# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.258 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.151 0.398 0.010 0.011 0.016 0.016 0.052 0.012 0.003 0.032 0.299 2 D 0.085 0.391 0.003 0.010 0.015 0.027 0.063 0.014 0.001 0.028 0.365 3 A 0.141 0.207 0.004 0.015 0.013 0.021 0.063 0.007 0.001 0.095 0.432 4 M 0.054 0.192 0.007 0.031 0.025 0.030 0.113 0.008 0.002 0.135 0.404 5 K 0.037 0.373 0.003 0.008 0.009 0.014 0.070 0.006 0.001 0.055 0.424 6 Y 0.087 0.629 0.003 0.007 0.004 0.005 0.029 0.004 0.001 0.039 0.192 7 N 0.022 0.492 0.002 0.010 0.004 0.006 0.062 0.004 0.001 0.124 0.274 8 D 0.007 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.047 0.029 9 L 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.012 10 R 0.008 0.245 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.715 0.022 11 D 0.002 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.032 0.016 12 F 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 13 L 0.008 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.009 14 T 0.019 0.842 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.050 0.075 15 L 0.015 0.612 0.047 0.001 0.001 0.001 0.020 0.012 0.027 0.189 0.075 16 L 0.055 0.079 0.408 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 0.333 0.055 0.041 17 E 0.401 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.042 0.007 0.018 0.030 0.474 18 Q 0.124 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.002 0.001 0.016 0.802 19 Q 0.020 0.003 0.003 0.008 0.001 0.003 0.099 0.001 0.001 0.032 0.831 20 G 0.006 0.004 0.003 0.019 0.008 0.035 0.127 0.002 0.001 0.049 0.746 21 E 0.010 0.002 0.001 0.032 0.062 0.127 0.091 0.001 0.001 0.110 0.562 22 L 0.006 0.002 0.001 0.110 0.056 0.111 0.074 0.001 0.001 0.098 0.541 23 K 0.007 0.001 0.001 0.189 0.145 0.234 0.050 0.001 0.001 0.094 0.277 24 R 0.007 0.001 0.001 0.078 0.112 0.102 0.062 0.001 0.001 0.037 0.601 25 I 0.001 0.001 0.001 0.074 0.177 0.180 0.080 0.004 0.001 0.024 0.460 26 T 0.056 0.001 0.001 0.076 0.046 0.063 0.108 0.006 0.001 0.039 0.604 27 L 0.093 0.001 0.001 0.045 0.063 0.043 0.104 0.004 0.001 0.045 0.601 28 P 0.004 0.001 0.001 0.024 0.024 0.037 0.116 0.001 0.001 0.010 0.783 29 V 0.011 0.021 0.001 0.040 0.019 0.027 0.106 0.003 0.001 0.018 0.755 30 D 0.138 0.529 0.002 0.017 0.012 0.010 0.056 0.009 0.001 0.074 0.154 31 P 0.044 0.754 0.002 0.009 0.001 0.003 0.023 0.002 0.001 0.030 0.132 32 H 0.009 0.205 0.001 0.008 0.005 0.008 0.025 0.001 0.001 0.650 0.088 33 L 0.003 0.794 0.001 0.003 0.005 0.004 0.012 0.001 0.001 0.134 0.044 34 E 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.011 35 I 0.003 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.032 0.014 36 T 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.011 37 E 0.018 0.723 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.219 0.020 38 I 0.009 0.269 0.008 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.661 0.033 39 A 0.005 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.012 0.058 40 D 0.020 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.006 0.039 41 R 0.009 0.840 0.007 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.006 0.058 0.063 42 T 0.065 0.168 0.242 0.001 0.001 0.001 0.022 0.010 0.278 0.093 0.120 43 L 0.730 0.024 0.020 0.001 0.001 0.001 0.011 0.051 0.019 0.037 0.106 44 R 0.331 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.002 0.017 0.601 45 A 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 0.006 0.905 46 G 0.002 0.003 0.001 0.007 0.003 0.005 0.132 0.002 0.001 0.017 0.829 47 G 0.026 0.003 0.001 0.020 0.045 0.023 0.219 0.009 0.001 0.090 0.565 48 P 0.006 0.013 0.001 0.322 0.035 0.093 0.096 0.001 0.001 0.082 0.350 49 A 0.005 0.004 0.001 0.269 0.059 0.210 0.059 0.001 0.001 0.119 0.272 50 L 0.002 0.003 0.001 0.492 0.129 0.155 0.035 0.001 0.001 0.037 0.145 51 L 0.003 0.001 0.001 0.465 0.123 0.228 0.024 0.001 0.001 0.050 0.107 52 F 0.006 0.001 0.001 0.286 0.163 0.245 0.034 0.001 0.001 0.065 0.199 53 E 0.002 0.001 0.001 0.193 0.073 0.158 0.103 0.001 0.001 0.026 0.441 54 N 0.180 0.002 0.002 0.041 0.123 0.121 0.090 0.010 0.003 0.086 0.341 55 P 0.211 0.001 0.002 0.013 0.009 0.007 0.085 0.003 0.001 0.058 0.610 56 K 0.012 0.001 0.001 0.003 0.010 0.024 0.098 0.007 0.001 0.025 0.821 57 G 0.089 0.002 0.001 0.010 0.005 0.008 0.095 0.001 0.001 0.022 0.768 58 Y 0.014 0.001 0.001 0.021 0.054 0.068 0.178 0.005 0.001 0.039 0.619 59 S 0.021 0.011 0.001 0.022 0.017 0.026 0.121 0.002 0.001 0.029 0.751 60 M 0.012 0.005 0.001 0.069 0.161 0.128 0.154 0.007 0.001 0.061 0.401 61 P 0.007 0.031 0.001 0.277 0.070 0.113 0.101 0.001 0.001 0.055 0.343 62 V 0.008 0.020 0.002 0.287 0.154 0.255 0.039 0.003 0.001 0.087 0.145 63 L 0.013 0.024 0.002 0.427 0.136 0.117 0.044 0.002 0.001 0.076 0.158 64 C 0.020 0.018 0.004 0.375 0.126 0.165 0.060 0.004 0.002 0.090 0.136 65 N 0.063 0.015 0.002 0.290 0.058 0.128 0.094 0.006 0.001 0.122 0.221 66 L 0.070 0.014 0.002 0.163 0.032 0.067 0.145 0.002 0.002 0.088 0.416 67 F 0.020 0.021 0.002 0.090 0.038 0.068 0.178 0.001 0.001 0.086 0.493 68 G 0.025 0.127 0.002 0.046 0.015 0.033 0.136 0.005 0.001 0.103 0.506 69 T 0.033 0.618 0.003 0.008 0.008 0.005 0.036 0.007 0.001 0.152 0.129 70 P 0.015 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.004 0.032 71 K 0.015 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.011 0.045 72 R 0.019 0.853 0.010 0.001 0.001 0.002 0.008 0.014 0.003 0.042 0.047 73 V 0.119 0.732 0.004 0.002 0.001 0.002 0.011 0.017 0.002 0.058 0.053 74 A 0.031 0.126 0.308 0.007 0.002 0.003 0.028 0.015 0.202 0.149 0.129 75 M 0.452 0.065 0.007 0.006 0.003 0.005 0.091 0.012 0.004 0.047 0.308 76 G 0.092 0.025 0.003 0.015 0.002 0.005 0.085 0.005 0.003 0.065 0.699 77 M 0.024 0.007 0.001 0.009 0.003 0.006 0.184 0.002 0.001 0.022 0.743 78 G 0.023 0.023 0.001 0.020 0.002 0.009 0.101 0.002 0.001 0.025 0.793 79 Q 0.064 0.022 0.002 0.007 0.007 0.008 0.135 0.005 0.001 0.062 0.688 80 E 0.037 0.196 0.002 0.015 0.003 0.005 0.089 0.005 0.001 0.056 0.590 81 D 0.072 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.007 0.063 82 V 0.042 0.848 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.017 0.074 83 S 0.011 0.834 0.002 0.002 0.001 0.002 0.015 0.003 0.001 0.046 0.084 84 A 0.011 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.029 0.029 85 L 0.010 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.033 0.020 86 R 0.010 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.077 0.029 87 E 0.002 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 0.018 88 V 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 89 G 0.007 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.013 90 K 0.007 0.909 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.043 0.032 91 L 0.025 0.848 0.018 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.006 0.046 0.035 92 L 0.112 0.530 0.088 0.003 0.001 0.001 0.020 0.030 0.049 0.091 0.075 93 A 0.280 0.128 0.023 0.004 0.001 0.003 0.058 0.012 0.020 0.080 0.390 94 F 0.138 0.018 0.004 0.006 0.002 0.005 0.085 0.005 0.002 0.065 0.669 95 L 0.043 0.011 0.005 0.023 0.002 0.010 0.118 0.003 0.002 0.057 0.727 96 K 0.035 0.005 0.001 0.018 0.003 0.008 0.096 0.001 0.001 0.032 0.799 97 E 0.019 0.001 0.001 0.009 0.013 0.020 0.122 0.003 0.001 0.038 0.773 98 P 0.010 0.001 0.001 0.011 0.006 0.010 0.112 0.001 0.001 0.021 0.829 99 E 0.031 0.004 0.001 0.033 0.011 0.016 0.164 0.004 0.001 0.043 0.692 100 P 0.094 0.015 0.001 0.017 0.004 0.006 0.124 0.007 0.001 0.045 0.684 101 P 0.310 0.050 0.001 0.012 0.003 0.004 0.082 0.005 0.001 0.048 0.483 102 K 0.027 0.082 0.001 0.018 0.004 0.007 0.108 0.005 0.001 0.046 0.701 103 G 0.030 0.766 0.001 0.004 0.002 0.002 0.025 0.003 0.001 0.007 0.159 104 F 0.071 0.834 0.001 0.002 0.003 0.004 0.009 0.015 0.001 0.004 0.057 105 R 0.024 0.758 0.001 0.003 0.003 0.004 0.018 0.003 0.001 0.036 0.149 106 D 0.063 0.555 0.050 0.004 0.005 0.006 0.034 0.012 0.018 0.144 0.109 107 L 0.385 0.391 0.007 0.003 0.002 0.002 0.022 0.047 0.003 0.045 0.093 108 F 0.299 0.096 0.007 0.008 0.004 0.008 0.063 0.008 0.005 0.087 0.418 109 D 0.016 0.137 0.003 0.022 0.004 0.009 0.093 0.001 0.001 0.027 0.689 110 K 0.008 0.566 0.003 0.005 0.004 0.006 0.039 0.006 0.001 0.013 0.350 111 L 0.087 0.703 0.005 0.002 0.005 0.004 0.023 0.045 0.001 0.018 0.107 112 P 0.059 0.761 0.003 0.003 0.001 0.002 0.016 0.005 0.002 0.023 0.124 113 Q 0.102 0.670 0.014 0.002 0.001 0.004 0.022 0.011 0.004 0.040 0.130 114 F 0.204 0.439 0.021 0.008 0.004 0.007 0.036 0.028 0.010 0.073 0.171 115 K 0.142 0.108 0.045 0.018 0.007 0.014 0.089 0.012 0.027 0.087 0.451 116 Q 0.118 0.036 0.006 0.023 0.010 0.020 0.081 0.008 0.002 0.055 0.641 117 V 0.072 0.006 0.002 0.018 0.005 0.012 0.089 0.003 0.001 0.054 0.738 118 L 0.027 0.002 0.001 0.017 0.013 0.024 0.120 0.002 0.001 0.040 0.754 119 N 0.009 0.004 0.001 0.015 0.007 0.015 0.093 0.001 0.001 0.017 0.839 120 M 0.031 0.005 0.001 0.009 0.028 0.023 0.130 0.010 0.001 0.028 0.733 121 P 0.117 0.054 0.001 0.018 0.014 0.017 0.112 0.017 0.001 0.034 0.615 122 T 0.165 0.074 0.002 0.020 0.016 0.027 0.089 0.011 0.001 0.045 0.551 123 K 0.101 0.044 0.012 0.062 0.020 0.043 0.111 0.006 0.004 0.051 0.545 124 R 0.106 0.046 0.003 0.050 0.031 0.062 0.086 0.011 0.001 0.042 0.563 125 L 0.262 0.019 0.001 0.029 0.030 0.028 0.073 0.003 0.001 0.044 0.510 126 R 0.009 0.015 0.001 0.029 0.029 0.037 0.126 0.002 0.001 0.012 0.739 127 G 0.027 0.059 0.002 0.010 0.016 0.021 0.081 0.003 0.001 0.011 0.769 128 A 0.068 0.096 0.002 0.018 0.100 0.065 0.119 0.041 0.001 0.060 0.429 129 P 0.158 0.265 0.006 0.018 0.015 0.028 0.073 0.007 0.003 0.051 0.377 130 C 0.129 0.282 0.012 0.051 0.038 0.068 0.054 0.011 0.002 0.044 0.309 131 Q 0.066 0.105 0.002 0.051 0.074 0.123 0.075 0.008 0.001 0.063 0.433 132 Q 0.028 0.043 0.003 0.104 0.108 0.160 0.075 0.003 0.001 0.082 0.392 133 K 0.012 0.012 0.007 0.161 0.094 0.121 0.105 0.003 0.002 0.070 0.413 134 I 0.098 0.010 0.008 0.074 0.113 0.141 0.079 0.005 0.004 0.072 0.396 135 V 0.150 0.010 0.004 0.058 0.037 0.057 0.094 0.006 0.003 0.067 0.514 136 S 0.102 0.007 0.001 0.017 0.019 0.041 0.096 0.011 0.001 0.037 0.668 137 G 0.054 0.005 0.001 0.017 0.007 0.018 0.112 0.005 0.001 0.024 0.756 138 D 0.014 0.005 0.001 0.035 0.072 0.082 0.104 0.003 0.001 0.026 0.657 139 D 0.020 0.011 0.002 0.066 0.054 0.087 0.096 0.001 0.001 0.043 0.619 140 V 0.010 0.006 0.003 0.094 0.172 0.130 0.097 0.005 0.001 0.048 0.434 141 D 0.169 0.033 0.004 0.108 0.071 0.103 0.076 0.011 0.002 0.090 0.332 142 L 0.143 0.009 0.002 0.080 0.035 0.046 0.085 0.004 0.001 0.063 0.533 143 N 0.012 0.005 0.001 0.072 0.052 0.117 0.094 0.002 0.001 0.021 0.623 144 R 0.014 0.009 0.002 0.045 0.046 0.080 0.109 0.002 0.001 0.028 0.664 145 I 0.028 0.002 0.002 0.040 0.193 0.122 0.115 0.012 0.001 0.062 0.423 146 P 0.098 0.008 0.002 0.084 0.046 0.062 0.103 0.007 0.001 0.072 0.518 147 I 0.084 0.008 0.001 0.070 0.032 0.067 0.093 0.005 0.001 0.053 0.586 148 M 0.024 0.002 0.001 0.055 0.023 0.029 0.121 0.001 0.001 0.026 0.718 149 T 0.003 0.001 0.001 0.034 0.053 0.071 0.140 0.001 0.001 0.021 0.676 150 C 0.005 0.002 0.001 0.047 0.015 0.023 0.143 0.001 0.001 0.024 0.740 151 W 0.328 0.036 0.004 0.040 0.016 0.013 0.124 0.013 0.003 0.092 0.331 152 P 0.206 0.035 0.004 0.012 0.002 0.004 0.110 0.006 0.002 0.084 0.534 153 E 0.087 0.017 0.001 0.010 0.004 0.010 0.114 0.003 0.001 0.040 0.713 154 D 0.086 0.025 0.003 0.027 0.016 0.036 0.134 0.003 0.001 0.091 0.577 155 A 0.072 0.087 0.002 0.026 0.020 0.041 0.145 0.008 0.001 0.076 0.522 156 A 0.092 0.025 0.003 0.019 0.052 0.061 0.138 0.007 0.001 0.110 0.492 157 P 0.019 0.028 0.002 0.073 0.128 0.196 0.125 0.004 0.001 0.070 0.355 158 L 0.025 0.006 0.003 0.058 0.058 0.189 0.117 0.002 0.001 0.096 0.444 159 I 0.010 0.005 0.002 0.167 0.216 0.216 0.073 0.002 0.001 0.058 0.250 160 T 0.026 0.005 0.002 0.093 0.096 0.243 0.098 0.002 0.001 0.110 0.324 161 W 0.008 0.003 0.001 0.116 0.181 0.221 0.081 0.004 0.001 0.061 0.322 162 G 0.004 0.002 0.001 0.172 0.099 0.222 0.083 0.001 0.001 0.065 0.350 163 L 0.002 0.002 0.001 0.180 0.237 0.306 0.045 0.001 0.001 0.071 0.154 164 T 0.005 0.002 0.001 0.244 0.198 0.326 0.035 0.001 0.001 0.071 0.117 165 V 0.015 0.002 0.001 0.233 0.208 0.219 0.043 0.001 0.001 0.071 0.207 166 T 0.007 0.002 0.001 0.164 0.146 0.242 0.086 0.001 0.001 0.061 0.289 167 R 0.007 0.002 0.002 0.074 0.038 0.096 0.128 0.002 0.002 0.032 0.617 168 G 0.533 0.014 0.004 0.025 0.018 0.018 0.070 0.009 0.005 0.075 0.228 169 P 0.169 0.023 0.003 0.012 0.004 0.007 0.091 0.006 0.002 0.066 0.617 170 H 0.047 0.007 0.001 0.007 0.008 0.015 0.101 0.004 0.001 0.024 0.785 171 K 0.036 0.007 0.002 0.031 0.061 0.087 0.127 0.005 0.001 0.061 0.583 172 E 0.047 0.008 0.001 0.036 0.071 0.125 0.118 0.004 0.001 0.087 0.501 173 R 0.024 0.004 0.002 0.056 0.113 0.155 0.121 0.002 0.001 0.051 0.471 174 Q 0.010 0.005 0.001 0.088 0.109 0.192 0.137 0.002 0.001 0.051 0.403 175 N 0.017 0.007 0.001 0.107 0.136 0.260 0.102 0.004 0.001 0.110 0.256 176 L 0.006 0.004 0.001 0.145 0.110 0.256 0.085 0.001 0.001 0.049 0.343 177 G 0.006 0.002 0.001 0.083 0.229 0.384 0.043 0.001 0.001 0.067 0.185 178 I 0.005 0.002 0.001 0.094 0.208 0.258 0.063 0.001 0.001 0.049 0.319 179 Y 0.022 0.006 0.002 0.102 0.175 0.209 0.088 0.002 0.002 0.064 0.328 180 R 0.147 0.012 0.003 0.043 0.079 0.085 0.106 0.010 0.003 0.092 0.420