# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202.306 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.116 0.237 0.070 0.009 0.354 0.009 0.030 0.056 0.043 0.042 0.035 2 Y 0.176 0.139 0.062 0.022 0.236 0.020 0.031 0.087 0.068 0.089 0.070 3 T 0.059 0.188 0.127 0.060 0.158 0.033 0.088 0.095 0.072 0.084 0.035 4 G 0.059 0.084 0.162 0.144 0.073 0.055 0.033 0.068 0.073 0.196 0.054 5 R 0.017 0.387 0.391 0.042 0.072 0.008 0.024 0.030 0.012 0.010 0.008 6 P 0.016 0.486 0.329 0.024 0.086 0.009 0.006 0.021 0.009 0.006 0.009 7 P 0.031 0.119 0.042 0.012 0.075 0.047 0.154 0.247 0.216 0.039 0.019 8 D 0.035 0.103 0.114 0.016 0.044 0.009 0.012 0.107 0.150 0.362 0.047 9 E 0.053 0.142 0.067 0.015 0.090 0.011 0.024 0.351 0.166 0.053 0.029 10 P 0.027 0.055 0.015 0.011 0.052 0.026 0.058 0.499 0.174 0.055 0.027 11 A 0.071 0.097 0.025 0.004 0.127 0.005 0.020 0.423 0.141 0.063 0.023 12 V 0.078 0.053 0.015 0.004 0.116 0.009 0.022 0.525 0.085 0.072 0.021 13 L 0.052 0.079 0.022 0.016 0.081 0.014 0.031 0.497 0.111 0.069 0.027 14 G 0.028 0.033 0.024 0.049 0.044 0.045 0.047 0.514 0.115 0.080 0.021 15 V 0.028 0.110 0.039 0.013 0.085 0.010 0.049 0.530 0.096 0.029 0.011 16 A 0.041 0.041 0.016 0.007 0.041 0.012 0.057 0.636 0.088 0.038 0.023 17 L 0.024 0.059 0.019 0.013 0.040 0.026 0.063 0.466 0.193 0.082 0.014 18 N 0.022 0.081 0.034 0.016 0.037 0.018 0.031 0.502 0.156 0.089 0.014 19 E 0.010 0.031 0.015 0.002 0.027 0.011 0.027 0.697 0.155 0.017 0.009 20 V 0.008 0.019 0.007 0.002 0.015 0.001 0.020 0.764 0.137 0.023 0.005 21 F 0.006 0.011 0.004 0.001 0.007 0.001 0.008 0.584 0.276 0.097 0.005 22 V 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.927 0.060 0.001 0.001 23 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.954 0.024 0.001 0.001 24 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.882 0.071 0.018 0.001 25 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.756 0.206 0.022 0.002 26 Q 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.013 0.061 0.630 0.280 0.006 0.001 27 K 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.142 0.672 0.121 0.050 0.002 28 Q 0.007 0.013 0.017 0.016 0.010 0.069 0.275 0.164 0.173 0.241 0.016 29 F 0.124 0.180 0.030 0.015 0.155 0.005 0.014 0.158 0.139 0.059 0.120 30 P 0.015 0.098 0.029 0.006 0.046 0.024 0.064 0.332 0.347 0.033 0.006 31 E 0.020 0.065 0.013 0.002 0.061 0.002 0.033 0.165 0.244 0.386 0.010 32 I 0.599 0.013 0.002 0.001 0.154 0.002 0.006 0.015 0.024 0.032 0.152 33 V 0.007 0.036 0.015 0.083 0.051 0.264 0.293 0.170 0.063 0.013 0.005 34 D 0.318 0.087 0.015 0.002 0.451 0.001 0.005 0.026 0.015 0.038 0.044 35 F 0.191 0.124 0.013 0.005 0.553 0.010 0.010 0.027 0.012 0.013 0.040 36 Y 0.294 0.045 0.011 0.003 0.331 0.004 0.008 0.012 0.011 0.081 0.199 37 L 0.033 0.522 0.242 0.023 0.133 0.003 0.007 0.009 0.004 0.012 0.014 38 P 0.004 0.521 0.401 0.021 0.040 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 39 P 0.011 0.027 0.019 0.009 0.021 0.029 0.075 0.381 0.399 0.021 0.008 40 E 0.009 0.032 0.033 0.028 0.015 0.044 0.094 0.390 0.270 0.066 0.017 41 G 0.020 0.027 0.014 0.027 0.023 0.020 0.028 0.109 0.169 0.535 0.028 42 C 0.063 0.045 0.020 0.015 0.069 0.018 0.051 0.253 0.223 0.206 0.038 43 S 0.083 0.089 0.037 0.016 0.110 0.023 0.054 0.164 0.194 0.169 0.060 44 Y 0.049 0.251 0.072 0.027 0.205 0.033 0.053 0.147 0.075 0.070 0.016 45 R 0.366 0.044 0.008 0.009 0.276 0.011 0.039 0.062 0.035 0.065 0.085 46 L 0.195 0.146 0.022 0.012 0.555 0.013 0.011 0.011 0.006 0.009 0.018 47 A 0.116 0.129 0.005 0.001 0.733 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 48 V 0.477 0.021 0.002 0.001 0.439 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.048 49 V 0.176 0.160 0.017 0.007 0.555 0.013 0.016 0.013 0.003 0.006 0.033 50 T 0.340 0.112 0.011 0.001 0.462 0.001 0.003 0.005 0.002 0.007 0.056 51 I 0.227 0.181 0.041 0.013 0.269 0.011 0.010 0.053 0.044 0.059 0.091 52 K 0.048 0.297 0.088 0.029 0.181 0.035 0.067 0.130 0.074 0.036 0.016 53 K 0.104 0.160 0.046 0.008 0.160 0.016 0.069 0.218 0.110 0.054 0.054 54 Q 0.055 0.107 0.044 0.032 0.077 0.049 0.121 0.188 0.110 0.155 0.063 55 Y 0.048 0.290 0.254 0.058 0.094 0.023 0.016 0.095 0.039 0.050 0.032 56 A 0.009 0.055 0.032 0.045 0.023 0.093 0.084 0.551 0.088 0.012 0.007 57 G 0.005 0.034 0.032 0.050 0.013 0.045 0.046 0.576 0.084 0.097 0.018 58 H 0.006 0.005 0.004 0.002 0.004 0.003 0.010 0.827 0.077 0.057 0.005 59 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.074 0.006 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.955 0.039 0.001 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.975 0.018 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.032 0.002 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.059 0.005 0.001 64 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.039 0.001 0.001 65 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.953 0.038 0.002 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.882 0.090 0.006 0.001 67 W 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 0.817 0.143 0.009 0.001 68 S 0.003 0.010 0.004 0.003 0.004 0.007 0.069 0.760 0.114 0.023 0.003 69 F 0.010 0.015 0.008 0.006 0.010 0.007 0.045 0.602 0.136 0.152 0.009 70 L 0.015 0.056 0.017 0.007 0.032 0.012 0.032 0.556 0.230 0.034 0.009 71 R 0.013 0.028 0.011 0.013 0.020 0.022 0.049 0.536 0.252 0.045 0.011 72 Q 0.019 0.017 0.007 0.010 0.028 0.018 0.123 0.519 0.183 0.066 0.011 73 F 0.049 0.057 0.019 0.017 0.063 0.025 0.066 0.305 0.212 0.151 0.035 74 M 0.092 0.099 0.032 0.016 0.133 0.018 0.061 0.193 0.159 0.142 0.056 75 Y 0.153 0.075 0.029 0.008 0.152 0.013 0.033 0.077 0.121 0.251 0.087 76 T 0.138 0.238 0.113 0.016 0.361 0.011 0.020 0.012 0.012 0.041 0.039 77 K 0.281 0.061 0.013 0.025 0.294 0.066 0.125 0.024 0.015 0.037 0.059 78 F 0.192 0.052 0.007 0.004 0.726 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 79 V 0.160 0.020 0.001 0.001 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 80 I 0.171 0.039 0.001 0.001 0.770 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 81 V 0.391 0.040 0.003 0.001 0.466 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.090 82 C 0.152 0.241 0.057 0.035 0.246 0.016 0.017 0.010 0.009 0.095 0.120 83 D 0.019 0.243 0.433 0.109 0.132 0.012 0.005 0.015 0.018 0.007 0.007 84 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.155 0.395 0.389 0.037 0.002 85 D 0.076 0.111 0.047 0.002 0.187 0.002 0.033 0.072 0.122 0.297 0.052 86 V 0.072 0.378 0.140 0.006 0.290 0.003 0.006 0.014 0.024 0.034 0.033 87 N 0.290 0.081 0.040 0.001 0.425 0.001 0.004 0.005 0.004 0.012 0.138 88 A 0.040 0.026 0.003 0.001 0.044 0.003 0.006 0.166 0.551 0.123 0.037 89 R 0.007 0.009 0.010 0.020 0.013 0.064 0.247 0.155 0.167 0.295 0.015 90 D 0.182 0.261 0.087 0.002 0.269 0.001 0.003 0.032 0.026 0.097 0.042 91 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.595 0.397 0.004 0.001 92 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.868 0.118 0.003 0.001 93 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.116 0.029 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.080 0.004 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.065 0.001 0.001 96 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 97 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.967 0.026 0.001 0.001 98 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.903 0.085 0.004 0.001 99 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.725 0.202 0.021 0.001 100 T 0.003 0.124 0.025 0.008 0.021 0.024 0.109 0.377 0.186 0.118 0.005 101 R 0.054 0.022 0.008 0.004 0.043 0.008 0.089 0.220 0.122 0.353 0.076 102 M 0.034 0.137 0.108 0.059 0.101 0.098 0.204 0.070 0.069 0.092 0.030 103 D 0.320 0.078 0.016 0.002 0.509 0.001 0.003 0.004 0.003 0.004 0.061 104 P 0.012 0.040 0.008 0.001 0.032 0.001 0.004 0.230 0.628 0.037 0.005 105 A 0.009 0.010 0.003 0.001 0.013 0.007 0.093 0.401 0.372 0.084 0.006 106 R 0.050 0.089 0.019 0.006 0.094 0.008 0.059 0.259 0.175 0.219 0.023 107 D 0.230 0.077 0.014 0.003 0.335 0.003 0.015 0.086 0.052 0.098 0.086 108 T 0.203 0.133 0.020 0.003 0.347 0.007 0.012 0.078 0.085 0.054 0.057 109 V 0.180 0.189 0.030 0.002 0.524 0.003 0.008 0.025 0.011 0.009 0.020 110 L 0.293 0.111 0.022 0.007 0.356 0.005 0.014 0.044 0.017 0.047 0.083 111 V 0.088 0.239 0.216 0.075 0.235 0.023 0.012 0.032 0.020 0.028 0.030 112 E 0.011 0.042 0.031 0.055 0.030 0.129 0.334 0.252 0.084 0.025 0.008 113 N 0.082 0.066 0.075 0.024 0.085 0.012 0.018 0.032 0.070 0.390 0.147 114 T 0.045 0.411 0.211 0.021 0.236 0.007 0.008 0.017 0.015 0.016 0.014 115 P 0.132 0.228 0.093 0.012 0.297 0.011 0.033 0.063 0.049 0.035 0.047 116 I 0.085 0.114 0.046 0.026 0.128 0.038 0.087 0.084 0.160 0.154 0.077 117 D 0.119 0.177 0.112 0.031 0.255 0.015 0.027 0.063 0.062 0.082 0.058 118 Y 0.076 0.141 0.046 0.007 0.151 0.010 0.027 0.192 0.206 0.113 0.030 119 L 0.059 0.182 0.099 0.025 0.131 0.023 0.056 0.106 0.132 0.147 0.039 120 D 0.296 0.078 0.029 0.005 0.373 0.004 0.020 0.053 0.031 0.022 0.088 121 F 0.039 0.054 0.016 0.004 0.065 0.007 0.019 0.301 0.367 0.108 0.022 122 A 0.043 0.089 0.045 0.014 0.071 0.016 0.069 0.168 0.174 0.267 0.044 123 S 0.067 0.290 0.179 0.021 0.217 0.009 0.026 0.090 0.048 0.033 0.020 124 P 0.051 0.150 0.124 0.020 0.089 0.032 0.070 0.192 0.162 0.070 0.042 125 V 0.054 0.154 0.137 0.044 0.110 0.038 0.067 0.127 0.120 0.105 0.045 126 S 0.027 0.138 0.086 0.106 0.049 0.152 0.226 0.098 0.061 0.036 0.021 127 G 0.015 0.022 0.056 0.187 0.014 0.053 0.016 0.027 0.056 0.473 0.082 128 L 0.103 0.147 0.056 0.045 0.161 0.058 0.142 0.084 0.077 0.074 0.052 129 G 0.085 0.080 0.056 0.055 0.091 0.024 0.018 0.045 0.094 0.319 0.131 130 S 0.079 0.243 0.073 0.031 0.223 0.022 0.039 0.089 0.090 0.084 0.026 131 K 0.299 0.083 0.019 0.010 0.269 0.012 0.039 0.065 0.051 0.084 0.069 132 M 0.201 0.187 0.046 0.031 0.387 0.021 0.018 0.028 0.017 0.027 0.037 133 G 0.136 0.209 0.033 0.012 0.540 0.008 0.007 0.023 0.007 0.010 0.015 134 L 0.346 0.082 0.013 0.006 0.392 0.010 0.011 0.022 0.009 0.016 0.094 135 D 0.344 0.043 0.009 0.004 0.361 0.007 0.018 0.015 0.007 0.031 0.161 136 A 0.211 0.107 0.025 0.003 0.296 0.003 0.007 0.054 0.075 0.138 0.081 137 T 0.079 0.129 0.050 0.022 0.134 0.035 0.089 0.143 0.164 0.120 0.034 138 N 0.050 0.164 0.198 0.108 0.108 0.034 0.043 0.085 0.072 0.105 0.032 139 K 0.086 0.166 0.119 0.064 0.127 0.050 0.063 0.079 0.063 0.113 0.072 140 W 0.052 0.299 0.284 0.063 0.155 0.021 0.021 0.043 0.024 0.016 0.023 141 P 0.020 0.143 0.104 0.068 0.043 0.142 0.199 0.171 0.072 0.023 0.014 142 G 0.023 0.056 0.067 0.098 0.035 0.035 0.034 0.106 0.115 0.375 0.056 143 E 0.168 0.086 0.018 0.008 0.180 0.024 0.059 0.132 0.117 0.117 0.090 144 T 0.047 0.246 0.128 0.033 0.140 0.018 0.024 0.105 0.106 0.115 0.037 145 Q 0.100 0.090 0.052 0.020 0.140 0.020 0.033 0.196 0.163 0.138 0.050 146 R 0.075 0.162 0.070 0.017 0.140 0.019 0.066 0.228 0.123 0.072 0.028 147 E 0.087 0.082 0.054 0.025 0.087 0.025 0.066 0.224 0.111 0.176 0.063 148 W 0.030 0.280 0.241 0.084 0.107 0.041 0.064 0.089 0.026 0.024 0.013 149 G 0.046 0.059 0.084 0.096 0.038 0.042 0.020 0.056 0.072 0.393 0.094 150 R 0.015 0.438 0.368 0.011 0.101 0.003 0.009 0.034 0.014 0.005 0.003 151 P 0.079 0.365 0.099 0.004 0.239 0.006 0.020 0.093 0.043 0.028 0.025 152 I 0.095 0.174 0.054 0.008 0.233 0.018 0.064 0.104 0.114 0.090 0.045 153 K 0.084 0.259 0.089 0.005 0.248 0.011 0.042 0.122 0.056 0.055 0.028 154 K 0.036 0.227 0.220 0.043 0.111 0.039 0.062 0.040 0.032 0.148 0.042 155 D 0.199 0.151 0.035 0.001 0.569 0.001 0.001 0.010 0.003 0.002 0.027 156 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.554 0.417 0.014 0.001 157 D 0.003 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.012 0.795 0.086 0.084 0.004 158 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.864 0.081 0.048 0.001 159 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.041 0.002 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.978 0.017 0.001 0.001 161 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.015 0.003 0.001 162 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.040 0.009 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.049 0.001 0.001 164 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.962 0.028 0.003 0.001 165 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.937 0.042 0.013 0.001 166 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.876 0.105 0.012 0.001 167 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.847 0.129 0.005 0.001 168 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 0.054 0.827 0.085 0.022 0.001 169 L 0.027 0.128 0.046 0.008 0.064 0.007 0.028 0.372 0.128 0.176 0.016 170 A 0.032 0.073 0.031 0.020 0.043 0.018 0.031 0.443 0.126 0.150 0.034 171 I 0.039 0.113 0.037 0.009 0.116 0.021 0.067 0.413 0.100 0.069 0.017 172 F 0.047 0.094 0.115 0.027 0.063 0.020 0.076 0.369 0.106 0.050 0.033 173 N 0.039 0.050 0.041 0.038 0.045 0.060 0.127 0.393 0.106 0.078 0.022 174 N 0.009 0.442 0.204 0.100 0.063 0.029 0.050 0.045 0.014 0.033 0.011 175 G 0.029 0.014 0.032 0.052 0.013 0.015 0.005 0.026 0.027 0.554 0.233 176 K 0.032 0.460 0.097 0.005 0.228 0.004 0.010 0.119 0.023 0.014 0.007 177 S 0.180 0.230 0.048 0.003 0.286 0.003 0.008 0.151 0.027 0.026 0.039 178 A 0.082 0.090 0.039 0.018 0.102 0.019 0.021 0.491 0.083 0.034 0.021 179 L 0.042 0.083 0.028 0.012 0.098 0.015 0.020 0.611 0.059 0.020 0.012 180 E 0.059 0.043 0.017 0.009 0.066 0.011 0.031 0.653 0.057 0.031 0.024 181 H 0.032 0.039 0.022 0.014 0.048 0.026 0.056 0.632 0.075 0.044 0.014 182 H 0.046 0.062 0.028 0.017 0.057 0.015 0.031 0.480 0.138 0.097 0.028 183 H 0.038 0.061 0.020 0.016 0.056 0.024 0.063 0.415 0.185 0.099 0.023 184 H 0.048 0.090 0.035 0.019 0.089 0.022 0.073 0.284 0.157 0.146 0.038 185 H 0.108 0.086 0.042 0.018 0.125 0.022 0.066 0.167 0.110 0.185 0.069 186 H 0.137 0.216 0.078 0.018 0.221 0.011 0.020 0.110 0.062 0.075 0.052