106 0.346 121 F 0.051 0.023 0.002 0.040 0.018 0.043 0.187 0.005 0.001 0.105 0.526 122 A 0.022 0.012 0.001 0.021 0.013 0.032 0.147 0.002 0.001 0.043 0.705 123 S 0.079 0.016 0.004 0.030 0.042 0.056 0.176 0.010 0.002 0.137 0.448 124 P 0.164 0.015 0.002 0.016 0.011 0.017 0.120 0.006 0.001 0.105 0.541 125 V 0.182 0.014 0.002 0.014 0.009 0.015 0.119 0.005 0.001 0.073 0.566 126 S 0.036 0.003 0.001 0.011 0.007 0.014 0.143 0.003 0.001 0.044 0.736 127 G 0.076 0.013 0.001 0.017 0.010 0.019 0.172 0.004 0.001 0.062 0.625 128 L 0.100 0.017 0.001 0.027 0.024 0.027 0.168 0.007 0.001 0.061 0.567 129 G 0.038 0.027 0.001 0.047 0.018 0.035 0.187 0.004 0.001 0.042 0.600 130 S 0.035 0.041 0.001 0.092 0.062 0.085 0.161 0.008 0.001 0.080 0.434 131 K 0.026 0.031 0.001 0.204 0.074 0.103 0.133 0.004 0.001 0.074 0.348 132 M 0.009 0.021 0.002 0.327 0.094 0.158 0.082 0.002 0.001 0.054 0.250 133 G 0.022 0.009 0.003 0.337 0.111 0.157 0.068 0.002 0.001 0.118 0.171 134 L 0.015 0.009 0.003 0.440 0.070 0.098 0.078 0.003 0.002 0.094 0.187 135 D 0.132 0.014 0.005 0.210 0.047 0.111 0.116 0.006 0.004 0.114 0.240 136 A 0.070 0.008 0.002 0.134 0.035 0.103 0.145 0.008 0.001 0.076 0.418 137 T 0.038 0.003 0.001 0.040 0.023 0.055 0.151 0.001 0.001 0.045 0.642 138 N 0.012 0.001 0.001 0.035 0.057 0.092 0.164 0.001 0.001 0.049 0.587 139 K 0.008 0.002 0.001 0.016 0.015 0.025 0.164 0.002 0.001 0.023 0.744 140 W 0.252 0.008 0.002 0.011 0.024 0.024 0.106 0.017 0.002 0.096 0.458 141 P 0.127 0.025 0.003 0.010 0.004 0.007 0.113 0.005 0.002 0.111 0.594 142 G 0.099 0.009 0.003 0.005 0.008 0.020 0.093 0.006 0.001 0.036 0.720 143 E 0.072 0.008 0.001 0.011 0.018 0.036 0.103 0.004 0.001 0.039 0.707 144 T 0.047 0.011 0.001 0.012 0.047 0.075 0.105 0.005 0.001 0.053 0.644 145 Q 0.054 0.009 0.003 0.026 0.037 0.073 0.126 0.005 0.001 0.048 0.617 146 R 0.026 0.002 0.001 0.019 0.090 0.118 0.103 0.005 0.001 0.023 0.613 147 E 0.092 0.005 0.001 0.020 0.047 0.061 0.085 0.001 0.001 0.031 0.656 148 W 0.007 0.002 0.001 0.021 0.057 0.072 0.123 0.003 0.001 0.018 0.695 149 G 0.041 0.015 0.001 0.015 0.025 0.031 0.116 0.006 0.001 0.020 0.728 150 R 0.106 0.011 0.001 0.017 0.086 0.080 0.130 0.058 0.001 0.060 0.452 151 P 0.054 0.019 0.001 0.042 0.023 0.065 0.118 0.004 0.001 0.034 0.640 152 I 0.047 0.012 0.001 0.076 0.042 0.080 0.099 0.001 0.001 0.038 0.603 153 K 0.005 0.012 0.002 0.076 0.054 0.060 0.157 0.001 0.001 0.044 0.588 154 K 0.010 0.113 0.001 0.017 0.019 0.019 0.108 0.005 0.001 0.046 0.660 155 D 0.101 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.011 0.022 156 P 0.039 0.809 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.036 0.097 157 D 0.010 0.912 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.017 0.046 158 V 0.025 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.014 0.026 159 V 0.010 0.895 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.061 0.022 160 A 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 0.017 161 H 0.002 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.008 0.018 162 I 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.007 163 D 0.007 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.043 0.028 164 A 0.009 0.874 0.016 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.041 0.045 165 I 0.056 0.792 0.020 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 0.009 0.054 0.040 166 W 0.115 0.417 0.097 0.003 0.001 0.001 0.024 0.020 0.089 0.074 0.159 167 D 0.416 0.150 0.003 0.002 0.001 0.002 0.051 0.012 0.002 0.032 0.330 168 E 0.073 0.109 0.002 0.010 0.002 0.010 0.073 0.007 0.001 0.053 0.659 169 L 0.039 0.039 0.003 0.023 0.005 0.019 0.120 0.001 0.001 0.049 0.701 170 A 0.018 0.036 0.007 0.045 0.034 0.101 0.115 0.001 0.002 0.091 0.550 171 I 0.027 0.018 0.017 0.019 0.018 0.033 0.123 0.004 0.008 0.056 0.677 172 F 0.753 0.014 0.003 0.004 0.004 0.007 0.022 0.012 0.003 0.037 0.142 173 N 0.490 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 0.002 0.001 0.031 0.427 174 N 0.007 0.006 0.001 0.004 0.002 0.007 0.077 0.002 0.001 0.010 0.886 175 G 0.031 0.063 0.002 0.013 0.014 0.019 0.082 0.004 0.001 0.016 0.757 176 K 0.036 0.047 0.001 0.014 0.246 0.089 0.081 0.012 0.001 0.025 0.448 177 S 0.039 0.215 0.002 0.028 0.066 0.073 0.064 0.004 0.001 0.022 0.486 178 A 0.065 0.440 0.005 0.028 0.057 0.066 0.053 0.010 0.001 0.025 0.250 179 L 0.129 0.438 0.005 0.024 0.045 0.054 0.053 0.012 0.002 0.030 0.209 180 E 0.069 0.282 0.017 0.040 0.061 0.109 0.065 0.009 0.007 0.043 0.297 181 H 0.101 0.073 0.027 0.038 0.059 0.114 0.067 0.011 0.010 0.056 0.443 182 H 0.246 0.024 0.007 0.024 0.075 0.094 0.061 0.013 0.003 0.073 0.380 183 H 0.066 0.006 0.002 0.022 0.022 0.045 0.085 0.002 0.001 0.030 0.718 184 H 0.019 0.003 0.001 0.019 0.026 0.037 0.078 0.001 0.001 0.019 0.797 185 H 0.011 0.002 0.001 0.011 0.038 0.033 0.113 0.003 0.001 0.020 0.769 186 H 0.018 0.002 0.001 0.012 0.035 0.032 0.129 0.009 0.001 0.025 0.736