# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.1135 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.060 0.006 0.005 0.003 0.030 0.023 0.874 2 W 0.213 0.022 0.039 0.012 0.119 0.105 0.491 3 G 0.450 0.010 0.031 0.007 0.149 0.083 0.271 4 L 0.816 0.017 0.011 0.004 0.020 0.015 0.117 5 T 0.924 0.011 0.003 0.004 0.005 0.005 0.047 6 V 0.942 0.004 0.002 0.003 0.009 0.003 0.039 7 T 0.867 0.007 0.002 0.002 0.019 0.007 0.098 8 R 0.641 0.038 0.001 0.002 0.096 0.012 0.209 9 G 0.171 0.019 0.002 0.001 0.124 0.008 0.675 10 P 0.014 0.004 0.028 0.006 0.127 0.651 0.170 11 H 0.008 0.007 0.034 0.008 0.148 0.712 0.083 12 K 0.010 0.004 0.055 0.017 0.331 0.499 0.082 13 E 0.037 0.008 0.022 0.026 0.270 0.425 0.212 14 R 0.244 0.051 0.010 0.022 0.163 0.038 0.471 15 Q 0.555 0.061 0.005 0.023 0.077 0.019 0.260 16 N 0.638 0.022 0.006 0.058 0.066 0.025 0.185 17 L 0.628 0.010 0.007 0.090 0.044 0.022 0.200 18 G 0.694 0.006 0.007 0.112 0.043 0.019 0.119 19 I 0.689 0.006 0.010 0.181 0.027 0.016 0.071 20 Y 0.605 0.007 0.008 0.248 0.024 0.023 0.085 21 R 0.492 0.005 0.016 0.312 0.035 0.035 0.105 22 Q 0.504 0.005 0.019 0.356 0.034 0.029 0.053 23 Q 0.514 0.006 0.022 0.354 0.026 0.028 0.050 24 L 0.485 0.012 0.023 0.307 0.033 0.075 0.065 25 I 0.182 0.014 0.022 0.315 0.063 0.319 0.086 26 G 0.073 0.004 0.013 0.016 0.159 0.430 0.306 27 K 0.014 0.001 0.013 0.003 0.258 0.592 0.119 28 N 0.106 0.001 0.009 0.002 0.359 0.427 0.096 29 K 0.876 0.007 0.001 0.001 0.012 0.003 0.100 30 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 31 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 32 M 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 33 R 0.951 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.041 34 W 0.933 0.005 0.001 0.002 0.007 0.002 0.051 35 L 0.735 0.007 0.004 0.007 0.047 0.011 0.188 36 S 0.361 0.008 0.025 0.027 0.140 0.157 0.282 37 H 0.118 0.010 0.058 0.068 0.227 0.287 0.232 38 R 0.052 0.012 0.050 0.115 0.242 0.349 0.179 39 G 0.021 0.005 0.031 0.124 0.234 0.408 0.178 40 G 0.067 0.020 0.022 0.332 0.162 0.109 0.289 41 A 0.095 0.018 0.015 0.670 0.042 0.037 0.123 42 L 0.087 0.006 0.011 0.766 0.038 0.026 0.067 43 D 0.057 0.006 0.008 0.833 0.017 0.018 0.061 44 Y 0.013 0.001 0.005 0.955 0.003 0.010 0.013 45 Q 0.013 0.001 0.006 0.959 0.004 0.009 0.010 46 E 0.018 0.001 0.016 0.940 0.004 0.011 0.010 47 W 0.014 0.001 0.030 0.919 0.004 0.023 0.009 48 C 0.021 0.004 0.026 0.874 0.010 0.051 0.013 49 A 0.019 0.005 0.022 0.755 0.016 0.156 0.028 50 A 0.009 0.003 0.014 0.622 0.062 0.167 0.122 51 H 0.007 0.003 0.005 0.061 0.264 0.035 0.624 52 P 0.001 0.001 0.019 0.030 0.145 0.723 0.081 53 G 0.004 0.001 0.017 0.004 0.087 0.830 0.056 54 E 0.082 0.012 0.011 0.007 0.171 0.032 0.685 55 R 0.146 0.043 0.004 0.003 0.033 0.010 0.761 56 F 0.292 0.012 0.002 0.001 0.115 0.003 0.575 57 P 0.352 0.006 0.001 0.001 0.148 0.015 0.477 58 V 0.947 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.041 59 S 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 60 V 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 61 A 0.982 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 62 L 0.885 0.003 0.010 0.004 0.009 0.016 0.073 63 G 0.327 0.005 0.012 0.002 0.178 0.114 0.363 64 A 0.037 0.012 0.007 0.001 0.540 0.055 0.348 65 D 0.037 0.026 0.002 0.002 0.316 0.011 0.606 66 P 0.002 0.002 0.163 0.717 0.006 0.081 0.029 67 A 0.002 0.001 0.156 0.796 0.005 0.034 0.007 68 T 0.003 0.001 0.068 0.916 0.002 0.007 0.003 69 I 0.005 0.001 0.015 0.970 0.001 0.008 0.001 70 L 0.009 0.001 0.010 0.947 0.001 0.030 0.002 71 G 0.017 0.001 0.021 0.885 0.004 0.068 0.005 72 A 0.039 0.002 0.032 0.727 0.012 0.151 0.037 73 V 0.075 0.007 0.055 0.447 0.098 0.194 0.123 74 T 0.061 0.007 0.003 0.014 0.652 0.011 0.252 75 P 0.074 0.020 0.003 0.004 0.182 0.036 0.680 76 V 0.063 0.062 0.001 0.001 0.118 0.006 0.750 77 P 0.023 0.007 0.002 0.001 0.067 0.019 0.881 78 D 0.012 0.002 0.025 0.005 0.296 0.453 0.206 79 T 0.022 0.010 0.039 0.019 0.251 0.461 0.198 80 L 0.029 0.009 0.005 0.020 0.148 0.008 0.781 81 S 0.070 0.029 0.005 0.058 0.051 0.016 0.772 82 E 0.044 0.004 0.030 0.848 0.015 0.024 0.034 83 Y 0.045 0.002 0.024 0.890 0.005 0.008 0.026 84 A 0.051 0.001 0.030 0.867 0.007 0.011 0.032 85 F 0.025 0.002 0.012 0.920 0.006 0.014 0.021 86 A 0.016 0.001 0.006 0.950 0.005 0.012 0.011 87 G 0.013 0.001 0.010 0.943 0.005 0.022 0.007 88 L 0.016 0.001 0.012 0.929 0.004 0.030 0.008 89 L 0.022 0.006 0.022 0.829 0.011 0.097 0.014 90 R 0.006 0.003 0.014 0.277 0.018 0.671 0.011 91 G 0.004 0.001 0.009 0.028 0.118 0.762 0.078 92 T 0.026 0.005 0.005 0.005 0.302 0.062 0.596 93 K 0.148 0.016 0.014 0.003 0.103 0.055 0.660 94 T 0.515 0.013 0.007 0.002 0.075 0.012 0.376 95 E 0.830 0.007 0.004 0.002 0.019 0.004 0.133 96 V 0.951 0.006 0.001 0.002 0.005 0.001 0.034 97 V 0.938 0.002 0.001 0.003 0.007 0.002 0.047 98 K 0.909 0.005 0.002 0.003 0.017 0.005 0.059 99 C 0.684 0.008 0.005 0.004 0.035 0.016 0.247 100 I 0.519 0.018 0.017 0.006 0.101 0.083 0.255 101 S 0.343 0.021 0.024 0.007 0.168 0.136 0.300 102 N 0.160 0.018 0.020 0.006 0.331 0.201 0.265 103 D 0.100 0.015 0.016 0.002 0.249 0.156 0.462 104 L 0.181 0.030 0.007 0.002 0.187 0.057 0.536 105 E 0.223 0.053 0.006 0.002 0.093 0.071 0.551 106 V 0.163 0.086 0.001 0.002 0.172 0.005 0.571 107 P 0.052 0.009 0.001 0.001 0.013 0.002 0.924 108 A 0.054 0.010 0.068 0.012 0.151 0.556 0.148 109 S 0.102 0.007 0.072 0.004 0.156 0.540 0.120 110 A 0.289 0.005 0.031 0.002 0.104 0.017 0.551 111 E 0.684 0.004 0.003 0.001 0.137 0.008 0.163 112 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 113 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 114 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 115 E 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 116 G 0.951 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.040 117 Y 0.966 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 118 I 0.878 0.026 0.001 0.001 0.003 0.001 0.091 119 E 0.318 0.003 0.001 0.001 0.009 0.005 0.665 120 Q 0.010 0.001 0.040 0.009 0.057 0.859 0.024 121 G 0.015 0.001 0.064 0.005 0.077 0.820 0.019 122 E 0.148 0.026 0.113 0.007 0.120 0.096 0.490 123 T 0.272 0.147 0.012 0.006 0.106 0.017 0.439 124 A 0.143 0.040 0.012 0.002 0.112 0.010 0.681 125 P 0.079 0.016 0.007 0.001 0.118 0.092 0.688 126 E 0.071 0.105 0.007 0.001 0.202 0.143 0.472 127 G 0.042 0.020 0.003 0.001 0.406 0.030 0.498 128 P 0.032 0.015 0.013 0.003 0.180 0.254 0.503 129 Y 0.094 0.097 0.029 0.008 0.254 0.269 0.249 130 G 0.167 0.053 0.045 0.010 0.264 0.140 0.320 131 D 0.206 0.028 0.036 0.014 0.193 0.113 0.411 132 H 0.407 0.049 0.045 0.018 0.124 0.105 0.252 133 T 0.562 0.032 0.039 0.019 0.082 0.106 0.159 134 G 0.634 0.015 0.025 0.017 0.086 0.108 0.114 135 Y 0.795 0.022 0.008 0.008 0.035 0.031 0.102 136 Y 0.751 0.055 0.005 0.004 0.046 0.021 0.118 137 N 0.428 0.022 0.011 0.004 0.140 0.054 0.341 138 E 0.183 0.013 0.068 0.013 0.204 0.320 0.200 139 V 0.077 0.012 0.155 0.011 0.136 0.420 0.188 140 D 0.100 0.008 0.078 0.006 0.216 0.281 0.310 141 S 0.134 0.021 0.039 0.004 0.250 0.170 0.382 142 F 0.192 0.014 0.002 0.001 0.388 0.009 0.395 143 P 0.248 0.005 0.001 0.001 0.096 0.015 0.634 144 V 0.883 0.005 0.001 0.001 0.016 0.004 0.092 145 F 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 146 T 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 147 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 148 T 0.945 0.001 0.001 0.002 0.015 0.002 0.036 149 H 0.937 0.001 0.002 0.004 0.009 0.006 0.042 150 I 0.913 0.003 0.002 0.005 0.008 0.005 0.064 151 T 0.909 0.006 0.003 0.010 0.012 0.007 0.053 152 Q 0.694 0.009 0.007 0.014 0.047 0.021 0.206 153 R 0.345 0.009 0.012 0.014 0.203 0.056 0.360 154 E 0.142 0.009 0.029 0.032 0.359 0.174 0.256 155 D 0.119 0.014 0.045 0.031 0.304 0.148 0.340 156 A 0.146 0.017 0.047 0.041 0.146 0.102 0.501 157 I 0.344 0.052 0.040 0.044 0.123 0.089 0.309 158 Y 0.470 0.028 0.039 0.042 0.110 0.044 0.268 159 H 0.403 0.011 0.051 0.071 0.088 0.086 0.289 160 S 0.440 0.032 0.067 0.063 0.085 0.096 0.218 161 T 0.462 0.033 0.041 0.054 0.084 0.084 0.242 162 Y 0.397 0.046 0.031 0.028 0.110 0.096 0.292 163 T 0.269 0.060 0.011 0.007 0.129 0.100 0.425 164 G 0.058 0.017 0.007 0.002 0.363 0.152 0.401 165 R 0.030 0.043 0.002 0.001 0.376 0.028 0.520 166 P 0.009 0.020 0.002 0.001 0.068 0.009 0.891 167 P 0.002 0.005 0.031 0.010 0.148 0.659 0.145 168 D 0.003 0.011 0.052 0.037 0.228 0.532 0.137 169 E 0.010 0.008 0.032 0.088 0.468 0.026 0.367 170 P 0.021 0.011 0.051 0.353 0.056 0.114 0.393 171 A 0.142 0.027 0.084 0.485 0.055 0.109 0.097 172 V 0.196 0.032 0.055 0.594 0.025 0.043 0.055 173 L 0.110 0.006 0.027 0.746 0.012 0.060 0.039 174 G 0.112 0.002 0.025 0.678 0.033 0.076 0.074 175 V 0.148 0.005 0.032 0.672 0.024 0.042 0.077 176 A 0.123 0.005 0.033 0.702 0.015 0.035 0.088 177 L 0.070 0.002 0.051 0.768 0.016 0.038 0.054 178 N 0.095 0.003 0.093 0.641 0.040 0.085 0.042 179 E 0.100 0.006 0.078 0.515 0.053 0.169 0.079 180 V 0.083 0.025 0.026 0.225 0.016 0.105 0.521 181 F 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.982