# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.1275 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.170 0.035 0.009 0.035 0.068 0.094 0.106 0.005 0.001 0.015 0.461 2 W 0.059 0.015 0.013 0.061 0.110 0.121 0.099 0.002 0.001 0.010 0.509 3 G 0.028 0.003 0.007 0.044 0.066 0.128 0.093 0.001 0.001 0.008 0.622 4 L 0.041 0.003 0.012 0.145 0.248 0.314 0.052 0.001 0.001 0.007 0.177 5 T 0.006 0.003 0.002 0.217 0.246 0.285 0.051 0.001 0.001 0.002 0.189 6 V 0.004 0.002 0.001 0.167 0.248 0.381 0.024 0.001 0.001 0.001 0.172 7 T 0.003 0.001 0.001 0.139 0.265 0.451 0.023 0.001 0.001 0.001 0.116 8 R 0.006 0.002 0.001 0.106 0.125 0.279 0.044 0.001 0.001 0.003 0.434 9 G 0.011 0.001 0.001 0.068 0.174 0.267 0.119 0.001 0.001 0.005 0.353 10 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.013 0.018 0.001 0.001 0.001 0.952 11 H 0.013 0.001 0.001 0.016 0.023 0.047 0.242 0.001 0.001 0.009 0.648 12 K 0.461 0.004 0.001 0.008 0.009 0.012 0.081 0.001 0.001 0.032 0.392 13 E 0.224 0.030 0.002 0.013 0.021 0.016 0.168 0.001 0.001 0.008 0.517 14 R 0.116 0.026 0.011 0.023 0.030 0.065 0.154 0.001 0.001 0.012 0.563 15 Q 0.030 0.048 0.003 0.057 0.114 0.193 0.142 0.001 0.001 0.004 0.407 16 N 0.037 0.058 0.002 0.023 0.090 0.166 0.134 0.002 0.001 0.006 0.482 17 L 0.067 0.093 0.005 0.030 0.119 0.195 0.059 0.002 0.001 0.006 0.425 18 G 0.051 0.101 0.005 0.055 0.109 0.157 0.153 0.004 0.001 0.011 0.353 19 I 0.081 0.119 0.022 0.055 0.095 0.191 0.109 0.003 0.001 0.012 0.313 20 Y 0.016 0.152 0.004 0.129 0.181 0.294 0.055 0.003 0.001 0.003 0.162 21 R 0.023 0.184 0.004 0.080 0.116 0.250 0.057 0.004 0.001 0.005 0.277 22 Q 0.038 0.240 0.005 0.072 0.163 0.231 0.036 0.006 0.001 0.003 0.206 23 Q 0.062 0.249 0.005 0.077 0.147 0.214 0.042 0.015 0.001 0.005 0.184 24 L 0.100 0.208 0.013 0.044 0.118 0.179 0.039 0.020 0.001 0.005 0.273 25 I 0.053 0.155 0.012 0.100 0.151 0.234 0.045 0.025 0.001 0.004 0.219 26 G 0.084 0.047 0.008 0.029 0.072 0.079 0.122 0.022 0.001 0.007 0.530 27 K 0.031 0.007 0.032 0.013 0.009 0.013 0.032 0.001 0.001 0.004 0.857 28 N 0.020 0.004 0.004 0.021 0.019 0.031 0.251 0.001 0.001 0.009 0.639 29 K 0.377 0.007 0.013 0.042 0.023 0.037 0.135 0.001 0.001 0.045 0.321 30 L 0.091 0.032 0.008 0.200 0.156 0.154 0.116 0.001 0.001 0.007 0.234 31 I 0.009 0.014 0.003 0.318 0.210 0.313 0.041 0.001 0.001 0.002 0.089 32 M 0.002 0.012 0.001 0.264 0.238 0.408 0.014 0.001 0.001 0.001 0.061 33 R 0.003 0.013 0.001 0.206 0.285 0.431 0.013 0.001 0.001 0.001 0.049 34 W 0.011 0.019 0.002 0.114 0.232 0.386 0.034 0.002 0.001 0.003 0.197 35 L 0.012 0.009 0.003 0.144 0.250 0.392 0.040 0.002 0.001 0.003 0.146 36 S 0.006 0.005 0.002 0.072 0.118 0.209 0.079 0.002 0.001 0.003 0.503 37 H 0.017 0.006 0.002 0.044 0.069 0.099 0.134 0.002 0.001 0.009 0.617 38 R 0.109 0.011 0.004 0.017 0.017 0.026 0.202 0.002 0.001 0.021 0.591 39 G 0.202 0.019 0.007 0.019 0.014 0.018 0.207 0.003 0.001 0.030 0.482 40 G 0.197 0.024 0.015 0.021 0.019 0.021 0.232 0.001 0.001 0.019 0.451 41 A 0.060 0.040 0.010 0.026 0.026 0.053 0.199 0.001 0.001 0.008 0.577 42 L 0.033 0.058 0.004 0.077 0.099 0.187 0.131 0.001 0.001 0.005 0.404 43 D 0.039 0.092 0.002 0.030 0.049 0.081 0.140 0.001 0.001 0.004 0.562 44 Y 0.052 0.205 0.004 0.029 0.054 0.106 0.100 0.002 0.001 0.005 0.443 45 Q 0.023 0.300 0.003 0.024 0.043 0.091 0.129 0.002 0.001 0.004 0.382 46 E 0.041 0.318 0.002 0.017 0.031 0.061 0.165 0.009 0.001 0.011 0.346 47 W 0.059 0.679 0.006 0.010 0.011 0.022 0.045 0.003 0.001 0.003 0.162 48 C 0.043 0.725 0.003 0.005 0.009 0.009 0.020 0.007 0.001 0.001 0.177 49 A 0.079 0.747 0.003 0.006 0.010 0.022 0.011 0.017 0.001 0.001 0.103 50 A 0.165 0.606 0.007 0.007 0.007 0.013 0.006 0.048 0.001 0.001 0.141 51 H 0.278 0.412 0.019 0.003 0.007 0.009 0.020 0.025 0.001 0.001 0.226 52 P 0.012 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.960 53 G 0.105 0.006 0.004 0.011 0.006 0.006 0.096 0.012 0.001 0.004 0.749 54 E 0.603 0.004 0.040 0.009 0.002 0.003 0.046 0.001 0.001 0.009 0.281 55 R 0.026 0.005 0.010 0.047 0.006 0.013 0.048 0.001 0.001 0.001 0.842 56 F 0.040 0.002 0.005 0.457 0.096 0.111 0.060 0.001 0.001 0.003 0.225 57 P 0.005 0.001 0.001 0.245 0.022 0.036 0.025 0.001 0.001 0.001 0.665 58 V 0.002 0.001 0.001 0.581 0.120 0.215 0.018 0.001 0.001 0.001 0.061 59 S 0.001 0.001 0.001 0.759 0.086 0.136 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 60 V 0.001 0.006 0.001 0.694 0.119 0.133 0.008 0.001 0.001 0.001 0.039 61 A 0.002 0.007 0.001 0.619 0.136 0.214 0.009 0.001 0.001 0.001 0.013 62 L 0.007 0.030 0.001 0.403 0.094 0.257 0.085 0.003 0.001 0.002 0.119 63 G 0.051 0.024 0.007 0.296 0.099 0.144 0.089 0.013 0.001 0.014 0.263 64 A 0.027 0.011 0.137 0.073 0.023 0.055 0.121 0.002 0.001 0.010 0.540 65 D 0.007 0.004 0.002 0.064 0.023 0.051 0.228 0.002 0.001 0.003 0.615 66 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.984 67 A 0.017 0.036 0.001 0.022 0.012 0.038 0.353 0.001 0.001 0.010 0.512 68 T 0.182 0.130 0.001 0.029 0.026 0.053 0.159 0.002 0.001 0.011 0.406 69 I 0.067 0.745 0.001 0.049 0.024 0.025 0.013 0.002 0.001 0.001 0.075 70 L 0.026 0.823 0.002 0.016 0.016 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 0.078 71 G 0.045 0.729 0.002 0.032 0.042 0.055 0.009 0.013 0.001 0.001 0.073 72 A 0.089 0.681 0.009 0.031 0.019 0.040 0.010 0.029 0.001 0.001 0.090 73 V 0.174 0.331 0.039 0.050 0.041 0.052 0.025 0.109 0.001 0.003 0.175 74 T 0.147 0.067 0.113 0.062 0.037 0.053 0.054 0.021 0.001 0.003 0.441 75 P 0.002 0.001 0.009 0.009 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.969 76 V 0.022 0.002 0.009 0.061 0.015 0.052 0.140 0.001 0.001 0.003 0.695 77 P 0.024 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.955 78 D 0.082 0.014 0.001 0.044 0.009 0.019 0.106 0.001 0.001 0.003 0.722 79 T 0.215 0.011 0.001 0.015 0.003 0.006 0.108 0.001 0.001 0.005 0.634 80 L 0.239 0.071 0.004 0.051 0.015 0.021 0.143 0.002 0.001 0.010 0.444 81 S 0.051 0.058 0.002 0.008 0.011 0.013 0.323 0.001 0.001 0.005 0.528 82 E 0.052 0.149 0.003 0.010 0.012 0.014 0.155 0.003 0.001 0.009 0.592 83 Y 0.076 0.399 0.006 0.011 0.022 0.031 0.160 0.004 0.001 0.024 0.266 84 A 0.031 0.319 0.004 0.012 0.048 0.082 0.379 0.011 0.001 0.023 0.091 85 F 0.039 0.737 0.005 0.023 0.037 0.064 0.012 0.009 0.001 0.002 0.071 86 A 0.023 0.804 0.003 0.023 0.037 0.051 0.005 0.009 0.001 0.001 0.045 87 G 0.035 0.537 0.004 0.037 0.102 0.088 0.014 0.043 0.001 0.002 0.136 88 L 0.150 0.468 0.038 0.053 0.045 0.066 0.015 0.024 0.001 0.002 0.138 89 L 0.036 0.373 0.020 0.120 0.125 0.173 0.043 0.023 0.001 0.002 0.086 90 R 0.033 0.143 0.004 0.075 0.074 0.138 0.063 0.023 0.001 0.005 0.443 91 G 0.209 0.059 0.022 0.047 0.042 0.060 0.077 0.036 0.001 0.013 0.436 92 T 0.263 0.021 0.072 0.047 0.049 0.048 0.110 0.009 0.001 0.021 0.360 93 K 0.010 0.001 0.016 0.029 0.018 0.019 0.060 0.001 0.001 0.003 0.843 94 T 0.014 0.001 0.010 0.103 0.090 0.152 0.087 0.001 0.001 0.006 0.536 95 E 0.021 0.002 0.001 0.349 0.206 0.259 0.064 0.001 0.001 0.004 0.094 96 V 0.013 0.005 0.002 0.136 0.090 0.157 0.049 0.001 0.001 0.003 0.544 97 V 0.004 0.002 0.001 0.337 0.262 0.348 0.013 0.001 0.001 0.001 0.033 98 K 0.005 0.003 0.001 0.158 0.148 0.246 0.049 0.001 0.001 0.002 0.388 99 C 0.006 0.002 0.001 0.146 0.274 0.362 0.026 0.001 0.001 0.003 0.181 100 I 0.006 0.003 0.001 0.097 0.210 0.372 0.069 0.001 0.001 0.003 0.238 101 S 0.020 0.006 0.001 0.056 0.173 0.262 0.124 0.001 0.001 0.011 0.347 102 N 0.055 0.009 0.002 0.062 0.104 0.135 0.159 0.002 0.001 0.014 0.457 103 D 0.093 0.005 0.003 0.024 0.047 0.059 0.192 0.002 0.001 0.023 0.551 104 L 0.163 0.005 0.023 0.049 0.070 0.075 0.154 0.001 0.001 0.023 0.436 105 E 0.028 0.003 0.010 0.045 0.081 0.114 0.171 0.001 0.001 0.007 0.540 106 V 0.020 0.002 0.004 0.083 0.189 0.234 0.085 0.001 0.001 0.003 0.379 107 P 0.001 0.001 0.001 0.016 0.023 0.041 0.017 0.001 0.001 0.001 0.900 108 A 0.006 0.001 0.001 0.079 0.170 0.373 0.087 0.001 0.001 0.004 0.279 109 S 0.044 0.004 0.001 0.046 0.078 0.160 0.108 0.001 0.001 0.012 0.547 110 A 0.066 0.009 0.002 0.135 0.178 0.208 0.064 0.001 0.001 0.010 0.327 111 E 0.033 0.005 0.003 0.154 0.157 0.270 0.119 0.001 0.001 0.008 0.249 112 I 0.020 0.004 0.003 0.188 0.296 0.321 0.035 0.001 0.001 0.003 0.129 113 V 0.003 0.004 0.001 0.199 0.274 0.446 0.023 0.001 0.001 0.001 0.049 114 L 0.002 0.003 0.001 0.131 0.308 0.471 0.015 0.001 0.001 0.001 0.068 115 E 0.002 0.003 0.001 0.201 0.254 0.434 0.015 0.001 0.001 0.001 0.089 116 G 0.006 0.002 0.001 0.100 0.231 0.371 0.047 0.001 0.001 0.004 0.236 117 Y 0.017 0.002 0.004 0.103 0.179 0.266 0.049 0.001 0.001 0.007 0.370 118 I 0.008 0.002 0.003 0.082 0.210 0.321 0.073 0.001 0.001 0.004 0.297 119 E 0.012 0.001 0.001 0.035 0.183 0.225 0.105 0.001 0.001 0.004 0.433 120 Q 0.002 0.001 0.001 0.009 0.012 0.018 0.018 0.001 0.001 0.001 0.939 121 G 0.011 0.001 0.001 0.015 0.026 0.049 0.319 0.001 0.001 0.008 0.571 122 E 0.395 0.003 0.001 0.007 0.008 0.010 0.171 0.001 0.001 0.039 0.365 123 T 0.301 0.030 0.003 0.025 0.015 0.017 0.190 0.001 0.001 0.012 0.405 124 A 0.206 0.018 0.005 0.033 0.040 0.050 0.216 0.001 0.001 0.010 0.422 125 P 0.005 0.002 0.001 0.004 0.003 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.961 126 E 0.023 0.004 0.001 0.016 0.049 0.133 0.110 0.001 0.001 0.003 0.660 127 G 0.296 0.006 0.002 0.017 0.058 0.107 0.071 0.001 0.001 0.008 0.433 128 P 0.004 0.001 0.001 0.004 0.008 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.965 129 Y 0.021 0.002 0.001 0.049 0.063 0.149 0.146 0.001 0.001 0.004 0.565 130 G 0.180 0.009 0.002 0.088 0.035 0.075 0.082 0.001 0.001 0.010 0.519 131 D 0.069 0.030 0.002 0.085 0.069 0.091 0.114 0.002 0.001 0.005 0.534 132 H 0.076 0.017 0.004 0.075 0.072 0.120 0.107 0.001 0.001 0.009 0.518 133 T 0.079 0.021 0.003 0.125 0.090 0.130 0.124 0.002 0.001 0.010 0.416 134 G 0.074 0.017 0.008 0.082 0.122 0.155 0.130 0.002 0.001 0.012 0.397 135 Y 0.049 0.019 0.009 0.091 0.142 0.210 0.115 0.002 0.001 0.007 0.355 136 Y 0.020 0.012 0.003 0.105 0.178 0.268 0.081 0.001 0.001 0.005 0.327 137 N 0.028 0.010 0.002 0.064 0.185 0.233 0.131 0.001 0.001 0.006 0.340 138 E 0.035 0.009 0.002 0.036 0.052 0.061 0.088 0.001 0.001 0.006 0.709 139 V 0.068 0.015 0.003 0.054 0.087 0.142 0.272 0.002 0.001 0.021 0.334 140 D 0.111 0.015 0.003 0.028 0.048 0.067 0.287 0.003 0.001 0.024 0.413 141 S 0.134 0.019 0.008 0.033 0.026 0.047 0.087 0.004 0.001 0.018 0.624 142 F 0.143 0.009 0.012 0.037 0.061 0.090 0.160 0.002 0.001 0.014 0.472 143 P 0.006 0.001 0.003 0.009 0.013 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.944 144 V 0.011 0.001 0.002 0.070 0.090 0.282 0.102 0.001 0.001 0.003 0.436 145 F 0.040 0.003 0.002 0.200 0.265 0.328 0.036 0.001 0.001 0.004 0.120 146 T 0.006 0.012 0.001 0.278 0.175 0.332 0.047 0.001 0.001 0.001 0.149 147 V 0.003 0.007 0.001 0.230 0.190 0.464 0.019 0.001 0.001 0.001 0.085 148 T 0.002 0.013 0.001 0.421 0.152 0.355 0.020 0.001 0.001 0.001 0.036 149 H 0.006 0.034 0.001 0.148 0.182 0.352 0.042 0.001 0.001 0.003 0.230 150 I 0.013 0.047 0.002 0.160 0.316 0.344 0.023 0.002 0.001 0.003 0.090 151 T 0.023 0.091 0.003 0.088 0.208 0.366 0.055 0.004 0.001 0.005 0.156 152 Q 0.037 0.094 0.006 0.061 0.225 0.305 0.067 0.008 0.001 0.005 0.192 153 R 0.062 0.088 0.011 0.039 0.144 0.250 0.099 0.009 0.001 0.009 0.289 154 E 0.063 0.051 0.017 0.032 0.069 0.120 0.125 0.010 0.001 0.012 0.500 155 D 0.116 0.034 0.014 0.024 0.053 0.060 0.254 0.007 0.001 0.018 0.420 156 A 0.080 0.022 0.015 0.020 0.017 0.022 0.067 0.003 0.001 0.010 0.744 157 I 0.086 0.029 0.010 0.038 0.075 0.110 0.214 0.003 0.001 0.019 0.416 158 Y 0.168 0.025 0.010 0.078 0.126 0.166 0.135 0.002 0.001 0.014 0.276 159 H 0.026 0.020 0.005 0.050 0.071 0.127 0.042 0.001 0.001 0.002 0.655 160 S 0.012 0.009 0.002 0.127 0.251 0.360 0.048 0.001 0.001 0.002 0.189 161 T 0.031 0.014 0.002 0.087 0.119 0.223 0.080 0.001 0.001 0.005 0.439 162 Y 0.029 0.016 0.003 0.173 0.234 0.253 0.054 0.001 0.001 0.003 0.234 163 T 0.013 0.008 0.002 0.073 0.077 0.162 0.087 0.001 0.001 0.003 0.574 164 G 0.043 0.008 0.003 0.065 0.084 0.154 0.077 0.002 0.001 0.007 0.557 165 R 0.061 0.008 0.009 0.052 0.032 0.085 0.072 0.001 0.001 0.006 0.674 166 P 0.013 0.002 0.002 0.014 0.009 0.023 0.032 0.001 0.001 0.001 0.904 167 P 0.006 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.976 168 D 0.026 0.002 0.001 0.012 0.007 0.022 0.088 0.001 0.001 0.002 0.841 169 E 0.123 0.008 0.001 0.008 0.004 0.006 0.049 0.001 0.001 0.001 0.800 170 P 0.029 0.037 0.001 0.006 0.002 0.004 0.052 0.001 0.001 0.001 0.868 171 A 0.059 0.107 0.001 0.010 0.009 0.021 0.341 0.001 0.001 0.008 0.444 172 V 0.089 0.538 0.002 0.009 0.008 0.018 0.122 0.001 0.001 0.003 0.210 173 L 0.024 0.889 0.001 0.005 0.008 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.053 174 G 0.031 0.865 0.001 0.002 0.002 0.007 0.006 0.004 0.001 0.001 0.080 175 V 0.055 0.790 0.011 0.001 0.002 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.129 176 A 0.025 0.852 0.003 0.004 0.004 0.004 0.008 0.009 0.001 0.001 0.091 177 L 0.026 0.876 0.004 0.005 0.004 0.010 0.009 0.008 0.001 0.001 0.056 178 N 0.015 0.904 0.002 0.002 0.003 0.005 0.004 0.006 0.001 0.001 0.058 179 E 0.054 0.857 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.010 0.001 0.001 0.063 180 V 0.109 0.756 0.013 0.003 0.005 0.007 0.008 0.018 0.001 0.001 0.079 181 F 0.065 0.749 0.025 0.009 0.012 0.018 0.009 0.016 0.001 0.001 0.095