# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202.306 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.041 0.006 0.004 0.060 0.092 0.122 0.079 0.001 0.001 0.005 0.590 2 Y 0.028 0.004 0.004 0.069 0.099 0.130 0.068 0.001 0.001 0.004 0.593 3 T 0.012 0.002 0.002 0.062 0.082 0.145 0.076 0.001 0.001 0.003 0.615 4 G 0.025 0.003 0.002 0.046 0.070 0.123 0.069 0.001 0.001 0.004 0.658 5 R 0.042 0.004 0.003 0.062 0.043 0.108 0.061 0.001 0.001 0.004 0.671 6 P 0.014 0.001 0.001 0.018 0.011 0.033 0.041 0.001 0.001 0.001 0.878 7 P 0.007 0.001 0.001 0.009 0.003 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.962 8 D 0.022 0.002 0.001 0.017 0.011 0.030 0.101 0.001 0.001 0.002 0.814 9 E 0.096 0.005 0.001 0.010 0.006 0.007 0.057 0.001 0.001 0.002 0.817 10 P 0.020 0.018 0.001 0.006 0.003 0.004 0.050 0.001 0.001 0.001 0.897 11 A 0.064 0.049 0.001 0.009 0.011 0.022 0.476 0.001 0.001 0.012 0.355 12 V 0.178 0.321 0.003 0.012 0.011 0.026 0.225 0.002 0.001 0.006 0.216 13 L 0.044 0.763 0.002 0.013 0.012 0.014 0.012 0.003 0.001 0.001 0.136 14 G 0.065 0.604 0.003 0.004 0.004 0.010 0.021 0.006 0.001 0.003 0.280 15 V 0.153 0.479 0.030 0.003 0.002 0.005 0.020 0.005 0.001 0.001 0.300 16 A 0.052 0.466 0.005 0.011 0.004 0.004 0.021 0.014 0.001 0.001 0.422 17 L 0.057 0.631 0.004 0.010 0.005 0.011 0.046 0.008 0.001 0.004 0.223 18 N 0.029 0.846 0.002 0.002 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.106 19 E 0.025 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.085 20 V 0.114 0.783 0.003 0.003 0.002 0.004 0.015 0.013 0.001 0.002 0.061 21 F 0.162 0.758 0.019 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.046 22 V 0.013 0.920 0.013 0.005 0.001 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.035 23 P 0.002 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.910 24 I 0.128 0.690 0.001 0.003 0.001 0.004 0.016 0.004 0.001 0.001 0.152 25 L 0.056 0.807 0.003 0.003 0.002 0.005 0.012 0.006 0.001 0.001 0.107 26 Q 0.061 0.880 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.047 27 K 0.162 0.735 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.087 28 Q 0.273 0.482 0.010 0.003 0.006 0.003 0.006 0.039 0.001 0.001 0.178 29 F 0.326 0.210 0.127 0.020 0.009 0.014 0.020 0.022 0.001 0.002 0.249 30 P 0.001 0.002 0.011 0.005 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.974 31 E 0.026 0.004 0.002 0.110 0.040 0.055 0.121 0.002 0.001 0.001 0.638 32 I 0.319 0.011 0.004 0.049 0.009 0.020 0.035 0.001 0.001 0.006 0.546 33 V 0.040 0.049 0.002 0.365 0.090 0.114 0.089 0.001 0.001 0.003 0.246 34 D 0.050 0.018 0.001 0.109 0.039 0.063 0.111 0.001 0.001 0.003 0.604 35 F 0.123 0.038 0.003 0.209 0.074 0.129 0.062 0.002 0.001 0.006 0.353 36 Y 0.077 0.035 0.008 0.095 0.079 0.150 0.133 0.004 0.001 0.008 0.410 37 L 0.051 0.016 0.014 0.058 0.050 0.103 0.065 0.002 0.001 0.005 0.636 38 P 0.015 0.007 0.002 0.041 0.041 0.092 0.049 0.001 0.001 0.001 0.751 39 P 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.969 40 E 0.037 0.010 0.001 0.023 0.028 0.077 0.155 0.001 0.001 0.004 0.663 41 G 0.419 0.022 0.001 0.013 0.014 0.015 0.051 0.003 0.001 0.007 0.455 42 C 0.357 0.137 0.007 0.020 0.022 0.026 0.072 0.001 0.001 0.006 0.352 43 S 0.052 0.083 0.007 0.039 0.060 0.108 0.116 0.002 0.001 0.005 0.528 44 Y 0.062 0.100 0.006 0.057 0.106 0.152 0.075 0.002 0.001 0.006 0.434 45 R 0.042 0.107 0.005 0.092 0.139 0.247 0.080 0.004 0.001 0.008 0.276 46 L 0.035 0.061 0.007 0.105 0.218 0.363 0.050 0.004 0.001 0.006 0.152 47 A 0.010 0.041 0.003 0.255 0.306 0.337 0.013 0.001 0.001 0.001 0.032 48 V 0.005 0.048 0.003 0.221 0.233 0.394 0.014 0.001 0.001 0.001 0.080 49 V 0.003 0.028 0.001 0.316 0.254 0.350 0.009 0.001 0.001 0.001 0.037 50 T 0.007 0.039 0.003 0.251 0.177 0.325 0.045 0.002 0.001 0.002 0.150 51 I 0.010 0.036 0.007 0.210 0.149 0.280 0.058 0.002 0.001 0.003 0.246 52 K 0.011 0.039 0.003 0.163 0.105 0.272 0.094 0.002 0.001 0.004 0.308 53 K 0.032 0.046 0.001 0.053 0.032 0.093 0.115 0.005 0.001 0.006 0.617 54 Q 0.172 0.092 0.006 0.030 0.018 0.036 0.121 0.009 0.001 0.009 0.507 55 Y 0.221 0.098 0.012 0.009 0.009 0.010 0.084 0.006 0.001 0.003 0.549 56 A 0.019 0.028 0.005 0.003 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.916 57 G 0.013 0.024 0.001 0.002 0.001 0.002 0.152 0.001 0.001 0.002 0.802 58 H 0.218 0.112 0.003 0.001 0.001 0.001 0.097 0.001 0.001 0.002 0.565 59 A 0.037 0.694 0.001 0.002 0.001 0.002 0.070 0.001 0.001 0.002 0.189 60 K 0.019 0.779 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.165 61 R 0.017 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.096 62 V 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 63 M 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 64 M 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 65 G 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 66 V 0.009 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 67 W 0.004 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 68 S 0.021 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.021 69 F 0.041 0.915 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.026 70 L 0.065 0.778 0.024 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 0.001 0.001 0.096 71 R 0.056 0.601 0.054 0.002 0.004 0.004 0.026 0.025 0.001 0.002 0.226 72 Q 0.126 0.576 0.011 0.004 0.006 0.006 0.016 0.025 0.001 0.002 0.229 73 F 0.206 0.554 0.011 0.007 0.011 0.010 0.015 0.033 0.001 0.003 0.150 74 M 0.133 0.385 0.012 0.018 0.036 0.025 0.039 0.050 0.001 0.004 0.298 75 Y 0.182 0.155 0.023 0.045 0.046 0.059 0.066 0.074 0.001 0.010 0.340 76 T 0.220 0.032 0.035 0.121 0.121 0.098 0.104 0.038 0.001 0.013 0.219 77 K 0.018 0.001 0.039 0.116 0.028 0.025 0.041 0.002 0.001 0.003 0.726 78 F 0.006 0.001 0.019 0.449 0.099 0.121 0.080 0.001 0.001 0.003 0.221 79 V 0.002 0.001 0.002 0.784 0.093 0.072 0.016 0.001 0.001 0.001 0.030 80 I 0.001 0.001 0.001 0.680 0.070 0.078 0.023 0.001 0.001 0.001 0.148 81 V 0.001 0.001 0.001 0.772 0.091 0.111 0.006 0.001 0.001 0.001 0.019 82 C 0.001 0.001 0.001 0.760 0.044 0.082 0.022 0.001 0.001 0.001 0.091 83 D 0.001 0.001 0.001 0.539 0.108 0.140 0.036 0.001 0.001 0.002 0.174 84 D 0.001 0.001 0.001 0.201 0.041 0.091 0.091 0.001 0.001 0.005 0.571 85 D 0.014 0.001 0.001 0.073 0.024 0.052 0.299 0.001 0.001 0.028 0.509 86 V 0.263 0.002 0.002 0.064 0.033 0.037 0.178 0.001 0.001 0.084 0.337 87 N 0.098 0.005 0.002 0.012 0.015 0.015 0.469 0.001 0.001 0.011 0.372 88 A 0.026 0.002 0.006 0.008 0.004 0.006 0.060 0.001 0.001 0.004 0.883 89 R 0.028 0.009 0.002 0.018 0.012 0.026 0.476 0.001 0.001 0.010 0.420 90 D 0.087 0.004 0.001 0.002 0.003 0.005 0.598 0.001 0.001 0.015 0.285 91 W 0.074 0.064 0.006 0.006 0.003 0.006 0.104 0.001 0.001 0.006 0.730 92 N 0.013 0.057 0.001 0.002 0.001 0.002 0.405 0.001 0.001 0.008 0.509 93 D 0.027 0.198 0.001 0.001 0.001 0.003 0.453 0.003 0.001 0.010 0.303 94 V 0.018 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.094 95 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 96 W 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 97 A 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 98 I 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 99 T 0.015 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.009 100 T 0.036 0.892 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.015 101 R 0.212 0.548 0.016 0.003 0.003 0.002 0.002 0.123 0.001 0.001 0.091 102 M 0.171 0.245 0.404 0.006 0.005 0.008 0.019 0.033 0.001 0.003 0.106 103 D 0.109 0.107 0.075 0.045 0.071 0.067 0.130 0.045 0.001 0.004 0.347 104 P 0.002 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.981 105 A 0.014 0.006 0.001 0.023 0.020 0.039 0.409 0.002 0.001 0.013 0.473 106 R 0.614 0.009 0.004 0.014 0.008 0.013 0.098 0.003 0.001 0.063 0.174 107 D 0.419 0.074 0.009 0.109 0.048 0.035 0.085 0.005 0.001 0.013 0.204 108 T 0.106 0.017 0.020 0.158 0.115 0.127 0.101 0.002 0.001 0.011 0.342 109 V 0.014 0.005 0.003 0.280 0.282 0.303 0.043 0.001 0.001 0.002 0.067 110 L 0.005 0.005 0.003 0.275 0.182 0.305 0.056 0.001 0.001 0.001 0.167 111 V 0.003 0.002 0.001 0.182 0.300 0.383 0.037 0.001 0.001 0.001 0.090 112 E 0.002 0.001 0.001 0.082 0.049 0.107 0.038 0.001 0.001 0.001 0.719 113 N 0.011 0.001 0.001 0.100 0.069 0.171 0.165 0.001 0.001 0.012 0.470 114 T 0.184 0.001 0.004 0.094 0.037 0.059 0.199 0.001 0.001 0.038 0.382 115 P 0.007 0.001 0.001 0.015 0.006 0.006 0.035 0.001 0.001 0.002 0.926 116 I 0.016 0.001 0.002 0.089 0.042 0.095 0.151 0.001 0.001 0.008 0.596 117 D 0.090 0.002 0.001 0.067 0.062 0.089 0.243 0.001 0.001 0.008 0.436 118 Y 0.019 0.002 0.001 0.016 0.013 0.015 0.027 0.001 0.001 0.002 0.905 119 L 0.030 0.005 0.001 0.061 0.063 0.134 0.302 0.001 0.001 0.010 0.394 120 D 0.138 0.008 0.001 0.048 0.030 0.053 0.335 0.001 0.001 0.020 0.365 121 F 0.048 0.020 0.003 0.037 0.013 0.021 0.053 0.001 0.001 0.005 0.798 122 A 0.075 0.022 0.005 0.040 0.030 0.058 0.274 0.003 0.001 0.023 0.469 123 S 0.304 0.018 0.005 0.019 0.021 0.032 0.230 0.003 0.001 0.016 0.352 124 P 0.014 0.005 0.003 0.005 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.953 125 V 0.045 0.013 0.004 0.011 0.027 0.062 0.273 0.001 0.001 0.011 0.552 126 S 0.188 0.028 0.002 0.016 0.032 0.050 0.124 0.004 0.001 0.010 0.547 127 G 0.253 0.082 0.001 0.019 0.038 0.031 0.081 0.011 0.001 0.010 0.475 128 L 0.296 0.031 0.013 0.010 0.019 0.023 0.129 0.003 0.001 0.020 0.456 129 G 0.080 0.008 0.008 0.029 0.033 0.038 0.174 0.005 0.001 0.015 0.610 130 S 0.148 0.004 0.042 0.101 0.058 0.063 0.130 0.002 0.001 0.020 0.432 131 K 0.026 0.002 0.012 0.157 0.103 0.111 0.141 0.001 0.001 0.007 0.441 132 M 0.008 0.001 0.002 0.437 0.195 0.229 0.044 0.001 0.001 0.002 0.082 133 G 0.003 0.001 0.001 0.453 0.164 0.256 0.033 0.001 0.001 0.001 0.089 134 L 0.001 0.001 0.001 0.592 0.155 0.177 0.015 0.001 0.001 0.001 0.059 135 D 0.001 0.001 0.001 0.413 0.132 0.242 0.048 0.001 0.001 0.001 0.162 136 A 0.004 0.001 0.001 0.508 0.133 0.187 0.037 0.001 0.001 0.004 0.126 137 T 0.009 0.002 0.001 0.235 0.099 0.199 0.174 0.001 0.001 0.009 0.273 138 N 0.035 0.002 0.002 0.146 0.108 0.159 0.105 0.001 0.001 0.012 0.430 139 K 0.030 0.003 0.003 0.068 0.038 0.076 0.104 0.001 0.001 0.009 0.667 140 W 0.040 0.002 0.004 0.038 0.077 0.132 0.154 0.001 0.001 0.007 0.545 141 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.979 142 G 0.013 0.001 0.001 0.017 0.024 0.054 0.104 0.001 0.001 0.003 0.784 143 E 0.225 0.005 0.001 0.013 0.013 0.029 0.094 0.001 0.001 0.013 0.607 144 T 0.151 0.031 0.001 0.028 0.036 0.034 0.107 0.002 0.001 0.003 0.607 145 Q 0.123 0.027 0.003 0.029 0.027 0.038 0.092 0.001 0.001 0.007 0.654 146 R 0.097 0.044 0.003 0.044 0.042 0.058 0.165 0.001 0.001 0.007 0.539 147 E 0.107 0.032 0.005 0.027 0.044 0.078 0.144 0.003 0.001 0.008 0.553 148 W 0.101 0.032 0.008 0.047 0.066 0.135 0.088 0.003 0.001 0.006 0.514 149 G 0.041 0.008 0.004 0.028 0.024 0.053 0.040 0.002 0.001 0.004 0.795 150 R 0.092 0.007 0.010 0.047 0.052 0.114 0.076 0.002 0.001 0.006 0.594 151 P 0.006 0.001 0.001 0.011 0.006 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.963 152 I 0.060 0.005 0.002 0.065 0.025 0.058 0.106 0.001 0.001 0.004 0.675 153 K 0.214 0.009 0.003 0.087 0.022 0.067 0.146 0.002 0.001 0.009 0.441 154 K 0.172 0.013 0.005 0.065 0.012 0.024 0.094 0.002 0.001 0.004 0.608 155 D 0.117 0.005 0.004 0.036 0.007 0.014 0.245 0.001 0.001 0.005 0.566 156 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.988 157 D 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.494 0.001 0.001 0.001 0.497 158 V 0.222 0.058 0.001 0.007 0.003 0.009 0.368 0.001 0.001 0.023 0.310 159 V 0.079 0.826 0.001 0.005 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.002 0.062 160 A 0.041 0.855 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.092 161 H 0.064 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.076 162 I 0.028 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 163 D 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.024 164 A 0.019 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.064 165 I 0.049 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.024 166 W 0.025 0.941 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.016 167 D 0.006 0.955 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.025 168 E 0.029 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.035 169 L 0.111 0.772 0.004 0.002 0.003 0.002 0.003 0.064 0.001 0.001 0.039 170 A 0.245 0.528 0.051 0.004 0.005 0.005 0.010 0.055 0.001 0.002 0.095 171 I 0.090 0.344 0.230 0.014 0.017 0.029 0.021 0.021 0.001 0.001 0.233 172 F 0.046 0.122 0.007 0.042 0.030 0.039 0.026 0.022 0.001 0.001 0.664 173 N 0.162 0.084 0.010 0.027 0.017 0.023 0.067 0.012 0.001 0.004 0.595 174 N 0.096 0.047 0.008 0.015 0.007 0.011 0.094 0.006 0.001 0.005 0.709 175 G 0.236 0.021 0.007 0.019 0.006 0.009 0.206 0.009 0.001 0.021 0.467 176 K 0.407 0.025 0.044 0.018 0.004 0.008 0.150 0.001 0.001 0.022 0.320 177 S 0.023 0.032 0.007 0.031 0.024 0.020 0.199 0.001 0.001 0.003 0.660 178 A 0.024 0.045 0.004 0.034 0.026 0.051 0.134 0.001 0.001 0.004 0.677 179 L 0.030 0.148 0.001 0.053 0.078 0.161 0.154 0.001 0.001 0.006 0.367 180 E 0.046 0.235 0.001 0.014 0.036 0.058 0.142 0.003 0.001 0.006 0.458 181 H 0.098 0.452 0.003 0.016 0.041 0.069 0.065 0.005 0.001 0.005 0.247 182 H 0.073 0.613 0.003 0.020 0.034 0.044 0.036 0.011 0.001 0.004 0.163 183 H 0.086 0.550 0.006 0.011 0.018 0.027 0.038 0.021 0.001 0.005 0.238 184 H 0.212 0.411 0.016 0.008 0.013 0.023 0.043 0.043 0.001 0.006 0.227 185 H 0.365 0.231 0.031 0.009 0.012 0.011 0.043 0.042 0.001 0.006 0.251 186 H 0.151 0.130 0.097 0.020 0.020 0.025 0.069 0.013 0.001 0.007 0.469