# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.1135 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.067 0.007 0.010 0.009 0.333 0.574 2 W 0.182 0.008 0.012 0.012 0.351 0.436 3 G 0.455 0.009 0.009 0.008 0.209 0.311 4 L 0.871 0.006 0.005 0.004 0.046 0.068 5 T 0.937 0.004 0.003 0.004 0.017 0.036 6 V 0.943 0.003 0.001 0.002 0.013 0.037 7 T 0.906 0.003 0.001 0.002 0.025 0.063 8 R 0.728 0.016 0.001 0.002 0.046 0.207 9 G 0.345 0.044 0.003 0.002 0.391 0.215 10 P 0.033 0.008 0.033 0.006 0.824 0.096 11 H 0.012 0.004 0.039 0.005 0.889 0.050 12 K 0.008 0.004 0.045 0.008 0.903 0.032 13 E 0.024 0.008 0.028 0.022 0.692 0.225 14 R 0.248 0.075 0.035 0.052 0.311 0.280 15 Q 0.350 0.074 0.044 0.061 0.205 0.267 16 N 0.386 0.027 0.055 0.072 0.190 0.271 17 L 0.352 0.011 0.055 0.139 0.199 0.245 18 G 0.483 0.013 0.036 0.117 0.143 0.208 19 I 0.634 0.010 0.021 0.099 0.109 0.128 20 Y 0.723 0.012 0.016 0.077 0.078 0.095 21 R 0.694 0.004 0.022 0.130 0.083 0.067 22 Q 0.638 0.003 0.027 0.219 0.063 0.050 23 Q 0.599 0.004 0.015 0.308 0.046 0.029 24 L 0.683 0.005 0.008 0.210 0.068 0.027 25 I 0.531 0.010 0.007 0.233 0.120 0.099 26 G 0.186 0.010 0.008 0.033 0.721 0.041 27 K 0.029 0.002 0.012 0.007 0.916 0.034 28 N 0.037 0.001 0.015 0.003 0.877 0.066 29 K 0.724 0.015 0.004 0.001 0.222 0.035 30 L 0.926 0.003 0.001 0.001 0.013 0.057 31 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 32 M 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 33 R 0.971 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 34 W 0.920 0.002 0.003 0.004 0.022 0.048 35 L 0.712 0.013 0.010 0.015 0.095 0.156 36 S 0.431 0.016 0.022 0.029 0.265 0.238 37 H 0.162 0.013 0.040 0.048 0.473 0.263 38 R 0.057 0.012 0.047 0.145 0.499 0.240 39 G 0.048 0.011 0.035 0.120 0.470 0.316 40 G 0.060 0.009 0.026 0.271 0.278 0.357 41 A 0.099 0.020 0.025 0.457 0.120 0.280 42 L 0.081 0.015 0.025 0.588 0.093 0.199 43 D 0.078 0.016 0.025 0.688 0.063 0.130 44 Y 0.009 0.001 0.025 0.913 0.028 0.024 45 Q 0.004 0.001 0.014 0.965 0.011 0.005 46 E 0.002 0.001 0.014 0.966 0.013 0.005 47 W 0.001 0.001 0.011 0.971 0.010 0.006 48 C 0.001 0.001 0.007 0.977 0.009 0.006 49 A 0.001 0.001 0.008 0.948 0.020 0.022 50 A 0.002 0.004 0.010 0.840 0.049 0.096 51 H 0.003 0.006 0.008 0.073 0.774 0.137 52 P 0.001 0.001 0.008 0.018 0.879 0.094 53 G 0.003 0.001 0.006 0.002 0.920 0.069 54 E 0.110 0.038 0.008 0.004 0.620 0.220 55 R 0.235 0.041 0.004 0.002 0.094 0.624 56 F 0.498 0.006 0.002 0.001 0.098 0.395 57 P 0.582 0.001 0.001 0.001 0.058 0.359 58 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 59 S 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 60 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 61 A 0.963 0.002 0.001 0.002 0.012 0.019 62 L 0.642 0.004 0.005 0.009 0.114 0.227 63 G 0.157 0.009 0.006 0.007 0.273 0.548 64 A 0.047 0.029 0.004 0.019 0.271 0.631 65 D 0.024 0.010 0.001 0.046 0.120 0.798 66 P 0.004 0.001 0.003 0.947 0.023 0.021 67 A 0.014 0.001 0.006 0.931 0.035 0.012 68 T 0.044 0.002 0.015 0.879 0.050 0.010 69 I 0.112 0.002 0.014 0.833 0.032 0.007 70 L 0.118 0.001 0.019 0.820 0.033 0.008 71 G 0.097 0.001 0.025 0.841 0.023 0.013 72 A 0.070 0.001 0.029 0.852 0.023 0.025 73 V 0.115 0.012 0.043 0.671 0.044 0.114 74 T 0.090 0.019 0.026 0.159 0.129 0.576 75 P 0.070 0.015 0.013 0.034 0.152 0.715 76 V 0.023 0.016 0.005 0.009 0.198 0.749 77 P 0.016 0.015 0.037 0.018 0.672 0.242 78 D 0.005 0.002 0.101 0.046 0.691 0.155 79 T 0.006 0.005 0.117 0.064 0.658 0.149 80 L 0.021 0.020 0.041 0.129 0.550 0.239 81 S 0.023 0.016 0.007 0.100 0.120 0.734 82 E 0.006 0.003 0.020 0.924 0.024 0.024 83 Y 0.021 0.001 0.027 0.907 0.029 0.015 84 A 0.024 0.001 0.025 0.919 0.021 0.010 85 F 0.044 0.002 0.016 0.902 0.022 0.014 86 A 0.025 0.001 0.022 0.900 0.031 0.020 87 G 0.058 0.001 0.066 0.825 0.037 0.013 88 L 0.066 0.005 0.061 0.786 0.054 0.028 89 L 0.058 0.015 0.052 0.691 0.177 0.007 90 R 0.036 0.003 0.032 0.458 0.421 0.050 91 G 0.010 0.002 0.011 0.049 0.568 0.360 92 T 0.087 0.043 0.008 0.009 0.544 0.309 93 K 0.255 0.010 0.004 0.003 0.148 0.581 94 T 0.726 0.008 0.003 0.001 0.063 0.199 95 E 0.900 0.002 0.001 0.001 0.024 0.072 96 V 0.961 0.002 0.001 0.001 0.009 0.026 97 V 0.951 0.003 0.001 0.003 0.009 0.034 98 K 0.884 0.002 0.001 0.005 0.028 0.080 99 C 0.674 0.005 0.004 0.008 0.087 0.222 100 I 0.561 0.015 0.013 0.013 0.168 0.230 101 S 0.414 0.024 0.031 0.028 0.291 0.210 102 N 0.194 0.015 0.034 0.039 0.463 0.254 103 D 0.136 0.011 0.033 0.024 0.488 0.307 104 L 0.260 0.023 0.022 0.021 0.302 0.372 105 E 0.313 0.064 0.018 0.027 0.165 0.414 106 V 0.243 0.049 0.013 0.028 0.184 0.483 107 P 0.120 0.020 0.016 0.028 0.363 0.452 108 A 0.102 0.013 0.075 0.106 0.427 0.276 109 S 0.131 0.008 0.087 0.068 0.454 0.253 110 A 0.368 0.008 0.107 0.064 0.355 0.099 111 E 0.742 0.004 0.025 0.035 0.097 0.098 112 I 0.937 0.002 0.006 0.019 0.022 0.014 113 V 0.977 0.001 0.001 0.008 0.007 0.008 114 L 0.981 0.001 0.001 0.007 0.005 0.007 115 E 0.974 0.001 0.001 0.006 0.006 0.014 116 G 0.943 0.001 0.001 0.003 0.011 0.041 117 Y 0.926 0.004 0.002 0.002 0.016 0.051 118 I 0.761 0.032 0.003 0.002 0.038 0.164 119 E 0.242 0.017 0.007 0.002 0.699 0.034 120 Q 0.013 0.001 0.061 0.009 0.901 0.014 121 G 0.003 0.001 0.068 0.009 0.908 0.011 122 E 0.117 0.069 0.047 0.008 0.745 0.015 123 T 0.258 0.194 0.013 0.014 0.140 0.381 124 A 0.313 0.067 0.025 0.008 0.304 0.282 125 P 0.134 0.008 0.036 0.007 0.433 0.382 126 E 0.210 0.031 0.030 0.006 0.365 0.359 127 G 0.180 0.017 0.017 0.003 0.444 0.339 128 P 0.183 0.035 0.022 0.008 0.321 0.431 129 Y 0.304 0.044 0.029 0.008 0.283 0.332 130 G 0.358 0.024 0.043 0.011 0.331 0.233 131 D 0.393 0.026 0.060 0.014 0.277 0.230 132 H 0.384 0.027 0.054 0.013 0.294 0.228 133 T 0.380 0.016 0.032 0.014 0.291 0.266 134 G 0.437 0.021 0.030 0.009 0.274 0.230 135 Y 0.449 0.044 0.020 0.015 0.263 0.208 136 Y 0.464 0.059 0.020 0.020 0.238 0.200 137 N 0.228 0.026 0.012 0.011 0.473 0.249 138 E 0.154 0.017 0.043 0.017 0.537 0.233 139 V 0.234 0.043 0.063 0.011 0.425 0.224 140 D 0.144 0.013 0.063 0.009 0.534 0.236 141 S 0.122 0.030 0.068 0.006 0.408 0.365 142 F 0.184 0.009 0.010 0.001 0.328 0.468 143 P 0.340 0.003 0.007 0.001 0.236 0.414 144 V 0.893 0.006 0.001 0.001 0.022 0.079 145 F 0.977 0.003 0.001 0.001 0.004 0.016 146 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 147 V 0.958 0.001 0.001 0.001 0.011 0.028 148 T 0.820 0.001 0.003 0.002 0.064 0.110 149 H 0.843 0.002 0.006 0.004 0.059 0.086 150 I 0.820 0.011 0.005 0.005 0.046 0.113 151 T 0.815 0.012 0.005 0.010 0.040 0.118 152 Q 0.599 0.013 0.008 0.014 0.186 0.180 153 R 0.268 0.011 0.023 0.025 0.466 0.207 154 E 0.165 0.017 0.033 0.039 0.520 0.225 155 D 0.092 0.016 0.036 0.026 0.671 0.159 156 A 0.066 0.007 0.093 0.060 0.544 0.229 157 I 0.181 0.026 0.103 0.079 0.407 0.204 158 Y 0.306 0.031 0.073 0.084 0.370 0.136 159 H 0.436 0.013 0.050 0.071 0.250 0.181 160 S 0.496 0.029 0.059 0.088 0.186 0.142 161 T 0.445 0.038 0.041 0.083 0.206 0.187 162 Y 0.332 0.030 0.038 0.061 0.288 0.251 163 T 0.218 0.034 0.021 0.048 0.326 0.351 164 G 0.083 0.033 0.013 0.025 0.347 0.500 165 R 0.053 0.037 0.005 0.012 0.270 0.624 166 P 0.035 0.044 0.006 0.013 0.396 0.506 167 P 0.013 0.018 0.018 0.066 0.440 0.444 168 D 0.012 0.011 0.031 0.145 0.431 0.370 169 E 0.021 0.009 0.051 0.421 0.293 0.204 170 P 0.030 0.008 0.054 0.548 0.152 0.208 171 A 0.061 0.010 0.055 0.683 0.087 0.104 172 V 0.112 0.011 0.042 0.713 0.066 0.056 173 L 0.109 0.004 0.029 0.751 0.060 0.046 174 G 0.112 0.002 0.045 0.725 0.071 0.044 175 V 0.100 0.003 0.051 0.715 0.080 0.050 176 A 0.067 0.006 0.039 0.744 0.075 0.069 177 L 0.039 0.003 0.043 0.756 0.079 0.080 178 N 0.037 0.003 0.056 0.700 0.085 0.118 179 E 0.044 0.005 0.046 0.569 0.109 0.228 180 V 0.037 0.009 0.024 0.424 0.096 0.409 181 F 0.008 0.002 0.001 0.025 0.039 0.925