# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202.306 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.023 0.026 0.013 0.037 0.032 0.041 0.096 0.144 0.202 0.194 0.190 2 Y 0.045 0.033 0.023 0.069 0.083 0.113 0.174 0.138 0.140 0.101 0.081 3 T 0.046 0.044 0.018 0.050 0.049 0.058 0.128 0.147 0.175 0.146 0.139 4 G 0.088 0.050 0.012 0.061 0.068 0.073 0.104 0.137 0.151 0.146 0.112 5 R 0.106 0.100 0.026 0.109 0.138 0.120 0.129 0.095 0.080 0.055 0.043 6 P 0.059 0.043 0.017 0.069 0.081 0.094 0.154 0.147 0.147 0.112 0.077 7 P 0.067 0.036 0.017 0.066 0.096 0.126 0.174 0.135 0.115 0.092 0.075 8 D 0.060 0.117 0.054 0.169 0.143 0.114 0.121 0.079 0.064 0.045 0.034 9 E 0.036 0.027 0.013 0.034 0.042 0.062 0.127 0.154 0.182 0.176 0.147 10 P 0.110 0.055 0.033 0.089 0.095 0.107 0.148 0.107 0.104 0.081 0.070 11 A 0.065 0.050 0.038 0.113 0.117 0.125 0.179 0.116 0.092 0.061 0.043 12 V 0.023 0.031 0.038 0.084 0.082 0.104 0.144 0.128 0.138 0.122 0.106 13 L 0.010 0.015 0.023 0.032 0.034 0.039 0.097 0.125 0.189 0.208 0.228 14 G 0.025 0.027 0.042 0.067 0.064 0.086 0.148 0.137 0.157 0.137 0.112 15 V 0.036 0.041 0.094 0.121 0.142 0.155 0.166 0.083 0.078 0.051 0.031 16 A 0.042 0.032 0.090 0.082 0.072 0.080 0.148 0.116 0.120 0.110 0.109 17 L 0.009 0.018 0.030 0.040 0.043 0.068 0.149 0.135 0.188 0.182 0.138 18 N 0.018 0.023 0.073 0.060 0.065 0.090 0.179 0.141 0.159 0.114 0.078 19 E 0.094 0.066 0.224 0.177 0.129 0.117 0.097 0.041 0.027 0.017 0.012 20 V 0.024 0.030 0.101 0.083 0.097 0.117 0.200 0.121 0.103 0.075 0.048 21 F 0.001 0.004 0.008 0.011 0.009 0.013 0.053 0.096 0.199 0.282 0.325 22 V 0.001 0.004 0.011 0.027 0.069 0.153 0.272 0.163 0.143 0.093 0.064 23 P 0.255 0.113 0.416 0.124 0.046 0.023 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 24 I 0.002 0.007 0.012 0.055 0.108 0.169 0.322 0.156 0.096 0.050 0.023 25 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.005 0.025 0.066 0.195 0.302 0.394 26 Q 0.005 0.009 0.057 0.190 0.265 0.229 0.161 0.048 0.024 0.009 0.003 27 K 0.017 0.044 0.587 0.162 0.082 0.055 0.034 0.011 0.005 0.002 0.001 28 Q 0.003 0.011 0.010 0.041 0.073 0.171 0.341 0.177 0.097 0.054 0.022 29 F 0.004 0.005 0.003 0.010 0.015 0.030 0.111 0.171 0.221 0.221 0.211 30 P 0.175 0.223 0.196 0.174 0.103 0.057 0.037 0.016 0.010 0.005 0.003 31 E 0.292 0.150 0.077 0.203 0.135 0.077 0.045 0.012 0.006 0.002 0.001 32 I 0.004 0.004 0.002 0.010 0.011 0.018 0.063 0.127 0.214 0.263 0.285 33 V 0.019 0.039 0.034 0.131 0.159 0.198 0.204 0.104 0.068 0.029 0.016 34 D 0.026 0.065 0.090 0.181 0.154 0.153 0.154 0.083 0.052 0.028 0.013 35 F 0.003 0.004 0.003 0.013 0.017 0.033 0.104 0.174 0.228 0.238 0.182 36 Y 0.027 0.040 0.017 0.101 0.133 0.128 0.199 0.141 0.115 0.058 0.041 37 L 0.008 0.012 0.005 0.023 0.027 0.037 0.091 0.139 0.209 0.228 0.222 38 P 0.018 0.037 0.015 0.099 0.138 0.155 0.190 0.143 0.112 0.060 0.033 39 P 0.147 0.084 0.026 0.121 0.117 0.128 0.143 0.097 0.072 0.043 0.022 40 E 0.091 0.059 0.018 0.103 0.102 0.118 0.178 0.127 0.099 0.069 0.037 41 G 0.044 0.025 0.014 0.045 0.040 0.061 0.121 0.133 0.187 0.173 0.157 42 C 0.039 0.038 0.028 0.088 0.085 0.106 0.182 0.133 0.133 0.103 0.067 43 S 0.014 0.022 0.022 0.069 0.073 0.086 0.162 0.159 0.175 0.131 0.089 44 Y 0.011 0.015 0.024 0.069 0.101 0.128 0.214 0.168 0.144 0.089 0.037 45 R 0.006 0.013 0.024 0.088 0.121 0.154 0.249 0.145 0.105 0.065 0.030 46 L 0.001 0.003 0.013 0.014 0.013 0.024 0.070 0.136 0.224 0.282 0.220 47 A 0.001 0.002 0.005 0.010 0.010 0.015 0.085 0.182 0.253 0.274 0.163 48 V 0.001 0.005 0.020 0.029 0.028 0.046 0.129 0.178 0.210 0.199 0.155 49 V 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.013 0.070 0.132 0.289 0.286 0.191 50 T 0.009 0.033 0.043 0.180 0.199 0.162 0.205 0.092 0.053 0.018 0.006 51 I 0.001 0.003 0.003 0.008 0.010 0.017 0.077 0.129 0.289 0.284 0.178 52 K 0.025 0.078 0.071 0.307 0.277 0.136 0.077 0.019 0.008 0.002 0.001 53 K 0.159 0.139 0.065 0.194 0.149 0.111 0.103 0.047 0.023 0.008 0.003 54 Q 0.083 0.107 0.059 0.225 0.198 0.140 0.095 0.050 0.026 0.013 0.005 55 Y 0.015 0.066 0.016 0.068 0.087 0.141 0.220 0.161 0.121 0.072 0.033 56 A 0.159 0.127 0.070 0.175 0.177 0.122 0.093 0.040 0.023 0.010 0.005 57 G 0.583 0.152 0.067 0.089 0.049 0.028 0.019 0.006 0.004 0.002 0.001 58 H 0.008 0.036 0.025 0.112 0.126 0.155 0.218 0.132 0.102 0.055 0.029 59 A 0.007 0.004 0.007 0.010 0.014 0.029 0.109 0.152 0.238 0.232 0.199 60 K 0.015 0.017 0.088 0.160 0.206 0.229 0.167 0.060 0.035 0.016 0.007 61 R 0.003 0.020 0.163 0.191 0.173 0.164 0.161 0.068 0.036 0.016 0.006 62 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.008 0.051 0.102 0.208 0.294 0.322 63 M 0.001 0.001 0.006 0.007 0.011 0.027 0.129 0.160 0.229 0.244 0.185 64 M 0.002 0.006 0.214 0.105 0.121 0.132 0.174 0.099 0.076 0.047 0.024 65 G 0.001 0.001 0.015 0.010 0.018 0.057 0.258 0.189 0.177 0.156 0.118 66 V 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.003 0.025 0.070 0.196 0.348 0.348 67 W 0.002 0.003 0.017 0.019 0.026 0.047 0.140 0.171 0.218 0.197 0.161 68 S 0.004 0.011 0.083 0.044 0.051 0.077 0.185 0.158 0.173 0.124 0.088 69 F 0.002 0.003 0.014 0.013 0.016 0.029 0.120 0.144 0.238 0.240 0.180 70 L 0.010 0.009 0.017 0.050 0.061 0.098 0.200 0.170 0.184 0.128 0.073 71 R 0.023 0.023 0.057 0.078 0.098 0.157 0.248 0.131 0.098 0.058 0.029 72 Q 0.009 0.011 0.026 0.038 0.032 0.053 0.141 0.157 0.209 0.191 0.133 73 F 0.012 0.010 0.011 0.020 0.016 0.027 0.092 0.136 0.212 0.237 0.228 74 M 0.017 0.015 0.024 0.050 0.057 0.093 0.181 0.153 0.167 0.136 0.107 75 Y 0.010 0.021 0.041 0.079 0.086 0.108 0.202 0.142 0.152 0.108 0.051 76 T 0.008 0.010 0.016 0.040 0.047 0.047 0.112 0.164 0.252 0.197 0.108 77 K 0.003 0.009 0.017 0.051 0.088 0.127 0.256 0.211 0.141 0.070 0.027 78 F 0.001 0.001 0.004 0.012 0.024 0.066 0.195 0.253 0.226 0.145 0.074 79 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.043 0.144 0.231 0.297 0.272 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.040 0.125 0.239 0.300 0.287 81 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.035 0.103 0.250 0.313 0.289 82 C 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.015 0.071 0.147 0.247 0.261 0.245 83 D 0.002 0.006 0.007 0.035 0.060 0.089 0.215 0.231 0.182 0.109 0.064 84 D 0.135 0.086 0.055 0.210 0.198 0.130 0.099 0.049 0.024 0.010 0.005 85 D 0.046 0.083 0.039 0.206 0.187 0.151 0.137 0.074 0.044 0.023 0.012 86 V 0.008 0.007 0.003 0.021 0.037 0.058 0.115 0.152 0.221 0.201 0.177 87 N 0.088 0.179 0.039 0.152 0.132 0.119 0.134 0.063 0.049 0.026 0.020 88 A 0.024 0.011 0.005 0.024 0.027 0.045 0.104 0.128 0.202 0.210 0.221 89 R 0.126 0.108 0.036 0.159 0.166 0.142 0.117 0.060 0.043 0.024 0.019 90 D 0.015 0.130 0.037 0.140 0.135 0.130 0.159 0.097 0.078 0.050 0.029 91 W 0.007 0.007 0.005 0.024 0.051 0.085 0.165 0.165 0.192 0.166 0.133 92 N 0.159 0.128 0.066 0.187 0.181 0.126 0.098 0.028 0.017 0.007 0.003 93 D 0.003 0.015 0.022 0.153 0.175 0.201 0.261 0.105 0.042 0.016 0.007 94 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.022 0.063 0.185 0.322 0.396 95 I 0.001 0.001 0.005 0.009 0.014 0.035 0.181 0.200 0.217 0.204 0.134 96 W 0.001 0.003 0.155 0.145 0.129 0.134 0.143 0.102 0.086 0.067 0.035 97 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.023 0.169 0.199 0.216 0.226 0.157 98 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.006 0.046 0.133 0.267 0.323 0.213 99 T 0.001 0.002 0.014 0.014 0.019 0.034 0.111 0.148 0.227 0.232 0.199 100 T 0.006 0.013 0.039 0.091 0.109 0.145 0.228 0.165 0.127 0.057 0.020 101 R 0.013 0.027 0.042 0.063 0.077 0.126 0.259 0.166 0.131 0.070 0.025 102 M 0.006 0.007 0.008 0.018 0.017 0.024 0.071 0.128 0.229 0.260 0.234 103 D 0.025 0.078 0.027 0.124 0.161 0.170 0.198 0.108 0.066 0.029 0.014 104 P 0.050 0.050 0.028 0.082 0.082 0.091 0.154 0.152 0.156 0.105 0.049 105 A 0.297 0.115 0.043 0.157 0.127 0.091 0.078 0.042 0.027 0.014 0.009 106 R 0.025 0.042 0.024 0.124 0.120 0.141 0.192 0.139 0.106 0.058 0.029 107 D 0.006 0.010 0.008 0.032 0.042 0.065 0.142 0.182 0.209 0.187 0.116 108 T 0.007 0.011 0.011 0.039 0.049 0.082 0.154 0.167 0.178 0.160 0.140 109 V 0.003 0.005 0.007 0.019 0.033 0.058 0.144 0.199 0.231 0.190 0.112 110 L 0.001 0.004 0.003 0.020 0.031 0.054 0.139 0.177 0.206 0.194 0.171 111 V 0.002 0.003 0.004 0.013 0.019 0.030 0.091 0.150 0.234 0.241 0.213 112 E 0.051 0.050 0.045 0.187 0.181 0.154 0.144 0.089 0.058 0.027 0.015 113 N 0.123 0.124 0.056 0.202 0.141 0.121 0.108 0.059 0.035 0.020 0.010 114 T 0.012 0.019 0.009 0.044 0.055 0.071 0.150 0.183 0.183 0.164 0.110 115 P 0.172 0.185 0.050 0.164 0.122 0.090 0.094 0.048 0.037 0.022 0.017 116 I 0.013 0.009 0.004 0.021 0.029 0.045 0.090 0.127 0.203 0.216 0.243 117 D 0.039 0.059 0.018 0.097 0.101 0.110 0.166 0.143 0.122 0.083 0.062 118 Y 0.026 0.029 0.015 0.077 0.087 0.112 0.197 0.161 0.146 0.095 0.055 119 L 0.006 0.004 0.004 0.010 0.013 0.027 0.065 0.110 0.203 0.255 0.304 120 D 0.012 0.022 0.014 0.072 0.082 0.100 0.153 0.165 0.163 0.127 0.090 121 F 0.009 0.014 0.008 0.034 0.048 0.077 0.167 0.189 0.188 0.159 0.106 122 A 0.020 0.023 0.015 0.042 0.045 0.057 0.118 0.140 0.180 0.183 0.176 123 S 0.038 0.031 0.013 0.064 0.084 0.095 0.146 0.150 0.145 0.123 0.111 124 P 0.119 0.138 0.058 0.192 0.136 0.106 0.093 0.057 0.043 0.033 0.025 125 V 0.128 0.082 0.045 0.111 0.104 0.106 0.133 0.093 0.080 0.069 0.049 126 S 0.202 0.114 0.041 0.119 0.102 0.087 0.097 0.076 0.067 0.053 0.043 127 G 0.179 0.105 0.046 0.118 0.096 0.089 0.100 0.070 0.071 0.062 0.065 128 L 0.047 0.059 0.029 0.100 0.099 0.115 0.160 0.110 0.109 0.091 0.081 129 G 0.083 0.068 0.025 0.086 0.105 0.100 0.132 0.116 0.115 0.093 0.078 130 S 0.015 0.015 0.006 0.035 0.048 0.055 0.106 0.135 0.183 0.188 0.212 131 K 0.009 0.017 0.010 0.052 0.096 0.142 0.190 0.146 0.138 0.104 0.096 132 M 0.004 0.003 0.002 0.008 0.012 0.023 0.088 0.166 0.238 0.242 0.214 133 G 0.004 0.003 0.002 0.010 0.015 0.031 0.100 0.144 0.195 0.227 0.271 134 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.027 0.068 0.175 0.309 0.405 135 D 0.001 0.003 0.003 0.015 0.025 0.046 0.124 0.193 0.220 0.201 0.169 136 A 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.018 0.077 0.128 0.205 0.266 0.285 137 T 0.006 0.012 0.013 0.062 0.088 0.107 0.190 0.164 0.157 0.123 0.079 138 N 0.034 0.053 0.022 0.146 0.177 0.159 0.155 0.108 0.079 0.046 0.022 139 K 0.085 0.114 0.054 0.174 0.157 0.115 0.117 0.078 0.055 0.035 0.016 140 W 0.046 0.041 0.023 0.083 0.096 0.104 0.186 0.144 0.125 0.096 0.056 141 P 0.273 0.222 0.036 0.121 0.090 0.072 0.075 0.044 0.035 0.021 0.011 142 G 0.409 0.170 0.050 0.136 0.081 0.057 0.040 0.022 0.018 0.011 0.005 143 E 0.443 0.114 0.044 0.073 0.046 0.042 0.060 0.045 0.050 0.044 0.039 144 T 0.166 0.179 0.083 0.159 0.117 0.089 0.100 0.050 0.034 0.016 0.006 145 Q 0.179 0.150 0.083 0.149 0.124 0.102 0.091 0.055 0.037 0.020 0.009 146 R 0.058 0.098 0.090 0.207 0.178 0.122 0.115 0.061 0.038 0.021 0.012 147 E 0.137 0.115 0.121 0.161 0.139 0.106 0.098 0.054 0.039 0.021 0.010 148 W 0.018 0.025 0.021 0.078 0.110 0.128 0.234 0.167 0.120 0.066 0.033 149 G 0.303 0.127 0.072 0.115 0.095 0.084 0.089 0.052 0.033 0.019 0.010 150 R 0.163 0.208 0.109 0.159 0.127 0.083 0.081 0.034 0.022 0.010 0.004 151 P 0.334 0.194 0.086 0.172 0.096 0.052 0.038 0.014 0.009 0.004 0.002 152 I 0.020 0.011 0.005 0.019 0.030 0.050 0.152 0.161 0.201 0.192 0.160 153 K 0.117 0.180 0.135 0.190 0.143 0.087 0.087 0.036 0.016 0.007 0.003 154 K 0.106 0.198 0.105 0.143 0.130 0.136 0.094 0.041 0.023 0.015 0.009 155 D 0.035 0.387 0.084 0.154 0.113 0.078 0.075 0.035 0.021 0.012 0.006 156 P 0.910 0.043 0.018 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.736 0.133 0.072 0.045 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.001 0.004 0.012 0.018 0.020 0.097 0.363 0.246 0.146 0.067 0.024 159 V 0.002 0.004 0.032 0.103 0.206 0.312 0.239 0.069 0.024 0.008 0.002 160 A 0.018 0.029 0.921 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 H 0.001 0.008 0.111 0.233 0.251 0.237 0.114 0.031 0.010 0.004 0.001 162 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.006 0.063 0.111 0.238 0.300 0.269 163 D 0.003 0.009 0.310 0.303 0.223 0.108 0.037 0.006 0.002 0.001 0.001 164 A 0.006 0.021 0.879 0.059 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 165 I 0.001 0.003 0.035 0.024 0.036 0.096 0.310 0.193 0.151 0.097 0.055 166 W 0.001 0.001 0.017 0.008 0.014 0.036 0.241 0.227 0.222 0.160 0.074 167 D 0.005 0.023 0.663 0.171 0.084 0.033 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 168 E 0.010 0.035 0.341 0.179 0.156 0.147 0.088 0.024 0.012 0.006 0.002 169 L 0.004 0.004 0.012 0.011 0.015 0.031 0.129 0.165 0.250 0.223 0.155 170 A 0.043 0.058 0.105 0.104 0.103 0.125 0.207 0.097 0.078 0.050 0.029 171 I 0.020 0.056 0.177 0.113 0.106 0.099 0.143 0.094 0.088 0.064 0.040 172 F 0.031 0.071 0.090 0.162 0.159 0.142 0.150 0.084 0.059 0.033 0.020 173 N 0.330 0.149 0.083 0.105 0.091 0.071 0.078 0.039 0.029 0.016 0.010 174 N 0.269 0.204 0.090 0.161 0.101 0.070 0.057 0.023 0.014 0.007 0.003 175 G 0.533 0.159 0.050 0.090 0.056 0.041 0.031 0.016 0.012 0.008 0.004 176 K 0.104 0.199 0.097 0.213 0.143 0.093 0.078 0.036 0.020 0.010 0.005 177 S 0.213 0.195 0.098 0.135 0.097 0.076 0.080 0.043 0.034 0.019 0.011 178 A 0.087 0.046 0.036 0.091 0.096 0.120 0.173 0.125 0.114 0.070 0.042 179 L 0.108 0.089 0.081 0.135 0.125 0.125 0.153 0.084 0.059 0.029 0.011 180 E 0.089 0.115 0.268 0.236 0.123 0.070 0.048 0.023 0.017 0.007 0.004 181 H 0.099 0.064 0.093 0.095 0.087 0.110 0.165 0.114 0.086 0.059 0.026 182 H 0.090 0.075 0.117 0.132 0.115 0.115 0.151 0.090 0.062 0.038 0.015 183 H 0.118 0.117 0.243 0.171 0.114 0.080 0.080 0.037 0.023 0.012 0.004 184 H 0.139 0.111 0.196 0.170 0.114 0.088 0.082 0.043 0.030 0.019 0.009 185 H 0.179 0.164 0.123 0.140 0.112 0.081 0.083 0.049 0.037 0.022 0.010 186 H 0.208 0.128 0.060 0.103 0.100 0.088 0.105 0.078 0.066 0.043 0.022