# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 239 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.005 0.027 0.072 0.336 0.533 2 D 0.036 0.011 0.040 0.092 0.332 0.488 3 A 0.039 0.014 0.046 0.081 0.341 0.478 4 M 0.023 0.011 0.033 0.056 0.394 0.483 5 K 0.017 0.008 0.024 0.037 0.296 0.617 6 Y 0.018 0.013 0.085 0.117 0.403 0.365 7 N 0.017 0.016 0.094 0.228 0.325 0.321 8 D 0.013 0.010 0.053 0.301 0.187 0.436 9 L 0.001 0.001 0.007 0.977 0.006 0.009 10 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.003 11 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 12 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 14 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 17 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.007 0.002 18 Q 0.001 0.001 0.005 0.917 0.045 0.032 19 Q 0.007 0.001 0.011 0.393 0.280 0.308 20 G 0.005 0.001 0.001 0.002 0.199 0.793 21 E 0.150 0.005 0.002 0.001 0.233 0.609 22 L 0.800 0.003 0.001 0.001 0.064 0.132 23 K 0.930 0.004 0.001 0.001 0.019 0.046 24 R 0.940 0.006 0.001 0.001 0.014 0.040 25 I 0.861 0.006 0.001 0.001 0.032 0.100 26 T 0.576 0.003 0.001 0.001 0.070 0.349 27 L 0.556 0.014 0.001 0.001 0.089 0.339 28 P 0.296 0.038 0.002 0.003 0.065 0.597 29 V 0.173 0.096 0.002 0.010 0.087 0.632 30 D 0.050 0.023 0.004 0.026 0.268 0.629 31 P 0.002 0.001 0.016 0.800 0.112 0.070 32 H 0.001 0.001 0.009 0.882 0.090 0.017 33 L 0.001 0.001 0.006 0.916 0.061 0.015 34 E 0.001 0.002 0.002 0.979 0.009 0.007 35 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 36 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 37 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 39 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 42 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.001 43 L 0.001 0.001 0.005 0.982 0.008 0.005 44 R 0.001 0.001 0.006 0.951 0.023 0.019 45 A 0.003 0.001 0.012 0.744 0.092 0.148 46 G 0.004 0.001 0.002 0.014 0.166 0.813 47 G 0.038 0.013 0.003 0.002 0.185 0.759 48 P 0.154 0.015 0.005 0.002 0.168 0.656 49 A 0.387 0.009 0.015 0.004 0.184 0.401 50 L 0.617 0.018 0.020 0.004 0.115 0.227 51 L 0.649 0.027 0.017 0.006 0.101 0.200 52 F 0.622 0.031 0.015 0.007 0.112 0.214 53 E 0.439 0.048 0.010 0.007 0.160 0.337 54 N 0.160 0.040 0.005 0.002 0.645 0.147 55 P 0.037 0.011 0.027 0.002 0.874 0.049 56 K 0.010 0.005 0.032 0.002 0.912 0.038 57 G 0.020 0.011 0.037 0.002 0.895 0.034 58 Y 0.080 0.025 0.010 0.004 0.586 0.295 59 S 0.090 0.044 0.008 0.004 0.270 0.584 60 M 0.371 0.034 0.009 0.010 0.228 0.347 61 P 0.605 0.013 0.010 0.016 0.096 0.259 62 V 0.829 0.018 0.010 0.020 0.043 0.080 63 L 0.862 0.009 0.018 0.042 0.035 0.034 64 C 0.734 0.007 0.028 0.066 0.089 0.077 65 N 0.349 0.015 0.053 0.114 0.322 0.147 66 L 0.138 0.013 0.047 0.105 0.494 0.203 67 F 0.046 0.016 0.026 0.101 0.475 0.336 68 G 0.024 0.020 0.008 0.035 0.352 0.562 69 T 0.024 0.021 0.013 0.110 0.196 0.636 70 P 0.001 0.001 0.018 0.940 0.029 0.012 71 K 0.001 0.001 0.010 0.947 0.036 0.006 72 R 0.001 0.001 0.005 0.964 0.026 0.004 73 V 0.001 0.001 0.003 0.979 0.013 0.003 74 A 0.001 0.001 0.004 0.981 0.012 0.002 75 M 0.001 0.001 0.006 0.973 0.015 0.005 76 G 0.001 0.001 0.005 0.965 0.015 0.013 77 M 0.001 0.002 0.006 0.894 0.020 0.078 78 G 0.002 0.001 0.002 0.045 0.073 0.877 79 Q 0.007 0.005 0.007 0.038 0.155 0.789 80 E 0.022 0.020 0.013 0.039 0.230 0.676 81 D 0.010 0.005 0.076 0.378 0.283 0.248 82 V 0.003 0.001 0.092 0.582 0.190 0.131 83 S 0.003 0.002 0.089 0.673 0.154 0.079 84 A 0.002 0.003 0.064 0.857 0.047 0.027 85 L 0.002 0.002 0.023 0.905 0.031 0.037 86 R 0.002 0.001 0.016 0.940 0.022 0.019 87 E 0.001 0.001 0.011 0.952 0.017 0.019 88 V 0.001 0.001 0.005 0.973 0.010 0.010 89 G 0.001 0.001 0.008 0.963 0.016 0.012 90 K 0.002 0.001 0.008 0.939 0.030 0.021 91 L 0.001 0.001 0.007 0.926 0.036 0.030 92 L 0.002 0.002 0.010 0.897 0.043 0.048 93 A 0.002 0.001 0.039 0.791 0.100 0.066 94 F 0.003 0.002 0.060 0.666 0.150 0.119 95 L 0.004 0.003 0.075 0.358 0.278 0.282 96 K 0.007 0.008 0.060 0.180 0.350 0.394 97 E 0.015 0.008 0.036 0.099 0.296 0.545 98 P 0.012 0.011 0.022 0.060 0.252 0.642 99 E 0.014 0.019 0.020 0.052 0.259 0.637 100 P 0.013 0.009 0.020 0.044 0.258 0.657 101 P 0.012 0.009 0.042 0.137 0.294 0.506 102 K 0.010 0.008 0.045 0.218 0.346 0.373 103 G 0.012 0.013 0.042 0.295 0.243 0.395 104 F 0.004 0.003 0.029 0.803 0.086 0.076 105 R 0.002 0.001 0.021 0.860 0.065 0.051 106 D 0.001 0.001 0.035 0.867 0.064 0.031 107 L 0.001 0.001 0.025 0.938 0.027 0.009 108 F 0.001 0.001 0.030 0.911 0.042 0.016 109 D 0.001 0.001 0.031 0.876 0.059 0.033 110 K 0.001 0.001 0.025 0.881 0.046 0.048 111 L 0.001 0.001 0.018 0.759 0.088 0.133 112 P 0.001 0.001 0.074 0.698 0.126 0.100 113 Q 0.002 0.002 0.089 0.704 0.141 0.063 114 F 0.002 0.001 0.092 0.711 0.146 0.047 115 K 0.004 0.002 0.091 0.718 0.138 0.047 116 Q 0.009 0.003 0.057 0.523 0.217 0.192 117 V 0.013 0.009 0.053 0.397 0.233 0.295 118 L 0.020 0.017 0.048 0.211 0.259 0.444 119 N 0.025 0.006 0.014 0.033 0.185 0.738 120 M 0.034 0.020 0.008 0.021 0.139 0.779 121 P 0.021 0.002 0.003 0.006 0.060 0.908 122 T 0.164 0.005 0.008 0.030 0.074 0.720 123 K 0.388 0.016 0.007 0.039 0.070 0.480 124 R 0.354 0.019 0.008 0.043 0.106 0.470 125 L 0.229 0.012 0.015 0.041 0.219 0.485 126 R 0.089 0.008 0.012 0.027 0.264 0.600 127 G 0.066 0.014 0.013 0.035 0.304 0.567 128 A 0.059 0.010 0.007 0.015 0.262 0.647 129 P 0.112 0.014 0.017 0.023 0.231 0.603 130 C 0.245 0.012 0.055 0.071 0.276 0.341 131 Q 0.407 0.008 0.058 0.136 0.198 0.194 132 Q 0.651 0.008 0.038 0.149 0.084 0.071 133 K 0.754 0.003 0.019 0.113 0.057 0.054 134 I 0.806 0.005 0.010 0.098 0.046 0.036 135 V 0.765 0.006 0.007 0.090 0.072 0.060 136 S 0.379 0.012 0.016 0.114 0.294 0.184 137 G 0.065 0.007 0.015 0.035 0.518 0.359 138 D 0.063 0.015 0.015 0.018 0.469 0.421 139 D 0.097 0.036 0.018 0.016 0.347 0.486 140 V 0.147 0.081 0.017 0.022 0.223 0.510 141 D 0.130 0.031 0.030 0.026 0.323 0.461 142 L 0.013 0.002 0.707 0.037 0.200 0.040 143 N 0.019 0.003 0.625 0.020 0.268 0.065 144 R 0.036 0.004 0.582 0.023 0.255 0.100 145 I 0.120 0.036 0.030 0.013 0.236 0.565 146 P 0.100 0.013 0.015 0.008 0.141 0.723 147 I 0.305 0.048 0.025 0.013 0.139 0.470 148 M 0.350 0.023 0.039 0.017 0.160 0.411 149 T 0.345 0.052 0.036 0.020 0.150 0.398 150 C 0.240 0.037 0.022 0.015 0.162 0.525 151 W 0.048 0.071 0.016 0.010 0.508 0.347 152 P 0.006 0.009 0.093 0.051 0.737 0.105 153 E 0.004 0.003 0.117 0.024 0.803 0.049 154 D 0.007 0.016 0.108 0.020 0.799 0.050 155 A 0.024 0.023 0.075 0.023 0.647 0.207 156 A 0.072 0.026 0.048 0.020 0.531 0.303 157 P 0.173 0.027 0.071 0.025 0.425 0.280 158 L 0.445 0.052 0.035 0.015 0.236 0.216 159 I 0.722 0.037 0.015 0.016 0.100 0.110 160 T 0.836 0.008 0.004 0.009 0.058 0.084 161 W 0.808 0.004 0.005 0.017 0.077 0.088 162 G 0.774 0.005 0.007 0.021 0.096 0.097 163 L 0.853 0.003 0.007 0.017 0.062 0.058 164 T 0.914 0.008 0.005 0.010 0.031 0.032 165 V 0.933 0.008 0.002 0.005 0.022 0.031 166 T 0.866 0.017 0.002 0.004 0.068 0.043 167 R 0.656 0.049 0.003 0.004 0.139 0.149 168 G 0.108 0.015 0.005 0.003 0.794 0.074 169 P 0.012 0.002 0.049 0.005 0.907 0.024 170 H 0.017 0.007 0.039 0.002 0.915 0.020 171 K 0.033 0.015 0.035 0.002 0.897 0.017 172 E 0.053 0.007 0.015 0.004 0.538 0.382 173 R 0.457 0.097 0.008 0.003 0.221 0.213 174 Q 0.656 0.028 0.007 0.004 0.119 0.185 175 N 0.679 0.036 0.005 0.006 0.058 0.216 176 L 0.669 0.011 0.006 0.008 0.060 0.246 177 G 0.529 0.005 0.009 0.011 0.080 0.366 178 I 0.383 0.016 0.005 0.010 0.100 0.486 179 Y 0.150 0.023 0.004 0.011 0.073 0.740 180 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.983