# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32.3343 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.358 0.278 0.159 0.108 0.058 0.029 0.010 2 W 0.145 0.159 0.190 0.216 0.171 0.093 0.026 3 G 0.117 0.185 0.194 0.193 0.155 0.120 0.036 4 L 0.025 0.051 0.093 0.157 0.249 0.302 0.122 5 T 0.021 0.045 0.082 0.145 0.248 0.329 0.130 6 V 0.018 0.023 0.042 0.110 0.251 0.400 0.157 7 T 0.040 0.063 0.097 0.202 0.297 0.253 0.048 8 R 0.105 0.222 0.250 0.220 0.133 0.059 0.011 9 G 0.163 0.286 0.244 0.188 0.085 0.027 0.005 10 P 0.334 0.272 0.190 0.130 0.056 0.016 0.002 11 H 0.669 0.215 0.073 0.031 0.011 0.003 0.001 12 K 0.604 0.235 0.107 0.042 0.010 0.002 0.001 13 E 0.622 0.256 0.084 0.028 0.007 0.002 0.001 14 R 0.166 0.242 0.260 0.207 0.096 0.027 0.003 15 Q 0.055 0.133 0.207 0.251 0.226 0.112 0.015 16 N 0.036 0.060 0.102 0.207 0.293 0.232 0.070 17 L 0.020 0.030 0.051 0.118 0.215 0.361 0.205 18 G 0.023 0.039 0.073 0.134 0.179 0.301 0.252 19 I 0.012 0.024 0.050 0.099 0.151 0.319 0.344 20 Y 0.011 0.017 0.027 0.069 0.162 0.392 0.322 21 R 0.011 0.024 0.041 0.100 0.199 0.380 0.245 22 Q 0.016 0.037 0.058 0.121 0.216 0.387 0.166 23 Q 0.009 0.030 0.068 0.144 0.252 0.363 0.134 24 L 0.015 0.044 0.099 0.194 0.294 0.284 0.070 25 I 0.060 0.123 0.160 0.219 0.225 0.168 0.046 26 G 0.187 0.229 0.211 0.187 0.119 0.054 0.011 27 K 0.261 0.305 0.208 0.131 0.065 0.025 0.005 28 N 0.134 0.196 0.216 0.230 0.149 0.065 0.010 29 K 0.088 0.198 0.240 0.219 0.154 0.082 0.019 30 L 0.022 0.034 0.065 0.155 0.276 0.348 0.101 31 I 0.016 0.039 0.082 0.176 0.252 0.303 0.132 32 M 0.009 0.015 0.024 0.054 0.135 0.402 0.361 33 R 0.015 0.042 0.078 0.170 0.254 0.285 0.157 34 W 0.016 0.038 0.073 0.141 0.244 0.317 0.171 35 L 0.037 0.058 0.081 0.146 0.228 0.288 0.162 36 S 0.111 0.167 0.176 0.176 0.152 0.154 0.064 37 H 0.104 0.147 0.174 0.204 0.179 0.140 0.052 38 R 0.222 0.217 0.178 0.160 0.116 0.079 0.028 39 G 0.233 0.175 0.136 0.140 0.133 0.129 0.054 40 G 0.153 0.109 0.123 0.157 0.172 0.184 0.102 41 A 0.138 0.163 0.157 0.176 0.154 0.149 0.062 42 L 0.112 0.170 0.193 0.202 0.161 0.116 0.046 43 D 0.057 0.086 0.133 0.198 0.263 0.215 0.048 44 Y 0.074 0.062 0.091 0.152 0.258 0.295 0.067 45 Q 0.156 0.197 0.227 0.233 0.136 0.045 0.004 46 E 0.114 0.248 0.281 0.222 0.103 0.030 0.003 47 W 0.050 0.072 0.128 0.278 0.328 0.135 0.010 48 C 0.079 0.211 0.286 0.260 0.132 0.031 0.002 49 A 0.469 0.349 0.124 0.044 0.011 0.002 0.001 50 A 0.376 0.311 0.182 0.094 0.031 0.005 0.001 51 H 0.572 0.252 0.106 0.052 0.016 0.003 0.001 52 P 0.589 0.271 0.099 0.034 0.006 0.001 0.001 53 G 0.691 0.227 0.063 0.016 0.003 0.001 0.001 54 E 0.165 0.359 0.308 0.140 0.027 0.002 0.001 55 R 0.091 0.415 0.323 0.144 0.026 0.002 0.001 56 F 0.001 0.006 0.043 0.234 0.513 0.196 0.008 57 P 0.002 0.027 0.122 0.329 0.383 0.125 0.012 58 V 0.001 0.001 0.002 0.017 0.107 0.590 0.283 59 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.306 0.658 60 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.136 0.847 61 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.117 0.863 62 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.200 0.767 63 G 0.001 0.003 0.011 0.039 0.113 0.350 0.484 64 A 0.001 0.009 0.024 0.070 0.177 0.382 0.337 65 D 0.007 0.018 0.033 0.096 0.216 0.349 0.282 66 P 0.006 0.016 0.029 0.060 0.125 0.334 0.430 67 A 0.008 0.017 0.036 0.075 0.109 0.264 0.491 68 T 0.005 0.007 0.013 0.032 0.076 0.230 0.637 69 I 0.003 0.004 0.006 0.017 0.059 0.211 0.700 70 L 0.004 0.006 0.009 0.019 0.038 0.182 0.743 71 G 0.006 0.008 0.011 0.023 0.049 0.192 0.712 72 A 0.004 0.008 0.014 0.033 0.081 0.290 0.571 73 V 0.006 0.013 0.027 0.078 0.176 0.359 0.341 74 T 0.008 0.021 0.030 0.071 0.167 0.388 0.314 75 P 0.012 0.043 0.081 0.168 0.260 0.318 0.118 76 V 0.008 0.031 0.072 0.159 0.285 0.356 0.087 77 P 0.034 0.094 0.171 0.261 0.252 0.151 0.037 78 D 0.138 0.250 0.235 0.182 0.108 0.062 0.025 79 T 0.139 0.172 0.167 0.165 0.144 0.127 0.087 80 L 0.032 0.062 0.118 0.212 0.271 0.231 0.074 81 S 0.075 0.133 0.161 0.184 0.175 0.168 0.104 82 E 0.029 0.042 0.053 0.098 0.187 0.359 0.233 83 Y 0.018 0.037 0.065 0.130 0.203 0.297 0.250 84 A 0.011 0.026 0.060 0.138 0.215 0.324 0.226 85 F 0.009 0.012 0.020 0.049 0.109 0.355 0.447 86 A 0.012 0.016 0.022 0.051 0.122 0.361 0.417 87 G 0.020 0.040 0.062 0.094 0.159 0.312 0.313 88 L 0.008 0.025 0.059 0.150 0.263 0.337 0.159 89 L 0.006 0.011 0.026 0.086 0.267 0.463 0.141 90 R 0.029 0.106 0.181 0.285 0.266 0.120 0.014 91 G 0.117 0.282 0.283 0.191 0.095 0.028 0.004 92 T 0.136 0.298 0.280 0.182 0.078 0.023 0.004 93 K 0.091 0.217 0.232 0.244 0.149 0.059 0.007 94 T 0.016 0.040 0.104 0.244 0.348 0.223 0.024 95 E 0.065 0.221 0.300 0.241 0.119 0.047 0.008 96 V 0.015 0.028 0.060 0.155 0.278 0.373 0.091 97 V 0.014 0.041 0.074 0.180 0.307 0.316 0.067 98 K 0.029 0.120 0.200 0.239 0.203 0.165 0.044 99 C 0.028 0.049 0.082 0.173 0.296 0.298 0.075 100 I 0.043 0.139 0.218 0.258 0.204 0.117 0.021 101 S 0.122 0.212 0.226 0.215 0.144 0.067 0.014 102 N 0.103 0.173 0.217 0.249 0.171 0.077 0.011 103 D 0.256 0.318 0.227 0.124 0.052 0.019 0.004 104 L 0.028 0.038 0.083 0.205 0.325 0.278 0.045 105 E 0.136 0.245 0.247 0.188 0.116 0.054 0.013 106 V 0.024 0.048 0.083 0.174 0.283 0.295 0.093 107 P 0.018 0.049 0.082 0.163 0.243 0.302 0.143 108 A 0.014 0.043 0.095 0.178 0.247 0.285 0.139 109 S 0.015 0.064 0.140 0.212 0.210 0.216 0.143 110 A 0.002 0.005 0.011 0.047 0.171 0.448 0.315 111 E 0.006 0.020 0.046 0.117 0.215 0.334 0.263 112 I 0.008 0.020 0.036 0.070 0.124 0.389 0.353 113 V 0.009 0.022 0.044 0.094 0.172 0.337 0.322 114 L 0.005 0.012 0.027 0.073 0.167 0.408 0.309 115 E 0.009 0.023 0.046 0.120 0.242 0.367 0.192 116 G 0.019 0.041 0.056 0.110 0.209 0.403 0.163 117 Y 0.015 0.093 0.197 0.304 0.246 0.127 0.019 118 I 0.015 0.040 0.089 0.223 0.361 0.242 0.031 119 E 0.110 0.271 0.281 0.217 0.093 0.026 0.003 120 Q 0.292 0.315 0.206 0.123 0.051 0.013 0.001 121 G 0.586 0.236 0.110 0.050 0.015 0.003 0.001 122 E 0.416 0.274 0.171 0.096 0.035 0.007 0.001 123 T 0.375 0.251 0.168 0.119 0.061 0.022 0.003 124 A 0.221 0.224 0.209 0.196 0.107 0.037 0.006 125 P 0.223 0.230 0.195 0.159 0.108 0.064 0.022 126 E 0.112 0.138 0.156 0.209 0.177 0.148 0.061 127 G 0.116 0.115 0.113 0.140 0.163 0.199 0.154 128 P 0.168 0.162 0.146 0.142 0.122 0.138 0.123 129 Y 0.132 0.117 0.106 0.132 0.146 0.188 0.179 130 G 0.122 0.122 0.124 0.139 0.146 0.175 0.172 131 D 0.124 0.140 0.145 0.164 0.164 0.162 0.101 132 H 0.082 0.067 0.090 0.142 0.210 0.259 0.150 133 T 0.096 0.106 0.131 0.171 0.200 0.205 0.092 134 G 0.091 0.087 0.108 0.165 0.221 0.239 0.088 135 Y 0.100 0.138 0.162 0.222 0.202 0.143 0.033 136 Y 0.088 0.108 0.142 0.216 0.247 0.166 0.034 137 N 0.241 0.266 0.214 0.158 0.083 0.032 0.006 138 E 0.390 0.320 0.165 0.084 0.030 0.009 0.001 139 V 0.311 0.257 0.204 0.146 0.064 0.016 0.002 140 D 0.442 0.283 0.161 0.077 0.030 0.007 0.001 141 S 0.519 0.301 0.118 0.044 0.014 0.004 0.001 142 F 0.106 0.219 0.270 0.240 0.127 0.034 0.003 143 P 0.064 0.155 0.198 0.243 0.203 0.118 0.019 144 V 0.029 0.138 0.240 0.289 0.189 0.093 0.022 145 F 0.011 0.028 0.061 0.174 0.323 0.332 0.071 146 T 0.018 0.148 0.338 0.312 0.139 0.039 0.006 147 V 0.006 0.011 0.031 0.127 0.334 0.413 0.078 148 T 0.063 0.260 0.330 0.221 0.088 0.032 0.005 149 H 0.047 0.178 0.245 0.245 0.176 0.095 0.013 150 I 0.026 0.043 0.084 0.194 0.302 0.287 0.064 151 T 0.057 0.160 0.215 0.246 0.185 0.112 0.025 152 Q 0.062 0.105 0.136 0.228 0.255 0.183 0.033 153 R 0.094 0.214 0.264 0.236 0.138 0.048 0.007 154 E 0.271 0.329 0.199 0.117 0.057 0.023 0.005 155 D 0.126 0.250 0.254 0.202 0.109 0.048 0.011 156 A 0.021 0.038 0.075 0.169 0.310 0.320 0.068 157 I 0.012 0.028 0.055 0.133 0.245 0.352 0.174 158 Y 0.013 0.023 0.033 0.074 0.159 0.377 0.321 159 H 0.013 0.022 0.034 0.067 0.129 0.310 0.427 160 S 0.008 0.012 0.020 0.041 0.095 0.288 0.535 161 T 0.007 0.011 0.016 0.033 0.089 0.292 0.552 162 Y 0.013 0.020 0.031 0.075 0.169 0.336 0.356 163 T 0.018 0.028 0.039 0.085 0.178 0.345 0.306 164 G 0.031 0.065 0.100 0.176 0.224 0.268 0.136 165 R 0.065 0.138 0.172 0.220 0.200 0.144 0.061 166 P 0.092 0.111 0.137 0.193 0.211 0.173 0.082 167 P 0.218 0.213 0.187 0.160 0.111 0.072 0.039 168 D 0.225 0.238 0.196 0.144 0.088 0.065 0.045 169 E 0.072 0.082 0.111 0.181 0.235 0.227 0.092 170 P 0.090 0.135 0.161 0.185 0.182 0.171 0.076 171 A 0.125 0.150 0.168 0.191 0.166 0.151 0.049 172 V 0.137 0.120 0.121 0.170 0.184 0.199 0.069 173 L 0.148 0.091 0.092 0.135 0.165 0.234 0.136 174 G 0.237 0.175 0.141 0.148 0.127 0.120 0.052 175 V 0.258 0.210 0.175 0.156 0.104 0.066 0.031 176 A 0.288 0.181 0.148 0.154 0.120 0.083 0.025 177 L 0.313 0.166 0.136 0.141 0.125 0.096 0.024 178 N 0.431 0.256 0.150 0.095 0.047 0.019 0.003 179 E 0.401 0.286 0.164 0.090 0.042 0.015 0.002 180 V 0.325 0.199 0.170 0.161 0.098 0.040 0.007 181 F 0.377 0.194 0.157 0.132 0.083 0.046 0.011