# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.1135 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.523 0.270 0.126 0.054 0.020 0.006 0.001 2 W 0.135 0.179 0.237 0.225 0.147 0.069 0.008 3 G 0.119 0.154 0.210 0.233 0.180 0.087 0.017 4 L 0.034 0.053 0.066 0.111 0.202 0.370 0.164 5 T 0.019 0.041 0.077 0.144 0.228 0.342 0.150 6 V 0.018 0.023 0.046 0.123 0.265 0.371 0.154 7 T 0.038 0.062 0.095 0.178 0.270 0.284 0.074 8 R 0.081 0.185 0.262 0.255 0.141 0.063 0.013 9 G 0.172 0.271 0.230 0.187 0.096 0.036 0.008 10 P 0.354 0.248 0.167 0.133 0.068 0.026 0.003 11 H 0.748 0.163 0.050 0.026 0.010 0.003 0.001 12 K 0.543 0.271 0.122 0.049 0.012 0.002 0.001 13 E 0.563 0.282 0.101 0.039 0.012 0.003 0.001 14 R 0.146 0.201 0.221 0.228 0.146 0.051 0.006 15 Q 0.048 0.123 0.194 0.254 0.227 0.131 0.022 16 N 0.021 0.039 0.071 0.150 0.257 0.328 0.133 17 L 0.012 0.026 0.052 0.107 0.190 0.357 0.257 18 G 0.019 0.030 0.053 0.092 0.155 0.311 0.341 19 I 0.010 0.017 0.025 0.054 0.113 0.316 0.466 20 Y 0.004 0.010 0.019 0.052 0.126 0.348 0.441 21 R 0.008 0.021 0.039 0.088 0.177 0.363 0.304 22 Q 0.012 0.033 0.060 0.125 0.203 0.336 0.231 23 Q 0.010 0.035 0.074 0.139 0.206 0.343 0.193 24 L 0.012 0.035 0.069 0.158 0.270 0.339 0.117 25 I 0.054 0.132 0.180 0.251 0.228 0.129 0.027 26 G 0.294 0.281 0.179 0.136 0.073 0.030 0.007 27 K 0.414 0.330 0.144 0.072 0.028 0.010 0.002 28 N 0.151 0.282 0.265 0.194 0.080 0.025 0.003 29 K 0.063 0.189 0.250 0.245 0.169 0.074 0.009 30 L 0.006 0.019 0.046 0.125 0.283 0.414 0.108 31 I 0.005 0.019 0.066 0.156 0.250 0.348 0.156 32 M 0.009 0.015 0.019 0.038 0.112 0.398 0.409 33 R 0.015 0.033 0.060 0.131 0.203 0.302 0.256 34 W 0.013 0.031 0.050 0.098 0.181 0.349 0.278 35 L 0.018 0.037 0.064 0.140 0.231 0.320 0.191 36 S 0.052 0.124 0.155 0.213 0.202 0.185 0.068 37 H 0.108 0.171 0.174 0.186 0.169 0.140 0.051 38 R 0.204 0.232 0.190 0.160 0.111 0.077 0.026 39 G 0.189 0.191 0.179 0.167 0.136 0.100 0.038 40 G 0.103 0.111 0.124 0.159 0.191 0.224 0.088 41 A 0.101 0.133 0.156 0.180 0.186 0.175 0.068 42 L 0.158 0.192 0.197 0.189 0.145 0.093 0.027 43 D 0.108 0.127 0.144 0.183 0.204 0.183 0.050 44 Y 0.072 0.063 0.081 0.153 0.260 0.300 0.071 45 Q 0.133 0.216 0.267 0.240 0.113 0.029 0.002 46 E 0.161 0.319 0.266 0.171 0.065 0.016 0.001 47 W 0.042 0.076 0.156 0.323 0.306 0.093 0.004 48 C 0.103 0.215 0.300 0.261 0.100 0.019 0.001 49 A 0.709 0.221 0.054 0.014 0.002 0.001 0.001 50 A 0.681 0.221 0.068 0.025 0.005 0.001 0.001 51 H 0.776 0.172 0.038 0.011 0.003 0.001 0.001 52 P 0.755 0.187 0.043 0.012 0.002 0.001 0.001 53 G 0.588 0.252 0.105 0.043 0.011 0.001 0.001 54 E 0.268 0.387 0.240 0.086 0.017 0.001 0.001 55 R 0.180 0.427 0.285 0.092 0.015 0.001 0.001 56 F 0.003 0.019 0.080 0.275 0.453 0.165 0.005 57 P 0.002 0.026 0.130 0.346 0.361 0.124 0.011 58 V 0.001 0.002 0.007 0.032 0.153 0.557 0.248 59 S 0.001 0.001 0.004 0.016 0.067 0.390 0.520 60 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.190 0.782 61 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 0.144 0.832 62 L 0.001 0.002 0.004 0.014 0.053 0.226 0.700 63 G 0.003 0.009 0.022 0.061 0.134 0.302 0.469 64 A 0.006 0.021 0.040 0.091 0.191 0.356 0.295 65 D 0.022 0.052 0.102 0.185 0.231 0.237 0.171 66 P 0.023 0.046 0.059 0.093 0.160 0.308 0.311 67 A 0.021 0.036 0.066 0.128 0.155 0.253 0.341 68 T 0.010 0.016 0.029 0.058 0.122 0.283 0.482 69 I 0.005 0.007 0.011 0.031 0.091 0.273 0.581 70 L 0.009 0.008 0.015 0.030 0.058 0.216 0.663 71 G 0.013 0.014 0.022 0.032 0.053 0.225 0.640 72 A 0.008 0.011 0.019 0.052 0.112 0.277 0.520 73 V 0.018 0.026 0.038 0.084 0.186 0.369 0.279 74 T 0.020 0.033 0.055 0.127 0.217 0.356 0.193 75 P 0.035 0.085 0.129 0.218 0.245 0.228 0.060 76 V 0.045 0.088 0.129 0.234 0.266 0.197 0.039 77 P 0.097 0.166 0.197 0.246 0.187 0.090 0.016 78 D 0.188 0.299 0.256 0.161 0.067 0.023 0.007 79 T 0.213 0.258 0.192 0.155 0.104 0.062 0.016 80 L 0.049 0.093 0.143 0.225 0.265 0.191 0.034 81 S 0.059 0.140 0.190 0.218 0.194 0.154 0.046 82 E 0.022 0.049 0.077 0.133 0.232 0.345 0.143 83 Y 0.044 0.073 0.099 0.180 0.241 0.275 0.089 84 A 0.019 0.052 0.110 0.197 0.247 0.268 0.107 85 F 0.013 0.011 0.018 0.051 0.153 0.449 0.305 86 A 0.028 0.039 0.055 0.081 0.162 0.394 0.242 87 G 0.031 0.070 0.107 0.151 0.187 0.299 0.154 88 L 0.017 0.048 0.120 0.228 0.281 0.231 0.075 89 L 0.011 0.017 0.032 0.109 0.279 0.457 0.095 90 R 0.051 0.145 0.213 0.276 0.219 0.090 0.007 91 G 0.137 0.327 0.268 0.182 0.068 0.016 0.002 92 T 0.170 0.282 0.274 0.202 0.058 0.012 0.002 93 K 0.231 0.392 0.205 0.111 0.046 0.013 0.001 94 T 0.034 0.066 0.130 0.266 0.322 0.170 0.012 95 E 0.038 0.188 0.328 0.265 0.131 0.045 0.004 96 V 0.019 0.031 0.061 0.171 0.332 0.326 0.060 97 V 0.018 0.071 0.121 0.223 0.294 0.242 0.031 98 K 0.054 0.194 0.279 0.256 0.140 0.063 0.013 99 C 0.044 0.077 0.119 0.235 0.295 0.195 0.035 100 I 0.118 0.222 0.243 0.238 0.123 0.050 0.007 101 S 0.240 0.281 0.207 0.150 0.079 0.038 0.005 102 N 0.118 0.184 0.226 0.244 0.154 0.066 0.008 103 D 0.204 0.288 0.242 0.161 0.072 0.028 0.005 104 L 0.060 0.075 0.103 0.197 0.279 0.242 0.045 105 E 0.137 0.248 0.242 0.192 0.109 0.058 0.014 106 V 0.055 0.093 0.135 0.219 0.247 0.201 0.049 107 P 0.034 0.075 0.111 0.175 0.235 0.279 0.091 108 A 0.042 0.086 0.132 0.220 0.248 0.204 0.068 109 S 0.032 0.129 0.211 0.237 0.189 0.144 0.058 110 A 0.003 0.007 0.014 0.056 0.200 0.467 0.254 111 E 0.005 0.017 0.046 0.100 0.198 0.360 0.275 112 I 0.007 0.020 0.033 0.055 0.114 0.381 0.390 113 V 0.004 0.012 0.041 0.110 0.183 0.313 0.337 114 L 0.001 0.003 0.007 0.026 0.106 0.427 0.430 115 E 0.007 0.027 0.063 0.135 0.243 0.346 0.179 116 G 0.010 0.030 0.052 0.129 0.249 0.401 0.128 117 Y 0.018 0.085 0.211 0.303 0.235 0.127 0.020 118 I 0.016 0.031 0.069 0.212 0.353 0.285 0.034 119 E 0.154 0.305 0.286 0.173 0.065 0.017 0.001 120 Q 0.262 0.301 0.230 0.146 0.050 0.010 0.001 121 G 0.603 0.254 0.094 0.037 0.010 0.002 0.001 122 E 0.681 0.212 0.070 0.028 0.007 0.002 0.001 123 T 0.459 0.246 0.153 0.093 0.038 0.011 0.001 124 A 0.338 0.252 0.178 0.139 0.068 0.022 0.003 125 P 0.292 0.228 0.179 0.149 0.092 0.049 0.012 126 E 0.153 0.167 0.167 0.196 0.166 0.118 0.033 127 G 0.136 0.124 0.138 0.174 0.171 0.167 0.089 128 P 0.165 0.163 0.157 0.165 0.145 0.134 0.070 129 Y 0.116 0.098 0.106 0.148 0.174 0.219 0.139 130 G 0.121 0.114 0.112 0.146 0.164 0.210 0.132 131 D 0.108 0.126 0.131 0.159 0.163 0.188 0.124 132 H 0.052 0.053 0.069 0.124 0.187 0.288 0.226 133 T 0.069 0.105 0.143 0.183 0.179 0.195 0.126 134 G 0.077 0.087 0.105 0.153 0.189 0.236 0.152 135 Y 0.114 0.142 0.165 0.209 0.181 0.141 0.048 136 Y 0.107 0.126 0.147 0.204 0.210 0.163 0.043 137 N 0.271 0.263 0.195 0.155 0.078 0.032 0.007 138 E 0.406 0.322 0.149 0.082 0.030 0.010 0.002 139 V 0.285 0.249 0.203 0.164 0.074 0.022 0.002 140 D 0.430 0.283 0.155 0.088 0.034 0.010 0.001 141 S 0.489 0.319 0.121 0.051 0.015 0.004 0.001 142 F 0.080 0.213 0.278 0.269 0.127 0.032 0.002 143 P 0.077 0.187 0.210 0.233 0.189 0.094 0.010 144 V 0.034 0.150 0.253 0.283 0.180 0.088 0.011 145 F 0.007 0.024 0.057 0.157 0.340 0.359 0.056 146 T 0.017 0.148 0.349 0.330 0.123 0.029 0.003 147 V 0.004 0.013 0.035 0.134 0.351 0.395 0.069 148 T 0.050 0.255 0.338 0.244 0.083 0.026 0.003 149 H 0.040 0.138 0.217 0.269 0.204 0.118 0.015 150 I 0.040 0.081 0.129 0.224 0.264 0.220 0.043 151 T 0.077 0.149 0.192 0.250 0.193 0.116 0.023 152 Q 0.113 0.170 0.195 0.228 0.176 0.101 0.017 153 R 0.127 0.205 0.211 0.226 0.149 0.071 0.011 154 E 0.305 0.287 0.190 0.115 0.059 0.032 0.013 155 D 0.140 0.219 0.235 0.195 0.127 0.068 0.016 156 A 0.059 0.073 0.098 0.166 0.247 0.272 0.085 157 I 0.037 0.054 0.085 0.151 0.221 0.295 0.158 158 Y 0.035 0.047 0.063 0.101 0.169 0.326 0.259 159 H 0.060 0.050 0.063 0.112 0.172 0.279 0.263 160 S 0.030 0.030 0.044 0.076 0.137 0.308 0.374 161 T 0.028 0.025 0.033 0.058 0.111 0.300 0.446 162 Y 0.032 0.035 0.047 0.102 0.176 0.305 0.302 163 T 0.046 0.070 0.089 0.148 0.204 0.271 0.173 164 G 0.063 0.073 0.100 0.181 0.226 0.236 0.121 165 R 0.127 0.224 0.234 0.209 0.118 0.066 0.023 166 P 0.141 0.155 0.164 0.199 0.174 0.124 0.042 167 P 0.306 0.254 0.166 0.130 0.078 0.048 0.017 168 D 0.257 0.253 0.185 0.141 0.087 0.056 0.022 169 E 0.062 0.080 0.098 0.168 0.231 0.264 0.096 170 P 0.108 0.154 0.164 0.187 0.177 0.164 0.047 171 A 0.250 0.195 0.166 0.170 0.117 0.085 0.018 172 V 0.268 0.146 0.126 0.147 0.141 0.134 0.038 173 L 0.245 0.088 0.067 0.089 0.142 0.266 0.103 174 G 0.310 0.144 0.124 0.118 0.121 0.138 0.046 175 V 0.351 0.171 0.142 0.133 0.101 0.074 0.028 176 A 0.501 0.147 0.094 0.087 0.078 0.073 0.020 177 L 0.456 0.170 0.130 0.109 0.071 0.055 0.008 178 N 0.603 0.207 0.100 0.055 0.023 0.010 0.002 179 E 0.630 0.204 0.088 0.051 0.019 0.007 0.001 180 V 0.564 0.174 0.106 0.093 0.045 0.016 0.002 181 F 0.604 0.202 0.091 0.059 0.031 0.012 0.002