# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.258 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.309 0.118 0.083 0.117 0.085 0.071 0.075 0.050 0.048 0.028 0.016 2 D 0.343 0.222 0.084 0.120 0.075 0.056 0.050 0.022 0.015 0.008 0.004 3 A 0.209 0.158 0.092 0.179 0.118 0.088 0.074 0.037 0.026 0.013 0.006 4 M 0.186 0.084 0.046 0.070 0.065 0.073 0.133 0.108 0.115 0.070 0.050 5 K 0.054 0.228 0.213 0.236 0.126 0.076 0.043 0.013 0.007 0.003 0.001 6 Y 0.050 0.042 0.041 0.077 0.088 0.122 0.204 0.133 0.125 0.076 0.042 7 N 0.448 0.159 0.115 0.136 0.068 0.036 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 8 D 0.013 0.077 0.107 0.220 0.195 0.166 0.139 0.047 0.024 0.008 0.003 9 L 0.001 0.003 0.010 0.012 0.017 0.034 0.143 0.166 0.237 0.215 0.161 10 R 0.019 0.026 0.137 0.232 0.226 0.190 0.125 0.028 0.012 0.004 0.001 11 D 0.010 0.069 0.430 0.287 0.126 0.052 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 12 F 0.001 0.001 0.007 0.005 0.009 0.022 0.137 0.181 0.288 0.218 0.132 13 L 0.001 0.001 0.006 0.004 0.011 0.045 0.237 0.204 0.221 0.174 0.098 14 T 0.002 0.010 0.744 0.169 0.050 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.001 0.003 0.038 0.087 0.200 0.304 0.278 0.059 0.022 0.007 0.002 16 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.027 0.061 0.210 0.317 0.375 17 E 0.004 0.009 0.045 0.151 0.261 0.243 0.201 0.055 0.020 0.007 0.003 18 Q 0.008 0.054 0.754 0.109 0.045 0.021 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.011 0.056 0.077 0.157 0.177 0.211 0.224 0.051 0.021 0.009 0.005 20 G 0.788 0.096 0.022 0.033 0.017 0.015 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 21 E 0.130 0.243 0.130 0.280 0.139 0.051 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 22 L 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 0.015 0.054 0.094 0.223 0.271 0.328 23 K 0.014 0.085 0.054 0.247 0.236 0.186 0.122 0.031 0.014 0.006 0.004 24 R 0.042 0.158 0.112 0.224 0.162 0.118 0.100 0.040 0.025 0.012 0.006 25 I 0.002 0.002 0.003 0.009 0.017 0.032 0.091 0.122 0.187 0.225 0.310 26 T 0.324 0.304 0.102 0.174 0.061 0.022 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.035 0.060 0.031 0.133 0.150 0.153 0.200 0.104 0.072 0.040 0.021 28 P 0.395 0.245 0.077 0.165 0.067 0.028 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 29 V 0.007 0.006 0.003 0.016 0.029 0.061 0.154 0.155 0.196 0.183 0.191 30 D 0.082 0.338 0.124 0.234 0.110 0.049 0.031 0.013 0.009 0.005 0.005 31 P 0.066 0.072 0.029 0.103 0.127 0.160 0.188 0.105 0.078 0.047 0.025 32 H 0.147 0.121 0.055 0.180 0.181 0.135 0.091 0.038 0.026 0.016 0.010 33 L 0.015 0.021 0.014 0.067 0.089 0.121 0.212 0.159 0.149 0.095 0.058 34 E 0.008 0.021 0.022 0.072 0.088 0.110 0.190 0.152 0.151 0.107 0.080 35 I 0.001 0.002 0.003 0.011 0.016 0.029 0.103 0.155 0.249 0.242 0.189 36 T 0.005 0.007 0.033 0.043 0.060 0.099 0.188 0.145 0.178 0.144 0.098 37 E 0.002 0.008 0.043 0.113 0.133 0.159 0.219 0.128 0.096 0.065 0.034 38 I 0.001 0.001 0.011 0.010 0.009 0.013 0.057 0.099 0.220 0.290 0.289 39 A 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.020 0.076 0.124 0.243 0.277 0.240 40 D 0.002 0.008 0.085 0.172 0.201 0.184 0.169 0.077 0.059 0.030 0.012 41 R 0.002 0.010 0.045 0.088 0.142 0.206 0.276 0.120 0.066 0.032 0.012 42 T 0.002 0.003 0.008 0.017 0.020 0.037 0.124 0.154 0.245 0.223 0.166 43 L 0.001 0.002 0.004 0.013 0.024 0.058 0.169 0.167 0.190 0.175 0.197 44 R 0.014 0.076 0.322 0.262 0.164 0.085 0.047 0.015 0.009 0.004 0.002 45 A 0.072 0.094 0.113 0.195 0.153 0.161 0.139 0.039 0.020 0.009 0.004 46 G 0.557 0.189 0.058 0.122 0.044 0.016 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 47 G 0.007 0.017 0.009 0.043 0.065 0.096 0.201 0.187 0.183 0.124 0.070 48 P 0.012 0.046 0.032 0.157 0.242 0.218 0.172 0.066 0.036 0.014 0.006 49 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.051 0.100 0.207 0.254 0.366 50 L 0.002 0.003 0.004 0.018 0.032 0.059 0.174 0.194 0.206 0.175 0.133 51 L 0.002 0.005 0.006 0.020 0.023 0.029 0.091 0.140 0.230 0.224 0.230 52 F 0.001 0.002 0.001 0.005 0.009 0.016 0.055 0.104 0.204 0.270 0.333 53 E 0.024 0.042 0.037 0.186 0.178 0.152 0.164 0.094 0.071 0.034 0.017 54 N 0.039 0.088 0.034 0.156 0.161 0.153 0.183 0.092 0.056 0.027 0.012 55 P 0.012 0.012 0.006 0.021 0.022 0.031 0.071 0.100 0.198 0.236 0.291 56 K 0.275 0.230 0.063 0.190 0.108 0.061 0.043 0.013 0.008 0.004 0.004 57 G 0.205 0.138 0.051 0.150 0.113 0.093 0.098 0.054 0.046 0.030 0.020 58 Y 0.075 0.063 0.022 0.092 0.094 0.105 0.151 0.107 0.114 0.092 0.083 59 S 0.253 0.239 0.080 0.219 0.121 0.053 0.023 0.006 0.004 0.002 0.001 60 M 0.002 0.004 0.003 0.014 0.029 0.054 0.156 0.189 0.235 0.184 0.131 61 P 0.013 0.034 0.026 0.144 0.204 0.208 0.191 0.082 0.053 0.027 0.018 62 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.014 0.074 0.154 0.259 0.254 0.233 63 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.017 0.079 0.144 0.230 0.248 0.268 64 C 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.012 0.063 0.137 0.258 0.272 0.245 65 N 0.001 0.002 0.002 0.008 0.013 0.027 0.104 0.163 0.249 0.240 0.192 66 L 0.001 0.002 0.002 0.007 0.009 0.018 0.069 0.125 0.223 0.266 0.275 67 F 0.003 0.006 0.005 0.021 0.031 0.057 0.166 0.182 0.221 0.179 0.127 68 G 0.008 0.018 0.011 0.050 0.070 0.094 0.165 0.163 0.175 0.144 0.102 69 T 0.012 0.110 0.027 0.106 0.104 0.095 0.131 0.117 0.137 0.097 0.065 70 P 0.045 0.033 0.022 0.125 0.218 0.228 0.161 0.074 0.052 0.027 0.015 71 K 0.475 0.146 0.045 0.139 0.083 0.046 0.037 0.014 0.010 0.005 0.003 72 R 0.005 0.010 0.010 0.060 0.091 0.154 0.239 0.175 0.139 0.080 0.037 73 V 0.003 0.002 0.006 0.008 0.008 0.012 0.041 0.081 0.200 0.270 0.368 74 A 0.003 0.009 0.041 0.056 0.087 0.145 0.211 0.146 0.134 0.101 0.064 75 M 0.002 0.013 0.098 0.127 0.122 0.145 0.198 0.108 0.097 0.061 0.030 76 G 0.004 0.005 0.006 0.015 0.023 0.047 0.149 0.159 0.195 0.197 0.199 77 M 0.004 0.004 0.004 0.010 0.013 0.023 0.079 0.121 0.240 0.266 0.237 78 G 0.050 0.110 0.062 0.164 0.157 0.144 0.145 0.068 0.054 0.030 0.017 79 Q 0.047 0.050 0.038 0.090 0.098 0.129 0.206 0.136 0.107 0.063 0.035 80 E 0.363 0.211 0.081 0.130 0.083 0.047 0.039 0.018 0.014 0.009 0.007 81 D 0.113 0.410 0.077 0.172 0.097 0.057 0.037 0.015 0.011 0.007 0.005 82 V 0.073 0.033 0.022 0.089 0.135 0.163 0.187 0.110 0.099 0.058 0.030 83 S 0.626 0.176 0.074 0.078 0.025 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 84 A 0.002 0.015 0.018 0.068 0.103 0.187 0.296 0.152 0.096 0.045 0.019 85 L 0.001 0.001 0.004 0.008 0.020 0.051 0.144 0.172 0.224 0.201 0.175 86 R 0.038 0.065 0.422 0.216 0.137 0.072 0.038 0.008 0.004 0.001 0.001 87 E 0.001 0.028 0.182 0.256 0.205 0.164 0.110 0.029 0.015 0.007 0.002 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.029 0.076 0.217 0.315 0.354 89 G 0.005 0.003 0.018 0.032 0.062 0.134 0.320 0.184 0.133 0.079 0.030 90 K 0.002 0.018 0.329 0.331 0.190 0.078 0.035 0.009 0.005 0.002 0.001 91 L 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.039 0.178 0.189 0.245 0.202 0.128 92 L 0.001 0.001 0.004 0.008 0.013 0.029 0.116 0.167 0.259 0.245 0.159 93 A 0.005 0.023 0.397 0.143 0.115 0.108 0.116 0.046 0.027 0.013 0.007 94 F 0.001 0.007 0.071 0.071 0.116 0.192 0.294 0.122 0.077 0.036 0.013 95 L 0.002 0.003 0.006 0.008 0.011 0.026 0.112 0.145 0.242 0.253 0.194 96 K 0.101 0.128 0.132 0.188 0.154 0.115 0.102 0.037 0.025 0.012 0.005 97 E 0.318 0.181 0.145 0.156 0.080 0.055 0.038 0.014 0.008 0.004 0.001 98 P 0.105 0.060 0.024 0.061 0.064 0.087 0.172 0.144 0.132 0.095 0.057 99 E 0.497 0.273 0.054 0.079 0.043 0.022 0.016 0.006 0.005 0.003 0.002 100 P 0.111 0.102 0.026 0.089 0.098 0.120 0.156 0.100 0.102 0.066 0.032 101 P 0.203 0.100 0.041 0.112 0.113 0.102 0.109 0.076 0.070 0.043 0.029 102 K 0.466 0.184 0.080 0.134 0.065 0.030 0.023 0.009 0.006 0.003 0.001 103 G 0.094 0.193 0.059 0.160 0.140 0.125 0.111 0.054 0.037 0.019 0.008 104 F 0.007 0.009 0.005 0.021 0.043 0.087 0.177 0.188 0.214 0.154 0.095 105 R 0.057 0.056 0.093 0.195 0.202 0.168 0.140 0.046 0.028 0.012 0.004 106 D 0.041 0.106 0.374 0.255 0.116 0.053 0.033 0.011 0.007 0.003 0.001 107 L 0.002 0.004 0.008 0.019 0.026 0.062 0.199 0.191 0.223 0.167 0.101 108 F 0.003 0.003 0.009 0.018 0.034 0.073 0.188 0.207 0.224 0.161 0.080 109 D 0.023 0.052 0.618 0.179 0.078 0.028 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 110 K 0.005 0.029 0.099 0.103 0.134 0.201 0.234 0.088 0.061 0.033 0.012 111 L 0.001 0.002 0.002 0.006 0.011 0.031 0.107 0.159 0.248 0.247 0.187 112 P 0.290 0.132 0.193 0.153 0.089 0.054 0.050 0.017 0.012 0.007 0.004 113 Q 0.055 0.102 0.225 0.222 0.157 0.104 0.079 0.028 0.017 0.008 0.003 114 F 0.007 0.004 0.007 0.014 0.019 0.045 0.127 0.149 0.241 0.214 0.173 115 K 0.012 0.012 0.027 0.090 0.142 0.187 0.236 0.130 0.089 0.051 0.023 116 Q 0.019 0.075 0.542 0.161 0.092 0.052 0.033 0.012 0.008 0.004 0.002 117 V 0.006 0.010 0.032 0.044 0.063 0.123 0.243 0.156 0.151 0.104 0.067 118 L 0.029 0.017 0.016 0.037 0.039 0.060 0.154 0.156 0.194 0.177 0.121 119 N 0.194 0.206 0.169 0.185 0.112 0.060 0.040 0.015 0.011 0.005 0.003 120 M 0.027 0.022 0.022 0.048 0.056 0.088 0.182 0.158 0.179 0.135 0.083 121 P 0.242 0.270 0.051 0.121 0.088 0.071 0.066 0.035 0.027 0.017 0.012 122 T 0.180 0.103 0.044 0.114 0.107 0.100 0.122 0.077 0.076 0.046 0.030 123 K 0.298 0.161 0.071 0.137 0.106 0.075 0.062 0.031 0.029 0.018 0.012 124 R 0.042 0.108 0.073 0.237 0.185 0.132 0.112 0.051 0.032 0.016 0.010 125 L 0.020 0.017 0.011 0.035 0.051 0.076 0.154 0.153 0.177 0.160 0.146 126 R 0.204 0.166 0.112 0.195 0.124 0.087 0.066 0.023 0.013 0.006 0.004 127 G 0.472 0.166 0.082 0.146 0.067 0.032 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 128 A 0.022 0.025 0.012 0.045 0.056 0.084 0.187 0.163 0.175 0.139 0.092 129 P 0.112 0.255 0.064 0.209 0.142 0.093 0.062 0.027 0.020 0.011 0.006 130 C 0.007 0.008 0.003 0.015 0.021 0.037 0.102 0.142 0.237 0.219 0.209 131 Q 0.043 0.084 0.066 0.222 0.208 0.141 0.116 0.053 0.037 0.018 0.011 132 Q 0.076 0.111 0.077 0.267 0.163 0.103 0.097 0.049 0.033 0.016 0.007 133 K 0.057 0.059 0.043 0.143 0.160 0.187 0.173 0.081 0.055 0.028 0.014 134 I 0.006 0.017 0.022 0.083 0.107 0.122 0.197 0.151 0.148 0.091 0.055 135 V 0.009 0.029 0.041 0.095 0.124 0.144 0.200 0.121 0.117 0.077 0.043 136 S 0.060 0.160 0.111 0.318 0.174 0.088 0.056 0.018 0.008 0.003 0.002 137 G 0.428 0.135 0.038 0.129 0.090 0.067 0.055 0.025 0.016 0.010 0.006 138 D 0.253 0.278 0.078 0.201 0.102 0.048 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 139 D 0.163 0.194 0.085 0.277 0.156 0.074 0.035 0.009 0.004 0.002 0.001 140 V 0.002 0.002 0.001 0.005 0.009 0.021 0.078 0.128 0.260 0.264 0.232 141 D 0.014 0.153 0.101 0.340 0.209 0.103 0.056 0.014 0.006 0.002 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.049 0.102 0.213 0.264 0.346 143 N 0.114 0.115 0.072 0.245 0.200 0.127 0.081 0.026 0.012 0.005 0.003 144 R 0.029 0.069 0.043 0.247 0.198 0.155 0.151 0.055 0.034 0.014 0.005 145 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.049 0.114 0.228 0.285 0.303 146 P 0.012 0.025 0.018 0.056 0.072 0.106 0.210 0.169 0.165 0.101 0.066 147 I 0.009 0.016 0.010 0.033 0.039 0.055 0.142 0.170 0.213 0.183 0.131 148 M 0.011 0.010 0.005 0.026 0.036 0.057 0.139 0.157 0.221 0.188 0.150 149 T 0.040 0.068 0.037 0.154 0.156 0.144 0.153 0.095 0.081 0.044 0.028 150 C 0.005 0.010 0.004 0.021 0.031 0.048 0.114 0.152 0.222 0.213 0.180 151 W 0.014 0.036 0.018 0.090 0.118 0.138 0.189 0.148 0.131 0.076 0.041 152 P 0.265 0.160 0.057 0.195 0.133 0.083 0.059 0.023 0.013 0.007 0.004 153 E 0.471 0.166 0.083 0.158 0.070 0.028 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 154 D 0.021 0.035 0.016 0.072 0.096 0.136 0.236 0.157 0.127 0.071 0.033 155 A 0.043 0.067 0.028 0.116 0.140 0.159 0.185 0.099 0.086 0.050 0.027 156 A 0.017 0.008 0.005 0.011 0.020 0.038 0.108 0.134 0.204 0.207 0.247 157 P 0.025 0.033 0.029 0.142 0.163 0.199 0.208 0.086 0.056 0.034 0.024 158 L 0.005 0.010 0.011 0.022 0.012 0.017 0.065 0.110 0.211 0.275 0.260 159 I 0.002 0.003 0.006 0.013 0.013 0.021 0.068 0.105 0.209 0.264 0.295 160 T 0.002 0.007 0.018 0.018 0.021 0.030 0.092 0.143 0.239 0.233 0.196 161 W 0.002 0.005 0.009 0.026 0.037 0.057 0.170 0.193 0.234 0.172 0.095 162 G 0.010 0.012 0.013 0.035 0.047 0.085 0.200 0.191 0.187 0.136 0.085 163 L 0.004 0.006 0.007 0.019 0.020 0.039 0.134 0.166 0.233 0.203 0.170 164 T 0.003 0.006 0.008 0.016 0.018 0.034 0.105 0.146 0.214 0.220 0.229 165 V 0.003 0.007 0.008 0.018 0.021 0.034 0.105 0.147 0.238 0.236 0.183 166 T 0.003 0.006 0.006 0.020 0.027 0.046 0.128 0.171 0.232 0.198 0.163 167 R 0.026 0.044 0.037 0.130 0.138 0.139 0.183 0.110 0.099 0.060 0.033 168 G 0.046 0.083 0.034 0.144 0.150 0.148 0.169 0.097 0.072 0.038 0.019 169 P 0.083 0.067 0.027 0.088 0.086 0.095 0.138 0.111 0.125 0.095 0.084 170 H 0.259 0.243 0.061 0.155 0.102 0.069 0.058 0.023 0.016 0.008 0.006 171 K 0.341 0.252 0.071 0.169 0.085 0.041 0.023 0.008 0.005 0.003 0.001 172 E 0.551 0.188 0.056 0.107 0.051 0.025 0.012 0.004 0.003 0.002 0.001 173 R 0.063 0.093 0.065 0.192 0.188 0.166 0.123 0.052 0.033 0.017 0.008 174 Q 0.032 0.091 0.074 0.198 0.194 0.158 0.133 0.059 0.035 0.018 0.008 175 N 0.022 0.032 0.027 0.097 0.136 0.166 0.208 0.124 0.092 0.060 0.035 176 L 0.027 0.028 0.029 0.072 0.077 0.079 0.143 0.127 0.154 0.148 0.117 177 G 0.070 0.077 0.048 0.130 0.123 0.110 0.136 0.095 0.094 0.070 0.046 178 I 0.086 0.070 0.056 0.120 0.103 0.097 0.123 0.095 0.108 0.085 0.058 179 Y 0.071 0.074 0.043 0.108 0.110 0.114 0.142 0.105 0.101 0.078 0.053 180 R 0.105 0.088 0.050 0.119 0.100 0.100 0.119 0.093 0.098 0.075 0.052