# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.258 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.002 0.020 0.174 0.112 0.684 2 D 0.026 0.008 0.060 0.219 0.174 0.513 3 A 0.022 0.009 0.128 0.250 0.200 0.390 4 M 0.041 0.016 0.104 0.095 0.288 0.456 5 K 0.038 0.009 0.064 0.068 0.266 0.555 6 Y 0.020 0.005 0.096 0.191 0.226 0.461 7 N 0.013 0.010 0.080 0.194 0.288 0.414 8 D 0.009 0.010 0.077 0.227 0.306 0.371 9 L 0.001 0.001 0.047 0.910 0.028 0.016 10 R 0.001 0.001 0.018 0.963 0.014 0.005 11 D 0.001 0.001 0.017 0.955 0.020 0.007 12 F 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 13 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 14 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 15 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 16 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 17 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.006 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.002 0.988 0.008 0.002 19 Q 0.001 0.001 0.004 0.918 0.032 0.045 20 G 0.001 0.001 0.004 0.014 0.220 0.760 21 E 0.021 0.002 0.013 0.003 0.220 0.741 22 L 0.466 0.015 0.015 0.005 0.137 0.362 23 K 0.857 0.003 0.009 0.005 0.036 0.091 24 R 0.965 0.002 0.002 0.003 0.006 0.023 25 I 0.950 0.003 0.001 0.006 0.008 0.031 26 T 0.824 0.002 0.002 0.007 0.043 0.122 27 L 0.500 0.003 0.001 0.002 0.058 0.436 28 P 0.417 0.020 0.003 0.002 0.091 0.467 29 V 0.109 0.028 0.003 0.006 0.127 0.728 30 D 0.032 0.013 0.004 0.006 0.270 0.675 31 P 0.005 0.001 0.144 0.527 0.226 0.098 32 H 0.005 0.001 0.086 0.715 0.144 0.049 33 L 0.007 0.002 0.054 0.854 0.070 0.014 34 E 0.012 0.003 0.012 0.929 0.021 0.023 35 I 0.005 0.001 0.006 0.973 0.009 0.007 36 T 0.004 0.001 0.007 0.977 0.009 0.004 37 E 0.003 0.001 0.006 0.981 0.008 0.003 38 I 0.003 0.001 0.004 0.986 0.004 0.002 39 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 40 D 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.004 41 R 0.001 0.001 0.005 0.981 0.007 0.005 42 T 0.001 0.001 0.004 0.981 0.008 0.005 43 L 0.001 0.001 0.007 0.971 0.014 0.006 44 R 0.001 0.001 0.008 0.934 0.044 0.012 45 A 0.001 0.001 0.010 0.828 0.073 0.087 46 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.131 0.857 47 G 0.010 0.004 0.007 0.003 0.204 0.772 48 P 0.072 0.016 0.013 0.002 0.240 0.657 49 A 0.443 0.048 0.019 0.005 0.135 0.350 50 L 0.656 0.023 0.015 0.011 0.089 0.206 51 L 0.785 0.007 0.014 0.010 0.078 0.106 52 F 0.625 0.012 0.010 0.020 0.145 0.189 53 E 0.450 0.036 0.009 0.014 0.194 0.297 54 N 0.146 0.018 0.009 0.006 0.525 0.296 55 P 0.017 0.012 0.094 0.015 0.646 0.216 56 K 0.021 0.016 0.130 0.026 0.584 0.223 57 G 0.018 0.014 0.096 0.019 0.740 0.113 58 Y 0.019 0.014 0.034 0.059 0.600 0.275 59 S 0.038 0.015 0.019 0.051 0.465 0.411 60 M 0.157 0.023 0.017 0.089 0.336 0.378 61 P 0.225 0.021 0.012 0.076 0.168 0.498 62 V 0.569 0.034 0.018 0.068 0.098 0.212 63 L 0.749 0.021 0.016 0.069 0.062 0.084 64 C 0.741 0.007 0.030 0.089 0.063 0.070 65 N 0.620 0.009 0.058 0.097 0.116 0.100 66 L 0.458 0.015 0.058 0.099 0.218 0.151 67 F 0.195 0.016 0.025 0.073 0.313 0.378 68 G 0.044 0.024 0.007 0.070 0.229 0.627 69 T 0.012 0.008 0.001 0.046 0.112 0.821 70 P 0.001 0.001 0.007 0.985 0.004 0.003 71 K 0.001 0.001 0.009 0.985 0.004 0.001 72 R 0.001 0.001 0.017 0.973 0.007 0.001 73 V 0.002 0.001 0.007 0.983 0.006 0.003 74 A 0.001 0.001 0.010 0.980 0.007 0.003 75 M 0.001 0.001 0.014 0.964 0.011 0.010 76 G 0.002 0.001 0.017 0.903 0.030 0.047 77 M 0.004 0.007 0.024 0.669 0.087 0.209 78 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.109 0.876 79 Q 0.006 0.006 0.015 0.042 0.201 0.730 80 E 0.015 0.011 0.025 0.069 0.273 0.607 81 D 0.015 0.012 0.055 0.169 0.310 0.438 82 V 0.003 0.001 0.103 0.683 0.098 0.112 83 S 0.002 0.001 0.056 0.872 0.039 0.030 84 A 0.001 0.001 0.034 0.944 0.016 0.006 85 L 0.002 0.001 0.015 0.958 0.014 0.011 86 R 0.002 0.001 0.010 0.967 0.012 0.009 87 E 0.002 0.001 0.007 0.974 0.009 0.008 88 V 0.001 0.001 0.004 0.983 0.006 0.006 89 G 0.001 0.001 0.004 0.983 0.006 0.005 90 K 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 91 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 92 L 0.001 0.001 0.007 0.984 0.006 0.004 93 A 0.001 0.001 0.017 0.964 0.011 0.006 94 F 0.001 0.001 0.030 0.913 0.029 0.027 95 L 0.002 0.005 0.032 0.731 0.093 0.138 96 K 0.003 0.005 0.038 0.459 0.204 0.291 97 E 0.004 0.005 0.024 0.073 0.351 0.543 98 P 0.003 0.008 0.017 0.028 0.314 0.630 99 E 0.005 0.012 0.011 0.007 0.249 0.715 100 P 0.004 0.010 0.006 0.006 0.231 0.743 101 P 0.004 0.009 0.078 0.078 0.344 0.487 102 K 0.005 0.003 0.180 0.280 0.311 0.221 103 G 0.008 0.006 0.138 0.413 0.291 0.143 104 F 0.003 0.004 0.092 0.747 0.085 0.069 105 R 0.003 0.004 0.073 0.838 0.041 0.040 106 D 0.002 0.003 0.069 0.850 0.050 0.026 107 L 0.001 0.001 0.130 0.826 0.027 0.015 108 F 0.002 0.001 0.129 0.813 0.039 0.016 109 D 0.002 0.001 0.114 0.782 0.065 0.036 110 K 0.003 0.003 0.059 0.794 0.054 0.088 111 L 0.011 0.006 0.028 0.372 0.155 0.429 112 P 0.004 0.002 0.084 0.753 0.080 0.078 113 Q 0.011 0.004 0.090 0.792 0.065 0.039 114 F 0.008 0.004 0.097 0.816 0.051 0.025 115 K 0.008 0.002 0.085 0.826 0.049 0.030 116 Q 0.010 0.002 0.075 0.810 0.056 0.047 117 V 0.013 0.007 0.060 0.747 0.085 0.087 118 L 0.009 0.005 0.031 0.640 0.126 0.190 119 N 0.006 0.005 0.011 0.088 0.195 0.694 120 M 0.012 0.004 0.003 0.011 0.163 0.806 121 P 0.045 0.007 0.008 0.014 0.175 0.750 122 T 0.133 0.016 0.038 0.026 0.255 0.533 123 K 0.429 0.024 0.047 0.036 0.151 0.313 124 R 0.623 0.023 0.033 0.046 0.085 0.190 125 L 0.504 0.022 0.032 0.041 0.220 0.181 126 R 0.280 0.017 0.021 0.034 0.361 0.287 127 G 0.098 0.011 0.017 0.025 0.465 0.384 128 A 0.141 0.017 0.014 0.015 0.417 0.396 129 P 0.219 0.021 0.020 0.013 0.231 0.495 130 C 0.390 0.023 0.045 0.023 0.241 0.278 131 Q 0.548 0.011 0.034 0.036 0.199 0.171 132 Q 0.746 0.005 0.017 0.045 0.084 0.103 133 K 0.797 0.006 0.009 0.052 0.060 0.075 134 I 0.780 0.013 0.005 0.058 0.061 0.083 135 V 0.632 0.019 0.005 0.071 0.159 0.114 136 S 0.295 0.030 0.008 0.083 0.314 0.270 137 G 0.059 0.005 0.013 0.015 0.656 0.253 138 D 0.075 0.006 0.020 0.007 0.607 0.285 139 D 0.160 0.044 0.023 0.009 0.363 0.401 140 V 0.198 0.116 0.015 0.008 0.223 0.440 141 D 0.114 0.038 0.014 0.007 0.283 0.544 142 L 0.018 0.003 0.641 0.028 0.243 0.066 143 N 0.028 0.003 0.551 0.045 0.290 0.083 144 R 0.029 0.011 0.560 0.046 0.291 0.063 145 I 0.066 0.041 0.031 0.027 0.372 0.464 146 P 0.121 0.052 0.018 0.027 0.210 0.572 147 I 0.171 0.052 0.068 0.039 0.297 0.374 148 M 0.326 0.021 0.097 0.025 0.286 0.244 149 T 0.344 0.045 0.109 0.026 0.216 0.260 150 C 0.199 0.133 0.041 0.014 0.184 0.428 151 W 0.028 0.024 0.006 0.001 0.891 0.049 152 P 0.001 0.001 0.146 0.006 0.837 0.010 153 E 0.001 0.001 0.151 0.008 0.832 0.007 154 D 0.007 0.012 0.124 0.011 0.839 0.008 155 A 0.037 0.051 0.069 0.095 0.437 0.311 156 A 0.180 0.044 0.086 0.091 0.343 0.256 157 P 0.223 0.007 0.211 0.067 0.328 0.164 158 L 0.645 0.018 0.090 0.037 0.115 0.096 159 I 0.735 0.044 0.033 0.025 0.086 0.077 160 T 0.655 0.016 0.015 0.026 0.146 0.141 161 W 0.489 0.005 0.019 0.038 0.240 0.209 162 G 0.567 0.006 0.019 0.029 0.199 0.180 163 L 0.777 0.005 0.023 0.035 0.095 0.064 164 T 0.851 0.005 0.018 0.050 0.039 0.037 165 V 0.924 0.004 0.005 0.027 0.016 0.024 166 T 0.905 0.004 0.002 0.016 0.030 0.043 167 R 0.741 0.015 0.002 0.010 0.053 0.179 168 G 0.319 0.041 0.003 0.004 0.481 0.151 169 P 0.020 0.005 0.028 0.006 0.876 0.065 170 H 0.008 0.002 0.033 0.004 0.916 0.037 171 K 0.008 0.003 0.040 0.004 0.920 0.025 172 E 0.035 0.010 0.028 0.009 0.651 0.267 173 R 0.353 0.059 0.024 0.008 0.267 0.288 174 Q 0.527 0.040 0.026 0.006 0.169 0.232 175 N 0.631 0.019 0.025 0.006 0.103 0.216 176 L 0.704 0.008 0.026 0.009 0.092 0.160 177 G 0.740 0.010 0.017 0.008 0.064 0.162 178 I 0.744 0.013 0.009 0.007 0.042 0.185 179 Y 0.517 0.022 0.005 0.008 0.066 0.382 180 R 0.058 0.003 0.001 0.003 0.039 0.897