# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202.306 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.079 0.443 0.300 0.082 0.052 0.016 0.003 0.002 0.021 0.001 0.001 2 Y 0.050 0.403 0.351 0.017 0.062 0.050 0.014 0.003 0.044 0.005 0.001 3 T 0.068 0.268 0.475 0.102 0.008 0.039 0.009 0.001 0.028 0.001 0.001 4 G 0.029 0.023 0.180 0.025 0.143 0.005 0.052 0.264 0.003 0.274 0.001 5 R 0.011 0.323 0.565 0.001 0.025 0.011 0.002 0.001 0.060 0.001 0.001 6 P 0.015 0.002 0.936 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 7 P 0.199 0.002 0.729 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 8 D 0.187 0.057 0.136 0.378 0.033 0.051 0.055 0.072 0.026 0.004 0.001 9 E 0.122 0.188 0.521 0.006 0.029 0.025 0.009 0.001 0.096 0.003 0.001 10 P 0.746 0.004 0.191 0.032 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 11 A 0.646 0.101 0.088 0.070 0.049 0.011 0.008 0.010 0.013 0.004 0.001 12 V 0.712 0.127 0.075 0.036 0.013 0.022 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 13 L 0.817 0.048 0.043 0.059 0.004 0.018 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 14 G 0.887 0.020 0.021 0.027 0.017 0.005 0.006 0.009 0.002 0.005 0.001 15 V 0.941 0.019 0.016 0.012 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 A 0.968 0.004 0.013 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.954 0.003 0.004 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.965 0.003 0.008 0.014 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 19 E 0.974 0.003 0.005 0.009 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.984 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.953 0.003 0.004 0.035 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.991 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 P 0.994 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.976 0.002 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Q 0.986 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.932 0.004 0.003 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 Q 0.701 0.014 0.011 0.263 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 29 F 0.087 0.065 0.085 0.007 0.005 0.019 0.038 0.001 0.692 0.001 0.001 30 P 0.564 0.001 0.369 0.022 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 31 E 0.358 0.079 0.160 0.187 0.064 0.022 0.062 0.055 0.007 0.006 0.001 32 I 0.059 0.293 0.530 0.007 0.010 0.077 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 33 V 0.575 0.168 0.052 0.161 0.005 0.022 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 34 D 0.096 0.514 0.173 0.056 0.088 0.031 0.016 0.001 0.024 0.001 0.001 35 F 0.029 0.796 0.062 0.016 0.075 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 36 Y 0.027 0.578 0.155 0.030 0.055 0.057 0.016 0.001 0.077 0.004 0.001 37 L 0.005 0.497 0.269 0.002 0.029 0.022 0.005 0.001 0.170 0.001 0.001 38 P 0.007 0.003 0.937 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 39 P 0.578 0.003 0.297 0.029 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 40 E 0.348 0.081 0.150 0.202 0.104 0.014 0.043 0.035 0.012 0.012 0.001 41 G 0.250 0.064 0.188 0.112 0.159 0.021 0.051 0.078 0.016 0.060 0.002 42 C 0.296 0.144 0.211 0.145 0.106 0.037 0.021 0.010 0.018 0.009 0.002 43 S 0.385 0.130 0.112 0.231 0.055 0.036 0.015 0.011 0.017 0.007 0.001 44 Y 0.251 0.280 0.181 0.117 0.092 0.027 0.019 0.006 0.022 0.005 0.001 45 R 0.346 0.143 0.169 0.156 0.034 0.070 0.051 0.007 0.019 0.002 0.002 46 L 0.047 0.678 0.129 0.023 0.089 0.015 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 47 A 0.021 0.800 0.113 0.003 0.041 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 48 V 0.021 0.848 0.093 0.003 0.011 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 49 V 0.033 0.804 0.087 0.005 0.034 0.016 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 50 T 0.041 0.681 0.158 0.009 0.024 0.047 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 51 I 0.104 0.384 0.387 0.007 0.019 0.070 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 52 K 0.747 0.061 0.105 0.051 0.005 0.022 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 53 K 0.432 0.261 0.170 0.028 0.052 0.029 0.012 0.002 0.013 0.001 0.001 54 Q 0.490 0.188 0.120 0.129 0.018 0.025 0.009 0.002 0.017 0.001 0.001 55 Y 0.244 0.231 0.158 0.066 0.070 0.028 0.023 0.004 0.159 0.016 0.001 56 A 0.710 0.007 0.223 0.025 0.004 0.007 0.007 0.004 0.001 0.009 0.003 57 G 0.708 0.001 0.008 0.021 0.004 0.001 0.014 0.199 0.001 0.042 0.001 58 H 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 M 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 M 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 G 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 W 0.939 0.002 0.004 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.790 0.005 0.008 0.176 0.003 0.003 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 69 F 0.625 0.028 0.054 0.203 0.010 0.029 0.031 0.006 0.012 0.002 0.001 70 L 0.563 0.048 0.141 0.147 0.012 0.040 0.023 0.004 0.018 0.003 0.001 71 R 0.753 0.021 0.047 0.089 0.021 0.010 0.034 0.017 0.003 0.006 0.001 72 Q 0.599 0.043 0.033 0.240 0.016 0.023 0.028 0.006 0.010 0.002 0.001 73 F 0.348 0.149 0.125 0.251 0.023 0.052 0.018 0.004 0.028 0.001 0.001 74 M 0.388 0.161 0.138 0.163 0.052 0.033 0.037 0.006 0.020 0.003 0.001 75 Y 0.176 0.106 0.094 0.398 0.040 0.049 0.084 0.021 0.029 0.003 0.001 76 T 0.041 0.330 0.475 0.043 0.073 0.022 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 77 K 0.186 0.390 0.240 0.091 0.050 0.023 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 78 F 0.010 0.701 0.192 0.007 0.054 0.016 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 79 V 0.003 0.872 0.062 0.001 0.016 0.010 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 80 I 0.003 0.760 0.162 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 81 V 0.007 0.509 0.312 0.002 0.004 0.118 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 82 C 0.040 0.525 0.208 0.028 0.020 0.122 0.003 0.001 0.054 0.001 0.001 83 D 0.065 0.138 0.281 0.049 0.166 0.183 0.029 0.001 0.077 0.006 0.004 84 D 0.786 0.007 0.015 0.176 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 85 D 0.194 0.094 0.086 0.483 0.027 0.029 0.036 0.007 0.042 0.001 0.002 86 V 0.118 0.407 0.256 0.095 0.031 0.037 0.008 0.001 0.043 0.001 0.001 87 N 0.020 0.108 0.281 0.019 0.042 0.303 0.053 0.002 0.167 0.006 0.001 88 A 0.678 0.024 0.049 0.213 0.006 0.014 0.004 0.004 0.004 0.002 0.002 89 R 0.615 0.046 0.089 0.196 0.024 0.012 0.007 0.004 0.004 0.002 0.001 90 D 0.090 0.055 0.247 0.095 0.029 0.198 0.015 0.001 0.262 0.007 0.001 91 W 0.979 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 N 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 D 0.937 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 W 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 T 0.953 0.006 0.005 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 T 0.509 0.012 0.007 0.464 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 R 0.200 0.044 0.069 0.221 0.034 0.043 0.316 0.037 0.031 0.004 0.001 102 M 0.076 0.427 0.233 0.113 0.054 0.058 0.006 0.001 0.028 0.002 0.001 103 D 0.008 0.122 0.351 0.003 0.044 0.178 0.012 0.001 0.280 0.001 0.001 104 P 0.860 0.004 0.067 0.041 0.002 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 105 A 0.754 0.011 0.034 0.180 0.004 0.006 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 106 R 0.346 0.094 0.066 0.423 0.026 0.010 0.016 0.004 0.013 0.001 0.001 107 D 0.079 0.137 0.249 0.153 0.036 0.104 0.176 0.005 0.058 0.001 0.002 108 T 0.052 0.583 0.217 0.030 0.086 0.016 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 109 V 0.021 0.805 0.111 0.006 0.025 0.017 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 110 L 0.025 0.538 0.354 0.005 0.010 0.044 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 111 V 0.015 0.603 0.125 0.004 0.011 0.036 0.003 0.001 0.203 0.001 0.001 112 E 0.072 0.025 0.867 0.007 0.002 0.019 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 113 N 0.037 0.017 0.035 0.201 0.023 0.033 0.422 0.211 0.016 0.004 0.001 114 T 0.012 0.397 0.481 0.002 0.029 0.016 0.003 0.001 0.058 0.001 0.001 115 P 0.207 0.027 0.583 0.049 0.001 0.097 0.002 0.001 0.005 0.001 0.030 116 I 0.125 0.392 0.240 0.082 0.087 0.031 0.011 0.005 0.023 0.003 0.001 117 D 0.095 0.291 0.272 0.056 0.081 0.083 0.029 0.004 0.085 0.003 0.001 118 Y 0.308 0.186 0.204 0.173 0.042 0.041 0.012 0.005 0.025 0.003 0.002 119 L 0.184 0.222 0.307 0.123 0.047 0.063 0.014 0.005 0.029 0.004 0.001 120 D 0.104 0.223 0.302 0.080 0.047 0.117 0.033 0.005 0.085 0.004 0.001 121 F 0.417 0.072 0.158 0.232 0.017 0.037 0.036 0.011 0.014 0.003 0.002 122 A 0.251 0.099 0.260 0.233 0.049 0.024 0.023 0.032 0.012 0.016 0.001 123 S 0.088 0.221 0.434 0.006 0.075 0.018 0.024 0.003 0.112 0.018 0.001 124 P 0.329 0.003 0.464 0.021 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 125 V 0.421 0.163 0.188 0.104 0.032 0.026 0.018 0.011 0.032 0.004 0.002 126 S 0.263 0.041 0.387 0.203 0.011 0.021 0.053 0.004 0.010 0.006 0.003 127 G 0.046 0.006 0.040 0.040 0.043 0.005 0.144 0.606 0.003 0.066 0.001 128 L 0.249 0.124 0.301 0.264 0.020 0.023 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 129 G 0.082 0.039 0.169 0.108 0.112 0.009 0.067 0.230 0.010 0.174 0.001 130 S 0.108 0.188 0.489 0.056 0.101 0.027 0.008 0.006 0.010 0.006 0.002 131 K 0.148 0.390 0.268 0.086 0.057 0.023 0.006 0.003 0.016 0.002 0.001 132 M 0.051 0.549 0.221 0.030 0.109 0.019 0.004 0.002 0.014 0.002 0.001 133 G 0.041 0.675 0.111 0.010 0.122 0.018 0.003 0.002 0.017 0.002 0.001 134 L 0.045 0.750 0.109 0.006 0.039 0.026 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 135 D 0.078 0.446 0.241 0.024 0.031 0.100 0.009 0.001 0.068 0.001 0.001 136 A 0.182 0.249 0.234 0.093 0.128 0.049 0.025 0.008 0.025 0.006 0.002 137 T 0.232 0.273 0.118 0.273 0.059 0.017 0.007 0.003 0.016 0.002 0.001 138 N 0.085 0.175 0.229 0.102 0.104 0.066 0.174 0.015 0.034 0.015 0.001 139 K 0.137 0.179 0.498 0.078 0.016 0.049 0.010 0.002 0.027 0.002 0.003 140 W 0.037 0.205 0.582 0.004 0.016 0.026 0.012 0.001 0.114 0.002 0.002 141 P 0.093 0.003 0.841 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 142 G 0.105 0.011 0.072 0.035 0.044 0.003 0.032 0.619 0.002 0.076 0.001 143 E 0.207 0.150 0.450 0.099 0.026 0.039 0.009 0.002 0.014 0.002 0.002 144 T 0.095 0.325 0.354 0.086 0.080 0.024 0.008 0.003 0.019 0.004 0.001 145 Q 0.279 0.168 0.283 0.115 0.062 0.047 0.016 0.007 0.018 0.004 0.001 146 R 0.301 0.207 0.287 0.086 0.047 0.025 0.009 0.004 0.031 0.003 0.001 147 E 0.402 0.165 0.244 0.104 0.013 0.041 0.005 0.002 0.022 0.001 0.001 148 W 0.173 0.147 0.316 0.256 0.038 0.017 0.030 0.004 0.012 0.006 0.001 149 G 0.062 0.018 0.122 0.039 0.070 0.004 0.067 0.393 0.004 0.220 0.001 150 R 0.026 0.339 0.531 0.002 0.017 0.014 0.004 0.001 0.066 0.001 0.001 151 P 0.086 0.006 0.847 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 152 I 0.331 0.232 0.209 0.099 0.027 0.071 0.007 0.003 0.021 0.001 0.001 153 K 0.226 0.378 0.226 0.048 0.075 0.021 0.009 0.001 0.014 0.002 0.001 154 K 0.102 0.200 0.403 0.189 0.035 0.053 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 155 D 0.005 0.109 0.692 0.001 0.024 0.047 0.001 0.001 0.122 0.001 0.001 156 P 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 D 0.954 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.934 0.001 0.002 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 V 0.985 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 A 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 H 0.930 0.001 0.002 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 I 0.980 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 D 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 I 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 W 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 D 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 E 0.974 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 L 0.552 0.004 0.007 0.433 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 A 0.411 0.020 0.051 0.049 0.022 0.016 0.297 0.071 0.033 0.032 0.001 171 I 0.415 0.117 0.301 0.097 0.009 0.042 0.003 0.001 0.010 0.003 0.001 172 F 0.348 0.053 0.352 0.135 0.021 0.047 0.018 0.006 0.010 0.009 0.001 173 N 0.494 0.047 0.040 0.209 0.016 0.034 0.114 0.019 0.022 0.003 0.001 174 N 0.261 0.040 0.101 0.435 0.011 0.009 0.127 0.005 0.009 0.003 0.001 175 G 0.053 0.006 0.055 0.041 0.023 0.003 0.111 0.656 0.002 0.050 0.001 176 K 0.236 0.266 0.420 0.020 0.017 0.020 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 177 S 0.319 0.113 0.497 0.014 0.008 0.030 0.003 0.002 0.009 0.004 0.001 178 A 0.751 0.103 0.062 0.036 0.018 0.015 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 179 L 0.746 0.098 0.089 0.027 0.014 0.017 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 180 E 0.768 0.080 0.072 0.029 0.018 0.017 0.006 0.002 0.008 0.001 0.001 181 H 0.696 0.070 0.053 0.132 0.015 0.012 0.007 0.002 0.012 0.001 0.001 182 H 0.601 0.092 0.073 0.123 0.020 0.021 0.046 0.005 0.016 0.003 0.001 183 H 0.583 0.066 0.070 0.139 0.025 0.021 0.064 0.011 0.013 0.007 0.001 184 H 0.357 0.090 0.109 0.292 0.029 0.027 0.063 0.010 0.019 0.003 0.001 185 H 0.306 0.137 0.173 0.202 0.025 0.045 0.069 0.010 0.030 0.003 0.001 186 H 0.180 0.283 0.270 0.099 0.048 0.049 0.026 0.006 0.031 0.008 0.001