# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65.3663 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.075 0.059 0.098 0.113 0.114 0.136 0.095 0.092 0.055 0.035 2 D 0.277 0.146 0.146 0.168 0.090 0.065 0.055 0.026 0.015 0.008 0.004 3 A 0.157 0.145 0.115 0.213 0.138 0.091 0.079 0.033 0.019 0.008 0.004 4 M 0.066 0.034 0.024 0.034 0.041 0.060 0.156 0.178 0.179 0.138 0.091 5 K 0.063 0.223 0.203 0.247 0.118 0.073 0.046 0.014 0.007 0.004 0.002 6 Y 0.023 0.035 0.103 0.102 0.107 0.148 0.219 0.107 0.084 0.047 0.024 7 N 0.395 0.139 0.156 0.159 0.076 0.035 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 8 D 0.008 0.045 0.104 0.268 0.216 0.165 0.128 0.043 0.016 0.005 0.002 9 L 0.001 0.002 0.035 0.011 0.015 0.035 0.148 0.169 0.229 0.212 0.143 10 R 0.004 0.007 0.197 0.173 0.187 0.200 0.168 0.042 0.015 0.005 0.001 11 D 0.003 0.027 0.480 0.296 0.132 0.039 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 12 F 0.001 0.001 0.029 0.012 0.014 0.037 0.189 0.188 0.231 0.190 0.109 13 L 0.001 0.001 0.026 0.007 0.014 0.035 0.265 0.201 0.213 0.151 0.088 14 T 0.002 0.008 0.758 0.143 0.060 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 15 L 0.001 0.005 0.085 0.141 0.252 0.291 0.178 0.036 0.009 0.003 0.001 16 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.003 0.039 0.090 0.278 0.310 0.268 17 E 0.002 0.005 0.060 0.128 0.221 0.223 0.260 0.069 0.022 0.007 0.002 18 Q 0.005 0.032 0.807 0.097 0.041 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.010 0.050 0.074 0.153 0.181 0.201 0.227 0.069 0.022 0.009 0.004 20 G 0.735 0.117 0.033 0.037 0.022 0.019 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 21 E 0.184 0.288 0.175 0.227 0.089 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 22 L 0.002 0.002 0.003 0.006 0.011 0.025 0.099 0.146 0.257 0.250 0.198 23 K 0.009 0.043 0.062 0.185 0.232 0.216 0.169 0.048 0.021 0.008 0.006 24 R 0.032 0.162 0.136 0.242 0.173 0.112 0.086 0.031 0.016 0.008 0.004 25 I 0.001 0.002 0.002 0.008 0.017 0.036 0.113 0.160 0.205 0.205 0.252 26 T 0.357 0.312 0.125 0.151 0.042 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.061 0.074 0.033 0.128 0.145 0.153 0.203 0.095 0.057 0.035 0.016 28 P 0.470 0.241 0.071 0.132 0.050 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 29 V 0.009 0.009 0.005 0.019 0.036 0.063 0.167 0.151 0.211 0.175 0.156 30 D 0.059 0.280 0.098 0.228 0.145 0.080 0.055 0.024 0.015 0.008 0.007 31 P 0.041 0.053 0.016 0.080 0.120 0.165 0.208 0.129 0.094 0.059 0.035 32 H 0.117 0.086 0.031 0.139 0.169 0.159 0.142 0.066 0.047 0.028 0.017 33 L 0.035 0.028 0.017 0.084 0.106 0.125 0.191 0.136 0.142 0.085 0.051 34 E 0.005 0.014 0.016 0.055 0.058 0.083 0.173 0.167 0.184 0.137 0.107 35 I 0.001 0.001 0.003 0.008 0.011 0.022 0.100 0.167 0.232 0.247 0.209 36 T 0.003 0.004 0.034 0.040 0.051 0.093 0.170 0.150 0.177 0.157 0.121 37 E 0.001 0.005 0.035 0.100 0.121 0.147 0.239 0.150 0.098 0.067 0.037 38 I 0.001 0.001 0.012 0.009 0.008 0.014 0.070 0.134 0.220 0.290 0.241 39 A 0.001 0.001 0.005 0.006 0.007 0.014 0.065 0.110 0.223 0.290 0.281 40 D 0.002 0.005 0.079 0.133 0.174 0.194 0.204 0.096 0.068 0.032 0.013 41 R 0.002 0.009 0.069 0.081 0.111 0.199 0.272 0.118 0.080 0.041 0.018 42 T 0.005 0.006 0.015 0.020 0.021 0.038 0.142 0.166 0.251 0.203 0.135 43 L 0.003 0.003 0.005 0.014 0.019 0.060 0.180 0.191 0.189 0.172 0.163 44 R 0.040 0.116 0.294 0.202 0.144 0.088 0.063 0.026 0.015 0.006 0.004 45 A 0.162 0.140 0.207 0.159 0.101 0.095 0.079 0.029 0.017 0.008 0.004 46 G 0.625 0.166 0.049 0.089 0.040 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 47 G 0.012 0.039 0.016 0.071 0.101 0.129 0.184 0.155 0.144 0.097 0.052 48 P 0.015 0.061 0.027 0.140 0.220 0.227 0.179 0.067 0.037 0.017 0.009 49 A 0.002 0.002 0.001 0.007 0.012 0.026 0.092 0.140 0.213 0.240 0.265 50 L 0.002 0.003 0.002 0.018 0.035 0.065 0.181 0.209 0.199 0.172 0.113 51 L 0.002 0.010 0.007 0.038 0.044 0.050 0.110 0.152 0.206 0.193 0.189 52 F 0.001 0.002 0.002 0.009 0.012 0.025 0.074 0.122 0.209 0.248 0.297 53 E 0.052 0.057 0.040 0.195 0.202 0.151 0.143 0.081 0.047 0.021 0.010 54 N 0.042 0.130 0.032 0.213 0.190 0.138 0.136 0.064 0.034 0.015 0.006 55 P 0.006 0.005 0.004 0.013 0.015 0.021 0.050 0.090 0.195 0.255 0.345 56 K 0.137 0.216 0.076 0.260 0.149 0.084 0.053 0.015 0.007 0.003 0.002 57 G 0.251 0.200 0.065 0.164 0.105 0.076 0.067 0.033 0.020 0.011 0.008 58 Y 0.065 0.061 0.021 0.119 0.107 0.120 0.156 0.120 0.101 0.077 0.053 59 S 0.362 0.303 0.061 0.163 0.074 0.025 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 60 M 0.001 0.002 0.002 0.010 0.018 0.029 0.109 0.190 0.262 0.222 0.156 61 P 0.006 0.023 0.017 0.119 0.197 0.248 0.216 0.086 0.045 0.023 0.019 62 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.057 0.146 0.256 0.261 0.263 63 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.020 0.090 0.188 0.240 0.240 0.209 64 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.044 0.116 0.250 0.272 0.305 65 N 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.017 0.077 0.159 0.250 0.279 0.202 66 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.021 0.094 0.176 0.247 0.254 0.191 67 F 0.003 0.004 0.005 0.017 0.026 0.046 0.133 0.182 0.239 0.202 0.143 68 G 0.004 0.012 0.007 0.042 0.080 0.111 0.188 0.198 0.169 0.116 0.071 69 T 0.005 0.067 0.014 0.078 0.090 0.093 0.141 0.162 0.164 0.120 0.066 70 P 0.037 0.032 0.021 0.106 0.214 0.211 0.170 0.095 0.068 0.031 0.016 71 K 0.510 0.162 0.059 0.139 0.066 0.032 0.019 0.007 0.004 0.002 0.002 72 R 0.003 0.007 0.008 0.060 0.079 0.134 0.231 0.189 0.159 0.087 0.042 73 V 0.003 0.001 0.003 0.005 0.005 0.007 0.034 0.085 0.200 0.288 0.368 74 A 0.003 0.005 0.048 0.059 0.085 0.174 0.240 0.146 0.112 0.071 0.057 75 M 0.002 0.012 0.139 0.128 0.127 0.160 0.170 0.103 0.080 0.056 0.025 76 G 0.001 0.002 0.002 0.006 0.015 0.044 0.182 0.177 0.201 0.198 0.171 77 M 0.005 0.004 0.004 0.008 0.010 0.018 0.075 0.131 0.239 0.285 0.221 78 G 0.056 0.095 0.061 0.165 0.178 0.145 0.127 0.065 0.052 0.034 0.022 79 Q 0.022 0.036 0.032 0.081 0.093 0.134 0.220 0.161 0.116 0.072 0.032 80 E 0.471 0.204 0.077 0.099 0.067 0.033 0.023 0.011 0.007 0.005 0.003 81 D 0.094 0.328 0.065 0.164 0.098 0.081 0.078 0.037 0.028 0.017 0.011 82 V 0.053 0.026 0.015 0.060 0.112 0.163 0.201 0.124 0.126 0.074 0.046 83 S 0.676 0.152 0.072 0.060 0.021 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 84 A 0.003 0.017 0.018 0.092 0.112 0.182 0.272 0.150 0.089 0.044 0.020 85 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.022 0.084 0.142 0.225 0.254 0.254 86 R 0.013 0.023 0.219 0.252 0.219 0.150 0.082 0.023 0.011 0.005 0.002 87 E 0.003 0.034 0.330 0.265 0.172 0.110 0.055 0.017 0.009 0.004 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.074 0.126 0.245 0.289 0.249 89 G 0.003 0.001 0.006 0.013 0.025 0.070 0.235 0.218 0.228 0.139 0.063 90 K 0.003 0.019 0.431 0.273 0.153 0.075 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 91 L 0.001 0.002 0.018 0.020 0.029 0.090 0.255 0.199 0.196 0.130 0.062 92 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.016 0.076 0.150 0.265 0.291 0.186 93 A 0.004 0.013 0.215 0.087 0.090 0.119 0.176 0.114 0.094 0.054 0.035 94 F 0.003 0.015 0.131 0.117 0.149 0.199 0.203 0.089 0.057 0.027 0.009 95 L 0.004 0.005 0.008 0.012 0.018 0.041 0.160 0.179 0.226 0.216 0.132 96 K 0.099 0.103 0.068 0.133 0.124 0.119 0.152 0.091 0.067 0.032 0.012 97 E 0.383 0.162 0.104 0.119 0.078 0.057 0.045 0.023 0.016 0.009 0.004 98 P 0.121 0.071 0.025 0.076 0.075 0.087 0.161 0.135 0.119 0.092 0.039 99 E 0.505 0.209 0.037 0.071 0.049 0.032 0.034 0.024 0.018 0.013 0.007 100 P 0.146 0.130 0.029 0.109 0.111 0.098 0.125 0.095 0.085 0.050 0.022 101 P 0.190 0.072 0.028 0.090 0.088 0.099 0.131 0.103 0.092 0.065 0.041 102 K 0.349 0.153 0.071 0.159 0.100 0.051 0.048 0.030 0.022 0.012 0.005 103 G 0.109 0.171 0.052 0.147 0.124 0.112 0.107 0.074 0.057 0.032 0.014 104 F 0.006 0.009 0.004 0.019 0.031 0.069 0.160 0.190 0.208 0.180 0.125 105 R 0.038 0.045 0.064 0.171 0.191 0.184 0.162 0.069 0.045 0.021 0.008 106 D 0.064 0.117 0.246 0.262 0.140 0.071 0.052 0.024 0.015 0.006 0.004 107 L 0.002 0.005 0.007 0.024 0.029 0.058 0.167 0.208 0.239 0.168 0.093 108 F 0.002 0.001 0.006 0.013 0.025 0.049 0.127 0.173 0.257 0.219 0.127 109 D 0.019 0.043 0.525 0.239 0.107 0.041 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 110 K 0.002 0.023 0.069 0.111 0.128 0.244 0.251 0.090 0.053 0.022 0.007 111 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 0.094 0.176 0.250 0.272 0.182 112 P 0.218 0.121 0.137 0.171 0.106 0.091 0.079 0.036 0.022 0.013 0.007 113 Q 0.043 0.088 0.321 0.207 0.159 0.086 0.053 0.020 0.013 0.006 0.003 114 F 0.005 0.004 0.005 0.011 0.012 0.033 0.115 0.152 0.239 0.246 0.179 115 K 0.019 0.016 0.039 0.108 0.132 0.172 0.210 0.132 0.105 0.050 0.018 116 Q 0.016 0.043 0.632 0.133 0.073 0.049 0.029 0.012 0.008 0.003 0.002 117 V 0.008 0.011 0.034 0.045 0.066 0.145 0.299 0.170 0.117 0.071 0.035 118 L 0.042 0.022 0.018 0.042 0.044 0.072 0.171 0.181 0.188 0.151 0.068 119 N 0.254 0.220 0.168 0.142 0.085 0.050 0.039 0.017 0.014 0.007 0.004 120 M 0.057 0.042 0.036 0.066 0.068 0.088 0.151 0.135 0.149 0.129 0.078 121 P 0.282 0.216 0.043 0.104 0.090 0.072 0.074 0.043 0.037 0.025 0.013 122 T 0.217 0.110 0.054 0.134 0.116 0.109 0.095 0.062 0.056 0.031 0.017 123 K 0.317 0.147 0.068 0.102 0.084 0.070 0.072 0.050 0.044 0.029 0.017 124 R 0.069 0.104 0.074 0.196 0.165 0.126 0.124 0.069 0.041 0.020 0.012 125 L 0.034 0.025 0.018 0.042 0.061 0.085 0.165 0.178 0.161 0.137 0.095 126 R 0.133 0.130 0.130 0.224 0.150 0.091 0.072 0.033 0.020 0.011 0.006 127 G 0.494 0.170 0.092 0.129 0.055 0.026 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 128 A 0.018 0.025 0.013 0.052 0.062 0.091 0.199 0.178 0.158 0.133 0.070 129 P 0.104 0.246 0.066 0.196 0.144 0.097 0.076 0.030 0.022 0.012 0.006 130 C 0.005 0.005 0.002 0.011 0.015 0.026 0.078 0.128 0.237 0.242 0.251 131 Q 0.036 0.062 0.044 0.189 0.190 0.159 0.157 0.073 0.048 0.025 0.016 132 Q 0.068 0.097 0.068 0.233 0.167 0.116 0.108 0.065 0.046 0.022 0.011 133 K 0.040 0.049 0.035 0.137 0.159 0.200 0.182 0.093 0.061 0.030 0.013 134 I 0.003 0.010 0.013 0.053 0.083 0.102 0.186 0.190 0.168 0.119 0.073 135 V 0.008 0.029 0.043 0.086 0.114 0.123 0.200 0.132 0.124 0.080 0.061 136 S 0.072 0.174 0.116 0.284 0.172 0.086 0.061 0.020 0.009 0.004 0.002 137 G 0.633 0.130 0.034 0.088 0.050 0.031 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 138 D 0.214 0.222 0.076 0.200 0.121 0.082 0.047 0.019 0.010 0.005 0.003 139 D 0.150 0.214 0.082 0.241 0.145 0.086 0.052 0.016 0.009 0.004 0.002 140 V 0.006 0.006 0.003 0.012 0.022 0.046 0.117 0.157 0.235 0.202 0.194 141 D 0.054 0.245 0.111 0.266 0.153 0.083 0.055 0.017 0.009 0.004 0.003 142 L 0.006 0.004 0.003 0.011 0.019 0.030 0.086 0.133 0.206 0.223 0.278 143 N 0.158 0.156 0.090 0.241 0.163 0.091 0.059 0.022 0.011 0.005 0.003 144 R 0.032 0.071 0.039 0.210 0.197 0.167 0.153 0.066 0.037 0.019 0.008 145 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.014 0.056 0.118 0.212 0.284 0.303 146 P 0.015 0.029 0.019 0.083 0.102 0.130 0.217 0.147 0.127 0.077 0.053 147 I 0.009 0.012 0.009 0.034 0.040 0.055 0.151 0.178 0.199 0.175 0.138 148 M 0.011 0.012 0.006 0.040 0.051 0.075 0.145 0.152 0.181 0.169 0.157 149 T 0.056 0.087 0.028 0.147 0.163 0.140 0.142 0.096 0.077 0.039 0.024 150 C 0.017 0.020 0.005 0.040 0.052 0.069 0.127 0.165 0.196 0.176 0.134 151 W 0.033 0.060 0.024 0.098 0.126 0.134 0.179 0.134 0.107 0.066 0.038 152 P 0.254 0.168 0.060 0.199 0.119 0.073 0.062 0.030 0.018 0.010 0.007 153 E 0.403 0.153 0.062 0.176 0.101 0.057 0.029 0.010 0.006 0.003 0.002 154 D 0.027 0.061 0.023 0.116 0.138 0.165 0.209 0.117 0.081 0.045 0.020 155 A 0.032 0.051 0.017 0.087 0.110 0.120 0.176 0.127 0.125 0.090 0.065 156 A 0.037 0.019 0.010 0.033 0.050 0.083 0.174 0.151 0.183 0.148 0.113 157 P 0.019 0.025 0.025 0.115 0.138 0.175 0.230 0.118 0.074 0.048 0.033 158 L 0.009 0.009 0.013 0.020 0.017 0.024 0.084 0.136 0.208 0.256 0.225 159 I 0.004 0.005 0.011 0.024 0.022 0.027 0.078 0.131 0.208 0.251 0.240 160 T 0.001 0.005 0.018 0.023 0.028 0.040 0.107 0.161 0.237 0.218 0.162 161 W 0.003 0.005 0.013 0.025 0.036 0.065 0.185 0.207 0.224 0.153 0.083 162 G 0.006 0.006 0.014 0.026 0.030 0.049 0.169 0.202 0.224 0.178 0.097 163 L 0.003 0.004 0.007 0.014 0.016 0.030 0.111 0.158 0.232 0.237 0.187 164 T 0.002 0.004 0.008 0.015 0.019 0.037 0.112 0.169 0.244 0.215 0.175 165 V 0.003 0.006 0.009 0.020 0.025 0.041 0.134 0.193 0.247 0.200 0.122 166 T 0.003 0.004 0.006 0.019 0.024 0.038 0.118 0.180 0.249 0.213 0.145 167 R 0.036 0.066 0.036 0.171 0.177 0.142 0.163 0.095 0.067 0.034 0.014 168 G 0.066 0.094 0.028 0.139 0.148 0.142 0.168 0.103 0.068 0.031 0.011 169 P 0.090 0.065 0.025 0.099 0.098 0.108 0.143 0.121 0.114 0.079 0.057 170 H 0.270 0.212 0.051 0.131 0.099 0.077 0.074 0.037 0.025 0.014 0.009 171 K 0.384 0.274 0.064 0.137 0.067 0.036 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 172 E 0.620 0.136 0.041 0.085 0.050 0.030 0.020 0.008 0.005 0.003 0.001 173 R 0.073 0.110 0.072 0.200 0.178 0.134 0.116 0.057 0.034 0.018 0.009 174 Q 0.036 0.090 0.083 0.188 0.194 0.157 0.141 0.064 0.030 0.012 0.005 175 N 0.015 0.023 0.021 0.081 0.108 0.146 0.225 0.158 0.114 0.074 0.035 176 L 0.011 0.014 0.012 0.032 0.041 0.059 0.152 0.176 0.196 0.188 0.120 177 G 0.029 0.064 0.051 0.167 0.146 0.116 0.140 0.105 0.092 0.058 0.032 178 I 0.040 0.038 0.033 0.069 0.067 0.087 0.151 0.142 0.156 0.133 0.084 179 Y 0.021 0.045 0.045 0.125 0.150 0.142 0.166 0.122 0.094 0.060 0.031 180 R 0.044 0.073 0.034 0.114 0.135 0.107 0.148 0.128 0.106 0.071 0.039