# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202.306 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.158 0.157 0.148 0.161 0.174 0.149 0.053 2 Y 0.091 0.089 0.098 0.144 0.203 0.245 0.130 3 T 0.077 0.068 0.073 0.118 0.182 0.278 0.205 4 G 0.077 0.101 0.119 0.169 0.192 0.205 0.137 5 R 0.104 0.143 0.163 0.210 0.184 0.127 0.069 6 P 0.100 0.132 0.158 0.194 0.189 0.145 0.082 7 P 0.160 0.178 0.191 0.184 0.145 0.094 0.049 8 D 0.248 0.270 0.202 0.124 0.070 0.049 0.037 9 E 0.057 0.068 0.108 0.189 0.255 0.235 0.087 10 P 0.064 0.126 0.167 0.198 0.197 0.180 0.068 11 A 0.061 0.102 0.140 0.193 0.200 0.217 0.087 12 V 0.054 0.070 0.087 0.142 0.197 0.306 0.143 13 L 0.045 0.045 0.057 0.100 0.164 0.326 0.263 14 G 0.095 0.104 0.116 0.159 0.179 0.223 0.123 15 V 0.133 0.163 0.178 0.189 0.156 0.127 0.055 16 A 0.109 0.112 0.122 0.165 0.186 0.208 0.098 17 L 0.086 0.087 0.114 0.175 0.217 0.231 0.089 18 N 0.076 0.147 0.144 0.180 0.189 0.194 0.069 19 E 0.090 0.172 0.245 0.251 0.156 0.069 0.016 20 V 0.041 0.092 0.162 0.254 0.253 0.172 0.026 21 F 0.025 0.024 0.031 0.067 0.211 0.493 0.151 22 V 0.024 0.064 0.139 0.277 0.298 0.177 0.020 23 P 0.091 0.254 0.289 0.220 0.104 0.035 0.007 24 I 0.026 0.056 0.133 0.284 0.306 0.172 0.023 25 L 0.019 0.020 0.032 0.111 0.339 0.414 0.065 26 Q 0.104 0.250 0.296 0.229 0.093 0.025 0.003 27 K 0.243 0.345 0.210 0.123 0.054 0.021 0.004 28 Q 0.041 0.119 0.199 0.268 0.230 0.123 0.019 29 F 0.027 0.053 0.109 0.246 0.319 0.208 0.038 30 P 0.146 0.247 0.231 0.181 0.117 0.059 0.021 31 E 0.135 0.306 0.240 0.175 0.088 0.043 0.013 32 I 0.010 0.024 0.049 0.143 0.271 0.352 0.151 33 V 0.029 0.103 0.170 0.224 0.217 0.178 0.079 34 D 0.035 0.076 0.118 0.181 0.215 0.236 0.139 35 F 0.018 0.025 0.030 0.060 0.132 0.340 0.395 36 Y 0.024 0.037 0.055 0.112 0.218 0.322 0.233 37 L 0.031 0.043 0.068 0.107 0.159 0.272 0.321 38 P 0.042 0.051 0.066 0.124 0.185 0.281 0.251 39 P 0.042 0.068 0.084 0.119 0.176 0.263 0.248 40 E 0.034 0.057 0.087 0.129 0.162 0.232 0.299 41 G 0.047 0.043 0.055 0.092 0.170 0.286 0.308 42 C 0.036 0.036 0.044 0.073 0.133 0.270 0.408 43 S 0.029 0.042 0.051 0.075 0.097 0.248 0.457 44 Y 0.032 0.039 0.048 0.083 0.148 0.254 0.396 45 R 0.013 0.022 0.049 0.115 0.184 0.283 0.334 46 L 0.010 0.013 0.023 0.047 0.097 0.274 0.535 47 A 0.011 0.018 0.017 0.033 0.068 0.274 0.580 48 V 0.004 0.011 0.025 0.065 0.129 0.296 0.471 49 V 0.005 0.013 0.028 0.073 0.142 0.379 0.360 50 T 0.012 0.053 0.111 0.231 0.254 0.260 0.079 51 I 0.011 0.024 0.045 0.139 0.311 0.391 0.079 52 K 0.082 0.271 0.293 0.218 0.097 0.035 0.005 53 K 0.186 0.338 0.236 0.148 0.067 0.023 0.002 54 Q 0.107 0.228 0.265 0.233 0.122 0.041 0.004 55 Y 0.097 0.172 0.254 0.263 0.161 0.048 0.005 56 A 0.343 0.289 0.186 0.113 0.049 0.017 0.004 57 G 0.327 0.347 0.185 0.089 0.038 0.012 0.002 58 H 0.066 0.146 0.211 0.245 0.215 0.103 0.013 59 A 0.037 0.043 0.065 0.189 0.338 0.280 0.048 60 K 0.029 0.153 0.269 0.302 0.173 0.066 0.008 61 R 0.030 0.092 0.197 0.304 0.252 0.104 0.022 62 V 0.006 0.011 0.023 0.058 0.138 0.379 0.384 63 M 0.007 0.016 0.033 0.093 0.204 0.376 0.271 64 M 0.012 0.045 0.099 0.176 0.211 0.245 0.211 65 G 0.006 0.013 0.022 0.057 0.155 0.395 0.351 66 V 0.002 0.004 0.006 0.017 0.058 0.262 0.650 67 W 0.004 0.012 0.030 0.086 0.179 0.344 0.345 68 S 0.011 0.032 0.067 0.112 0.179 0.311 0.288 69 F 0.018 0.028 0.048 0.099 0.176 0.322 0.309 70 L 0.033 0.060 0.093 0.163 0.211 0.285 0.154 71 R 0.085 0.105 0.119 0.174 0.208 0.201 0.108 72 Q 0.086 0.096 0.101 0.134 0.174 0.253 0.157 73 F 0.049 0.048 0.064 0.117 0.234 0.309 0.179 74 M 0.031 0.058 0.082 0.124 0.172 0.277 0.256 75 Y 0.028 0.057 0.099 0.161 0.174 0.228 0.253 76 T 0.017 0.027 0.042 0.088 0.154 0.305 0.368 77 K 0.006 0.016 0.044 0.111 0.217 0.312 0.295 78 F 0.002 0.004 0.011 0.042 0.109 0.366 0.466 79 V 0.002 0.003 0.004 0.010 0.042 0.294 0.644 80 I 0.001 0.001 0.003 0.013 0.058 0.340 0.585 81 V 0.001 0.004 0.019 0.085 0.236 0.443 0.212 82 C 0.003 0.013 0.028 0.095 0.260 0.458 0.144 83 D 0.015 0.051 0.131 0.283 0.300 0.182 0.039 84 D 0.101 0.302 0.273 0.174 0.094 0.048 0.008 85 D 0.158 0.236 0.227 0.200 0.120 0.050 0.009 86 V 0.066 0.087 0.133 0.208 0.254 0.214 0.038 87 N 0.086 0.144 0.189 0.224 0.184 0.142 0.032 88 A 0.045 0.055 0.081 0.159 0.266 0.311 0.082 89 R 0.055 0.111 0.168 0.229 0.240 0.161 0.037 90 D 0.073 0.150 0.192 0.201 0.191 0.148 0.045 91 W 0.048 0.061 0.091 0.169 0.277 0.280 0.075 92 N 0.093 0.189 0.238 0.240 0.154 0.071 0.015 93 D 0.040 0.118 0.229 0.272 0.217 0.102 0.021 94 V 0.022 0.020 0.035 0.096 0.223 0.413 0.192 95 I 0.014 0.025 0.033 0.075 0.172 0.393 0.288 96 W 0.012 0.031 0.056 0.103 0.161 0.303 0.334 97 A 0.012 0.019 0.043 0.104 0.171 0.301 0.349 98 I 0.013 0.020 0.027 0.051 0.103 0.329 0.458 99 T 0.032 0.036 0.047 0.091 0.152 0.300 0.343 100 T 0.028 0.058 0.091 0.167 0.199 0.274 0.183 101 R 0.027 0.056 0.083 0.156 0.227 0.281 0.170 102 M 0.016 0.031 0.046 0.107 0.194 0.380 0.227 103 D 0.052 0.112 0.143 0.194 0.213 0.198 0.089 104 P 0.035 0.075 0.109 0.163 0.207 0.259 0.152 105 A 0.072 0.163 0.195 0.215 0.153 0.125 0.077 106 R 0.023 0.071 0.112 0.182 0.229 0.263 0.119 107 D 0.011 0.020 0.040 0.098 0.222 0.371 0.238 108 T 0.010 0.022 0.045 0.090 0.181 0.379 0.273 109 V 0.008 0.018 0.028 0.059 0.139 0.379 0.370 110 L 0.009 0.021 0.040 0.102 0.227 0.382 0.219 111 V 0.015 0.030 0.060 0.142 0.291 0.321 0.141 112 E 0.167 0.275 0.232 0.166 0.090 0.050 0.020 113 N 0.121 0.219 0.216 0.200 0.141 0.082 0.021 114 T 0.025 0.049 0.093 0.198 0.342 0.245 0.048 115 P 0.076 0.146 0.176 0.233 0.202 0.129 0.038 116 I 0.017 0.041 0.065 0.127 0.204 0.336 0.210 117 D 0.006 0.036 0.075 0.157 0.254 0.309 0.162 118 Y 0.002 0.006 0.029 0.106 0.232 0.327 0.298 119 L 0.001 0.002 0.003 0.007 0.034 0.277 0.677 120 D 0.004 0.008 0.013 0.032 0.093 0.290 0.560 121 F 0.003 0.005 0.010 0.027 0.085 0.255 0.616 122 A 0.003 0.008 0.014 0.043 0.135 0.335 0.462 123 S 0.009 0.034 0.067 0.140 0.203 0.303 0.244 124 P 0.025 0.107 0.163 0.226 0.210 0.173 0.096 125 V 0.086 0.147 0.178 0.212 0.191 0.133 0.052 126 S 0.110 0.150 0.179 0.188 0.170 0.134 0.068 127 G 0.085 0.122 0.147 0.169 0.181 0.187 0.108 128 L 0.034 0.044 0.071 0.137 0.223 0.295 0.196 129 G 0.027 0.046 0.060 0.102 0.171 0.317 0.278 130 S 0.010 0.020 0.030 0.065 0.134 0.297 0.444 131 K 0.004 0.008 0.017 0.046 0.094 0.230 0.601 132 M 0.001 0.002 0.004 0.010 0.034 0.200 0.751 133 G 0.001 0.002 0.005 0.018 0.056 0.205 0.713 134 L 0.002 0.004 0.006 0.011 0.034 0.191 0.754 135 D 0.002 0.005 0.011 0.040 0.126 0.330 0.486 136 A 0.002 0.003 0.007 0.025 0.099 0.412 0.452 137 T 0.004 0.017 0.042 0.130 0.299 0.386 0.123 138 N 0.012 0.072 0.166 0.269 0.269 0.181 0.032 139 K 0.057 0.163 0.216 0.252 0.193 0.100 0.019 140 W 0.118 0.163 0.216 0.246 0.176 0.074 0.007 141 P 0.539 0.253 0.116 0.057 0.024 0.008 0.002 142 G 0.528 0.251 0.123 0.064 0.025 0.007 0.001 143 E 0.413 0.236 0.168 0.114 0.053 0.015 0.001 144 T 0.471 0.287 0.135 0.072 0.026 0.008 0.001 145 Q 0.342 0.267 0.200 0.125 0.052 0.013 0.001 146 R 0.222 0.234 0.243 0.189 0.090 0.020 0.001 147 E 0.408 0.281 0.160 0.098 0.041 0.012 0.001 148 W 0.122 0.153 0.233 0.276 0.169 0.045 0.002 149 G 0.282 0.302 0.224 0.126 0.052 0.013 0.001 150 R 0.262 0.274 0.235 0.158 0.060 0.010 0.001 151 P 0.364 0.328 0.167 0.090 0.039 0.011 0.001 152 I 0.056 0.111 0.236 0.333 0.213 0.049 0.002 153 K 0.241 0.331 0.226 0.136 0.053 0.012 0.001 154 K 0.326 0.374 0.206 0.076 0.017 0.002 0.001 155 D 0.295 0.321 0.223 0.122 0.034 0.005 0.001 156 P 0.730 0.208 0.047 0.012 0.003 0.001 0.001 157 D 0.553 0.329 0.090 0.023 0.004 0.001 0.001 158 V 0.039 0.076 0.179 0.405 0.262 0.038 0.001 159 V 0.057 0.269 0.380 0.231 0.056 0.006 0.001 160 A 0.457 0.416 0.100 0.023 0.004 0.001 0.001 161 H 0.036 0.181 0.366 0.294 0.104 0.017 0.001 162 I 0.006 0.013 0.047 0.227 0.486 0.215 0.007 163 D 0.081 0.333 0.375 0.171 0.035 0.004 0.001 164 A 0.321 0.488 0.144 0.038 0.007 0.002 0.001 165 I 0.035 0.098 0.201 0.324 0.251 0.087 0.003 166 W 0.023 0.053 0.141 0.325 0.336 0.118 0.005 167 D 0.283 0.385 0.213 0.089 0.025 0.006 0.001 168 E 0.191 0.320 0.266 0.153 0.054 0.015 0.001 169 L 0.039 0.061 0.125 0.253 0.323 0.182 0.017 170 A 0.156 0.220 0.220 0.204 0.130 0.061 0.008 171 I 0.174 0.196 0.206 0.213 0.155 0.052 0.004 172 F 0.287 0.274 0.219 0.141 0.063 0.015 0.001 173 N 0.568 0.243 0.110 0.056 0.019 0.004 0.001 174 N 0.652 0.212 0.088 0.036 0.010 0.002 0.001 175 G 0.568 0.245 0.109 0.055 0.018 0.004 0.001 176 K 0.279 0.236 0.218 0.175 0.074 0.017 0.001 177 S 0.348 0.265 0.177 0.130 0.061 0.018 0.001 178 A 0.182 0.140 0.163 0.223 0.191 0.092 0.009 179 L 0.185 0.179 0.197 0.223 0.150 0.061 0.005 180 E 0.361 0.352 0.181 0.076 0.023 0.006 0.001 181 H 0.204 0.236 0.234 0.202 0.096 0.026 0.002 182 H 0.220 0.202 0.198 0.192 0.131 0.053 0.004 183 H 0.484 0.255 0.138 0.078 0.034 0.010 0.001 184 H 0.393 0.255 0.178 0.113 0.046 0.013 0.001 185 H 0.461 0.258 0.151 0.085 0.034 0.011 0.001 186 H 0.483 0.194 0.136 0.104 0.057 0.023 0.003