# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65.3663 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.074 0.018 0.022 0.013 0.026 0.058 0.003 0.001 0.006 0.690 2 D 0.040 0.072 0.005 0.019 0.021 0.028 0.164 0.004 0.001 0.005 0.642 3 A 0.249 0.122 0.007 0.014 0.008 0.016 0.112 0.006 0.001 0.012 0.455 4 M 0.132 0.204 0.010 0.020 0.011 0.018 0.100 0.007 0.001 0.006 0.492 5 K 0.173 0.137 0.011 0.011 0.010 0.016 0.253 0.009 0.001 0.011 0.369 6 Y 0.268 0.291 0.031 0.018 0.004 0.014 0.080 0.007 0.001 0.007 0.279 7 N 0.027 0.306 0.004 0.023 0.008 0.006 0.063 0.009 0.001 0.002 0.552 8 D 0.097 0.121 0.003 0.002 0.001 0.001 0.320 0.009 0.001 0.007 0.438 9 L 0.080 0.438 0.017 0.007 0.002 0.004 0.146 0.011 0.001 0.007 0.287 10 R 0.011 0.620 0.001 0.003 0.001 0.002 0.167 0.005 0.001 0.005 0.185 11 D 0.013 0.697 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.004 0.001 0.002 0.123 12 F 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 13 L 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 14 T 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 16 L 0.009 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 17 E 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 18 Q 0.013 0.951 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.018 19 Q 0.084 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.029 20 G 0.291 0.484 0.019 0.001 0.002 0.001 0.007 0.105 0.001 0.004 0.086 21 E 0.144 0.100 0.468 0.008 0.008 0.005 0.037 0.033 0.001 0.004 0.195 22 L 0.052 0.040 0.227 0.092 0.035 0.053 0.045 0.010 0.001 0.003 0.442 23 K 0.016 0.009 0.008 0.468 0.153 0.152 0.050 0.002 0.001 0.002 0.141 24 R 0.016 0.005 0.005 0.176 0.072 0.111 0.036 0.001 0.001 0.002 0.577 25 I 0.005 0.003 0.002 0.424 0.191 0.278 0.017 0.001 0.001 0.001 0.078 26 T 0.005 0.001 0.001 0.290 0.100 0.158 0.047 0.001 0.001 0.003 0.393 27 L 0.008 0.001 0.001 0.190 0.123 0.152 0.050 0.001 0.001 0.003 0.471 28 P 0.002 0.001 0.001 0.055 0.027 0.052 0.029 0.001 0.001 0.002 0.833 29 V 0.014 0.001 0.001 0.121 0.044 0.137 0.171 0.001 0.001 0.011 0.500 30 D 0.097 0.002 0.001 0.059 0.046 0.069 0.227 0.001 0.001 0.014 0.483 31 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.982 32 H 0.012 0.001 0.001 0.009 0.003 0.011 0.383 0.001 0.001 0.007 0.574 33 L 0.458 0.010 0.002 0.011 0.004 0.010 0.160 0.001 0.001 0.039 0.304 34 E 0.108 0.231 0.001 0.016 0.013 0.013 0.245 0.002 0.001 0.004 0.367 35 I 0.050 0.449 0.005 0.016 0.012 0.032 0.093 0.001 0.001 0.005 0.337 36 T 0.016 0.797 0.001 0.010 0.008 0.010 0.019 0.001 0.001 0.001 0.139 37 E 0.014 0.704 0.001 0.001 0.003 0.006 0.084 0.004 0.001 0.002 0.181 38 I 0.016 0.926 0.003 0.001 0.002 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.037 39 A 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 40 D 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.014 41 R 0.014 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.032 42 T 0.018 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 43 L 0.017 0.957 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.010 44 R 0.030 0.920 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.031 45 A 0.108 0.763 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.083 46 G 0.448 0.153 0.018 0.003 0.003 0.001 0.005 0.192 0.001 0.001 0.174 47 G 0.162 0.036 0.519 0.013 0.005 0.005 0.025 0.010 0.001 0.004 0.221 48 P 0.002 0.002 0.019 0.014 0.005 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.938 49 A 0.033 0.005 0.003 0.192 0.048 0.101 0.063 0.001 0.001 0.002 0.550 50 L 0.094 0.015 0.001 0.264 0.073 0.085 0.056 0.001 0.001 0.003 0.407 51 L 0.038 0.027 0.002 0.250 0.086 0.125 0.055 0.001 0.001 0.002 0.413 52 F 0.029 0.013 0.001 0.283 0.139 0.305 0.048 0.001 0.001 0.003 0.177 53 E 0.031 0.012 0.002 0.221 0.090 0.226 0.076 0.003 0.001 0.005 0.333 54 N 0.047 0.007 0.004 0.065 0.121 0.113 0.123 0.003 0.001 0.004 0.513 55 P 0.004 0.001 0.002 0.014 0.013 0.016 0.021 0.001 0.001 0.001 0.926 56 K 0.011 0.001 0.001 0.025 0.028 0.055 0.336 0.001 0.001 0.006 0.536 57 G 0.358 0.004 0.002 0.013 0.011 0.016 0.104 0.001 0.001 0.028 0.462 58 Y 0.290 0.029 0.006 0.036 0.026 0.035 0.124 0.002 0.001 0.011 0.441 59 S 0.042 0.005 0.005 0.025 0.027 0.040 0.107 0.001 0.001 0.006 0.744 60 M 0.055 0.003 0.007 0.099 0.064 0.120 0.057 0.001 0.001 0.006 0.588 61 P 0.009 0.001 0.002 0.044 0.049 0.069 0.049 0.001 0.001 0.001 0.775 62 V 0.016 0.002 0.001 0.151 0.206 0.302 0.059 0.001 0.001 0.003 0.259 63 L 0.009 0.006 0.001 0.269 0.166 0.399 0.042 0.001 0.001 0.002 0.107 64 C 0.008 0.012 0.001 0.321 0.187 0.329 0.031 0.001 0.001 0.002 0.109 65 N 0.016 0.018 0.001 0.311 0.153 0.235 0.059 0.001 0.001 0.003 0.204 66 L 0.040 0.017 0.005 0.152 0.065 0.114 0.087 0.003 0.001 0.006 0.511 67 F 0.057 0.023 0.011 0.166 0.044 0.115 0.197 0.006 0.001 0.013 0.367 68 G 0.102 0.023 0.018 0.152 0.055 0.087 0.200 0.007 0.001 0.022 0.335 69 T 0.087 0.017 0.007 0.017 0.007 0.011 0.357 0.002 0.001 0.004 0.492 70 P 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.983 71 K 0.003 0.012 0.001 0.003 0.003 0.007 0.438 0.001 0.001 0.007 0.527 72 R 0.030 0.071 0.001 0.002 0.002 0.010 0.721 0.001 0.001 0.023 0.138 73 V 0.017 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 74 A 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 75 M 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 76 G 0.102 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.017 77 M 0.075 0.825 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 0.007 78 G 0.243 0.109 0.033 0.003 0.002 0.002 0.010 0.454 0.001 0.002 0.143 79 Q 0.028 0.004 0.904 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.053 80 E 0.002 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.936 81 D 0.026 0.001 0.006 0.015 0.001 0.001 0.124 0.001 0.001 0.003 0.823 82 V 0.080 0.014 0.001 0.032 0.001 0.002 0.233 0.001 0.001 0.014 0.622 83 S 0.055 0.026 0.001 0.006 0.001 0.001 0.631 0.001 0.001 0.012 0.269 84 A 0.119 0.174 0.001 0.013 0.001 0.002 0.297 0.002 0.001 0.009 0.382 85 L 0.061 0.654 0.001 0.004 0.001 0.002 0.092 0.002 0.001 0.005 0.179 86 R 0.022 0.762 0.001 0.001 0.001 0.002 0.095 0.007 0.001 0.005 0.104 87 E 0.020 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.067 88 V 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 89 G 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 90 K 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 91 L 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 92 L 0.012 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 93 A 0.013 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 94 F 0.055 0.876 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.029 95 L 0.292 0.583 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.083 96 K 0.169 0.265 0.036 0.009 0.004 0.003 0.004 0.158 0.001 0.001 0.352 97 E 0.184 0.036 0.079 0.013 0.002 0.004 0.017 0.022 0.001 0.001 0.642 98 P 0.005 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.979 99 E 0.029 0.001 0.002 0.063 0.003 0.012 0.062 0.001 0.001 0.001 0.827 100 P 0.052 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.918 101 P 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.966 102 K 0.081 0.004 0.001 0.048 0.003 0.009 0.143 0.001 0.001 0.003 0.709 103 G 0.215 0.011 0.001 0.020 0.003 0.003 0.109 0.001 0.001 0.002 0.635 104 F 0.168 0.053 0.004 0.017 0.002 0.005 0.086 0.001 0.001 0.003 0.661 105 R 0.019 0.045 0.001 0.017 0.004 0.009 0.161 0.001 0.001 0.002 0.741 106 D 0.070 0.079 0.001 0.004 0.002 0.003 0.213 0.001 0.001 0.004 0.623 107 L 0.086 0.493 0.002 0.004 0.003 0.003 0.065 0.002 0.001 0.002 0.341 108 F 0.031 0.799 0.001 0.003 0.003 0.004 0.042 0.003 0.001 0.003 0.112 109 D 0.073 0.736 0.001 0.001 0.001 0.004 0.066 0.013 0.001 0.003 0.102 110 K 0.192 0.722 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 0.041 111 L 0.332 0.593 0.027 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.034 112 P 0.003 0.040 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.936 113 Q 0.017 0.040 0.001 0.003 0.001 0.001 0.033 0.005 0.001 0.001 0.899 114 F 0.459 0.272 0.004 0.003 0.001 0.001 0.030 0.003 0.001 0.002 0.225 115 K 0.035 0.787 0.001 0.008 0.003 0.004 0.024 0.007 0.001 0.001 0.132 116 Q 0.180 0.561 0.004 0.002 0.001 0.002 0.027 0.002 0.001 0.001 0.220 117 V 0.184 0.672 0.002 0.004 0.003 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.116 118 L 0.163 0.600 0.005 0.008 0.005 0.010 0.012 0.034 0.001 0.002 0.162 119 N 0.237 0.189 0.032 0.007 0.005 0.009 0.015 0.072 0.001 0.002 0.432 120 M 0.337 0.090 0.063 0.038 0.014 0.027 0.015 0.034 0.001 0.002 0.380 121 P 0.009 0.001 0.004 0.009 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.964 122 T 0.012 0.001 0.005 0.027 0.007 0.015 0.025 0.001 0.001 0.001 0.907 123 K 0.030 0.002 0.001 0.202 0.053 0.111 0.125 0.001 0.001 0.003 0.473 124 R 0.088 0.009 0.001 0.174 0.027 0.032 0.095 0.001 0.001 0.003 0.570 125 L 0.072 0.017 0.001 0.271 0.058 0.100 0.105 0.001 0.001 0.004 0.370 126 R 0.022 0.011 0.001 0.217 0.039 0.090 0.110 0.001 0.001 0.003 0.506 127 G 0.067 0.006 0.001 0.051 0.015 0.027 0.071 0.002 0.001 0.008 0.752 128 A 0.277 0.012 0.018 0.067 0.032 0.080 0.131 0.001 0.001 0.015 0.367 129 P 0.002 0.001 0.001 0.008 0.005 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.968 130 C 0.015 0.005 0.001 0.041 0.041 0.106 0.092 0.001 0.001 0.003 0.696 131 Q 0.082 0.031 0.001 0.056 0.070 0.211 0.069 0.001 0.001 0.007 0.474 132 Q 0.083 0.106 0.001 0.044 0.079 0.148 0.060 0.003 0.001 0.004 0.474 133 K 0.152 0.100 0.003 0.075 0.141 0.180 0.041 0.005 0.001 0.004 0.299 134 I 0.113 0.138 0.007 0.114 0.128 0.175 0.039 0.007 0.001 0.004 0.275 135 V 0.023 0.074 0.010 0.145 0.190 0.306 0.044 0.006 0.001 0.003 0.198 136 S 0.028 0.037 0.006 0.090 0.106 0.217 0.082 0.008 0.001 0.003 0.422 137 G 0.054 0.015 0.011 0.074 0.068 0.097 0.071 0.004 0.001 0.007 0.598 138 D 0.036 0.007 0.008 0.026 0.019 0.036 0.265 0.002 0.001 0.009 0.591 139 D 0.097 0.006 0.005 0.024 0.030 0.038 0.203 0.002 0.001 0.020 0.575 140 V 0.123 0.018 0.006 0.044 0.043 0.051 0.257 0.002 0.001 0.027 0.429 141 D 0.081 0.017 0.002 0.022 0.040 0.028 0.437 0.001 0.001 0.011 0.361 142 L 0.036 0.012 0.006 0.025 0.018 0.020 0.058 0.001 0.001 0.008 0.816 143 N 0.027 0.010 0.001 0.028 0.042 0.069 0.569 0.001 0.001 0.016 0.237 144 R 0.422 0.013 0.008 0.023 0.015 0.036 0.137 0.006 0.001 0.047 0.294 145 I 0.330 0.044 0.017 0.126 0.064 0.118 0.092 0.006 0.001 0.008 0.193 146 P 0.003 0.001 0.002 0.008 0.005 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.971 147 I 0.013 0.001 0.002 0.101 0.051 0.130 0.058 0.001 0.001 0.002 0.642 148 M 0.035 0.001 0.001 0.058 0.041 0.062 0.043 0.001 0.001 0.002 0.756 149 T 0.068 0.007 0.001 0.118 0.083 0.145 0.091 0.001 0.001 0.005 0.483 150 C 0.040 0.004 0.003 0.109 0.056 0.132 0.077 0.001 0.001 0.004 0.574 151 W 0.030 0.005 0.001 0.179 0.115 0.158 0.145 0.001 0.001 0.003 0.363 152 P 0.003 0.001 0.001 0.012 0.004 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.963 153 E 0.024 0.002 0.001 0.043 0.036 0.064 0.174 0.001 0.001 0.006 0.649 154 D 0.190 0.004 0.001 0.024 0.019 0.025 0.137 0.001 0.001 0.015 0.584 155 A 0.158 0.016 0.007 0.049 0.031 0.061 0.078 0.001 0.001 0.013 0.585 156 A 0.038 0.008 0.003 0.116 0.140 0.220 0.170 0.001 0.001 0.006 0.298 157 P 0.011 0.002 0.001 0.015 0.010 0.015 0.013 0.001 0.001 0.001 0.933 158 L 0.036 0.011 0.002 0.130 0.179 0.298 0.064 0.001 0.001 0.003 0.277 159 I 0.034 0.019 0.001 0.159 0.201 0.308 0.059 0.001 0.001 0.005 0.213 160 T 0.030 0.024 0.001 0.111 0.226 0.365 0.058 0.001 0.001 0.004 0.180 161 W 0.018 0.008 0.003 0.112 0.181 0.354 0.061 0.001 0.001 0.004 0.259 162 G 0.024 0.003 0.003 0.094 0.078 0.196 0.093 0.001 0.001 0.011 0.496 163 L 0.050 0.004 0.028 0.165 0.259 0.294 0.063 0.001 0.001 0.014 0.122 164 T 0.008 0.006 0.003 0.249 0.271 0.243 0.045 0.001 0.001 0.002 0.173 165 V 0.004 0.003 0.001 0.182 0.247 0.362 0.026 0.001 0.001 0.002 0.173 166 T 0.004 0.002 0.001 0.105 0.295 0.463 0.022 0.001 0.001 0.001 0.107 167 R 0.007 0.002 0.002 0.085 0.132 0.279 0.046 0.001 0.001 0.003 0.442 168 G 0.010 0.001 0.001 0.051 0.207 0.276 0.150 0.001 0.001 0.004 0.298 169 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.008 0.016 0.001 0.001 0.001 0.961 170 H 0.010 0.001 0.001 0.013 0.021 0.040 0.377 0.001 0.001 0.012 0.526 171 K 0.607 0.003 0.001 0.006 0.005 0.007 0.077 0.001 0.001 0.045 0.248 172 E 0.301 0.033 0.002 0.012 0.018 0.013 0.181 0.001 0.001 0.011 0.428 173 R 0.126 0.021 0.014 0.024 0.035 0.072 0.177 0.001 0.001 0.014 0.517 174 Q 0.026 0.028 0.003 0.058 0.130 0.222 0.115 0.001 0.001 0.004 0.414 175 N 0.024 0.023 0.001 0.025 0.135 0.258 0.121 0.001 0.001 0.005 0.407 176 L 0.047 0.033 0.003 0.028 0.166 0.306 0.045 0.001 0.001 0.005 0.364 177 G 0.033 0.036 0.003 0.071 0.197 0.251 0.114 0.002 0.001 0.007 0.285 178 I 0.044 0.034 0.012 0.064 0.138 0.259 0.096 0.002 0.001 0.009 0.342 179 Y 0.015 0.038 0.003 0.149 0.228 0.348 0.054 0.002 0.001 0.003 0.161 180 R 0.018 0.043 0.004 0.092 0.122 0.244 0.066 0.002 0.001 0.004 0.405