# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.3343 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.037 0.003 0.001 0.040 0.047 0.094 0.144 0.002 0.001 0.082 0.550 2 W 0.006 0.003 0.001 0.111 0.118 0.195 0.115 0.002 0.001 0.052 0.397 3 G 0.003 0.002 0.001 0.103 0.121 0.257 0.082 0.001 0.001 0.076 0.354 4 L 0.001 0.001 0.001 0.209 0.237 0.297 0.037 0.001 0.001 0.056 0.160 5 T 0.004 0.002 0.001 0.238 0.190 0.349 0.030 0.001 0.001 0.069 0.117 6 V 0.012 0.001 0.001 0.185 0.258 0.241 0.035 0.001 0.001 0.064 0.203 7 T 0.005 0.001 0.001 0.157 0.164 0.259 0.074 0.001 0.001 0.050 0.288 8 R 0.007 0.002 0.002 0.072 0.053 0.116 0.114 0.002 0.002 0.030 0.600 9 G 0.480 0.013 0.004 0.032 0.028 0.024 0.074 0.010 0.005 0.078 0.252 10 P 0.169 0.022 0.003 0.013 0.005 0.008 0.085 0.006 0.002 0.058 0.629 11 H 0.055 0.010 0.001 0.008 0.008 0.014 0.094 0.004 0.001 0.022 0.783 12 K 0.038 0.017 0.002 0.031 0.051 0.063 0.129 0.006 0.001 0.051 0.613 13 E 0.055 0.031 0.002 0.038 0.051 0.085 0.121 0.005 0.001 0.081 0.530 14 R 0.041 0.019 0.003 0.054 0.103 0.125 0.115 0.003 0.001 0.059 0.477 15 Q 0.021 0.042 0.001 0.061 0.084 0.130 0.132 0.003 0.001 0.045 0.480 16 N 0.056 0.100 0.003 0.065 0.086 0.154 0.115 0.007 0.001 0.094 0.320 17 L 0.021 0.101 0.003 0.099 0.081 0.178 0.096 0.005 0.001 0.071 0.343 18 G 0.019 0.083 0.003 0.046 0.179 0.304 0.049 0.003 0.001 0.132 0.181 19 I 0.017 0.147 0.005 0.058 0.220 0.228 0.048 0.004 0.001 0.050 0.221 20 Y 0.041 0.159 0.006 0.050 0.205 0.273 0.039 0.010 0.002 0.057 0.158 21 R 0.066 0.119 0.005 0.047 0.179 0.213 0.046 0.010 0.003 0.077 0.236 22 Q 0.053 0.075 0.006 0.052 0.134 0.271 0.078 0.009 0.004 0.067 0.251 23 Q 0.097 0.024 0.011 0.047 0.111 0.174 0.091 0.007 0.006 0.072 0.359 24 L 0.074 0.010 0.006 0.047 0.090 0.126 0.103 0.003 0.004 0.044 0.493 25 I 0.048 0.004 0.004 0.033 0.037 0.085 0.110 0.003 0.004 0.037 0.635 26 G 0.170 0.021 0.004 0.023 0.023 0.046 0.110 0.009 0.003 0.052 0.539 27 K 0.059 0.007 0.003 0.015 0.024 0.040 0.146 0.005 0.001 0.050 0.651 28 N 0.006 0.009 0.001 0.052 0.091 0.217 0.120 0.002 0.001 0.036 0.466 29 K 0.004 0.007 0.001 0.086 0.153 0.343 0.068 0.001 0.001 0.077 0.258 30 L 0.002 0.005 0.001 0.138 0.338 0.300 0.032 0.001 0.001 0.043 0.141 31 I 0.001 0.004 0.001 0.117 0.274 0.459 0.018 0.001 0.001 0.034 0.090 32 M 0.004 0.002 0.001 0.104 0.356 0.316 0.018 0.001 0.001 0.073 0.127 33 R 0.003 0.002 0.001 0.175 0.259 0.380 0.026 0.001 0.001 0.065 0.087 34 W 0.023 0.005 0.002 0.107 0.209 0.313 0.063 0.001 0.002 0.087 0.188 35 L 0.030 0.004 0.004 0.133 0.221 0.220 0.081 0.002 0.004 0.062 0.239 36 S 0.079 0.012 0.003 0.048 0.046 0.094 0.122 0.005 0.003 0.056 0.531 37 H 0.256 0.054 0.003 0.020 0.014 0.022 0.089 0.007 0.002 0.050 0.483 38 R 0.069 0.081 0.002 0.014 0.010 0.020 0.115 0.009 0.001 0.047 0.632 39 G 0.043 0.296 0.002 0.013 0.011 0.020 0.099 0.005 0.001 0.042 0.466 40 G 0.044 0.584 0.002 0.009 0.030 0.031 0.051 0.009 0.001 0.035 0.204 41 A 0.031 0.738 0.001 0.006 0.013 0.015 0.024 0.004 0.001 0.020 0.146 42 L 0.016 0.772 0.002 0.007 0.012 0.016 0.023 0.004 0.001 0.053 0.094 43 D 0.007 0.898 0.002 0.003 0.005 0.005 0.010 0.003 0.001 0.028 0.039 44 Y 0.007 0.965 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.002 0.012 45 Q 0.021 0.902 0.002 0.002 0.003 0.004 0.004 0.006 0.001 0.025 0.031 46 E 0.023 0.635 0.039 0.004 0.003 0.005 0.019 0.008 0.024 0.139 0.101 47 W 0.228 0.291 0.038 0.004 0.004 0.006 0.040 0.046 0.017 0.177 0.148 48 C 0.342 0.066 0.014 0.009 0.006 0.015 0.046 0.010 0.010 0.123 0.358 49 A 0.013 0.018 0.006 0.006 0.003 0.008 0.113 0.001 0.005 0.014 0.816 50 A 0.025 0.015 0.007 0.005 0.003 0.007 0.049 0.002 0.004 0.011 0.871 51 H 0.590 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.047 0.021 0.001 0.079 0.248 52 P 0.044 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.081 0.003 0.001 0.033 0.829 53 G 0.066 0.005 0.002 0.010 0.001 0.003 0.061 0.001 0.001 0.015 0.836 54 E 0.015 0.001 0.001 0.035 0.126 0.087 0.148 0.003 0.001 0.041 0.542 55 R 0.010 0.003 0.001 0.024 0.010 0.018 0.112 0.001 0.001 0.024 0.797 56 F 0.006 0.005 0.001 0.172 0.196 0.080 0.119 0.003 0.001 0.054 0.364 57 P 0.003 0.009 0.001 0.403 0.059 0.093 0.095 0.001 0.001 0.043 0.293 58 V 0.001 0.003 0.001 0.493 0.115 0.187 0.021 0.001 0.001 0.074 0.105 59 S 0.001 0.002 0.001 0.683 0.094 0.078 0.017 0.001 0.001 0.039 0.086 60 V 0.003 0.001 0.001 0.532 0.191 0.129 0.018 0.001 0.001 0.067 0.059 61 A 0.007 0.002 0.001 0.611 0.060 0.093 0.039 0.001 0.001 0.067 0.120 62 L 0.033 0.003 0.001 0.361 0.058 0.106 0.103 0.001 0.001 0.081 0.252 63 G 0.031 0.015 0.002 0.129 0.040 0.130 0.170 0.002 0.001 0.067 0.412 64 A 0.019 0.020 0.002 0.054 0.017 0.027 0.155 0.001 0.001 0.231 0.473 65 D 0.033 0.297 0.005 0.018 0.022 0.031 0.089 0.013 0.003 0.273 0.217 66 P 0.086 0.440 0.006 0.010 0.006 0.009 0.052 0.010 0.001 0.105 0.272 67 A 0.026 0.397 0.008 0.015 0.031 0.055 0.054 0.007 0.002 0.157 0.248 68 T 0.068 0.473 0.002 0.013 0.024 0.049 0.050 0.010 0.001 0.083 0.227 69 I 0.056 0.216 0.015 0.049 0.061 0.102 0.063 0.019 0.005 0.203 0.211 70 L 0.062 0.075 0.014 0.086 0.071 0.118 0.103 0.007 0.005 0.185 0.274 71 G 0.067 0.012 0.005 0.063 0.049 0.094 0.145 0.004 0.002 0.188 0.371 72 A 0.030 0.006 0.004 0.098 0.051 0.090 0.147 0.005 0.002 0.116 0.451 73 V 0.037 0.002 0.002 0.076 0.017 0.039 0.166 0.002 0.001 0.061 0.597 74 T 0.017 0.001 0.001 0.051 0.063 0.097 0.142 0.005 0.001 0.085 0.538 75 P 0.034 0.001 0.001 0.027 0.006 0.010 0.123 0.001 0.001 0.034 0.763 76 V 0.095 0.001 0.001 0.024 0.018 0.023 0.164 0.021 0.001 0.071 0.580 77 P 0.124 0.006 0.001 0.011 0.001 0.002 0.106 0.001 0.001 0.026 0.722 78 D 0.008 0.003 0.001 0.011 0.011 0.024 0.186 0.008 0.001 0.020 0.729 79 T 0.088 0.140 0.001 0.015 0.006 0.011 0.111 0.003 0.001 0.029 0.596 80 L 0.048 0.368 0.003 0.025 0.013 0.020 0.095 0.012 0.001 0.083 0.333 81 S 0.050 0.654 0.003 0.010 0.005 0.008 0.038 0.003 0.001 0.099 0.129 82 E 0.042 0.685 0.005 0.011 0.009 0.013 0.029 0.006 0.001 0.093 0.107 83 Y 0.055 0.578 0.009 0.011 0.012 0.016 0.047 0.008 0.002 0.089 0.173 84 A 0.056 0.539 0.005 0.016 0.024 0.032 0.046 0.009 0.001 0.100 0.173 85 F 0.068 0.613 0.004 0.011 0.012 0.027 0.037 0.015 0.001 0.044 0.168 86 A 0.076 0.353 0.013 0.023 0.029 0.054 0.072 0.016 0.005 0.079 0.278 87 G 0.074 0.091 0.061 0.033 0.030 0.061 0.107 0.011 0.031 0.155 0.347 88 L 0.190 0.017 0.009 0.017 0.023 0.037 0.106 0.011 0.004 0.111 0.475 89 L 0.152 0.009 0.005 0.025 0.010 0.020 0.094 0.004 0.004 0.065 0.611 90 R 0.069 0.002 0.002 0.022 0.009 0.020 0.134 0.002 0.001 0.039 0.700 91 G 0.011 0.002 0.001 0.020 0.011 0.027 0.109 0.002 0.001 0.025 0.792 92 T 0.042 0.008 0.001 0.016 0.051 0.041 0.156 0.006 0.001 0.034 0.644 93 K 0.015 0.012 0.001 0.101 0.074 0.122 0.140 0.006 0.001 0.038 0.491 94 T 0.012 0.019 0.001 0.100 0.076 0.157 0.085 0.002 0.001 0.058 0.490 95 E 0.008 0.008 0.002 0.225 0.253 0.265 0.036 0.002 0.001 0.045 0.155 96 V 0.007 0.009 0.002 0.209 0.129 0.215 0.050 0.001 0.001 0.028 0.349 97 V 0.010 0.003 0.001 0.195 0.262 0.282 0.032 0.002 0.001 0.050 0.162 98 K 0.020 0.003 0.002 0.176 0.152 0.226 0.059 0.002 0.001 0.069 0.291 99 C 0.017 0.001 0.004 0.095 0.110 0.160 0.097 0.002 0.003 0.036 0.475 100 I 0.083 0.003 0.002 0.067 0.125 0.156 0.085 0.008 0.002 0.053 0.417 101 S 0.087 0.002 0.002 0.033 0.027 0.040 0.105 0.003 0.001 0.053 0.647 102 N 0.014 0.001 0.001 0.030 0.052 0.128 0.109 0.010 0.001 0.045 0.610 103 D 0.028 0.001 0.001 0.038 0.016 0.034 0.109 0.001 0.001 0.035 0.738 104 L 0.008 0.001 0.001 0.057 0.144 0.125 0.098 0.001 0.001 0.034 0.531 105 E 0.009 0.001 0.001 0.025 0.022 0.026 0.098 0.001 0.001 0.024 0.796 106 V 0.010 0.001 0.001 0.021 0.090 0.062 0.139 0.008 0.001 0.037 0.631 107 P 0.119 0.016 0.001 0.060 0.014 0.020 0.161 0.003 0.001 0.063 0.543 108 A 0.036 0.008 0.002 0.051 0.024 0.049 0.145 0.007 0.001 0.059 0.619 109 S 0.033 0.047 0.001 0.075 0.034 0.048 0.127 0.003 0.001 0.047 0.584 110 A 0.017 0.026 0.002 0.176 0.116 0.152 0.100 0.003 0.001 0.081 0.325 111 E 0.007 0.023 0.002 0.257 0.121 0.191 0.063 0.001 0.001 0.103 0.232 112 I 0.011 0.010 0.002 0.361 0.171 0.170 0.047 0.002 0.001 0.086 0.139 113 V 0.009 0.008 0.002 0.429 0.130 0.152 0.051 0.001 0.001 0.072 0.145 114 L 0.026 0.006 0.001 0.348 0.113 0.191 0.053 0.003 0.001 0.108 0.150 115 E 0.015 0.009 0.001 0.201 0.073 0.204 0.105 0.003 0.001 0.053 0.335 116 G 0.008 0.002 0.001 0.203 0.104 0.215 0.102 0.001 0.001 0.058 0.305 117 Y 0.010 0.002 0.001 0.142 0.165 0.260 0.106 0.001 0.001 0.103 0.210 118 I 0.003 0.001 0.002 0.183 0.071 0.107 0.128 0.001 0.001 0.043 0.459 119 E 0.435 0.007 0.003 0.057 0.032 0.034 0.091 0.008 0.004 0.123 0.206 120 Q 0.118 0.007 0.002 0.044 0.003 0.007 0.132 0.007 0.001 0.133 0.548 121 G 0.045 0.004 0.001 0.011 0.004 0.008 0.132 0.002 0.001 0.036 0.756 122 E 0.016 0.002 0.001 0.031 0.026 0.052 0.203 0.004 0.001 0.057 0.608 123 T 0.039 0.010 0.001 0.032 0.015 0.029 0.218 0.004 0.001 0.071 0.582 124 A 0.192 0.013 0.001 0.041 0.032 0.038 0.123 0.007 0.001 0.136 0.415 125 P 0.038 0.014 0.002 0.031 0.013 0.030 0.232 0.002 0.001 0.074 0.564 126 E 0.038 0.021 0.002 0.027 0.023 0.052 0.200 0.004 0.001 0.051 0.580 127 G 0.174 0.030 0.002 0.033 0.029 0.042 0.152 0.012 0.001 0.107 0.417 128 P 0.120 0.033 0.002 0.023 0.018 0.038 0.164 0.010 0.001 0.107 0.484 129 Y 0.107 0.017 0.004 0.031 0.020 0.053 0.152 0.005 0.002 0.082 0.528 130 G 0.040 0.014 0.003 0.045 0.045 0.076 0.186 0.004 0.001 0.067 0.519 131 D 0.054 0.018 0.002 0.047 0.040 0.070 0.174 0.005 0.001 0.080 0.510 132 H 0.055 0.021 0.002 0.086 0.060 0.092 0.161 0.009 0.001 0.114 0.399 133 T 0.040 0.015 0.001 0.065 0.050 0.115 0.157 0.004 0.001 0.075 0.476 134 G 0.023 0.013 0.002 0.079 0.088 0.196 0.123 0.003 0.001 0.073 0.400 135 Y 0.023 0.010 0.002 0.061 0.085 0.166 0.131 0.002 0.001 0.072 0.446 136 Y 0.038 0.018 0.004 0.051 0.072 0.127 0.120 0.004 0.003 0.064 0.498 137 N 0.190 0.013 0.006 0.027 0.052 0.079 0.106 0.006 0.004 0.106 0.412 138 E 0.084 0.007 0.003 0.014 0.022 0.049 0.109 0.010 0.002 0.071 0.630 139 V 0.146 0.005 0.002 0.010 0.013 0.023 0.098 0.002 0.001 0.035 0.665 140 D 0.027 0.002 0.002 0.022 0.055 0.074 0.124 0.002 0.001 0.040 0.650 141 S 0.012 0.005 0.001 0.010 0.025 0.039 0.124 0.003 0.001 0.025 0.757 142 F 0.013 0.003 0.001 0.021 0.135 0.088 0.138 0.005 0.001 0.050 0.547 143 P 0.005 0.019 0.001 0.144 0.122 0.231 0.086 0.002 0.001 0.048 0.343 144 V 0.004 0.005 0.001 0.107 0.122 0.269 0.047 0.001 0.001 0.128 0.315 145 F 0.002 0.016 0.002 0.219 0.325 0.208 0.028 0.001 0.001 0.037 0.163 146 T 0.015 0.036 0.002 0.172 0.210 0.276 0.039 0.003 0.001 0.062 0.184 147 V 0.007 0.014 0.002 0.188 0.226 0.171 0.033 0.002 0.001 0.133 0.223 148 T 0.014 0.062 0.002 0.198 0.148 0.235 0.049 0.005 0.001 0.098 0.189 149 H 0.044 0.068 0.009 0.095 0.176 0.183 0.054 0.007 0.004 0.059 0.302 150 I 0.026 0.026 0.009 0.138 0.229 0.200 0.055 0.004 0.005 0.049 0.260 151 T 0.074 0.036 0.005 0.059 0.074 0.116 0.093 0.007 0.004 0.078 0.454 152 Q 0.208 0.031 0.007 0.056 0.053 0.070 0.092 0.010 0.005 0.073 0.395 153 R 0.077 0.020 0.006 0.052 0.033 0.063 0.144 0.005 0.003 0.038 0.560 154 E 0.023 0.013 0.002 0.036 0.031 0.059 0.119 0.004 0.001 0.034 0.679 155 D 0.056 0.017 0.003 0.078 0.082 0.094 0.135 0.007 0.001 0.095 0.433 156 A 0.025 0.009 0.003 0.111 0.071 0.109 0.123 0.003 0.001 0.077 0.469 157 I 0.017 0.007 0.002 0.163 0.073 0.134 0.104 0.002 0.001 0.084 0.412 158 Y 0.023 0.009 0.002 0.182 0.093 0.130 0.104 0.004 0.001 0.081 0.374 159 H 0.031 0.008 0.002 0.159 0.077 0.120 0.113 0.002 0.001 0.077 0.410 160 S 0.010 0.003 0.002 0.167 0.098 0.187 0.122 0.003 0.001 0.079 0.328 161 T 0.042 0.006 0.002 0.153 0.069 0.152 0.109 0.005 0.001 0.113 0.348 162 Y 0.092 0.004 0.001 0.123 0.070 0.112 0.122 0.004 0.001 0.092 0.378 163 T 0.016 0.001 0.001 0.071 0.044 0.090 0.138 0.002 0.001 0.046 0.591 164 G 0.010 0.002 0.001 0.062 0.024 0.049 0.143 0.001 0.001 0.034 0.675 165 R 0.016 0.002 0.001 0.026 0.044 0.044 0.190 0.005 0.001 0.045 0.628 166 P 0.077 0.012 0.001 0.018 0.012 0.012 0.168 0.003 0.001 0.046 0.648 167 P 0.015 0.030 0.001 0.015 0.010 0.014 0.141 0.007 0.001 0.032 0.734 168 D 0.175 0.571 0.002 0.004 0.002 0.004 0.034 0.014 0.001 0.012 0.182 169 E 0.173 0.545 0.004 0.007 0.003 0.005 0.031 0.014 0.001 0.066 0.150 170 P 0.119 0.295 0.015 0.009 0.007 0.012 0.077 0.005 0.006 0.131 0.324 171 A 0.133 0.398 0.003 0.011 0.015 0.023 0.072 0.014 0.001 0.094 0.235 172 V 0.142 0.422 0.006 0.012 0.013 0.016 0.064 0.016 0.002 0.057 0.251 173 L 0.044 0.458 0.004 0.017 0.012 0.025 0.074 0.009 0.001 0.021 0.335 174 G 0.053 0.201 0.009 0.015 0.022 0.051 0.053 0.006 0.003 0.237 0.349 175 V 0.050 0.478 0.014 0.010 0.022 0.031 0.057 0.013 0.004 0.112 0.210 176 A 0.153 0.438 0.035 0.011 0.011 0.025 0.042 0.019 0.018 0.033 0.216 177 L 0.264 0.215 0.019 0.016 0.013 0.021 0.046 0.026 0.009 0.042 0.330 178 N 0.194 0.045 0.002 0.012 0.015 0.030 0.080 0.007 0.001 0.040 0.575 179 E 0.037 0.022 0.005 0.028 0.016 0.035 0.104 0.004 0.002 0.037 0.710 180 V 0.027 0.026 0.006 0.033 0.015 0.027 0.139 0.003 0.002 0.026 0.696 181 F 0.086 0.020 0.004 0.020 0.040 0.038 0.114 0.013 0.002 0.053 0.612