# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 209 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.348 0.236 0.183 0.129 0.068 0.031 0.005 2 W 0.074 0.116 0.146 0.244 0.239 0.147 0.034 3 G 0.074 0.115 0.117 0.191 0.235 0.199 0.070 4 L 0.028 0.023 0.038 0.084 0.186 0.429 0.211 5 T 0.013 0.018 0.040 0.099 0.188 0.402 0.242 6 V 0.016 0.021 0.050 0.102 0.204 0.410 0.197 7 T 0.017 0.023 0.046 0.124 0.329 0.392 0.069 8 R 0.046 0.129 0.261 0.322 0.186 0.053 0.004 9 G 0.265 0.340 0.199 0.133 0.052 0.010 0.001 10 P 0.389 0.306 0.182 0.097 0.022 0.003 0.001 11 H 0.808 0.145 0.030 0.013 0.003 0.001 0.001 12 K 0.703 0.196 0.071 0.023 0.007 0.001 0.001 13 E 0.383 0.306 0.184 0.095 0.027 0.004 0.001 14 R 0.128 0.206 0.233 0.237 0.150 0.043 0.004 15 Q 0.030 0.073 0.120 0.220 0.290 0.220 0.046 16 N 0.016 0.047 0.086 0.178 0.259 0.311 0.104 17 L 0.008 0.007 0.015 0.048 0.136 0.407 0.378 18 G 0.013 0.017 0.027 0.071 0.160 0.363 0.348 19 I 0.015 0.012 0.018 0.039 0.100 0.355 0.460 20 Y 0.006 0.012 0.030 0.087 0.145 0.326 0.393 21 R 0.009 0.018 0.038 0.093 0.205 0.351 0.286 22 Q 0.005 0.012 0.028 0.073 0.152 0.309 0.421 23 Q 0.016 0.030 0.044 0.108 0.211 0.374 0.218 24 L 0.030 0.051 0.073 0.141 0.261 0.320 0.123 25 I 0.102 0.146 0.172 0.228 0.197 0.130 0.026 26 G 0.238 0.214 0.171 0.178 0.126 0.064 0.008 27 K 0.354 0.293 0.183 0.102 0.046 0.019 0.003 28 N 0.174 0.254 0.213 0.196 0.122 0.039 0.003 29 K 0.038 0.115 0.209 0.279 0.241 0.106 0.011 30 L 0.009 0.014 0.032 0.103 0.228 0.458 0.157 31 I 0.009 0.016 0.034 0.091 0.215 0.427 0.208 32 M 0.005 0.006 0.013 0.033 0.082 0.338 0.522 33 R 0.009 0.016 0.031 0.080 0.156 0.324 0.386 34 W 0.006 0.008 0.015 0.039 0.114 0.367 0.450 35 L 0.007 0.019 0.040 0.095 0.196 0.354 0.289 36 S 0.024 0.056 0.098 0.161 0.224 0.282 0.153 37 H 0.067 0.102 0.140 0.177 0.201 0.211 0.103 38 R 0.144 0.155 0.148 0.170 0.170 0.146 0.066 39 G 0.148 0.152 0.157 0.164 0.161 0.151 0.067 40 G 0.092 0.104 0.105 0.157 0.193 0.235 0.115 41 A 0.157 0.160 0.142 0.175 0.173 0.143 0.049 42 L 0.183 0.197 0.169 0.164 0.144 0.109 0.035 43 D 0.137 0.154 0.140 0.184 0.180 0.157 0.048 44 Y 0.075 0.086 0.116 0.198 0.247 0.221 0.057 45 Q 0.183 0.210 0.220 0.202 0.117 0.057 0.011 46 E 0.393 0.310 0.136 0.076 0.055 0.025 0.004 47 W 0.198 0.246 0.245 0.184 0.091 0.031 0.004 48 C 0.295 0.267 0.222 0.155 0.049 0.012 0.001 49 A 0.518 0.276 0.117 0.066 0.021 0.003 0.001 50 A 0.599 0.265 0.093 0.033 0.008 0.002 0.001 51 H 0.667 0.191 0.075 0.046 0.018 0.003 0.001 52 P 0.531 0.271 0.126 0.055 0.015 0.002 0.001 53 G 0.705 0.215 0.057 0.019 0.004 0.001 0.001 54 E 0.333 0.370 0.189 0.086 0.019 0.002 0.001 55 R 0.151 0.433 0.233 0.133 0.043 0.007 0.001 56 F 0.014 0.048 0.154 0.364 0.325 0.092 0.004 57 P 0.009 0.082 0.219 0.390 0.237 0.059 0.004 58 V 0.001 0.003 0.011 0.061 0.261 0.520 0.145 59 S 0.001 0.001 0.001 0.009 0.063 0.371 0.556 60 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.030 0.228 0.733 61 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.022 0.155 0.813 62 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 0.167 0.805 63 G 0.001 0.002 0.005 0.021 0.073 0.276 0.623 64 A 0.001 0.002 0.007 0.024 0.112 0.341 0.513 65 D 0.002 0.011 0.027 0.071 0.184 0.354 0.352 66 P 0.002 0.008 0.023 0.060 0.127 0.331 0.450 67 A 0.002 0.006 0.017 0.053 0.158 0.384 0.379 68 T 0.002 0.004 0.011 0.031 0.096 0.345 0.511 69 I 0.002 0.004 0.009 0.027 0.074 0.264 0.618 70 L 0.004 0.007 0.015 0.031 0.064 0.228 0.652 71 G 0.009 0.014 0.023 0.050 0.097 0.277 0.530 72 A 0.009 0.013 0.022 0.052 0.122 0.320 0.461 73 V 0.009 0.019 0.034 0.073 0.148 0.356 0.362 74 T 0.019 0.031 0.052 0.116 0.222 0.333 0.227 75 P 0.043 0.095 0.140 0.186 0.236 0.217 0.083 76 V 0.035 0.074 0.122 0.225 0.262 0.224 0.058 77 P 0.078 0.126 0.169 0.247 0.225 0.127 0.027 78 D 0.214 0.238 0.194 0.172 0.120 0.052 0.009 79 T 0.223 0.293 0.231 0.154 0.069 0.025 0.004 80 L 0.046 0.094 0.142 0.235 0.274 0.170 0.040 81 S 0.063 0.135 0.169 0.223 0.209 0.156 0.044 82 E 0.018 0.029 0.052 0.106 0.218 0.391 0.186 83 Y 0.019 0.018 0.027 0.057 0.136 0.387 0.356 84 A 0.029 0.053 0.076 0.144 0.199 0.260 0.239 85 F 0.026 0.031 0.040 0.075 0.127 0.305 0.396 86 A 0.019 0.020 0.030 0.072 0.137 0.352 0.371 87 G 0.043 0.073 0.093 0.140 0.171 0.263 0.218 88 L 0.033 0.047 0.081 0.144 0.240 0.328 0.128 89 L 0.025 0.035 0.043 0.095 0.249 0.438 0.115 90 R 0.032 0.100 0.211 0.323 0.227 0.094 0.012 91 G 0.091 0.234 0.240 0.225 0.148 0.055 0.006 92 T 0.114 0.267 0.283 0.217 0.092 0.025 0.002 93 K 0.142 0.249 0.226 0.224 0.117 0.039 0.003 94 T 0.041 0.073 0.142 0.264 0.304 0.162 0.014 95 E 0.081 0.195 0.237 0.251 0.158 0.072 0.006 96 V 0.010 0.016 0.045 0.124 0.289 0.443 0.074 97 V 0.027 0.069 0.111 0.215 0.315 0.232 0.030 98 K 0.069 0.173 0.241 0.253 0.170 0.083 0.011 99 C 0.068 0.116 0.151 0.252 0.266 0.131 0.016 100 I 0.222 0.311 0.238 0.154 0.057 0.017 0.002 101 S 0.370 0.293 0.168 0.107 0.047 0.014 0.001 102 N 0.254 0.246 0.207 0.182 0.087 0.022 0.002 103 D 0.443 0.333 0.134 0.060 0.022 0.007 0.001 104 L 0.061 0.088 0.149 0.278 0.278 0.126 0.020 105 E 0.155 0.309 0.236 0.178 0.089 0.030 0.004 106 V 0.043 0.112 0.170 0.261 0.250 0.136 0.028 107 P 0.062 0.113 0.134 0.208 0.235 0.207 0.041 108 A 0.031 0.078 0.107 0.201 0.292 0.238 0.053 109 S 0.041 0.130 0.192 0.248 0.191 0.154 0.043 110 A 0.010 0.042 0.079 0.166 0.260 0.316 0.128 111 E 0.004 0.033 0.094 0.204 0.256 0.282 0.128 112 I 0.001 0.003 0.010 0.035 0.133 0.463 0.356 113 V 0.003 0.013 0.039 0.125 0.265 0.353 0.203 114 L 0.001 0.003 0.008 0.020 0.077 0.413 0.479 115 E 0.006 0.034 0.110 0.276 0.275 0.234 0.065 116 G 0.006 0.024 0.049 0.118 0.293 0.427 0.083 117 Y 0.009 0.076 0.242 0.362 0.214 0.086 0.011 118 I 0.010 0.031 0.069 0.202 0.405 0.262 0.020 119 E 0.096 0.337 0.303 0.177 0.070 0.017 0.001 120 Q 0.166 0.246 0.223 0.241 0.098 0.023 0.002 121 G 0.483 0.334 0.124 0.042 0.013 0.003 0.001 122 E 0.231 0.302 0.221 0.167 0.065 0.013 0.001 123 T 0.384 0.309 0.174 0.090 0.036 0.008 0.001 124 A 0.193 0.305 0.245 0.170 0.067 0.018 0.002 125 P 0.210 0.267 0.203 0.173 0.099 0.042 0.006 126 E 0.037 0.079 0.124 0.227 0.285 0.203 0.044 127 G 0.043 0.070 0.114 0.186 0.243 0.254 0.089 128 P 0.038 0.033 0.047 0.105 0.205 0.320 0.252 129 Y 0.054 0.076 0.095 0.123 0.156 0.263 0.233 130 G 0.060 0.072 0.107 0.168 0.185 0.220 0.187 131 D 0.093 0.154 0.150 0.155 0.153 0.156 0.140 132 H 0.078 0.084 0.097 0.151 0.208 0.240 0.142 133 T 0.078 0.093 0.118 0.152 0.187 0.246 0.125 134 G 0.120 0.130 0.140 0.193 0.190 0.170 0.056 135 Y 0.148 0.173 0.175 0.198 0.166 0.105 0.035 136 Y 0.162 0.166 0.164 0.194 0.185 0.107 0.022 137 N 0.229 0.273 0.217 0.172 0.077 0.027 0.005 138 E 0.333 0.336 0.176 0.104 0.037 0.012 0.002 139 V 0.417 0.260 0.156 0.108 0.047 0.011 0.001 140 D 0.333 0.297 0.168 0.117 0.058 0.024 0.002 141 S 0.262 0.321 0.219 0.132 0.051 0.013 0.001 142 F 0.074 0.185 0.239 0.278 0.162 0.057 0.006 143 P 0.050 0.167 0.206 0.242 0.209 0.113 0.012 144 V 0.020 0.130 0.296 0.344 0.169 0.039 0.002 145 F 0.005 0.015 0.040 0.139 0.356 0.407 0.038 146 T 0.010 0.105 0.315 0.402 0.140 0.025 0.002 147 V 0.003 0.014 0.037 0.149 0.424 0.339 0.034 148 T 0.066 0.316 0.342 0.201 0.062 0.012 0.001 149 H 0.081 0.266 0.237 0.248 0.122 0.042 0.004 150 I 0.026 0.072 0.156 0.284 0.292 0.159 0.011 151 T 0.083 0.190 0.198 0.239 0.194 0.088 0.008 152 Q 0.098 0.203 0.236 0.214 0.164 0.075 0.010 153 R 0.151 0.241 0.215 0.214 0.122 0.049 0.008 154 E 0.193 0.304 0.210 0.166 0.091 0.031 0.005 155 D 0.179 0.239 0.181 0.165 0.143 0.073 0.019 156 A 0.127 0.104 0.104 0.175 0.193 0.220 0.077 157 I 0.080 0.065 0.089 0.146 0.182 0.279 0.159 158 Y 0.055 0.040 0.052 0.087 0.144 0.305 0.317 159 H 0.053 0.054 0.067 0.115 0.184 0.246 0.281 160 S 0.029 0.033 0.057 0.086 0.144 0.260 0.391 161 T 0.033 0.043 0.059 0.089 0.126 0.273 0.378 162 Y 0.038 0.041 0.052 0.104 0.169 0.311 0.284 163 T 0.040 0.041 0.059 0.105 0.187 0.344 0.224 164 G 0.107 0.101 0.123 0.185 0.217 0.191 0.076 165 R 0.145 0.170 0.183 0.205 0.152 0.101 0.044 166 P 0.195 0.203 0.187 0.191 0.129 0.071 0.024 167 P 0.265 0.229 0.182 0.156 0.102 0.051 0.015 168 D 0.263 0.247 0.184 0.154 0.093 0.047 0.012 169 E 0.148 0.107 0.123 0.180 0.208 0.192 0.041 170 P 0.409 0.209 0.144 0.115 0.074 0.043 0.007 171 A 0.424 0.253 0.157 0.090 0.052 0.021 0.004 172 V 0.369 0.179 0.148 0.151 0.106 0.042 0.005 173 L 0.363 0.165 0.117 0.137 0.114 0.091 0.012 174 G 0.477 0.220 0.135 0.097 0.051 0.019 0.002 175 V 0.485 0.281 0.153 0.059 0.018 0.003 0.001 176 A 0.531 0.168 0.112 0.106 0.064 0.018 0.001 177 L 0.582 0.176 0.100 0.085 0.042 0.014 0.001 178 N 0.527 0.289 0.124 0.049 0.011 0.001 0.001 179 E 0.609 0.256 0.091 0.033 0.009 0.001 0.001 180 V 0.590 0.175 0.109 0.084 0.034 0.008 0.001 181 F 0.583 0.171 0.109 0.086 0.041 0.010 0.001