# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 209 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.234 0.028 0.004 0.009 0.234 0.491 2 W 0.412 0.007 0.006 0.011 0.109 0.456 3 G 0.703 0.009 0.007 0.012 0.053 0.215 4 L 0.872 0.005 0.007 0.010 0.029 0.077 5 T 0.931 0.004 0.004 0.005 0.017 0.038 6 V 0.952 0.003 0.002 0.002 0.013 0.029 7 T 0.912 0.007 0.002 0.001 0.037 0.041 8 R 0.759 0.032 0.002 0.001 0.086 0.120 9 G 0.195 0.012 0.006 0.002 0.677 0.107 10 P 0.017 0.003 0.075 0.006 0.871 0.029 11 H 0.025 0.008 0.071 0.004 0.864 0.028 12 K 0.039 0.009 0.055 0.005 0.872 0.020 13 E 0.082 0.007 0.018 0.007 0.595 0.292 14 R 0.570 0.094 0.004 0.002 0.166 0.164 15 Q 0.808 0.016 0.002 0.001 0.067 0.106 16 N 0.791 0.008 0.001 0.002 0.025 0.174 17 L 0.826 0.012 0.001 0.006 0.026 0.129 18 G 0.822 0.002 0.002 0.008 0.029 0.138 19 I 0.890 0.003 0.002 0.010 0.024 0.072 20 Y 0.897 0.006 0.003 0.015 0.025 0.055 21 R 0.912 0.003 0.007 0.016 0.028 0.034 22 Q 0.820 0.009 0.030 0.024 0.062 0.056 23 Q 0.792 0.012 0.028 0.020 0.083 0.065 24 L 0.716 0.019 0.024 0.018 0.139 0.085 25 I 0.515 0.040 0.007 0.011 0.213 0.214 26 G 0.108 0.035 0.003 0.003 0.804 0.047 27 K 0.019 0.001 0.009 0.004 0.943 0.024 28 N 0.057 0.002 0.008 0.003 0.898 0.032 29 K 0.627 0.022 0.003 0.001 0.318 0.028 30 L 0.913 0.003 0.001 0.001 0.014 0.069 31 I 0.986 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 32 M 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 33 R 0.972 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 34 W 0.924 0.003 0.001 0.001 0.015 0.055 35 L 0.724 0.006 0.003 0.004 0.094 0.169 36 S 0.369 0.017 0.006 0.007 0.255 0.346 37 H 0.066 0.012 0.009 0.020 0.565 0.328 38 R 0.019 0.007 0.022 0.091 0.597 0.264 39 G 0.017 0.010 0.027 0.290 0.437 0.219 40 G 0.017 0.008 0.040 0.647 0.210 0.078 41 A 0.029 0.007 0.038 0.721 0.129 0.076 42 L 0.046 0.009 0.070 0.701 0.116 0.058 43 D 0.064 0.008 0.076 0.649 0.129 0.075 44 Y 0.073 0.006 0.058 0.685 0.100 0.078 45 Q 0.096 0.008 0.033 0.561 0.136 0.166 46 E 0.022 0.002 0.032 0.734 0.101 0.109 47 W 0.014 0.002 0.015 0.841 0.064 0.064 48 C 0.007 0.003 0.016 0.819 0.084 0.071 49 A 0.008 0.003 0.021 0.830 0.089 0.048 50 A 0.004 0.001 0.028 0.834 0.080 0.053 51 H 0.005 0.003 0.031 0.731 0.158 0.071 52 P 0.005 0.003 0.025 0.611 0.185 0.171 53 G 0.007 0.002 0.002 0.018 0.276 0.695 54 E 0.049 0.007 0.003 0.008 0.220 0.713 55 R 0.273 0.027 0.002 0.009 0.098 0.590 56 F 0.636 0.020 0.003 0.009 0.075 0.257 57 P 0.731 0.004 0.004 0.011 0.045 0.205 58 V 0.889 0.004 0.007 0.017 0.021 0.062 59 S 0.943 0.003 0.004 0.012 0.012 0.026 60 V 0.969 0.001 0.003 0.008 0.008 0.011 61 A 0.959 0.002 0.003 0.007 0.013 0.017 62 L 0.779 0.008 0.016 0.023 0.091 0.083 63 G 0.286 0.013 0.015 0.024 0.320 0.342 64 A 0.073 0.028 0.006 0.027 0.359 0.507 65 D 0.015 0.012 0.003 0.042 0.400 0.529 66 P 0.002 0.001 0.021 0.884 0.072 0.021 67 A 0.003 0.001 0.024 0.927 0.042 0.003 68 T 0.009 0.001 0.036 0.922 0.031 0.002 69 I 0.028 0.003 0.033 0.909 0.022 0.005 70 L 0.045 0.003 0.053 0.842 0.046 0.011 71 G 0.058 0.001 0.026 0.851 0.046 0.017 72 A 0.071 0.001 0.017 0.775 0.065 0.071 73 V 0.113 0.028 0.014 0.455 0.110 0.281 74 T 0.104 0.019 0.007 0.067 0.186 0.618 75 P 0.134 0.024 0.005 0.013 0.171 0.652 76 V 0.086 0.050 0.003 0.005 0.263 0.593 77 P 0.036 0.031 0.004 0.003 0.766 0.160 78 D 0.030 0.008 0.007 0.008 0.828 0.119 79 T 0.017 0.010 0.007 0.009 0.826 0.131 80 L 0.045 0.078 0.007 0.027 0.651 0.192 81 S 0.036 0.033 0.002 0.046 0.106 0.778 82 E 0.015 0.006 0.026 0.874 0.044 0.036 83 Y 0.019 0.002 0.038 0.873 0.052 0.017 84 A 0.024 0.003 0.056 0.853 0.050 0.014 85 F 0.014 0.002 0.034 0.913 0.028 0.008 86 A 0.007 0.001 0.018 0.947 0.022 0.006 87 G 0.011 0.001 0.027 0.907 0.044 0.010 88 L 0.012 0.001 0.026 0.841 0.088 0.031 89 L 0.028 0.012 0.030 0.695 0.188 0.048 90 R 0.029 0.005 0.028 0.340 0.429 0.169 91 G 0.027 0.002 0.003 0.011 0.440 0.517 92 T 0.289 0.015 0.002 0.002 0.222 0.471 93 K 0.589 0.021 0.001 0.001 0.043 0.345 94 T 0.822 0.006 0.001 0.001 0.021 0.148 95 E 0.839 0.003 0.001 0.001 0.016 0.139 96 V 0.916 0.004 0.001 0.002 0.011 0.067 97 V 0.859 0.004 0.002 0.004 0.025 0.106 98 K 0.751 0.022 0.003 0.016 0.050 0.158 99 C 0.407 0.024 0.025 0.037 0.355 0.154 100 I 0.170 0.008 0.048 0.034 0.564 0.175 101 S 0.075 0.010 0.046 0.024 0.717 0.128 102 N 0.061 0.022 0.045 0.024 0.658 0.190 103 D 0.050 0.006 0.007 0.004 0.330 0.604 104 L 0.112 0.014 0.009 0.004 0.226 0.635 105 E 0.296 0.038 0.008 0.004 0.164 0.490 106 V 0.485 0.072 0.013 0.006 0.151 0.274 107 P 0.388 0.022 0.017 0.004 0.430 0.140 108 A 0.363 0.016 0.030 0.003 0.476 0.112 109 S 0.364 0.003 0.013 0.001 0.502 0.117 110 A 0.722 0.011 0.003 0.001 0.190 0.074 111 E 0.878 0.008 0.001 0.001 0.030 0.084 112 I 0.968 0.002 0.001 0.001 0.006 0.024 113 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 114 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 115 E 0.970 0.002 0.001 0.001 0.005 0.022 116 G 0.910 0.001 0.001 0.001 0.013 0.075 117 Y 0.885 0.007 0.001 0.001 0.028 0.079 118 I 0.575 0.063 0.001 0.001 0.060 0.300 119 E 0.207 0.048 0.002 0.001 0.613 0.129 120 Q 0.015 0.002 0.032 0.005 0.883 0.063 121 G 0.019 0.003 0.028 0.004 0.889 0.056 122 E 0.098 0.065 0.021 0.011 0.720 0.085 123 T 0.201 0.085 0.004 0.012 0.132 0.566 124 A 0.242 0.250 0.010 0.013 0.141 0.344 125 P 0.133 0.053 0.016 0.020 0.477 0.301 126 E 0.090 0.031 0.015 0.032 0.408 0.425 127 G 0.037 0.030 0.010 0.033 0.496 0.394 128 P 0.059 0.031 0.018 0.041 0.597 0.253 129 Y 0.035 0.029 0.078 0.093 0.515 0.250 130 G 0.016 0.021 0.252 0.088 0.480 0.143 131 D 0.015 0.013 0.376 0.082 0.402 0.112 132 H 0.029 0.021 0.286 0.088 0.409 0.167 133 T 0.043 0.032 0.098 0.053 0.452 0.322 134 G 0.067 0.019 0.045 0.021 0.415 0.433 135 Y 0.130 0.046 0.040 0.022 0.398 0.364 136 Y 0.096 0.044 0.056 0.026 0.452 0.327 137 N 0.071 0.021 0.047 0.015 0.519 0.327 138 E 0.057 0.012 0.062 0.013 0.524 0.332 139 V 0.051 0.014 0.126 0.013 0.505 0.290 140 D 0.053 0.012 0.056 0.007 0.500 0.372 141 S 0.093 0.025 0.045 0.004 0.404 0.429 142 F 0.129 0.006 0.004 0.001 0.285 0.575 143 P 0.263 0.004 0.002 0.001 0.105 0.626 144 V 0.919 0.010 0.001 0.001 0.009 0.062 145 F 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 146 T 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 147 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 148 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 149 H 0.950 0.001 0.001 0.001 0.008 0.040 150 I 0.870 0.003 0.001 0.001 0.034 0.091 151 T 0.770 0.010 0.003 0.003 0.088 0.126 152 Q 0.576 0.012 0.009 0.006 0.220 0.177 153 R 0.359 0.035 0.015 0.014 0.412 0.165 154 E 0.083 0.017 0.029 0.027 0.593 0.252 155 D 0.030 0.010 0.013 0.010 0.759 0.179 156 A 0.040 0.005 0.055 0.032 0.691 0.177 157 I 0.173 0.039 0.068 0.043 0.488 0.189 158 Y 0.358 0.081 0.106 0.053 0.321 0.082 159 H 0.376 0.017 0.109 0.073 0.238 0.186 160 S 0.351 0.013 0.077 0.066 0.250 0.242 161 T 0.316 0.034 0.038 0.056 0.275 0.280 162 Y 0.177 0.052 0.016 0.024 0.329 0.401 163 T 0.056 0.012 0.005 0.012 0.354 0.560 164 G 0.019 0.008 0.003 0.005 0.234 0.731 165 R 0.020 0.036 0.003 0.007 0.243 0.691 166 P 0.021 0.013 0.012 0.022 0.376 0.557 167 P 0.009 0.007 0.102 0.175 0.463 0.246 168 D 0.008 0.010 0.085 0.187 0.479 0.231 169 E 0.011 0.010 0.154 0.344 0.351 0.129 170 P 0.015 0.008 0.083 0.450 0.186 0.257 171 A 0.022 0.011 0.067 0.702 0.094 0.105 172 V 0.022 0.010 0.051 0.843 0.036 0.037 173 L 0.014 0.002 0.019 0.934 0.015 0.015 174 G 0.004 0.001 0.015 0.957 0.012 0.012 175 V 0.002 0.001 0.012 0.969 0.008 0.008 176 A 0.001 0.001 0.011 0.975 0.009 0.004 177 L 0.001 0.001 0.008 0.977 0.009 0.005 178 N 0.002 0.001 0.028 0.925 0.026 0.018 179 E 0.002 0.001 0.034 0.818 0.057 0.089 180 V 0.002 0.003 0.020 0.520 0.070 0.384 181 F 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.970