# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.1275 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.025 0.005 0.001 0.060 0.100 0.215 0.111 0.002 0.001 0.112 0.369 2 W 0.007 0.005 0.001 0.121 0.161 0.258 0.085 0.002 0.001 0.053 0.307 3 G 0.004 0.002 0.001 0.093 0.153 0.327 0.065 0.001 0.001 0.068 0.287 4 L 0.002 0.002 0.001 0.143 0.272 0.337 0.036 0.001 0.001 0.062 0.144 5 T 0.007 0.003 0.001 0.185 0.198 0.361 0.038 0.002 0.001 0.074 0.131 6 V 0.022 0.002 0.001 0.138 0.245 0.250 0.047 0.001 0.001 0.072 0.222 7 T 0.006 0.001 0.001 0.112 0.139 0.230 0.095 0.001 0.001 0.044 0.370 8 R 0.008 0.002 0.002 0.051 0.038 0.082 0.121 0.003 0.002 0.026 0.666 9 G 0.533 0.017 0.004 0.020 0.018 0.016 0.069 0.011 0.005 0.075 0.232 10 P 0.154 0.028 0.003 0.011 0.004 0.007 0.087 0.006 0.002 0.061 0.637 11 H 0.065 0.015 0.001 0.009 0.008 0.016 0.097 0.004 0.001 0.026 0.760 12 K 0.042 0.020 0.002 0.031 0.055 0.069 0.128 0.005 0.001 0.058 0.587 13 E 0.054 0.034 0.001 0.032 0.057 0.092 0.124 0.005 0.001 0.083 0.519 14 R 0.040 0.024 0.003 0.052 0.106 0.132 0.116 0.003 0.001 0.060 0.463 15 Q 0.018 0.047 0.001 0.057 0.091 0.148 0.132 0.003 0.001 0.049 0.454 16 N 0.041 0.095 0.003 0.065 0.103 0.187 0.106 0.006 0.001 0.098 0.296 17 L 0.017 0.102 0.003 0.100 0.101 0.209 0.084 0.004 0.001 0.075 0.304 18 G 0.016 0.076 0.003 0.049 0.204 0.322 0.041 0.003 0.001 0.138 0.147 19 I 0.015 0.145 0.005 0.063 0.224 0.233 0.045 0.004 0.001 0.052 0.212 20 Y 0.041 0.154 0.006 0.054 0.208 0.277 0.038 0.010 0.002 0.060 0.151 21 R 0.064 0.118 0.005 0.048 0.179 0.216 0.046 0.010 0.003 0.079 0.233 22 Q 0.051 0.073 0.006 0.051 0.136 0.272 0.078 0.008 0.004 0.069 0.250 23 Q 0.099 0.023 0.012 0.045 0.109 0.169 0.092 0.007 0.007 0.074 0.362 24 L 0.077 0.009 0.007 0.044 0.087 0.122 0.102 0.003 0.005 0.044 0.500 25 I 0.056 0.004 0.004 0.031 0.036 0.084 0.109 0.003 0.004 0.040 0.629 26 G 0.148 0.015 0.004 0.023 0.021 0.045 0.115 0.008 0.003 0.052 0.567 27 K 0.045 0.004 0.003 0.015 0.025 0.044 0.150 0.004 0.001 0.049 0.661 28 N 0.004 0.005 0.001 0.056 0.098 0.236 0.119 0.002 0.001 0.038 0.441 29 K 0.003 0.004 0.001 0.090 0.155 0.361 0.064 0.001 0.001 0.084 0.238 30 L 0.001 0.003 0.001 0.148 0.340 0.312 0.027 0.001 0.001 0.045 0.123 31 I 0.001 0.002 0.001 0.120 0.281 0.474 0.014 0.001 0.001 0.034 0.074 32 M 0.002 0.001 0.001 0.107 0.378 0.328 0.013 0.001 0.001 0.064 0.106 33 R 0.002 0.001 0.001 0.179 0.272 0.391 0.021 0.001 0.001 0.062 0.072 34 W 0.017 0.003 0.001 0.113 0.222 0.333 0.056 0.001 0.001 0.092 0.162 35 L 0.028 0.002 0.003 0.140 0.219 0.223 0.081 0.002 0.003 0.064 0.234 36 S 0.085 0.007 0.003 0.051 0.047 0.095 0.125 0.004 0.004 0.061 0.518 37 H 0.217 0.024 0.003 0.022 0.016 0.025 0.100 0.006 0.002 0.052 0.534 38 R 0.068 0.035 0.002 0.014 0.012 0.022 0.129 0.008 0.001 0.047 0.662 39 G 0.050 0.119 0.002 0.017 0.016 0.032 0.136 0.007 0.001 0.048 0.571 40 G 0.076 0.214 0.002 0.022 0.064 0.084 0.102 0.013 0.001 0.058 0.364 41 A 0.069 0.218 0.002 0.024 0.047 0.061 0.082 0.006 0.001 0.057 0.435 42 L 0.028 0.241 0.004 0.030 0.064 0.080 0.091 0.004 0.001 0.107 0.349 43 D 0.017 0.670 0.003 0.013 0.028 0.030 0.038 0.006 0.001 0.030 0.164 44 Y 0.024 0.894 0.003 0.002 0.005 0.007 0.007 0.011 0.001 0.003 0.042 45 Q 0.039 0.818 0.003 0.004 0.008 0.011 0.010 0.009 0.001 0.025 0.072 46 E 0.042 0.529 0.030 0.006 0.009 0.015 0.033 0.011 0.017 0.147 0.160 47 W 0.229 0.283 0.029 0.007 0.009 0.015 0.043 0.049 0.012 0.163 0.162 48 C 0.324 0.066 0.010 0.012 0.015 0.030 0.051 0.008 0.007 0.101 0.376 49 A 0.011 0.021 0.007 0.012 0.007 0.018 0.120 0.001 0.004 0.016 0.783 50 A 0.033 0.024 0.011 0.010 0.008 0.016 0.056 0.004 0.005 0.017 0.818 51 H 0.639 0.008 0.001 0.001 0.003 0.003 0.040 0.021 0.001 0.073 0.209 52 P 0.045 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.080 0.004 0.001 0.031 0.828 53 G 0.068 0.005 0.003 0.009 0.001 0.003 0.061 0.001 0.001 0.015 0.835 54 E 0.015 0.001 0.001 0.035 0.135 0.093 0.145 0.003 0.001 0.041 0.531 55 R 0.010 0.003 0.001 0.021 0.012 0.020 0.110 0.001 0.001 0.024 0.800 56 F 0.006 0.005 0.001 0.164 0.195 0.078 0.122 0.003 0.001 0.054 0.372 57 P 0.002 0.008 0.001 0.402 0.058 0.090 0.097 0.001 0.001 0.044 0.296 58 V 0.001 0.003 0.001 0.501 0.111 0.183 0.022 0.001 0.001 0.076 0.103 59 S 0.001 0.001 0.001 0.699 0.089 0.073 0.016 0.001 0.001 0.038 0.082 60 V 0.002 0.001 0.001 0.557 0.183 0.121 0.016 0.001 0.001 0.065 0.053 61 A 0.005 0.002 0.001 0.642 0.057 0.088 0.035 0.001 0.001 0.063 0.106 62 L 0.029 0.003 0.001 0.400 0.058 0.106 0.096 0.001 0.001 0.078 0.227 63 G 0.031 0.014 0.001 0.140 0.041 0.137 0.171 0.002 0.001 0.067 0.394 64 A 0.018 0.018 0.001 0.058 0.016 0.027 0.157 0.001 0.001 0.232 0.470 65 D 0.033 0.294 0.005 0.017 0.020 0.029 0.089 0.012 0.003 0.287 0.210 66 P 0.089 0.442 0.006 0.010 0.006 0.008 0.052 0.010 0.001 0.108 0.267 67 A 0.027 0.400 0.008 0.014 0.030 0.052 0.055 0.008 0.002 0.155 0.250 68 T 0.068 0.476 0.002 0.012 0.023 0.049 0.050 0.010 0.001 0.082 0.227 69 I 0.058 0.227 0.014 0.044 0.059 0.103 0.062 0.020 0.004 0.200 0.208 70 L 0.063 0.077 0.014 0.080 0.073 0.121 0.102 0.007 0.005 0.188 0.270 71 G 0.066 0.012 0.006 0.062 0.050 0.097 0.145 0.004 0.002 0.190 0.367 72 A 0.030 0.006 0.004 0.099 0.051 0.090 0.147 0.005 0.002 0.116 0.450 73 V 0.038 0.002 0.002 0.076 0.018 0.039 0.166 0.002 0.001 0.061 0.594 74 T 0.018 0.001 0.001 0.049 0.063 0.096 0.140 0.005 0.001 0.084 0.543 75 P 0.033 0.001 0.001 0.026 0.006 0.010 0.122 0.001 0.001 0.032 0.766 76 V 0.091 0.001 0.001 0.023 0.019 0.024 0.164 0.022 0.001 0.069 0.585 77 P 0.128 0.006 0.001 0.011 0.001 0.002 0.105 0.001 0.001 0.026 0.719 78 D 0.007 0.003 0.001 0.011 0.011 0.024 0.184 0.008 0.001 0.019 0.732 79 T 0.091 0.158 0.001 0.015 0.005 0.010 0.107 0.004 0.001 0.027 0.582 80 L 0.050 0.388 0.003 0.024 0.012 0.018 0.089 0.013 0.001 0.085 0.319 81 S 0.048 0.659 0.003 0.009 0.004 0.007 0.037 0.004 0.001 0.102 0.127 82 E 0.043 0.702 0.005 0.010 0.008 0.011 0.027 0.006 0.001 0.087 0.102 83 Y 0.058 0.570 0.011 0.011 0.011 0.015 0.046 0.008 0.003 0.092 0.176 84 A 0.062 0.534 0.005 0.014 0.021 0.028 0.047 0.009 0.001 0.098 0.180 85 F 0.070 0.613 0.004 0.010 0.011 0.023 0.037 0.015 0.002 0.043 0.174 86 A 0.076 0.357 0.014 0.021 0.026 0.049 0.074 0.017 0.005 0.076 0.285 87 G 0.077 0.097 0.059 0.031 0.028 0.058 0.107 0.011 0.030 0.149 0.354 88 L 0.189 0.018 0.009 0.017 0.021 0.034 0.106 0.010 0.004 0.109 0.481 89 L 0.153 0.010 0.005 0.026 0.010 0.020 0.094 0.004 0.004 0.067 0.606 90 R 0.073 0.002 0.002 0.023 0.008 0.019 0.132 0.002 0.001 0.040 0.697 91 G 0.011 0.003 0.001 0.020 0.011 0.027 0.106 0.002 0.001 0.025 0.793 92 T 0.046 0.008 0.001 0.016 0.049 0.040 0.153 0.006 0.001 0.034 0.646 93 K 0.016 0.012 0.001 0.093 0.073 0.119 0.139 0.007 0.001 0.037 0.504 94 T 0.015 0.019 0.001 0.089 0.073 0.146 0.088 0.003 0.001 0.055 0.512 95 E 0.009 0.008 0.002 0.214 0.249 0.262 0.039 0.003 0.001 0.043 0.171 96 V 0.008 0.008 0.002 0.195 0.120 0.209 0.054 0.001 0.001 0.028 0.374 97 V 0.011 0.003 0.001 0.188 0.261 0.268 0.035 0.002 0.001 0.048 0.182 98 K 0.022 0.003 0.002 0.171 0.149 0.214 0.060 0.002 0.001 0.065 0.312 99 C 0.017 0.001 0.003 0.086 0.103 0.147 0.096 0.002 0.003 0.035 0.507 100 I 0.070 0.002 0.002 0.069 0.121 0.151 0.086 0.008 0.001 0.050 0.439 101 S 0.076 0.002 0.002 0.035 0.029 0.042 0.106 0.003 0.001 0.053 0.652 102 N 0.014 0.001 0.001 0.034 0.055 0.131 0.109 0.010 0.001 0.047 0.598 103 D 0.027 0.001 0.001 0.041 0.016 0.034 0.110 0.001 0.001 0.036 0.733 104 L 0.008 0.001 0.001 0.062 0.139 0.123 0.097 0.001 0.001 0.034 0.534 105 E 0.009 0.001 0.001 0.026 0.022 0.026 0.099 0.001 0.001 0.024 0.792 106 V 0.010 0.001 0.001 0.022 0.090 0.062 0.140 0.008 0.001 0.037 0.629 107 P 0.123 0.016 0.001 0.063 0.014 0.020 0.161 0.003 0.001 0.065 0.533 108 A 0.037 0.008 0.002 0.052 0.023 0.046 0.144 0.006 0.001 0.059 0.621 109 S 0.031 0.044 0.001 0.077 0.033 0.047 0.128 0.003 0.001 0.046 0.587 110 A 0.017 0.025 0.002 0.181 0.113 0.148 0.100 0.003 0.001 0.083 0.326 111 E 0.007 0.021 0.002 0.266 0.120 0.188 0.062 0.001 0.001 0.107 0.226 112 I 0.011 0.009 0.002 0.374 0.165 0.164 0.047 0.002 0.001 0.087 0.138 113 V 0.008 0.007 0.002 0.445 0.124 0.148 0.050 0.001 0.001 0.073 0.139 114 L 0.024 0.005 0.001 0.364 0.107 0.187 0.053 0.003 0.001 0.108 0.145 115 E 0.014 0.009 0.001 0.201 0.073 0.210 0.105 0.003 0.001 0.053 0.332 116 G 0.007 0.002 0.001 0.207 0.104 0.215 0.100 0.001 0.001 0.056 0.306 117 Y 0.009 0.002 0.001 0.143 0.170 0.267 0.102 0.001 0.001 0.105 0.202 118 I 0.003 0.001 0.002 0.190 0.073 0.108 0.124 0.001 0.001 0.043 0.454 119 E 0.450 0.006 0.003 0.059 0.033 0.034 0.086 0.009 0.004 0.126 0.190 120 Q 0.126 0.007 0.002 0.045 0.003 0.006 0.129 0.006 0.001 0.139 0.536 121 G 0.042 0.004 0.001 0.011 0.004 0.008 0.131 0.002 0.001 0.034 0.765 122 E 0.016 0.002 0.001 0.031 0.026 0.052 0.206 0.004 0.001 0.058 0.604 123 T 0.038 0.010 0.001 0.034 0.015 0.029 0.223 0.004 0.001 0.074 0.572 124 A 0.200 0.013 0.001 0.043 0.031 0.037 0.122 0.007 0.001 0.136 0.408 125 P 0.038 0.014 0.002 0.030 0.013 0.029 0.234 0.002 0.001 0.071 0.565 126 E 0.037 0.023 0.002 0.026 0.022 0.050 0.203 0.004 0.001 0.049 0.582 127 G 0.175 0.033 0.003 0.033 0.028 0.040 0.153 0.012 0.001 0.107 0.415 128 P 0.127 0.039 0.002 0.023 0.017 0.037 0.162 0.010 0.001 0.110 0.472 129 Y 0.114 0.019 0.004 0.030 0.021 0.053 0.151 0.005 0.002 0.084 0.517 130 G 0.041 0.015 0.003 0.045 0.046 0.076 0.184 0.004 0.001 0.065 0.520 131 D 0.057 0.019 0.002 0.046 0.039 0.069 0.172 0.005 0.001 0.078 0.512 132 H 0.063 0.023 0.002 0.082 0.057 0.086 0.162 0.010 0.001 0.112 0.402 133 T 0.046 0.016 0.001 0.062 0.046 0.106 0.159 0.004 0.001 0.073 0.486 134 G 0.026 0.015 0.002 0.077 0.081 0.182 0.129 0.003 0.001 0.072 0.413 135 Y 0.026 0.011 0.002 0.059 0.077 0.150 0.136 0.003 0.001 0.070 0.464 136 Y 0.046 0.021 0.004 0.050 0.065 0.114 0.122 0.005 0.003 0.065 0.507 137 N 0.179 0.013 0.006 0.028 0.050 0.077 0.110 0.006 0.004 0.105 0.422 138 E 0.075 0.007 0.003 0.015 0.023 0.052 0.113 0.009 0.002 0.069 0.633 139 V 0.149 0.006 0.002 0.012 0.015 0.025 0.102 0.002 0.001 0.038 0.648 140 D 0.028 0.003 0.002 0.023 0.057 0.077 0.126 0.003 0.001 0.041 0.639 141 S 0.013 0.006 0.001 0.011 0.025 0.041 0.124 0.003 0.001 0.026 0.752 142 F 0.014 0.004 0.001 0.022 0.136 0.090 0.138 0.005 0.001 0.053 0.537 143 P 0.006 0.026 0.001 0.140 0.117 0.227 0.086 0.002 0.001 0.050 0.345 144 V 0.005 0.007 0.001 0.104 0.127 0.267 0.045 0.001 0.001 0.142 0.301 145 F 0.002 0.025 0.002 0.209 0.317 0.207 0.029 0.001 0.001 0.042 0.167 146 T 0.017 0.054 0.002 0.162 0.203 0.266 0.038 0.004 0.001 0.068 0.185 147 V 0.009 0.020 0.002 0.181 0.214 0.166 0.032 0.002 0.001 0.165 0.208 148 T 0.015 0.088 0.002 0.174 0.141 0.217 0.051 0.005 0.001 0.106 0.199 149 H 0.048 0.096 0.010 0.086 0.164 0.168 0.054 0.009 0.004 0.061 0.300 150 I 0.030 0.038 0.010 0.126 0.211 0.186 0.058 0.005 0.005 0.055 0.275 151 T 0.077 0.045 0.007 0.052 0.069 0.105 0.093 0.008 0.005 0.084 0.456 152 Q 0.210 0.037 0.008 0.053 0.049 0.066 0.093 0.011 0.006 0.078 0.388 153 R 0.090 0.023 0.006 0.052 0.032 0.062 0.142 0.006 0.004 0.042 0.542 154 E 0.025 0.014 0.002 0.037 0.032 0.061 0.123 0.004 0.001 0.035 0.667 155 D 0.044 0.016 0.003 0.080 0.080 0.097 0.137 0.006 0.001 0.092 0.444 156 A 0.021 0.009 0.002 0.124 0.081 0.124 0.121 0.003 0.001 0.080 0.433 157 I 0.014 0.007 0.002 0.180 0.082 0.151 0.096 0.002 0.001 0.087 0.378 158 Y 0.019 0.009 0.002 0.201 0.103 0.142 0.094 0.004 0.001 0.078 0.348 159 H 0.028 0.007 0.002 0.185 0.089 0.134 0.103 0.002 0.001 0.083 0.366 160 S 0.011 0.003 0.002 0.187 0.099 0.184 0.116 0.003 0.001 0.085 0.310 161 T 0.040 0.005 0.002 0.166 0.072 0.156 0.108 0.005 0.001 0.112 0.333 162 Y 0.087 0.004 0.001 0.130 0.067 0.112 0.125 0.004 0.001 0.090 0.379 163 T 0.017 0.001 0.001 0.074 0.043 0.089 0.144 0.001 0.001 0.046 0.586 164 G 0.009 0.002 0.001 0.063 0.024 0.048 0.147 0.001 0.001 0.035 0.671 165 R 0.014 0.002 0.001 0.026 0.037 0.038 0.199 0.005 0.001 0.045 0.635 166 P 0.096 0.019 0.001 0.017 0.010 0.010 0.167 0.003 0.001 0.056 0.618 167 P 0.019 0.051 0.001 0.013 0.007 0.010 0.136 0.007 0.001 0.044 0.710 168 D 0.123 0.620 0.002 0.003 0.002 0.003 0.033 0.009 0.001 0.019 0.185 169 E 0.077 0.710 0.003 0.003 0.001 0.002 0.020 0.008 0.001 0.078 0.096 170 P 0.067 0.636 0.004 0.003 0.002 0.003 0.030 0.003 0.001 0.115 0.135 171 A 0.047 0.468 0.002 0.006 0.006 0.009 0.039 0.005 0.001 0.306 0.113 172 V 0.020 0.744 0.003 0.004 0.004 0.005 0.024 0.007 0.001 0.096 0.093 173 L 0.019 0.863 0.002 0.003 0.002 0.003 0.013 0.006 0.001 0.013 0.077 174 G 0.019 0.302 0.004 0.005 0.004 0.008 0.014 0.003 0.001 0.551 0.089 175 V 0.018 0.748 0.009 0.002 0.002 0.003 0.017 0.005 0.003 0.115 0.078 176 A 0.084 0.711 0.040 0.002 0.001 0.002 0.013 0.034 0.016 0.024 0.073 177 L 0.273 0.386 0.031 0.005 0.002 0.003 0.030 0.041 0.019 0.039 0.171 178 N 0.204 0.099 0.002 0.005 0.004 0.008 0.088 0.005 0.002 0.034 0.550 179 E 0.039 0.059 0.011 0.018 0.005 0.013 0.128 0.005 0.003 0.046 0.673 180 V 0.048 0.047 0.019 0.032 0.008 0.014 0.187 0.008 0.007 0.045 0.586 181 F 0.141 0.031 0.005 0.020 0.018 0.020 0.130 0.012 0.004 0.056 0.563