# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.258 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.131 0.042 0.015 0.092 0.014 0.034 0.342 0.199 0.057 0.025 2 D 0.025 0.060 0.027 0.013 0.054 0.025 0.075 0.450 0.196 0.059 0.018 3 A 0.028 0.043 0.023 0.008 0.041 0.010 0.036 0.301 0.245 0.238 0.028 4 M 0.060 0.222 0.085 0.009 0.149 0.005 0.023 0.252 0.116 0.052 0.027 5 K 0.043 0.157 0.067 0.011 0.080 0.012 0.039 0.370 0.122 0.070 0.029 6 Y 0.045 0.079 0.027 0.009 0.071 0.015 0.027 0.454 0.161 0.081 0.031 7 N 0.007 0.044 0.030 0.032 0.020 0.082 0.094 0.493 0.121 0.065 0.011 8 D 0.075 0.088 0.040 0.004 0.065 0.001 0.005 0.353 0.055 0.258 0.057 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.863 0.129 0.006 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.032 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 12 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.030 0.001 0.001 14 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.014 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.002 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.034 0.002 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.897 0.091 0.005 0.001 18 Q 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.012 0.167 0.697 0.100 0.014 0.001 19 Q 0.001 0.801 0.153 0.007 0.030 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 20 G 0.012 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.738 0.225 21 E 0.050 0.360 0.091 0.015 0.205 0.021 0.044 0.071 0.060 0.067 0.017 22 L 0.427 0.052 0.006 0.001 0.364 0.001 0.001 0.005 0.010 0.017 0.118 23 K 0.074 0.308 0.060 0.015 0.474 0.016 0.013 0.012 0.009 0.007 0.011 24 R 0.412 0.105 0.018 0.001 0.400 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.044 25 I 0.239 0.151 0.046 0.017 0.471 0.007 0.007 0.011 0.003 0.005 0.044 26 T 0.029 0.020 0.029 0.083 0.031 0.090 0.203 0.137 0.133 0.202 0.043 27 L 0.007 0.348 0.531 0.025 0.066 0.003 0.003 0.009 0.005 0.002 0.002 28 P 0.216 0.211 0.021 0.001 0.420 0.001 0.005 0.026 0.014 0.029 0.056 29 V 0.057 0.323 0.231 0.032 0.173 0.031 0.035 0.016 0.020 0.038 0.044 30 D 0.163 0.213 0.055 0.002 0.526 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.029 31 P 0.003 0.012 0.005 0.002 0.005 0.004 0.010 0.393 0.500 0.061 0.003 32 H 0.007 0.027 0.010 0.002 0.018 0.007 0.051 0.651 0.150 0.072 0.005 33 L 0.007 0.015 0.004 0.001 0.013 0.003 0.008 0.814 0.095 0.033 0.007 34 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.895 0.071 0.013 0.003 35 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.069 0.004 0.001 36 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.040 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.978 0.017 0.001 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.016 0.001 0.001 39 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.057 0.006 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.059 0.006 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.932 0.050 0.004 0.001 42 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.029 0.893 0.059 0.008 0.001 43 L 0.008 0.011 0.004 0.002 0.006 0.003 0.029 0.789 0.125 0.018 0.006 44 R 0.007 0.019 0.017 0.008 0.011 0.028 0.151 0.571 0.134 0.048 0.005 45 A 0.006 0.517 0.247 0.052 0.075 0.020 0.036 0.026 0.006 0.013 0.003 46 G 0.038 0.020 0.044 0.044 0.013 0.012 0.012 0.015 0.020 0.564 0.217 47 G 0.009 0.252 0.455 0.155 0.039 0.029 0.022 0.018 0.006 0.009 0.006 48 P 0.045 0.468 0.164 0.024 0.192 0.009 0.008 0.028 0.020 0.023 0.019 49 A 0.124 0.274 0.089 0.014 0.316 0.014 0.016 0.048 0.051 0.025 0.030 50 L 0.172 0.147 0.040 0.006 0.369 0.009 0.035 0.098 0.052 0.033 0.040 51 L 0.200 0.141 0.036 0.009 0.340 0.008 0.026 0.065 0.040 0.068 0.068 52 F 0.173 0.175 0.059 0.012 0.303 0.007 0.013 0.054 0.059 0.084 0.062 53 E 0.028 0.131 0.048 0.036 0.096 0.095 0.148 0.178 0.158 0.063 0.019 54 N 0.289 0.102 0.052 0.003 0.290 0.002 0.009 0.024 0.027 0.067 0.135 55 P 0.107 0.151 0.073 0.023 0.136 0.019 0.023 0.125 0.186 0.098 0.058 56 K 0.008 0.074 0.051 0.095 0.026 0.135 0.357 0.154 0.077 0.020 0.004 57 G 0.032 0.025 0.030 0.033 0.021 0.019 0.014 0.026 0.063 0.593 0.144 58 Y 0.082 0.164 0.049 0.020 0.235 0.018 0.050 0.125 0.112 0.087 0.058 59 S 0.097 0.054 0.038 0.018 0.101 0.017 0.032 0.077 0.133 0.332 0.100 60 M 0.036 0.402 0.292 0.023 0.174 0.004 0.008 0.035 0.012 0.005 0.007 61 P 0.177 0.231 0.034 0.005 0.391 0.005 0.020 0.069 0.020 0.013 0.033 62 V 0.208 0.118 0.024 0.012 0.358 0.014 0.031 0.132 0.038 0.023 0.043 63 L 0.222 0.072 0.010 0.013 0.301 0.018 0.030 0.206 0.051 0.031 0.046 64 C 0.088 0.146 0.048 0.043 0.197 0.046 0.045 0.201 0.079 0.066 0.040 65 N 0.137 0.112 0.045 0.018 0.198 0.015 0.057 0.209 0.068 0.092 0.050 66 L 0.075 0.077 0.042 0.035 0.090 0.072 0.148 0.234 0.094 0.085 0.048 67 F 0.046 0.109 0.057 0.049 0.049 0.054 0.092 0.096 0.072 0.287 0.088 68 G 0.071 0.140 0.108 0.076 0.111 0.059 0.040 0.032 0.027 0.230 0.105 69 T 0.031 0.469 0.301 0.018 0.111 0.002 0.002 0.026 0.008 0.023 0.010 70 P 0.003 0.006 0.003 0.001 0.008 0.001 0.002 0.794 0.176 0.005 0.002 71 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.937 0.049 0.002 0.001 72 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.929 0.048 0.014 0.001 73 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.884 0.085 0.014 0.001 74 A 0.007 0.013 0.002 0.001 0.015 0.003 0.023 0.779 0.125 0.030 0.002 75 M 0.009 0.025 0.014 0.005 0.014 0.015 0.160 0.636 0.090 0.025 0.005 76 G 0.031 0.045 0.034 0.016 0.039 0.027 0.139 0.400 0.112 0.133 0.023 77 M 0.048 0.368 0.095 0.039 0.138 0.030 0.054 0.076 0.053 0.074 0.026 78 G 0.064 0.076 0.088 0.055 0.052 0.017 0.009 0.048 0.051 0.396 0.145 79 Q 0.058 0.229 0.099 0.017 0.184 0.012 0.020 0.169 0.102 0.079 0.030 80 E 0.034 0.143 0.125 0.035 0.078 0.041 0.081 0.289 0.098 0.051 0.026 81 D 0.147 0.103 0.047 0.008 0.181 0.004 0.012 0.264 0.066 0.086 0.083 82 V 0.013 0.032 0.009 0.004 0.026 0.007 0.009 0.569 0.239 0.081 0.012 83 S 0.004 0.017 0.011 0.004 0.009 0.006 0.019 0.791 0.107 0.030 0.004 84 A 0.002 0.008 0.006 0.001 0.003 0.001 0.004 0.872 0.066 0.035 0.002 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.915 0.069 0.008 0.001 86 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.956 0.036 0.001 0.001 87 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.025 0.006 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.046 0.006 0.001 89 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.047 0.001 0.001 90 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.973 0.021 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.036 0.005 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.844 0.144 0.006 0.001 93 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.817 0.142 0.005 0.001 94 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.067 0.677 0.160 0.084 0.002 95 L 0.062 0.139 0.050 0.005 0.124 0.006 0.046 0.330 0.122 0.093 0.024 96 K 0.023 0.089 0.071 0.052 0.049 0.062 0.094 0.246 0.125 0.165 0.024 97 E 0.124 0.193 0.109 0.013 0.314 0.007 0.029 0.070 0.030 0.063 0.049 98 P 0.057 0.314 0.236 0.016 0.208 0.007 0.017 0.049 0.029 0.038 0.030 99 E 0.027 0.364 0.288 0.020 0.128 0.007 0.055 0.050 0.021 0.027 0.012 100 P 0.015 0.347 0.409 0.061 0.063 0.019 0.021 0.035 0.014 0.010 0.008 101 P 0.058 0.270 0.107 0.016 0.181 0.015 0.018 0.135 0.097 0.060 0.043 102 K 0.008 0.064 0.047 0.031 0.029 0.108 0.196 0.311 0.148 0.051 0.009 103 G 0.040 0.073 0.083 0.027 0.038 0.007 0.014 0.274 0.082 0.285 0.076 104 F 0.028 0.019 0.006 0.004 0.032 0.007 0.013 0.574 0.181 0.114 0.022 105 R 0.007 0.033 0.007 0.006 0.023 0.015 0.024 0.696 0.162 0.022 0.006 106 D 0.040 0.015 0.011 0.002 0.030 0.002 0.012 0.756 0.085 0.027 0.020 107 L 0.001 0.004 0.005 0.003 0.002 0.003 0.009 0.768 0.175 0.029 0.001 108 F 0.003 0.011 0.003 0.002 0.006 0.005 0.020 0.687 0.235 0.026 0.003 109 D 0.002 0.004 0.002 0.004 0.002 0.008 0.077 0.702 0.171 0.024 0.003 110 K 0.002 0.008 0.008 0.004 0.003 0.006 0.040 0.252 0.220 0.452 0.005 111 L 0.048 0.094 0.021 0.002 0.064 0.001 0.007 0.532 0.173 0.030 0.028 112 P 0.002 0.019 0.006 0.004 0.010 0.013 0.032 0.719 0.187 0.008 0.001 113 Q 0.008 0.011 0.006 0.002 0.009 0.002 0.013 0.689 0.140 0.112 0.008 114 F 0.010 0.009 0.003 0.002 0.012 0.002 0.007 0.675 0.213 0.061 0.007 115 K 0.006 0.034 0.008 0.004 0.016 0.011 0.034 0.625 0.242 0.018 0.003 116 Q 0.016 0.011 0.005 0.002 0.018 0.003 0.086 0.657 0.139 0.051 0.010 117 V 0.011 0.027 0.024 0.010 0.022 0.030 0.132 0.413 0.216 0.108 0.008 118 L 0.041 0.380 0.094 0.013 0.183 0.010 0.036 0.141 0.051 0.035 0.016 119 N 0.111 0.036 0.041 0.018 0.069 0.019 0.036 0.066 0.066 0.404 0.132 120 M 0.010 0.471 0.413 0.005 0.081 0.001 0.003 0.008 0.003 0.003 0.003 121 P 0.025 0.546 0.192 0.017 0.151 0.008 0.013 0.022 0.008 0.009 0.009 122 T 0.177 0.200 0.066 0.008 0.327 0.008 0.019 0.055 0.066 0.027 0.048 123 K 0.044 0.415 0.094 0.006 0.293 0.008 0.015 0.060 0.037 0.017 0.013 124 R 0.275 0.137 0.024 0.002 0.413 0.003 0.018 0.042 0.015 0.025 0.046 125 L 0.159 0.156 0.083 0.057 0.197 0.059 0.050 0.079 0.040 0.062 0.058 126 R 0.021 0.078 0.082 0.167 0.051 0.125 0.202 0.143 0.054 0.058 0.018 127 G 0.037 0.072 0.195 0.209 0.037 0.038 0.022 0.045 0.039 0.240 0.066 128 A 0.012 0.448 0.352 0.029 0.100 0.006 0.006 0.030 0.009 0.005 0.003 129 P 0.135 0.310 0.081 0.007 0.273 0.010 0.023 0.081 0.023 0.026 0.030 130 C 0.263 0.123 0.031 0.014 0.282 0.015 0.021 0.082 0.041 0.056 0.072 131 Q 0.192 0.120 0.023 0.015 0.392 0.022 0.022 0.078 0.038 0.053 0.045 132 Q 0.303 0.101 0.015 0.004 0.449 0.008 0.018 0.047 0.012 0.012 0.030 133 K 0.242 0.105 0.013 0.003 0.530 0.005 0.009 0.035 0.011 0.016 0.029 134 I 0.352 0.106 0.011 0.003 0.395 0.005 0.012 0.041 0.012 0.015 0.048 135 V 0.314 0.075 0.032 0.061 0.202 0.071 0.048 0.074 0.021 0.032 0.070 136 S 0.009 0.055 0.053 0.510 0.021 0.144 0.074 0.063 0.031 0.033 0.007 137 G 0.005 0.031 0.122 0.583 0.007 0.057 0.014 0.049 0.056 0.069 0.008 138 D 0.016 0.047 0.039 0.049 0.039 0.043 0.089 0.283 0.224 0.153 0.019 139 D 0.141 0.154 0.036 0.006 0.305 0.007 0.021 0.083 0.062 0.126 0.058 140 V 0.225 0.206 0.042 0.004 0.377 0.006 0.008 0.010 0.014 0.032 0.075 141 D 0.424 0.035 0.009 0.001 0.407 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.108 142 L 0.052 0.023 0.005 0.003 0.041 0.003 0.005 0.094 0.576 0.158 0.041 143 N 0.004 0.008 0.004 0.008 0.008 0.036 0.182 0.346 0.326 0.076 0.004 144 R 0.040 0.097 0.051 0.008 0.092 0.004 0.019 0.089 0.156 0.423 0.021 145 I 0.157 0.330 0.080 0.004 0.349 0.001 0.005 0.021 0.010 0.007 0.035 146 P 0.106 0.258 0.123 0.012 0.276 0.010 0.022 0.037 0.045 0.049 0.062 147 I 0.114 0.368 0.115 0.006 0.324 0.004 0.007 0.017 0.014 0.013 0.018 148 M 0.170 0.201 0.054 0.011 0.375 0.015 0.031 0.045 0.028 0.025 0.044 149 T 0.167 0.195 0.088 0.013 0.307 0.011 0.046 0.048 0.033 0.039 0.053 150 C 0.088 0.235 0.117 0.038 0.192 0.018 0.051 0.045 0.045 0.097 0.073 151 W 0.079 0.325 0.214 0.026 0.267 0.005 0.006 0.015 0.018 0.015 0.030 152 P 0.008 0.041 0.025 0.013 0.013 0.043 0.115 0.347 0.368 0.021 0.004 153 E 0.018 0.042 0.032 0.022 0.031 0.046 0.176 0.155 0.154 0.294 0.031 154 D 0.158 0.112 0.033 0.018 0.200 0.017 0.046 0.045 0.045 0.188 0.137 155 A 0.075 0.092 0.094 0.038 0.078 0.020 0.022 0.074 0.114 0.288 0.104 156 A 0.033 0.324 0.249 0.067 0.153 0.021 0.014 0.078 0.035 0.017 0.011 157 P 0.149 0.167 0.035 0.012 0.356 0.013 0.036 0.129 0.052 0.024 0.026 158 L 0.199 0.130 0.036 0.010 0.404 0.013 0.031 0.091 0.024 0.019 0.043 159 I 0.238 0.092 0.019 0.013 0.341 0.016 0.044 0.105 0.030 0.029 0.072 160 T 0.138 0.129 0.102 0.059 0.191 0.039 0.043 0.074 0.040 0.117 0.067 161 W 0.049 0.153 0.086 0.082 0.089 0.053 0.091 0.156 0.106 0.107 0.028 162 G 0.126 0.147 0.065 0.066 0.208 0.041 0.046 0.103 0.074 0.068 0.057 163 L 0.235 0.115 0.015 0.008 0.487 0.012 0.021 0.046 0.020 0.013 0.029 164 T 0.257 0.094 0.010 0.004 0.551 0.007 0.011 0.026 0.007 0.007 0.027 165 V 0.331 0.072 0.014 0.007 0.373 0.010 0.016 0.039 0.016 0.040 0.082 166 T 0.158 0.185 0.103 0.033 0.266 0.018 0.028 0.062 0.025 0.078 0.045 167 R 0.037 0.135 0.147 0.124 0.080 0.092 0.126 0.081 0.050 0.096 0.031 168 G 0.108 0.201 0.263 0.066 0.216 0.014 0.015 0.021 0.014 0.031 0.050 169 P 0.039 0.121 0.071 0.035 0.078 0.043 0.061 0.257 0.199 0.072 0.024 170 H 0.071 0.069 0.040 0.033 0.104 0.058 0.103 0.117 0.102 0.235 0.068 171 K 0.099 0.156 0.063 0.052 0.198 0.037 0.056 0.104 0.068 0.113 0.054 172 E 0.104 0.055 0.024 0.033 0.097 0.030 0.046 0.141 0.127 0.229 0.114 173 R 0.189 0.154 0.045 0.019 0.316 0.017 0.023 0.059 0.042 0.073 0.063 174 Q 0.136 0.218 0.058 0.024 0.310 0.036 0.052 0.080 0.029 0.026 0.031 175 N 0.315 0.099 0.038 0.014 0.290 0.010 0.019 0.039 0.014 0.053 0.108 176 L 0.192 0.108 0.024 0.037 0.200 0.038 0.048 0.057 0.061 0.136 0.099 177 G 0.096 0.185 0.125 0.109 0.231 0.044 0.020 0.044 0.034 0.071 0.042 178 I 0.224 0.133 0.028 0.008 0.358 0.009 0.027 0.080 0.039 0.042 0.053 179 Y 0.158 0.184 0.083 0.025 0.257 0.014 0.022 0.068 0.037 0.080 0.071 180 R 0.080 0.308 0.151 0.026 0.210 0.012 0.019 0.085 0.045 0.036 0.027