# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.258 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.024 0.016 0.017 0.008 0.014 0.037 0.002 0.001 0.003 0.821 2 D 0.027 0.016 0.003 0.014 0.013 0.017 0.191 0.002 0.001 0.004 0.713 3 A 0.227 0.033 0.006 0.012 0.005 0.009 0.120 0.003 0.001 0.014 0.571 4 M 0.137 0.094 0.005 0.025 0.011 0.018 0.183 0.005 0.001 0.008 0.514 5 K 0.212 0.070 0.008 0.012 0.007 0.012 0.254 0.004 0.001 0.011 0.411 6 Y 0.249 0.186 0.015 0.024 0.005 0.014 0.088 0.005 0.001 0.006 0.408 7 N 0.038 0.161 0.004 0.018 0.006 0.006 0.086 0.006 0.001 0.003 0.674 8 D 0.120 0.084 0.002 0.002 0.001 0.001 0.330 0.007 0.001 0.007 0.446 9 L 0.092 0.370 0.014 0.008 0.002 0.004 0.139 0.009 0.001 0.007 0.355 10 R 0.013 0.529 0.001 0.004 0.001 0.002 0.191 0.004 0.001 0.005 0.251 11 D 0.017 0.622 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.004 0.001 0.002 0.150 12 F 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 13 L 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 14 T 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 16 L 0.013 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 17 E 0.014 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 18 Q 0.016 0.937 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.023 19 Q 0.106 0.819 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.039 20 G 0.306 0.433 0.022 0.002 0.003 0.002 0.011 0.100 0.001 0.004 0.115 21 E 0.154 0.091 0.421 0.011 0.011 0.007 0.053 0.030 0.001 0.004 0.218 22 L 0.054 0.039 0.190 0.103 0.041 0.065 0.054 0.008 0.001 0.004 0.443 23 K 0.014 0.009 0.007 0.443 0.167 0.170 0.052 0.001 0.001 0.002 0.134 24 R 0.015 0.005 0.004 0.157 0.077 0.122 0.037 0.001 0.001 0.002 0.581 25 I 0.005 0.003 0.001 0.381 0.207 0.303 0.018 0.001 0.001 0.001 0.080 26 T 0.006 0.002 0.001 0.263 0.106 0.171 0.050 0.001 0.001 0.003 0.397 27 L 0.008 0.001 0.001 0.174 0.125 0.156 0.051 0.001 0.001 0.003 0.480 28 P 0.003 0.001 0.001 0.054 0.028 0.053 0.030 0.001 0.001 0.002 0.830 29 V 0.016 0.001 0.001 0.118 0.044 0.137 0.171 0.001 0.001 0.011 0.501 30 D 0.099 0.002 0.001 0.061 0.048 0.070 0.229 0.001 0.001 0.014 0.474 31 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.983 32 H 0.012 0.001 0.001 0.010 0.003 0.011 0.386 0.001 0.001 0.007 0.569 33 L 0.458 0.010 0.002 0.012 0.005 0.011 0.160 0.001 0.001 0.040 0.301 34 E 0.105 0.237 0.001 0.018 0.014 0.014 0.246 0.002 0.001 0.004 0.359 35 I 0.048 0.444 0.004 0.018 0.013 0.034 0.093 0.001 0.001 0.005 0.340 36 T 0.016 0.798 0.001 0.012 0.009 0.012 0.019 0.001 0.001 0.001 0.132 37 E 0.016 0.702 0.001 0.001 0.003 0.006 0.082 0.004 0.001 0.002 0.183 38 I 0.016 0.925 0.003 0.001 0.002 0.005 0.007 0.004 0.001 0.001 0.036 39 A 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 40 D 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 41 R 0.017 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.036 42 T 0.022 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.008 43 L 0.019 0.950 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.012 44 R 0.033 0.907 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.037 45 A 0.113 0.730 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.039 0.001 0.001 0.105 46 G 0.455 0.122 0.019 0.005 0.004 0.002 0.008 0.207 0.001 0.002 0.177 47 G 0.159 0.027 0.562 0.015 0.005 0.005 0.024 0.008 0.001 0.004 0.191 48 P 0.002 0.001 0.015 0.016 0.005 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.941 49 A 0.029 0.004 0.003 0.222 0.057 0.122 0.064 0.001 0.001 0.002 0.496 50 L 0.086 0.012 0.001 0.272 0.075 0.088 0.055 0.001 0.001 0.003 0.408 51 L 0.035 0.021 0.002 0.272 0.095 0.135 0.054 0.001 0.001 0.002 0.384 52 F 0.025 0.010 0.001 0.279 0.145 0.309 0.048 0.001 0.001 0.003 0.180 53 E 0.027 0.009 0.001 0.223 0.094 0.226 0.073 0.003 0.001 0.005 0.338 54 N 0.039 0.005 0.003 0.065 0.120 0.117 0.120 0.003 0.001 0.004 0.523 55 P 0.004 0.001 0.002 0.015 0.014 0.018 0.023 0.001 0.001 0.001 0.921 56 K 0.011 0.001 0.001 0.025 0.026 0.051 0.305 0.001 0.001 0.006 0.574 57 G 0.320 0.003 0.001 0.014 0.011 0.015 0.101 0.001 0.001 0.028 0.505 58 Y 0.281 0.024 0.006 0.038 0.029 0.038 0.135 0.001 0.001 0.012 0.437 59 S 0.037 0.005 0.004 0.026 0.028 0.044 0.103 0.001 0.001 0.005 0.748 60 M 0.050 0.004 0.005 0.109 0.076 0.156 0.059 0.001 0.001 0.006 0.535 61 P 0.009 0.002 0.001 0.037 0.046 0.065 0.039 0.001 0.001 0.001 0.799 62 V 0.015 0.004 0.001 0.135 0.228 0.332 0.057 0.001 0.001 0.003 0.225 63 L 0.011 0.009 0.001 0.225 0.170 0.427 0.040 0.001 0.001 0.002 0.115 64 C 0.008 0.017 0.001 0.282 0.207 0.358 0.028 0.001 0.001 0.002 0.097 65 N 0.018 0.025 0.001 0.268 0.161 0.252 0.056 0.001 0.001 0.003 0.214 66 L 0.050 0.025 0.006 0.159 0.081 0.135 0.086 0.004 0.001 0.006 0.448 67 F 0.061 0.032 0.014 0.182 0.050 0.129 0.178 0.007 0.001 0.012 0.334 68 G 0.087 0.027 0.019 0.168 0.062 0.097 0.195 0.008 0.001 0.019 0.318 69 T 0.082 0.017 0.007 0.019 0.008 0.012 0.362 0.002 0.001 0.004 0.488 70 P 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.984 71 K 0.003 0.010 0.001 0.003 0.003 0.007 0.465 0.001 0.001 0.008 0.501 72 R 0.034 0.068 0.001 0.002 0.002 0.009 0.717 0.001 0.001 0.024 0.143 73 V 0.017 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 74 A 0.011 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 75 M 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 76 G 0.114 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.017 77 M 0.076 0.811 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.001 0.001 0.008 78 G 0.248 0.087 0.027 0.003 0.001 0.001 0.009 0.488 0.001 0.002 0.133 79 Q 0.025 0.002 0.928 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.038 80 E 0.002 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.943 81 D 0.024 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 0.140 0.001 0.001 0.004 0.808 82 V 0.099 0.012 0.001 0.033 0.001 0.002 0.211 0.001 0.001 0.016 0.623 83 S 0.045 0.019 0.001 0.007 0.001 0.001 0.688 0.001 0.001 0.013 0.227 84 A 0.160 0.121 0.001 0.016 0.001 0.002 0.327 0.002 0.001 0.012 0.358 85 L 0.071 0.606 0.001 0.007 0.001 0.002 0.105 0.002 0.001 0.005 0.199 86 R 0.022 0.698 0.001 0.002 0.001 0.002 0.126 0.008 0.001 0.006 0.134 87 E 0.029 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.091 88 V 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 89 G 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 90 K 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 91 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 92 L 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 93 A 0.006 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 94 F 0.024 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.017 95 L 0.174 0.788 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.021 96 K 0.150 0.498 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.179 0.001 0.001 0.149 97 E 0.308 0.144 0.119 0.005 0.001 0.002 0.005 0.041 0.001 0.001 0.374 98 P 0.006 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.979 99 E 0.032 0.002 0.004 0.043 0.002 0.007 0.037 0.001 0.001 0.001 0.872 100 P 0.048 0.001 0.002 0.011 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.919 101 P 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.964 102 K 0.070 0.004 0.001 0.042 0.002 0.007 0.125 0.001 0.001 0.002 0.747 103 G 0.180 0.012 0.001 0.017 0.003 0.003 0.113 0.001 0.001 0.002 0.669 104 F 0.219 0.073 0.004 0.014 0.002 0.005 0.088 0.001 0.001 0.003 0.591 105 R 0.019 0.068 0.001 0.016 0.005 0.010 0.149 0.001 0.001 0.002 0.729 106 D 0.069 0.112 0.001 0.004 0.002 0.004 0.163 0.002 0.001 0.003 0.641 107 L 0.091 0.558 0.002 0.002 0.002 0.002 0.044 0.002 0.001 0.001 0.295 108 F 0.028 0.835 0.001 0.002 0.002 0.003 0.030 0.003 0.001 0.002 0.095 109 D 0.070 0.745 0.001 0.001 0.001 0.004 0.057 0.013 0.001 0.002 0.106 110 K 0.182 0.731 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 0.044 111 L 0.318 0.602 0.027 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.038 112 P 0.004 0.041 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.934 113 Q 0.019 0.042 0.001 0.003 0.001 0.001 0.032 0.006 0.001 0.001 0.895 114 F 0.503 0.242 0.005 0.003 0.001 0.001 0.025 0.003 0.001 0.002 0.216 115 K 0.035 0.744 0.001 0.009 0.004 0.005 0.023 0.007 0.001 0.001 0.172 116 Q 0.185 0.492 0.004 0.003 0.002 0.003 0.030 0.002 0.001 0.001 0.279 117 V 0.227 0.610 0.002 0.006 0.004 0.005 0.010 0.008 0.001 0.001 0.128 118 L 0.155 0.574 0.005 0.012 0.007 0.014 0.015 0.036 0.001 0.002 0.179 119 N 0.233 0.151 0.025 0.009 0.005 0.008 0.016 0.066 0.001 0.002 0.485 120 M 0.350 0.075 0.082 0.046 0.016 0.030 0.019 0.028 0.001 0.003 0.351 121 P 0.009 0.001 0.004 0.010 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.958 122 T 0.007 0.001 0.005 0.021 0.004 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.936 123 K 0.023 0.002 0.001 0.214 0.053 0.117 0.147 0.001 0.001 0.003 0.442 124 R 0.141 0.008 0.001 0.152 0.022 0.025 0.089 0.001 0.001 0.004 0.558 125 L 0.092 0.021 0.001 0.276 0.054 0.093 0.101 0.001 0.001 0.005 0.356 126 R 0.022 0.011 0.001 0.227 0.040 0.090 0.114 0.001 0.001 0.003 0.491 127 G 0.070 0.006 0.001 0.053 0.014 0.026 0.071 0.002 0.001 0.007 0.748 128 A 0.268 0.012 0.019 0.070 0.035 0.083 0.130 0.001 0.001 0.014 0.367 129 P 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.968 130 C 0.014 0.005 0.001 0.046 0.043 0.117 0.097 0.001 0.001 0.003 0.674 131 Q 0.087 0.025 0.001 0.058 0.067 0.191 0.066 0.001 0.001 0.007 0.497 132 Q 0.090 0.093 0.001 0.044 0.075 0.137 0.059 0.002 0.001 0.004 0.495 133 K 0.152 0.082 0.003 0.077 0.143 0.174 0.046 0.004 0.001 0.004 0.315 134 I 0.117 0.113 0.007 0.118 0.125 0.172 0.044 0.006 0.001 0.004 0.293 135 V 0.024 0.062 0.010 0.137 0.192 0.315 0.048 0.006 0.001 0.003 0.203 136 S 0.025 0.030 0.006 0.084 0.101 0.209 0.081 0.007 0.001 0.003 0.453 137 G 0.052 0.011 0.009 0.071 0.065 0.090 0.069 0.004 0.001 0.007 0.622 138 D 0.031 0.004 0.008 0.027 0.020 0.033 0.212 0.001 0.001 0.008 0.656 139 D 0.081 0.004 0.003 0.024 0.027 0.037 0.226 0.002 0.001 0.017 0.579 140 V 0.159 0.012 0.007 0.065 0.046 0.058 0.194 0.002 0.001 0.030 0.428 141 D 0.073 0.011 0.002 0.033 0.048 0.032 0.462 0.001 0.001 0.008 0.330 142 L 0.019 0.004 0.005 0.023 0.013 0.015 0.039 0.001 0.001 0.005 0.877 143 N 0.020 0.005 0.001 0.052 0.050 0.096 0.533 0.001 0.001 0.011 0.232 144 R 0.385 0.006 0.005 0.022 0.012 0.029 0.131 0.003 0.001 0.049 0.358 145 I 0.302 0.032 0.014 0.144 0.058 0.129 0.098 0.004 0.001 0.009 0.211 146 P 0.003 0.001 0.001 0.010 0.005 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.970 147 I 0.014 0.001 0.002 0.102 0.045 0.110 0.054 0.001 0.001 0.002 0.670 148 M 0.029 0.001 0.001 0.046 0.040 0.067 0.043 0.001 0.001 0.002 0.770 149 T 0.075 0.006 0.001 0.109 0.079 0.138 0.094 0.001 0.001 0.005 0.492 150 C 0.045 0.004 0.002 0.093 0.051 0.120 0.076 0.001 0.001 0.004 0.603 151 W 0.031 0.005 0.001 0.160 0.122 0.158 0.147 0.001 0.001 0.003 0.373 152 P 0.003 0.001 0.001 0.011 0.004 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.964 153 E 0.024 0.002 0.001 0.041 0.036 0.065 0.174 0.001 0.001 0.006 0.651 154 D 0.194 0.003 0.001 0.022 0.019 0.024 0.136 0.001 0.001 0.015 0.583 155 A 0.157 0.016 0.007 0.048 0.031 0.060 0.082 0.001 0.001 0.013 0.585 156 A 0.039 0.008 0.003 0.115 0.139 0.215 0.173 0.001 0.001 0.006 0.301 157 P 0.011 0.002 0.001 0.015 0.009 0.014 0.014 0.001 0.001 0.001 0.933 158 L 0.036 0.010 0.002 0.125 0.172 0.290 0.067 0.001 0.001 0.003 0.295 159 I 0.037 0.018 0.001 0.155 0.197 0.303 0.062 0.001 0.001 0.005 0.221 160 T 0.030 0.023 0.001 0.109 0.222 0.354 0.063 0.001 0.001 0.004 0.193 161 W 0.018 0.008 0.003 0.111 0.175 0.342 0.062 0.001 0.001 0.004 0.277 162 G 0.025 0.004 0.003 0.092 0.076 0.194 0.098 0.001 0.001 0.011 0.496 163 L 0.056 0.004 0.025 0.162 0.255 0.292 0.065 0.001 0.001 0.014 0.125 164 T 0.009 0.007 0.003 0.249 0.271 0.245 0.045 0.001 0.001 0.002 0.168 165 V 0.004 0.003 0.001 0.182 0.252 0.358 0.026 0.001 0.001 0.001 0.172 166 T 0.004 0.002 0.001 0.102 0.296 0.466 0.022 0.001 0.001 0.001 0.105 167 R 0.008 0.002 0.002 0.084 0.126 0.270 0.047 0.001 0.001 0.003 0.458 168 G 0.010 0.001 0.001 0.053 0.202 0.276 0.157 0.001 0.001 0.004 0.294 169 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.009 0.018 0.001 0.001 0.001 0.959 170 H 0.012 0.001 0.001 0.013 0.018 0.034 0.351 0.001 0.001 0.012 0.560 171 K 0.631 0.003 0.001 0.006 0.006 0.007 0.071 0.001 0.001 0.046 0.228 172 E 0.259 0.030 0.002 0.013 0.021 0.014 0.202 0.001 0.001 0.010 0.447 173 R 0.098 0.019 0.013 0.027 0.041 0.088 0.168 0.001 0.001 0.012 0.533 174 Q 0.025 0.027 0.003 0.068 0.150 0.265 0.109 0.001 0.001 0.004 0.350 175 N 0.025 0.023 0.001 0.025 0.130 0.237 0.120 0.001 0.001 0.005 0.432 176 L 0.047 0.031 0.004 0.031 0.171 0.317 0.044 0.001 0.001 0.006 0.349 177 G 0.032 0.031 0.003 0.080 0.199 0.251 0.117 0.002 0.001 0.007 0.279 178 I 0.042 0.029 0.011 0.065 0.135 0.247 0.096 0.002 0.001 0.009 0.364 179 Y 0.015 0.032 0.003 0.146 0.230 0.357 0.054 0.002 0.001 0.003 0.159 180 R 0.018 0.038 0.004 0.090 0.118 0.240 0.069 0.002 0.001 0.004 0.418