# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 33.1275 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.094 0.474 0.207 0.094 0.083 0.023 0.003 0.002 0.017 0.002 0.001 2 W 0.099 0.334 0.203 0.098 0.130 0.022 0.053 0.008 0.046 0.008 0.001 3 G 0.062 0.168 0.373 0.036 0.254 0.011 0.010 0.027 0.005 0.053 0.002 4 L 0.027 0.625 0.226 0.012 0.074 0.018 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 5 T 0.026 0.697 0.179 0.008 0.040 0.026 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 6 V 0.021 0.713 0.171 0.011 0.030 0.031 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 7 T 0.039 0.565 0.209 0.023 0.105 0.033 0.004 0.001 0.019 0.002 0.001 8 R 0.057 0.488 0.225 0.069 0.074 0.036 0.007 0.001 0.041 0.002 0.001 9 G 0.024 0.083 0.339 0.003 0.270 0.008 0.013 0.009 0.051 0.199 0.001 10 P 0.622 0.005 0.180 0.078 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.091 11 H 0.291 0.083 0.114 0.361 0.028 0.036 0.044 0.017 0.021 0.005 0.001 12 K 0.267 0.131 0.145 0.290 0.058 0.015 0.056 0.016 0.016 0.008 0.001 13 E 0.181 0.086 0.118 0.198 0.072 0.023 0.193 0.089 0.021 0.017 0.001 14 R 0.118 0.353 0.286 0.072 0.058 0.046 0.019 0.004 0.038 0.005 0.001 15 Q 0.172 0.299 0.371 0.067 0.026 0.033 0.011 0.001 0.016 0.002 0.001 16 N 0.082 0.112 0.190 0.082 0.050 0.284 0.082 0.007 0.102 0.008 0.002 17 L 0.502 0.186 0.124 0.121 0.025 0.020 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 18 G 0.543 0.093 0.108 0.080 0.087 0.011 0.010 0.031 0.004 0.032 0.001 19 I 0.497 0.284 0.095 0.059 0.031 0.017 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 20 Y 0.467 0.314 0.100 0.043 0.035 0.022 0.006 0.002 0.010 0.002 0.001 21 R 0.509 0.298 0.102 0.015 0.037 0.022 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 22 Q 0.662 0.167 0.088 0.032 0.025 0.013 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 23 Q 0.537 0.213 0.101 0.063 0.018 0.025 0.008 0.001 0.032 0.001 0.001 24 L 0.579 0.140 0.151 0.060 0.004 0.042 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 25 I 0.249 0.117 0.153 0.373 0.019 0.021 0.037 0.002 0.024 0.003 0.001 26 G 0.087 0.014 0.076 0.025 0.122 0.004 0.090 0.267 0.003 0.314 0.001 27 K 0.518 0.053 0.145 0.190 0.037 0.013 0.020 0.007 0.004 0.014 0.001 28 N 0.142 0.044 0.060 0.486 0.021 0.029 0.167 0.031 0.016 0.002 0.001 29 K 0.040 0.598 0.233 0.030 0.039 0.030 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 30 L 0.017 0.648 0.288 0.005 0.013 0.020 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 31 I 0.008 0.862 0.043 0.004 0.066 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 32 M 0.006 0.806 0.126 0.001 0.042 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 33 R 0.011 0.736 0.127 0.003 0.024 0.047 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 34 W 0.052 0.514 0.301 0.014 0.020 0.065 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 35 L 0.041 0.456 0.261 0.011 0.042 0.049 0.015 0.001 0.123 0.001 0.001 36 S 0.253 0.056 0.585 0.028 0.015 0.033 0.006 0.005 0.003 0.010 0.007 37 H 0.230 0.172 0.167 0.207 0.075 0.038 0.059 0.016 0.026 0.009 0.001 38 R 0.176 0.118 0.178 0.279 0.050 0.021 0.121 0.016 0.024 0.016 0.001 39 G 0.074 0.012 0.073 0.045 0.070 0.003 0.177 0.382 0.003 0.161 0.001 40 G 0.221 0.026 0.179 0.064 0.093 0.007 0.028 0.143 0.002 0.236 0.002 41 A 0.561 0.109 0.161 0.086 0.038 0.018 0.007 0.005 0.007 0.007 0.003 42 L 0.625 0.143 0.082 0.074 0.029 0.019 0.008 0.002 0.013 0.003 0.001 43 D 0.520 0.113 0.142 0.082 0.019 0.076 0.011 0.002 0.031 0.001 0.001 44 Y 0.806 0.040 0.048 0.058 0.008 0.022 0.006 0.002 0.009 0.001 0.001 45 Q 0.907 0.024 0.023 0.024 0.005 0.007 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 46 E 0.945 0.013 0.012 0.020 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 W 0.945 0.009 0.010 0.028 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 48 C 0.937 0.012 0.011 0.028 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 49 A 0.941 0.013 0.016 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.760 0.016 0.034 0.177 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 51 H 0.138 0.187 0.258 0.011 0.007 0.012 0.016 0.001 0.370 0.001 0.001 52 P 0.182 0.001 0.785 0.012 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 53 G 0.024 0.002 0.010 0.049 0.003 0.003 0.136 0.768 0.001 0.004 0.001 54 E 0.043 0.253 0.643 0.009 0.015 0.020 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 55 R 0.032 0.132 0.734 0.045 0.003 0.040 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 56 F 0.003 0.456 0.458 0.001 0.018 0.013 0.002 0.001 0.050 0.001 0.001 57 P 0.035 0.017 0.857 0.003 0.001 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 58 V 0.006 0.846 0.076 0.004 0.046 0.008 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 59 S 0.006 0.774 0.145 0.001 0.043 0.016 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 60 V 0.009 0.832 0.097 0.002 0.021 0.023 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 61 A 0.020 0.671 0.122 0.004 0.059 0.073 0.003 0.001 0.045 0.001 0.001 62 L 0.047 0.526 0.113 0.154 0.036 0.043 0.007 0.001 0.073 0.001 0.001 63 G 0.026 0.054 0.129 0.025 0.350 0.023 0.116 0.080 0.007 0.190 0.001 64 A 0.244 0.178 0.128 0.285 0.087 0.032 0.010 0.004 0.015 0.015 0.001 65 D 0.072 0.162 0.335 0.008 0.127 0.085 0.018 0.001 0.173 0.015 0.004 66 P 0.938 0.001 0.021 0.015 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 67 A 0.935 0.004 0.013 0.037 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 68 T 0.882 0.021 0.015 0.058 0.006 0.009 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 69 I 0.900 0.038 0.018 0.024 0.004 0.008 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 70 L 0.843 0.052 0.026 0.060 0.007 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 71 G 0.731 0.075 0.048 0.087 0.028 0.008 0.009 0.005 0.006 0.001 0.001 72 A 0.598 0.086 0.075 0.180 0.036 0.008 0.008 0.004 0.003 0.002 0.001 73 V 0.227 0.099 0.106 0.482 0.021 0.019 0.025 0.006 0.014 0.002 0.001 74 T 0.030 0.358 0.411 0.004 0.052 0.019 0.021 0.001 0.101 0.003 0.001 75 P 0.126 0.012 0.722 0.016 0.001 0.089 0.002 0.001 0.004 0.001 0.029 76 V 0.034 0.245 0.571 0.003 0.011 0.027 0.007 0.001 0.098 0.001 0.001 77 P 0.084 0.009 0.856 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 78 D 0.468 0.021 0.373 0.095 0.007 0.018 0.008 0.004 0.002 0.002 0.002 79 T 0.209 0.085 0.096 0.284 0.092 0.025 0.068 0.106 0.014 0.020 0.001 80 L 0.285 0.183 0.415 0.034 0.018 0.039 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 81 S 0.901 0.013 0.036 0.036 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.933 0.028 0.008 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 83 Y 0.921 0.030 0.015 0.021 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 84 A 0.965 0.014 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 F 0.964 0.013 0.004 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 A 0.945 0.013 0.007 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 G 0.953 0.007 0.006 0.015 0.007 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 88 L 0.948 0.010 0.010 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.818 0.036 0.032 0.102 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 90 R 0.312 0.032 0.157 0.456 0.010 0.005 0.018 0.002 0.005 0.002 0.001 91 G 0.017 0.002 0.010 0.023 0.008 0.001 0.141 0.777 0.002 0.019 0.001 92 T 0.025 0.292 0.603 0.011 0.023 0.025 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 93 K 0.055 0.111 0.702 0.031 0.004 0.077 0.004 0.001 0.008 0.001 0.005 94 T 0.020 0.661 0.198 0.011 0.069 0.009 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 95 E 0.012 0.242 0.650 0.004 0.008 0.065 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 96 V 0.012 0.538 0.376 0.005 0.011 0.041 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 97 V 0.012 0.755 0.098 0.008 0.056 0.023 0.002 0.001 0.046 0.001 0.001 98 K 0.012 0.328 0.574 0.005 0.016 0.045 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 99 C 0.031 0.438 0.263 0.011 0.149 0.052 0.012 0.005 0.034 0.004 0.001 100 I 0.141 0.441 0.233 0.071 0.039 0.040 0.005 0.002 0.025 0.002 0.001 101 S 0.144 0.349 0.158 0.115 0.159 0.022 0.011 0.008 0.021 0.011 0.001 102 N 0.109 0.288 0.150 0.151 0.136 0.044 0.054 0.007 0.047 0.015 0.001 103 D 0.101 0.078 0.123 0.286 0.029 0.079 0.202 0.014 0.078 0.004 0.005 104 L 0.053 0.340 0.441 0.031 0.053 0.036 0.014 0.003 0.025 0.003 0.001 105 E 0.070 0.116 0.646 0.029 0.003 0.098 0.013 0.002 0.016 0.001 0.006 106 V 0.022 0.538 0.226 0.003 0.024 0.032 0.006 0.001 0.147 0.001 0.001 107 P 0.027 0.019 0.883 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 108 A 0.456 0.072 0.328 0.059 0.023 0.030 0.010 0.007 0.008 0.004 0.003 109 S 0.245 0.169 0.234 0.182 0.085 0.034 0.019 0.014 0.011 0.006 0.001 110 A 0.184 0.288 0.265 0.049 0.152 0.015 0.017 0.010 0.013 0.006 0.001 111 E 0.279 0.327 0.222 0.074 0.055 0.026 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 112 I 0.037 0.684 0.194 0.008 0.048 0.016 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 113 V 0.022 0.843 0.064 0.006 0.024 0.013 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 114 L 0.026 0.626 0.272 0.004 0.020 0.038 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 115 E 0.040 0.694 0.087 0.054 0.079 0.018 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 116 G 0.011 0.369 0.101 0.010 0.469 0.007 0.009 0.005 0.011 0.009 0.001 117 Y 0.013 0.693 0.196 0.009 0.039 0.027 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 118 I 0.013 0.574 0.294 0.007 0.034 0.045 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 119 E 0.010 0.199 0.650 0.005 0.017 0.066 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 120 Q 0.437 0.022 0.449 0.056 0.005 0.012 0.009 0.002 0.003 0.002 0.004 121 G 0.122 0.004 0.022 0.096 0.014 0.003 0.061 0.650 0.002 0.025 0.001 122 E 0.086 0.165 0.550 0.102 0.016 0.051 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 123 T 0.080 0.365 0.402 0.069 0.018 0.030 0.012 0.001 0.018 0.001 0.002 124 A 0.022 0.188 0.637 0.001 0.039 0.012 0.006 0.001 0.090 0.004 0.001 125 P 0.184 0.003 0.542 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.246 126 E 0.175 0.199 0.301 0.247 0.040 0.021 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 127 G 0.028 0.059 0.358 0.004 0.244 0.004 0.008 0.013 0.025 0.256 0.001 128 P 0.548 0.010 0.219 0.149 0.002 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 129 Y 0.123 0.112 0.205 0.321 0.081 0.024 0.062 0.033 0.027 0.011 0.001 130 G 0.118 0.039 0.190 0.038 0.125 0.005 0.017 0.178 0.004 0.286 0.002 131 D 0.361 0.103 0.269 0.166 0.035 0.033 0.010 0.006 0.010 0.005 0.002 132 H 0.149 0.238 0.226 0.117 0.086 0.060 0.052 0.011 0.053 0.006 0.001 133 T 0.245 0.210 0.248 0.227 0.034 0.017 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 134 G 0.096 0.046 0.090 0.042 0.268 0.006 0.029 0.206 0.007 0.210 0.001 135 Y 0.177 0.301 0.241 0.161 0.050 0.041 0.006 0.002 0.018 0.002 0.002 136 Y 0.143 0.347 0.185 0.136 0.064 0.048 0.020 0.004 0.048 0.004 0.001 137 N 0.087 0.261 0.231 0.065 0.224 0.036 0.029 0.009 0.040 0.018 0.001 138 E 0.301 0.110 0.337 0.109 0.035 0.053 0.018 0.008 0.018 0.003 0.008 139 V 0.332 0.247 0.130 0.211 0.028 0.021 0.005 0.003 0.021 0.001 0.001 140 D 0.118 0.289 0.233 0.104 0.109 0.041 0.053 0.005 0.037 0.010 0.001 141 S 0.160 0.174 0.272 0.263 0.044 0.030 0.020 0.011 0.015 0.006 0.005 142 F 0.006 0.432 0.262 0.002 0.042 0.011 0.010 0.001 0.235 0.001 0.001 143 P 0.019 0.010 0.881 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 144 V 0.011 0.749 0.144 0.010 0.019 0.044 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 145 F 0.002 0.756 0.158 0.001 0.053 0.010 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 146 T 0.001 0.607 0.336 0.001 0.007 0.037 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 147 V 0.003 0.426 0.442 0.001 0.009 0.109 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 148 T 0.612 0.014 0.002 0.370 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 H 0.001 0.353 0.005 0.001 0.635 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 150 I 0.006 0.900 0.038 0.002 0.018 0.009 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 151 T 0.026 0.752 0.059 0.011 0.104 0.014 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 152 Q 0.035 0.512 0.164 0.066 0.122 0.051 0.009 0.002 0.034 0.005 0.001 153 R 0.064 0.363 0.349 0.035 0.044 0.054 0.012 0.003 0.070 0.005 0.001 154 E 0.352 0.133 0.237 0.084 0.029 0.064 0.068 0.005 0.010 0.013 0.004 155 D 0.083 0.185 0.148 0.196 0.079 0.063 0.134 0.006 0.102 0.002 0.002 156 A 0.164 0.180 0.384 0.049 0.132 0.022 0.020 0.020 0.008 0.017 0.004 157 I 0.211 0.441 0.207 0.063 0.029 0.025 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 158 Y 0.087 0.425 0.265 0.039 0.056 0.057 0.009 0.002 0.056 0.003 0.001 159 H 0.216 0.265 0.302 0.084 0.019 0.067 0.010 0.002 0.034 0.001 0.001 160 S 0.132 0.297 0.199 0.060 0.209 0.036 0.027 0.011 0.019 0.011 0.001 161 T 0.149 0.438 0.193 0.109 0.061 0.020 0.005 0.002 0.019 0.002 0.001 162 Y 0.092 0.371 0.276 0.040 0.092 0.042 0.023 0.004 0.054 0.005 0.001 163 T 0.103 0.231 0.432 0.145 0.019 0.031 0.014 0.002 0.020 0.002 0.001 164 G 0.037 0.023 0.144 0.032 0.116 0.005 0.061 0.261 0.003 0.318 0.001 165 R 0.011 0.276 0.608 0.001 0.021 0.014 0.003 0.001 0.063 0.001 0.002 166 P 0.017 0.002 0.941 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 167 P 0.292 0.001 0.632 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 168 D 0.290 0.048 0.109 0.346 0.026 0.041 0.049 0.068 0.017 0.004 0.001 169 E 0.307 0.185 0.347 0.011 0.021 0.022 0.008 0.001 0.095 0.003 0.001 170 P 0.859 0.002 0.117 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 171 A 0.918 0.015 0.019 0.026 0.006 0.006 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 172 V 0.948 0.018 0.011 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 173 L 0.973 0.004 0.004 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 G 0.991 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 V 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 176 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 L 0.976 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 N 0.984 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 179 E 0.944 0.008 0.007 0.036 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 V 0.892 0.007 0.009 0.088 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 F 0.555 0.062 0.077 0.199 0.017 0.028 0.017 0.005 0.038 0.003 0.001