# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.1275 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.016 0.021 0.018 0.038 0.037 0.047 0.091 0.128 0.189 0.200 0.215 2 W 0.014 0.025 0.017 0.069 0.102 0.134 0.196 0.155 0.133 0.092 0.063 3 G 0.016 0.016 0.013 0.037 0.047 0.068 0.138 0.167 0.193 0.170 0.136 4 L 0.005 0.005 0.004 0.016 0.024 0.045 0.122 0.163 0.218 0.218 0.178 5 T 0.004 0.006 0.007 0.021 0.027 0.044 0.107 0.147 0.216 0.222 0.199 6 V 0.004 0.009 0.009 0.028 0.039 0.055 0.144 0.172 0.214 0.188 0.137 7 T 0.006 0.009 0.012 0.036 0.047 0.067 0.160 0.176 0.201 0.165 0.121 8 R 0.074 0.093 0.049 0.183 0.173 0.129 0.138 0.074 0.048 0.027 0.013 9 G 0.136 0.145 0.040 0.157 0.132 0.115 0.123 0.069 0.047 0.026 0.011 10 P 0.164 0.097 0.034 0.108 0.099 0.103 0.125 0.090 0.077 0.059 0.045 11 H 0.372 0.233 0.053 0.110 0.072 0.052 0.049 0.023 0.017 0.011 0.008 12 K 0.359 0.238 0.071 0.146 0.081 0.046 0.032 0.013 0.008 0.004 0.002 13 E 0.496 0.150 0.047 0.115 0.075 0.047 0.036 0.015 0.010 0.006 0.003 14 R 0.051 0.072 0.054 0.169 0.179 0.155 0.151 0.079 0.050 0.027 0.014 15 Q 0.022 0.058 0.061 0.166 0.197 0.178 0.171 0.080 0.041 0.018 0.008 16 N 0.006 0.014 0.015 0.049 0.072 0.118 0.215 0.184 0.155 0.110 0.063 17 L 0.005 0.006 0.006 0.018 0.026 0.041 0.133 0.171 0.214 0.218 0.161 18 G 0.014 0.023 0.022 0.069 0.078 0.093 0.171 0.154 0.169 0.123 0.085 19 I 0.010 0.015 0.020 0.046 0.044 0.060 0.144 0.160 0.196 0.180 0.124 20 Y 0.005 0.011 0.021 0.055 0.064 0.080 0.164 0.180 0.183 0.144 0.094 21 R 0.010 0.013 0.029 0.065 0.068 0.083 0.180 0.168 0.171 0.137 0.077 22 Q 0.011 0.022 0.055 0.126 0.153 0.155 0.179 0.117 0.096 0.057 0.030 23 Q 0.006 0.015 0.027 0.052 0.059 0.088 0.190 0.173 0.183 0.134 0.072 24 L 0.017 0.020 0.021 0.052 0.063 0.093 0.182 0.161 0.163 0.133 0.096 25 I 0.030 0.059 0.054 0.116 0.125 0.131 0.187 0.121 0.094 0.057 0.028 26 G 0.259 0.174 0.093 0.161 0.109 0.074 0.063 0.031 0.020 0.011 0.005 27 K 0.235 0.202 0.112 0.196 0.112 0.065 0.045 0.017 0.009 0.005 0.002 28 N 0.151 0.102 0.064 0.137 0.115 0.117 0.143 0.079 0.051 0.028 0.013 29 K 0.026 0.075 0.063 0.225 0.207 0.173 0.124 0.055 0.030 0.015 0.008 30 L 0.009 0.007 0.008 0.015 0.020 0.033 0.125 0.185 0.235 0.224 0.139 31 I 0.008 0.014 0.023 0.093 0.110 0.141 0.205 0.141 0.125 0.084 0.055 32 M 0.003 0.006 0.014 0.017 0.018 0.032 0.095 0.141 0.231 0.255 0.188 33 R 0.005 0.014 0.021 0.106 0.143 0.157 0.196 0.152 0.107 0.062 0.036 34 W 0.007 0.013 0.019 0.027 0.030 0.046 0.127 0.160 0.221 0.211 0.139 35 L 0.010 0.019 0.026 0.092 0.118 0.121 0.173 0.148 0.137 0.099 0.057 36 S 0.039 0.063 0.038 0.114 0.121 0.124 0.174 0.128 0.104 0.063 0.033 37 H 0.089 0.085 0.065 0.143 0.128 0.122 0.130 0.091 0.072 0.050 0.023 38 R 0.176 0.127 0.066 0.146 0.114 0.094 0.106 0.067 0.052 0.033 0.018 39 G 0.235 0.146 0.043 0.106 0.087 0.083 0.094 0.070 0.063 0.047 0.025 40 G 0.108 0.084 0.029 0.081 0.075 0.081 0.127 0.113 0.129 0.105 0.068 41 A 0.074 0.056 0.031 0.086 0.078 0.102 0.156 0.114 0.127 0.103 0.073 42 L 0.081 0.075 0.081 0.145 0.121 0.116 0.127 0.094 0.081 0.054 0.026 43 D 0.032 0.047 0.042 0.099 0.098 0.110 0.155 0.134 0.132 0.094 0.057 44 Y 0.016 0.015 0.025 0.039 0.042 0.061 0.117 0.146 0.214 0.203 0.123 45 Q 0.032 0.032 0.083 0.152 0.151 0.142 0.153 0.092 0.095 0.049 0.020 46 E 0.033 0.045 0.196 0.187 0.121 0.113 0.120 0.066 0.063 0.035 0.020 47 W 0.015 0.011 0.043 0.053 0.058 0.116 0.217 0.157 0.161 0.110 0.059 48 C 0.012 0.015 0.060 0.074 0.070 0.115 0.229 0.164 0.137 0.085 0.038 49 A 0.007 0.019 0.177 0.067 0.077 0.106 0.176 0.124 0.118 0.078 0.052 50 A 0.009 0.037 0.116 0.143 0.160 0.159 0.172 0.087 0.059 0.035 0.022 51 H 0.057 0.126 0.115 0.125 0.135 0.131 0.132 0.067 0.059 0.033 0.020 52 P 0.135 0.145 0.075 0.217 0.166 0.131 0.082 0.028 0.013 0.006 0.003 53 G 0.772 0.119 0.033 0.045 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 E 0.022 0.064 0.040 0.205 0.202 0.182 0.161 0.067 0.033 0.014 0.008 55 R 0.181 0.311 0.087 0.237 0.121 0.045 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.052 0.129 0.260 0.260 0.288 57 P 0.036 0.109 0.087 0.275 0.239 0.148 0.078 0.017 0.007 0.003 0.002 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.035 0.096 0.220 0.266 0.376 59 S 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.044 0.146 0.188 0.196 0.182 0.222 60 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.047 0.124 0.242 0.278 0.296 61 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 0.053 0.098 0.182 0.254 0.388 62 L 0.001 0.002 0.003 0.008 0.010 0.018 0.066 0.131 0.216 0.270 0.275 63 G 0.008 0.014 0.009 0.041 0.063 0.081 0.175 0.195 0.187 0.132 0.095 64 A 0.010 0.015 0.011 0.037 0.047 0.060 0.115 0.147 0.196 0.188 0.174 65 D 0.025 0.045 0.023 0.097 0.168 0.167 0.188 0.117 0.089 0.050 0.031 66 P 0.012 0.015 0.011 0.040 0.054 0.076 0.157 0.149 0.187 0.159 0.141 67 A 0.023 0.010 0.010 0.025 0.040 0.064 0.138 0.136 0.188 0.185 0.180 68 T 0.011 0.008 0.014 0.028 0.029 0.049 0.144 0.157 0.205 0.179 0.176 69 I 0.003 0.003 0.010 0.010 0.010 0.019 0.067 0.123 0.205 0.260 0.291 70 L 0.002 0.002 0.010 0.008 0.007 0.012 0.050 0.101 0.185 0.272 0.353 71 G 0.001 0.002 0.013 0.010 0.012 0.021 0.074 0.126 0.212 0.245 0.283 72 A 0.002 0.002 0.011 0.009 0.010 0.020 0.077 0.108 0.206 0.255 0.298 73 V 0.005 0.008 0.015 0.028 0.039 0.065 0.166 0.169 0.202 0.167 0.136 74 T 0.007 0.011 0.012 0.023 0.034 0.057 0.139 0.157 0.209 0.188 0.164 75 P 0.168 0.136 0.080 0.158 0.144 0.106 0.092 0.048 0.034 0.021 0.014 76 V 0.021 0.019 0.008 0.035 0.050 0.073 0.166 0.161 0.181 0.155 0.132 77 P 0.110 0.076 0.031 0.092 0.114 0.112 0.149 0.108 0.095 0.062 0.050 78 D 0.283 0.206 0.053 0.139 0.096 0.075 0.066 0.031 0.023 0.016 0.011 79 T 0.190 0.174 0.048 0.162 0.131 0.109 0.085 0.040 0.029 0.019 0.011 80 L 0.044 0.025 0.010 0.047 0.081 0.117 0.172 0.146 0.164 0.115 0.079 81 S 0.028 0.102 0.046 0.152 0.140 0.136 0.158 0.087 0.073 0.042 0.037 82 E 0.002 0.004 0.004 0.016 0.028 0.053 0.158 0.191 0.223 0.183 0.138 83 Y 0.026 0.010 0.020 0.047 0.064 0.094 0.168 0.147 0.164 0.145 0.116 84 A 0.003 0.012 0.072 0.171 0.162 0.147 0.172 0.102 0.081 0.048 0.029 85 F 0.001 0.002 0.032 0.024 0.018 0.022 0.070 0.112 0.205 0.255 0.259 86 A 0.001 0.001 0.008 0.009 0.011 0.022 0.088 0.139 0.212 0.251 0.258 87 G 0.002 0.004 0.076 0.054 0.065 0.118 0.208 0.156 0.154 0.103 0.061 88 L 0.001 0.003 0.018 0.023 0.049 0.113 0.267 0.175 0.146 0.116 0.090 89 L 0.001 0.002 0.006 0.005 0.006 0.011 0.051 0.093 0.222 0.290 0.313 90 R 0.015 0.022 0.028 0.071 0.091 0.140 0.238 0.150 0.120 0.076 0.049 91 G 0.167 0.121 0.152 0.169 0.119 0.095 0.079 0.039 0.028 0.017 0.012 92 T 0.118 0.157 0.090 0.159 0.125 0.118 0.116 0.056 0.031 0.021 0.010 93 K 0.299 0.184 0.073 0.175 0.109 0.065 0.050 0.020 0.013 0.008 0.006 94 T 0.025 0.021 0.009 0.028 0.039 0.066 0.150 0.157 0.197 0.165 0.143 95 E 0.169 0.212 0.081 0.237 0.142 0.075 0.048 0.016 0.010 0.005 0.004 96 V 0.007 0.007 0.004 0.018 0.023 0.035 0.092 0.130 0.199 0.217 0.268 97 V 0.015 0.025 0.021 0.082 0.107 0.145 0.189 0.140 0.127 0.087 0.063 98 K 0.039 0.092 0.063 0.221 0.185 0.129 0.120 0.066 0.046 0.025 0.015 99 C 0.011 0.009 0.008 0.023 0.027 0.041 0.093 0.137 0.205 0.231 0.215 100 I 0.051 0.078 0.063 0.184 0.175 0.140 0.134 0.071 0.050 0.030 0.023 101 S 0.063 0.076 0.046 0.110 0.094 0.090 0.147 0.117 0.110 0.083 0.064 102 N 0.091 0.080 0.047 0.140 0.135 0.139 0.142 0.088 0.066 0.043 0.029 103 D 0.289 0.201 0.079 0.155 0.103 0.067 0.054 0.023 0.015 0.009 0.006 104 L 0.031 0.019 0.010 0.034 0.040 0.054 0.116 0.133 0.179 0.187 0.198 105 E 0.236 0.236 0.079 0.201 0.117 0.062 0.037 0.014 0.009 0.005 0.004 106 V 0.017 0.027 0.010 0.047 0.059 0.075 0.141 0.151 0.184 0.159 0.130 107 P 0.064 0.076 0.031 0.111 0.127 0.138 0.152 0.098 0.084 0.059 0.059 108 A 0.040 0.024 0.015 0.065 0.093 0.117 0.201 0.137 0.132 0.099 0.075 109 S 0.123 0.122 0.073 0.188 0.162 0.123 0.107 0.044 0.031 0.017 0.011 110 A 0.008 0.005 0.005 0.017 0.017 0.024 0.087 0.134 0.213 0.253 0.238 111 E 0.010 0.014 0.019 0.048 0.065 0.103 0.180 0.159 0.164 0.132 0.107 112 I 0.002 0.004 0.012 0.019 0.021 0.039 0.156 0.188 0.212 0.199 0.147 113 V 0.001 0.001 0.006 0.013 0.015 0.028 0.078 0.142 0.198 0.263 0.257 114 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.011 0.057 0.118 0.242 0.307 0.250 115 E 0.001 0.005 0.013 0.043 0.062 0.084 0.166 0.193 0.196 0.135 0.101 116 G 0.003 0.005 0.010 0.017 0.023 0.043 0.141 0.174 0.245 0.219 0.122 117 Y 0.008 0.026 0.025 0.172 0.228 0.187 0.200 0.089 0.044 0.017 0.005 118 I 0.001 0.003 0.003 0.010 0.013 0.021 0.074 0.127 0.244 0.263 0.240 119 E 0.074 0.167 0.085 0.240 0.198 0.113 0.076 0.027 0.014 0.004 0.002 120 Q 0.231 0.221 0.055 0.167 0.103 0.081 0.077 0.034 0.019 0.009 0.003 121 G 0.664 0.167 0.036 0.067 0.032 0.015 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 122 E 0.360 0.189 0.048 0.125 0.085 0.062 0.060 0.031 0.022 0.011 0.007 123 T 0.124 0.151 0.054 0.145 0.135 0.110 0.113 0.071 0.050 0.031 0.017 124 A 0.067 0.108 0.031 0.114 0.135 0.141 0.162 0.110 0.073 0.040 0.018 125 P 0.474 0.127 0.055 0.101 0.074 0.052 0.047 0.028 0.021 0.013 0.007 126 E 0.096 0.055 0.016 0.080 0.099 0.103 0.167 0.141 0.114 0.082 0.046 127 G 0.118 0.070 0.018 0.066 0.062 0.062 0.098 0.128 0.149 0.133 0.096 128 P 0.125 0.073 0.025 0.090 0.104 0.116 0.148 0.112 0.096 0.066 0.044 129 Y 0.048 0.043 0.024 0.073 0.072 0.090 0.144 0.153 0.151 0.125 0.080 130 G 0.085 0.060 0.023 0.070 0.084 0.089 0.134 0.142 0.131 0.103 0.078 131 D 0.112 0.085 0.044 0.127 0.097 0.090 0.118 0.100 0.093 0.074 0.059 132 H 0.054 0.052 0.029 0.077 0.087 0.113 0.171 0.140 0.122 0.093 0.063 133 T 0.058 0.075 0.039 0.124 0.107 0.097 0.128 0.113 0.106 0.088 0.066 134 G 0.161 0.116 0.045 0.126 0.111 0.095 0.107 0.078 0.070 0.054 0.038 135 Y 0.051 0.065 0.039 0.122 0.115 0.119 0.162 0.112 0.103 0.068 0.043 136 Y 0.024 0.030 0.017 0.059 0.073 0.093 0.159 0.150 0.161 0.131 0.103 137 N 0.163 0.193 0.076 0.179 0.119 0.081 0.074 0.045 0.036 0.020 0.012 138 E 0.444 0.187 0.066 0.128 0.070 0.045 0.032 0.013 0.008 0.005 0.002 139 V 0.215 0.111 0.042 0.104 0.097 0.095 0.116 0.075 0.066 0.046 0.034 140 D 0.221 0.184 0.079 0.176 0.119 0.079 0.066 0.034 0.023 0.012 0.006 141 S 0.429 0.145 0.045 0.140 0.094 0.056 0.049 0.020 0.012 0.006 0.004 142 F 0.018 0.035 0.021 0.086 0.107 0.139 0.185 0.159 0.123 0.090 0.037 143 P 0.076 0.075 0.028 0.132 0.133 0.129 0.153 0.108 0.078 0.058 0.031 144 V 0.022 0.043 0.043 0.211 0.208 0.176 0.150 0.075 0.042 0.020 0.011 145 F 0.003 0.003 0.005 0.012 0.018 0.037 0.130 0.189 0.257 0.221 0.125 146 T 0.015 0.100 0.094 0.460 0.227 0.065 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.048 0.117 0.247 0.293 0.275 148 T 0.050 0.145 0.144 0.412 0.176 0.052 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 149 H 0.028 0.146 0.045 0.242 0.187 0.156 0.136 0.037 0.016 0.006 0.002 150 I 0.006 0.008 0.011 0.027 0.029 0.034 0.072 0.110 0.222 0.234 0.246 151 T 0.036 0.123 0.077 0.235 0.221 0.141 0.108 0.033 0.017 0.005 0.003 152 Q 0.042 0.096 0.055 0.171 0.141 0.105 0.133 0.107 0.077 0.048 0.024 153 R 0.041 0.066 0.045 0.140 0.169 0.171 0.176 0.091 0.058 0.030 0.016 154 E 0.314 0.159 0.085 0.183 0.106 0.064 0.047 0.020 0.012 0.006 0.004 155 D 0.152 0.148 0.072 0.205 0.149 0.098 0.080 0.044 0.028 0.018 0.008 156 A 0.086 0.082 0.039 0.093 0.083 0.098 0.145 0.123 0.116 0.084 0.050 157 I 0.050 0.051 0.036 0.082 0.091 0.100 0.167 0.134 0.125 0.094 0.071 158 Y 0.017 0.019 0.015 0.037 0.043 0.062 0.138 0.163 0.193 0.167 0.145 159 H 0.025 0.030 0.026 0.095 0.096 0.111 0.155 0.145 0.143 0.102 0.071 160 S 0.029 0.023 0.018 0.040 0.047 0.066 0.125 0.157 0.192 0.169 0.135 161 T 0.028 0.026 0.018 0.051 0.052 0.066 0.132 0.157 0.195 0.154 0.121 162 Y 0.029 0.029 0.022 0.059 0.070 0.098 0.170 0.153 0.158 0.126 0.087 163 T 0.066 0.083 0.034 0.103 0.091 0.089 0.145 0.118 0.114 0.087 0.070 164 G 0.181 0.079 0.029 0.090 0.089 0.078 0.097 0.099 0.102 0.089 0.067 165 R 0.147 0.172 0.035 0.137 0.142 0.112 0.104 0.059 0.043 0.029 0.020 166 P 0.112 0.087 0.030 0.098 0.104 0.112 0.139 0.111 0.099 0.067 0.042 167 P 0.271 0.092 0.030 0.102 0.117 0.117 0.112 0.062 0.045 0.030 0.021 168 D 0.124 0.193 0.081 0.204 0.139 0.090 0.076 0.037 0.026 0.016 0.011 169 E 0.021 0.027 0.010 0.033 0.042 0.063 0.135 0.162 0.190 0.183 0.133 170 P 0.071 0.050 0.034 0.096 0.126 0.149 0.177 0.106 0.090 0.059 0.043 171 A 0.128 0.083 0.090 0.168 0.140 0.119 0.130 0.063 0.043 0.024 0.014 172 V 0.014 0.030 0.049 0.136 0.138 0.167 0.189 0.109 0.084 0.052 0.034 173 L 0.004 0.009 0.023 0.021 0.017 0.018 0.064 0.115 0.203 0.253 0.273 174 G 0.019 0.015 0.059 0.066 0.070 0.116 0.182 0.137 0.139 0.112 0.086 175 V 0.019 0.038 0.285 0.180 0.152 0.121 0.111 0.042 0.028 0.016 0.008 176 A 0.006 0.012 0.068 0.052 0.050 0.074 0.211 0.157 0.151 0.126 0.091 177 L 0.004 0.007 0.030 0.030 0.027 0.044 0.126 0.122 0.191 0.230 0.189 178 N 0.023 0.028 0.202 0.119 0.113 0.134 0.186 0.089 0.061 0.030 0.014 179 E 0.020 0.039 0.246 0.205 0.156 0.156 0.114 0.038 0.016 0.008 0.003 180 V 0.007 0.011 0.052 0.028 0.032 0.051 0.159 0.157 0.197 0.189 0.118 181 F 0.013 0.017 0.043 0.087 0.092 0.096 0.162 0.144 0.156 0.115 0.074