# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.3343 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.112 0.010 0.007 0.003 0.318 0.550 2 W 0.213 0.007 0.006 0.004 0.320 0.450 3 G 0.521 0.006 0.004 0.002 0.156 0.311 4 L 0.903 0.005 0.002 0.002 0.030 0.058 5 T 0.963 0.002 0.001 0.001 0.010 0.024 6 V 0.958 0.002 0.001 0.001 0.008 0.031 7 T 0.928 0.002 0.001 0.001 0.020 0.049 8 R 0.812 0.011 0.001 0.001 0.045 0.130 9 G 0.410 0.028 0.003 0.001 0.340 0.218 10 P 0.073 0.011 0.022 0.002 0.865 0.026 11 H 0.029 0.003 0.030 0.002 0.911 0.025 12 K 0.013 0.002 0.033 0.005 0.927 0.021 13 E 0.096 0.015 0.012 0.009 0.743 0.125 14 R 0.439 0.063 0.012 0.033 0.151 0.302 15 Q 0.681 0.077 0.013 0.038 0.078 0.114 16 N 0.646 0.019 0.018 0.046 0.109 0.162 17 L 0.502 0.007 0.018 0.094 0.139 0.239 18 G 0.464 0.007 0.019 0.085 0.161 0.263 19 I 0.592 0.013 0.015 0.150 0.109 0.121 20 Y 0.617 0.015 0.016 0.172 0.069 0.110 21 R 0.529 0.008 0.044 0.289 0.065 0.065 22 Q 0.504 0.004 0.059 0.326 0.056 0.051 23 Q 0.442 0.006 0.057 0.385 0.066 0.044 24 L 0.489 0.017 0.020 0.240 0.199 0.035 25 I 0.299 0.017 0.017 0.195 0.378 0.095 26 G 0.035 0.005 0.006 0.013 0.922 0.019 27 K 0.013 0.002 0.010 0.003 0.958 0.013 28 N 0.031 0.002 0.019 0.003 0.886 0.059 29 K 0.596 0.025 0.012 0.001 0.333 0.033 30 L 0.929 0.004 0.001 0.001 0.019 0.046 31 I 0.990 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 32 M 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 33 R 0.955 0.001 0.002 0.003 0.009 0.029 34 W 0.912 0.002 0.005 0.006 0.025 0.049 35 L 0.763 0.014 0.013 0.015 0.076 0.120 36 S 0.541 0.017 0.018 0.024 0.199 0.201 37 H 0.207 0.014 0.034 0.039 0.466 0.240 38 R 0.062 0.012 0.038 0.064 0.584 0.240 39 G 0.031 0.012 0.036 0.117 0.531 0.272 40 G 0.047 0.018 0.032 0.188 0.320 0.395 41 A 0.075 0.020 0.050 0.468 0.133 0.253 42 L 0.097 0.018 0.053 0.502 0.134 0.197 43 D 0.110 0.018 0.048 0.585 0.075 0.164 44 Y 0.042 0.004 0.025 0.874 0.025 0.031 45 Q 0.022 0.001 0.018 0.927 0.017 0.015 46 E 0.009 0.001 0.014 0.959 0.010 0.007 47 W 0.003 0.001 0.011 0.973 0.007 0.005 48 C 0.001 0.001 0.013 0.963 0.013 0.010 49 A 0.003 0.002 0.024 0.850 0.052 0.069 50 A 0.006 0.011 0.018 0.586 0.124 0.256 51 H 0.002 0.008 0.007 0.038 0.899 0.046 52 P 0.001 0.001 0.019 0.008 0.945 0.027 53 G 0.001 0.001 0.023 0.002 0.948 0.026 54 E 0.026 0.026 0.025 0.002 0.862 0.059 55 R 0.088 0.031 0.006 0.003 0.146 0.726 56 F 0.295 0.028 0.003 0.001 0.156 0.517 57 P 0.465 0.004 0.002 0.001 0.123 0.405 58 V 0.895 0.004 0.001 0.001 0.020 0.080 59 S 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 60 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 61 A 0.984 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 62 L 0.860 0.003 0.002 0.009 0.058 0.068 63 G 0.208 0.004 0.004 0.006 0.318 0.460 64 A 0.030 0.011 0.003 0.015 0.374 0.567 65 D 0.016 0.009 0.002 0.019 0.122 0.832 66 P 0.011 0.003 0.007 0.926 0.026 0.027 67 A 0.089 0.008 0.014 0.740 0.093 0.055 68 T 0.245 0.007 0.022 0.607 0.091 0.029 69 I 0.378 0.005 0.018 0.496 0.077 0.026 70 L 0.226 0.002 0.033 0.624 0.084 0.031 71 G 0.258 0.003 0.028 0.635 0.042 0.034 72 A 0.154 0.003 0.022 0.760 0.025 0.036 73 V 0.133 0.012 0.020 0.570 0.035 0.229 74 T 0.081 0.010 0.008 0.040 0.060 0.802 75 P 0.067 0.009 0.005 0.007 0.050 0.861 76 V 0.028 0.015 0.003 0.003 0.103 0.849 77 P 0.018 0.019 0.026 0.012 0.780 0.144 78 D 0.005 0.003 0.047 0.029 0.835 0.081 79 T 0.003 0.004 0.049 0.029 0.835 0.080 80 L 0.038 0.049 0.025 0.037 0.692 0.159 81 S 0.054 0.022 0.019 0.090 0.124 0.692 82 E 0.067 0.014 0.070 0.707 0.069 0.073 83 Y 0.238 0.008 0.087 0.514 0.073 0.080 84 A 0.231 0.006 0.049 0.631 0.041 0.042 85 F 0.185 0.005 0.043 0.638 0.070 0.059 86 A 0.084 0.005 0.075 0.699 0.086 0.051 87 G 0.149 0.004 0.140 0.579 0.088 0.039 88 L 0.141 0.013 0.150 0.526 0.116 0.054 89 L 0.079 0.019 0.067 0.534 0.291 0.012 90 R 0.058 0.007 0.026 0.275 0.555 0.078 91 G 0.011 0.003 0.010 0.031 0.705 0.240 92 T 0.077 0.019 0.010 0.006 0.725 0.163 93 K 0.384 0.017 0.006 0.004 0.196 0.393 94 T 0.782 0.012 0.004 0.002 0.072 0.127 95 E 0.896 0.002 0.002 0.001 0.035 0.064 96 V 0.956 0.002 0.001 0.001 0.010 0.029 97 V 0.951 0.002 0.001 0.003 0.010 0.033 98 K 0.896 0.002 0.001 0.004 0.021 0.076 99 C 0.783 0.006 0.002 0.004 0.043 0.162 100 I 0.686 0.014 0.007 0.006 0.116 0.172 101 S 0.485 0.024 0.014 0.018 0.292 0.166 102 N 0.173 0.016 0.020 0.020 0.562 0.210 103 D 0.144 0.010 0.029 0.012 0.567 0.238 104 L 0.289 0.026 0.031 0.025 0.376 0.253 105 E 0.309 0.044 0.027 0.029 0.206 0.385 106 V 0.282 0.034 0.018 0.019 0.208 0.439 107 P 0.192 0.021 0.019 0.023 0.378 0.367 108 A 0.132 0.019 0.055 0.041 0.422 0.331 109 S 0.167 0.015 0.044 0.012 0.413 0.349 110 A 0.454 0.011 0.056 0.009 0.314 0.157 111 E 0.737 0.004 0.019 0.004 0.088 0.148 112 I 0.958 0.002 0.004 0.002 0.015 0.018 113 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 114 L 0.976 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 115 E 0.930 0.001 0.001 0.004 0.016 0.048 116 G 0.894 0.002 0.001 0.002 0.019 0.081 117 Y 0.897 0.003 0.001 0.002 0.025 0.072 118 I 0.760 0.035 0.002 0.003 0.037 0.163 119 E 0.341 0.021 0.005 0.005 0.542 0.085 120 Q 0.051 0.005 0.023 0.012 0.846 0.064 121 G 0.011 0.002 0.027 0.007 0.906 0.046 122 E 0.101 0.039 0.024 0.009 0.758 0.069 123 T 0.220 0.086 0.012 0.015 0.248 0.418 124 A 0.228 0.110 0.012 0.009 0.301 0.341 125 P 0.181 0.022 0.015 0.007 0.344 0.431 126 E 0.309 0.032 0.023 0.010 0.294 0.333 127 G 0.267 0.014 0.021 0.005 0.348 0.344 128 P 0.322 0.034 0.035 0.010 0.274 0.326 129 Y 0.299 0.057 0.039 0.009 0.270 0.327 130 G 0.248 0.015 0.043 0.007 0.329 0.357 131 D 0.283 0.016 0.068 0.011 0.321 0.301 132 H 0.308 0.031 0.063 0.010 0.265 0.322 133 T 0.347 0.029 0.035 0.013 0.264 0.312 134 G 0.354 0.021 0.018 0.006 0.244 0.356 135 Y 0.435 0.073 0.016 0.014 0.272 0.190 136 Y 0.380 0.077 0.011 0.010 0.324 0.198 137 N 0.160 0.021 0.011 0.005 0.584 0.218 138 E 0.147 0.009 0.041 0.007 0.629 0.167 139 V 0.267 0.028 0.113 0.010 0.393 0.189 140 D 0.191 0.021 0.110 0.014 0.488 0.176 141 S 0.151 0.022 0.090 0.010 0.432 0.295 142 F 0.167 0.011 0.010 0.001 0.328 0.483 143 P 0.442 0.004 0.008 0.001 0.202 0.344 144 V 0.923 0.006 0.001 0.001 0.015 0.055 145 F 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 146 T 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 147 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.011 0.021 148 T 0.761 0.001 0.003 0.002 0.110 0.122 149 H 0.736 0.004 0.003 0.004 0.114 0.138 150 I 0.692 0.014 0.006 0.008 0.070 0.210 151 T 0.670 0.021 0.006 0.016 0.062 0.225 152 Q 0.400 0.014 0.006 0.013 0.178 0.389 153 R 0.244 0.018 0.018 0.038 0.443 0.238 154 E 0.198 0.022 0.018 0.040 0.454 0.268 155 D 0.077 0.013 0.022 0.034 0.662 0.192 156 A 0.067 0.007 0.094 0.099 0.572 0.161 157 I 0.164 0.018 0.111 0.094 0.406 0.208 158 Y 0.298 0.033 0.096 0.092 0.324 0.158 159 H 0.426 0.018 0.044 0.067 0.217 0.228 160 S 0.555 0.022 0.032 0.036 0.166 0.189 161 T 0.608 0.032 0.017 0.028 0.154 0.161 162 Y 0.439 0.031 0.019 0.016 0.250 0.245 163 T 0.287 0.030 0.018 0.011 0.344 0.310 164 G 0.126 0.023 0.015 0.005 0.372 0.459 165 R 0.082 0.053 0.011 0.005 0.313 0.536 166 P 0.044 0.071 0.013 0.008 0.402 0.461 167 P 0.019 0.032 0.027 0.024 0.477 0.421 168 D 0.018 0.018 0.032 0.061 0.489 0.383 169 E 0.024 0.014 0.051 0.221 0.515 0.174 170 P 0.029 0.014 0.064 0.281 0.354 0.259 171 A 0.042 0.019 0.092 0.516 0.210 0.120 172 V 0.079 0.026 0.078 0.478 0.212 0.126 173 L 0.083 0.016 0.057 0.513 0.164 0.167 174 G 0.094 0.008 0.040 0.388 0.190 0.280 175 V 0.063 0.006 0.053 0.552 0.168 0.159 176 A 0.074 0.011 0.051 0.608 0.127 0.129 177 L 0.050 0.006 0.080 0.669 0.109 0.086 178 N 0.048 0.004 0.099 0.590 0.131 0.128 179 E 0.053 0.006 0.081 0.563 0.129 0.167 180 V 0.067 0.014 0.035 0.462 0.119 0.303 181 F 0.049 0.012 0.011 0.132 0.156 0.640