# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 239 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 D 0.006 0.017 0.029 0.071 0.008 0.068 0.801 3 A 0.005 0.008 0.053 0.080 0.230 0.125 0.499 4 M 0.004 0.008 0.113 0.058 0.092 0.137 0.588 5 K 0.013 0.007 0.096 0.072 0.120 0.148 0.545 6 Y 0.011 0.008 0.183 0.155 0.107 0.127 0.409 7 N 0.016 0.013 0.122 0.235 0.201 0.122 0.291 8 D 0.013 0.025 0.039 0.344 0.099 0.075 0.405 9 L 0.001 0.002 0.010 0.945 0.015 0.009 0.018 10 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.003 0.003 11 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 12 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 14 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.012 0.002 16 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.007 0.003 17 E 0.002 0.001 0.008 0.941 0.004 0.036 0.009 18 Q 0.003 0.001 0.017 0.697 0.016 0.251 0.015 19 Q 0.001 0.001 0.006 0.038 0.010 0.944 0.003 20 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 0.955 0.014 21 E 0.119 0.006 0.006 0.003 0.117 0.035 0.714 22 L 0.811 0.015 0.001 0.001 0.012 0.003 0.157 23 K 0.936 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.052 24 R 0.959 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 25 I 0.874 0.005 0.002 0.001 0.013 0.003 0.103 26 T 0.491 0.004 0.005 0.001 0.081 0.008 0.410 27 L 0.240 0.010 0.026 0.008 0.297 0.088 0.332 28 P 0.178 0.024 0.026 0.006 0.225 0.116 0.425 29 V 0.167 0.043 0.010 0.010 0.277 0.023 0.470 30 D 0.038 0.014 0.003 0.007 0.069 0.008 0.860 31 P 0.007 0.004 0.122 0.339 0.097 0.221 0.209 32 H 0.005 0.003 0.076 0.551 0.086 0.187 0.092 33 L 0.005 0.004 0.055 0.689 0.089 0.074 0.084 34 E 0.003 0.003 0.007 0.887 0.023 0.021 0.057 35 I 0.001 0.001 0.002 0.972 0.005 0.010 0.009 36 T 0.001 0.001 0.001 0.985 0.004 0.005 0.004 37 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 38 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 39 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 40 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 41 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.003 42 T 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.003 43 L 0.001 0.001 0.002 0.949 0.004 0.039 0.005 44 R 0.001 0.001 0.003 0.883 0.006 0.100 0.007 45 A 0.001 0.001 0.003 0.503 0.053 0.409 0.030 46 G 0.002 0.001 0.002 0.046 0.179 0.554 0.216 47 G 0.015 0.005 0.001 0.006 0.221 0.011 0.741 48 P 0.115 0.044 0.006 0.011 0.112 0.011 0.702 49 A 0.425 0.034 0.021 0.018 0.060 0.018 0.423 50 L 0.561 0.015 0.038 0.018 0.051 0.029 0.287 51 L 0.696 0.012 0.038 0.016 0.050 0.027 0.161 52 F 0.658 0.021 0.030 0.021 0.058 0.028 0.183 53 E 0.500 0.049 0.043 0.033 0.080 0.050 0.247 54 N 0.206 0.020 0.045 0.034 0.190 0.108 0.396 55 P 0.088 0.027 0.055 0.019 0.149 0.119 0.542 56 K 0.030 0.017 0.081 0.021 0.132 0.598 0.121 57 G 0.011 0.007 0.057 0.011 0.177 0.588 0.149 58 Y 0.023 0.040 0.027 0.029 0.254 0.125 0.502 59 S 0.027 0.038 0.013 0.038 0.248 0.184 0.452 60 M 0.029 0.009 0.004 0.075 0.465 0.027 0.390 61 P 0.129 0.028 0.009 0.191 0.090 0.034 0.518 62 V 0.407 0.070 0.027 0.269 0.022 0.039 0.164 63 L 0.531 0.018 0.050 0.238 0.021 0.041 0.101 64 C 0.304 0.013 0.164 0.290 0.059 0.061 0.109 65 N 0.264 0.010 0.187 0.167 0.131 0.062 0.180 66 L 0.151 0.011 0.238 0.109 0.094 0.143 0.255 67 F 0.066 0.015 0.120 0.079 0.173 0.365 0.181 68 G 0.062 0.036 0.029 0.047 0.322 0.162 0.343 69 T 0.033 0.022 0.008 0.151 0.201 0.027 0.558 70 P 0.001 0.001 0.007 0.979 0.004 0.005 0.004 71 K 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.003 0.001 72 R 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 74 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.005 0.001 75 M 0.001 0.001 0.008 0.967 0.002 0.021 0.001 76 G 0.001 0.001 0.014 0.911 0.003 0.068 0.003 77 M 0.001 0.004 0.016 0.511 0.029 0.422 0.018 78 G 0.001 0.002 0.013 0.111 0.112 0.574 0.187 79 Q 0.002 0.007 0.019 0.064 0.248 0.057 0.603 80 E 0.004 0.015 0.058 0.072 0.138 0.061 0.652 81 D 0.002 0.003 0.182 0.237 0.113 0.173 0.290 82 V 0.001 0.002 0.186 0.343 0.081 0.242 0.144 83 S 0.002 0.004 0.122 0.443 0.112 0.194 0.124 84 A 0.002 0.004 0.034 0.657 0.066 0.065 0.171 85 L 0.001 0.002 0.010 0.882 0.032 0.024 0.049 86 R 0.001 0.001 0.004 0.933 0.014 0.020 0.028 87 E 0.001 0.001 0.003 0.960 0.005 0.014 0.017 88 V 0.001 0.001 0.001 0.976 0.004 0.011 0.007 89 G 0.001 0.001 0.002 0.968 0.005 0.019 0.005 90 K 0.001 0.001 0.003 0.963 0.005 0.022 0.007 91 L 0.001 0.001 0.006 0.949 0.007 0.024 0.014 92 L 0.001 0.002 0.020 0.896 0.010 0.052 0.020 93 A 0.001 0.001 0.040 0.703 0.022 0.209 0.025 94 F 0.001 0.002 0.067 0.432 0.035 0.408 0.054 95 L 0.002 0.004 0.074 0.242 0.143 0.287 0.248 96 K 0.004 0.010 0.135 0.207 0.136 0.279 0.229 97 E 0.006 0.009 0.057 0.084 0.297 0.157 0.390 98 P 0.006 0.011 0.022 0.038 0.187 0.083 0.653 99 E 0.014 0.036 0.016 0.045 0.134 0.044 0.710 100 P 0.011 0.017 0.022 0.052 0.092 0.047 0.760 101 P 0.013 0.016 0.039 0.088 0.084 0.118 0.641 102 K 0.010 0.011 0.085 0.171 0.192 0.259 0.271 103 G 0.010 0.023 0.076 0.180 0.150 0.180 0.381 104 F 0.003 0.007 0.149 0.574 0.058 0.086 0.124 105 R 0.003 0.004 0.129 0.675 0.056 0.073 0.060 106 D 0.002 0.003 0.120 0.731 0.030 0.071 0.043 107 L 0.001 0.002 0.076 0.820 0.017 0.046 0.037 108 F 0.001 0.003 0.049 0.848 0.013 0.061 0.025 109 D 0.001 0.001 0.064 0.684 0.019 0.206 0.024 110 K 0.001 0.002 0.055 0.643 0.032 0.218 0.048 111 L 0.001 0.011 0.046 0.558 0.094 0.097 0.193 112 P 0.001 0.003 0.108 0.657 0.036 0.130 0.065 113 Q 0.001 0.001 0.135 0.634 0.037 0.126 0.066 114 F 0.001 0.002 0.213 0.600 0.030 0.093 0.061 115 K 0.002 0.002 0.241 0.517 0.034 0.165 0.040 116 Q 0.002 0.002 0.234 0.443 0.040 0.229 0.050 117 V 0.004 0.011 0.171 0.383 0.099 0.204 0.127 118 L 0.015 0.012 0.052 0.160 0.175 0.268 0.319 119 N 0.016 0.008 0.021 0.034 0.134 0.272 0.515 120 M 0.033 0.018 0.007 0.017 0.164 0.031 0.730 121 P 0.055 0.010 0.005 0.007 0.075 0.016 0.832 122 T 0.122 0.015 0.008 0.013 0.082 0.016 0.745 123 K 0.372 0.045 0.011 0.027 0.044 0.013 0.488 124 R 0.374 0.062 0.010 0.025 0.044 0.013 0.472 125 L 0.240 0.020 0.016 0.040 0.066 0.058 0.561 126 R 0.084 0.009 0.015 0.027 0.258 0.264 0.344 127 G 0.035 0.005 0.007 0.012 0.569 0.169 0.203 128 A 0.056 0.010 0.004 0.010 0.465 0.025 0.430 129 P 0.115 0.018 0.019 0.033 0.190 0.074 0.552 130 C 0.453 0.033 0.053 0.056 0.075 0.075 0.254 131 Q 0.600 0.015 0.054 0.076 0.069 0.036 0.150 132 Q 0.619 0.008 0.050 0.110 0.050 0.025 0.139 133 K 0.661 0.011 0.036 0.107 0.037 0.034 0.113 134 I 0.685 0.018 0.028 0.111 0.032 0.048 0.078 135 V 0.549 0.011 0.024 0.136 0.048 0.094 0.138 136 S 0.254 0.011 0.025 0.111 0.127 0.254 0.218 137 G 0.079 0.008 0.041 0.057 0.229 0.335 0.250 138 D 0.080 0.017 0.052 0.025 0.322 0.184 0.320 139 D 0.218 0.046 0.045 0.031 0.222 0.100 0.339 140 V 0.179 0.029 0.022 0.020 0.183 0.054 0.514 141 D 0.121 0.055 0.028 0.017 0.100 0.051 0.629 142 L 0.021 0.012 0.605 0.059 0.046 0.151 0.106 143 N 0.015 0.003 0.566 0.044 0.076 0.211 0.084 144 R 0.012 0.017 0.495 0.053 0.174 0.155 0.095 145 I 0.030 0.016 0.014 0.029 0.601 0.020 0.291 146 P 0.047 0.013 0.017 0.021 0.085 0.040 0.778 147 I 0.302 0.118 0.037 0.047 0.063 0.028 0.404 148 M 0.358 0.024 0.090 0.065 0.080 0.034 0.348 149 T 0.411 0.028 0.083 0.048 0.100 0.052 0.276 150 C 0.310 0.061 0.024 0.035 0.144 0.054 0.371 151 W 0.063 0.013 0.009 0.004 0.145 0.019 0.748 152 P 0.004 0.001 0.082 0.006 0.123 0.747 0.037 153 E 0.003 0.002 0.100 0.002 0.094 0.774 0.025 154 D 0.031 0.040 0.130 0.007 0.218 0.155 0.418 155 A 0.079 0.062 0.039 0.015 0.175 0.157 0.472 156 A 0.128 0.024 0.042 0.022 0.275 0.101 0.408 157 P 0.214 0.019 0.086 0.024 0.174 0.214 0.270 158 L 0.513 0.039 0.043 0.019 0.050 0.195 0.142 159 I 0.669 0.043 0.018 0.015 0.061 0.065 0.128 160 T 0.519 0.022 0.010 0.007 0.097 0.031 0.314 161 W 0.323 0.016 0.080 0.023 0.152 0.153 0.254 162 G 0.407 0.009 0.096 0.021 0.145 0.104 0.219 163 L 0.808 0.012 0.024 0.007 0.049 0.016 0.084 164 T 0.930 0.003 0.004 0.005 0.007 0.005 0.045 165 V 0.941 0.009 0.002 0.006 0.006 0.005 0.032 166 T 0.884 0.003 0.002 0.006 0.015 0.005 0.085 167 R 0.722 0.009 0.002 0.005 0.066 0.015 0.182 168 G 0.294 0.017 0.003 0.001 0.045 0.010 0.629 169 P 0.011 0.001 0.031 0.003 0.057 0.869 0.028 170 H 0.003 0.001 0.025 0.002 0.080 0.872 0.018 171 K 0.055 0.007 0.040 0.005 0.377 0.231 0.285 172 E 0.157 0.008 0.007 0.003 0.192 0.139 0.495 173 R 0.550 0.037 0.006 0.002 0.086 0.014 0.305 174 Q 0.694 0.020 0.006 0.002 0.045 0.005 0.228 175 N 0.748 0.012 0.009 0.002 0.037 0.008 0.183 176 L 0.732 0.007 0.011 0.003 0.029 0.008 0.209 177 G 0.800 0.005 0.009 0.005 0.036 0.018 0.126 178 I 0.823 0.009 0.004 0.005 0.032 0.016 0.111 179 Y 0.455 0.022 0.003 0.005 0.002 0.014 0.498 180 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999