# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.1135 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.111 0.224 0.153 0.043 0.187 0.029 0.058 0.065 0.038 0.054 0.039 2 W 0.064 0.197 0.117 0.071 0.108 0.042 0.059 0.079 0.082 0.132 0.049 3 G 0.094 0.189 0.146 0.126 0.192 0.048 0.019 0.032 0.029 0.078 0.047 4 L 0.221 0.142 0.019 0.002 0.575 0.002 0.003 0.007 0.004 0.005 0.018 5 T 0.220 0.116 0.013 0.002 0.620 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.017 6 V 0.335 0.081 0.014 0.003 0.470 0.003 0.006 0.012 0.004 0.014 0.057 7 T 0.203 0.180 0.087 0.025 0.336 0.015 0.016 0.031 0.012 0.043 0.052 8 R 0.045 0.158 0.167 0.144 0.095 0.096 0.088 0.052 0.034 0.083 0.038 9 G 0.110 0.216 0.263 0.060 0.234 0.012 0.010 0.014 0.010 0.025 0.046 10 P 0.049 0.142 0.081 0.038 0.090 0.040 0.052 0.221 0.182 0.077 0.030 11 H 0.079 0.069 0.041 0.037 0.106 0.061 0.093 0.124 0.103 0.215 0.073 12 K 0.081 0.163 0.062 0.056 0.190 0.043 0.062 0.134 0.074 0.093 0.041 13 E 0.097 0.048 0.023 0.028 0.086 0.025 0.039 0.162 0.131 0.244 0.117 14 R 0.166 0.152 0.049 0.018 0.299 0.017 0.024 0.090 0.047 0.076 0.061 15 Q 0.111 0.208 0.068 0.027 0.253 0.045 0.071 0.128 0.033 0.027 0.029 16 N 0.300 0.100 0.039 0.014 0.258 0.010 0.020 0.065 0.016 0.061 0.116 17 L 0.161 0.093 0.021 0.030 0.171 0.038 0.051 0.165 0.088 0.107 0.075 18 G 0.094 0.151 0.072 0.088 0.222 0.046 0.028 0.177 0.042 0.055 0.025 19 I 0.231 0.080 0.013 0.008 0.342 0.015 0.026 0.204 0.027 0.021 0.032 20 Y 0.233 0.100 0.018 0.012 0.327 0.012 0.020 0.168 0.024 0.036 0.052 21 R 0.343 0.035 0.006 0.004 0.256 0.008 0.018 0.104 0.049 0.084 0.093 22 Q 0.220 0.158 0.025 0.009 0.382 0.022 0.028 0.070 0.034 0.022 0.032 23 Q 0.299 0.134 0.022 0.003 0.383 0.006 0.019 0.053 0.020 0.017 0.044 24 L 0.355 0.085 0.027 0.022 0.228 0.047 0.058 0.077 0.023 0.027 0.052 25 I 0.056 0.068 0.027 0.331 0.060 0.185 0.071 0.084 0.047 0.045 0.025 26 G 0.009 0.038 0.176 0.616 0.014 0.070 0.009 0.019 0.018 0.022 0.007 27 K 0.008 0.033 0.020 0.114 0.018 0.102 0.165 0.364 0.133 0.036 0.007 28 N 0.037 0.042 0.016 0.024 0.054 0.020 0.034 0.089 0.110 0.498 0.075 29 K 0.192 0.165 0.036 0.013 0.361 0.010 0.026 0.049 0.035 0.069 0.044 30 L 0.263 0.149 0.023 0.003 0.503 0.002 0.003 0.007 0.004 0.010 0.032 31 I 0.284 0.097 0.015 0.006 0.528 0.005 0.006 0.008 0.003 0.008 0.038 32 M 0.354 0.090 0.018 0.005 0.450 0.004 0.003 0.006 0.002 0.009 0.060 33 R 0.152 0.235 0.035 0.002 0.531 0.001 0.005 0.010 0.002 0.006 0.022 34 W 0.295 0.159 0.036 0.004 0.367 0.004 0.007 0.014 0.007 0.028 0.080 35 L 0.061 0.400 0.180 0.020 0.253 0.007 0.010 0.029 0.015 0.010 0.015 36 S 0.073 0.232 0.183 0.036 0.123 0.035 0.057 0.125 0.065 0.035 0.035 37 H 0.075 0.087 0.071 0.052 0.089 0.061 0.103 0.213 0.100 0.100 0.048 38 R 0.030 0.194 0.132 0.145 0.081 0.112 0.106 0.077 0.034 0.063 0.026 39 G 0.029 0.058 0.107 0.233 0.027 0.067 0.035 0.063 0.043 0.241 0.098 40 G 0.037 0.115 0.086 0.057 0.060 0.029 0.025 0.216 0.101 0.229 0.044 41 A 0.054 0.082 0.027 0.008 0.120 0.010 0.014 0.479 0.117 0.062 0.026 42 L 0.032 0.076 0.021 0.007 0.073 0.016 0.032 0.619 0.077 0.028 0.018 43 D 0.075 0.077 0.043 0.004 0.092 0.002 0.009 0.570 0.042 0.058 0.028 44 Y 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.846 0.108 0.022 0.002 45 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.900 0.083 0.004 0.001 46 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.932 0.048 0.005 0.001 47 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.862 0.101 0.016 0.001 48 C 0.007 0.009 0.002 0.001 0.010 0.002 0.011 0.692 0.212 0.048 0.005 49 A 0.013 0.030 0.011 0.004 0.023 0.011 0.088 0.600 0.147 0.066 0.005 50 A 0.027 0.108 0.081 0.029 0.065 0.043 0.219 0.229 0.077 0.101 0.022 51 H 0.166 0.127 0.174 0.047 0.146 0.027 0.033 0.048 0.034 0.089 0.109 52 P 0.007 0.040 0.018 0.083 0.014 0.116 0.285 0.307 0.111 0.015 0.004 53 G 0.003 0.005 0.008 0.011 0.003 0.005 0.004 0.015 0.067 0.840 0.039 54 E 0.011 0.442 0.217 0.023 0.126 0.009 0.020 0.078 0.050 0.019 0.003 55 R 0.317 0.099 0.031 0.001 0.356 0.001 0.007 0.019 0.026 0.055 0.089 56 F 0.026 0.498 0.253 0.005 0.206 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 57 P 0.312 0.137 0.011 0.002 0.487 0.001 0.005 0.005 0.001 0.005 0.034 58 V 0.310 0.065 0.007 0.007 0.575 0.008 0.006 0.003 0.001 0.002 0.016 59 S 0.145 0.069 0.002 0.001 0.771 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 60 V 0.346 0.040 0.003 0.001 0.554 0.002 0.002 0.007 0.001 0.003 0.041 61 A 0.351 0.060 0.012 0.003 0.420 0.002 0.006 0.017 0.003 0.033 0.093 62 L 0.103 0.150 0.048 0.056 0.193 0.045 0.048 0.048 0.031 0.159 0.122 63 G 0.092 0.109 0.178 0.128 0.086 0.032 0.014 0.023 0.023 0.215 0.101 64 A 0.016 0.331 0.397 0.056 0.078 0.025 0.021 0.024 0.015 0.029 0.009 65 D 0.184 0.200 0.074 0.002 0.496 0.001 0.004 0.007 0.002 0.005 0.026 66 P 0.003 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.508 0.455 0.012 0.002 67 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.008 0.003 0.024 0.794 0.140 0.019 0.002 68 T 0.017 0.011 0.001 0.001 0.039 0.004 0.021 0.800 0.082 0.021 0.003 69 I 0.064 0.028 0.003 0.003 0.152 0.005 0.021 0.662 0.039 0.015 0.008 70 L 0.067 0.018 0.002 0.004 0.116 0.010 0.027 0.650 0.054 0.034 0.018 71 G 0.072 0.085 0.010 0.004 0.143 0.009 0.028 0.458 0.068 0.095 0.029 72 A 0.118 0.059 0.012 0.004 0.164 0.009 0.059 0.327 0.081 0.113 0.055 73 V 0.100 0.070 0.023 0.015 0.129 0.026 0.080 0.160 0.132 0.217 0.049 74 T 0.030 0.440 0.254 0.015 0.155 0.005 0.015 0.046 0.021 0.011 0.007 75 P 0.098 0.273 0.168 0.016 0.208 0.013 0.052 0.063 0.035 0.046 0.027 76 V 0.036 0.384 0.314 0.034 0.124 0.009 0.024 0.032 0.018 0.011 0.015 77 P 0.025 0.386 0.215 0.047 0.113 0.024 0.025 0.072 0.063 0.019 0.011 78 D 0.008 0.029 0.018 0.017 0.017 0.079 0.245 0.258 0.254 0.065 0.010 79 T 0.063 0.080 0.043 0.008 0.070 0.005 0.020 0.072 0.082 0.462 0.095 80 L 0.058 0.405 0.100 0.009 0.219 0.006 0.010 0.080 0.042 0.043 0.025 81 S 0.020 0.286 0.138 0.010 0.076 0.006 0.011 0.336 0.073 0.036 0.009 82 E 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.804 0.176 0.006 0.002 83 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.883 0.092 0.012 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.940 0.047 0.005 0.001 85 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.049 0.008 0.001 86 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.891 0.083 0.009 0.001 87 G 0.003 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.008 0.915 0.047 0.006 0.001 88 L 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.026 0.895 0.061 0.004 0.002 89 L 0.002 0.003 0.006 0.010 0.001 0.027 0.096 0.719 0.111 0.021 0.002 90 R 0.001 0.722 0.123 0.046 0.028 0.014 0.033 0.027 0.004 0.001 0.001 91 G 0.010 0.005 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.013 0.778 0.176 92 T 0.011 0.492 0.285 0.017 0.108 0.010 0.019 0.025 0.016 0.013 0.004 93 K 0.375 0.084 0.018 0.003 0.288 0.003 0.007 0.013 0.025 0.046 0.140 94 T 0.074 0.428 0.156 0.012 0.289 0.006 0.005 0.004 0.006 0.005 0.015 95 E 0.144 0.303 0.033 0.001 0.485 0.001 0.003 0.006 0.004 0.008 0.014 96 V 0.460 0.079 0.019 0.007 0.319 0.007 0.008 0.012 0.007 0.012 0.069 97 V 0.078 0.295 0.089 0.041 0.345 0.043 0.037 0.032 0.013 0.011 0.015 98 K 0.269 0.112 0.042 0.011 0.337 0.007 0.013 0.018 0.011 0.066 0.115 99 C 0.126 0.297 0.096 0.025 0.367 0.007 0.006 0.019 0.010 0.018 0.028 100 I 0.150 0.143 0.080 0.023 0.183 0.026 0.053 0.123 0.090 0.054 0.075 101 S 0.101 0.133 0.063 0.044 0.159 0.052 0.107 0.131 0.080 0.084 0.046 102 N 0.035 0.303 0.114 0.064 0.195 0.023 0.030 0.066 0.063 0.083 0.024 103 D 0.179 0.036 0.021 0.012 0.098 0.013 0.020 0.038 0.062 0.294 0.228 104 L 0.035 0.435 0.161 0.008 0.282 0.003 0.005 0.026 0.021 0.015 0.009 105 E 0.260 0.130 0.052 0.005 0.317 0.009 0.038 0.042 0.030 0.055 0.063 106 V 0.023 0.481 0.383 0.006 0.086 0.001 0.005 0.008 0.002 0.001 0.004 107 P 0.030 0.503 0.253 0.027 0.113 0.012 0.010 0.024 0.011 0.007 0.010 108 A 0.037 0.060 0.025 0.012 0.071 0.080 0.131 0.238 0.272 0.052 0.022 109 S 0.170 0.052 0.018 0.005 0.189 0.006 0.018 0.066 0.072 0.239 0.164 110 A 0.247 0.144 0.021 0.003 0.421 0.001 0.003 0.023 0.027 0.068 0.040 111 E 0.185 0.110 0.009 0.005 0.589 0.008 0.029 0.040 0.011 0.005 0.010 112 I 0.346 0.044 0.003 0.001 0.586 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.012 113 V 0.339 0.037 0.002 0.003 0.580 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.022 114 L 0.445 0.035 0.006 0.005 0.411 0.006 0.005 0.006 0.001 0.011 0.070 115 E 0.190 0.041 0.012 0.055 0.112 0.056 0.056 0.031 0.030 0.240 0.177 116 G 0.033 0.322 0.189 0.143 0.215 0.042 0.008 0.009 0.009 0.018 0.012 117 Y 0.349 0.086 0.012 0.001 0.407 0.001 0.003 0.016 0.017 0.036 0.072 118 I 0.082 0.436 0.168 0.015 0.255 0.005 0.005 0.008 0.004 0.006 0.017 119 E 0.016 0.287 0.524 0.061 0.082 0.008 0.003 0.004 0.003 0.007 0.005 120 Q 0.005 0.011 0.008 0.052 0.007 0.134 0.367 0.286 0.120 0.007 0.003 121 G 0.009 0.010 0.010 0.013 0.009 0.009 0.011 0.031 0.144 0.673 0.082 122 E 0.095 0.265 0.041 0.004 0.374 0.004 0.028 0.047 0.056 0.069 0.018 123 T 0.219 0.187 0.064 0.004 0.320 0.003 0.009 0.029 0.034 0.048 0.082 124 A 0.034 0.433 0.274 0.023 0.176 0.010 0.015 0.015 0.010 0.005 0.006 125 P 0.146 0.216 0.095 0.023 0.224 0.029 0.059 0.067 0.039 0.054 0.048 126 E 0.067 0.145 0.143 0.080 0.090 0.029 0.073 0.063 0.064 0.177 0.069 127 G 0.010 0.156 0.430 0.270 0.033 0.043 0.017 0.017 0.009 0.010 0.005 128 P 0.111 0.216 0.107 0.039 0.187 0.036 0.066 0.099 0.056 0.048 0.036 129 Y 0.039 0.105 0.078 0.066 0.063 0.042 0.058 0.125 0.167 0.208 0.049 130 G 0.028 0.116 0.225 0.216 0.063 0.065 0.023 0.064 0.068 0.103 0.029 131 D 0.153 0.100 0.051 0.020 0.168 0.027 0.066 0.128 0.106 0.116 0.066 132 H 0.154 0.097 0.049 0.020 0.163 0.019 0.029 0.079 0.088 0.194 0.106 133 T 0.065 0.158 0.099 0.072 0.123 0.046 0.075 0.071 0.095 0.152 0.045 134 G 0.075 0.108 0.144 0.145 0.100 0.056 0.027 0.044 0.051 0.164 0.086 135 Y 0.197 0.159 0.047 0.011 0.299 0.013 0.035 0.077 0.048 0.057 0.058 136 Y 0.137 0.107 0.049 0.038 0.168 0.043 0.052 0.079 0.078 0.149 0.100 137 N 0.067 0.274 0.203 0.063 0.210 0.024 0.021 0.041 0.035 0.038 0.024 138 E 0.107 0.106 0.064 0.015 0.135 0.011 0.030 0.195 0.155 0.135 0.047 139 V 0.053 0.108 0.059 0.040 0.077 0.057 0.105 0.161 0.170 0.129 0.040 140 D 0.077 0.189 0.118 0.078 0.179 0.051 0.082 0.107 0.050 0.038 0.032 141 S 0.071 0.058 0.050 0.025 0.075 0.029 0.065 0.112 0.172 0.282 0.061 142 F 0.057 0.400 0.247 0.021 0.178 0.006 0.011 0.025 0.019 0.019 0.016 143 P 0.109 0.324 0.065 0.007 0.397 0.007 0.009 0.023 0.016 0.018 0.024 144 V 0.337 0.071 0.010 0.005 0.377 0.011 0.028 0.034 0.027 0.027 0.073 145 F 0.119 0.202 0.025 0.001 0.636 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 146 T 0.208 0.152 0.007 0.001 0.612 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 147 V 0.655 0.010 0.002 0.002 0.228 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.099 148 T 0.004 0.002 0.001 0.089 0.008 0.439 0.402 0.038 0.010 0.004 0.003 149 H 0.205 0.155 0.029 0.002 0.565 0.001 0.002 0.003 0.003 0.012 0.023 150 I 0.404 0.041 0.002 0.002 0.452 0.004 0.002 0.006 0.004 0.010 0.073 151 T 0.196 0.109 0.041 0.015 0.464 0.008 0.010 0.017 0.016 0.033 0.090 152 Q 0.244 0.177 0.044 0.008 0.272 0.006 0.012 0.018 0.021 0.073 0.126 153 R 0.068 0.286 0.126 0.067 0.170 0.035 0.035 0.090 0.059 0.044 0.019 154 E 0.026 0.062 0.052 0.078 0.044 0.160 0.210 0.151 0.098 0.092 0.027 155 D 0.299 0.073 0.041 0.008 0.327 0.004 0.011 0.025 0.021 0.055 0.137 156 A 0.059 0.141 0.033 0.006 0.168 0.005 0.013 0.268 0.210 0.076 0.023 157 I 0.106 0.078 0.018 0.008 0.163 0.024 0.108 0.262 0.111 0.088 0.034 158 Y 0.118 0.233 0.065 0.017 0.318 0.010 0.019 0.112 0.044 0.037 0.028 159 H 0.102 0.111 0.031 0.021 0.204 0.035 0.076 0.216 0.092 0.055 0.056 160 S 0.138 0.134 0.044 0.018 0.235 0.022 0.052 0.109 0.067 0.113 0.068 161 T 0.148 0.116 0.037 0.020 0.217 0.030 0.089 0.115 0.066 0.094 0.068 162 Y 0.115 0.143 0.101 0.052 0.173 0.038 0.049 0.081 0.054 0.125 0.069 163 T 0.060 0.174 0.075 0.056 0.142 0.050 0.116 0.106 0.078 0.107 0.035 164 G 0.047 0.073 0.156 0.182 0.056 0.058 0.036 0.047 0.053 0.229 0.063 165 R 0.016 0.350 0.451 0.033 0.079 0.007 0.021 0.024 0.009 0.006 0.005 166 P 0.031 0.463 0.268 0.022 0.125 0.012 0.019 0.034 0.011 0.006 0.009 167 P 0.046 0.174 0.065 0.017 0.115 0.026 0.063 0.213 0.186 0.069 0.026 168 D 0.047 0.115 0.118 0.021 0.079 0.018 0.037 0.184 0.143 0.197 0.041 169 E 0.035 0.214 0.145 0.018 0.096 0.008 0.018 0.307 0.107 0.034 0.017 170 P 0.047 0.080 0.026 0.009 0.089 0.016 0.034 0.461 0.158 0.057 0.023 171 A 0.059 0.066 0.017 0.006 0.104 0.010 0.027 0.544 0.111 0.037 0.020 172 V 0.050 0.042 0.014 0.005 0.070 0.005 0.016 0.642 0.086 0.051 0.020 173 L 0.029 0.026 0.007 0.008 0.035 0.013 0.029 0.695 0.107 0.035 0.016 174 G 0.023 0.023 0.010 0.014 0.032 0.013 0.025 0.637 0.135 0.071 0.017 175 V 0.029 0.051 0.022 0.007 0.049 0.013 0.056 0.660 0.086 0.019 0.009 176 A 0.031 0.043 0.029 0.012 0.036 0.010 0.034 0.649 0.093 0.046 0.017 177 L 0.037 0.034 0.009 0.013 0.039 0.030 0.068 0.534 0.179 0.040 0.016 178 N 0.024 0.060 0.020 0.024 0.039 0.039 0.068 0.405 0.198 0.100 0.023 179 E 0.071 0.062 0.027 0.007 0.098 0.009 0.053 0.358 0.153 0.128 0.034 180 V 0.098 0.096 0.032 0.015 0.130 0.023 0.062 0.316 0.127 0.062 0.039 181 F 0.076 0.129 0.059 0.034 0.131 0.034 0.056 0.248 0.106 0.082 0.046