# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65.3663 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.545 0.013 0.010 0.013 0.014 0.037 0.011 0.004 0.029 0.206 2 D 0.073 0.551 0.002 0.010 0.013 0.022 0.045 0.011 0.001 0.025 0.247 3 A 0.072 0.277 0.004 0.019 0.011 0.020 0.060 0.007 0.001 0.143 0.387 4 M 0.036 0.296 0.012 0.030 0.020 0.026 0.092 0.010 0.003 0.183 0.290 5 K 0.043 0.518 0.004 0.008 0.008 0.013 0.050 0.007 0.001 0.068 0.279 6 Y 0.073 0.640 0.005 0.007 0.004 0.007 0.025 0.004 0.002 0.053 0.181 7 N 0.020 0.531 0.002 0.011 0.003 0.006 0.053 0.003 0.001 0.129 0.241 8 D 0.007 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.054 0.026 9 L 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.012 10 R 0.007 0.219 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.742 0.022 11 D 0.002 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.045 0.019 12 F 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 13 L 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.007 14 T 0.015 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.042 0.065 15 L 0.013 0.647 0.043 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 0.025 0.180 0.063 16 L 0.051 0.073 0.424 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.342 0.054 0.030 17 E 0.454 0.017 0.012 0.001 0.001 0.001 0.040 0.008 0.020 0.031 0.417 18 Q 0.109 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.002 0.001 0.015 0.821 19 Q 0.019 0.004 0.003 0.009 0.001 0.002 0.098 0.001 0.001 0.031 0.832 20 G 0.007 0.004 0.003 0.018 0.008 0.034 0.132 0.002 0.001 0.052 0.739 21 E 0.012 0.003 0.001 0.031 0.053 0.112 0.093 0.001 0.001 0.107 0.585 22 L 0.007 0.002 0.001 0.104 0.048 0.101 0.077 0.001 0.001 0.096 0.561 23 K 0.008 0.001 0.001 0.191 0.133 0.217 0.054 0.001 0.001 0.095 0.300 24 R 0.007 0.001 0.001 0.082 0.105 0.097 0.063 0.001 0.001 0.037 0.607 25 I 0.001 0.001 0.001 0.077 0.169 0.171 0.081 0.004 0.001 0.024 0.473 26 T 0.058 0.001 0.001 0.081 0.045 0.060 0.109 0.006 0.001 0.040 0.600 27 L 0.100 0.001 0.001 0.046 0.057 0.039 0.104 0.004 0.001 0.046 0.602 28 P 0.004 0.001 0.001 0.024 0.023 0.036 0.117 0.001 0.001 0.010 0.785 29 V 0.010 0.020 0.001 0.041 0.018 0.026 0.107 0.003 0.001 0.018 0.757 30 D 0.132 0.516 0.002 0.019 0.013 0.011 0.059 0.009 0.001 0.077 0.161 31 P 0.045 0.752 0.002 0.009 0.001 0.003 0.023 0.002 0.001 0.030 0.132 32 H 0.009 0.211 0.001 0.008 0.005 0.008 0.026 0.001 0.001 0.643 0.088 33 L 0.003 0.808 0.001 0.003 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.125 0.041 34 E 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.010 35 I 0.003 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 0.012 36 T 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 37 E 0.014 0.739 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.214 0.017 38 I 0.007 0.265 0.004 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.683 0.024 39 A 0.003 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.013 0.046 40 D 0.015 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.005 0.027 41 R 0.008 0.863 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.005 0.053 0.050 42 T 0.051 0.159 0.264 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 0.309 0.087 0.101 43 L 0.741 0.023 0.020 0.001 0.001 0.001 0.011 0.052 0.021 0.034 0.098 44 R 0.316 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.003 0.002 0.017 0.618 45 A 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 0.005 0.911 46 G 0.002 0.002 0.001 0.006 0.002 0.004 0.131 0.002 0.001 0.015 0.835 47 G 0.031 0.004 0.001 0.015 0.032 0.017 0.222 0.010 0.001 0.087 0.581 48 P 0.009 0.018 0.001 0.300 0.031 0.079 0.102 0.002 0.001 0.087 0.370 49 A 0.007 0.007 0.001 0.251 0.049 0.185 0.070 0.001 0.001 0.111 0.316 50 L 0.003 0.005 0.001 0.491 0.124 0.147 0.039 0.001 0.001 0.039 0.149 51 L 0.004 0.001 0.001 0.474 0.114 0.209 0.028 0.001 0.001 0.053 0.116 52 F 0.006 0.001 0.001 0.290 0.160 0.241 0.036 0.001 0.001 0.062 0.202 53 E 0.003 0.001 0.001 0.190 0.071 0.156 0.103 0.001 0.001 0.027 0.447 54 N 0.140 0.003 0.002 0.044 0.137 0.141 0.091 0.010 0.003 0.090 0.338 55 P 0.201 0.002 0.002 0.015 0.012 0.010 0.088 0.003 0.002 0.060 0.606 56 K 0.015 0.001 0.001 0.004 0.013 0.030 0.101 0.008 0.001 0.029 0.799 57 G 0.100 0.002 0.001 0.010 0.005 0.009 0.094 0.001 0.001 0.022 0.757 58 Y 0.014 0.001 0.001 0.020 0.045 0.061 0.178 0.005 0.001 0.036 0.638 59 S 0.018 0.008 0.001 0.021 0.016 0.024 0.124 0.002 0.001 0.027 0.759 60 M 0.011 0.004 0.001 0.076 0.162 0.127 0.152 0.007 0.001 0.059 0.402 61 P 0.006 0.024 0.001 0.301 0.070 0.113 0.095 0.001 0.001 0.053 0.336 62 V 0.007 0.015 0.001 0.308 0.156 0.249 0.037 0.002 0.001 0.082 0.143 63 L 0.012 0.020 0.002 0.457 0.131 0.112 0.042 0.002 0.001 0.072 0.151 64 C 0.020 0.015 0.003 0.397 0.120 0.160 0.058 0.004 0.002 0.087 0.133 65 N 0.070 0.014 0.002 0.289 0.053 0.117 0.096 0.006 0.001 0.115 0.236 66 L 0.075 0.014 0.002 0.154 0.029 0.063 0.146 0.002 0.002 0.084 0.431 67 F 0.021 0.022 0.002 0.084 0.036 0.064 0.177 0.001 0.001 0.081 0.511 68 G 0.026 0.139 0.002 0.044 0.016 0.033 0.135 0.005 0.001 0.097 0.503 69 T 0.031 0.643 0.002 0.007 0.008 0.005 0.034 0.007 0.001 0.133 0.128 70 P 0.015 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.004 0.032 71 K 0.016 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.013 0.045 72 R 0.020 0.840 0.012 0.001 0.001 0.002 0.009 0.014 0.003 0.047 0.050 73 V 0.132 0.701 0.004 0.002 0.001 0.002 0.013 0.019 0.002 0.064 0.059 74 A 0.038 0.115 0.283 0.009 0.002 0.004 0.033 0.015 0.183 0.165 0.153 75 M 0.426 0.058 0.006 0.007 0.003 0.005 0.097 0.011 0.004 0.050 0.332 76 G 0.079 0.023 0.003 0.017 0.002 0.006 0.087 0.004 0.003 0.060 0.716 77 M 0.022 0.006 0.001 0.009 0.004 0.007 0.188 0.002 0.001 0.021 0.739 78 G 0.026 0.030 0.001 0.020 0.003 0.010 0.104 0.003 0.001 0.024 0.779 79 Q 0.085 0.027 0.002 0.007 0.006 0.008 0.130 0.008 0.001 0.062 0.665 80 E 0.058 0.239 0.002 0.017 0.004 0.006 0.086 0.006 0.001 0.060 0.520 81 D 0.061 0.785 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 0.005 0.001 0.011 0.114 82 V 0.037 0.847 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.016 0.080 83 S 0.015 0.821 0.002 0.003 0.001 0.002 0.016 0.003 0.001 0.051 0.086 84 A 0.012 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.034 0.035 85 L 0.014 0.899 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.044 0.030 86 R 0.012 0.823 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.108 0.041 87 E 0.003 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 0.022 88 V 0.004 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.012 89 G 0.013 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.021 0.021 90 K 0.017 0.839 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.003 0.058 0.063 91 L 0.058 0.678 0.042 0.001 0.001 0.001 0.022 0.016 0.018 0.081 0.081 92 L 0.217 0.297 0.095 0.004 0.001 0.003 0.040 0.029 0.063 0.090 0.161 93 A 0.226 0.048 0.013 0.004 0.002 0.004 0.066 0.008 0.010 0.051 0.567 94 F 0.098 0.009 0.002 0.006 0.002 0.005 0.073 0.003 0.001 0.044 0.757 95 L 0.034 0.006 0.002 0.017 0.003 0.010 0.107 0.003 0.001 0.048 0.770 96 K 0.026 0.003 0.001 0.014 0.004 0.010 0.087 0.001 0.001 0.031 0.823 97 E 0.015 0.001 0.001 0.010 0.020 0.026 0.111 0.003 0.001 0.038 0.775 98 P 0.006 0.001 0.001 0.014 0.009 0.012 0.108 0.001 0.001 0.018 0.832 99 E 0.050 0.006 0.001 0.040 0.017 0.020 0.162 0.006 0.001 0.054 0.643 100 P 0.114 0.019 0.001 0.019 0.005 0.006 0.127 0.008 0.001 0.057 0.643 101 P 0.208 0.038 0.001 0.013 0.004 0.005 0.099 0.005 0.001 0.046 0.580 102 K 0.030 0.081 0.001 0.021 0.005 0.010 0.116 0.006 0.001 0.046 0.684 103 G 0.038 0.743 0.001 0.004 0.003 0.003 0.027 0.004 0.001 0.008 0.168 104 F 0.073 0.819 0.001 0.002 0.004 0.005 0.010 0.015 0.001 0.004 0.066 105 R 0.024 0.753 0.001 0.003 0.003 0.005 0.019 0.003 0.001 0.031 0.157 106 D 0.062 0.578 0.045 0.004 0.005 0.006 0.034 0.012 0.016 0.129 0.109 107 L 0.363 0.417 0.008 0.003 0.002 0.002 0.023 0.045 0.003 0.043 0.092 108 F 0.296 0.102 0.006 0.008 0.004 0.008 0.061 0.008 0.004 0.094 0.408 109 D 0.017 0.147 0.003 0.021 0.004 0.009 0.092 0.001 0.001 0.030 0.676 110 K 0.008 0.558 0.003 0.005 0.004 0.007 0.040 0.006 0.001 0.014 0.355 111 L 0.090 0.686 0.005 0.002 0.005 0.004 0.024 0.042 0.001 0.021 0.118 112 P 0.054 0.761 0.003 0.003 0.001 0.002 0.017 0.005 0.002 0.025 0.127 113 Q 0.112 0.649 0.017 0.002 0.001 0.004 0.022 0.011 0.006 0.043 0.133 114 F 0.232 0.407 0.021 0.008 0.004 0.006 0.036 0.030 0.010 0.070 0.176 115 K 0.151 0.095 0.030 0.016 0.006 0.014 0.090 0.012 0.018 0.084 0.483 116 Q 0.098 0.030 0.006 0.026 0.010 0.021 0.086 0.006 0.002 0.056 0.659 117 V 0.056 0.005 0.002 0.020 0.006 0.013 0.092 0.003 0.001 0.053 0.747 118 L 0.030 0.002 0.001 0.018 0.016 0.026 0.121 0.002 0.001 0.045 0.738 119 N 0.012 0.004 0.001 0.016 0.008 0.016 0.093 0.001 0.001 0.020 0.829 120 M 0.028 0.004 0.001 0.009 0.027 0.025 0.128 0.010 0.001 0.027 0.740 121 P 0.072 0.030 0.001 0.021 0.019 0.022 0.118 0.013 0.001 0.030 0.673 122 T 0.124 0.052 0.002 0.023 0.021 0.035 0.091 0.010 0.001 0.040 0.602 123 K 0.107 0.032 0.010 0.058 0.023 0.043 0.104 0.007 0.004 0.050 0.562 124 R 0.103 0.041 0.003 0.050 0.027 0.054 0.084 0.011 0.001 0.039 0.587 125 L 0.244 0.020 0.002 0.030 0.024 0.025 0.073 0.003 0.001 0.040 0.540 126 R 0.010 0.018 0.001 0.030 0.030 0.036 0.121 0.002 0.001 0.013 0.738 127 G 0.024 0.074 0.001 0.010 0.015 0.019 0.079 0.002 0.001 0.011 0.763 128 A 0.062 0.141 0.002 0.019 0.099 0.060 0.114 0.036 0.001 0.056 0.410 129 P 0.120 0.400 0.005 0.017 0.013 0.023 0.062 0.006 0.002 0.044 0.308 130 C 0.093 0.459 0.010 0.040 0.032 0.052 0.041 0.011 0.002 0.032 0.227 131 Q 0.074 0.207 0.002 0.048 0.064 0.105 0.064 0.010 0.001 0.070 0.355 132 Q 0.033 0.085 0.004 0.099 0.095 0.132 0.070 0.004 0.001 0.128 0.348 133 K 0.016 0.030 0.011 0.188 0.081 0.112 0.103 0.004 0.004 0.099 0.352 134 I 0.116 0.018 0.014 0.077 0.097 0.122 0.080 0.006 0.007 0.086 0.376 135 V 0.128 0.025 0.005 0.066 0.042 0.061 0.097 0.007 0.003 0.064 0.502 136 S 0.137 0.017 0.001 0.014 0.016 0.034 0.088 0.008 0.001 0.032 0.651 137 G 0.058 0.011 0.001 0.015 0.008 0.022 0.111 0.008 0.001 0.027 0.737 138 D 0.022 0.016 0.001 0.018 0.031 0.046 0.099 0.004 0.001 0.028 0.735 139 D 0.056 0.046 0.006 0.051 0.037 0.058 0.099 0.002 0.002 0.057 0.587 140 V 0.036 0.028 0.008 0.054 0.092 0.086 0.109 0.008 0.003 0.065 0.511 141 D 0.241 0.059 0.004 0.035 0.044 0.062 0.073 0.015 0.002 0.079 0.386 142 L 0.189 0.017 0.003 0.044 0.020 0.026 0.099 0.004 0.001 0.057 0.540 143 N 0.017 0.011 0.001 0.049 0.045 0.100 0.109 0.003 0.001 0.023 0.642 144 R 0.016 0.014 0.002 0.034 0.037 0.065 0.112 0.003 0.001 0.028 0.689 145 I 0.030 0.003 0.003 0.040 0.176 0.109 0.121 0.013 0.001 0.067 0.437 146 P 0.091 0.010 0.002 0.098 0.045 0.067 0.108 0.007 0.001 0.079 0.492 147 I 0.074 0.009 0.001 0.090 0.034 0.076 0.093 0.005 0.001 0.059 0.558 148 M 0.022 0.002 0.001 0.077 0.027 0.033 0.121 0.001 0.001 0.028 0.687 149 T 0.003 0.001 0.001 0.046 0.060 0.078 0.141 0.001 0.001 0.023 0.647 150 C 0.005 0.002 0.001 0.058 0.014 0.022 0.145 0.002 0.001 0.024 0.728 151 W 0.339 0.033 0.004 0.044 0.015 0.012 0.122 0.012 0.003 0.092 0.323 152 P 0.192 0.033 0.004 0.013 0.002 0.004 0.115 0.006 0.002 0.085 0.544 153 E 0.078 0.015 0.001 0.011 0.004 0.010 0.117 0.003 0.001 0.040 0.720 154 D 0.091 0.025 0.003 0.027 0.017 0.037 0.134 0.003 0.001 0.097 0.565 155 A 0.076 0.084 0.002 0.026 0.020 0.041 0.148 0.008 0.001 0.080 0.514 156 A 0.088 0.024 0.003 0.019 0.051 0.062 0.141 0.007 0.001 0.108 0.496 157 P 0.018 0.027 0.002 0.074 0.129 0.199 0.125 0.004 0.001 0.071 0.352 158 L 0.024 0.006 0.003 0.058 0.059 0.191 0.116 0.002 0.001 0.099 0.440 159 I 0.010 0.005 0.002 0.170 0.218 0.218 0.072 0.002 0.001 0.059 0.243 160 T 0.027 0.004 0.002 0.097 0.094 0.236 0.098 0.002 0.001 0.110 0.329 161 W 0.008 0.002 0.001 0.120 0.180 0.216 0.083 0.003 0.001 0.059 0.326 162 G 0.004 0.002 0.001 0.178 0.096 0.211 0.084 0.001 0.001 0.063 0.361 163 L 0.002 0.002 0.001 0.199 0.232 0.292 0.045 0.001 0.001 0.068 0.158 164 T 0.005 0.002 0.001 0.276 0.189 0.311 0.033 0.001 0.001 0.070 0.112 165 V 0.015 0.002 0.001 0.253 0.204 0.208 0.042 0.001 0.001 0.070 0.205 166 T 0.007 0.002 0.001 0.183 0.140 0.231 0.086 0.001 0.001 0.058 0.292 167 R 0.008 0.002 0.002 0.080 0.038 0.093 0.128 0.003 0.002 0.032 0.613 168 G 0.507 0.015 0.004 0.029 0.017 0.018 0.076 0.010 0.006 0.078 0.240 169 P 0.172 0.023 0.003 0.012 0.005 0.007 0.091 0.006 0.002 0.065 0.613 170 H 0.051 0.006 0.001 0.008 0.009 0.017 0.102 0.004 0.001 0.024 0.778 171 K 0.032 0.005 0.002 0.029 0.058 0.084 0.126 0.004 0.001 0.054 0.605 172 E 0.050 0.007 0.001 0.035 0.066 0.116 0.121 0.004 0.001 0.087 0.512 173 R 0.024 0.004 0.002 0.054 0.109 0.151 0.128 0.002 0.001 0.053 0.472 174 Q 0.009 0.005 0.001 0.083 0.103 0.198 0.140 0.002 0.001 0.051 0.408 175 N 0.015 0.007 0.001 0.107 0.139 0.269 0.099 0.003 0.001 0.112 0.247 176 L 0.005 0.004 0.001 0.143 0.116 0.272 0.081 0.001 0.001 0.052 0.324 177 G 0.005 0.002 0.001 0.076 0.241 0.399 0.039 0.001 0.001 0.068 0.169 178 I 0.004 0.002 0.001 0.090 0.224 0.271 0.058 0.001 0.001 0.050 0.298 179 Y 0.020 0.005 0.002 0.098 0.188 0.226 0.083 0.002 0.002 0.064 0.308 180 R 0.145 0.011 0.003 0.043 0.087 0.093 0.103 0.010 0.003 0.092 0.410