# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.3343 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.059 0.006 0.006 0.003 0.029 0.023 0.874 2 W 0.208 0.022 0.042 0.013 0.118 0.116 0.481 3 G 0.427 0.009 0.033 0.007 0.160 0.096 0.268 4 L 0.813 0.016 0.011 0.004 0.020 0.014 0.120 5 T 0.925 0.012 0.003 0.004 0.005 0.005 0.047 6 V 0.943 0.004 0.001 0.002 0.009 0.002 0.038 7 T 0.859 0.007 0.002 0.002 0.019 0.007 0.104 8 R 0.615 0.036 0.002 0.002 0.105 0.013 0.227 9 G 0.159 0.018 0.002 0.001 0.136 0.009 0.674 10 P 0.015 0.004 0.030 0.008 0.130 0.635 0.177 11 H 0.009 0.008 0.038 0.012 0.154 0.690 0.089 12 K 0.012 0.006 0.064 0.025 0.309 0.494 0.090 13 E 0.038 0.008 0.026 0.034 0.262 0.431 0.201 14 R 0.232 0.052 0.015 0.031 0.171 0.050 0.448 15 Q 0.494 0.064 0.010 0.035 0.095 0.029 0.274 16 N 0.540 0.026 0.010 0.080 0.087 0.039 0.217 17 L 0.529 0.013 0.011 0.118 0.058 0.037 0.234 18 G 0.585 0.008 0.013 0.150 0.056 0.034 0.153 19 I 0.595 0.009 0.015 0.229 0.036 0.026 0.089 20 Y 0.519 0.008 0.012 0.302 0.031 0.033 0.095 21 R 0.432 0.006 0.019 0.364 0.036 0.041 0.103 22 Q 0.456 0.005 0.020 0.403 0.033 0.031 0.052 23 Q 0.469 0.006 0.023 0.396 0.025 0.030 0.051 24 L 0.446 0.012 0.022 0.348 0.032 0.076 0.064 25 I 0.165 0.013 0.020 0.335 0.063 0.320 0.085 26 G 0.069 0.004 0.012 0.021 0.165 0.422 0.306 27 K 0.016 0.001 0.014 0.006 0.267 0.568 0.128 28 N 0.117 0.002 0.010 0.004 0.348 0.407 0.112 29 K 0.853 0.009 0.002 0.002 0.017 0.005 0.112 30 L 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 31 I 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 32 M 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 33 R 0.941 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.046 34 W 0.920 0.006 0.001 0.004 0.009 0.004 0.056 35 L 0.743 0.009 0.006 0.014 0.045 0.013 0.171 36 S 0.380 0.009 0.029 0.039 0.123 0.154 0.266 37 H 0.147 0.012 0.058 0.085 0.201 0.269 0.228 38 R 0.062 0.012 0.050 0.135 0.228 0.344 0.168 39 G 0.026 0.005 0.033 0.125 0.223 0.401 0.188 40 G 0.075 0.020 0.027 0.320 0.166 0.122 0.271 41 A 0.098 0.018 0.019 0.654 0.044 0.047 0.120 42 L 0.090 0.007 0.015 0.721 0.044 0.037 0.086 43 D 0.059 0.005 0.009 0.826 0.019 0.021 0.062 44 Y 0.022 0.001 0.008 0.934 0.004 0.014 0.017 45 Q 0.027 0.001 0.007 0.932 0.006 0.013 0.014 46 E 0.037 0.001 0.019 0.900 0.006 0.018 0.018 47 W 0.033 0.002 0.032 0.883 0.007 0.029 0.015 48 C 0.040 0.003 0.027 0.853 0.012 0.047 0.019 49 A 0.053 0.006 0.032 0.746 0.023 0.108 0.032 50 A 0.017 0.004 0.018 0.750 0.028 0.119 0.065 51 H 0.025 0.005 0.005 0.080 0.264 0.034 0.587 52 P 0.001 0.001 0.010 0.024 0.085 0.846 0.033 53 G 0.003 0.001 0.005 0.001 0.033 0.939 0.018 54 E 0.126 0.013 0.004 0.003 0.097 0.016 0.740 55 R 0.312 0.055 0.002 0.001 0.021 0.004 0.604 56 F 0.433 0.008 0.002 0.001 0.072 0.002 0.483 57 P 0.380 0.004 0.001 0.001 0.152 0.013 0.449 58 V 0.930 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.056 59 S 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 60 V 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 61 A 0.982 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 62 L 0.889 0.004 0.009 0.003 0.009 0.014 0.072 63 G 0.330 0.005 0.011 0.002 0.178 0.109 0.365 64 A 0.037 0.012 0.006 0.001 0.538 0.054 0.351 65 D 0.037 0.026 0.002 0.002 0.314 0.011 0.607 66 P 0.002 0.002 0.162 0.717 0.006 0.081 0.029 67 A 0.002 0.001 0.156 0.795 0.005 0.034 0.007 68 T 0.003 0.001 0.069 0.916 0.002 0.007 0.003 69 I 0.005 0.001 0.015 0.969 0.001 0.008 0.001 70 L 0.009 0.001 0.010 0.946 0.001 0.031 0.002 71 G 0.017 0.001 0.021 0.883 0.004 0.069 0.005 72 A 0.041 0.002 0.032 0.724 0.012 0.152 0.038 73 V 0.076 0.007 0.056 0.444 0.099 0.195 0.124 74 T 0.060 0.007 0.002 0.014 0.656 0.010 0.250 75 P 0.074 0.021 0.003 0.004 0.183 0.036 0.680 76 V 0.063 0.062 0.001 0.001 0.118 0.006 0.750 77 P 0.023 0.007 0.002 0.001 0.066 0.019 0.882 78 D 0.012 0.002 0.026 0.005 0.294 0.456 0.205 79 T 0.022 0.010 0.039 0.018 0.248 0.468 0.195 80 L 0.029 0.010 0.005 0.019 0.147 0.008 0.782 81 S 0.070 0.029 0.005 0.054 0.050 0.015 0.777 82 E 0.043 0.004 0.031 0.849 0.015 0.024 0.034 83 Y 0.043 0.002 0.025 0.891 0.005 0.008 0.026 84 A 0.050 0.001 0.031 0.867 0.007 0.011 0.032 85 F 0.025 0.002 0.012 0.919 0.006 0.015 0.021 86 A 0.016 0.001 0.006 0.949 0.005 0.012 0.011 87 G 0.013 0.001 0.011 0.942 0.005 0.022 0.007 88 L 0.017 0.001 0.012 0.928 0.004 0.030 0.008 89 L 0.022 0.006 0.023 0.825 0.011 0.098 0.015 90 R 0.006 0.003 0.014 0.278 0.019 0.668 0.012 91 G 0.005 0.001 0.009 0.028 0.123 0.752 0.081 92 T 0.025 0.005 0.005 0.005 0.302 0.063 0.596 93 K 0.146 0.016 0.014 0.003 0.105 0.056 0.659 94 T 0.503 0.014 0.007 0.002 0.077 0.012 0.386 95 E 0.818 0.007 0.005 0.002 0.021 0.004 0.142 96 V 0.948 0.006 0.001 0.002 0.005 0.001 0.036 97 V 0.937 0.002 0.001 0.003 0.007 0.002 0.048 98 K 0.910 0.005 0.002 0.003 0.017 0.005 0.058 99 C 0.689 0.008 0.005 0.004 0.034 0.016 0.244 100 I 0.527 0.018 0.016 0.006 0.098 0.081 0.254 101 S 0.346 0.021 0.023 0.007 0.167 0.132 0.304 102 N 0.157 0.018 0.020 0.006 0.333 0.202 0.265 103 D 0.098 0.014 0.016 0.002 0.251 0.160 0.459 104 L 0.177 0.030 0.007 0.002 0.187 0.057 0.541 105 E 0.222 0.053 0.006 0.002 0.092 0.071 0.553 106 V 0.166 0.086 0.001 0.002 0.171 0.004 0.570 107 P 0.052 0.009 0.001 0.001 0.012 0.002 0.924 108 A 0.057 0.010 0.068 0.013 0.152 0.544 0.156 109 S 0.108 0.007 0.070 0.004 0.157 0.533 0.122 110 A 0.307 0.005 0.032 0.002 0.101 0.017 0.535 111 E 0.713 0.004 0.003 0.002 0.118 0.007 0.153 112 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 113 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 114 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 115 E 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 116 G 0.938 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.047 117 Y 0.960 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.030 118 I 0.873 0.031 0.001 0.001 0.004 0.001 0.090 119 E 0.318 0.003 0.001 0.001 0.010 0.004 0.665 120 Q 0.011 0.001 0.044 0.011 0.066 0.837 0.030 121 G 0.015 0.001 0.065 0.005 0.081 0.812 0.021 122 E 0.137 0.024 0.107 0.008 0.126 0.093 0.505 123 T 0.262 0.147 0.012 0.007 0.109 0.018 0.446 124 A 0.140 0.040 0.011 0.002 0.114 0.010 0.683 125 P 0.078 0.016 0.007 0.001 0.116 0.090 0.693 126 E 0.071 0.099 0.007 0.001 0.203 0.144 0.475 127 G 0.042 0.021 0.003 0.001 0.419 0.032 0.482 128 P 0.032 0.016 0.012 0.003 0.187 0.235 0.514 129 Y 0.092 0.098 0.028 0.008 0.258 0.244 0.271 130 G 0.150 0.054 0.052 0.013 0.248 0.155 0.329 131 D 0.183 0.028 0.044 0.017 0.190 0.128 0.409 132 H 0.369 0.048 0.056 0.022 0.131 0.116 0.258 133 T 0.527 0.034 0.046 0.023 0.087 0.114 0.168 134 G 0.608 0.016 0.029 0.020 0.089 0.116 0.120 135 Y 0.775 0.025 0.009 0.009 0.037 0.034 0.111 136 Y 0.735 0.057 0.005 0.004 0.048 0.023 0.126 137 N 0.412 0.022 0.013 0.005 0.148 0.060 0.340 138 E 0.182 0.014 0.063 0.013 0.210 0.309 0.210 139 V 0.079 0.014 0.144 0.011 0.142 0.402 0.208 140 D 0.099 0.009 0.070 0.006 0.221 0.275 0.321 141 S 0.128 0.020 0.037 0.003 0.259 0.173 0.380 142 F 0.181 0.014 0.002 0.001 0.405 0.010 0.388 143 P 0.242 0.005 0.001 0.001 0.097 0.016 0.639 144 V 0.882 0.005 0.001 0.001 0.016 0.004 0.091 145 F 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 146 T 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 147 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 148 T 0.941 0.001 0.001 0.002 0.016 0.002 0.037 149 H 0.935 0.001 0.002 0.004 0.009 0.006 0.043 150 I 0.912 0.003 0.002 0.005 0.008 0.005 0.064 151 T 0.908 0.007 0.003 0.010 0.012 0.007 0.054 152 Q 0.687 0.010 0.008 0.014 0.048 0.022 0.211 153 R 0.337 0.009 0.012 0.014 0.208 0.057 0.362 154 E 0.140 0.009 0.029 0.031 0.362 0.175 0.256 155 D 0.119 0.014 0.045 0.031 0.300 0.147 0.345 156 A 0.145 0.017 0.047 0.042 0.148 0.101 0.500 157 I 0.337 0.055 0.040 0.045 0.125 0.092 0.306 158 Y 0.455 0.029 0.040 0.043 0.112 0.044 0.277 159 H 0.381 0.011 0.057 0.075 0.093 0.092 0.290 160 S 0.411 0.031 0.075 0.063 0.089 0.107 0.224 161 T 0.434 0.033 0.046 0.052 0.087 0.092 0.256 162 Y 0.391 0.048 0.033 0.028 0.116 0.097 0.288 163 T 0.262 0.052 0.011 0.008 0.136 0.106 0.425 164 G 0.070 0.020 0.006 0.002 0.330 0.134 0.437 165 R 0.037 0.045 0.002 0.001 0.310 0.024 0.581 166 P 0.012 0.021 0.002 0.001 0.072 0.010 0.881 167 P 0.005 0.010 0.023 0.009 0.214 0.474 0.266 168 D 0.006 0.021 0.034 0.031 0.304 0.357 0.247 169 E 0.012 0.011 0.047 0.100 0.338 0.033 0.460 170 P 0.017 0.011 0.110 0.333 0.052 0.124 0.353 171 A 0.054 0.019 0.177 0.433 0.059 0.140 0.119 172 V 0.070 0.033 0.126 0.558 0.042 0.103 0.068 173 L 0.043 0.009 0.039 0.609 0.023 0.216 0.061 174 G 0.062 0.003 0.030 0.444 0.071 0.216 0.173 175 V 0.109 0.009 0.033 0.544 0.072 0.043 0.189 176 A 0.110 0.012 0.042 0.645 0.024 0.045 0.121 177 L 0.074 0.004 0.062 0.698 0.020 0.061 0.082 178 N 0.100 0.005 0.116 0.564 0.047 0.079 0.090 179 E 0.083 0.005 0.105 0.498 0.066 0.129 0.114 180 V 0.066 0.014 0.049 0.347 0.022 0.208 0.295 181 F 0.010 0.002 0.002 0.018 0.008 0.005 0.954