# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51.5882 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.016 0.036 0.100 0.302 0.505 2 D 0.040 0.013 0.050 0.173 0.308 0.417 3 A 0.018 0.007 0.090 0.218 0.322 0.343 4 M 0.028 0.027 0.050 0.092 0.316 0.488 5 K 0.035 0.020 0.050 0.110 0.229 0.557 6 Y 0.019 0.008 0.174 0.270 0.205 0.324 7 N 0.013 0.009 0.172 0.369 0.221 0.217 8 D 0.006 0.004 0.183 0.471 0.176 0.160 9 L 0.001 0.001 0.062 0.895 0.023 0.019 10 R 0.001 0.001 0.019 0.952 0.018 0.010 11 D 0.001 0.001 0.009 0.973 0.009 0.007 12 F 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 13 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 14 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.002 0.988 0.008 0.002 19 Q 0.001 0.001 0.004 0.929 0.032 0.035 20 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.134 0.855 21 E 0.014 0.002 0.004 0.001 0.104 0.876 22 L 0.617 0.017 0.010 0.002 0.087 0.267 23 K 0.880 0.002 0.005 0.002 0.028 0.084 24 R 0.971 0.002 0.002 0.002 0.006 0.018 25 I 0.956 0.003 0.001 0.003 0.008 0.029 26 T 0.793 0.004 0.003 0.008 0.041 0.152 27 L 0.409 0.005 0.002 0.002 0.075 0.508 28 P 0.303 0.014 0.004 0.002 0.111 0.566 29 V 0.096 0.047 0.004 0.004 0.182 0.667 30 D 0.020 0.018 0.004 0.005 0.631 0.323 31 P 0.005 0.004 0.090 0.170 0.604 0.128 32 H 0.005 0.002 0.115 0.403 0.404 0.071 33 L 0.010 0.009 0.095 0.656 0.204 0.026 34 E 0.013 0.008 0.026 0.803 0.049 0.101 35 I 0.008 0.003 0.012 0.949 0.011 0.016 36 T 0.004 0.001 0.008 0.975 0.008 0.005 37 E 0.002 0.001 0.004 0.988 0.004 0.002 38 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 39 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 41 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 42 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.002 43 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.006 0.003 44 R 0.001 0.001 0.007 0.965 0.020 0.006 45 A 0.001 0.001 0.005 0.933 0.032 0.030 46 G 0.002 0.005 0.003 0.044 0.189 0.756 47 G 0.007 0.004 0.003 0.003 0.199 0.784 48 P 0.069 0.014 0.018 0.005 0.233 0.661 49 A 0.304 0.045 0.079 0.010 0.179 0.382 50 L 0.553 0.023 0.118 0.025 0.127 0.154 51 L 0.749 0.016 0.069 0.021 0.074 0.071 52 F 0.635 0.024 0.029 0.046 0.191 0.075 53 E 0.417 0.027 0.023 0.039 0.358 0.135 54 N 0.069 0.017 0.011 0.015 0.724 0.165 55 P 0.021 0.016 0.030 0.012 0.760 0.161 56 K 0.024 0.025 0.040 0.029 0.629 0.252 57 G 0.012 0.016 0.059 0.032 0.683 0.197 58 Y 0.012 0.015 0.042 0.116 0.547 0.267 59 S 0.031 0.017 0.025 0.128 0.342 0.457 60 M 0.102 0.020 0.021 0.176 0.328 0.354 61 P 0.129 0.016 0.018 0.178 0.231 0.428 62 V 0.394 0.026 0.037 0.181 0.158 0.203 63 L 0.622 0.020 0.028 0.180 0.081 0.069 64 C 0.516 0.008 0.039 0.292 0.073 0.072 65 N 0.370 0.010 0.056 0.338 0.087 0.139 66 L 0.211 0.010 0.072 0.355 0.164 0.188 67 F 0.104 0.011 0.050 0.209 0.230 0.397 68 G 0.042 0.017 0.019 0.121 0.222 0.579 69 T 0.018 0.011 0.004 0.123 0.093 0.751 70 P 0.001 0.001 0.005 0.982 0.005 0.007 71 K 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 72 R 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.001 73 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 74 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.002 75 M 0.001 0.001 0.010 0.974 0.008 0.007 76 G 0.001 0.001 0.012 0.915 0.021 0.050 77 M 0.003 0.007 0.017 0.638 0.071 0.265 78 G 0.003 0.003 0.006 0.035 0.115 0.838 79 Q 0.007 0.005 0.044 0.141 0.229 0.574 80 E 0.011 0.015 0.033 0.165 0.291 0.485 81 D 0.009 0.014 0.056 0.322 0.257 0.342 82 V 0.001 0.001 0.055 0.852 0.052 0.039 83 S 0.001 0.001 0.035 0.924 0.025 0.014 84 A 0.001 0.001 0.023 0.958 0.012 0.005 85 L 0.002 0.001 0.009 0.972 0.008 0.008 86 R 0.002 0.001 0.008 0.974 0.008 0.007 87 E 0.002 0.001 0.005 0.981 0.005 0.007 88 V 0.001 0.001 0.002 0.988 0.003 0.005 89 G 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.004 90 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 91 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 92 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.004 93 A 0.001 0.001 0.010 0.971 0.011 0.007 94 F 0.001 0.001 0.021 0.906 0.039 0.033 95 L 0.001 0.006 0.028 0.611 0.176 0.178 96 K 0.002 0.005 0.031 0.317 0.248 0.396 97 E 0.003 0.007 0.016 0.027 0.344 0.604 98 P 0.003 0.006 0.018 0.011 0.254 0.708 99 E 0.006 0.015 0.011 0.005 0.165 0.797 100 P 0.003 0.010 0.003 0.003 0.142 0.838 101 P 0.002 0.010 0.062 0.072 0.485 0.368 102 K 0.003 0.005 0.152 0.213 0.481 0.146 103 G 0.003 0.005 0.163 0.403 0.357 0.068 104 F 0.009 0.006 0.097 0.703 0.132 0.053 105 R 0.011 0.009 0.045 0.825 0.046 0.064 106 D 0.009 0.008 0.051 0.811 0.080 0.041 107 L 0.002 0.001 0.120 0.822 0.041 0.014 108 F 0.003 0.001 0.120 0.801 0.056 0.019 109 D 0.002 0.001 0.114 0.779 0.068 0.036 110 K 0.002 0.002 0.043 0.759 0.060 0.135 111 L 0.005 0.005 0.026 0.619 0.116 0.228 112 P 0.004 0.002 0.059 0.761 0.094 0.080 113 Q 0.007 0.002 0.067 0.809 0.077 0.037 114 F 0.008 0.003 0.090 0.803 0.072 0.023 115 K 0.010 0.003 0.078 0.805 0.064 0.040 116 Q 0.009 0.002 0.079 0.764 0.074 0.072 117 V 0.021 0.007 0.084 0.609 0.162 0.117 118 L 0.028 0.008 0.041 0.513 0.185 0.225 119 N 0.021 0.010 0.018 0.208 0.227 0.516 120 M 0.026 0.009 0.006 0.042 0.195 0.721 121 P 0.044 0.009 0.009 0.035 0.176 0.727 122 T 0.107 0.025 0.043 0.050 0.249 0.526 123 K 0.250 0.034 0.059 0.060 0.190 0.407 124 R 0.433 0.029 0.059 0.083 0.141 0.255 125 L 0.293 0.030 0.045 0.071 0.334 0.227 126 R 0.160 0.020 0.033 0.056 0.470 0.261 127 G 0.077 0.010 0.019 0.017 0.550 0.327 128 A 0.089 0.013 0.023 0.012 0.489 0.374 129 P 0.168 0.023 0.050 0.017 0.256 0.487 130 C 0.301 0.040 0.060 0.022 0.223 0.353 131 Q 0.376 0.016 0.039 0.033 0.236 0.300 132 Q 0.594 0.005 0.023 0.041 0.156 0.181 133 K 0.776 0.006 0.010 0.031 0.081 0.096 134 I 0.850 0.015 0.004 0.027 0.048 0.057 135 V 0.729 0.022 0.005 0.026 0.142 0.076 136 S 0.287 0.022 0.007 0.034 0.449 0.201 137 G 0.038 0.005 0.013 0.010 0.778 0.158 138 D 0.072 0.008 0.017 0.004 0.661 0.238 139 D 0.241 0.053 0.028 0.008 0.323 0.347 140 V 0.240 0.104 0.017 0.007 0.232 0.399 141 D 0.130 0.030 0.019 0.005 0.311 0.505 142 L 0.016 0.004 0.637 0.028 0.252 0.064 143 N 0.029 0.003 0.518 0.022 0.353 0.075 144 R 0.055 0.008 0.496 0.030 0.337 0.073 145 I 0.087 0.019 0.024 0.009 0.258 0.602 146 P 0.148 0.033 0.018 0.014 0.200 0.587 147 I 0.214 0.056 0.099 0.041 0.256 0.334 148 M 0.352 0.030 0.104 0.034 0.219 0.260 149 T 0.377 0.032 0.103 0.031 0.200 0.258 150 C 0.259 0.078 0.040 0.018 0.179 0.426 151 W 0.070 0.044 0.015 0.010 0.755 0.106 152 P 0.009 0.005 0.070 0.019 0.850 0.046 153 E 0.005 0.004 0.073 0.040 0.848 0.029 154 D 0.010 0.034 0.045 0.032 0.850 0.029 155 A 0.022 0.038 0.051 0.114 0.512 0.263 156 A 0.065 0.052 0.137 0.095 0.462 0.189 157 P 0.103 0.008 0.300 0.066 0.395 0.129 158 L 0.251 0.023 0.251 0.065 0.252 0.158 159 I 0.401 0.065 0.089 0.044 0.223 0.177 160 T 0.303 0.023 0.019 0.033 0.342 0.279 161 W 0.193 0.004 0.019 0.036 0.413 0.335 162 G 0.508 0.004 0.021 0.022 0.243 0.203 163 L 0.860 0.004 0.008 0.014 0.058 0.056 164 T 0.931 0.003 0.003 0.010 0.020 0.033 165 V 0.943 0.003 0.001 0.005 0.012 0.036 166 T 0.919 0.003 0.001 0.003 0.026 0.050 167 R 0.802 0.015 0.001 0.002 0.047 0.133 168 G 0.403 0.037 0.002 0.001 0.367 0.190 169 P 0.053 0.008 0.016 0.002 0.908 0.013 170 H 0.021 0.002 0.018 0.001 0.944 0.014 171 K 0.012 0.001 0.021 0.001 0.950 0.014 172 E 0.141 0.014 0.008 0.002 0.721 0.114 173 R 0.580 0.049 0.005 0.004 0.096 0.266 174 Q 0.868 0.032 0.004 0.002 0.034 0.060 175 N 0.897 0.006 0.004 0.002 0.025 0.067 176 L 0.870 0.003 0.006 0.002 0.036 0.082 177 G 0.826 0.003 0.005 0.002 0.059 0.106 178 I 0.785 0.011 0.005 0.004 0.058 0.138 179 Y 0.591 0.025 0.003 0.005 0.082 0.294 180 R 0.316 0.013 0.004 0.006 0.153 0.509