# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.3343 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.146 0.243 0.106 0.025 0.253 0.016 0.032 0.047 0.034 0.058 0.040 2 W 0.094 0.163 0.130 0.109 0.117 0.041 0.060 0.059 0.060 0.114 0.054 3 G 0.071 0.210 0.162 0.146 0.199 0.050 0.016 0.029 0.026 0.060 0.029 4 L 0.245 0.133 0.017 0.003 0.530 0.003 0.006 0.013 0.009 0.010 0.031 5 T 0.246 0.128 0.020 0.003 0.543 0.004 0.007 0.008 0.004 0.006 0.031 6 V 0.316 0.093 0.018 0.005 0.443 0.007 0.013 0.016 0.008 0.024 0.057 7 T 0.230 0.161 0.066 0.017 0.373 0.015 0.015 0.027 0.015 0.033 0.045 8 R 0.059 0.135 0.135 0.160 0.105 0.086 0.074 0.064 0.046 0.089 0.046 9 G 0.089 0.167 0.256 0.146 0.169 0.034 0.019 0.029 0.017 0.032 0.042 10 P 0.062 0.187 0.071 0.028 0.153 0.029 0.039 0.183 0.141 0.075 0.033 11 H 0.091 0.130 0.061 0.033 0.138 0.048 0.101 0.112 0.079 0.149 0.058 12 K 0.093 0.145 0.077 0.057 0.148 0.040 0.046 0.115 0.092 0.132 0.054 13 E 0.082 0.070 0.035 0.046 0.106 0.055 0.070 0.196 0.123 0.147 0.070 14 R 0.157 0.133 0.038 0.021 0.224 0.023 0.042 0.109 0.069 0.108 0.076 15 Q 0.075 0.211 0.093 0.040 0.188 0.053 0.060 0.140 0.052 0.057 0.031 16 N 0.232 0.140 0.053 0.017 0.265 0.011 0.015 0.093 0.026 0.071 0.078 17 L 0.132 0.108 0.030 0.027 0.150 0.043 0.052 0.237 0.085 0.085 0.052 18 G 0.102 0.148 0.063 0.073 0.227 0.034 0.027 0.215 0.040 0.045 0.026 19 I 0.197 0.067 0.014 0.011 0.255 0.014 0.030 0.305 0.045 0.029 0.031 20 Y 0.135 0.128 0.029 0.018 0.272 0.015 0.023 0.296 0.033 0.027 0.025 21 R 0.299 0.036 0.008 0.006 0.226 0.012 0.035 0.199 0.049 0.061 0.069 22 Q 0.193 0.141 0.029 0.011 0.391 0.018 0.035 0.098 0.030 0.027 0.027 23 Q 0.213 0.150 0.026 0.004 0.438 0.007 0.015 0.079 0.018 0.018 0.031 24 L 0.332 0.096 0.034 0.013 0.246 0.022 0.049 0.095 0.023 0.033 0.057 25 I 0.054 0.092 0.041 0.170 0.064 0.168 0.126 0.135 0.047 0.066 0.037 26 G 0.025 0.140 0.250 0.303 0.052 0.062 0.016 0.046 0.034 0.054 0.018 27 K 0.016 0.066 0.043 0.086 0.032 0.102 0.106 0.308 0.146 0.078 0.018 28 N 0.096 0.100 0.037 0.025 0.134 0.017 0.042 0.114 0.095 0.257 0.082 29 K 0.174 0.157 0.032 0.011 0.301 0.015 0.039 0.092 0.048 0.080 0.050 30 L 0.255 0.145 0.023 0.006 0.461 0.007 0.009 0.033 0.011 0.020 0.031 31 I 0.255 0.102 0.017 0.013 0.492 0.013 0.016 0.043 0.010 0.011 0.030 32 M 0.269 0.111 0.015 0.007 0.486 0.008 0.009 0.036 0.008 0.013 0.039 33 R 0.204 0.155 0.030 0.004 0.482 0.003 0.012 0.044 0.008 0.015 0.042 34 W 0.203 0.182 0.034 0.009 0.293 0.011 0.021 0.069 0.030 0.058 0.090 35 L 0.078 0.284 0.162 0.028 0.239 0.012 0.019 0.073 0.047 0.032 0.027 36 S 0.071 0.168 0.068 0.019 0.105 0.039 0.106 0.247 0.108 0.043 0.026 37 H 0.081 0.113 0.071 0.041 0.111 0.035 0.090 0.140 0.094 0.173 0.051 38 R 0.056 0.137 0.116 0.132 0.084 0.129 0.138 0.069 0.039 0.061 0.038 39 G 0.016 0.058 0.103 0.345 0.019 0.067 0.034 0.065 0.057 0.177 0.059 40 G 0.033 0.113 0.093 0.103 0.057 0.043 0.027 0.171 0.104 0.207 0.048 41 A 0.046 0.144 0.036 0.008 0.164 0.012 0.024 0.370 0.118 0.056 0.020 42 L 0.092 0.137 0.038 0.008 0.160 0.023 0.038 0.345 0.065 0.046 0.049 43 D 0.160 0.151 0.079 0.008 0.182 0.003 0.010 0.270 0.029 0.060 0.049 44 Y 0.016 0.013 0.004 0.001 0.014 0.001 0.002 0.759 0.143 0.040 0.007 45 Q 0.001 0.006 0.002 0.001 0.005 0.004 0.011 0.886 0.079 0.004 0.001 46 E 0.003 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.008 0.924 0.048 0.006 0.001 47 W 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.012 0.851 0.101 0.021 0.001 48 C 0.007 0.014 0.004 0.002 0.011 0.005 0.017 0.670 0.229 0.037 0.005 49 A 0.010 0.017 0.005 0.002 0.017 0.006 0.053 0.652 0.164 0.068 0.006 50 A 0.035 0.073 0.040 0.012 0.067 0.036 0.196 0.239 0.111 0.161 0.031 51 H 0.199 0.130 0.200 0.040 0.199 0.015 0.014 0.033 0.032 0.051 0.088 52 P 0.002 0.022 0.012 0.081 0.006 0.164 0.400 0.247 0.060 0.005 0.001 53 G 0.003 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 0.037 0.895 0.047 54 E 0.012 0.541 0.175 0.007 0.152 0.005 0.018 0.042 0.033 0.011 0.002 55 R 0.344 0.061 0.026 0.001 0.341 0.002 0.013 0.017 0.027 0.053 0.114 56 F 0.019 0.515 0.288 0.008 0.157 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 57 P 0.343 0.094 0.004 0.001 0.518 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.032 58 V 0.338 0.044 0.004 0.005 0.569 0.012 0.006 0.001 0.001 0.003 0.017 59 S 0.121 0.050 0.002 0.002 0.813 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 60 V 0.283 0.040 0.001 0.001 0.648 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 61 A 0.448 0.029 0.004 0.001 0.345 0.001 0.003 0.002 0.001 0.021 0.145 62 L 0.097 0.095 0.033 0.095 0.128 0.103 0.092 0.038 0.028 0.151 0.141 63 G 0.035 0.099 0.185 0.270 0.058 0.075 0.012 0.035 0.040 0.151 0.038 64 A 0.017 0.148 0.281 0.120 0.063 0.080 0.062 0.086 0.056 0.072 0.014 65 D 0.196 0.139 0.079 0.005 0.472 0.003 0.025 0.036 0.011 0.006 0.029 66 P 0.005 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.416 0.535 0.020 0.003 67 A 0.004 0.006 0.002 0.001 0.009 0.004 0.025 0.771 0.153 0.024 0.002 68 T 0.018 0.015 0.001 0.002 0.041 0.003 0.020 0.808 0.077 0.012 0.003 69 I 0.055 0.017 0.002 0.003 0.097 0.009 0.026 0.722 0.052 0.010 0.007 70 L 0.053 0.024 0.003 0.005 0.093 0.012 0.034 0.656 0.085 0.023 0.013 71 G 0.084 0.058 0.008 0.004 0.122 0.012 0.038 0.508 0.089 0.052 0.025 72 A 0.077 0.067 0.018 0.008 0.126 0.014 0.080 0.389 0.081 0.102 0.038 73 V 0.081 0.077 0.024 0.014 0.117 0.020 0.072 0.162 0.117 0.265 0.051 74 T 0.029 0.457 0.233 0.017 0.149 0.009 0.021 0.047 0.018 0.012 0.008 75 P 0.106 0.271 0.140 0.014 0.231 0.012 0.039 0.069 0.039 0.044 0.033 76 V 0.026 0.415 0.292 0.025 0.114 0.011 0.030 0.044 0.021 0.010 0.012 77 P 0.028 0.377 0.208 0.034 0.120 0.022 0.023 0.073 0.073 0.025 0.018 78 D 0.010 0.046 0.029 0.017 0.023 0.076 0.238 0.229 0.252 0.067 0.013 79 T 0.057 0.107 0.049 0.011 0.086 0.007 0.024 0.082 0.106 0.379 0.092 80 L 0.090 0.231 0.058 0.009 0.143 0.009 0.020 0.115 0.127 0.123 0.075 81 S 0.011 0.158 0.087 0.016 0.044 0.011 0.031 0.428 0.160 0.045 0.009 82 E 0.016 0.015 0.004 0.001 0.016 0.001 0.004 0.679 0.226 0.030 0.009 83 Y 0.004 0.010 0.003 0.001 0.011 0.003 0.007 0.801 0.138 0.018 0.003 84 A 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.892 0.071 0.008 0.002 85 F 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.007 0.840 0.084 0.052 0.003 86 A 0.004 0.010 0.002 0.001 0.009 0.002 0.009 0.840 0.103 0.017 0.003 87 G 0.003 0.014 0.005 0.003 0.011 0.007 0.021 0.835 0.088 0.011 0.002 88 L 0.007 0.006 0.009 0.003 0.005 0.003 0.071 0.785 0.094 0.014 0.003 89 L 0.009 0.010 0.015 0.019 0.006 0.053 0.126 0.571 0.135 0.050 0.007 90 R 0.003 0.675 0.108 0.056 0.040 0.021 0.043 0.038 0.008 0.006 0.002 91 G 0.011 0.002 0.003 0.006 0.002 0.003 0.002 0.007 0.024 0.801 0.140 92 T 0.006 0.540 0.293 0.010 0.093 0.005 0.012 0.025 0.010 0.004 0.001 93 K 0.391 0.069 0.011 0.002 0.259 0.002 0.010 0.023 0.026 0.060 0.147 94 T 0.062 0.467 0.123 0.008 0.301 0.005 0.008 0.006 0.006 0.005 0.008 95 E 0.161 0.242 0.020 0.001 0.551 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.013 96 V 0.450 0.054 0.010 0.003 0.413 0.003 0.004 0.004 0.002 0.006 0.052 97 V 0.133 0.184 0.044 0.030 0.451 0.051 0.049 0.020 0.007 0.008 0.022 98 K 0.220 0.188 0.043 0.008 0.419 0.005 0.007 0.010 0.006 0.025 0.069 99 C 0.151 0.232 0.083 0.024 0.363 0.016 0.011 0.026 0.015 0.031 0.049 100 I 0.156 0.086 0.053 0.043 0.127 0.051 0.077 0.102 0.099 0.105 0.101 101 S 0.064 0.181 0.111 0.090 0.131 0.055 0.073 0.095 0.075 0.089 0.036 102 N 0.034 0.247 0.118 0.071 0.131 0.032 0.042 0.074 0.070 0.146 0.036 103 D 0.175 0.055 0.033 0.016 0.129 0.012 0.021 0.042 0.067 0.255 0.196 104 L 0.050 0.414 0.123 0.005 0.335 0.003 0.006 0.025 0.019 0.010 0.009 105 E 0.320 0.099 0.039 0.003 0.382 0.004 0.012 0.017 0.017 0.034 0.072 106 V 0.041 0.496 0.239 0.011 0.165 0.003 0.013 0.017 0.004 0.003 0.007 107 P 0.084 0.377 0.225 0.020 0.204 0.007 0.005 0.019 0.010 0.017 0.031 108 A 0.042 0.078 0.033 0.014 0.100 0.069 0.152 0.252 0.219 0.026 0.015 109 S 0.196 0.065 0.021 0.005 0.213 0.007 0.019 0.070 0.071 0.174 0.159 110 A 0.240 0.147 0.018 0.004 0.439 0.002 0.004 0.019 0.023 0.067 0.038 111 E 0.171 0.082 0.008 0.006 0.547 0.016 0.067 0.057 0.020 0.012 0.014 112 I 0.263 0.079 0.004 0.001 0.631 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.014 113 V 0.311 0.032 0.002 0.002 0.616 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.026 114 L 0.416 0.037 0.011 0.015 0.392 0.020 0.011 0.011 0.002 0.013 0.071 115 E 0.198 0.070 0.029 0.051 0.161 0.023 0.070 0.027 0.023 0.188 0.160 116 G 0.043 0.234 0.158 0.185 0.137 0.094 0.018 0.018 0.015 0.070 0.028 117 Y 0.228 0.148 0.028 0.002 0.446 0.003 0.008 0.016 0.018 0.042 0.061 118 I 0.118 0.360 0.128 0.020 0.264 0.019 0.017 0.017 0.011 0.014 0.032 119 E 0.035 0.230 0.502 0.073 0.118 0.013 0.004 0.006 0.006 0.005 0.008 120 Q 0.005 0.025 0.014 0.068 0.010 0.153 0.260 0.292 0.150 0.016 0.006 121 G 0.007 0.010 0.009 0.012 0.007 0.006 0.008 0.032 0.139 0.713 0.058 122 E 0.054 0.304 0.075 0.004 0.276 0.006 0.036 0.079 0.090 0.066 0.011 123 T 0.226 0.206 0.053 0.004 0.335 0.003 0.011 0.024 0.020 0.047 0.071 124 A 0.055 0.299 0.351 0.043 0.161 0.015 0.022 0.018 0.010 0.010 0.016 125 P 0.057 0.297 0.232 0.041 0.192 0.027 0.023 0.055 0.028 0.031 0.016 126 E 0.090 0.165 0.128 0.073 0.094 0.036 0.101 0.075 0.057 0.113 0.068 127 G 0.007 0.094 0.385 0.363 0.023 0.065 0.009 0.015 0.008 0.022 0.009 128 P 0.061 0.244 0.119 0.038 0.170 0.038 0.091 0.142 0.053 0.028 0.017 129 Y 0.039 0.125 0.076 0.059 0.053 0.038 0.049 0.111 0.166 0.225 0.059 130 G 0.028 0.109 0.165 0.215 0.059 0.068 0.014 0.045 0.074 0.181 0.042 131 D 0.127 0.086 0.033 0.013 0.176 0.022 0.083 0.159 0.144 0.110 0.048 132 H 0.161 0.109 0.035 0.010 0.185 0.011 0.022 0.077 0.096 0.189 0.105 133 T 0.074 0.164 0.095 0.062 0.135 0.051 0.081 0.069 0.088 0.140 0.040 134 G 0.083 0.099 0.173 0.149 0.115 0.047 0.020 0.043 0.044 0.148 0.078 135 Y 0.197 0.146 0.044 0.014 0.296 0.012 0.029 0.081 0.050 0.056 0.074 136 Y 0.105 0.116 0.055 0.035 0.142 0.040 0.057 0.102 0.102 0.162 0.083 137 N 0.059 0.305 0.216 0.046 0.196 0.020 0.017 0.047 0.035 0.039 0.020 138 E 0.133 0.110 0.065 0.014 0.154 0.012 0.025 0.183 0.137 0.119 0.048 139 V 0.062 0.117 0.068 0.033 0.093 0.037 0.057 0.172 0.182 0.135 0.044 140 D 0.054 0.185 0.128 0.079 0.127 0.053 0.082 0.173 0.058 0.038 0.023 141 S 0.075 0.080 0.066 0.023 0.096 0.020 0.054 0.107 0.148 0.271 0.060 142 F 0.049 0.368 0.307 0.022 0.157 0.009 0.012 0.028 0.019 0.016 0.013 143 P 0.116 0.302 0.052 0.004 0.436 0.004 0.009 0.023 0.014 0.012 0.028 144 V 0.352 0.073 0.013 0.004 0.293 0.011 0.042 0.025 0.032 0.051 0.104 145 F 0.112 0.270 0.038 0.002 0.549 0.002 0.003 0.005 0.004 0.004 0.010 146 T 0.163 0.240 0.013 0.001 0.558 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.013 147 V 0.613 0.010 0.002 0.001 0.203 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.159 148 T 0.003 0.002 0.001 0.064 0.008 0.491 0.378 0.035 0.011 0.003 0.002 149 H 0.256 0.104 0.016 0.001 0.578 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.030 150 I 0.385 0.043 0.002 0.003 0.462 0.007 0.003 0.007 0.005 0.009 0.073 151 T 0.260 0.083 0.024 0.008 0.461 0.005 0.006 0.009 0.007 0.031 0.106 152 Q 0.211 0.155 0.049 0.025 0.220 0.013 0.010 0.023 0.025 0.114 0.154 153 R 0.049 0.279 0.117 0.086 0.169 0.052 0.053 0.093 0.048 0.041 0.013 154 E 0.024 0.029 0.031 0.045 0.030 0.091 0.202 0.199 0.153 0.158 0.039 155 D 0.261 0.111 0.050 0.006 0.417 0.003 0.011 0.018 0.014 0.031 0.078 156 A 0.125 0.085 0.012 0.002 0.245 0.003 0.008 0.179 0.219 0.080 0.042 157 I 0.137 0.079 0.019 0.008 0.196 0.017 0.083 0.195 0.112 0.112 0.042 158 Y 0.142 0.205 0.055 0.019 0.373 0.012 0.021 0.080 0.032 0.037 0.025 159 H 0.130 0.126 0.034 0.016 0.302 0.028 0.066 0.150 0.053 0.040 0.054 160 S 0.180 0.146 0.059 0.014 0.251 0.019 0.041 0.091 0.051 0.068 0.080 161 T 0.118 0.136 0.054 0.021 0.244 0.033 0.081 0.089 0.064 0.093 0.068 162 Y 0.143 0.158 0.089 0.044 0.220 0.024 0.030 0.060 0.049 0.115 0.068 163 T 0.050 0.219 0.141 0.068 0.148 0.039 0.080 0.078 0.060 0.084 0.033 164 G 0.049 0.071 0.118 0.158 0.058 0.070 0.051 0.062 0.079 0.226 0.058 165 R 0.020 0.362 0.371 0.050 0.083 0.012 0.031 0.033 0.015 0.012 0.011 166 P 0.016 0.473 0.321 0.025 0.095 0.010 0.007 0.025 0.013 0.008 0.009 167 P 0.029 0.111 0.042 0.012 0.068 0.049 0.171 0.246 0.215 0.041 0.017 168 D 0.035 0.086 0.109 0.021 0.042 0.012 0.017 0.099 0.139 0.386 0.053 169 E 0.056 0.184 0.089 0.020 0.109 0.015 0.035 0.281 0.131 0.051 0.031 170 P 0.045 0.093 0.025 0.014 0.081 0.025 0.047 0.367 0.179 0.082 0.042 171 A 0.084 0.118 0.034 0.006 0.145 0.008 0.028 0.346 0.133 0.070 0.028 172 V 0.097 0.072 0.022 0.006 0.140 0.011 0.029 0.433 0.079 0.082 0.027 173 L 0.061 0.119 0.035 0.024 0.096 0.019 0.037 0.422 0.089 0.066 0.031 174 G 0.032 0.036 0.033 0.066 0.047 0.054 0.039 0.450 0.097 0.112 0.032 175 V 0.042 0.169 0.051 0.010 0.139 0.008 0.030 0.457 0.060 0.022 0.012 176 A 0.084 0.063 0.023 0.007 0.087 0.009 0.032 0.581 0.053 0.033 0.028 177 L 0.043 0.054 0.018 0.011 0.062 0.019 0.041 0.502 0.159 0.072 0.018 178 N 0.058 0.087 0.024 0.013 0.096 0.017 0.037 0.439 0.140 0.062 0.026 179 E 0.057 0.072 0.023 0.006 0.108 0.007 0.034 0.515 0.126 0.035 0.017 180 V 0.060 0.059 0.018 0.009 0.086 0.022 0.089 0.479 0.101 0.056 0.021 181 F 0.082 0.139 0.042 0.020 0.137 0.019 0.041 0.262 0.103 0.110 0.045