# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.258 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 D 0.021 0.015 0.026 0.057 0.007 0.045 0.828 3 A 0.024 0.015 0.113 0.089 0.176 0.163 0.421 4 M 0.027 0.014 0.049 0.032 0.293 0.056 0.529 5 K 0.034 0.016 0.055 0.041 0.117 0.064 0.673 6 Y 0.010 0.009 0.218 0.307 0.090 0.110 0.257 7 N 0.005 0.008 0.141 0.421 0.134 0.120 0.171 8 D 0.004 0.032 0.046 0.408 0.105 0.057 0.348 9 L 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.005 0.003 10 R 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 12 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 14 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.011 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.003 0.899 0.003 0.092 0.002 19 Q 0.001 0.001 0.005 0.207 0.010 0.771 0.006 20 G 0.001 0.001 0.004 0.009 0.038 0.914 0.033 21 E 0.056 0.004 0.007 0.003 0.132 0.024 0.773 22 L 0.717 0.022 0.007 0.002 0.043 0.011 0.197 23 K 0.911 0.004 0.002 0.001 0.007 0.003 0.072 24 R 0.976 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 25 I 0.933 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.057 26 T 0.583 0.003 0.001 0.002 0.109 0.003 0.299 27 L 0.333 0.005 0.001 0.004 0.281 0.004 0.372 28 P 0.193 0.013 0.001 0.003 0.116 0.042 0.631 29 V 0.081 0.080 0.001 0.008 0.150 0.028 0.652 30 D 0.026 0.006 0.001 0.006 0.061 0.005 0.896 31 P 0.002 0.001 0.069 0.410 0.041 0.445 0.032 32 H 0.004 0.001 0.064 0.581 0.026 0.313 0.011 33 L 0.013 0.006 0.033 0.847 0.032 0.026 0.044 34 E 0.015 0.009 0.004 0.905 0.010 0.014 0.043 35 I 0.002 0.001 0.003 0.983 0.002 0.005 0.005 36 T 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.003 0.002 37 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 38 I 0.002 0.001 0.003 0.986 0.001 0.007 0.001 39 A 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.011 0.002 40 D 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.014 0.003 41 R 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.011 0.003 42 T 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.010 0.004 43 L 0.003 0.001 0.006 0.962 0.004 0.017 0.006 44 R 0.003 0.001 0.013 0.892 0.012 0.070 0.009 45 A 0.001 0.001 0.007 0.391 0.012 0.584 0.005 46 G 0.001 0.001 0.003 0.016 0.044 0.902 0.033 47 G 0.012 0.004 0.002 0.002 0.223 0.019 0.738 48 P 0.156 0.022 0.006 0.002 0.162 0.029 0.622 49 A 0.599 0.040 0.013 0.003 0.064 0.028 0.254 50 L 0.783 0.007 0.010 0.006 0.032 0.009 0.153 51 L 0.906 0.008 0.011 0.006 0.015 0.006 0.049 52 F 0.867 0.006 0.004 0.005 0.010 0.008 0.100 53 E 0.657 0.042 0.006 0.005 0.069 0.034 0.186 54 N 0.177 0.017 0.003 0.001 0.148 0.016 0.637 55 P 0.032 0.008 0.039 0.002 0.190 0.445 0.285 56 K 0.007 0.007 0.051 0.002 0.112 0.754 0.066 57 G 0.010 0.007 0.115 0.003 0.237 0.504 0.124 58 Y 0.032 0.013 0.030 0.004 0.209 0.129 0.584 59 S 0.071 0.073 0.020 0.005 0.290 0.144 0.396 60 M 0.215 0.013 0.004 0.003 0.383 0.012 0.370 61 P 0.415 0.010 0.004 0.007 0.123 0.019 0.423 62 V 0.925 0.009 0.002 0.003 0.013 0.005 0.043 63 L 0.947 0.005 0.001 0.007 0.006 0.002 0.032 64 C 0.909 0.005 0.008 0.019 0.010 0.007 0.042 65 N 0.791 0.003 0.016 0.027 0.030 0.030 0.102 66 L 0.511 0.009 0.070 0.027 0.074 0.125 0.183 67 F 0.302 0.021 0.049 0.038 0.151 0.210 0.228 68 G 0.100 0.022 0.011 0.019 0.404 0.086 0.359 69 T 0.036 0.010 0.002 0.009 0.160 0.010 0.774 70 P 0.002 0.001 0.027 0.917 0.005 0.038 0.010 71 K 0.001 0.001 0.026 0.939 0.003 0.027 0.003 72 R 0.002 0.001 0.021 0.961 0.002 0.009 0.005 73 V 0.005 0.002 0.006 0.974 0.002 0.006 0.005 74 A 0.008 0.001 0.011 0.950 0.005 0.021 0.004 75 M 0.003 0.001 0.010 0.905 0.002 0.076 0.003 76 G 0.004 0.002 0.019 0.760 0.013 0.177 0.026 77 M 0.008 0.008 0.033 0.284 0.066 0.516 0.085 78 G 0.008 0.006 0.020 0.053 0.150 0.555 0.208 79 Q 0.006 0.008 0.028 0.040 0.317 0.054 0.547 80 E 0.010 0.018 0.055 0.068 0.339 0.105 0.406 81 D 0.012 0.018 0.065 0.123 0.156 0.143 0.482 82 V 0.002 0.002 0.129 0.755 0.016 0.044 0.052 83 S 0.001 0.001 0.083 0.852 0.010 0.032 0.020 84 A 0.001 0.001 0.039 0.919 0.006 0.022 0.012 85 L 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.005 0.005 86 R 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.004 0.001 87 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 89 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 90 K 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.013 0.002 91 L 0.001 0.001 0.005 0.973 0.001 0.018 0.004 92 L 0.001 0.001 0.018 0.960 0.002 0.016 0.003 93 A 0.001 0.001 0.048 0.831 0.004 0.109 0.006 94 F 0.001 0.001 0.112 0.646 0.007 0.219 0.014 95 L 0.006 0.012 0.094 0.396 0.120 0.248 0.124 96 K 0.006 0.009 0.073 0.202 0.102 0.425 0.182 97 E 0.006 0.004 0.007 0.011 0.470 0.063 0.438 98 P 0.008 0.009 0.006 0.005 0.189 0.133 0.651 99 E 0.008 0.022 0.004 0.003 0.236 0.047 0.680 100 P 0.006 0.008 0.002 0.002 0.088 0.007 0.887 101 P 0.006 0.007 0.052 0.033 0.053 0.051 0.798 102 K 0.012 0.025 0.134 0.178 0.252 0.166 0.233 103 G 0.015 0.021 0.148 0.191 0.192 0.127 0.307 104 F 0.003 0.003 0.067 0.814 0.016 0.037 0.061 105 R 0.002 0.001 0.051 0.884 0.008 0.027 0.028 106 D 0.001 0.002 0.127 0.809 0.008 0.032 0.021 107 L 0.001 0.001 0.118 0.829 0.005 0.038 0.008 108 F 0.002 0.001 0.170 0.749 0.011 0.059 0.008 109 D 0.001 0.001 0.120 0.661 0.005 0.205 0.007 110 K 0.001 0.001 0.061 0.617 0.008 0.300 0.012 111 L 0.009 0.006 0.012 0.224 0.278 0.043 0.428 112 P 0.002 0.001 0.061 0.738 0.013 0.127 0.058 113 Q 0.004 0.003 0.052 0.771 0.015 0.132 0.023 114 F 0.005 0.002 0.045 0.857 0.007 0.057 0.027 115 K 0.007 0.002 0.039 0.892 0.009 0.037 0.014 116 Q 0.006 0.001 0.044 0.857 0.008 0.070 0.013 117 V 0.004 0.001 0.054 0.744 0.021 0.157 0.019 118 L 0.012 0.012 0.027 0.434 0.093 0.348 0.074 119 N 0.022 0.009 0.014 0.048 0.147 0.511 0.250 120 M 0.036 0.008 0.003 0.005 0.219 0.012 0.718 121 P 0.071 0.020 0.004 0.003 0.018 0.007 0.877 122 T 0.207 0.020 0.053 0.047 0.042 0.017 0.614 123 K 0.401 0.018 0.166 0.075 0.064 0.025 0.251 124 R 0.532 0.022 0.128 0.115 0.037 0.030 0.136 125 L 0.472 0.037 0.053 0.059 0.056 0.038 0.284 126 R 0.153 0.010 0.027 0.037 0.141 0.429 0.202 127 G 0.047 0.002 0.015 0.013 0.280 0.500 0.143 128 A 0.146 0.015 0.007 0.020 0.220 0.025 0.568 129 P 0.352 0.024 0.009 0.015 0.047 0.029 0.524 130 C 0.682 0.014 0.010 0.008 0.051 0.015 0.220 131 Q 0.835 0.004 0.007 0.008 0.029 0.005 0.113 132 Q 0.926 0.002 0.004 0.012 0.014 0.003 0.039 133 K 0.945 0.002 0.002 0.018 0.005 0.003 0.025 134 I 0.934 0.004 0.001 0.018 0.005 0.004 0.033 135 V 0.863 0.009 0.002 0.017 0.012 0.017 0.080 136 S 0.487 0.014 0.006 0.016 0.083 0.190 0.204 137 G 0.094 0.005 0.021 0.007 0.299 0.370 0.204 138 D 0.100 0.006 0.035 0.006 0.312 0.267 0.275 139 D 0.230 0.057 0.043 0.004 0.184 0.132 0.350 140 V 0.244 0.136 0.017 0.003 0.156 0.021 0.423 141 D 0.130 0.035 0.014 0.002 0.029 0.014 0.776 142 L 0.003 0.002 0.766 0.031 0.006 0.182 0.009 143 N 0.003 0.001 0.645 0.031 0.013 0.294 0.013 144 R 0.009 0.004 0.683 0.021 0.057 0.187 0.039 145 I 0.067 0.028 0.008 0.005 0.422 0.007 0.464 146 P 0.097 0.063 0.004 0.001 0.030 0.012 0.792 147 I 0.202 0.098 0.023 0.006 0.050 0.023 0.599 148 M 0.322 0.014 0.030 0.013 0.126 0.030 0.464 149 T 0.422 0.025 0.046 0.023 0.104 0.039 0.341 150 C 0.298 0.097 0.011 0.027 0.121 0.027 0.419 151 W 0.065 0.022 0.006 0.006 0.085 0.017 0.798 152 P 0.005 0.003 0.035 0.022 0.039 0.865 0.032 153 E 0.003 0.002 0.041 0.012 0.073 0.835 0.035 154 D 0.019 0.025 0.070 0.026 0.270 0.290 0.300 155 A 0.048 0.094 0.028 0.041 0.233 0.213 0.343 156 A 0.087 0.033 0.062 0.060 0.210 0.067 0.480 157 P 0.113 0.015 0.139 0.117 0.171 0.111 0.333 158 L 0.256 0.036 0.161 0.132 0.101 0.125 0.189 159 I 0.464 0.069 0.041 0.041 0.078 0.054 0.253 160 T 0.470 0.035 0.023 0.027 0.075 0.047 0.322 161 W 0.325 0.006 0.040 0.050 0.162 0.233 0.183 162 G 0.399 0.004 0.037 0.027 0.132 0.191 0.210 163 L 0.707 0.019 0.025 0.022 0.037 0.034 0.156 164 T 0.834 0.021 0.008 0.015 0.016 0.017 0.089 165 V 0.841 0.013 0.006 0.011 0.024 0.012 0.093 166 T 0.700 0.020 0.005 0.007 0.048 0.030 0.190 167 R 0.457 0.049 0.003 0.004 0.178 0.027 0.282 168 G 0.125 0.022 0.002 0.001 0.151 0.011 0.688 169 P 0.012 0.004 0.029 0.006 0.123 0.677 0.150 170 H 0.009 0.009 0.035 0.006 0.153 0.696 0.091 171 K 0.015 0.007 0.063 0.010 0.346 0.458 0.101 172 E 0.051 0.010 0.029 0.011 0.255 0.395 0.249 173 R 0.296 0.051 0.018 0.007 0.142 0.042 0.444 174 Q 0.649 0.045 0.009 0.005 0.048 0.015 0.230 175 N 0.760 0.015 0.011 0.008 0.037 0.021 0.148 176 L 0.785 0.010 0.011 0.010 0.026 0.021 0.137 177 G 0.769 0.006 0.015 0.010 0.045 0.031 0.124 178 I 0.721 0.016 0.013 0.010 0.054 0.030 0.155 179 Y 0.452 0.032 0.006 0.007 0.010 0.019 0.474 180 R 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.976