# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.1135 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.107 0.332 0.160 0.094 0.205 0.018 0.016 0.021 0.019 0.026 0.001 2 W 0.086 0.247 0.236 0.135 0.115 0.031 0.087 0.009 0.045 0.008 0.002 3 G 0.038 0.152 0.467 0.030 0.186 0.018 0.023 0.035 0.007 0.038 0.004 4 L 0.015 0.708 0.167 0.010 0.065 0.016 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 5 T 0.012 0.707 0.186 0.004 0.037 0.026 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 6 V 0.013 0.720 0.162 0.008 0.024 0.045 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 7 T 0.027 0.598 0.195 0.016 0.111 0.031 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 8 R 0.031 0.599 0.176 0.031 0.085 0.032 0.006 0.001 0.038 0.001 0.001 9 G 0.015 0.118 0.521 0.002 0.139 0.014 0.014 0.002 0.077 0.096 0.001 10 P 0.568 0.004 0.240 0.059 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 11 H 0.389 0.043 0.072 0.398 0.014 0.032 0.022 0.011 0.013 0.004 0.001 12 K 0.271 0.152 0.131 0.288 0.063 0.015 0.041 0.011 0.020 0.008 0.001 13 E 0.222 0.099 0.096 0.188 0.071 0.020 0.185 0.087 0.019 0.014 0.001 14 R 0.112 0.401 0.253 0.077 0.055 0.034 0.016 0.005 0.042 0.004 0.001 15 Q 0.122 0.368 0.325 0.059 0.051 0.029 0.013 0.003 0.021 0.007 0.001 16 N 0.090 0.108 0.212 0.106 0.057 0.231 0.098 0.012 0.072 0.010 0.003 17 L 0.332 0.311 0.154 0.126 0.033 0.017 0.010 0.002 0.014 0.001 0.001 18 G 0.357 0.159 0.166 0.030 0.189 0.013 0.011 0.033 0.006 0.035 0.001 19 I 0.342 0.434 0.087 0.038 0.053 0.022 0.002 0.002 0.019 0.001 0.001 20 Y 0.309 0.433 0.139 0.028 0.039 0.028 0.003 0.001 0.018 0.002 0.001 21 R 0.373 0.406 0.108 0.020 0.038 0.028 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 22 Q 0.536 0.267 0.084 0.033 0.049 0.012 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 23 Q 0.443 0.334 0.090 0.045 0.033 0.023 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 24 L 0.417 0.239 0.190 0.061 0.007 0.056 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 25 I 0.220 0.238 0.167 0.267 0.022 0.026 0.018 0.001 0.040 0.002 0.001 26 G 0.058 0.024 0.125 0.016 0.187 0.006 0.043 0.134 0.007 0.401 0.001 27 K 0.614 0.027 0.091 0.179 0.018 0.013 0.026 0.007 0.004 0.019 0.002 28 N 0.184 0.039 0.050 0.531 0.015 0.027 0.123 0.017 0.012 0.001 0.001 29 K 0.043 0.653 0.171 0.040 0.049 0.018 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 30 L 0.009 0.703 0.236 0.004 0.019 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 31 I 0.005 0.859 0.044 0.005 0.069 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 32 M 0.004 0.813 0.092 0.001 0.071 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 33 R 0.011 0.669 0.152 0.002 0.030 0.067 0.002 0.001 0.067 0.001 0.001 34 W 0.042 0.496 0.318 0.013 0.017 0.081 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 35 L 0.057 0.521 0.212 0.016 0.046 0.046 0.011 0.001 0.090 0.001 0.001 36 S 0.203 0.116 0.531 0.030 0.035 0.034 0.015 0.006 0.008 0.020 0.002 37 H 0.237 0.175 0.177 0.156 0.069 0.050 0.077 0.013 0.036 0.010 0.001 38 R 0.187 0.139 0.177 0.341 0.041 0.019 0.054 0.010 0.019 0.012 0.001 39 G 0.105 0.012 0.083 0.053 0.065 0.005 0.168 0.333 0.004 0.171 0.001 40 G 0.366 0.032 0.168 0.081 0.065 0.009 0.022 0.096 0.004 0.156 0.001 41 A 0.821 0.040 0.068 0.039 0.009 0.008 0.004 0.003 0.004 0.003 0.001 42 L 0.870 0.046 0.030 0.033 0.005 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 43 D 0.809 0.032 0.066 0.020 0.006 0.045 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 44 Y 0.986 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 W 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 C 0.975 0.004 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 A 0.950 0.005 0.008 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.773 0.009 0.021 0.187 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 51 H 0.061 0.092 0.187 0.011 0.008 0.018 0.026 0.001 0.598 0.001 0.001 52 P 0.423 0.001 0.480 0.073 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 53 G 0.057 0.007 0.025 0.122 0.013 0.013 0.101 0.648 0.005 0.010 0.001 54 E 0.055 0.329 0.537 0.020 0.019 0.016 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 55 R 0.026 0.113 0.769 0.024 0.002 0.047 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 56 F 0.004 0.495 0.414 0.001 0.027 0.011 0.003 0.001 0.046 0.001 0.001 57 P 0.019 0.014 0.883 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 58 V 0.008 0.797 0.125 0.003 0.035 0.015 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 59 S 0.012 0.744 0.146 0.002 0.053 0.023 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 60 V 0.011 0.831 0.089 0.002 0.031 0.021 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 61 A 0.030 0.714 0.084 0.009 0.070 0.044 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 62 L 0.062 0.509 0.116 0.188 0.031 0.039 0.008 0.001 0.045 0.001 0.001 63 G 0.029 0.042 0.091 0.022 0.299 0.019 0.197 0.117 0.011 0.173 0.001 64 A 0.258 0.174 0.169 0.237 0.090 0.027 0.009 0.008 0.008 0.016 0.002 65 D 0.058 0.191 0.359 0.009 0.089 0.105 0.011 0.001 0.163 0.010 0.004 66 P 0.950 0.001 0.016 0.017 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 67 A 0.963 0.002 0.007 0.021 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 68 T 0.912 0.021 0.010 0.041 0.006 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 69 I 0.928 0.027 0.014 0.020 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 70 L 0.873 0.051 0.023 0.034 0.005 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 71 G 0.711 0.093 0.057 0.083 0.029 0.010 0.004 0.005 0.005 0.003 0.001 72 A 0.584 0.095 0.103 0.157 0.028 0.016 0.007 0.003 0.005 0.002 0.001 73 V 0.210 0.093 0.098 0.537 0.013 0.017 0.014 0.003 0.013 0.001 0.001 74 T 0.023 0.371 0.368 0.002 0.045 0.017 0.031 0.001 0.141 0.002 0.001 75 P 0.050 0.006 0.846 0.007 0.001 0.071 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 76 V 0.028 0.206 0.651 0.002 0.016 0.024 0.005 0.001 0.066 0.001 0.001 77 P 0.081 0.005 0.858 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 78 D 0.711 0.010 0.150 0.102 0.004 0.008 0.006 0.004 0.002 0.002 0.001 79 T 0.298 0.036 0.047 0.403 0.046 0.014 0.064 0.069 0.012 0.009 0.001 80 L 0.254 0.199 0.438 0.033 0.017 0.032 0.010 0.002 0.013 0.001 0.001 81 S 0.755 0.045 0.124 0.040 0.009 0.015 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 82 E 0.949 0.019 0.007 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 83 Y 0.940 0.021 0.016 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.970 0.010 0.005 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 F 0.969 0.009 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 A 0.964 0.010 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 87 G 0.951 0.011 0.008 0.016 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 88 L 0.931 0.016 0.013 0.027 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.765 0.041 0.035 0.144 0.003 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 90 R 0.260 0.039 0.156 0.485 0.008 0.009 0.028 0.002 0.010 0.004 0.001 91 G 0.020 0.002 0.009 0.024 0.007 0.003 0.276 0.638 0.004 0.018 0.001 92 T 0.039 0.326 0.521 0.019 0.035 0.029 0.007 0.001 0.021 0.002 0.001 93 K 0.070 0.140 0.540 0.071 0.008 0.128 0.015 0.002 0.020 0.001 0.003 94 T 0.018 0.596 0.254 0.013 0.073 0.012 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 95 E 0.019 0.239 0.627 0.004 0.007 0.083 0.002 0.001 0.018 0.001 0.002 96 V 0.011 0.529 0.377 0.004 0.007 0.049 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 97 V 0.019 0.742 0.093 0.009 0.059 0.028 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 98 K 0.017 0.338 0.533 0.008 0.014 0.066 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 99 C 0.044 0.399 0.254 0.011 0.177 0.046 0.011 0.004 0.047 0.006 0.001 100 I 0.155 0.317 0.347 0.069 0.018 0.068 0.005 0.001 0.018 0.002 0.001 101 S 0.170 0.255 0.185 0.133 0.127 0.039 0.023 0.013 0.044 0.013 0.001 102 N 0.152 0.243 0.147 0.219 0.111 0.046 0.034 0.008 0.030 0.008 0.001 103 D 0.086 0.056 0.109 0.318 0.018 0.076 0.260 0.012 0.061 0.002 0.002 104 L 0.053 0.434 0.338 0.025 0.070 0.027 0.018 0.003 0.029 0.002 0.001 105 E 0.064 0.104 0.659 0.028 0.002 0.105 0.011 0.001 0.020 0.001 0.004 106 V 0.023 0.504 0.287 0.002 0.023 0.034 0.005 0.001 0.120 0.001 0.001 107 P 0.028 0.013 0.885 0.002 0.001 0.056 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 108 A 0.453 0.053 0.388 0.041 0.015 0.020 0.008 0.007 0.007 0.005 0.002 109 S 0.353 0.120 0.241 0.120 0.059 0.036 0.022 0.026 0.011 0.010 0.002 110 A 0.188 0.299 0.275 0.067 0.086 0.024 0.025 0.011 0.021 0.003 0.001 111 E 0.226 0.470 0.211 0.020 0.032 0.020 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 112 I 0.125 0.495 0.290 0.009 0.023 0.038 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 113 V 0.081 0.734 0.082 0.018 0.022 0.023 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 114 L 0.057 0.517 0.298 0.010 0.035 0.057 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 115 E 0.086 0.571 0.121 0.091 0.069 0.022 0.004 0.001 0.035 0.001 0.001 116 G 0.012 0.363 0.077 0.009 0.495 0.005 0.008 0.008 0.009 0.014 0.001 117 Y 0.014 0.692 0.198 0.009 0.038 0.027 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 118 I 0.010 0.653 0.235 0.003 0.029 0.041 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 119 E 0.015 0.221 0.616 0.005 0.010 0.074 0.003 0.001 0.053 0.001 0.001 120 Q 0.422 0.027 0.413 0.083 0.008 0.016 0.014 0.002 0.006 0.003 0.005 121 G 0.111 0.004 0.022 0.082 0.019 0.003 0.093 0.613 0.003 0.051 0.001 122 E 0.100 0.162 0.557 0.103 0.020 0.032 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 123 T 0.090 0.333 0.390 0.085 0.023 0.037 0.016 0.003 0.020 0.001 0.001 124 A 0.018 0.266 0.538 0.001 0.062 0.014 0.007 0.001 0.088 0.004 0.001 125 P 0.136 0.002 0.704 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 126 E 0.167 0.186 0.311 0.212 0.065 0.026 0.004 0.008 0.019 0.002 0.001 127 G 0.020 0.031 0.309 0.002 0.168 0.003 0.007 0.010 0.014 0.435 0.001 128 P 0.400 0.007 0.320 0.151 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 129 Y 0.120 0.131 0.141 0.326 0.067 0.030 0.096 0.056 0.024 0.008 0.001 130 G 0.120 0.088 0.191 0.047 0.180 0.010 0.032 0.158 0.012 0.162 0.001 131 D 0.288 0.171 0.263 0.129 0.068 0.038 0.011 0.010 0.013 0.009 0.001 132 H 0.095 0.325 0.207 0.092 0.090 0.058 0.035 0.005 0.088 0.005 0.001 133 T 0.252 0.207 0.258 0.203 0.041 0.022 0.004 0.002 0.008 0.001 0.002 134 G 0.096 0.102 0.091 0.055 0.314 0.010 0.036 0.170 0.010 0.116 0.001 135 Y 0.103 0.441 0.226 0.102 0.066 0.032 0.005 0.002 0.020 0.002 0.001 136 Y 0.090 0.508 0.149 0.076 0.062 0.047 0.016 0.003 0.047 0.003 0.001 137 N 0.080 0.293 0.217 0.064 0.204 0.043 0.026 0.006 0.048 0.017 0.001 138 E 0.338 0.086 0.295 0.114 0.028 0.065 0.031 0.011 0.020 0.003 0.008 139 V 0.432 0.177 0.118 0.206 0.018 0.021 0.005 0.004 0.016 0.002 0.001 140 D 0.200 0.225 0.206 0.123 0.088 0.036 0.068 0.007 0.038 0.008 0.001 141 S 0.245 0.139 0.210 0.295 0.026 0.036 0.019 0.006 0.017 0.003 0.004 142 F 0.012 0.410 0.257 0.001 0.036 0.014 0.024 0.001 0.246 0.001 0.001 143 P 0.045 0.007 0.776 0.005 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 144 V 0.019 0.694 0.184 0.011 0.021 0.045 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 145 F 0.004 0.750 0.137 0.003 0.059 0.016 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 146 T 0.001 0.710 0.230 0.001 0.012 0.031 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 147 V 0.001 0.350 0.494 0.001 0.011 0.137 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 148 T 0.673 0.003 0.001 0.323 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 H 0.001 0.436 0.004 0.001 0.553 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 150 I 0.004 0.873 0.042 0.001 0.027 0.009 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 151 T 0.019 0.741 0.050 0.012 0.128 0.018 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 152 Q 0.030 0.599 0.118 0.053 0.124 0.033 0.011 0.002 0.027 0.003 0.001 153 R 0.052 0.318 0.342 0.037 0.054 0.065 0.025 0.002 0.098 0.006 0.001 154 E 0.396 0.117 0.230 0.107 0.031 0.044 0.044 0.004 0.008 0.014 0.006 155 D 0.087 0.188 0.132 0.184 0.080 0.075 0.133 0.006 0.110 0.002 0.003 156 A 0.218 0.184 0.357 0.062 0.099 0.028 0.015 0.013 0.011 0.009 0.004 157 I 0.251 0.412 0.186 0.075 0.025 0.027 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 158 Y 0.128 0.419 0.224 0.030 0.070 0.058 0.013 0.003 0.052 0.004 0.001 159 H 0.267 0.236 0.295 0.072 0.018 0.072 0.009 0.002 0.026 0.001 0.002 160 S 0.177 0.346 0.141 0.067 0.185 0.030 0.018 0.007 0.023 0.007 0.001 161 T 0.228 0.422 0.160 0.088 0.055 0.020 0.005 0.002 0.016 0.002 0.001 162 Y 0.145 0.432 0.190 0.047 0.082 0.042 0.014 0.002 0.041 0.003 0.001 163 T 0.114 0.314 0.263 0.204 0.025 0.035 0.018 0.002 0.022 0.002 0.001 164 G 0.046 0.066 0.224 0.039 0.190 0.010 0.071 0.145 0.009 0.199 0.001 165 R 0.012 0.355 0.517 0.001 0.032 0.012 0.003 0.001 0.064 0.002 0.002 166 P 0.011 0.001 0.921 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 167 P 0.382 0.002 0.478 0.019 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 168 D 0.265 0.087 0.161 0.291 0.043 0.044 0.052 0.032 0.021 0.003 0.001 169 E 0.336 0.170 0.323 0.007 0.050 0.015 0.012 0.002 0.078 0.007 0.001 170 P 0.810 0.002 0.140 0.018 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 171 A 0.792 0.046 0.036 0.066 0.018 0.016 0.008 0.010 0.009 0.002 0.001 172 V 0.829 0.060 0.043 0.038 0.008 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 173 L 0.887 0.019 0.027 0.045 0.003 0.008 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 174 G 0.912 0.014 0.017 0.024 0.010 0.004 0.006 0.008 0.002 0.004 0.001 175 V 0.890 0.031 0.016 0.045 0.008 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 176 A 0.906 0.018 0.031 0.027 0.003 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 177 L 0.880 0.013 0.022 0.074 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 178 N 0.816 0.022 0.026 0.095 0.008 0.007 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 179 E 0.688 0.083 0.078 0.092 0.013 0.016 0.013 0.002 0.014 0.001 0.001 180 V 0.628 0.077 0.124 0.120 0.004 0.029 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 181 F 0.475 0.139 0.128 0.126 0.041 0.033 0.020 0.007 0.024 0.007 0.001