# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.1135 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.289 0.150 0.073 0.132 0.089 0.067 0.066 0.042 0.040 0.029 0.024 2 W 0.122 0.084 0.038 0.123 0.115 0.112 0.148 0.095 0.078 0.054 0.032 3 G 0.092 0.106 0.044 0.143 0.155 0.138 0.131 0.073 0.059 0.037 0.023 4 L 0.003 0.006 0.004 0.024 0.034 0.051 0.124 0.153 0.220 0.197 0.183 5 T 0.004 0.009 0.011 0.040 0.059 0.085 0.167 0.164 0.174 0.151 0.136 6 V 0.006 0.010 0.011 0.035 0.040 0.051 0.135 0.167 0.220 0.191 0.136 7 T 0.004 0.005 0.004 0.017 0.026 0.042 0.121 0.161 0.221 0.213 0.186 8 R 0.032 0.062 0.047 0.168 0.149 0.123 0.153 0.092 0.085 0.055 0.034 9 G 0.049 0.081 0.027 0.140 0.143 0.137 0.167 0.103 0.081 0.047 0.025 10 P 0.096 0.080 0.034 0.117 0.108 0.107 0.133 0.097 0.096 0.071 0.064 11 H 0.249 0.242 0.061 0.159 0.105 0.069 0.058 0.024 0.017 0.009 0.007 12 K 0.334 0.254 0.080 0.177 0.083 0.037 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 13 E 0.507 0.186 0.057 0.121 0.062 0.032 0.018 0.007 0.005 0.003 0.002 14 R 0.051 0.078 0.060 0.180 0.182 0.167 0.140 0.065 0.043 0.022 0.011 15 Q 0.015 0.047 0.045 0.155 0.190 0.184 0.181 0.088 0.055 0.028 0.012 16 N 0.009 0.017 0.016 0.059 0.088 0.125 0.210 0.163 0.144 0.102 0.067 17 L 0.007 0.010 0.011 0.036 0.053 0.071 0.157 0.160 0.197 0.174 0.125 18 G 0.022 0.025 0.022 0.061 0.069 0.087 0.160 0.143 0.172 0.140 0.098 19 I 0.012 0.019 0.020 0.061 0.065 0.077 0.143 0.142 0.185 0.165 0.111 20 Y 0.007 0.012 0.016 0.045 0.054 0.074 0.153 0.166 0.205 0.163 0.104 21 R 0.008 0.015 0.028 0.076 0.077 0.093 0.158 0.144 0.169 0.138 0.094 22 Q 0.010 0.020 0.042 0.086 0.107 0.125 0.177 0.139 0.135 0.100 0.060 23 Q 0.007 0.015 0.029 0.070 0.083 0.116 0.196 0.151 0.157 0.108 0.068 24 L 0.009 0.016 0.022 0.047 0.056 0.082 0.162 0.140 0.174 0.157 0.135 25 I 0.024 0.039 0.044 0.123 0.133 0.141 0.180 0.113 0.101 0.064 0.037 26 G 0.283 0.192 0.084 0.138 0.088 0.071 0.068 0.032 0.023 0.013 0.008 27 K 0.249 0.201 0.105 0.208 0.113 0.061 0.036 0.013 0.008 0.004 0.002 28 N 0.184 0.154 0.069 0.142 0.119 0.101 0.101 0.051 0.040 0.024 0.016 29 K 0.022 0.066 0.060 0.231 0.212 0.169 0.130 0.053 0.032 0.016 0.008 30 L 0.011 0.009 0.009 0.018 0.019 0.032 0.118 0.169 0.249 0.219 0.146 31 I 0.011 0.023 0.029 0.112 0.132 0.148 0.197 0.123 0.108 0.070 0.047 32 M 0.004 0.006 0.010 0.014 0.014 0.022 0.067 0.109 0.216 0.273 0.266 33 R 0.008 0.017 0.029 0.112 0.139 0.153 0.209 0.137 0.106 0.060 0.029 34 W 0.007 0.015 0.022 0.034 0.034 0.053 0.132 0.166 0.219 0.190 0.127 35 L 0.011 0.027 0.034 0.097 0.107 0.116 0.169 0.132 0.141 0.103 0.062 36 S 0.054 0.072 0.052 0.118 0.114 0.118 0.158 0.109 0.104 0.067 0.035 37 H 0.106 0.089 0.060 0.131 0.117 0.117 0.134 0.090 0.078 0.052 0.027 38 R 0.166 0.136 0.077 0.156 0.116 0.094 0.104 0.060 0.047 0.029 0.016 39 G 0.193 0.151 0.051 0.123 0.102 0.094 0.105 0.067 0.058 0.038 0.019 40 G 0.040 0.050 0.020 0.052 0.056 0.073 0.134 0.138 0.189 0.146 0.102 41 A 0.032 0.025 0.019 0.060 0.089 0.128 0.196 0.140 0.146 0.100 0.064 42 L 0.067 0.083 0.113 0.182 0.141 0.115 0.130 0.070 0.054 0.031 0.015 43 D 0.003 0.014 0.023 0.071 0.085 0.110 0.202 0.164 0.165 0.107 0.056 44 Y 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.019 0.069 0.126 0.257 0.267 0.240 45 Q 0.005 0.009 0.087 0.159 0.188 0.191 0.198 0.076 0.054 0.026 0.008 46 E 0.002 0.018 0.244 0.253 0.197 0.134 0.096 0.031 0.017 0.006 0.002 47 W 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.035 0.167 0.193 0.248 0.195 0.136 48 C 0.001 0.002 0.010 0.025 0.052 0.089 0.238 0.201 0.202 0.126 0.056 49 A 0.007 0.052 0.481 0.225 0.138 0.061 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 50 A 0.041 0.074 0.138 0.203 0.185 0.182 0.128 0.029 0.012 0.005 0.002 51 H 0.096 0.092 0.025 0.077 0.069 0.093 0.187 0.131 0.115 0.075 0.039 52 P 0.290 0.215 0.041 0.143 0.108 0.086 0.069 0.023 0.012 0.007 0.004 53 G 0.544 0.111 0.048 0.089 0.065 0.049 0.041 0.020 0.016 0.010 0.008 54 E 0.253 0.276 0.082 0.201 0.088 0.046 0.030 0.011 0.007 0.004 0.003 55 R 0.041 0.140 0.072 0.294 0.230 0.136 0.061 0.015 0.007 0.003 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.029 0.116 0.179 0.278 0.213 0.165 57 P 0.019 0.064 0.067 0.257 0.268 0.173 0.106 0.029 0.012 0.004 0.002 58 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.059 0.127 0.253 0.282 0.259 59 S 0.004 0.003 0.003 0.012 0.021 0.045 0.152 0.196 0.224 0.180 0.161 60 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.063 0.129 0.243 0.277 0.268 61 A 0.001 0.003 0.005 0.009 0.012 0.021 0.070 0.112 0.202 0.256 0.310 62 L 0.002 0.004 0.005 0.014 0.016 0.030 0.097 0.135 0.220 0.243 0.232 63 G 0.025 0.050 0.028 0.087 0.085 0.102 0.182 0.144 0.139 0.097 0.061 64 A 0.016 0.029 0.020 0.058 0.061 0.077 0.151 0.136 0.172 0.149 0.132 65 D 0.040 0.087 0.042 0.139 0.183 0.174 0.171 0.074 0.051 0.027 0.014 66 P 0.018 0.016 0.011 0.033 0.042 0.061 0.137 0.139 0.210 0.186 0.147 67 A 0.027 0.012 0.011 0.025 0.037 0.063 0.144 0.140 0.198 0.180 0.163 68 T 0.008 0.008 0.012 0.024 0.027 0.052 0.146 0.154 0.222 0.193 0.154 69 I 0.002 0.003 0.014 0.013 0.012 0.020 0.076 0.120 0.218 0.251 0.271 70 L 0.001 0.002 0.014 0.008 0.006 0.010 0.042 0.079 0.182 0.268 0.387 71 G 0.001 0.002 0.010 0.010 0.011 0.020 0.079 0.122 0.218 0.259 0.269 72 A 0.001 0.003 0.010 0.011 0.012 0.023 0.089 0.124 0.218 0.249 0.260 73 V 0.005 0.008 0.012 0.022 0.031 0.059 0.155 0.159 0.200 0.188 0.161 74 T 0.009 0.014 0.011 0.029 0.035 0.062 0.159 0.161 0.207 0.176 0.136 75 P 0.068 0.103 0.061 0.170 0.165 0.151 0.134 0.061 0.046 0.026 0.016 76 V 0.023 0.023 0.011 0.039 0.049 0.069 0.137 0.134 0.182 0.166 0.166 77 P 0.142 0.118 0.048 0.125 0.124 0.115 0.122 0.069 0.063 0.040 0.034 78 D 0.368 0.193 0.055 0.133 0.083 0.059 0.050 0.022 0.018 0.010 0.007 79 T 0.279 0.215 0.057 0.145 0.108 0.075 0.054 0.025 0.019 0.012 0.009 80 L 0.020 0.019 0.010 0.043 0.070 0.104 0.175 0.151 0.173 0.133 0.103 81 S 0.074 0.184 0.071 0.168 0.143 0.120 0.111 0.052 0.039 0.021 0.016 82 E 0.008 0.008 0.009 0.032 0.060 0.107 0.207 0.179 0.177 0.129 0.083 83 Y 0.020 0.013 0.021 0.045 0.051 0.076 0.158 0.130 0.182 0.166 0.137 84 A 0.005 0.020 0.091 0.162 0.132 0.121 0.154 0.097 0.098 0.072 0.047 85 F 0.002 0.005 0.047 0.041 0.030 0.034 0.097 0.115 0.210 0.225 0.194 86 A 0.001 0.004 0.043 0.032 0.025 0.035 0.101 0.127 0.201 0.225 0.205 87 G 0.001 0.002 0.037 0.026 0.037 0.083 0.204 0.163 0.195 0.158 0.094 88 L 0.001 0.003 0.022 0.033 0.056 0.107 0.265 0.172 0.143 0.105 0.092 89 L 0.001 0.003 0.012 0.008 0.007 0.013 0.055 0.084 0.201 0.295 0.321 90 R 0.008 0.028 0.038 0.107 0.111 0.152 0.234 0.120 0.098 0.061 0.042 91 G 0.183 0.116 0.108 0.139 0.104 0.098 0.099 0.053 0.044 0.031 0.025 92 T 0.113 0.202 0.130 0.222 0.132 0.081 0.069 0.026 0.014 0.007 0.005 93 K 0.246 0.174 0.092 0.207 0.139 0.072 0.043 0.013 0.008 0.005 0.003 94 T 0.013 0.012 0.005 0.019 0.024 0.042 0.110 0.130 0.217 0.205 0.223 95 E 0.074 0.208 0.106 0.317 0.165 0.073 0.038 0.010 0.005 0.002 0.002 96 V 0.004 0.005 0.004 0.015 0.017 0.025 0.080 0.119 0.208 0.231 0.291 97 V 0.015 0.026 0.024 0.084 0.125 0.163 0.213 0.133 0.105 0.066 0.046 98 K 0.038 0.099 0.084 0.286 0.187 0.114 0.092 0.041 0.033 0.017 0.009 99 C 0.005 0.006 0.004 0.013 0.018 0.028 0.079 0.130 0.211 0.255 0.252 100 I 0.061 0.093 0.067 0.190 0.156 0.133 0.131 0.065 0.052 0.029 0.022 101 S 0.056 0.065 0.037 0.104 0.103 0.109 0.164 0.120 0.113 0.078 0.051 102 N 0.112 0.099 0.056 0.166 0.138 0.124 0.120 0.067 0.056 0.037 0.024 103 D 0.255 0.217 0.079 0.169 0.112 0.070 0.049 0.021 0.014 0.008 0.005 104 L 0.061 0.034 0.014 0.044 0.045 0.057 0.117 0.121 0.166 0.165 0.176 105 E 0.202 0.246 0.096 0.218 0.116 0.059 0.034 0.012 0.009 0.005 0.004 106 V 0.022 0.046 0.023 0.076 0.080 0.089 0.147 0.129 0.156 0.129 0.103 107 P 0.100 0.080 0.041 0.109 0.119 0.126 0.137 0.090 0.084 0.061 0.053 108 A 0.089 0.053 0.031 0.090 0.102 0.116 0.168 0.110 0.106 0.076 0.059 109 S 0.138 0.129 0.071 0.181 0.153 0.119 0.102 0.045 0.032 0.018 0.012 110 A 0.009 0.010 0.009 0.025 0.025 0.037 0.097 0.127 0.224 0.226 0.212 111 E 0.019 0.028 0.031 0.076 0.093 0.122 0.174 0.129 0.131 0.108 0.090 112 I 0.003 0.007 0.013 0.031 0.038 0.059 0.150 0.165 0.218 0.187 0.128 113 V 0.001 0.003 0.006 0.024 0.031 0.047 0.121 0.143 0.187 0.216 0.221 114 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.008 0.037 0.084 0.212 0.314 0.335 115 E 0.002 0.009 0.020 0.087 0.131 0.155 0.209 0.144 0.117 0.075 0.053 116 G 0.003 0.006 0.010 0.020 0.027 0.046 0.117 0.167 0.230 0.222 0.151 117 Y 0.006 0.026 0.026 0.195 0.232 0.197 0.192 0.070 0.038 0.014 0.005 118 I 0.002 0.003 0.002 0.005 0.008 0.015 0.050 0.097 0.225 0.286 0.308 119 E 0.050 0.135 0.079 0.295 0.202 0.120 0.075 0.024 0.013 0.005 0.002 120 Q 0.188 0.207 0.060 0.152 0.110 0.093 0.099 0.046 0.028 0.013 0.005 121 G 0.573 0.200 0.050 0.098 0.041 0.019 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 122 E 0.354 0.229 0.056 0.139 0.089 0.056 0.042 0.015 0.010 0.005 0.004 123 T 0.127 0.125 0.069 0.155 0.128 0.110 0.107 0.067 0.055 0.036 0.020 124 A 0.072 0.108 0.046 0.124 0.131 0.137 0.150 0.095 0.072 0.042 0.023 125 P 0.353 0.144 0.077 0.123 0.093 0.072 0.060 0.030 0.025 0.016 0.009 126 E 0.133 0.064 0.027 0.101 0.111 0.115 0.147 0.101 0.090 0.068 0.043 127 G 0.066 0.039 0.013 0.048 0.055 0.069 0.123 0.139 0.181 0.155 0.113 128 P 0.186 0.131 0.044 0.121 0.107 0.097 0.103 0.070 0.066 0.045 0.030 129 Y 0.076 0.047 0.022 0.068 0.076 0.099 0.150 0.136 0.143 0.113 0.069 130 G 0.110 0.077 0.035 0.089 0.084 0.082 0.110 0.101 0.124 0.102 0.086 131 D 0.084 0.098 0.052 0.158 0.128 0.111 0.120 0.084 0.074 0.054 0.038 132 H 0.032 0.034 0.024 0.065 0.077 0.101 0.168 0.140 0.151 0.123 0.084 133 T 0.054 0.073 0.039 0.132 0.121 0.112 0.143 0.103 0.099 0.071 0.053 134 G 0.142 0.090 0.040 0.119 0.098 0.093 0.120 0.087 0.091 0.074 0.047 135 Y 0.049 0.065 0.033 0.112 0.117 0.117 0.154 0.110 0.111 0.077 0.053 136 Y 0.029 0.033 0.019 0.062 0.070 0.084 0.141 0.133 0.168 0.140 0.122 137 N 0.113 0.147 0.056 0.179 0.139 0.107 0.104 0.062 0.049 0.028 0.015 138 E 0.386 0.174 0.071 0.135 0.084 0.058 0.044 0.021 0.015 0.009 0.005 139 V 0.198 0.116 0.050 0.125 0.109 0.101 0.104 0.061 0.060 0.043 0.034 140 D 0.227 0.147 0.066 0.172 0.116 0.087 0.078 0.040 0.033 0.021 0.014 141 S 0.230 0.164 0.062 0.192 0.128 0.082 0.068 0.031 0.022 0.013 0.008 142 F 0.021 0.028 0.018 0.075 0.093 0.125 0.186 0.152 0.138 0.107 0.058 143 P 0.063 0.099 0.041 0.174 0.162 0.135 0.137 0.076 0.058 0.035 0.021 144 V 0.014 0.038 0.033 0.202 0.215 0.174 0.157 0.073 0.049 0.027 0.016 145 F 0.002 0.002 0.002 0.009 0.017 0.030 0.095 0.162 0.258 0.246 0.177 146 T 0.011 0.092 0.067 0.465 0.242 0.075 0.035 0.009 0.003 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.033 0.097 0.224 0.286 0.347 148 T 0.074 0.168 0.097 0.376 0.181 0.066 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 149 H 0.028 0.119 0.042 0.228 0.181 0.150 0.154 0.055 0.029 0.011 0.003 150 I 0.004 0.004 0.004 0.012 0.012 0.018 0.051 0.090 0.221 0.278 0.306 151 T 0.026 0.099 0.048 0.225 0.204 0.155 0.135 0.053 0.030 0.014 0.010 152 Q 0.014 0.049 0.027 0.103 0.107 0.103 0.160 0.151 0.139 0.096 0.050 153 R 0.019 0.039 0.024 0.125 0.163 0.191 0.198 0.109 0.075 0.038 0.020 154 E 0.325 0.149 0.075 0.189 0.120 0.070 0.043 0.014 0.008 0.004 0.002 155 D 0.155 0.156 0.079 0.232 0.149 0.091 0.069 0.031 0.022 0.012 0.006 156 A 0.040 0.034 0.022 0.055 0.054 0.073 0.142 0.142 0.182 0.152 0.103 157 I 0.033 0.037 0.022 0.059 0.067 0.093 0.169 0.149 0.160 0.123 0.089 158 Y 0.012 0.015 0.013 0.029 0.036 0.057 0.131 0.159 0.206 0.185 0.157 159 H 0.020 0.026 0.027 0.071 0.073 0.096 0.168 0.149 0.156 0.122 0.090 160 S 0.023 0.017 0.014 0.032 0.036 0.052 0.119 0.146 0.197 0.193 0.172 161 T 0.017 0.019 0.014 0.033 0.031 0.043 0.107 0.134 0.209 0.205 0.188 162 Y 0.016 0.019 0.019 0.039 0.045 0.065 0.136 0.142 0.200 0.180 0.138 163 T 0.049 0.065 0.037 0.088 0.079 0.085 0.138 0.120 0.138 0.111 0.089 164 G 0.073 0.052 0.025 0.075 0.079 0.088 0.131 0.120 0.142 0.121 0.093 165 R 0.100 0.131 0.049 0.171 0.159 0.131 0.114 0.054 0.043 0.027 0.019 166 P 0.059 0.058 0.022 0.076 0.094 0.108 0.153 0.133 0.137 0.095 0.065 167 P 0.202 0.099 0.040 0.119 0.115 0.107 0.115 0.068 0.062 0.042 0.032 168 D 0.236 0.187 0.069 0.167 0.115 0.076 0.066 0.032 0.026 0.016 0.010 169 E 0.034 0.032 0.012 0.037 0.047 0.067 0.131 0.141 0.193 0.172 0.135 170 P 0.106 0.071 0.044 0.122 0.132 0.139 0.139 0.083 0.075 0.051 0.039 171 A 0.073 0.083 0.089 0.143 0.133 0.125 0.152 0.082 0.063 0.036 0.020 172 V 0.021 0.033 0.039 0.104 0.108 0.144 0.205 0.126 0.109 0.070 0.041 173 L 0.012 0.015 0.028 0.035 0.024 0.029 0.088 0.113 0.205 0.231 0.221 174 G 0.031 0.025 0.081 0.083 0.101 0.135 0.185 0.115 0.111 0.083 0.050 175 V 0.024 0.044 0.232 0.166 0.130 0.115 0.125 0.061 0.051 0.033 0.019 176 A 0.014 0.025 0.065 0.055 0.045 0.063 0.157 0.135 0.173 0.156 0.112 177 L 0.017 0.033 0.071 0.069 0.049 0.067 0.149 0.128 0.171 0.151 0.097 178 N 0.078 0.101 0.263 0.154 0.115 0.092 0.091 0.044 0.033 0.019 0.010 179 E 0.095 0.102 0.218 0.168 0.124 0.103 0.097 0.041 0.029 0.015 0.008 180 V 0.086 0.055 0.074 0.067 0.047 0.056 0.120 0.104 0.146 0.139 0.106 181 F 0.151 0.119 0.090 0.114 0.092 0.100 0.118 0.069 0.068 0.048 0.030