# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.258 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.489 0.122 0.163 0.109 0.034 0.023 0.022 0.008 0.020 0.008 0.001 2 D 0.562 0.055 0.153 0.110 0.020 0.039 0.039 0.005 0.012 0.004 0.001 3 A 0.547 0.069 0.085 0.224 0.017 0.020 0.016 0.006 0.014 0.002 0.001 4 M 0.353 0.169 0.279 0.076 0.052 0.019 0.021 0.006 0.020 0.005 0.001 5 K 0.294 0.088 0.380 0.064 0.019 0.077 0.026 0.008 0.023 0.017 0.004 6 Y 0.700 0.035 0.058 0.127 0.014 0.024 0.016 0.005 0.011 0.008 0.001 7 N 0.715 0.039 0.043 0.121 0.018 0.024 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 8 D 0.433 0.017 0.058 0.115 0.019 0.188 0.010 0.002 0.153 0.004 0.001 9 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.975 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.322 0.002 0.010 0.658 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 20 G 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.374 0.614 0.001 0.003 0.001 21 E 0.170 0.191 0.260 0.243 0.019 0.094 0.012 0.001 0.009 0.001 0.001 22 L 0.007 0.337 0.545 0.002 0.010 0.087 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 23 K 0.270 0.227 0.020 0.445 0.025 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 24 R 0.001 0.820 0.062 0.001 0.106 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 25 I 0.005 0.802 0.107 0.003 0.023 0.023 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 26 T 0.051 0.503 0.236 0.032 0.031 0.083 0.003 0.001 0.059 0.001 0.001 27 L 0.010 0.586 0.184 0.001 0.075 0.015 0.012 0.001 0.114 0.001 0.001 28 P 0.048 0.013 0.835 0.007 0.001 0.061 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 29 V 0.079 0.506 0.254 0.051 0.054 0.032 0.007 0.002 0.013 0.001 0.001 30 D 0.039 0.155 0.374 0.003 0.069 0.109 0.015 0.001 0.223 0.011 0.001 31 P 0.963 0.001 0.008 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 32 H 0.907 0.003 0.007 0.063 0.001 0.007 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 33 L 0.875 0.011 0.019 0.077 0.002 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 34 E 0.954 0.006 0.015 0.009 0.001 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 35 I 0.985 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 D 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 T 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.963 0.005 0.006 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 R 0.855 0.013 0.016 0.103 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.306 0.011 0.066 0.564 0.005 0.004 0.035 0.005 0.003 0.002 0.001 46 G 0.034 0.002 0.016 0.027 0.009 0.002 0.127 0.697 0.002 0.084 0.001 47 G 0.019 0.090 0.647 0.001 0.102 0.003 0.006 0.002 0.024 0.105 0.001 48 P 0.075 0.005 0.627 0.019 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.246 49 A 0.047 0.350 0.496 0.011 0.043 0.022 0.005 0.002 0.023 0.001 0.001 50 L 0.065 0.410 0.431 0.007 0.011 0.047 0.001 0.001 0.025 0.001 0.002 51 L 0.033 0.566 0.264 0.013 0.019 0.079 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 52 F 0.036 0.531 0.152 0.042 0.115 0.054 0.008 0.003 0.056 0.002 0.001 53 E 0.075 0.540 0.166 0.041 0.085 0.056 0.006 0.002 0.028 0.002 0.001 54 N 0.019 0.074 0.308 0.015 0.020 0.208 0.122 0.001 0.231 0.002 0.001 55 P 0.598 0.027 0.201 0.120 0.003 0.029 0.002 0.002 0.004 0.001 0.014 56 K 0.299 0.077 0.240 0.296 0.020 0.018 0.028 0.007 0.010 0.005 0.001 57 G 0.054 0.007 0.023 0.067 0.031 0.004 0.117 0.605 0.006 0.087 0.001 58 Y 0.207 0.146 0.458 0.100 0.034 0.021 0.013 0.006 0.007 0.008 0.001 59 S 0.265 0.056 0.101 0.452 0.016 0.029 0.044 0.018 0.013 0.004 0.001 60 M 0.019 0.552 0.289 0.002 0.051 0.012 0.010 0.001 0.064 0.001 0.001 61 P 0.085 0.015 0.780 0.003 0.001 0.076 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 62 V 0.132 0.632 0.140 0.007 0.028 0.032 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 63 L 0.263 0.367 0.181 0.029 0.011 0.092 0.003 0.001 0.051 0.001 0.001 64 C 0.265 0.367 0.158 0.044 0.081 0.030 0.009 0.003 0.035 0.007 0.001 65 N 0.254 0.043 0.073 0.063 0.064 0.129 0.299 0.030 0.037 0.005 0.003 66 L 0.380 0.100 0.113 0.346 0.013 0.033 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 67 F 0.168 0.132 0.296 0.248 0.046 0.025 0.049 0.016 0.012 0.007 0.001 68 G 0.070 0.041 0.155 0.119 0.113 0.016 0.131 0.225 0.006 0.124 0.001 69 T 0.030 0.145 0.678 0.002 0.069 0.038 0.002 0.001 0.030 0.005 0.001 70 P 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.988 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.988 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 M 0.883 0.009 0.007 0.096 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 G 0.713 0.013 0.034 0.157 0.008 0.007 0.039 0.020 0.007 0.003 0.001 77 M 0.287 0.032 0.148 0.498 0.007 0.011 0.008 0.002 0.005 0.002 0.001 78 G 0.062 0.004 0.030 0.072 0.022 0.010 0.221 0.468 0.004 0.106 0.001 79 Q 0.091 0.253 0.488 0.038 0.036 0.039 0.007 0.001 0.043 0.004 0.001 80 E 0.271 0.077 0.508 0.058 0.019 0.037 0.008 0.005 0.007 0.007 0.004 81 D 0.082 0.125 0.333 0.056 0.046 0.215 0.026 0.004 0.108 0.005 0.002 82 V 0.891 0.016 0.026 0.049 0.003 0.007 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 83 S 0.920 0.007 0.016 0.040 0.003 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 84 A 0.943 0.003 0.009 0.035 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 85 L 0.989 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 V 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 G 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.986 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 F 0.735 0.002 0.003 0.254 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.549 0.033 0.189 0.184 0.003 0.020 0.012 0.004 0.006 0.001 0.001 96 K 0.401 0.049 0.120 0.321 0.010 0.034 0.037 0.007 0.019 0.002 0.001 97 E 0.066 0.135 0.581 0.014 0.021 0.031 0.053 0.001 0.096 0.002 0.001 98 P 0.069 0.011 0.851 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 99 E 0.033 0.106 0.747 0.002 0.007 0.036 0.004 0.001 0.063 0.001 0.001 100 P 0.034 0.004 0.922 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 101 P 0.313 0.006 0.601 0.032 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 102 K 0.323 0.088 0.328 0.122 0.060 0.019 0.022 0.019 0.008 0.009 0.001 103 G 0.157 0.022 0.087 0.028 0.132 0.004 0.024 0.145 0.004 0.396 0.001 104 F 0.685 0.019 0.089 0.131 0.009 0.038 0.007 0.005 0.009 0.005 0.001 105 R 0.773 0.080 0.061 0.051 0.011 0.010 0.005 0.002 0.005 0.002 0.001 106 D 0.835 0.017 0.053 0.031 0.013 0.022 0.013 0.003 0.010 0.001 0.001 107 L 0.976 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 F 0.961 0.002 0.004 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 D 0.947 0.001 0.003 0.041 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.420 0.009 0.022 0.520 0.002 0.012 0.006 0.003 0.007 0.001 0.001 111 L 0.503 0.049 0.316 0.033 0.008 0.021 0.012 0.003 0.051 0.003 0.001 112 P 0.935 0.001 0.037 0.018 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.911 0.013 0.020 0.036 0.007 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 114 F 0.873 0.006 0.014 0.096 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 K 0.924 0.011 0.021 0.026 0.002 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 116 Q 0.851 0.011 0.022 0.091 0.005 0.006 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 117 V 0.668 0.040 0.074 0.190 0.002 0.013 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 118 L 0.483 0.092 0.233 0.134 0.016 0.011 0.015 0.004 0.007 0.004 0.001 119 N 0.172 0.013 0.048 0.358 0.005 0.061 0.293 0.023 0.024 0.002 0.001 120 M 0.023 0.334 0.436 0.001 0.013 0.018 0.009 0.001 0.167 0.001 0.001 121 P 0.074 0.003 0.822 0.004 0.001 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 122 T 0.287 0.148 0.443 0.043 0.025 0.034 0.003 0.003 0.009 0.002 0.003 123 K 0.297 0.350 0.181 0.046 0.054 0.030 0.012 0.004 0.024 0.002 0.001 124 R 0.220 0.270 0.376 0.060 0.014 0.037 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 125 L 0.220 0.339 0.251 0.053 0.034 0.059 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 126 R 0.275 0.165 0.261 0.179 0.040 0.032 0.019 0.003 0.019 0.005 0.001 127 G 0.084 0.034 0.141 0.049 0.197 0.004 0.042 0.210 0.011 0.226 0.002 128 A 0.030 0.101 0.782 0.001 0.031 0.008 0.006 0.001 0.030 0.004 0.006 129 P 0.148 0.006 0.678 0.015 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 130 C 0.114 0.412 0.275 0.034 0.104 0.026 0.009 0.006 0.015 0.004 0.001 131 Q 0.104 0.532 0.200 0.039 0.045 0.039 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 132 Q 0.041 0.570 0.272 0.012 0.048 0.027 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 133 K 0.065 0.606 0.230 0.020 0.017 0.038 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 134 I 0.042 0.661 0.215 0.007 0.019 0.037 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 135 V 0.192 0.413 0.242 0.042 0.015 0.058 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 136 S 0.069 0.349 0.235 0.093 0.063 0.033 0.032 0.002 0.120 0.004 0.001 137 G 0.044 0.002 0.020 0.006 0.053 0.001 0.020 0.337 0.001 0.514 0.001 138 D 0.458 0.061 0.215 0.180 0.034 0.020 0.010 0.004 0.006 0.006 0.004 139 D 0.113 0.132 0.236 0.293 0.031 0.051 0.084 0.013 0.037 0.004 0.007 140 V 0.023 0.472 0.374 0.037 0.037 0.039 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 141 D 0.004 0.107 0.465 0.005 0.015 0.308 0.008 0.001 0.085 0.002 0.001 142 L 0.688 0.037 0.035 0.194 0.005 0.019 0.007 0.003 0.010 0.001 0.001 143 N 0.650 0.028 0.042 0.240 0.009 0.010 0.011 0.003 0.005 0.001 0.001 144 R 0.231 0.085 0.086 0.476 0.017 0.027 0.036 0.005 0.037 0.001 0.001 145 I 0.026 0.182 0.559 0.001 0.009 0.025 0.037 0.001 0.159 0.001 0.001 146 P 0.090 0.005 0.801 0.006 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 147 I 0.106 0.309 0.476 0.019 0.027 0.030 0.004 0.002 0.024 0.001 0.001 148 M 0.101 0.150 0.628 0.023 0.008 0.070 0.003 0.001 0.013 0.001 0.003 149 T 0.074 0.493 0.230 0.046 0.088 0.033 0.006 0.002 0.025 0.002 0.001 150 C 0.067 0.367 0.303 0.077 0.081 0.064 0.011 0.003 0.023 0.003 0.001 151 W 0.012 0.243 0.480 0.004 0.052 0.037 0.006 0.001 0.162 0.003 0.001 152 P 0.596 0.003 0.342 0.026 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.003 0.012 153 E 0.431 0.030 0.067 0.316 0.017 0.024 0.044 0.049 0.015 0.006 0.001 154 D 0.167 0.065 0.341 0.313 0.038 0.032 0.016 0.003 0.021 0.003 0.001 155 A 0.232 0.032 0.163 0.292 0.022 0.011 0.102 0.120 0.009 0.016 0.001 156 A 0.071 0.170 0.613 0.002 0.075 0.008 0.012 0.002 0.036 0.011 0.001 157 P 0.312 0.007 0.527 0.018 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 158 L 0.094 0.479 0.217 0.045 0.054 0.049 0.008 0.003 0.049 0.001 0.001 159 I 0.055 0.526 0.261 0.025 0.035 0.061 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 160 T 0.064 0.474 0.229 0.044 0.099 0.051 0.006 0.003 0.025 0.003 0.001 161 W 0.140 0.247 0.151 0.109 0.151 0.037 0.091 0.011 0.055 0.007 0.001 162 G 0.114 0.168 0.407 0.039 0.150 0.023 0.030 0.034 0.008 0.023 0.003 163 L 0.117 0.541 0.194 0.028 0.065 0.025 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 164 T 0.078 0.588 0.228 0.011 0.029 0.038 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 165 V 0.071 0.632 0.161 0.026 0.022 0.051 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 166 T 0.094 0.532 0.160 0.047 0.104 0.030 0.005 0.002 0.022 0.002 0.001 167 R 0.063 0.459 0.223 0.062 0.078 0.047 0.016 0.002 0.046 0.002 0.001 168 G 0.019 0.086 0.526 0.002 0.129 0.017 0.021 0.003 0.082 0.113 0.001 169 P 0.666 0.003 0.157 0.058 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 170 H 0.367 0.030 0.052 0.464 0.010 0.031 0.021 0.009 0.012 0.003 0.001 171 K 0.242 0.190 0.126 0.295 0.073 0.013 0.028 0.008 0.018 0.005 0.001 172 E 0.187 0.112 0.103 0.149 0.073 0.021 0.221 0.099 0.022 0.012 0.001 173 R 0.078 0.449 0.261 0.061 0.054 0.035 0.012 0.003 0.044 0.003 0.001 174 Q 0.118 0.418 0.286 0.054 0.050 0.032 0.008 0.002 0.026 0.004 0.001 175 N 0.071 0.139 0.235 0.096 0.047 0.204 0.121 0.007 0.073 0.003 0.003 176 L 0.114 0.483 0.178 0.119 0.048 0.024 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 177 G 0.071 0.264 0.135 0.030 0.402 0.014 0.011 0.021 0.011 0.040 0.001 178 I 0.058 0.671 0.134 0.040 0.057 0.018 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 179 Y 0.088 0.453 0.214 0.048 0.067 0.060 0.016 0.003 0.046 0.004 0.001 180 R 0.112 0.389 0.236 0.034 0.072 0.057 0.032 0.006 0.049 0.011 0.001