# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.1135 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.078 0.006 0.005 0.029 0.048 0.066 0.095 0.003 0.001 0.009 0.661 2 W 0.041 0.002 0.008 0.040 0.048 0.057 0.076 0.001 0.001 0.008 0.719 3 G 0.021 0.001 0.004 0.044 0.044 0.072 0.096 0.001 0.001 0.006 0.712 4 L 0.033 0.001 0.007 0.167 0.180 0.226 0.064 0.001 0.001 0.007 0.315 5 T 0.004 0.001 0.001 0.287 0.203 0.251 0.057 0.001 0.001 0.002 0.195 6 V 0.003 0.001 0.001 0.253 0.194 0.319 0.031 0.001 0.001 0.001 0.197 7 T 0.003 0.001 0.001 0.202 0.259 0.396 0.023 0.001 0.001 0.001 0.114 8 R 0.005 0.001 0.001 0.138 0.121 0.267 0.047 0.001 0.001 0.003 0.417 9 G 0.008 0.001 0.001 0.073 0.201 0.285 0.134 0.001 0.001 0.005 0.292 10 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.957 11 H 0.010 0.001 0.001 0.013 0.020 0.039 0.336 0.001 0.001 0.012 0.569 12 K 0.586 0.003 0.001 0.006 0.006 0.008 0.079 0.001 0.001 0.044 0.267 13 E 0.276 0.033 0.002 0.011 0.016 0.012 0.182 0.001 0.001 0.010 0.457 14 R 0.119 0.024 0.014 0.022 0.029 0.060 0.178 0.001 0.001 0.013 0.541 15 Q 0.026 0.040 0.003 0.058 0.114 0.203 0.140 0.001 0.001 0.004 0.411 16 N 0.030 0.044 0.001 0.021 0.097 0.184 0.140 0.001 0.001 0.005 0.476 17 L 0.061 0.075 0.004 0.025 0.123 0.215 0.056 0.002 0.001 0.006 0.432 18 G 0.048 0.090 0.005 0.054 0.110 0.162 0.157 0.003 0.001 0.011 0.358 19 I 0.079 0.108 0.020 0.056 0.093 0.188 0.115 0.003 0.001 0.012 0.326 20 Y 0.016 0.152 0.004 0.137 0.173 0.288 0.058 0.002 0.001 0.003 0.166 21 R 0.023 0.194 0.004 0.081 0.112 0.240 0.059 0.004 0.001 0.005 0.278 22 Q 0.038 0.257 0.004 0.069 0.155 0.220 0.037 0.006 0.001 0.003 0.210 23 Q 0.064 0.272 0.005 0.072 0.137 0.202 0.042 0.015 0.001 0.005 0.185 24 L 0.108 0.231 0.014 0.041 0.109 0.167 0.040 0.021 0.001 0.005 0.265 25 I 0.056 0.174 0.013 0.097 0.144 0.222 0.044 0.027 0.001 0.004 0.218 26 G 0.091 0.051 0.008 0.028 0.068 0.074 0.118 0.024 0.001 0.007 0.530 27 K 0.033 0.008 0.039 0.013 0.009 0.012 0.032 0.001 0.001 0.004 0.848 28 N 0.019 0.004 0.004 0.022 0.018 0.029 0.246 0.001 0.001 0.009 0.647 29 K 0.366 0.007 0.013 0.041 0.022 0.035 0.140 0.001 0.001 0.045 0.331 30 L 0.096 0.038 0.008 0.187 0.143 0.148 0.122 0.001 0.001 0.007 0.249 31 I 0.012 0.019 0.003 0.304 0.202 0.304 0.047 0.001 0.001 0.002 0.106 32 M 0.004 0.017 0.001 0.254 0.234 0.399 0.017 0.001 0.001 0.001 0.075 33 R 0.004 0.018 0.001 0.194 0.279 0.425 0.015 0.001 0.001 0.001 0.064 34 W 0.014 0.023 0.002 0.112 0.225 0.374 0.037 0.003 0.001 0.003 0.207 35 L 0.016 0.011 0.004 0.142 0.230 0.367 0.050 0.003 0.001 0.004 0.174 36 S 0.007 0.006 0.003 0.068 0.092 0.163 0.080 0.002 0.001 0.003 0.575 37 H 0.020 0.007 0.002 0.042 0.053 0.082 0.144 0.002 0.001 0.010 0.639 38 R 0.129 0.013 0.004 0.016 0.012 0.020 0.205 0.002 0.001 0.021 0.576 39 G 0.199 0.023 0.008 0.019 0.011 0.014 0.199 0.003 0.001 0.024 0.500 40 G 0.166 0.034 0.017 0.020 0.016 0.020 0.235 0.001 0.001 0.016 0.474 41 A 0.052 0.065 0.009 0.021 0.014 0.033 0.202 0.001 0.001 0.006 0.597 42 L 0.041 0.119 0.004 0.063 0.055 0.104 0.142 0.001 0.001 0.006 0.465 43 D 0.051 0.178 0.002 0.013 0.016 0.030 0.176 0.001 0.001 0.004 0.528 44 Y 0.036 0.449 0.003 0.014 0.019 0.039 0.083 0.002 0.001 0.003 0.351 45 Q 0.010 0.693 0.001 0.007 0.009 0.016 0.049 0.001 0.001 0.002 0.213 46 E 0.019 0.632 0.001 0.002 0.006 0.008 0.130 0.006 0.001 0.003 0.193 47 W 0.031 0.919 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.032 48 C 0.037 0.928 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.022 49 A 0.043 0.905 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 0.030 50 A 0.159 0.645 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.108 0.001 0.001 0.080 51 H 0.371 0.340 0.016 0.002 0.004 0.002 0.007 0.100 0.001 0.001 0.158 52 P 0.011 0.007 0.016 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.957 53 G 0.025 0.003 0.008 0.012 0.004 0.006 0.155 0.004 0.001 0.002 0.781 54 E 0.583 0.003 0.006 0.011 0.002 0.003 0.058 0.001 0.001 0.008 0.324 55 R 0.071 0.009 0.008 0.048 0.005 0.011 0.057 0.001 0.001 0.003 0.789 56 F 0.049 0.003 0.007 0.431 0.101 0.097 0.062 0.001 0.001 0.004 0.246 57 P 0.005 0.001 0.001 0.190 0.016 0.026 0.020 0.001 0.001 0.001 0.742 58 V 0.003 0.001 0.001 0.494 0.137 0.259 0.022 0.001 0.001 0.001 0.083 59 S 0.002 0.002 0.001 0.731 0.094 0.151 0.009 0.001 0.001 0.001 0.011 60 V 0.001 0.009 0.001 0.671 0.117 0.136 0.011 0.001 0.001 0.001 0.055 61 A 0.002 0.010 0.001 0.625 0.130 0.207 0.010 0.001 0.001 0.001 0.015 62 L 0.008 0.041 0.001 0.388 0.085 0.245 0.095 0.003 0.001 0.003 0.132 63 G 0.058 0.030 0.007 0.274 0.096 0.133 0.085 0.014 0.001 0.015 0.289 64 A 0.035 0.015 0.170 0.065 0.022 0.055 0.128 0.002 0.001 0.012 0.497 65 D 0.008 0.007 0.002 0.065 0.024 0.051 0.218 0.002 0.001 0.003 0.621 66 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 67 A 0.016 0.047 0.001 0.020 0.011 0.039 0.363 0.001 0.001 0.011 0.491 68 T 0.168 0.167 0.001 0.026 0.023 0.051 0.160 0.003 0.001 0.010 0.391 69 I 0.056 0.801 0.001 0.035 0.017 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.062 70 L 0.023 0.867 0.001 0.010 0.010 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.063 71 G 0.045 0.778 0.002 0.021 0.030 0.038 0.007 0.013 0.001 0.001 0.066 72 A 0.088 0.726 0.009 0.024 0.014 0.030 0.008 0.029 0.001 0.001 0.072 73 V 0.173 0.368 0.040 0.041 0.034 0.042 0.022 0.117 0.001 0.003 0.160 74 T 0.159 0.078 0.120 0.056 0.033 0.047 0.050 0.023 0.001 0.003 0.431 75 P 0.002 0.001 0.010 0.009 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.970 76 V 0.024 0.002 0.010 0.061 0.014 0.049 0.143 0.001 0.001 0.003 0.693 77 P 0.025 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.954 78 D 0.082 0.013 0.001 0.045 0.008 0.017 0.105 0.001 0.001 0.003 0.724 79 T 0.222 0.010 0.001 0.015 0.003 0.006 0.108 0.001 0.001 0.005 0.629 80 L 0.240 0.068 0.005 0.052 0.014 0.020 0.143 0.002 0.001 0.010 0.444 81 S 0.049 0.056 0.002 0.009 0.011 0.013 0.331 0.001 0.001 0.005 0.523 82 E 0.051 0.142 0.003 0.011 0.011 0.014 0.153 0.003 0.001 0.009 0.603 83 Y 0.072 0.402 0.006 0.012 0.022 0.032 0.157 0.004 0.001 0.024 0.269 84 A 0.030 0.308 0.004 0.013 0.050 0.085 0.388 0.011 0.001 0.023 0.089 85 F 0.038 0.736 0.005 0.025 0.037 0.065 0.012 0.009 0.001 0.002 0.070 86 A 0.022 0.808 0.003 0.023 0.037 0.051 0.004 0.009 0.001 0.001 0.042 87 G 0.033 0.554 0.004 0.037 0.101 0.087 0.013 0.041 0.001 0.002 0.127 88 L 0.141 0.481 0.035 0.055 0.046 0.070 0.014 0.026 0.001 0.002 0.132 89 L 0.037 0.382 0.020 0.117 0.124 0.170 0.042 0.024 0.001 0.002 0.082 90 R 0.033 0.149 0.004 0.075 0.076 0.139 0.064 0.024 0.001 0.005 0.430 91 G 0.213 0.058 0.024 0.047 0.041 0.060 0.078 0.038 0.001 0.014 0.427 92 T 0.255 0.020 0.077 0.048 0.051 0.049 0.114 0.009 0.001 0.021 0.356 93 K 0.009 0.001 0.016 0.030 0.017 0.018 0.060 0.001 0.001 0.003 0.845 94 T 0.012 0.001 0.011 0.107 0.088 0.148 0.086 0.001 0.001 0.006 0.542 95 E 0.018 0.002 0.001 0.376 0.203 0.251 0.062 0.001 0.001 0.004 0.083 96 V 0.013 0.005 0.002 0.142 0.086 0.150 0.049 0.001 0.001 0.003 0.552 97 V 0.003 0.002 0.001 0.368 0.253 0.332 0.012 0.001 0.001 0.001 0.029 98 K 0.005 0.003 0.001 0.160 0.133 0.226 0.050 0.001 0.001 0.002 0.421 99 C 0.006 0.002 0.001 0.156 0.276 0.362 0.026 0.001 0.001 0.003 0.168 100 I 0.005 0.002 0.001 0.096 0.202 0.359 0.072 0.001 0.001 0.003 0.258 101 S 0.019 0.006 0.001 0.056 0.172 0.261 0.124 0.001 0.001 0.011 0.350 102 N 0.060 0.009 0.002 0.059 0.100 0.133 0.168 0.002 0.001 0.015 0.451 103 D 0.107 0.006 0.004 0.024 0.047 0.057 0.192 0.002 0.001 0.024 0.537 104 L 0.171 0.005 0.026 0.048 0.069 0.074 0.155 0.001 0.001 0.023 0.427 105 E 0.027 0.003 0.011 0.044 0.082 0.114 0.168 0.001 0.001 0.007 0.543 106 V 0.019 0.002 0.004 0.081 0.185 0.237 0.084 0.001 0.001 0.003 0.386 107 P 0.001 0.001 0.001 0.016 0.023 0.042 0.016 0.001 0.001 0.001 0.900 108 A 0.006 0.001 0.001 0.078 0.167 0.370 0.087 0.001 0.001 0.004 0.286 109 S 0.045 0.004 0.001 0.045 0.077 0.159 0.108 0.001 0.001 0.012 0.550 110 A 0.068 0.009 0.002 0.135 0.172 0.201 0.065 0.001 0.001 0.010 0.337 111 E 0.034 0.006 0.003 0.152 0.155 0.268 0.121 0.001 0.001 0.009 0.252 112 I 0.022 0.005 0.003 0.182 0.295 0.320 0.036 0.001 0.001 0.004 0.133 113 V 0.003 0.005 0.001 0.191 0.274 0.449 0.023 0.001 0.001 0.001 0.052 114 L 0.002 0.003 0.001 0.128 0.309 0.473 0.015 0.001 0.001 0.001 0.068 115 E 0.002 0.003 0.001 0.197 0.256 0.435 0.015 0.001 0.001 0.001 0.091 116 G 0.006 0.002 0.001 0.101 0.239 0.376 0.045 0.001 0.001 0.003 0.225 117 Y 0.016 0.002 0.004 0.102 0.185 0.276 0.047 0.001 0.001 0.007 0.358 118 I 0.007 0.002 0.003 0.082 0.215 0.330 0.070 0.001 0.001 0.004 0.285 119 E 0.011 0.001 0.001 0.035 0.188 0.230 0.104 0.001 0.001 0.004 0.424 120 Q 0.002 0.001 0.001 0.009 0.013 0.019 0.019 0.001 0.001 0.001 0.937 121 G 0.012 0.001 0.001 0.015 0.026 0.049 0.317 0.001 0.001 0.009 0.572 122 E 0.405 0.003 0.001 0.007 0.008 0.010 0.168 0.001 0.001 0.040 0.357 123 T 0.286 0.028 0.003 0.025 0.015 0.018 0.196 0.001 0.001 0.012 0.416 124 A 0.197 0.016 0.005 0.036 0.044 0.054 0.215 0.001 0.001 0.011 0.420 125 P 0.006 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.959 126 E 0.022 0.003 0.001 0.017 0.053 0.141 0.111 0.001 0.001 0.003 0.647 127 G 0.276 0.006 0.002 0.019 0.064 0.117 0.074 0.001 0.001 0.009 0.433 128 P 0.004 0.001 0.001 0.004 0.008 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.963 129 Y 0.020 0.002 0.001 0.050 0.062 0.145 0.144 0.001 0.001 0.004 0.572 130 G 0.188 0.008 0.002 0.098 0.039 0.082 0.090 0.001 0.001 0.011 0.480 131 D 0.066 0.024 0.002 0.082 0.065 0.087 0.113 0.002 0.001 0.006 0.554 132 H 0.065 0.013 0.004 0.084 0.077 0.129 0.104 0.001 0.001 0.009 0.515 133 T 0.073 0.015 0.003 0.138 0.093 0.135 0.125 0.002 0.001 0.010 0.407 134 G 0.068 0.014 0.008 0.094 0.126 0.160 0.122 0.002 0.001 0.012 0.395 135 Y 0.042 0.015 0.007 0.102 0.147 0.220 0.112 0.001 0.001 0.007 0.347 136 Y 0.020 0.009 0.003 0.113 0.179 0.272 0.079 0.001 0.001 0.005 0.319 137 N 0.026 0.008 0.002 0.068 0.194 0.244 0.134 0.001 0.001 0.006 0.318 138 E 0.025 0.006 0.002 0.037 0.049 0.058 0.077 0.001 0.001 0.005 0.740 139 V 0.054 0.011 0.002 0.054 0.085 0.143 0.291 0.002 0.001 0.020 0.337 140 D 0.123 0.012 0.002 0.025 0.042 0.060 0.290 0.003 0.001 0.027 0.415 141 S 0.157 0.020 0.008 0.032 0.024 0.043 0.093 0.004 0.001 0.020 0.600 142 F 0.154 0.008 0.013 0.034 0.056 0.080 0.164 0.002 0.001 0.015 0.473 143 P 0.006 0.001 0.004 0.009 0.013 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.944 144 V 0.010 0.001 0.002 0.070 0.090 0.282 0.102 0.001 0.001 0.003 0.439 145 F 0.038 0.003 0.002 0.199 0.268 0.333 0.035 0.001 0.001 0.004 0.118 146 T 0.005 0.010 0.001 0.282 0.177 0.339 0.046 0.001 0.001 0.001 0.139 147 V 0.002 0.006 0.001 0.240 0.187 0.459 0.019 0.001 0.001 0.001 0.084 148 T 0.002 0.011 0.001 0.445 0.145 0.343 0.019 0.001 0.001 0.001 0.033 149 H 0.006 0.032 0.001 0.154 0.183 0.354 0.042 0.001 0.001 0.003 0.225 150 I 0.013 0.045 0.002 0.164 0.318 0.341 0.023 0.002 0.001 0.003 0.090 151 T 0.024 0.090 0.003 0.089 0.206 0.368 0.056 0.004 0.001 0.005 0.156 152 Q 0.038 0.095 0.007 0.061 0.219 0.299 0.070 0.009 0.001 0.006 0.195 153 R 0.069 0.086 0.012 0.040 0.140 0.243 0.102 0.010 0.001 0.010 0.287 154 E 0.065 0.047 0.020 0.033 0.068 0.114 0.129 0.010 0.001 0.013 0.501 155 D 0.109 0.031 0.014 0.024 0.050 0.055 0.278 0.006 0.001 0.016 0.418 156 A 0.061 0.018 0.013 0.016 0.013 0.017 0.059 0.002 0.001 0.008 0.792 157 I 0.079 0.025 0.007 0.033 0.066 0.101 0.254 0.003 0.001 0.020 0.411 158 Y 0.228 0.025 0.009 0.060 0.093 0.127 0.143 0.003 0.001 0.016 0.297 159 H 0.036 0.025 0.006 0.047 0.066 0.111 0.040 0.001 0.001 0.002 0.667 160 S 0.015 0.011 0.002 0.108 0.229 0.328 0.054 0.001 0.001 0.002 0.250 161 T 0.039 0.015 0.002 0.079 0.115 0.219 0.079 0.001 0.001 0.005 0.445 162 Y 0.033 0.017 0.003 0.157 0.218 0.237 0.058 0.001 0.001 0.003 0.271 163 T 0.012 0.007 0.002 0.063 0.071 0.143 0.079 0.001 0.001 0.003 0.619 164 G 0.038 0.008 0.003 0.067 0.088 0.167 0.077 0.001 0.001 0.006 0.546 165 R 0.059 0.008 0.007 0.051 0.036 0.098 0.069 0.001 0.001 0.005 0.665 166 P 0.014 0.002 0.002 0.014 0.009 0.025 0.027 0.001 0.001 0.001 0.905 167 P 0.009 0.001 0.001 0.006 0.003 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.967 168 D 0.029 0.003 0.001 0.012 0.009 0.026 0.068 0.001 0.001 0.002 0.850 169 E 0.084 0.008 0.001 0.008 0.007 0.008 0.049 0.001 0.001 0.001 0.834 170 P 0.030 0.028 0.001 0.007 0.004 0.007 0.049 0.001 0.001 0.001 0.874 171 A 0.075 0.085 0.001 0.015 0.022 0.049 0.339 0.001 0.001 0.011 0.403 172 V 0.142 0.388 0.003 0.019 0.025 0.055 0.137 0.002 0.001 0.005 0.223 173 L 0.040 0.727 0.002 0.019 0.037 0.040 0.011 0.003 0.001 0.001 0.120 174 G 0.058 0.640 0.003 0.012 0.021 0.040 0.014 0.008 0.001 0.002 0.201 175 V 0.147 0.467 0.024 0.015 0.030 0.043 0.019 0.013 0.001 0.002 0.241 176 A 0.068 0.458 0.015 0.043 0.045 0.062 0.036 0.020 0.001 0.002 0.252 177 L 0.063 0.330 0.015 0.052 0.051 0.097 0.044 0.015 0.001 0.004 0.330 178 N 0.063 0.325 0.008 0.037 0.046 0.071 0.059 0.010 0.001 0.003 0.376 179 E 0.153 0.226 0.009 0.021 0.023 0.042 0.080 0.015 0.001 0.009 0.422 180 V 0.228 0.224 0.032 0.031 0.042 0.058 0.073 0.012 0.001 0.008 0.292 181 F 0.076 0.200 0.021 0.051 0.074 0.103 0.072 0.008 0.001 0.005 0.390