# TARGET T0356 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.258 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.833 0.116 0.034 0.013 0.004 0.001 0.001 2 D 0.804 0.143 0.038 0.011 0.003 0.001 0.001 3 A 0.665 0.218 0.076 0.032 0.008 0.001 0.001 4 M 0.457 0.243 0.146 0.096 0.044 0.013 0.001 5 K 0.312 0.335 0.204 0.105 0.035 0.009 0.001 6 Y 0.087 0.148 0.260 0.294 0.162 0.047 0.002 7 N 0.332 0.377 0.188 0.069 0.025 0.008 0.001 8 D 0.103 0.249 0.309 0.232 0.086 0.020 0.001 9 L 0.009 0.021 0.047 0.168 0.402 0.329 0.024 10 R 0.055 0.193 0.331 0.300 0.102 0.018 0.001 11 D 0.119 0.467 0.287 0.100 0.022 0.005 0.001 12 F 0.012 0.029 0.085 0.283 0.389 0.194 0.008 13 L 0.019 0.038 0.106 0.286 0.404 0.143 0.004 14 T 0.152 0.501 0.261 0.073 0.012 0.001 0.001 15 L 0.041 0.230 0.402 0.265 0.057 0.005 0.001 16 L 0.040 0.075 0.155 0.380 0.295 0.054 0.001 17 E 0.430 0.415 0.128 0.025 0.002 0.001 0.001 18 Q 0.843 0.133 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.596 0.264 0.099 0.032 0.007 0.001 0.001 20 G 0.685 0.234 0.062 0.016 0.003 0.001 0.001 21 E 0.217 0.361 0.270 0.122 0.028 0.002 0.001 22 L 0.060 0.100 0.210 0.332 0.250 0.046 0.001 23 K 0.234 0.369 0.267 0.106 0.022 0.002 0.001 24 R 0.209 0.359 0.257 0.129 0.038 0.008 0.001 25 I 0.065 0.073 0.146 0.311 0.294 0.107 0.005 26 T 0.378 0.328 0.169 0.089 0.028 0.006 0.001 27 L 0.242 0.278 0.231 0.163 0.065 0.019 0.002 28 P 0.329 0.328 0.181 0.107 0.042 0.013 0.001 29 V 0.053 0.081 0.143 0.255 0.273 0.169 0.027 30 D 0.128 0.229 0.247 0.199 0.117 0.063 0.017 31 P 0.114 0.169 0.172 0.194 0.177 0.132 0.043 32 H 0.083 0.135 0.172 0.220 0.198 0.145 0.047 33 L 0.032 0.056 0.092 0.176 0.268 0.272 0.103 34 E 0.020 0.034 0.061 0.117 0.182 0.327 0.258 35 I 0.009 0.015 0.022 0.043 0.100 0.315 0.497 36 T 0.006 0.011 0.023 0.058 0.132 0.319 0.451 37 E 0.007 0.017 0.039 0.087 0.171 0.327 0.352 38 I 0.008 0.010 0.018 0.042 0.114 0.346 0.463 39 A 0.008 0.016 0.024 0.054 0.148 0.421 0.328 40 D 0.025 0.067 0.120 0.219 0.279 0.230 0.061 41 R 0.020 0.083 0.158 0.265 0.270 0.176 0.028 42 T 0.017 0.065 0.131 0.256 0.290 0.213 0.027 43 L 0.021 0.071 0.165 0.348 0.303 0.089 0.003 44 R 0.311 0.388 0.204 0.078 0.016 0.002 0.001 45 A 0.607 0.289 0.077 0.022 0.004 0.001 0.001 46 G 0.411 0.445 0.115 0.025 0.003 0.001 0.001 47 G 0.004 0.041 0.154 0.382 0.329 0.087 0.002 48 P 0.007 0.043 0.139 0.315 0.350 0.135 0.011 49 A 0.001 0.003 0.013 0.042 0.174 0.606 0.162 50 L 0.001 0.002 0.006 0.016 0.071 0.447 0.457 51 L 0.001 0.001 0.008 0.031 0.115 0.365 0.479 52 F 0.001 0.001 0.003 0.014 0.073 0.374 0.534 53 E 0.010 0.059 0.109 0.194 0.244 0.251 0.132 54 N 0.010 0.094 0.211 0.286 0.224 0.145 0.030 55 P 0.012 0.038 0.087 0.217 0.352 0.252 0.042 56 K 0.232 0.330 0.222 0.140 0.054 0.019 0.003 57 G 0.300 0.303 0.195 0.126 0.055 0.018 0.002 58 Y 0.148 0.232 0.233 0.223 0.123 0.038 0.003 59 S 0.219 0.387 0.234 0.115 0.035 0.008 0.001 60 M 0.011 0.041 0.096 0.235 0.357 0.233 0.028 61 P 0.007 0.035 0.097 0.240 0.347 0.225 0.049 62 V 0.001 0.003 0.011 0.037 0.130 0.434 0.383 63 L 0.001 0.002 0.005 0.011 0.034 0.256 0.690 64 C 0.001 0.001 0.003 0.011 0.037 0.189 0.759 65 N 0.001 0.001 0.003 0.009 0.036 0.199 0.751 66 L 0.001 0.001 0.003 0.010 0.042 0.224 0.720 67 F 0.002 0.006 0.015 0.038 0.087 0.330 0.521 68 G 0.002 0.006 0.016 0.056 0.173 0.398 0.350 69 T 0.006 0.019 0.034 0.091 0.224 0.420 0.207 70 P 0.013 0.061 0.157 0.283 0.282 0.160 0.044 71 K 0.082 0.259 0.263 0.190 0.114 0.068 0.025 72 R 0.014 0.042 0.094 0.207 0.283 0.270 0.090 73 V 0.005 0.007 0.012 0.043 0.167 0.492 0.274 74 A 0.016 0.059 0.108 0.178 0.254 0.299 0.085 75 M 0.028 0.090 0.155 0.221 0.225 0.208 0.073 76 G 0.009 0.022 0.054 0.128 0.244 0.400 0.143 77 M 0.008 0.014 0.034 0.096 0.241 0.435 0.173 78 G 0.079 0.215 0.251 0.233 0.153 0.062 0.007 79 Q 0.132 0.272 0.266 0.214 0.094 0.020 0.002 80 E 0.403 0.325 0.158 0.078 0.026 0.008 0.002 81 D 0.297 0.321 0.198 0.121 0.047 0.015 0.001 82 V 0.119 0.220 0.280 0.248 0.108 0.024 0.001 83 S 0.430 0.382 0.121 0.045 0.017 0.005 0.001 84 A 0.032 0.153 0.267 0.298 0.178 0.068 0.005 85 L 0.002 0.009 0.039 0.199 0.420 0.307 0.023 86 R 0.048 0.280 0.374 0.215 0.068 0.014 0.002 87 E 0.044 0.204 0.311 0.272 0.122 0.043 0.004 88 V 0.003 0.007 0.012 0.052 0.248 0.565 0.113 89 G 0.006 0.026 0.118 0.347 0.341 0.151 0.013 90 K 0.040 0.224 0.314 0.244 0.117 0.056 0.005 91 L 0.015 0.035 0.077 0.190 0.313 0.320 0.050 92 L 0.006 0.013 0.033 0.116 0.295 0.438 0.100 93 A 0.056 0.211 0.275 0.233 0.145 0.068 0.012 94 F 0.044 0.145 0.233 0.293 0.197 0.078 0.010 95 L 0.020 0.052 0.114 0.262 0.334 0.197 0.020 96 K 0.251 0.317 0.242 0.131 0.045 0.011 0.002 97 E 0.529 0.311 0.109 0.038 0.010 0.002 0.001 98 P 0.246 0.247 0.209 0.175 0.092 0.029 0.002 99 E 0.446 0.329 0.142 0.059 0.018 0.005 0.001 100 P 0.200 0.216 0.229 0.213 0.111 0.030 0.002 101 P 0.159 0.220 0.231 0.219 0.126 0.042 0.004 102 K 0.427 0.304 0.152 0.075 0.030 0.009 0.002 103 G 0.153 0.231 0.264 0.208 0.102 0.038 0.004 104 F 0.038 0.059 0.110 0.246 0.324 0.203 0.020 105 R 0.118 0.248 0.263 0.219 0.107 0.039 0.005 106 D 0.205 0.342 0.223 0.138 0.062 0.026 0.004 107 L 0.038 0.090 0.150 0.265 0.275 0.167 0.016 108 F 0.029 0.061 0.141 0.291 0.310 0.156 0.011 109 D 0.279 0.393 0.216 0.084 0.023 0.005 0.001 110 K 0.127 0.276 0.281 0.202 0.086 0.026 0.002 111 L 0.039 0.060 0.102 0.237 0.351 0.199 0.012 112 P 0.191 0.335 0.259 0.149 0.052 0.012 0.002 113 Q 0.214 0.329 0.243 0.143 0.052 0.017 0.002 114 F 0.057 0.084 0.129 0.257 0.300 0.162 0.011 115 K 0.128 0.243 0.280 0.228 0.094 0.025 0.003 116 Q 0.282 0.351 0.204 0.105 0.041 0.015 0.002 117 V 0.077 0.110 0.160 0.250 0.243 0.145 0.016 118 L 0.075 0.136 0.197 0.246 0.205 0.125 0.017 119 N 0.218 0.287 0.208 0.147 0.081 0.046 0.013 120 M 0.074 0.102 0.147 0.240 0.241 0.165 0.033 121 P 0.162 0.251 0.220 0.179 0.110 0.067 0.012 122 T 0.094 0.146 0.191 0.253 0.199 0.104 0.015 123 K 0.233 0.286 0.211 0.156 0.077 0.031 0.006 124 R 0.219 0.318 0.243 0.150 0.054 0.014 0.001 125 L 0.059 0.090 0.174 0.310 0.268 0.093 0.006 126 R 0.493 0.318 0.121 0.049 0.014 0.004 0.001 127 G 0.340 0.351 0.199 0.084 0.021 0.005 0.001 128 A 0.171 0.203 0.202 0.209 0.149 0.062 0.005 129 P 0.142 0.196 0.209 0.222 0.155 0.069 0.008 130 C 0.050 0.087 0.151 0.257 0.270 0.166 0.018 131 Q 0.104 0.190 0.227 0.250 0.161 0.061 0.008 132 Q 0.197 0.316 0.226 0.151 0.074 0.031 0.006 133 K 0.057 0.131 0.241 0.282 0.190 0.090 0.009 134 I 0.063 0.127 0.196 0.279 0.224 0.106 0.007 135 V 0.118 0.162 0.216 0.262 0.180 0.059 0.004 136 S 0.522 0.317 0.109 0.042 0.009 0.001 0.001 137 G 0.541 0.282 0.113 0.050 0.012 0.002 0.001 138 D 0.568 0.301 0.096 0.029 0.005 0.001 0.001 139 D 0.330 0.366 0.194 0.085 0.022 0.003 0.001 140 V 0.030 0.062 0.147 0.307 0.320 0.128 0.006 141 D 0.047 0.179 0.284 0.276 0.158 0.051 0.005 142 L 0.014 0.030 0.064 0.158 0.310 0.357 0.067 143 N 0.067 0.173 0.217 0.257 0.179 0.090 0.018 144 R 0.042 0.134 0.216 0.239 0.189 0.136 0.044 145 I 0.011 0.019 0.036 0.098 0.221 0.419 0.197 146 P 0.028 0.069 0.116 0.182 0.218 0.275 0.113 147 I 0.037 0.060 0.091 0.152 0.213 0.291 0.157 148 M 0.034 0.055 0.071 0.131 0.206 0.322 0.180 149 T 0.037 0.075 0.126 0.192 0.211 0.236 0.124 150 C 0.032 0.047 0.071 0.147 0.241 0.316 0.146 151 W 0.061 0.133 0.181 0.247 0.208 0.136 0.032 152 P 0.217 0.280 0.211 0.158 0.084 0.038 0.012 153 E 0.329 0.328 0.187 0.098 0.039 0.015 0.004 154 D 0.137 0.168 0.185 0.209 0.173 0.107 0.020 155 A 0.081 0.123 0.149 0.194 0.215 0.191 0.048 156 A 0.026 0.053 0.087 0.179 0.287 0.295 0.073 157 P 0.036 0.089 0.155 0.245 0.243 0.171 0.062 158 L 0.010 0.019 0.036 0.081 0.192 0.396 0.266 159 I 0.005 0.009 0.018 0.044 0.104 0.333 0.487 160 T 0.006 0.014 0.035 0.073 0.127 0.291 0.453 161 W 0.002 0.006 0.011 0.033 0.097 0.313 0.538 162 G 0.003 0.008 0.018 0.049 0.136 0.338 0.447 163 L 0.004 0.010 0.021 0.051 0.112 0.366 0.437 164 T 0.007 0.017 0.039 0.090 0.181 0.391 0.275 165 V 0.006 0.011 0.021 0.071 0.215 0.460 0.216 166 T 0.016 0.032 0.063 0.154 0.310 0.347 0.077 167 R 0.045 0.145 0.267 0.293 0.172 0.068 0.010 168 G 0.151 0.299 0.246 0.182 0.085 0.030 0.007 169 P 0.268 0.210 0.166 0.170 0.118 0.061 0.009 170 H 0.705 0.175 0.061 0.036 0.016 0.005 0.001 171 K 0.471 0.288 0.152 0.066 0.018 0.004 0.001 172 E 0.486 0.321 0.122 0.049 0.017 0.005 0.001 173 R 0.093 0.165 0.217 0.256 0.187 0.073 0.009 174 Q 0.028 0.084 0.169 0.258 0.260 0.173 0.028 175 N 0.013 0.027 0.060 0.139 0.255 0.363 0.143 176 L 0.014 0.023 0.042 0.083 0.163 0.377 0.298 177 G 0.051 0.061 0.078 0.108 0.160 0.294 0.249 178 I 0.069 0.066 0.071 0.112 0.163 0.272 0.247 179 Y 0.066 0.068 0.080 0.145 0.214 0.286 0.142 180 R 0.124 0.123 0.145 0.212 0.206 0.151 0.039