# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 239 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.156 0.047 0.024 0.226 0.022 0.032 0.093 0.107 0.112 0.053 2 D 0.124 0.138 0.097 0.045 0.213 0.038 0.035 0.102 0.072 0.077 0.057 3 A 0.127 0.114 0.060 0.021 0.148 0.019 0.037 0.146 0.121 0.108 0.098 4 M 0.059 0.271 0.064 0.008 0.213 0.005 0.008 0.121 0.133 0.089 0.031 5 K 0.059 0.282 0.132 0.012 0.151 0.005 0.012 0.133 0.096 0.085 0.032 6 Y 0.070 0.066 0.020 0.003 0.155 0.003 0.011 0.368 0.239 0.046 0.017 7 N 0.003 0.020 0.008 0.006 0.008 0.024 0.089 0.687 0.140 0.011 0.004 8 D 0.076 0.125 0.030 0.002 0.132 0.002 0.015 0.407 0.079 0.110 0.022 9 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.756 0.200 0.033 0.002 10 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.924 0.066 0.001 0.001 11 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.962 0.029 0.002 0.001 12 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.049 0.007 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.062 0.003 0.001 14 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.044 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.038 0.004 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.947 0.038 0.007 0.001 17 E 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.784 0.179 0.012 0.005 18 Q 0.001 0.009 0.012 0.004 0.003 0.003 0.018 0.811 0.119 0.019 0.001 19 Q 0.001 0.770 0.207 0.007 0.007 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 20 G 0.010 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.596 0.379 21 E 0.029 0.463 0.079 0.017 0.201 0.029 0.050 0.048 0.022 0.050 0.012 22 L 0.385 0.043 0.002 0.001 0.512 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.049 23 K 0.089 0.277 0.046 0.032 0.449 0.045 0.036 0.010 0.003 0.003 0.010 24 R 0.355 0.054 0.005 0.001 0.545 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 25 I 0.201 0.145 0.033 0.013 0.528 0.008 0.009 0.009 0.004 0.007 0.042 26 T 0.274 0.059 0.030 0.020 0.243 0.042 0.062 0.023 0.024 0.110 0.114 27 L 0.033 0.354 0.352 0.048 0.164 0.003 0.003 0.007 0.008 0.015 0.013 28 P 0.113 0.334 0.136 0.004 0.352 0.003 0.008 0.021 0.008 0.007 0.014 29 V 0.058 0.387 0.142 0.024 0.198 0.037 0.026 0.019 0.013 0.040 0.055 30 D 0.229 0.114 0.025 0.002 0.582 0.001 0.002 0.010 0.005 0.003 0.025 31 P 0.011 0.056 0.033 0.010 0.023 0.010 0.022 0.330 0.340 0.155 0.011 32 H 0.014 0.031 0.008 0.004 0.027 0.015 0.082 0.581 0.174 0.057 0.007 33 L 0.009 0.035 0.007 0.003 0.020 0.006 0.027 0.680 0.165 0.041 0.009 34 E 0.009 0.019 0.011 0.001 0.018 0.001 0.012 0.760 0.110 0.047 0.012 35 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.866 0.127 0.003 0.001 36 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.051 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.021 0.001 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.025 0.002 0.001 39 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.052 0.002 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.944 0.047 0.003 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.946 0.039 0.003 0.001 42 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.900 0.065 0.007 0.001 43 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.055 0.751 0.165 0.016 0.003 44 R 0.003 0.024 0.013 0.011 0.007 0.022 0.156 0.604 0.110 0.048 0.002 45 A 0.003 0.600 0.229 0.019 0.037 0.011 0.035 0.031 0.009 0.024 0.003 46 G 0.089 0.029 0.019 0.011 0.030 0.003 0.005 0.009 0.013 0.469 0.324 47 G 0.022 0.322 0.266 0.155 0.072 0.053 0.035 0.021 0.017 0.026 0.009 48 P 0.143 0.328 0.055 0.016 0.350 0.005 0.010 0.020 0.013 0.019 0.040 49 A 0.072 0.436 0.107 0.008 0.349 0.005 0.004 0.004 0.004 0.003 0.008 50 L 0.252 0.118 0.013 0.001 0.590 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 51 L 0.282 0.082 0.019 0.006 0.427 0.018 0.016 0.011 0.008 0.024 0.108 52 F 0.214 0.185 0.084 0.029 0.355 0.006 0.006 0.019 0.017 0.032 0.052 53 E 0.067 0.088 0.029 0.026 0.135 0.064 0.122 0.149 0.169 0.122 0.029 54 N 0.250 0.131 0.063 0.020 0.270 0.005 0.008 0.018 0.024 0.087 0.124 55 P 0.147 0.088 0.033 0.032 0.158 0.029 0.029 0.093 0.129 0.167 0.095 56 K 0.010 0.061 0.065 0.153 0.031 0.135 0.323 0.138 0.061 0.018 0.006 57 G 0.061 0.032 0.031 0.045 0.047 0.028 0.013 0.031 0.077 0.512 0.122 58 Y 0.097 0.270 0.062 0.034 0.259 0.019 0.020 0.057 0.059 0.081 0.043 59 S 0.062 0.013 0.013 0.049 0.033 0.041 0.076 0.073 0.114 0.427 0.099 60 M 0.020 0.436 0.363 0.036 0.111 0.001 0.002 0.009 0.007 0.010 0.006 61 P 0.186 0.252 0.045 0.003 0.431 0.004 0.012 0.035 0.008 0.004 0.021 62 V 0.184 0.149 0.035 0.012 0.359 0.019 0.035 0.107 0.039 0.023 0.037 63 L 0.308 0.055 0.020 0.022 0.266 0.036 0.039 0.059 0.023 0.048 0.124 64 C 0.120 0.156 0.041 0.043 0.212 0.062 0.073 0.095 0.075 0.070 0.052 65 N 0.126 0.146 0.088 0.029 0.203 0.012 0.017 0.065 0.097 0.123 0.094 66 L 0.075 0.044 0.029 0.054 0.092 0.117 0.154 0.180 0.116 0.096 0.045 67 F 0.050 0.187 0.077 0.062 0.106 0.044 0.091 0.092 0.080 0.160 0.052 68 G 0.027 0.183 0.225 0.190 0.062 0.049 0.024 0.039 0.033 0.118 0.049 69 T 0.043 0.502 0.242 0.006 0.118 0.001 0.001 0.046 0.017 0.012 0.011 70 P 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.747 0.226 0.014 0.002 71 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.011 0.913 0.059 0.004 0.001 72 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.916 0.057 0.011 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.909 0.081 0.004 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.879 0.096 0.009 0.001 75 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.032 0.820 0.126 0.009 0.002 76 G 0.003 0.010 0.004 0.008 0.007 0.010 0.160 0.692 0.079 0.027 0.001 77 M 0.004 0.609 0.197 0.012 0.077 0.015 0.025 0.031 0.016 0.014 0.001 78 G 0.129 0.011 0.007 0.009 0.025 0.003 0.002 0.008 0.014 0.480 0.312 79 Q 0.042 0.364 0.294 0.023 0.156 0.007 0.008 0.028 0.026 0.028 0.025 80 E 0.022 0.405 0.224 0.051 0.085 0.015 0.014 0.081 0.038 0.038 0.026 81 D 0.051 0.122 0.054 0.009 0.119 0.014 0.029 0.301 0.206 0.073 0.022 82 V 0.009 0.023 0.010 0.005 0.019 0.015 0.033 0.615 0.204 0.058 0.009 83 S 0.012 0.041 0.019 0.006 0.028 0.005 0.021 0.636 0.116 0.100 0.017 84 A 0.008 0.031 0.012 0.001 0.012 0.001 0.008 0.754 0.109 0.057 0.005 85 L 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.877 0.091 0.012 0.002 86 R 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.936 0.042 0.002 0.001 87 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.007 0.936 0.036 0.008 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.067 0.009 0.001 89 G 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.935 0.053 0.003 0.001 90 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.933 0.049 0.005 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.892 0.072 0.013 0.001 92 L 0.004 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.770 0.162 0.030 0.004 93 A 0.002 0.018 0.006 0.006 0.007 0.015 0.079 0.671 0.147 0.047 0.002 94 F 0.021 0.039 0.025 0.008 0.040 0.009 0.054 0.380 0.119 0.270 0.035 95 L 0.057 0.109 0.043 0.014 0.094 0.015 0.059 0.319 0.119 0.133 0.041 96 K 0.029 0.187 0.094 0.021 0.099 0.021 0.075 0.242 0.131 0.085 0.017 97 E 0.047 0.225 0.204 0.035 0.109 0.013 0.028 0.135 0.079 0.099 0.027 98 P 0.052 0.324 0.145 0.011 0.169 0.009 0.033 0.126 0.072 0.042 0.018 99 E 0.037 0.306 0.237 0.031 0.124 0.021 0.039 0.089 0.058 0.037 0.021 100 P 0.076 0.272 0.162 0.017 0.200 0.013 0.024 0.081 0.059 0.058 0.039 101 P 0.076 0.184 0.076 0.011 0.165 0.011 0.024 0.164 0.134 0.115 0.040 102 K 0.022 0.104 0.050 0.027 0.062 0.057 0.119 0.313 0.156 0.075 0.017 103 G 0.044 0.204 0.140 0.033 0.088 0.010 0.015 0.178 0.088 0.155 0.046 104 F 0.038 0.022 0.008 0.003 0.046 0.003 0.005 0.472 0.264 0.109 0.030 105 R 0.002 0.012 0.007 0.007 0.006 0.013 0.018 0.739 0.174 0.018 0.004 106 D 0.005 0.021 0.010 0.004 0.013 0.002 0.013 0.768 0.114 0.045 0.007 107 L 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.798 0.149 0.032 0.002 108 F 0.001 0.008 0.002 0.002 0.004 0.004 0.014 0.765 0.183 0.016 0.002 109 D 0.004 0.011 0.003 0.003 0.008 0.004 0.039 0.788 0.116 0.018 0.005 110 K 0.005 0.007 0.007 0.004 0.004 0.009 0.034 0.500 0.142 0.277 0.010 111 L 0.053 0.146 0.025 0.003 0.099 0.003 0.007 0.460 0.118 0.048 0.037 112 P 0.007 0.020 0.007 0.005 0.014 0.007 0.020 0.717 0.165 0.031 0.007 113 Q 0.005 0.024 0.018 0.004 0.013 0.005 0.023 0.685 0.153 0.065 0.005 114 F 0.011 0.009 0.003 0.002 0.017 0.002 0.009 0.696 0.205 0.040 0.005 115 K 0.005 0.021 0.008 0.006 0.014 0.011 0.050 0.645 0.207 0.028 0.004 116 Q 0.019 0.016 0.006 0.004 0.032 0.006 0.054 0.515 0.163 0.163 0.022 117 V 0.034 0.069 0.038 0.020 0.065 0.024 0.096 0.358 0.120 0.159 0.017 118 L 0.023 0.394 0.164 0.025 0.137 0.014 0.024 0.106 0.051 0.051 0.011 119 N 0.142 0.110 0.091 0.018 0.139 0.006 0.015 0.090 0.072 0.232 0.085 120 M 0.035 0.401 0.331 0.015 0.144 0.003 0.005 0.024 0.012 0.020 0.010 121 P 0.038 0.446 0.198 0.018 0.183 0.009 0.021 0.049 0.015 0.012 0.013 122 T 0.107 0.347 0.119 0.004 0.337 0.002 0.005 0.027 0.020 0.015 0.019 123 K 0.101 0.298 0.089 0.005 0.368 0.010 0.019 0.059 0.021 0.013 0.017 124 R 0.226 0.189 0.042 0.004 0.357 0.007 0.020 0.043 0.019 0.035 0.058 125 L 0.106 0.299 0.138 0.040 0.219 0.017 0.019 0.049 0.035 0.037 0.041 126 R 0.054 0.114 0.072 0.064 0.106 0.104 0.149 0.179 0.083 0.049 0.025 127 G 0.081 0.125 0.100 0.061 0.112 0.017 0.017 0.040 0.073 0.290 0.084 128 A 0.018 0.243 0.405 0.139 0.075 0.019 0.016 0.041 0.019 0.017 0.007 129 P 0.057 0.267 0.116 0.012 0.134 0.013 0.046 0.172 0.069 0.077 0.037 130 C 0.221 0.096 0.021 0.005 0.287 0.004 0.009 0.117 0.088 0.064 0.088 131 Q 0.046 0.130 0.044 0.032 0.143 0.084 0.097 0.295 0.075 0.043 0.012 132 Q 0.278 0.066 0.007 0.002 0.453 0.004 0.014 0.090 0.020 0.025 0.040 133 K 0.283 0.062 0.008 0.013 0.389 0.020 0.022 0.103 0.021 0.024 0.057 134 I 0.164 0.162 0.022 0.004 0.455 0.006 0.015 0.086 0.018 0.021 0.048 135 V 0.288 0.108 0.032 0.010 0.240 0.014 0.023 0.080 0.029 0.050 0.127 136 S 0.025 0.157 0.137 0.253 0.055 0.091 0.101 0.074 0.041 0.052 0.015 137 G 0.025 0.144 0.129 0.209 0.047 0.049 0.041 0.086 0.102 0.133 0.034 138 D 0.049 0.088 0.064 0.027 0.067 0.021 0.048 0.118 0.179 0.265 0.073 139 D 0.159 0.193 0.072 0.007 0.327 0.005 0.012 0.052 0.052 0.076 0.045 140 V 0.110 0.304 0.051 0.007 0.284 0.019 0.046 0.064 0.047 0.033 0.034 141 D 0.225 0.178 0.056 0.006 0.378 0.004 0.006 0.020 0.029 0.046 0.051 142 L 0.040 0.011 0.002 0.003 0.065 0.002 0.004 0.173 0.608 0.071 0.022 143 N 0.002 0.007 0.006 0.008 0.006 0.017 0.105 0.443 0.365 0.039 0.001 144 R 0.019 0.013 0.006 0.007 0.018 0.007 0.046 0.107 0.135 0.621 0.021 145 I 0.106 0.388 0.108 0.009 0.279 0.003 0.005 0.028 0.017 0.023 0.034 146 P 0.069 0.270 0.178 0.022 0.257 0.023 0.031 0.040 0.035 0.039 0.036 147 I 0.143 0.303 0.095 0.003 0.400 0.001 0.001 0.011 0.009 0.010 0.025 148 M 0.161 0.189 0.039 0.020 0.320 0.030 0.083 0.059 0.036 0.029 0.034 149 T 0.103 0.276 0.079 0.007 0.357 0.003 0.015 0.045 0.032 0.046 0.038 150 C 0.122 0.226 0.065 0.015 0.323 0.019 0.054 0.046 0.025 0.060 0.045 151 W 0.026 0.264 0.491 0.100 0.073 0.009 0.004 0.006 0.004 0.009 0.014 152 P 0.006 0.022 0.012 0.024 0.014 0.124 0.325 0.288 0.167 0.013 0.004 153 E 0.028 0.020 0.020 0.015 0.020 0.010 0.017 0.030 0.074 0.666 0.100 154 D 0.092 0.230 0.070 0.013 0.278 0.008 0.011 0.032 0.038 0.148 0.079 155 A 0.043 0.065 0.071 0.093 0.048 0.044 0.038 0.168 0.168 0.198 0.065 156 A 0.036 0.109 0.106 0.061 0.098 0.014 0.033 0.214 0.190 0.120 0.019 157 P 0.049 0.196 0.053 0.009 0.155 0.011 0.054 0.324 0.112 0.024 0.013 158 L 0.161 0.099 0.032 0.009 0.254 0.012 0.050 0.184 0.079 0.067 0.053 159 I 0.173 0.106 0.027 0.009 0.339 0.014 0.052 0.127 0.040 0.063 0.049 160 T 0.168 0.126 0.058 0.021 0.232 0.022 0.036 0.102 0.055 0.119 0.061 161 W 0.087 0.192 0.141 0.081 0.183 0.030 0.032 0.105 0.046 0.066 0.036 162 G 0.111 0.272 0.056 0.015 0.367 0.010 0.020 0.062 0.026 0.030 0.032 163 L 0.139 0.189 0.016 0.001 0.615 0.002 0.006 0.015 0.005 0.003 0.010 164 T 0.320 0.066 0.010 0.002 0.540 0.007 0.006 0.013 0.004 0.004 0.028 165 V 0.360 0.058 0.012 0.012 0.332 0.018 0.011 0.014 0.007 0.028 0.149 166 T 0.089 0.276 0.080 0.010 0.366 0.007 0.025 0.057 0.022 0.047 0.023 167 R 0.076 0.359 0.100 0.012 0.270 0.012 0.015 0.021 0.014 0.079 0.041 168 G 0.165 0.105 0.024 0.002 0.680 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.011 169 P 0.009 0.015 0.013 0.010 0.010 0.010 0.034 0.469 0.401 0.023 0.004 170 H 0.003 0.013 0.019 0.023 0.004 0.057 0.448 0.268 0.091 0.070 0.004 171 K 0.021 0.554 0.174 0.044 0.088 0.015 0.012 0.023 0.015 0.034 0.018 172 E 0.032 0.033 0.035 0.089 0.038 0.067 0.065 0.052 0.057 0.281 0.251 173 R 0.162 0.245 0.096 0.014 0.244 0.016 0.027 0.052 0.044 0.063 0.037 174 Q 0.150 0.180 0.072 0.036 0.232 0.026 0.061 0.054 0.051 0.054 0.084 175 N 0.266 0.066 0.038 0.038 0.198 0.035 0.046 0.073 0.083 0.085 0.071 176 L 0.111 0.184 0.085 0.039 0.215 0.014 0.029 0.071 0.083 0.111 0.058 177 G 0.086 0.155 0.132 0.087 0.201 0.038 0.029 0.070 0.067 0.083 0.052 178 I 0.178 0.131 0.045 0.014 0.308 0.017 0.032 0.088 0.077 0.061 0.048 179 Y 0.174 0.199 0.078 0.013 0.292 0.009 0.018 0.067 0.038 0.048 0.064 180 R 0.097 0.185 0.090 0.036 0.188 0.035 0.047 0.128 0.072 0.069 0.053