# TARGET T0356 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 239 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.752 0.160 0.060 0.022 0.005 0.001 0.001 2 D 0.762 0.144 0.050 0.030 0.011 0.003 0.001 3 A 0.662 0.163 0.078 0.049 0.032 0.014 0.002 4 M 0.579 0.188 0.110 0.074 0.036 0.012 0.002 5 K 0.375 0.301 0.161 0.104 0.042 0.015 0.002 6 Y 0.138 0.184 0.238 0.251 0.142 0.044 0.004 7 N 0.334 0.377 0.202 0.067 0.017 0.002 0.001 8 D 0.100 0.350 0.287 0.190 0.064 0.009 0.001 9 L 0.037 0.048 0.073 0.205 0.388 0.238 0.012 10 R 0.043 0.182 0.333 0.322 0.105 0.016 0.001 11 D 0.088 0.461 0.321 0.111 0.018 0.002 0.001 12 F 0.017 0.019 0.043 0.177 0.462 0.272 0.010 13 L 0.022 0.043 0.090 0.296 0.405 0.141 0.003 14 T 0.097 0.571 0.268 0.058 0.006 0.001 0.001 15 L 0.065 0.252 0.410 0.233 0.037 0.003 0.001 16 L 0.018 0.066 0.118 0.340 0.399 0.059 0.001 17 E 0.242 0.466 0.235 0.053 0.005 0.001 0.001 18 Q 0.788 0.191 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.290 0.432 0.209 0.059 0.009 0.001 0.001 20 G 0.650 0.273 0.064 0.012 0.001 0.001 0.001 21 E 0.337 0.403 0.183 0.062 0.015 0.002 0.001 22 L 0.048 0.095 0.191 0.369 0.255 0.040 0.001 23 K 0.184 0.368 0.273 0.135 0.035 0.004 0.001 24 R 0.202 0.368 0.256 0.131 0.037 0.006 0.001 25 I 0.037 0.076 0.164 0.387 0.286 0.049 0.002 26 T 0.240 0.338 0.217 0.131 0.057 0.015 0.002 27 L 0.299 0.336 0.181 0.125 0.045 0.012 0.002 28 P 0.307 0.319 0.171 0.114 0.059 0.026 0.004 29 V 0.046 0.106 0.175 0.262 0.263 0.131 0.016 30 D 0.066 0.137 0.175 0.236 0.233 0.134 0.020 31 P 0.057 0.086 0.125 0.199 0.235 0.239 0.059 32 H 0.041 0.089 0.113 0.176 0.241 0.239 0.101 33 L 0.012 0.039 0.073 0.161 0.279 0.304 0.132 34 E 0.005 0.020 0.042 0.112 0.212 0.356 0.254 35 I 0.002 0.006 0.011 0.026 0.061 0.308 0.587 36 T 0.006 0.019 0.042 0.106 0.210 0.400 0.217 37 E 0.006 0.028 0.068 0.179 0.280 0.316 0.122 38 I 0.002 0.003 0.009 0.042 0.141 0.419 0.385 39 A 0.002 0.005 0.010 0.042 0.167 0.499 0.273 40 D 0.004 0.046 0.134 0.301 0.333 0.163 0.020 41 R 0.004 0.045 0.155 0.304 0.321 0.155 0.016 42 T 0.008 0.042 0.083 0.195 0.331 0.319 0.023 43 L 0.015 0.083 0.167 0.356 0.298 0.078 0.003 44 R 0.241 0.415 0.232 0.092 0.018 0.002 0.001 45 A 0.517 0.324 0.118 0.035 0.005 0.001 0.001 46 G 0.442 0.434 0.104 0.018 0.002 0.001 0.001 47 G 0.042 0.175 0.296 0.337 0.136 0.015 0.001 48 P 0.009 0.077 0.185 0.349 0.272 0.103 0.006 49 A 0.001 0.003 0.013 0.058 0.219 0.561 0.145 50 L 0.001 0.001 0.004 0.021 0.108 0.483 0.382 51 L 0.001 0.001 0.006 0.022 0.084 0.428 0.458 52 F 0.001 0.001 0.005 0.024 0.099 0.402 0.468 53 E 0.003 0.032 0.086 0.156 0.229 0.303 0.191 54 N 0.003 0.024 0.083 0.213 0.329 0.283 0.066 55 P 0.005 0.025 0.064 0.184 0.404 0.286 0.031 56 K 0.079 0.283 0.328 0.226 0.068 0.015 0.001 57 G 0.153 0.337 0.244 0.166 0.083 0.017 0.001 58 Y 0.021 0.095 0.218 0.379 0.240 0.046 0.001 59 S 0.103 0.436 0.309 0.122 0.027 0.004 0.001 60 M 0.002 0.009 0.036 0.156 0.422 0.349 0.026 61 P 0.001 0.015 0.072 0.263 0.369 0.252 0.027 62 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.076 0.474 0.439 63 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.224 0.757 64 C 0.001 0.001 0.002 0.010 0.032 0.201 0.754 65 N 0.001 0.001 0.002 0.008 0.025 0.162 0.801 66 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.261 0.700 67 F 0.001 0.002 0.008 0.030 0.116 0.351 0.493 68 G 0.001 0.006 0.021 0.071 0.199 0.397 0.305 69 T 0.003 0.016 0.030 0.077 0.196 0.424 0.255 70 P 0.003 0.022 0.065 0.194 0.340 0.287 0.089 71 K 0.016 0.134 0.240 0.267 0.190 0.118 0.037 72 R 0.001 0.007 0.036 0.114 0.277 0.362 0.202 73 V 0.001 0.002 0.003 0.011 0.078 0.466 0.440 74 A 0.003 0.023 0.098 0.285 0.289 0.247 0.056 75 M 0.012 0.058 0.136 0.237 0.226 0.259 0.072 76 G 0.003 0.007 0.009 0.029 0.126 0.483 0.344 77 M 0.002 0.004 0.015 0.073 0.263 0.529 0.115 78 G 0.017 0.133 0.269 0.310 0.205 0.060 0.006 79 Q 0.038 0.112 0.198 0.308 0.230 0.100 0.015 80 E 0.213 0.337 0.208 0.131 0.069 0.034 0.008 81 D 0.175 0.281 0.252 0.180 0.082 0.026 0.004 82 V 0.236 0.315 0.225 0.151 0.058 0.014 0.002 83 S 0.389 0.372 0.155 0.059 0.021 0.005 0.001 84 A 0.051 0.147 0.260 0.292 0.192 0.053 0.005 85 L 0.014 0.052 0.118 0.238 0.338 0.216 0.023 86 R 0.112 0.338 0.304 0.171 0.056 0.016 0.002 87 E 0.055 0.246 0.329 0.240 0.099 0.029 0.003 88 V 0.003 0.010 0.025 0.095 0.341 0.466 0.060 89 G 0.006 0.032 0.118 0.277 0.339 0.206 0.023 90 K 0.054 0.336 0.327 0.189 0.068 0.024 0.002 91 L 0.007 0.040 0.136 0.308 0.357 0.145 0.006 92 L 0.003 0.010 0.026 0.110 0.331 0.471 0.048 93 A 0.045 0.145 0.230 0.268 0.206 0.098 0.008 94 F 0.111 0.288 0.283 0.211 0.083 0.021 0.001 95 L 0.050 0.128 0.194 0.289 0.239 0.094 0.006 96 K 0.258 0.278 0.229 0.143 0.069 0.020 0.001 97 E 0.442 0.278 0.154 0.086 0.031 0.008 0.001 98 P 0.272 0.227 0.195 0.197 0.089 0.019 0.001 99 E 0.558 0.249 0.110 0.052 0.023 0.007 0.001 100 P 0.255 0.236 0.204 0.172 0.097 0.032 0.004 101 P 0.249 0.220 0.191 0.198 0.107 0.031 0.003 102 K 0.388 0.276 0.148 0.103 0.059 0.023 0.003 103 G 0.180 0.255 0.260 0.196 0.085 0.022 0.002 104 F 0.075 0.120 0.119 0.210 0.273 0.179 0.024 105 R 0.100 0.184 0.241 0.254 0.156 0.058 0.007 106 D 0.152 0.318 0.260 0.167 0.075 0.025 0.003 107 L 0.030 0.075 0.112 0.206 0.312 0.236 0.029 108 F 0.023 0.053 0.137 0.265 0.296 0.198 0.028 109 D 0.172 0.360 0.256 0.136 0.053 0.020 0.003 110 K 0.069 0.165 0.189 0.240 0.223 0.102 0.011 111 L 0.020 0.049 0.102 0.219 0.332 0.249 0.029 112 P 0.225 0.326 0.241 0.141 0.053 0.014 0.001 113 Q 0.144 0.284 0.260 0.204 0.087 0.020 0.001 114 F 0.067 0.087 0.121 0.242 0.312 0.161 0.010 115 K 0.145 0.199 0.238 0.234 0.132 0.048 0.005 116 Q 0.385 0.342 0.159 0.073 0.028 0.011 0.001 117 V 0.110 0.192 0.226 0.254 0.164 0.049 0.005 118 L 0.130 0.165 0.205 0.241 0.177 0.074 0.008 119 N 0.205 0.297 0.223 0.148 0.085 0.037 0.004 120 M 0.069 0.119 0.182 0.298 0.247 0.078 0.006 121 P 0.184 0.253 0.209 0.190 0.116 0.043 0.004 122 T 0.136 0.203 0.233 0.226 0.143 0.055 0.006 123 K 0.131 0.205 0.232 0.251 0.140 0.038 0.003 124 R 0.280 0.332 0.199 0.121 0.052 0.014 0.001 125 L 0.128 0.174 0.236 0.274 0.146 0.038 0.003 126 R 0.473 0.309 0.120 0.064 0.025 0.008 0.001 127 G 0.416 0.348 0.155 0.057 0.018 0.005 0.001 128 A 0.169 0.170 0.198 0.250 0.158 0.051 0.004 129 P 0.297 0.292 0.194 0.129 0.064 0.022 0.002 130 C 0.152 0.152 0.180 0.231 0.194 0.081 0.011 131 Q 0.223 0.260 0.214 0.173 0.094 0.032 0.003 132 Q 0.300 0.276 0.185 0.134 0.073 0.029 0.003 133 K 0.231 0.243 0.183 0.175 0.113 0.049 0.005 134 I 0.158 0.216 0.232 0.225 0.127 0.040 0.003 135 V 0.219 0.212 0.206 0.208 0.117 0.036 0.003 136 S 0.506 0.279 0.121 0.064 0.023 0.006 0.001 137 G 0.599 0.226 0.099 0.054 0.018 0.004 0.001 138 D 0.640 0.250 0.076 0.026 0.006 0.001 0.001 139 D 0.448 0.316 0.148 0.066 0.018 0.003 0.001 140 V 0.121 0.194 0.209 0.252 0.174 0.048 0.002 141 D 0.125 0.326 0.301 0.177 0.056 0.013 0.001 142 L 0.021 0.030 0.076 0.227 0.394 0.231 0.020 143 N 0.091 0.266 0.267 0.230 0.113 0.030 0.003 144 R 0.146 0.295 0.273 0.180 0.078 0.025 0.003 145 I 0.025 0.045 0.096 0.210 0.301 0.280 0.043 146 P 0.051 0.122 0.164 0.243 0.245 0.151 0.025 147 I 0.055 0.083 0.121 0.196 0.273 0.218 0.054 148 M 0.106 0.181 0.216 0.245 0.155 0.082 0.016 149 T 0.098 0.171 0.186 0.217 0.191 0.113 0.025 150 C 0.080 0.130 0.155 0.207 0.239 0.157 0.031 151 W 0.142 0.175 0.206 0.255 0.157 0.058 0.007 152 P 0.523 0.292 0.114 0.051 0.016 0.004 0.001 153 E 0.576 0.288 0.093 0.031 0.010 0.003 0.001 154 D 0.308 0.229 0.171 0.165 0.092 0.032 0.003 155 A 0.246 0.190 0.165 0.176 0.129 0.081 0.012 156 A 0.202 0.137 0.118 0.176 0.174 0.146 0.048 157 P 0.081 0.125 0.140 0.208 0.222 0.152 0.072 158 L 0.036 0.051 0.063 0.111 0.207 0.308 0.223 159 I 0.022 0.042 0.077 0.143 0.184 0.269 0.262 160 T 0.008 0.017 0.051 0.096 0.143 0.293 0.392 161 W 0.008 0.017 0.038 0.083 0.151 0.306 0.397 162 G 0.020 0.028 0.061 0.102 0.174 0.306 0.308 163 L 0.021 0.021 0.056 0.113 0.190 0.390 0.208 164 T 0.013 0.020 0.048 0.095 0.201 0.415 0.208 165 V 0.022 0.037 0.075 0.156 0.265 0.353 0.092 166 T 0.040 0.064 0.099 0.202 0.330 0.237 0.028 167 R 0.099 0.205 0.269 0.293 0.112 0.021 0.001 168 G 0.309 0.344 0.179 0.109 0.049 0.009 0.001 169 P 0.356 0.259 0.192 0.141 0.044 0.008 0.001 170 H 0.792 0.144 0.037 0.019 0.006 0.001 0.001 171 K 0.736 0.173 0.063 0.020 0.007 0.001 0.001 172 E 0.458 0.307 0.153 0.064 0.015 0.003 0.001 173 R 0.145 0.226 0.241 0.219 0.131 0.035 0.003 174 Q 0.057 0.122 0.178 0.255 0.242 0.127 0.019 175 N 0.054 0.091 0.129 0.195 0.233 0.239 0.058 176 L 0.022 0.009 0.019 0.049 0.115 0.415 0.370 177 G 0.052 0.065 0.083 0.168 0.248 0.268 0.116 178 I 0.088 0.087 0.112 0.145 0.211 0.259 0.098 179 Y 0.073 0.121 0.155 0.239 0.208 0.154 0.050 180 R 0.174 0.202 0.196 0.204 0.142 0.066 0.014