# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.3343 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.120 0.114 0.058 0.113 0.094 0.084 0.097 0.086 0.089 0.072 0.072 2 W 0.047 0.058 0.026 0.104 0.125 0.129 0.174 0.131 0.099 0.068 0.038 3 G 0.081 0.059 0.026 0.100 0.132 0.136 0.159 0.117 0.092 0.060 0.037 4 L 0.004 0.006 0.004 0.020 0.031 0.049 0.126 0.179 0.217 0.208 0.157 5 T 0.002 0.004 0.004 0.019 0.032 0.061 0.144 0.171 0.204 0.194 0.165 6 V 0.002 0.006 0.006 0.022 0.030 0.045 0.143 0.195 0.236 0.186 0.128 7 T 0.003 0.003 0.003 0.011 0.017 0.032 0.111 0.168 0.220 0.233 0.198 8 R 0.044 0.076 0.042 0.179 0.167 0.119 0.140 0.091 0.072 0.044 0.026 9 G 0.057 0.081 0.019 0.124 0.132 0.131 0.178 0.120 0.088 0.049 0.021 10 P 0.078 0.064 0.026 0.102 0.103 0.112 0.146 0.119 0.107 0.082 0.062 11 H 0.257 0.209 0.054 0.136 0.104 0.078 0.076 0.037 0.025 0.015 0.010 12 K 0.384 0.248 0.066 0.146 0.073 0.039 0.024 0.010 0.006 0.003 0.001 13 E 0.570 0.141 0.042 0.095 0.060 0.038 0.027 0.012 0.008 0.004 0.003 14 R 0.075 0.094 0.059 0.174 0.161 0.142 0.140 0.072 0.046 0.025 0.013 15 Q 0.028 0.068 0.059 0.163 0.187 0.166 0.165 0.086 0.047 0.022 0.010 16 N 0.011 0.022 0.018 0.060 0.083 0.123 0.204 0.170 0.145 0.103 0.061 17 L 0.009 0.013 0.011 0.035 0.051 0.073 0.171 0.174 0.187 0.164 0.111 18 G 0.024 0.029 0.023 0.072 0.078 0.091 0.165 0.147 0.164 0.124 0.084 19 I 0.013 0.018 0.022 0.063 0.064 0.083 0.163 0.158 0.175 0.145 0.096 20 Y 0.006 0.012 0.025 0.056 0.061 0.077 0.158 0.173 0.185 0.148 0.099 21 R 0.010 0.012 0.031 0.066 0.069 0.082 0.173 0.167 0.170 0.139 0.079 22 Q 0.011 0.022 0.059 0.122 0.143 0.149 0.181 0.120 0.100 0.061 0.033 23 Q 0.006 0.016 0.030 0.054 0.060 0.089 0.192 0.172 0.178 0.131 0.071 24 L 0.016 0.021 0.023 0.052 0.062 0.092 0.182 0.159 0.162 0.134 0.097 25 I 0.029 0.056 0.055 0.112 0.123 0.128 0.188 0.123 0.096 0.060 0.029 26 G 0.250 0.178 0.097 0.158 0.108 0.074 0.064 0.032 0.021 0.011 0.006 27 K 0.209 0.187 0.108 0.198 0.122 0.076 0.055 0.022 0.013 0.007 0.003 28 N 0.169 0.110 0.069 0.138 0.113 0.114 0.131 0.072 0.047 0.026 0.012 29 K 0.031 0.078 0.066 0.220 0.199 0.167 0.127 0.058 0.032 0.015 0.008 30 L 0.014 0.009 0.011 0.018 0.022 0.035 0.120 0.174 0.228 0.223 0.146 31 I 0.010 0.017 0.030 0.100 0.114 0.143 0.199 0.133 0.119 0.080 0.054 32 M 0.005 0.009 0.024 0.029 0.029 0.046 0.116 0.150 0.219 0.219 0.155 33 R 0.009 0.018 0.029 0.110 0.141 0.157 0.196 0.143 0.102 0.060 0.035 34 W 0.012 0.019 0.028 0.035 0.036 0.052 0.129 0.154 0.208 0.195 0.132 35 L 0.016 0.024 0.030 0.088 0.110 0.114 0.163 0.143 0.140 0.107 0.066 36 S 0.045 0.067 0.045 0.103 0.105 0.110 0.161 0.127 0.118 0.077 0.043 37 H 0.096 0.082 0.061 0.126 0.114 0.116 0.134 0.098 0.084 0.059 0.030 38 R 0.158 0.111 0.061 0.141 0.116 0.100 0.117 0.075 0.060 0.039 0.020 39 G 0.132 0.121 0.042 0.108 0.097 0.097 0.114 0.095 0.091 0.067 0.037 40 G 0.021 0.033 0.010 0.038 0.044 0.066 0.137 0.152 0.198 0.178 0.123 41 A 0.017 0.018 0.012 0.049 0.069 0.119 0.201 0.142 0.157 0.125 0.091 42 L 0.048 0.066 0.079 0.168 0.144 0.130 0.141 0.092 0.072 0.041 0.019 43 D 0.005 0.017 0.016 0.073 0.080 0.101 0.180 0.183 0.169 0.112 0.065 44 Y 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.017 0.059 0.116 0.251 0.299 0.238 45 Q 0.004 0.007 0.045 0.139 0.168 0.177 0.201 0.107 0.094 0.042 0.016 46 E 0.004 0.018 0.159 0.264 0.197 0.161 0.118 0.043 0.026 0.009 0.003 47 W 0.001 0.001 0.004 0.008 0.013 0.045 0.183 0.224 0.238 0.189 0.095 48 C 0.002 0.005 0.012 0.050 0.065 0.124 0.261 0.215 0.149 0.087 0.030 49 A 0.008 0.032 0.319 0.132 0.135 0.114 0.115 0.061 0.048 0.023 0.014 50 A 0.012 0.035 0.047 0.124 0.163 0.196 0.238 0.100 0.052 0.023 0.009 51 H 0.165 0.174 0.042 0.108 0.097 0.101 0.122 0.078 0.062 0.035 0.016 52 P 0.166 0.216 0.066 0.214 0.129 0.107 0.060 0.023 0.011 0.005 0.003 53 G 0.683 0.132 0.044 0.066 0.039 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 54 E 0.059 0.113 0.051 0.243 0.188 0.135 0.120 0.051 0.024 0.010 0.005 55 R 0.145 0.273 0.087 0.257 0.150 0.061 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.055 0.139 0.259 0.258 0.275 57 P 0.019 0.069 0.061 0.236 0.260 0.195 0.115 0.027 0.011 0.004 0.003 58 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.036 0.103 0.231 0.266 0.355 59 S 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.038 0.142 0.193 0.202 0.188 0.219 60 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.041 0.113 0.234 0.283 0.319 61 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.013 0.050 0.094 0.182 0.257 0.393 62 L 0.001 0.002 0.003 0.009 0.012 0.023 0.079 0.144 0.219 0.259 0.249 63 G 0.009 0.015 0.010 0.043 0.067 0.085 0.180 0.193 0.179 0.128 0.090 64 A 0.010 0.015 0.011 0.037 0.049 0.061 0.117 0.150 0.196 0.185 0.170 65 D 0.024 0.043 0.022 0.092 0.159 0.165 0.189 0.120 0.095 0.055 0.035 66 P 0.012 0.014 0.011 0.037 0.051 0.073 0.157 0.150 0.189 0.162 0.145 67 A 0.021 0.009 0.010 0.023 0.035 0.057 0.131 0.136 0.192 0.193 0.193 68 T 0.010 0.007 0.014 0.026 0.026 0.044 0.133 0.151 0.208 0.189 0.193 69 I 0.003 0.003 0.012 0.010 0.009 0.018 0.064 0.120 0.204 0.261 0.296 70 L 0.001 0.002 0.011 0.008 0.007 0.012 0.053 0.104 0.186 0.269 0.347 71 G 0.001 0.002 0.014 0.009 0.011 0.020 0.073 0.124 0.211 0.248 0.287 72 A 0.002 0.003 0.012 0.010 0.010 0.021 0.079 0.109 0.207 0.253 0.295 73 V 0.005 0.008 0.015 0.026 0.036 0.062 0.161 0.166 0.204 0.173 0.145 74 T 0.007 0.011 0.012 0.023 0.034 0.056 0.137 0.155 0.210 0.189 0.166 75 P 0.147 0.122 0.074 0.149 0.143 0.113 0.106 0.058 0.043 0.027 0.018 76 V 0.023 0.020 0.008 0.035 0.051 0.074 0.167 0.160 0.178 0.152 0.130 77 P 0.108 0.072 0.030 0.089 0.112 0.111 0.151 0.111 0.098 0.066 0.052 78 D 0.276 0.202 0.052 0.138 0.096 0.078 0.069 0.034 0.025 0.018 0.012 79 T 0.194 0.170 0.048 0.160 0.130 0.109 0.086 0.041 0.030 0.020 0.012 80 L 0.043 0.024 0.010 0.045 0.077 0.112 0.170 0.148 0.168 0.120 0.083 81 S 0.028 0.100 0.045 0.150 0.140 0.136 0.159 0.088 0.074 0.042 0.038 82 E 0.003 0.004 0.004 0.017 0.029 0.053 0.157 0.189 0.221 0.184 0.139 83 Y 0.027 0.010 0.021 0.050 0.066 0.095 0.169 0.145 0.162 0.142 0.112 84 A 0.003 0.012 0.072 0.169 0.157 0.144 0.172 0.105 0.085 0.050 0.031 85 F 0.001 0.002 0.033 0.024 0.017 0.022 0.069 0.111 0.204 0.256 0.261 86 A 0.001 0.001 0.010 0.010 0.012 0.024 0.093 0.143 0.213 0.246 0.247 87 G 0.002 0.005 0.076 0.053 0.063 0.114 0.204 0.155 0.157 0.107 0.065 88 L 0.001 0.003 0.018 0.023 0.049 0.112 0.266 0.174 0.147 0.116 0.091 89 L 0.002 0.002 0.006 0.006 0.006 0.011 0.050 0.092 0.223 0.292 0.311 90 R 0.015 0.023 0.028 0.075 0.096 0.144 0.235 0.146 0.116 0.073 0.049 91 G 0.163 0.117 0.155 0.169 0.121 0.096 0.079 0.040 0.029 0.017 0.013 92 T 0.119 0.153 0.090 0.164 0.129 0.122 0.116 0.053 0.028 0.018 0.009 93 K 0.320 0.196 0.075 0.185 0.104 0.055 0.037 0.012 0.008 0.004 0.003 94 T 0.010 0.009 0.004 0.013 0.021 0.040 0.115 0.151 0.228 0.210 0.200 95 E 0.141 0.224 0.086 0.256 0.149 0.074 0.044 0.013 0.007 0.004 0.003 96 V 0.006 0.006 0.004 0.016 0.021 0.032 0.088 0.131 0.203 0.222 0.272 97 V 0.014 0.021 0.016 0.075 0.104 0.147 0.199 0.145 0.131 0.086 0.061 98 K 0.035 0.094 0.058 0.230 0.191 0.128 0.117 0.064 0.045 0.024 0.015 99 C 0.007 0.006 0.005 0.015 0.018 0.028 0.071 0.122 0.207 0.258 0.264 100 I 0.048 0.080 0.068 0.202 0.186 0.142 0.126 0.063 0.042 0.024 0.019 101 S 0.055 0.071 0.042 0.106 0.095 0.092 0.157 0.124 0.113 0.083 0.061 102 N 0.092 0.079 0.045 0.143 0.136 0.140 0.140 0.087 0.066 0.043 0.029 103 D 0.285 0.205 0.079 0.156 0.104 0.067 0.054 0.022 0.015 0.008 0.006 104 L 0.029 0.019 0.010 0.033 0.039 0.053 0.114 0.131 0.178 0.189 0.205 105 E 0.251 0.242 0.079 0.197 0.112 0.058 0.033 0.012 0.008 0.004 0.003 106 V 0.019 0.031 0.011 0.053 0.067 0.083 0.150 0.150 0.174 0.146 0.116 107 P 0.067 0.077 0.031 0.110 0.125 0.136 0.149 0.098 0.085 0.061 0.060 108 A 0.042 0.025 0.015 0.065 0.093 0.117 0.199 0.136 0.131 0.099 0.077 109 S 0.116 0.117 0.071 0.183 0.161 0.125 0.113 0.048 0.035 0.020 0.013 110 A 0.008 0.005 0.005 0.016 0.016 0.024 0.085 0.133 0.212 0.253 0.243 111 E 0.010 0.013 0.018 0.047 0.064 0.102 0.179 0.160 0.164 0.133 0.110 112 I 0.002 0.004 0.011 0.018 0.019 0.037 0.150 0.189 0.218 0.204 0.149 113 V 0.001 0.001 0.005 0.012 0.014 0.026 0.076 0.137 0.195 0.264 0.270 114 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.011 0.056 0.115 0.240 0.309 0.255 115 E 0.001 0.005 0.012 0.042 0.062 0.085 0.169 0.196 0.196 0.133 0.098 116 G 0.003 0.005 0.010 0.017 0.022 0.041 0.133 0.169 0.242 0.227 0.132 117 Y 0.008 0.025 0.024 0.171 0.227 0.185 0.198 0.091 0.047 0.019 0.006 118 I 0.002 0.004 0.004 0.013 0.019 0.029 0.093 0.142 0.245 0.243 0.206 119 E 0.084 0.175 0.090 0.235 0.187 0.107 0.074 0.028 0.014 0.005 0.002 120 Q 0.244 0.212 0.056 0.165 0.102 0.080 0.076 0.034 0.019 0.009 0.003 121 G 0.678 0.167 0.035 0.061 0.029 0.013 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 122 E 0.353 0.195 0.049 0.127 0.087 0.063 0.059 0.030 0.021 0.010 0.006 123 T 0.125 0.151 0.053 0.144 0.135 0.111 0.113 0.070 0.050 0.030 0.017 124 A 0.064 0.106 0.031 0.114 0.139 0.141 0.163 0.112 0.074 0.039 0.017 125 P 0.501 0.123 0.052 0.096 0.070 0.049 0.044 0.026 0.019 0.012 0.006 126 E 0.091 0.053 0.015 0.080 0.100 0.106 0.172 0.144 0.114 0.080 0.045 127 G 0.121 0.072 0.018 0.065 0.061 0.061 0.098 0.131 0.150 0.132 0.091 128 P 0.143 0.080 0.027 0.096 0.109 0.118 0.143 0.104 0.086 0.058 0.038 129 Y 0.046 0.042 0.023 0.072 0.071 0.089 0.145 0.155 0.153 0.126 0.078 130 G 0.088 0.063 0.023 0.073 0.088 0.092 0.136 0.141 0.127 0.097 0.072 131 D 0.112 0.086 0.044 0.129 0.098 0.089 0.118 0.099 0.091 0.073 0.059 132 H 0.053 0.052 0.029 0.077 0.085 0.111 0.170 0.141 0.124 0.094 0.063 133 T 0.057 0.075 0.040 0.129 0.111 0.100 0.130 0.112 0.102 0.083 0.061 134 G 0.139 0.109 0.044 0.126 0.111 0.097 0.113 0.084 0.077 0.059 0.040 135 Y 0.049 0.062 0.038 0.122 0.116 0.121 0.164 0.115 0.105 0.068 0.042 136 Y 0.022 0.028 0.017 0.058 0.072 0.091 0.159 0.151 0.164 0.134 0.104 137 N 0.139 0.175 0.070 0.173 0.121 0.088 0.087 0.057 0.047 0.027 0.016 138 E 0.447 0.187 0.064 0.128 0.070 0.045 0.031 0.013 0.008 0.005 0.002 139 V 0.225 0.117 0.044 0.106 0.098 0.094 0.113 0.071 0.062 0.042 0.030 140 D 0.227 0.179 0.078 0.176 0.118 0.079 0.066 0.035 0.023 0.012 0.006 141 S 0.437 0.149 0.046 0.143 0.094 0.053 0.044 0.017 0.010 0.005 0.003 142 F 0.014 0.031 0.019 0.080 0.101 0.136 0.188 0.168 0.130 0.095 0.038 143 P 0.067 0.071 0.026 0.128 0.135 0.133 0.156 0.111 0.080 0.060 0.032 144 V 0.020 0.039 0.039 0.201 0.205 0.178 0.158 0.080 0.045 0.022 0.012 145 F 0.003 0.003 0.004 0.010 0.017 0.035 0.126 0.187 0.259 0.225 0.131 146 T 0.016 0.104 0.091 0.458 0.228 0.064 0.027 0.007 0.003 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.046 0.115 0.244 0.295 0.281 148 T 0.054 0.149 0.141 0.405 0.176 0.053 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 149 H 0.026 0.132 0.041 0.231 0.184 0.163 0.151 0.043 0.019 0.007 0.002 150 I 0.006 0.008 0.010 0.027 0.029 0.035 0.074 0.110 0.217 0.234 0.249 151 T 0.035 0.109 0.066 0.211 0.214 0.151 0.130 0.045 0.025 0.009 0.005 152 Q 0.040 0.095 0.053 0.170 0.140 0.105 0.133 0.108 0.078 0.051 0.026 153 R 0.037 0.058 0.039 0.131 0.164 0.170 0.182 0.100 0.066 0.035 0.020 154 E 0.298 0.152 0.081 0.191 0.113 0.069 0.049 0.021 0.013 0.007 0.004 155 D 0.132 0.135 0.066 0.205 0.155 0.107 0.090 0.049 0.032 0.020 0.009 156 A 0.057 0.051 0.026 0.064 0.060 0.077 0.141 0.145 0.160 0.130 0.087 157 I 0.040 0.039 0.028 0.066 0.077 0.091 0.166 0.145 0.143 0.112 0.095 158 Y 0.015 0.018 0.015 0.039 0.046 0.066 0.140 0.164 0.190 0.163 0.144 159 H 0.021 0.022 0.019 0.068 0.073 0.097 0.156 0.164 0.170 0.123 0.086 160 S 0.021 0.014 0.012 0.028 0.034 0.052 0.113 0.156 0.207 0.194 0.167 161 T 0.021 0.018 0.013 0.036 0.035 0.048 0.108 0.153 0.214 0.191 0.164 162 Y 0.019 0.020 0.016 0.048 0.058 0.090 0.167 0.162 0.176 0.140 0.104 163 T 0.043 0.059 0.028 0.081 0.076 0.083 0.146 0.136 0.139 0.114 0.095 164 G 0.123 0.066 0.023 0.082 0.087 0.080 0.104 0.117 0.126 0.111 0.082 165 R 0.132 0.133 0.031 0.128 0.141 0.116 0.117 0.075 0.059 0.039 0.029 166 P 0.070 0.055 0.021 0.077 0.095 0.111 0.156 0.135 0.128 0.090 0.061 167 P 0.166 0.071 0.025 0.091 0.110 0.121 0.138 0.096 0.078 0.059 0.046 168 D 0.119 0.166 0.067 0.178 0.128 0.094 0.089 0.056 0.046 0.033 0.024 169 E 0.048 0.034 0.013 0.036 0.042 0.061 0.120 0.147 0.180 0.177 0.141 170 P 0.174 0.085 0.046 0.115 0.107 0.105 0.123 0.081 0.071 0.052 0.041 171 A 0.098 0.072 0.058 0.131 0.121 0.115 0.150 0.095 0.077 0.050 0.034 172 V 0.047 0.053 0.054 0.115 0.102 0.115 0.139 0.109 0.108 0.087 0.071 173 L 0.021 0.029 0.034 0.053 0.053 0.062 0.123 0.136 0.179 0.170 0.140 174 G 0.072 0.058 0.084 0.100 0.084 0.102 0.135 0.101 0.109 0.088 0.067 175 V 0.061 0.067 0.138 0.145 0.134 0.120 0.131 0.072 0.062 0.043 0.026 176 A 0.056 0.051 0.087 0.084 0.076 0.086 0.144 0.109 0.116 0.104 0.088 177 L 0.038 0.047 0.070 0.089 0.077 0.097 0.149 0.112 0.126 0.116 0.079 178 N 0.096 0.069 0.169 0.143 0.123 0.117 0.128 0.065 0.051 0.026 0.013 179 E 0.144 0.101 0.266 0.165 0.096 0.083 0.072 0.032 0.021 0.012 0.008 180 V 0.064 0.055 0.088 0.085 0.083 0.099 0.165 0.112 0.108 0.087 0.053 181 F 0.070 0.050 0.050 0.078 0.074 0.084 0.129 0.118 0.137 0.120 0.090