# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.3343 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.074 0.006 0.005 0.029 0.049 0.069 0.095 0.003 0.001 0.009 0.660 2 W 0.040 0.002 0.008 0.039 0.047 0.058 0.076 0.001 0.001 0.008 0.721 3 G 0.024 0.001 0.004 0.044 0.047 0.077 0.104 0.001 0.001 0.007 0.692 4 L 0.039 0.001 0.008 0.155 0.176 0.219 0.067 0.001 0.001 0.008 0.327 5 T 0.005 0.001 0.001 0.270 0.207 0.254 0.059 0.001 0.001 0.002 0.202 6 V 0.004 0.001 0.001 0.237 0.196 0.325 0.032 0.001 0.001 0.002 0.203 7 T 0.003 0.001 0.001 0.192 0.259 0.402 0.024 0.001 0.001 0.001 0.117 8 R 0.005 0.001 0.001 0.133 0.121 0.267 0.048 0.001 0.001 0.003 0.421 9 G 0.009 0.001 0.001 0.072 0.189 0.276 0.138 0.001 0.001 0.005 0.309 10 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.959 11 H 0.010 0.001 0.001 0.013 0.020 0.042 0.334 0.001 0.001 0.011 0.569 12 K 0.565 0.003 0.001 0.006 0.006 0.008 0.080 0.001 0.001 0.041 0.289 13 E 0.270 0.037 0.002 0.011 0.016 0.012 0.165 0.001 0.001 0.008 0.478 14 R 0.125 0.028 0.013 0.020 0.027 0.056 0.173 0.001 0.001 0.013 0.545 15 Q 0.029 0.048 0.003 0.052 0.104 0.183 0.143 0.001 0.001 0.004 0.432 16 N 0.036 0.054 0.001 0.019 0.087 0.163 0.145 0.002 0.001 0.006 0.487 17 L 0.073 0.088 0.004 0.021 0.102 0.176 0.062 0.002 0.001 0.007 0.465 18 G 0.063 0.097 0.005 0.044 0.091 0.128 0.169 0.004 0.001 0.013 0.386 19 I 0.097 0.115 0.029 0.050 0.080 0.159 0.121 0.003 0.001 0.014 0.332 20 Y 0.017 0.157 0.004 0.129 0.167 0.265 0.063 0.003 0.001 0.003 0.192 21 R 0.024 0.192 0.004 0.080 0.112 0.235 0.060 0.004 0.001 0.005 0.285 22 Q 0.039 0.257 0.004 0.069 0.153 0.219 0.037 0.006 0.001 0.003 0.213 23 Q 0.063 0.273 0.005 0.077 0.137 0.201 0.042 0.015 0.001 0.005 0.182 24 L 0.108 0.236 0.013 0.044 0.105 0.165 0.039 0.021 0.001 0.005 0.265 25 I 0.057 0.176 0.013 0.104 0.139 0.218 0.044 0.027 0.001 0.004 0.217 26 G 0.091 0.051 0.009 0.030 0.066 0.073 0.121 0.024 0.001 0.007 0.528 27 K 0.033 0.008 0.042 0.014 0.008 0.012 0.033 0.001 0.001 0.004 0.846 28 N 0.018 0.005 0.004 0.022 0.017 0.028 0.245 0.001 0.001 0.008 0.651 29 K 0.347 0.009 0.011 0.038 0.020 0.033 0.151 0.001 0.001 0.042 0.346 30 L 0.109 0.057 0.007 0.151 0.117 0.127 0.129 0.001 0.001 0.008 0.293 31 I 0.018 0.036 0.003 0.273 0.191 0.293 0.055 0.001 0.001 0.003 0.127 32 M 0.006 0.035 0.001 0.214 0.218 0.391 0.023 0.001 0.001 0.001 0.111 33 R 0.007 0.035 0.001 0.164 0.274 0.418 0.018 0.001 0.001 0.001 0.081 34 W 0.023 0.042 0.003 0.094 0.209 0.356 0.041 0.004 0.001 0.003 0.224 35 L 0.023 0.019 0.006 0.122 0.222 0.348 0.051 0.004 0.001 0.004 0.201 36 S 0.009 0.009 0.004 0.066 0.091 0.153 0.071 0.003 0.001 0.003 0.592 37 H 0.025 0.011 0.002 0.045 0.061 0.096 0.139 0.003 0.001 0.010 0.607 38 R 0.131 0.016 0.005 0.017 0.015 0.024 0.182 0.003 0.001 0.019 0.589 39 G 0.182 0.023 0.007 0.020 0.012 0.016 0.183 0.003 0.001 0.021 0.531 40 G 0.175 0.028 0.018 0.022 0.019 0.022 0.217 0.001 0.001 0.016 0.482 41 A 0.053 0.051 0.009 0.026 0.021 0.044 0.198 0.001 0.001 0.006 0.591 42 L 0.036 0.092 0.004 0.071 0.068 0.145 0.133 0.001 0.001 0.005 0.444 43 D 0.052 0.157 0.002 0.022 0.028 0.046 0.136 0.001 0.001 0.004 0.552 44 Y 0.045 0.307 0.003 0.014 0.021 0.044 0.104 0.002 0.001 0.004 0.454 45 Q 0.018 0.524 0.003 0.017 0.024 0.052 0.079 0.002 0.001 0.003 0.278 46 E 0.035 0.541 0.001 0.006 0.014 0.022 0.113 0.006 0.001 0.004 0.258 47 W 0.036 0.839 0.002 0.004 0.005 0.009 0.018 0.003 0.001 0.001 0.083 48 C 0.049 0.856 0.003 0.001 0.002 0.003 0.006 0.005 0.001 0.001 0.074 49 A 0.054 0.845 0.003 0.002 0.003 0.007 0.005 0.013 0.001 0.001 0.067 50 A 0.127 0.655 0.004 0.006 0.004 0.009 0.003 0.088 0.001 0.001 0.103 51 H 0.402 0.289 0.020 0.001 0.003 0.002 0.012 0.036 0.001 0.001 0.234 52 P 0.017 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.946 53 G 0.053 0.003 0.005 0.009 0.003 0.004 0.104 0.009 0.001 0.003 0.807 54 E 0.618 0.003 0.034 0.008 0.002 0.002 0.047 0.001 0.001 0.008 0.278 55 R 0.028 0.005 0.008 0.050 0.004 0.012 0.047 0.001 0.001 0.002 0.843 56 F 0.038 0.001 0.005 0.503 0.086 0.091 0.056 0.001 0.001 0.003 0.215 57 P 0.006 0.001 0.001 0.255 0.017 0.028 0.023 0.001 0.001 0.001 0.670 58 V 0.003 0.001 0.001 0.597 0.111 0.204 0.018 0.001 0.001 0.001 0.065 59 S 0.001 0.001 0.001 0.794 0.072 0.115 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 60 V 0.001 0.008 0.001 0.694 0.113 0.127 0.009 0.001 0.001 0.001 0.048 61 A 0.002 0.010 0.001 0.607 0.136 0.218 0.011 0.001 0.001 0.001 0.015 62 L 0.008 0.042 0.001 0.367 0.089 0.257 0.097 0.003 0.001 0.003 0.133 63 G 0.061 0.031 0.007 0.267 0.094 0.131 0.086 0.015 0.001 0.015 0.291 64 A 0.036 0.015 0.181 0.063 0.022 0.053 0.128 0.002 0.001 0.012 0.489 65 D 0.008 0.007 0.002 0.065 0.024 0.050 0.216 0.002 0.001 0.003 0.624 66 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 67 A 0.016 0.047 0.001 0.021 0.012 0.040 0.361 0.001 0.001 0.011 0.491 68 T 0.168 0.169 0.001 0.026 0.023 0.051 0.158 0.003 0.001 0.010 0.391 69 I 0.055 0.801 0.001 0.036 0.017 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.061 70 L 0.023 0.867 0.001 0.010 0.010 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.062 71 G 0.044 0.778 0.002 0.021 0.030 0.038 0.007 0.013 0.001 0.001 0.065 72 A 0.087 0.727 0.009 0.024 0.014 0.030 0.008 0.029 0.001 0.001 0.071 73 V 0.174 0.369 0.040 0.041 0.034 0.042 0.022 0.116 0.001 0.003 0.159 74 T 0.159 0.079 0.120 0.056 0.033 0.047 0.050 0.023 0.001 0.003 0.431 75 P 0.002 0.001 0.010 0.008 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.970 76 V 0.024 0.002 0.010 0.061 0.014 0.049 0.144 0.001 0.001 0.003 0.692 77 P 0.025 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.954 78 D 0.083 0.013 0.001 0.045 0.008 0.017 0.104 0.001 0.001 0.003 0.726 79 T 0.219 0.010 0.001 0.015 0.003 0.006 0.107 0.001 0.001 0.005 0.632 80 L 0.239 0.067 0.005 0.053 0.015 0.021 0.144 0.002 0.001 0.011 0.444 81 S 0.050 0.055 0.002 0.009 0.011 0.013 0.332 0.001 0.001 0.005 0.521 82 E 0.051 0.139 0.003 0.011 0.012 0.015 0.153 0.003 0.001 0.009 0.605 83 Y 0.073 0.396 0.006 0.012 0.023 0.033 0.158 0.004 0.001 0.024 0.271 84 A 0.030 0.299 0.004 0.013 0.051 0.088 0.391 0.011 0.001 0.023 0.090 85 F 0.039 0.726 0.005 0.026 0.039 0.068 0.012 0.009 0.001 0.002 0.072 86 A 0.023 0.798 0.003 0.025 0.039 0.054 0.005 0.009 0.001 0.001 0.044 87 G 0.034 0.538 0.004 0.039 0.107 0.092 0.014 0.040 0.001 0.002 0.129 88 L 0.139 0.465 0.035 0.058 0.050 0.074 0.015 0.026 0.001 0.002 0.135 89 L 0.037 0.366 0.020 0.122 0.128 0.176 0.043 0.023 0.001 0.002 0.084 90 R 0.032 0.141 0.004 0.077 0.078 0.143 0.065 0.024 0.001 0.005 0.430 91 G 0.209 0.055 0.023 0.048 0.042 0.061 0.079 0.036 0.001 0.014 0.432 92 T 0.248 0.019 0.076 0.049 0.053 0.050 0.115 0.009 0.001 0.021 0.359 93 K 0.009 0.001 0.016 0.030 0.018 0.019 0.061 0.001 0.001 0.003 0.844 94 T 0.012 0.001 0.011 0.107 0.087 0.147 0.085 0.001 0.001 0.006 0.544 95 E 0.018 0.001 0.001 0.378 0.203 0.250 0.062 0.001 0.001 0.004 0.083 96 V 0.012 0.004 0.002 0.143 0.085 0.149 0.049 0.001 0.001 0.003 0.552 97 V 0.003 0.002 0.001 0.372 0.252 0.329 0.012 0.001 0.001 0.001 0.028 98 K 0.004 0.002 0.001 0.162 0.133 0.226 0.050 0.001 0.001 0.002 0.419 99 C 0.006 0.002 0.001 0.159 0.276 0.361 0.025 0.001 0.001 0.003 0.167 100 I 0.005 0.002 0.001 0.097 0.203 0.362 0.072 0.001 0.001 0.003 0.255 101 S 0.019 0.005 0.001 0.057 0.174 0.263 0.123 0.001 0.001 0.011 0.347 102 N 0.059 0.009 0.002 0.060 0.101 0.134 0.168 0.002 0.001 0.015 0.450 103 D 0.106 0.006 0.004 0.024 0.047 0.058 0.192 0.002 0.001 0.025 0.537 104 L 0.173 0.005 0.026 0.048 0.069 0.073 0.156 0.001 0.001 0.024 0.425 105 E 0.027 0.003 0.011 0.044 0.082 0.114 0.169 0.001 0.001 0.007 0.542 106 V 0.019 0.002 0.004 0.081 0.186 0.239 0.084 0.001 0.001 0.003 0.383 107 P 0.001 0.001 0.001 0.016 0.023 0.042 0.016 0.001 0.001 0.001 0.900 108 A 0.006 0.001 0.001 0.079 0.167 0.374 0.086 0.001 0.001 0.004 0.281 109 S 0.044 0.004 0.001 0.046 0.079 0.162 0.107 0.001 0.001 0.012 0.545 110 A 0.066 0.009 0.002 0.136 0.172 0.204 0.066 0.001 0.001 0.010 0.335 111 E 0.033 0.005 0.003 0.152 0.153 0.268 0.121 0.001 0.001 0.009 0.254 112 I 0.022 0.005 0.003 0.186 0.294 0.319 0.036 0.001 0.001 0.004 0.132 113 V 0.004 0.005 0.002 0.193 0.272 0.445 0.024 0.001 0.001 0.001 0.054 114 L 0.002 0.003 0.001 0.127 0.309 0.473 0.015 0.001 0.001 0.001 0.069 115 E 0.002 0.003 0.001 0.189 0.250 0.438 0.016 0.001 0.001 0.001 0.100 116 G 0.007 0.002 0.001 0.094 0.233 0.366 0.048 0.001 0.001 0.004 0.243 117 Y 0.019 0.003 0.005 0.097 0.173 0.259 0.049 0.001 0.001 0.007 0.386 118 I 0.008 0.002 0.003 0.078 0.206 0.315 0.073 0.001 0.001 0.004 0.311 119 E 0.012 0.001 0.001 0.034 0.175 0.225 0.101 0.001 0.001 0.004 0.445 120 Q 0.003 0.001 0.001 0.009 0.014 0.021 0.021 0.001 0.001 0.001 0.930 121 G 0.015 0.001 0.001 0.015 0.026 0.048 0.294 0.001 0.001 0.009 0.592 122 E 0.389 0.003 0.001 0.007 0.009 0.011 0.168 0.001 0.001 0.036 0.376 123 T 0.263 0.028 0.003 0.025 0.016 0.019 0.196 0.001 0.001 0.012 0.436 124 A 0.189 0.017 0.005 0.036 0.046 0.058 0.208 0.001 0.001 0.010 0.429 125 P 0.005 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.959 126 E 0.023 0.004 0.001 0.017 0.053 0.141 0.108 0.001 0.001 0.003 0.649 127 G 0.272 0.006 0.002 0.020 0.063 0.118 0.072 0.001 0.001 0.008 0.438 128 P 0.004 0.001 0.001 0.004 0.008 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.963 129 Y 0.020 0.002 0.001 0.051 0.063 0.147 0.138 0.001 0.001 0.004 0.573 130 G 0.165 0.008 0.002 0.088 0.036 0.077 0.084 0.001 0.001 0.009 0.530 131 D 0.067 0.025 0.002 0.082 0.067 0.090 0.113 0.002 0.001 0.006 0.547 132 H 0.074 0.015 0.004 0.077 0.073 0.123 0.108 0.001 0.001 0.009 0.515 133 T 0.079 0.018 0.003 0.131 0.092 0.131 0.123 0.002 0.001 0.010 0.411 134 G 0.071 0.016 0.008 0.089 0.124 0.159 0.125 0.002 0.001 0.012 0.394 135 Y 0.044 0.016 0.008 0.097 0.148 0.218 0.111 0.002 0.001 0.007 0.349 136 Y 0.020 0.011 0.003 0.108 0.180 0.272 0.079 0.001 0.001 0.005 0.321 137 N 0.026 0.008 0.002 0.066 0.194 0.245 0.130 0.001 0.001 0.006 0.321 138 E 0.027 0.007 0.002 0.036 0.050 0.058 0.079 0.001 0.001 0.006 0.735 139 V 0.058 0.012 0.002 0.054 0.086 0.144 0.286 0.002 0.001 0.020 0.335 140 D 0.119 0.013 0.002 0.026 0.044 0.061 0.290 0.003 0.001 0.026 0.416 141 S 0.151 0.019 0.008 0.032 0.025 0.044 0.093 0.004 0.001 0.019 0.606 142 F 0.155 0.008 0.013 0.035 0.057 0.082 0.164 0.002 0.001 0.016 0.468 143 P 0.006 0.001 0.004 0.009 0.013 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.943 144 V 0.010 0.001 0.002 0.070 0.091 0.282 0.103 0.001 0.001 0.003 0.437 145 F 0.036 0.003 0.002 0.203 0.269 0.335 0.035 0.001 0.001 0.004 0.113 146 T 0.005 0.009 0.001 0.285 0.177 0.336 0.046 0.001 0.001 0.001 0.139 147 V 0.002 0.006 0.001 0.242 0.189 0.459 0.019 0.001 0.001 0.001 0.082 148 T 0.002 0.011 0.001 0.446 0.146 0.343 0.018 0.001 0.001 0.001 0.032 149 H 0.006 0.030 0.001 0.156 0.184 0.354 0.041 0.001 0.001 0.003 0.224 150 I 0.012 0.043 0.002 0.166 0.318 0.344 0.023 0.002 0.001 0.003 0.088 151 T 0.023 0.085 0.003 0.090 0.208 0.371 0.056 0.003 0.001 0.005 0.155 152 Q 0.037 0.090 0.006 0.063 0.220 0.302 0.071 0.009 0.001 0.006 0.196 153 R 0.067 0.082 0.012 0.041 0.140 0.246 0.103 0.010 0.001 0.010 0.289 154 E 0.063 0.046 0.019 0.033 0.067 0.114 0.131 0.010 0.001 0.012 0.504 155 D 0.108 0.031 0.013 0.024 0.049 0.055 0.277 0.006 0.001 0.016 0.419 156 A 0.062 0.019 0.013 0.016 0.013 0.017 0.060 0.002 0.001 0.008 0.791 157 I 0.081 0.027 0.007 0.032 0.065 0.100 0.252 0.003 0.001 0.020 0.413 158 Y 0.228 0.027 0.009 0.055 0.088 0.124 0.143 0.003 0.001 0.016 0.307 159 H 0.037 0.028 0.006 0.045 0.062 0.106 0.039 0.001 0.001 0.002 0.674 160 S 0.017 0.014 0.002 0.099 0.214 0.309 0.059 0.001 0.001 0.002 0.283 161 T 0.045 0.019 0.002 0.073 0.110 0.208 0.084 0.001 0.001 0.005 0.453 162 Y 0.039 0.023 0.004 0.145 0.200 0.219 0.063 0.002 0.001 0.003 0.302 163 T 0.016 0.010 0.002 0.062 0.071 0.144 0.087 0.001 0.001 0.003 0.604 164 G 0.047 0.011 0.003 0.061 0.083 0.166 0.076 0.002 0.001 0.007 0.544 165 R 0.064 0.012 0.008 0.054 0.038 0.107 0.067 0.002 0.001 0.005 0.643 166 P 0.014 0.003 0.002 0.013 0.008 0.023 0.024 0.001 0.001 0.001 0.912 167 P 0.010 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.966 168 D 0.030 0.003 0.001 0.014 0.009 0.027 0.077 0.001 0.001 0.002 0.836 169 E 0.087 0.008 0.001 0.008 0.006 0.007 0.058 0.001 0.001 0.001 0.823 170 P 0.021 0.019 0.001 0.005 0.002 0.004 0.044 0.001 0.001 0.001 0.904 171 A 0.071 0.059 0.001 0.009 0.010 0.022 0.429 0.001 0.001 0.011 0.386 172 V 0.196 0.315 0.003 0.012 0.013 0.030 0.203 0.002 0.001 0.007 0.217 173 L 0.059 0.726 0.002 0.014 0.016 0.019 0.015 0.004 0.001 0.001 0.144 174 G 0.095 0.535 0.004 0.007 0.008 0.015 0.022 0.010 0.001 0.004 0.299 175 V 0.198 0.377 0.040 0.006 0.006 0.010 0.022 0.006 0.001 0.002 0.332 176 A 0.043 0.337 0.009 0.020 0.013 0.016 0.040 0.014 0.001 0.001 0.507 177 L 0.076 0.443 0.008 0.031 0.022 0.044 0.058 0.010 0.001 0.005 0.304 178 N 0.060 0.605 0.003 0.012 0.012 0.021 0.031 0.007 0.001 0.002 0.248 179 E 0.102 0.610 0.003 0.006 0.008 0.013 0.034 0.010 0.001 0.003 0.211 180 V 0.213 0.501 0.011 0.009 0.013 0.018 0.029 0.017 0.001 0.004 0.186 181 F 0.119 0.545 0.029 0.017 0.024 0.034 0.027 0.014 0.001 0.003 0.188